Résultats principaux 71 

¾ Identification de deux nouvelles familles au sein du groupe mitis

La recherche de nouvelles familles sur la base de critères connus et définis dans le Tableau 12 a fait ressortir deux familles putatives de peptides détectés au sein de deux espèces de streptocoques appartenant au groupe mitis, S. pneumoniae et S. mitis.

Les peptides appartenant à la première famille appelée « mitis 1 » sont retrouvés dans 8 des 12 souches séquencées de S. pneumoniae ainsi que dans l’unique souche séquencée de S. mitis disponible au moment de l’analyse. Les caractéristiques générales de ces peptides, nommés peptidesSHOW_mitis1, sont présentées dans le Tableau 13. Ces derniers

présentent plusieurs critères communs à ceux décrits pour les familles SHP et XIP. Leur principale particularité, au même titre que les peptides SHP, est la présence d’un aspartate ou d’un glutamate conservé dans la partie C-terminale. De manière intéressante, la nature de l’acide aminé conservé semble être corrélée à l’espèce de streptocoque possédant le peptide. Aussi, tous les peptidesSHOW_mitis1 issus de l’espèce pneumoniae contiennent un

glutamate et le peptideSHOW_mitis1 issu de l’espèce mitis, un aspartate. Enfin, une mauvaise

identification des démarrages de traduction de ces peptides peut également être soulevée. En effet, au regard des séquences peptidiques détectées, un deuxième démarrage de traduction peut être envisagé au niveau des acides aminés MKK (Tableau 13). Si tel est le cas, les peptidesSHOW_mitis1 partageraient de très fortes similarités de séquence avec les

peptides SHP connus tout en préservant une organisation génétique différente de celles déjà décrites pour les groupes I, II et III (cf. article 1). En effet, les spCDS codant ces peptides sont localisées en amont et transcrites dans le même sens que le gène rgg-like. Enfin, la stricte conservation des séquences peptidiques appartenant à l’espèce pneumoniae indique une absence d’évolution des spCDS codant ces derniers pouvant être due à des contraintes fonctionnelles précises ou à une acquisition récente de ces petits gènes au sein de l’espèce.

Tableau 13 – Familles de peptidesSHOW identifiées dans le groupe mitis et le genre Listeria. Gène rgg-likea _{Peptide détecté par le logiciel SHOW}

Localisationb Distancec Séquence

Fam

ille m

itis 1

d

Streptococcus pneumoniae D39 SPD_1952 1 amont C MINILYFLIILTIWQVFDEFSEKYDKMKKIRNQGEVYGADWKSL Streptococcus pneumoniae JJA SPJ_2147* 1 amont MINILYFLIILTIWQVFDEFSEKYDKMKKIRNQGEVYGADWKSL Streptococcus pneumoniae Taiwan19F-14 SPT_2134* 1 amont MINILYFLIILTIWQVFDEFSEKYDKMKKIRNQGEVYGADWKSL Streptococcus pneumoniae G54 SPG_2060 1 amont C MINILYFLIILTIWQVFDEFSEKYDKMKKIRNQGEVYGADWKSL Streptococcus pneumoniae CGSP14 SPCG_2091 1 amont C MINILYFLIILTIWQVFDEFSEKYDKMKKIRNQGEVYGADWKSL Streptococcus pneumoniae TCH8431/19A HMPREF0837_10124 1 amont C MINILYFLIILTIWQVFDEFSEKYDKMKKIRNQGEVYGADWKSL Streptococcus pneumoniae 70585 SP70585_2248* 1 amont MINILYFLIILTIWQVFDEFSEKYDKMKKIRNQGEVYGADWKSL Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6 SPH_2314 1 amont C MINILYFLIILTIWQVFDEFSEKYDKMKKIRNQGEVYGADWKSL Streptococcus mitis B6 smi_0116 1 amont C MINILYFLIILTIWQVFDEFSEKYDKMKKILNQGDAYGADWKSL

Fam

ille m

itis 2

Streptococcus pneumoniae R6 spr0104* -1 amont (183 pb) MNKKIFCILVCIILLISLAIIFPWGWPI Streptococcus pneumoniae D39 SPD_0112 -1 amont 183 pb MNKKIFCILVCIILLISLAIIFPWGWPI Streptococcus pneumoniae JJA SPJ_0139 -1 amont 183 pb MNKKIFCILVCIISLISLAIIFPWGWPI Streptococcus pneumoniae Taiwan19F-14 SPT_0150 -1 amont 183 pb MNKKIFCILVCIISLISLAIIFPWGWSI Streptococcus pneumoniae CGSP14 SPCG_0110* -1 amont (183 pb) MNKKIFCILVCIISLISLAIIFPWGWPI Streptococcus pneumoniae TCH8431/19A HMPREF0837_10406 -1 amont 183 pb MNKKIFCILVCIISLISLAIIFPWGWSI Streptococcus pneumoniae 70585 SP70585_0179 -1 amont 183 pb MNKKIFCILVCIISLISLAIIFPWGWSI Streptococcus mitis B6 smi_1977 -1 amont 184 pb MNKKVFRFLVVLAFLFSIATVFPWGWPI

Fam

ille Listeria

Listeria innocua Clip11262 lin2541 -1 amont 76 pb (MKKEGED)MLTLFKSINWLF Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 lse_2346 -1 amont 76 pb (LKKEGKN)MLTFLTSINWIF Listeria monocytogenes EGD-e lmo2447 -1 amont 76 pb (MKKEGED)MLTLLKSINWLF Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 LMOf2365_2420 -1 amont 76 pb (MKKEGED)MLTLLKSINWLF Listeria monocytogenes serotype 4b str. CLIP 80459 Lm4b_02416 -1 amont 76 pb (MKKEGED)MLTLLKSINWLF Listeria monocytogenes HCC23 LMHCC_0153 -1 amont 76 pb (MKKEGED)MLTFLTSVNWLF Listeria monocytogenes 08-5923 LM5923_2592 -1 amont 76 pb (MKKEGED)MLTLLKSINWLF Listeria monocytogenes 08-5578 LM5578_2643 -1 amont 76 pb (MKKEGED)MLTLLKSINWLF

a _{Les annotations sont issues de la base de données GenBank ;} b _{Les termes « -1 » et « 1 » indiquent respectivement une localisation amont ou avale de la spCDS codant le} peptide détecté par rapport au gène rgg de référence ; c Distance nucléotidique entre les ATG de la spCDS et le gène rgg de référence, donnée précisée uniquement quand les gènes sont divergents ; d La majorité des peptides de cette famille sont annotés dans GenBank. L’astérisque indique une annotation du démarrage de transcription du rgg différente de celle identifiée pour la majorité des gènes rgg du groupe. La lettre « C » indique que les parties 3’ de la spCDS et 5’ du gène rgg se chevauchent.

Les peptides appartenant à la seconde famille appelée « mitis 2 » sont quant à eux retrouvés dans 7 des 12 souches séquencées de S. pneumoniae ainsi que dans l’unique souche séquencée de S. mitis disponible au moment de l’analyse. Les caractéristiques générales de ces peptides, nommés peptidesSHOW_mitis2, sont présentées dans le Tableau 13.

Cette famille de peptides présente différentes caractéristiques telles que la présence de résidus basiques en N-terminal, d’un stretch hydrophobe au niveau de leur partie centrale et d’acides aminés aromatiques (une phénylalanine et deux tryptophanes) en C-terminal.

¾ Identification d’une nouvelle famille de peptides spécifique du genre Listeria. Sur la base des similarités de séquences des peptides codés par les spCDS, une famille de peptides a pu être distinguée à l’échelle du genre bactérien. Ces peptides, identifiés au sein du genre Listeria, sont représentés dans 8 des 9 souches séquencées disponibles au moment de l’analyse et présents à la fois dans les génomes des souches pathogènes et non pathogènes. Les caractéristiques générales de ces peptides, nommés peptidesSHOW_listeria,

sont présentées dans le Tableau 13. De manière inattendue, l’analyse de ces loci a révélé une possible erreur d’annotation des démarrages de traduction de ces peptides. En effet, une séquence peptidique conservée en N-terminal, correspondant à MKKEGED, attribuerait à ces peptides de nouveaux critères ; telle qu’une sécrétion potentielle du à la présence de lysines et la présence d’un aspartate conservé (Tableau 13).

¾ Identification de peptides « souche spécifique »

Dans cette étude, ont été considérés comme peptides « souche specifique » tous les peptides présentant des caractéristiques intéressantes (Tableau 12) mais détectés dans moins de la moitié des souches séquencées d’une espèce considérée ou dans toute espèce ne présentant qu’une souche séquencée au moment de l’analyse. Les caractéristiques générales de ces peptides sont présentées dans le Tableau 14.

Les peptides « souche specifique » ont été identifiés au sein de 4 espèces appartenant au groupe des streptocoques (pneumoniae, mutans, sanguinis et equi). Tous possèdent des lysines dans la partie N-terminale de leur séquence peptidique. Le peptide retrouvé chez S. pneumoniae à la particularité d’être riche en acides aminés aromatiques et plus particulièrement en tryptophane. Le peptide identifié chez S. sanguinis présente également cette particularité mais de manière plus localisée dans sa partie C-terminale. Les spCDS codant ces peptides isolés sont localisées en amont de la protéine régulatrice Rgg alors que celles codant les peptides isolés identifiés chez S. mutans et S. equi sont en aval du régulateur. Les séquences peptidiques de ces deux derniers peptides sont quant à elles

Tableau 14 – PeptidesSHOW « souche spécifique » présentant des caractéristiques intéressantes.

Peptide détecté par le logiciel SHOW

Localisationb Séquence

Streptococcus pneumoniae

4 souches séquencées sur 12 -1 amont MGFKKYLKNLPKNSGFLIWSWIQLIWFETWFWG

Streptococcus sanguinis SK36

1 souche séquencée -1 amont MKKIVYNLILLAVTSIVTTSVFPWWWLWW

Streptococcus mutans NN2025

1 souche séquencée sur 2 1 aval MKLRKLLIAIVTFWFICGGC

Streptococcus equi subsp. zooepidemicus

MGCS10565

1 souche séquencée sur 3

1 aval MKLLHLLKIAAVVFLLIPPIIF

Tableau 15 – Identification d’une famille de peptides « sans » critère au sein de l’espèce

Streptococcus pneumoniae.

Peptide détecté par le logiciel SHOW

Localisationb Séquence

R6 1 amont MSRKDVTVTIF

D39 1 amont MSRKDVTVTIF

TIGR4 1 amont MSRKDVAVTIF

JJA 1 amont MSRKDVAVTIF

Taiwan19F-14 1 amont MSRKDVAVTIF

G54 1 amont MSRKDVTVTIF

CGSP14 1 amont MSRKDVAVTIF

ATCC 700669 1 amont MSRKDVAVTIF

TCH8431/19A 1 amont MSRKDVAVTIF

70585 1 amont MSRKDVAVTIF

Hungary19A-6 1 amont MSRKDVTVTIF

riches en acides aminés hydrophobes et trois acides aminés aromatiques sont présents dans la partie C-terminale du peptide de S. mutans.

La localisation sur l’arbre phylogénétique des protéines Rgg et Rgg-like de l’ensemble des familles ou peptides « souche specifique » décrits dans cette partie est présentée en Annexe 3.