1) Description des données
1.1) Données mobilisées pour l’étude
Pour les quinze cheptels Mamovicap ainsi que pour toutes les autres exploitations Lacaune et Manech Tête Rousse, trois fichiers ont été traités afin d’étudier les relations entre la politique de réforme menée par les éleveurs, la morphologie mammaire et le statut sanitaire de la mamelle des brebis.
L’ensemble des données sont issues de la base de données nationale de SIEOL, regroupant l’ensemble des informations génétiques des élevages ovins lait. Des extractions de SIEOL depuis la base stockée au Centre de Traitement de l’Information Génétique* (CTIG) de Jouy-en-Josas (78) alimentent les fichiers d’étude SAS.
1.1.1) Trois fichiers d’étude
Dans le fichier relatif aux réformes, différentes informations nous intéressent : les groupes/sous-groupes/causes de réforme, la destination des animaux réformés, la date de sortie, le renseignement de cette date ainsi que le moment de mise en réforme des animaux. Cette base de données concerne les animaux sortis entre 2010 et 2015. Après suppression de certaines données non pertinentes, on obtient 9 586 brebis pour Mamovicap (Ma) et 377 447 pour Hors-Mamovicap (HMa) (annexe 4).
Pour le fichier relatif aux pointages des mamelles, on va s’appuyer sur les renseignements concernant la date de pointage et les différentes notes (Angle, Sillon, Distance plancher-jarret, Déséquilibre, Position des Trayons). Cette base de données concerne les brebis pointées entre 2010 et 2015. Après élimination de certaines observations, on ne possède que 8 512 ovins Ma et 222 041 HMa (annexe 4).
Dans le fichier relatif aux CCS, on va se pencher sur le rang de lactation des brebis ainsi que sur les taux cellulaires, les quantités de lait et les dates des six contrôles laitiers officiels de la campagne laitière. Cette base de données concerne les brebis soumises au contrôle laitier officiel entre 2010 et 2015. Après avoir réalisé un tri, on détient 36 695 animaux Ma contrôlés en CCS et 1 274 254 HMa (annexe 4).
1.1.2) Construction d’une base de données finale
Pour les cheptels Ma et HMa, on rassemble les trois fichiers triés sur les réformes, les pointages mammaires et les cellules en un seul fichier SAS. Pour se faire, on procède en deux grandes étapes :
-on fusionne les données sur les cellules et les pointages pour créer un fichier intermédiaire nommé F1. On considère la table de données Cellules appelée I et la table de données Pointages dénommée J. On associe ces deux jeux de données en prenant les données I ou J. Ainsi, le fichier F1 contient des données qui sont soit dans la table I ou J ou dans les deux. Il comporte donc trois cas possibles : des brebis pointées et contrôlées en CCS, des animaux pointés mais sans contrôle CCS et des ovins contrôlés en CCS mais non pointés.
-on assemble le fichier F1 avec les données sur les réformes. Afin d’y parvenir, on appelle le fichier 1, K et la table de données Réforme, M. On combine ces deux jeux de données en ne prenant que les observations K. La base de données finale obtenue contient des brebis qui sont obligatoirement dans la table K mais qui peuvent ne pas être dans la table M. Les animaux
19
pointés, contrôlés en CCS ou les deux, sont soit vivants et n’apparaissent donc pas dans le jeu de données M, soit réformés et sont donc contenus dans la table M.
L’élaboration de ce fichier SAS est résumée par un schéma simplifié (figure 13).
A la suite de cette fusion, on obtient 36 884 observations pour les quinze cheptels Ma et 1 277 784 pour les fermes HMa. On souhaite ne garder que les brebis primipares donc de première lactation car ces dernières représentent les animaux les plus pointés au sein de toutes les exploitations. Les données de l’année 2015 sont aussi supprimées car on juge que c’est trop récent : on n’a pas assez de recul pour bien évaluer les relations entre la politique de réforme menée par l’éleveur, la morphologie mammaire et le statut sanitaire du pis des brebis.
CELLULES
Fichiers:Mamovicap_CCS_15cheptels et Mamovicap_CCS
Observations : 36 695 pour Mamovicap et 1 274 254 pour les
autres cheptels
Nom donné au jeu de données : I
POINTAGES
Fichier : Pointages Observations : 8 512 pour Mamovicap et 222 041 pourles autres cheptels Nom donné au jeu de
données : J
REFORMES
Fichiers : Réforme et Réforme_tous_cheptels Observations : 9 586 pour Mamovicap et 377 447 pour les autres cheptels Nom donné au jeu dedonnées : M
FICHIER INTERMEDIAIRE F1
Nom donné au jeu de données : KStructure : si I ou J
BASE DE DONNEES FINALE
Structure : si KObservations : 36 884 pour Mamovicap et 1 277 784 pour les autres cheptels Figure 13 : Elaboration de la base de données finale à partir des trois fichiers triés
20
Pour les cheptels Ma, on se retrouve donc avec 8 008 animaux (6 074 pour le Rayon : 76% ; 1 934 pour les Pyrénées : 24%) et 271 034 ovins (199 116 pour le Rayon : 73% ; 71 918 pour les Pyrénées : 27%) pour celles HMa.
1.1.3) Cheptels mobilisés pour cette étude
Dans le cadre du projet Mamovicap, comme nous l’avons signalé, quinze cheptels participent au protocole, dont dix appartiennent à la zone Roquefort (se trouvant tous dans l’Aveyron) et les cinq autres sont situés dans les Pyrénées-Atlantiques.
Au sein de mon étude, on dénombre 736 exploitations HMa, dont 239 dans les Pyrénées-Atlantiques et 497 dans le Rayon. Parmi les 497 fermes Roquefort étudiées, 79% sont localisées dans l’Aveyron. Les autres exploitations du Rayon sont réparties dans les départements de l’Aude, du Gard, de l’Hérault, de la Lozère, du Tarn et du Tarn-et-Garonne (tableau II).
Départements Nombre de cheptels
Aude 1
Aveyron 392
Gard 2
Hérault 8
Lozère 27
Tarn 64
Tarn et Garonne 3
1.2) Obtention des informations sur la réforme, le pointage
mammaire et les CCS
1.2.1) Pour la réforme
Les éleveurs déclarent l’information de réforme, soit sur le carnet d’agnelage sous format papier, soit dans un logiciel « éleveur » sur pocket PC ou sur PC. Ils notent cette donnée de manière plus ou moins précise selon leur motivation et/ou leur expertise (ex : cas de problèmes sanitaires) à renseigner les causes et dates de sortie d’animaux. Ensuite, le technicien récupère l’information de réforme lors de son passage chez l’exploitant. Pour les sorties d’animaux notées dans le carnet d’agnelage, il les saisit sur SIEOL (CNBL, 2009). Pour les informations enregistrées dans le pocket, il les récupère depuis les logiciels « éleveurs » grâce à des interfaces avec SIEOL.
1.2.2) Pour le pointage des mamelles
Seules les brebis Lacaune et Manech, âgées d’un an et donc en première lactation, subissent le pointage des mamelles, une seule fois au cours de la campagne laitière et de leur carrière (Marie-Etancelin et al., 2005) ; (Allain et al., 2010). Dans le cadre du projet Mamovicap, toutes les brebis (première lactation et plus) du cheptel sont pointées. Le
Tableau II : Répartition des exploitations étudiées hors-Mamovicap, appartenant au Rayon Roquefort