Discussion

2.4.1. Bâtiment agricole expérimental, conditions environnementales et

phi6

Les conditions expérimentales choisies avec les membres intervenants de l’IRDA se sont souvent avérées difficiles à appliquer, notamment à cause du système de chauffage qui mettait quelques heures à créer suffisamment de chaleur. Néanmoins, les écarts des moyennes de températures entre le 18,0 °C visé et les températures obtenues lors des essais sont demeurés à l’intérieur de 2,0 °C l’hiver et de 3,0 °C l’été, et correspondant avec les écarts prévus par l’ASAE (Zhang 1994).

Les taux moyens d’humidité relative durant les saisons d’hiver étaient très bas, soit 19,2% lors des essais de 2013 et 15,5% lors des essais de 2014. L’incapacité à obtenir un signal en qPCR pour ces deux saisons a suscité des doutes sur la résistance ou la stabilité de la structure des acides nucléiques du bactériophage phi6 a très basse humidité relative. Lors d’une étude récemment publiée sur la résistance aux stress environnementaux de différents bactériophages, il est mention que phi6 restait infectieux jusqu’à des taux d’humidité relative aussi bas que 20% lorsque nébulisé avec un dispositif similaire à celui utilisé lors des essais (Verreault et al. 2015). Comme la présente étude ne s’intéresse pas à l’infectivité, mais bien à la détection des structures génomiques du virus par des techniques moléculaires, il est difficile d’imaginer qu’un virus soit toujours intact et infectieux à 20% d’humidité relative et désintégré à 17%. Ainsi, des expériences ont été effectuées à l’été 2014 afin de créer en laboratoire des conditions d’humidité relative excessivement basses dans le but d’observer le comportement du génome de phi6. Nous n’avons pas réussi à faire abaisser l’humidité relative au-dessous d’une moyenne 22%. Toutefois, cette série d’expériences a pu démontrer que l’échantillonneur choisi, l’IOM, présentait une variabilité des résultats moindre que les résultats obtenus avec le «Biosampler» lorsque l’infectivité n’était pas concernée.

Il convient également de mentionner que la présence d’animaux dans le BAE aurait grandement affecté les conditions environnementales. La respiration des animaux, les abreuvoirs et les déjections auraient haussé les taux d’humidité relative et les concentrations de particules dans l’air. Les radiations et les mouvements créés par les animaux auraient également généré des différences majeures dans la dispersion des particules et, en conséquence, la résultante des forces sur celles-ci.

2.4.2. Filtres de nitrocellulose et fluorescence

Bien que les analyses en microscopie à fluorescence aient permis d’observer des signaux d’intensité suffisante pour la détermination d’une valeur pour la majorité des échantillons, certains d’entre eux ont nécessité des ajustements particuliers, notamment à cause de la friabilité de la matrice de nitrocellulose. Ces filtres noirs et quadrillés étaient facilement partageables en deux parties et permettaient

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théoriquement de faire l’observation systématique du même carreau pour tous les échantillons. Or, il s’avère que ces filtres perçaient facilement lorsque les poussières s’y impactaient durant les échantillonnages. Ces trous minuscules laissaient passer la lumière lors des observations en microscopie et rendaient difficile la quantification du signal puisque les carreaux n’étaient pas toujours les mêmes. De plus, lorsque les taux d’humidité de l’air en été étaient élevés, la goutte de liquide de montage, qui était déposée sur le filtre, faisait diffuser une partie de la solution vers l’extérieur de la matrice. Toutefois, comme cette diffusion était équivalente pour tous les échantillons, et que les valeurs étaient exprimées en valeurs d’intensité relative, les mesures ont été enregistrées comme telles et retenues pour l’étude. Une solution de montage hydrophobe pourrait toutefois être mieux adaptée pour cette application.

2.4.3. L’absence de génome et l’inconsistance de la fluorescence sont

indissociables

Il ne fut pas possible de cibler le problème à l’origine de l’absence de signal en biologie moléculaire observée lors des saisons d’hiver. Toutefois, il convient de noter qu’associée à cette problématique, l’intensité du signal en fluorescence obtenue en hiver ne fut pas aussi significativement dirigée vers une localisation précise non plus. De fait, les résultats en fluorescence à hiver 2013 n’ont pas démontré significativement une variation de signal entre les localisations (P=0,066). En ce qui a trait aux essais d’hiver 2014, une variation significative entre les localisations fut certes observée selon la formulation du liquide de nébulisation (P<0,0001 et P=0,002). Néanmoins, 3 voire 4 localisations ont présenté un taux d’intensité relative plus élevé, ce qui résulte au fait qu’il n’y a pas de supériorité significative du taux d’intensité relative obtenu entre les points B, L, K et G. Force est donc de constater que la problématique dans la méthode de détection de signal n’est pas liée à la stabilité du bactériophage, mais plutôt à la dispersion des particules dans l’air du BAE.

De nombreux scénarios sont possibles. Il pourrait être envisagé que les taux d’humidité relative et les températures de l’air plus bas qui ont été mesurés aient eu une influence sur les charges des particules, ou sur leur agglutination, et qu’elles se soient impactées plus facilement dans la conduite d’air. Il pourrait également être possible que si les particules avaient été plus lourdes, parce qu’elles n’étaient pas asséchées à ces basses températures, elles se soient sédimentées plus rapidement, évadant ainsi le système de capture du montage expérimental. Une autre possibilité pourrait être que dans des conditions d’humidité relative très basse, les propriétés statiques des filtres aient été influencées en inhibant la capacité d’élution des particules. Si effectivement les particules avaient été impactées irréversiblement sur les filtres, la quantification des bactériophages aurait été impossible. Dans tous les cas, l’utilisation d’une solution plus concentrée, une nébulisation plus longue ou un nébuliseur plus puissant, aurait possiblement pu favoriser l’observation de variations.

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