I NFLUENCE DU TYPE DE CROISEMENT SUR LA VALEUR DES DESCENDANTS

3.2.1 Les différents types de croisement observés

A partir des résultats de l’analyse de paternité nous avons identifié, pour 321 descendants de l’essai, le type de croisement lié au degré d’apparentement entre les géniteurs :

- autofécondation : 18 individus ;

- croisements entre demi-frères : 38 individus ;

- croisements intra provenances avec apparentement possible mais inconnu entre les géniteurs :

67 individus ;

- croisements inter provenances en prenant comme hypothèse qu’il n’y pas d’apparentement entre les géniteurs : 198 individus.

3.2.2 Comportement général de la population

A 37 mois, la hauteur moyenne de l’essai était de 12,5 ± 2,2 mètres correspondant à un accroissement moyen annuel de 4 mètres (tableau 35). La circonférence moyenne est de 47 ± 9 centimètres soit un diamètre moyen de 16 centimètres et la productivité atteignait 19 m3_ha-1_an-1 _à 3 ans. Les valeurs extrêmes pour ces caractères étaient de 448 et 1750 centimètres pour la hauteur, 13 et 70 centimètres pour la circonférence et 2,3-158 dm3 _{pour le volume individuel. Le} peuplement était, à cet âge, encore en pleine croissance que ce soit en hauteur ou en diamètre (figure 47) et les effets de compétition n’étaient pas encore perceptibles. Pour tous les caractères considérés, les coefficients de variation diminuent jusqu’à 23 mois pour se stabiliser au-delà (tableau 35).

Tableau 36. Résultats de l’analyse de variance de l’essai de descendances de 9 à 37 mois - Effets famille et type de croisement

Caractère F ddl 9 mois 12 mois 23 mois 31 mois 37 mois Hauteur F famille 28 1,42 n.s. 1,28 n.s. 2,29 *** 2,47 *** 2,19 *** F croisement 3 7,69 *** 7,11 *** 8,01 *** 8,93 *** 5,91 *** Circonférence F famille 28 - 1,88 ** 1,71 * 2,02 ** 2,21 ** F croisement 3 - 9,51 *** 12 ,12 *** 12,12 *** 14,02 *** Volume F famille 28 1,50 n.s. 1,96 ** 2,02 ** 2,55 *** 2,41 *** F croisement 3 7,01 *** 7,96 *** 10,14 *** 8,40 *** 10,19 *** (n.s., * ,** ,*** : non significatif au seuil de 5%, significatif au seuil de 5, 1, 0,1%)

Tableau 37. Comparaison de la valeur agronomique des descendants entre les différents niveaux d’apparentement des géniteurs

9 mois 12 mois 23 mois 31 mois 37 mois

Croisement 2 3 4 2 3 4 2 3 4 2 3 4 2 3 4 Hauteur 1 <0,001 <0,001 <0,001 0,002 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 0,002 0,006 <0,001 2 - 0,954 0,610 - 0,453 0,062 - 0,430 0,167 - 0,654 0,068 - 0,489 0,242 3 - - 0,538 - - 0,257 - - 0,569 - - 0,013 - - 0,039 Circonférence 1 - - - <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 2 - - - - 0,628 0,026 - 0,237 0,033 - 0,2280 0,005 - 0,388 0,022 3 - - - 0,066 - - 0,356 - - 0,1064 - - 0,141 Volume 1 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 <0,001 2 - 0,219 0,597 - 0,743 0,116 - 0,416 0,175 - 0,390 0,032 - 0,652 0,086 3 - - 0,387 - - 0,191 - - 0.609 - - 0,192 - - 0,186

(1, 2, 3, 4 : respectivement croisement en autofécondation, entre demi-frères, deux arbres de même provenance et entre deux arbres de provenances différente, Probabilités test T, souligné : significatif au seuil de 5%).

Figure 48. Courbes de croissance, de 9 à 37 mois, en hauteur, circonférence et volume des descendants selon le degré d’apparentement des géniteurs

Figure 49. Effet de la dépression consanguine due à l’autofécondation sur la valeur agronomique des

0 10 20 30 40 50 60 70 80 5 9 13 17 21 25 29 33 37 Mois (d m 3 ) 0 200 400 600 800 1000 1200 1400 5 9 13 17 21 25 29 33 37 Mois (c m ) 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 5 9 13 17 21 25 29 33 37 Mois (c m )

A utof écondation Crois. 1/2 f rères Crois. intraprov. Crois. interprov.

Hauteur _{C irconférence Volume}

0 20 40 60 80 100 9 12 23 31 37 Age (mois) Ta ux d e dé pr essi on (% ) Hauteur Circonférence Volume

3.2.3 Effet du type de croisement sur la croissance des individus

Nous avons utilisé le modèle mixte d’analyse de variance à deux critères de classification (famille et type de croisement) :

Yijk = µ + α + i βj+ εijk

Où :

Yijk est la valeur pour le caractère considéré de la famille i du croisement j de l’individu k µ = moyenne de l’essai

i

α = effet de la famille i de variance 2

l

σ , i = 1,…,29

j

β = effet fixe du type de croisement j, j = 1,…,4 (1 : autofécondation, 2 : croisement entre ½ frères, 3 : croisement intra-provenance, 4 : croisement inter-provenance)

ijk

ε = erreur résiduelle de variance 2

e

σ

L’analyse de la variance montre des effets significatifs du type de croisement que ce soit sur la hauteur, la circonférence ou le volume (tableau 36). Quel que soit l’âge ou le caractère de croissance, les descendants provenant des évènements d’autofécondation se distinguent de manière significative avec les autres types de croisements (tableau 37). L’expression de la dépression consanguine liée à l’autofécondation est estimée par la comparaison des caractères de croissance à un âge donné. La comparaison des courbes de croissance montre pour la circonférence et le volume, que l’expression de la consanguinité augmente avec l’âge au moins jusqu’à 37 mois, cette tendance est moins évidente pour la croissance en hauteur (figure 48). En comparant la moyenne de ces caractères des individus autofécondés et ceux issus de croisements entre géniteurs apparentés, le taux de dépression consanguine varie selon le caractère de croissance (figure 49) :

- il diminue de 32 à 18% sur la hauteur ;

- il se maintient aux alentours de 35% pour la circonférence ; - il se situe entre 50 et 65% au niveau du volume.

Cet effet est moins marqué en comparant les individus issus de croisement entre demi-frères et ceux issus de géniteurs non apparentés. Le taux de dépression consanguine atteint, respectivement 5, 10 et 17% sur la hauteur, la circonférence et le volume.

Quatrième chapitre – Résultats : Evolution de la diversité génétique et valeur de la descendance

3.2.4 Analyse génétique de l’essai de descendances

L’analyse les effets génétiques correspondant aux 30 familles de demi-frères passe par l’estimation des composantes de la variance génétique dans la population. Elle repose sur les données d’inventaires recueillies de 9 à 37 mois.

En éliminant les individus issus d’autofécondation et ceux des croisements entre demi-frères, le plan de croisement est constitué de 265 descendants mettant en jeu 29 géniteurs femelles et 146 géniteurs mâles, soit 235 combinaisons. Le nombre de descendants par géniteurs mâles ou femelles n’est pas suffisant pour reconstituer un plan de croisement suffisamment complet pour estimer les effets additifs et les effets de dominance.

3.2.4.1 Ajustement du dispositif

L’estimation des paramètres génétiques dépend de la robustesse du dispositif, nous avons donc cherché à l’optimiser. Avant d’utiliser le modèle d’analyse présenté précédemment, nous avons vérifié, dans l’essai, l’existence ou non d’effets terrains liés soit à la topographie ou à la fertilité du sol. Nous avons découpé l’essai en ligne et en colonne correspondant aux lignes de plantations (annexe 9). Nous avons utilisé le modèle mathématique suivant :

Yijk = µ + α + i β + j ε ijk

Où :

Yijk est la valeur pour le caractère considéré de l’arbre k placé à l’intersection de la ligne i et de la colonne j

µ = moyenne de l’essai

i

α = effet fixe de la ligne i, i = 1, …, 30

j

β = effet fixe de la colonne j, j = 1, …, 20

ijk

ε = erreur résiduelle de variance 2

e

σ

Nous avons mis en évidence des effets lignes et colonnes significatifs. La croissance en hauteur des arbres est inférieure dans les zones marginales du verger (figure 50, page suivante). La fertilité des sols est plus faible quand le terrain est en pente. Sur cette base, nous avons modifié le dispositif expérimental (annexe 11) en :

Figure 50. Comparaison de la hauteur moyenne par colonne de l’essai de descendances

Tableau 38. Résultats de l’analyse de variance de l’essai de descendances de 9 à 37 mois - Effets familles sur les caractères de croissance

Caractère F ddl 9 mois 12 mois 23 mois 31 mois 37 mois Hauteur F famille 29 1,21 n.s. 1,77 ** 2,65 *** 2,76 *** 2,67 ***

Circonférence collet F famille 29 1,01 n.s. - 1,36 n.s. 1,43 n.s. 2,01 **

Circonférence à 1,3 mètres F famille 29 - 1,85 ** 1,56 * 1,77 ** 2,06 **