L'antibiotique est incorporé dans un milieu gélosé coulé en boîtes de Pétri. La surface de la gélose est ensemencée avec un inoculum des souches à étudier. Après incubation, la CMI de chaque souche est déterminée par l'inhibition de la croissance sur le milieu contenant la plus faible concentration d'antibiotique. La méthode de dilution en milieu gélosé, réalisée avec une gamme de concentrations en progression géométrique de raison 2 est la méthode de référence.
Dans la pratique courante, les méthodes de dilution sont de mise en œuvre délicate et/ou onéreuse et elles sont réservées à des laboratoires spécialisés.
b. Méthodes de diffusion en milieu gélosé: antibiogramme standard [5]
Les méthodes de diffusion ou antibiogrammes standards sont les plus utilisées par les laboratoires de diagnostic.
Une ou plusieurs boites selon les cas, contenant le milieu de Mueller-Hinton spécifiquement destiné à cette méthode, sont inoculées à l’écouvillon en stries superficielles serrées en trois « couches » successives et perpendiculaires à l’aide de la suspension bactérienne préalablement calibrée. L’usage de l’écouvillon offre l’avantage sur l’ancienne technique par inondation d’éviter le temps de séchage, véritable pré-culture, avant disposition des disques imprégnés. Les disques imprégnés d’antibiotiques sont alors disposés à la surface de la gélose et l’antibiotique diffuse très rapidement de manière concentrique autour de chaque disque. Ensuite les boites sont incubées à 37°C dans les conditions requises (atmosphère ambiante, sous tension réduite en , en anaérobiose…).
La lecture et l’interprétation peuvent être effectuées dans un délai minimal de 16 à 18 heures dans le cas d’espèces à croissance rapide, notamment les entérobactéries. La lecture consiste à mesurer le diamètre d’inhibition autour de chaque disque permettant l’estimation de la concentration minimale inhibitrice.
Figure 38: Exemple d’antibiogramme avec des zones d’inhibition.
c. Méthodes automatisées : [5]
Il existe deux principaux automates réalisant l’identification bactérienne et son antibiogramme.
Le Vitek II (bioMérieux) est presque totalement automatisé, il utilise des consommables à la limite de la miniaturisation (format carte à puce), réalise des identifications dans la limite de 3 à 6 heures et des antibiogrammes dans un délai de 7 à 18 heures. La seule étape manuelle reste la standardisation de l’inoculum, l’automate exécute de sa part toutes les inoculations, la lecture des galeries à intervalles réguliers, l’interprétation phénotypique par un système expert intégré et le transfert final des données vers le système informatique du laboratoire.
Le Phoenix (Becton-Dickinson) est analogue au précédent dans son fonctionnement, mais est moins automatisé car la standardisation de l’inoculum et l’inoculation des galeries
9. Interprétation des résultats : [6]
Les résultats quantitatifs (CMI en mg/L) sont le plus souvent interprétés par les laboratoires en termes de possibilité thérapeutique. Cette interprétation consiste à comparer les valeurs des CMI avec les concentrations critiques établies pour les diverses classes d'antibiotiques.
Si, pour un antibiotique donné, la CMI d’une souche est inférieure à la concentration critique inférieure, la souche est qualifiée de sensible (S).
Si la CMI d’une souche est supérieure à la concentration critique supérieure, la souche est qualifiée de résistante (R).
Si la CMI est comprise entre les deux concentrations critiques, la souche est dite de sensibilité intermédiaire (I).
La confrontation des CMI aux concentrations critiques permet donc aux laboratoires de donner les résultats sous la forme de bactérie sensible, intermédiaire ou résistante à un antibiotique.
Tableau XXII: Critères de catégorisation selon les valeurs critiques. [69]
Catégorie CMI (mg/l) Diamètre (mm)
S CMI ≤ c Diamètre ≥ D
R CMI > C Diamètre < d
L’analyse de ces résultats doit être complétée par une lecture interprétative. Cette lecture est fondée sur la connaissance des phénotypes de résistance, elle nécessite une identification correcte de la souche et une méthode d'antibiogramme parfaitement standardisée. La mise en évidence de phénotypes de résistance hautement improbables compte tenu de l'identification de la souche doit conduire à vérifier l'identification bactérienne, à contrôler la pureté de l'inoculum et à contrôler la technique de l'antibiogramme.
E. Antibiorésistance des germes uropathogènes :
La résistance aux antibiotiques est la capacité d’une souche bactérienne de survivre suite à l’exposition à un antibiotique spécifique. Les bactéries peuvent acquérir de la tolérance et de la résistance de plusieurs façons. Elles produisent facilement des mutations et sont souvent l’objet d’insertions génétiques, d’une génération à l’autre.
Le principal facteur de risque de résistance consensuel est l’exposition antérieure aux antibiotiques. Il est, en effet, actuellement reconnu que l’utilisation d’un antibiotique ou d’une classe d’antibiotiques est la cause de la progression de la résistance bactérienne à cet antibiotique. Ainsi, les taux de résistance observés sont étroitement liés à la quantité d’antibiotique utilisée. [76,77,78,79]
Fait important, l’exposition à une famille d’antibiotiques peut sélectionner des bactéries résistantes à d’autres familles d’antibiotiques par le biais de mécanismes croisés.
Il est intéressant de noter que même dans les infections urinaires non compliquées, y compris les cystites, le pathogène le plus souvent responsable, E. Coli, peut être organisé en biofilms avec des éléments sessiles enrobés dans une vaste couche visqueuse. Cette organisation confère aux micro-organismes infectants une sorte d’antibiorésistance phénotypique malgré l’absence des gènes qui commandent normalement la perte de sensibilité [71].
Ainsi, 40 % des E. Coli sont résistants à l'ampicilline, 25 % des E. Coli sont résistants à l’association « ampicilline + ac. Clavulinique » et 15-20 % des E. Coli sont résistants au cotrimoxazole. Par exemple, dans le cas de souches d’Escherichia coli résistantes au cotrimoxazole, le taux d’éradication obtenu avec le médicament trouvé inactif in vitro n’est pas satisfaisant (<50%) par rapport aux résultats obtenus lorsque le germe est sensible (>90%) [71]. C’est pourquoi les recommandations internationales préconisent de ne pas utiliser empiriquement un antibiotique classique (cotrimoxazole, quinolones et surtout béta-lactamines) en raison du risque non négligeable de résistance pouvant s’élever à 20% [72]. La fosfomycine trometamol qui, comme déjà mentionné, présente une sensibilité quasi constante et élevée (98.1%) pour E. Coli comparativement aux autres antibiotiques [73] possède, en outre, la capacité unique de freiner la sélection ainsi que la diffusion des clones résistants, particulièrement chez E. Coli [71]. De plus, intervient probablement aussi une propriété nouvelle récemment mise en évidence, la capacité de la fosfomycine trométalmol à inhiber la formation des biofilms de E. Coli présents dans la vessie lors de cystites aiguës, et même à en favoriser la destruction ce qui contribue à prévenir les récidives et l’installation d’une infection chronique
[74,75].
Par ailleurs, les résistances bactériennes se développent tout particulièrement dans la flore digestive compte tenu de son abondance (109 bactéries/g de selles). Comme les IU sont d’origine ascendante, à partir de la flore périnéale, elle-même reflet de la flore digestive, cette pression de sélection a un retentissement clinique certain.
Cela a été montré dans différents travaux rapportant une prévalence de résistance plus élevée pour les souches isolées de patients préalablement exposés à des antibiotiques. Ainsi, une exposition aux bêtalactamines ou aux quinolones dans les six mois précédant une IU augmente le risque de souche résistante.
F. Traitement de l’infection urinaire :
Le traitement associe une antibiothérapie et le traitement des anomalies urologiques lorsqu’elles existent; leur ignorance explique certains échecs de l’antibiothérapie.
Dans le choix des molécules disponibles entrent en ligne de compte : l’activité sur les germes, la concentration urinaire et la stabilité physico-chimique aux changements de pH. Les germes responsables d’infections urinaires communautaires n’ont plus la même sensibilité qu’il y a deux ou trois décennies.
Dans les années soixante-dix, 100 % des E. coli étaient sensibles à l’amoxicilline. En 1992
en France, 40 % des E. coli étaient résistants à l’amoxicilline et à ce jour, 25 % sont résistants à
l’association amoxicilline-acide clavulanique [80, 81, 82]. La résistance à l’ampicilline est souvent croisée avec la résistance aux fluoroquinolones [81].
L’antibiotique doit avoir une bonne concentration dans le parenchyme rénal et les urines :
les grandes molécules (pénicillines, céphalosporines, carbapénèmes, aminosides,
fluoroquinolones) sont des possibilités thérapeutiques. La toxicité doit être la plus faible possible. La prescription d’aminosides ne doit se faire qu’en association, pour une durée la plus courte possible en adaptant la posologie à l’aide d’un monitorage des taux sériques.
1. Traitement de la cystite :
1.1 Cystite aiguë simple chez la femme jeune non enceinte :
Un traitement antibiotique court (monodose ou trois jours) est recommandé en raison du bénéfice établi en terme d’efficacité, d’une meilleure observance, d’effets indésirables moindres et d’économie [83]. Lorsqu’ on compare, pour un même antibiotique, un traitement monodose et un traitement plus long, le traitement monodose est en général moins efficace. La plupart des antibiotiques donnés trois jours sont aussi efficaces que le même antibiotique donné plus longtemps. [6]
Le choix préférentiel de l’antibiotique doit retenir une molécule à élimination urinaire prolongée.
Un traitement monodose est possible avec la fosfomycine-trométamol (Monuril®), l’ofloxacine (Oflocet ® 400 mg), la ciprofloxacine (Ciproxine® 500 mg), ou le trimethoprime + sulfamethoxazole ou cotrimoxazole (Bactrim® 3cp).
Un traitement de 3 jours est possible pour le cotrimoxazole, la lomefloxacine (Logifl ox® 400 mg) ou la norfloxacine (Noroxine® 400 mg).
Un traitement long de 5 à 7 jours est recommandé pour les autres molécules et notamment pour la nitrofurantoine, la pivmécillinam, le céfixime, l’association aminopénicilline-acide clavulanique. [84, 85]
Le choix de l’antibiotique doit aussi tenir compte de la sensibilité des germes aux antibiotiques.
C’est pourquoi, le choix de 1re intention se limite essentiellement à deux familles : la fosfomycine-trométamol et les fluoroquinolones ayant obtenu l’Autorisation de Mise sur le Marché dans cette indication.
Si les fluoroquinolones ont une excellente activité sur les souches sensibles, il existe une augmentation de la résistance acquise diversement appréciée mais pouvant atteindre 10 % en France. Il est donc important d’avoir une stratégie d’épargne de cette classe dans les cystites aiguës simples au profit des pathologies potentiellement plus sévères.
Il faut souligner d’autre part qu’en prise unique et contrairement au traitement de 3 jours, les fluoroquinolones ne sont pas suffisamment actives sur les infections à S. saprophyticus. [7]
Stratégie générale devant une cystite aigue simple :