Comme les levures, les bactéries lactiques font aussi partie de la flore microbienne du raisin, du moût et du vin. Le pH acide, la concentration en éthanol et la composition des vins finis exercent des pressions sélectives vis-à-vis des bactéries. Seul un petit nombre d’espèces parvient à se développer dans les moûts et les vins. Les espèces le plus souvent rencontrées en œnologie appartiennent aux genres Pediococcus, Leuconostoc, Oenococcus et Lactobacillus. La présence de ces bactéries lactiques sur les raisins est faible, soit environ 100 cellules/gramme de baie (Lafon- Lafourcade et al. 1983). Le niveau de population dépend fortement des conditions climatiques pendant les derniers jours de maturation, de la maturité et de l’état sanitaire du raisin. Les populations sont plus élevées sur des raisins matures ou présentant un mauvais état sanitaire. Lorsque la maturation se termine par une période chaude et peu pluvieuse, des bactéries sont présentes en plus grand nombre sur les raisins. Elles sont plus rares après une période de pluie. Néanmoins, cette flore initiale est toujours faible et complétée par des bactéries recueillies naturellement sur le matériel vinicole au cours des différentes étapes qui précèdent la mise en cuve. Bien qu’on puisse trouver dans les vins les bactéries indigènes du raisin, les bactéries sont également originaires de parties d’équipement de la cave, comme dans le cas des levures. Très rapidement, à l’occasion des diverses opérations qui suivent la cueillette et vont jusqu’à la mise en cuve, le moût est ensemencé, probablement par le matériel avec lequel il entre en contact. Ainsi, au fur et à mesure de la période de récolte, les bactéries comme les levures colonisent le chai. Il n’est pas encore clair laquelle des deux voies d’ensemencement naturel est la plus importante.
Tout au long de la vinification, la microflore lactique évolue, non seulement en nombre mais aussi en variétés d’espèces. Les bactéries isolées sur les raisins avant la récolte appartiennent principalement aux espèces Lactobacillus plantarum, L. hilgardii et L. casei (Carre, 1982). L’espèce Oenococcus oeni anciennement appelé Leuconostoc oenos (Dicks et al. 1995) qui devient plus tard la plus importante, se trouve rarement sur les feuilles ou les raisins et seulement à de très faibles concentrations ; elle est en effet peu présente au début de la vinification. Les Lactobacilles et les Pédiocoques se trouvent plus fréquemment sur les raisins qu’Oenococcus oeni. De toutes ces
espèces, cette dernière est considérée comme la plus tolérante aux conditions physico-chimiques contraignantes du vin et est donc responsable de la fermentation malolactique dans la plupart des cas.
Le nombre total de bactéries lactiques atteint 103 à 104 cellules/mL après pressurage (Costello et al.
1983). Les moûts de raisin juste après leur arrivée dans la cuve contiennent une microflore très variée appartenant généralement aux espèces : Lactobacillus plantarum, L. casei, L. hilgardii, L. brevis, Pediococcus damnosus, P. pentosaceus, Leuconostoc mesenteroides, Oenococcus oeni. Mais dans le cas d’un mauvais état sanitaire ou quand les conditions de transport et/ou la propreté des
équipements de la cave ne sont pas optimales, il est possible d’avoir jusqu'à 106 cellules/mL, soit
autant qu’une population de levures en début de fermentation alcoolique, d’où les risques de compétition. Par ailleurs le pH des moûts de raisin très murs est généralement plus élevé. Ce facteur est absolument déterminant pour le niveau de la population bactérienne et pour son évolution. Dans l’élaboration des vins qui nécessitent une fermentation malolactique, la microflore bactérienne totale passe par plusieurs phases. Pendant les premiers jours de la fermentation alcoolique, les bactéries et les levures se multiplient. Les levures mieux adaptées au moût de raisin, se développent très rapidement à des populations élevées. Très souvent une première croissance des bactéries lactiques peut être observée en même temps que la croissance des levures mais elle reste limitée à
104-105 cellules/mL (Lafon-Lafourcade et al. 1983). Cette croissance dépend des conditions
physico-chimiques du milieu et elle est d’autant plus importante que le pH est haut et que la
concentration de SO2 est faible (Henick-Kling et Park, 1994). La croissance des bactéries lactiques
au début de la fermentation alcoolique est transitoire. Pendant la phase la plus active de la fermentation alcoolique et jusqu'à l’épuisement des sucres, les bactéries régressent rapidement
jusqu'à 102-103 cellules/mL ou encore plus bas à cause de la compétition avec les levures et des
conditions du milieu. Au cours de la fermentation alcoolique, une sélection naturelle des différentes espèces de bactéries lactiques s’opère progressivement et à la fin de la FA seules les espèces les plus résistantes au milieu alcoolisé persistent. Ainsi les différentes espèces disparaissent au profit
d’O. oeni (Lonvaud-Funel, 1992). A la fin de la fermentation alcoolique il restera 102 à 103
cellules/mL d’O. oeni. C’est cette espèce qui se multipliera par la suite et constituera la microflore responsable de la FML. Il est possible que des représentants d’autres espèces subsistent à des populations résiduelles très faibles et après la FA certaines peuvent même se multiplier si le vin est mal protégé ce qui pourra l’altérer.
Concernant la transformation de l’acide malique, cette dernière est déclenchée dès que le niveau de
la population devient suffisant pour la démarrer (en général 106 cellules/mL). Elle peut s’étendre sur
ou continuer au début de la phase de déclin. Si les conditions sont favorables, elle peut être achevée avant la fin de la croissance.
Finalement, à la fin de la FML, il est primordial de sulfiter le vin pour éliminer toute population bactérienne viable.