Avenue de l’Agrobiopole –BP 32607 Auzeville Tolosane-31326 CASTANET TOLOSAN cedex
Projet de Fin d’Etudes
Encadrants:
Mr FRANCOIS Dominique (INRA)
Mr ASTRUC Jean-Michel (IDELE)
Tutrices ENSAT :
Mme VITEZICA Zulma
Mme BAYOURTHE Corine
Date de soutenance :
Le 8 septembre 2015
Politique de réforme des éleveurs de brebis
laitières selon la morphologie et la santé de
la mamelle
Brebis Manech (FGE, 2014)
Remerciements
Ce projet de fin d’études clôture mes trois ans d’apprentissage au sein de l’INRA Toulouse, Unité Génétique Physiologie et Systèmes d’Elevage (GenPhySe). J’ai rencontré beaucoup de personnes qui m’ont fait partager leurs savoirs et leurs connaissances. Grâce à elles, j’ai pu affiner mon parcours professionnel et côtoyer des scientifiques reconnus dans leur domaine au niveau international.
Mes remerciements s’adressent à:
-Mr ASTRUC Jean-Michel, mon maître d’apprentissage délégué pour le projet de fin d’études et ingénieur de recherche au sein de l’Institut de l’Elevage, pour son attention apportée à mon travail, sa patience, sa pédagogie, sa disponibilité et son savoir scientifique.
-Mr FRANCOIS Dominique, mon maître d’apprentissage et ingénieur de recherche à GenPhySe, qui m’a encadrée et permis de découvrir les différents objectifs et actions menés au sein de l’unité de recherche, durant mes trois années.
-Mme VITEZICA Zulma, ma tutrice et maître de conférences au Département des Sciences Animales de l’ENSAT, pour m’avoir prodigué beaucoup de conseils et aidé à me perfectionner dans mon cursus scolaire.
-Mme BAYOURTHE Corine, troisième correctrice de mon projet de fin d’études et enseignante-chercheuse au Département des Sciences Animales de l’ENSAT, pour son accompagnement dans le projet.
-Le personnel de la ferme du lycée agricole La Cazotte à Saint-Affrique (12) et les quinze éleveurs du projet Mamovicap pour leur accueil et leur gentillesse.
-L’ensemble du personnel de la ferme expérimentale ovine INRA « La Sapinière » à Bourges (18), pour m’avoir fourni de nombreux renseignements sur le fonctionnement et l’application des protocoles scientifiques menés.
-Mes parents, ma famille, ma meilleure amie qui m’ont encouragée et soutenue tout au long de mon parcours scolaire.
-Tous les agents GenPhySe, Mme Christèle ROBERT-GRANIE, l’équipe GESPR (Génétique et Sélection des Petits Ruminants), l’ensemble des thésards et des stagiaires, pour leur accueil, leur gentillesse, leur sympathie et leur attention.
Résumé
A l’origine, la sélection ovine laitière s’est centrée uniquement sur les caractères laitiers conduisant ainsi à une dégradation de la morphologie et de la santé des mamelles. Cette tendance est à l’origine de taux de réforme accrus pour des causes liées à la sphère mammaire, dans les cheptels ovins laitiers. Or, la réforme représente une décision stratégique économique et sanitaire, très importante, pour la conduite d’un cheptel. Nous avons donc voulu analyser toutes les données disponibles dans le système d’information génétique ovin lait, relatives aux réformes, aux pointages mammaires et aux CCS afin de les mettre en relation.
Pour cela, une analyse de données a été effectuée avec le logiciel statistique SAS. Nous avons réalisé une description approfondie des données, en essayant de dégager les principaux facteurs de variation des réformes (état morphologique de la mamelle au travers des pointages de mamelles, santé de la mamelle avec des données de cellules, appartenance au protocole Mamovicap et région d’élevage).
Il s’est avéré que les causes de réforme sont très peu renseignées, notamment dans le Rayon. Après les causes liées à la production laitière, les brebis laitières sortent majoritairement d’une exploitation pour des infections mammaires, surtout dans les Pyrénées. Nous avons relevé aussi que la politique de réforme des éleveurs ovins laitiers, est très liée à la morphologie et au statut sanitaire du pis des brebis.
Ainsi, la sélection des animaux, avec des mamelles bien conformées et résistantes aux mammites, doit se poursuivre dans l’intérêt de diminuer les réformes dues aux infections mammaires et d’améliorer ainsi les performances économiques des élevages. Il faut, également, susciter les éleveurs à mieux déclarer les causes de réforme et plus les sensibiliser, via des formations, sur les facteurs de risques des mammites.
Abstract
Originally, dairy sheep selection was only focused on dairy traits leading to udder’s morphology and health degradation. This tendency is the origin of increased culling rates due to mammary causes, in dairy sheep flocks. But, culling represents a very important economical and health strategic decision, in management flock. So, we have analyzed all available culling, udder scoring and CCS data included in dairy sheep genetic information system culling, in order to establish a connection between them.
For that, a data analysis was performed with SAS statistical software. We have realized detailed description of data in order to try to bring out culling main variation factors (udder morphology state with udder scoring, udder health with CCS data, Mamovicap program’s affiliation and farming region).
We have deduced that culling causes are rarely recorded, particularly in Rayon. After milk production causes, dairy sheep, especially in Pyrenees, are mostly culled for mammary infections. In addition, we have noted that culling policy strongly links with morphological and health ewes’ udder, in dairy sheep flocks.
In this way, sheep selection, oriented towards well shaped udder and mastitis resistant animals, has to be performed in order to reduce mammary infections’ culling and to improve flock’s economic performances. It’s necessary to arouse farmers to declare better culling causes and to alert them, with trainings for example, to mastitis risk factors.
Table des matières
Remerciements Résumé / Abstract Liste des illustrations Liste des abréviations Glossaire
Introduction ... ..1
1) Quelques notions essentielles sur les ovins laitiers en France ... ..2
1.1) Cheptel et production ... ..2
1.1.1) Données chiffrées, pour 2013, aux niveaux européen et national... ..2
1.1.2) Deux bassins de production largement dominants ... ..2
1.1.3) Races ovines laitières et conduites d’élevage ... ..3
1.2) Schéma de sélection ... ..4
1.2.1) Structure pyramidale de la population ... ..4
1.2.2) Contrôles laitiers : dispositifs nécessaires pour l’acquisition des phénotypes. ..5
1.3) Critères de sélection pris en compte ... ..6
1.4) Vers des schémas de sélection génomique ... ..7
2) Pourquoi s’intéresser à la réforme des brebis ? ... ..8
2.1) Longévité fonctionnelle : un caractère très demandé par les éleveurs ... ..8
2.1.1) Réponse aux attentes actuelles ... ..8
2.1.2) Longévité fonctionnelle ... ..8
2.2) Recensement des réformes ... ..9
2.2.1) Elaboration des causes de sortie ... ..9
2.2.2) Différents constats sur les réformes entre les Pyrénées et le Rayon ... ..9
3) CCS : leur lien étroit avec les mammites ... 10
3.1) Objectif de sélection intéressant pour réduire les mammites ... 10
3.1.1) Définition des CCS et stratégie de sélection mise en place ... 10
3.1.2) Résultats issus de cette sélection ... 11
3.2) Caractère héritable en lien avec la morphologie mammaire ... 11 Partie 1 : Contexte, cadre et enjeux
4) Morphologie mammaire : un autre phénotype important pour les brebis laitières ... 12
4.1) Attente forte des éleveurs ovins laitiers ... 12
4.2) Grille de notation sur la forme de la mamelle ... 12
4.3) Paramètres génétiques ... 14
5) Mamovicap : projet pour améliorer l’état sanitaire de la mamelle ... 14
5.1) Présentation générale du projet ... 14
5.1.1) Origine de sa mise en place ... 14
5.1.2) Objectifs ... 15
5.1.3) Différents axes de travail ... 15
5.2) Protocole Mamovicap pour les ovins laitiers ... 16
5.2.1) Choix des élevages ovins ... 16
5.2.2) Protocole d’étude mis en place sur ces cheptels ... 16
6) Objectifs et problématiques du projet de fin d’études ... 17
1) Description des données ... 18
1.1) Données mobilisées pour l’étude ... 18
1.1.1) Trois fichiers d’étude ... 18
1.1.2) Construction d’une base de données finale ... 18
1.1.3) Cheptels mobilisés pour cette étude ... 20
1.2) Obtention des informations sur la réforme, le pointage mammaire et les CCS ... 20
1.2.1) Pour la réforme ... 20
1.2.2) Pour le pointage des mamelles ... 20
1.2.3) Pour les CCS ... 21
2) Eléments méthodologiques ... 21
2.1) Elaboration de variables synthétiques ... 22
2.1.1) Variables nécessaires ... 22
2.1.2) Variables synthétiques sur la réforme ... 22
2.1.3) Variables synthétiques sur le statut sanitaire du pis ... 23
2.1.4) Variable synthétique sur le statut global de la morphologie mammaire ... 23
2.1.5) Variable synthétique sur l’état général de la mamelle ... 24
2.2) Calculs statistiques employés ... 24
2.2.1) Analyses conduites dans le cadre du projet de fin d’études ... 24
2.2.2) Indicateurs d’analyse sur la politique de réforme de l’éleveur ... 26
2.2.3) Normalité ... 26
2.2.4) Comparaison des moyennes ... 27 Partie 2 : Matériels nécessaires et méthodes déployées
1) Description des données relatives aux réformes, aux pointages et aux CCS ... 28
1.1) Description des données disponibles sur la sortie des brebis ... 28
1.1.1) Date de sortie des brebis ... 28
1.1.2) Destination des animaux réformés ... 28
1.1.3) Causes de réforme des brebis ... 28
1.2) Description des données de pointage au sein du Rayon Roquefort ... 30
1.2.1) Analyse approfondie des critères de pointage ... 30
1.2.2) Point sur la morphologie mammaire ... 30
1.3) Description des données de CCS ... 32
1.3.1) Classes cellulaires (contrôles élémentaires) ... 32
1.3.2) Moyenne des CCS pondérée par le lait ... 32
1.3.3) Focus sur le statut sanitaire du pis... 33
1.4) Proposition d’un statut global de la mamelle ... 34
2) En quoi la morphologie de la mamelle influence la politique de réforme de l’éleveur ? 36 2.1) Ecart entre la mise en réforme et le pointage suivant le type de mamelle ... 36
2.2) Taux de réforme et conformation de la mamelle ... 37
2.3) Causes de réforme et morphologie du pis ... 37
3) En quoi le statut sanitaire de la mamelle influe la politique de réforme de l’éleveur ? .. 39
3.1) Ecart entre la mise en réforme et le dernier contrôle CCS suivant le statut sanitaire de la mamelle ... 39
3.2) Taux de réforme et statut sanitaire de la mamelle ... 40
3.3) Causes de réforme et statut sanitaire de la mamelle ... 41
4) En quoi l’état général de la mamelle oriente la politique de réforme de l’éleveur ? ... 42
4.1) Point sur l’état mammaire ... 42
4.2) Ecart entre la mise en réforme et le dernier contrôle CCS suivant le statut composite de la mamelle ... 43
4.3) Taux de réforme et état mammaire ... 43
4.4) Causes de réforme suivant le statut composite de la mamelle ... 44
5) Discussion des résultats et perspectives ... 45
Conclusion ... 47
Références bibliographiques ... 48
Annexes Annexe 1 : Classification des réformes en groupes, sous-groupes et causes pour les ovins laitiers ... 53
Annexe 2 : Grille de notation utilisée dans le cadre des palpations mammaires pour le projet Mamovicap ... 58 Annexe 3 : Document technique basé essentiellement sur les CCS, destiné aux éleveurs ovins lait Mamovicap (exemple d’un cheptel Roquefort : EARL Grégoire) ... 60 Annexe 4 : Tri des données pour les cheptels Mamovicap et pour toutes les exploitations hors du protocole ... 64 Annexe 5 : Graphiques des critères analysés dans l’étude, suivant une distribution normale ... 65
Liste des illustrations -Figures-
Figure 1 : Production ovine laitière localisée dans le Sud-Ouest de la France ... ..2
Figure 2 : Répartition des brebis laitières en Midi-Pyrénées ... ..3
Figure 3 : Répartition des brebis laitières en Aquitaine ... ..3
Figure 4 : Brebis laitières Lacaune ... ..3
Figure 5 : Brebis laitières Manech Tête Rousse ... ..3
Figure 6 : Sélection organisée de manière pyramidale ... ..4
Figure 7 : Contrôles laitiers officiels et simplifiés en ovins laitiers ... ..6
Figure 8 : Evolution, chez la Lacaune, de l’Index Cellules, en écart-type génétique, suivant le millésime des brebis (Index élevé= favorable/ index faible= défavorable) ... 11
Figure 9 : Evolution, chez la Lacaune, des index « Cellules » et « Mamelle », en écart-type génétique, suivant le millésime des brebis (Index élevé= favorable/ index faible= défavorable) 12 Figure 10 : Echelle de notation pour les cinq postes de pointage de la mamelle en ovins laitiers Lacaune (Rayon Roquefort) ... 13
Figure 11 : Echelle de notation pour les cinq postes de pointage de la mamelle en ovins laitiers Manech (Pyrénées-Atlantiques) ... 13
Figure 12 : Evolution, chez la Lacaune, des index « Mamelle », « Angle », Sillon », « Distance plancher-jarret », en écart-type génétique, suivant le millésime des brebis (index élevé= favorable/ index faible= défavorable) ... 14
Figure 13 : Elaboration de la base de données finale à partir des trois fichiers triés Cellules/Pointages/Réforme, pour les fermes Ma et HMa ... 19
Figure 14 : Pointage mammaire réalisé par un technicien ... 21
Figure 15 : Eprouvette utilisée lors des contrôles laitiers officiels ... 21
Figure 16 : Différentes étapes pour obtenir les informations relatives aux réformes, nécessaires à l’étude ... 25
Figure 17 : Taux des brebis Roquefort, suivant la morphologie mammaire, l’appartenance au protocole Mamovicap et le statut Cellules ... 35
Figure 18 : Ecart en jours (sortie-pointage), des brebis du Rayon Roquefort, suivant l’appartenance au protocole Mamovicap, la campagne d’élevage et la morphologie mammaire ... 36 Figure 19 : Taux des brebis Roquefort, suivant l’appartenance au projet Mamovicap, la morphologie mammaire et la cause de réforme ... 38 Figure 20 : Taux de brebis Ma, en 2012, suivant le statut cellules, la région et l’année de sortie40 Figure 21 : Taux des brebis Ma réformées, suivant le statut CCS, la campagne d’élevage et la région ... 40 Figure 22 : Taux de brebis Roquefort 2012, suivant l’appartenance au projet Mamovicap, l’état mammaire et l’année de sortie ... 43 Figure 23 : Taux de brebis Roquefort réformées, suivant l’appartenance au protocole Mamovicap, l’état général de la mamelle et les causes de sortie ... 44
Liste des illustrations -Tableaux-
Tableau I : Critères de sélection pour les races Lacaune et Manech ... ..7
Tableau II : Répartition des exploitations étudiées hors-Mamovicap, appartenant au Rayon Roquefort ... 20
Tableau III : Modalités des trois variables appartenant au fichier « Réforme » ... 22
Tableau IV : Deux nouvelles variables créés pour les informations relatives aux réformes ... 23
Tableau V : Deux nouvelles variables créés pour les données sur les CCS ... 23
Tableau VI : Qualification des bonnes et mauvaises notes pour chacun des quatre postes de mesure afin de créer une variable « Morphologie mammaire » cohérente ... 23
Tableau VII : Modalités de la variable « Morphologie mammaire » ... 24
Tableau VIII : Modalités de la variable « Etat de la mamelle » ... 24
Tableau IX : Différentes étapes pour analyser les divers critères nécessaires à l’étude croisée des réformes, morphologies mammaires et CCS ... 26
Tableau X : Normalité des critères utilisés pour l’étude ... 27
Tableau XI : Réformes des ovins lait orientées vers les caractères liés à la mamelle ... 29
Tableau XII : Répartition des brebis Roquefort Ma et HMa (en %) suivant les notes par poste mammaire ... 30
Tableau XIII : Taux et tendance des trois modalités sur la morphologie mammaire, au sein des exploitations du Rayon Ma et HMa ... 31
Tableau XIV : Taux des quatre classes cellulaires, au sein des exploitations Ma et HMa ... 32
Tableau XV : Taux moyen des CCS pondéré par la quantité de lait (en milliers/ml de lait), au sein des cheptels Ma et HMa ... 33
Tableau XVI : Taux des trois modalités sur le statut sanitaire du pis, au sein des exploitations Ma et HMa ... 34
Tableau XVII : Années de sortie des animaux du Rayon Ma et HMa, pour la campagne d’élevage 2012, suivant l’appartenance au protocole Mamovicap et leur morphologie mammaire ... 37
Tableau XVIII : Taux des brebis Ma et HMa, suivant l’appartenance au projet Mamovicap, le statut sanitaire du pis et la cause de réforme ... 41
Tableau XIX : Taux des modalités sur l’état mammaire, au sein des exploitations du Rayon Roquefort Ma et HMa et significativité des effets Ma/HMa et des campagnes d’élevage ... 42
Liste des abréviations
AOP : Appellation d’Origine Protégée
CCS : Comptage de Cellules Somatiques CDEO : Centre Départemental de l’Elevage Ovin CLO : Contrôle Laitier Officiel
CLS : Contrôle Laitier Simplifié
CNBL : Centre National des Brebis Laitières
CTIG : Centre de Traitement de l’Information Génétique EDE : Etablissement Départemental de l’Elevage
ENVT : Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse ES : Etablissement de sélection
FCEL : France Conseil Elevage IA : Insémination Artificielle IDELE : Institut De l’Elevage
INRA : Institut National de la Recherche Agronomique ISOL : Index Synthétique des Ovins Lait
MAMOVICAP : MAMmites OVInes CAPrines MIR : Moyen Infrarouge
OS : Organisme de Sélection
SIEOL : Système d’Information En Ovin Lait SNP: Single Nucleotide Polymorphism UNOTEC : Union Ovine Technique
Glossaire
Abcès : Induration circulaire, de taille (tête d’épingle à balle de tennis) et de nombre variables, située dans le parenchyme mammaire ou en périphérie de celui-ci. Possibilité d’avoir une consistance dure et une fistulation.
Centre de Traitement de l’Information Génétique : Centre informatique du département de génétique animale de l’INRA. Il a pour principale activité de gérer les bases de données zootechniques afin de permettre leur exploitation par des chercheurs pour des fins d’amélioration génétique des animaux.
Contrôle laitier de type AC : Calcul du lait du jour en multipliant le lait du contrôle par un coefficient au contrôle X troupeau, appelé AC. Ce coefficient AC est défini comme le rapport du lait total produit sur les deux traites journalières sur la somme des laits contrôlés lors de la traite contrôlée.
Génomia : Projet transfrontalier, de 2010 à 2012, entre l’Espagne et la France pour étudier la possible mise en place d’une indexation génomique en races Latxa et Manech
Induration diffuse : Degré d’induration globale de la demi-mamelle Induration focale : Induration localisée
ISOL : Index de synthèse combinant des caractères de production laitière (index lait, index TP, TB) et de caractères fonctionnels (index CCS+ index MAM : synthèse des index Angle/Sillon/Plancher-Jarret)
Kyste : Poche close, de membrane distincte, se développant anormalement dans une cavité ou une structure du corps. Pour les kystes mammaires, ils sont circulaires, de taille (noisette à orange) et de nombre variables, localisés généralement au niveau du pôle cranio-inférieur de la mamelle. Ils ont d’abord, une consistance liquidienne. Lactocorder : Appareil de mesure créé pour le contrôle de performance permettant
d’enregistrer, toutes les secondes, des données sur la traite
Leucocyte : Globule blanc du système immunitaire, qualifié de « non spécifique » car il n’est pas dirigé vers un seul antigène.
Mammite : Pathologie provoquée par des agents bactériens, très contagieuse et chronique, qui se répand pendant la traite, à travers les manchons des trayons et les plaies cutanées.
Mammite subclinique : Type de mammite provoqué par des germes se situant à la surface de la mamelle (ex : Staphylocoques)
Marqueur : Ensemble de bases d’ADN aisément détectable grâce à un emplacement connu sur un chromosome. On peut l’utiliser en cartographie génétique pour baliser le génome et identifier des individus ou des espèces (ex : SNP, microsatellites)
Nœud lymphatique : Lieu de prolifération et de différenciation des cellules immunitaires. Il est situé en arrière du parenchyme, de part et d’autre du ligament suspenseur, entouré de tissus adipeux.
Roquefort’In : Projet commun entre plusieurs partenaires ayant pour mission d’orienter le cheptel ovin de race Lacaune vers un haut niveau d’adaptabilité et de production de lait, tout en préservant les qualités nutritionnelles, sanitaires et fromagères du lait de brebis
SheepSNPQTL : Projet ayant pour but d’utiliser une puce 60 000 SNPs pour cartographier finement des QTL affectant des caractères de production, de résistance aux maladies et de comportement chez les ovins
SIEOL : Outil de gestion des données (génétiques, technico-économiques) dans une base de données. Il est financé, en grande partie, par l’Etat et appartient au Comité Nationale des Brebis Laitières et au Ministère de l’Agriculture
SNP : Forme la plus abondante des variations génétiques dans le génome humain. C’est un type de polymorphisme de l’ADN dans lequel deux chromosomes diffèrent sur un fragment donné par une seule paire de bases
Spectre MIR : Absorption du rayon Moyen Infra-Rouge (MIR) à des fréquences corrélées aux vibrations de liaisons chimiques spécifiques au sein d’une molécule. Grâce à des équations et des modèles mathématiques, il permet d’exprimer des taux ou des concentrations de composants chimiques du lait.
Temps de latence : Laps de temps entre la pose des faisceaux trayeurs à la traite et la détection, par l’éprouvette, d’émission du lait
Vadia : Appareil permettant de mesurer les niveaux de vide sur quatre points du poste de traite (embouchures droite et gauche des manchons trayeurs, tuyau court à lait, tuyau court à pulsation). Il a été développé par l’entreprise Biocontrol avec la Fédération Internationale du Lait (FNIL) et une coopérative norvégienne Tine.
1
Introduction
Dans la filière ovine laitière française, la sélection sur les caractères laitiers (lait et richesse), a conduit, en race Lacaune, à une dégradation des caractères fonctionnels, et notamment la morphologie mammaire et la résistance aux infections mammaires. Au vu de ces constats, les maîtres d’œuvre des schémas de sélection Lacaune ont introdui t dans l’index global de sélection ISOL, les critères morphologie de la mamelle et cellules somatiques du lait, en 2005, et leurs homologues des races Pyrénéennes envisagent de le faire dans les années à venir. Par ailleurs, la morphologie du pis et les cellules du l ait sont des prédicteurs très importants de la durée de vie productive des animaux et retardent donc l’âge à la réforme.
La sortie des animaux, dans les élevages, représente une décision stratégique très importante, tant sur les plans économique que sanitaire. Actuellement, les causes de réforme, liées aux mammites et aux problèmes mammaires, sont les causes de sortie majeures dans les élevages de brebis laitières. Afin de mieux comprendre et de diminuer l’impact des mammites dans les élevages, l’ensemble des acteurs de la filière ovine laitière ont mis en place un projet de recherche « Mamovicap » (MAMmites OVInes CAPrines).
L’intérêt de cette étude fait partie intégrante du projet « Mamovicap », le but étant d’analyser de manière approfondie le lien entre la politique de réforme menée par l’éleveur, la morphologie et la santé mammaire de ses animaux. Le projet de fin d’études doit donc répondre aux questions suivantes : En quoi l’état de la sphère mammaire (morphologie et statut sanitaire) influence t’elle la politique de réforme des éleveurs ? Peut-on quantifier cet impact, à partir de divers indicateurs ?
Pour mener à bien ce projet, nous nous focaliserons, dans un premier temps, sur les renseignements relatifs aux réformes. Comment sont renseignées l es dates et les causes de sortie des animaux ? Pour quelles raisons les brebis laitières sortent-elles du troupeau ?
Dans un deuxième temps, nous ferons un état des lieux sur la morphologie mammaire et les cellules du lait pour les animaux du protocole Mamovicap en comparaison avec l’ensemble des brebis. Comment se présentent les mamelles d’un point de vue morphologique et sanitaire ? Est-ce que le lien génétique entre l’aspect du pis et le taux de cellules somatiques est bien vérifié ?
Enfin, nous étudierons la relation entre la politique de réforme menée par l’éleveur et l’état de la mamelle (morphologie, santé) des brebis de son cheptel. Pour ceci, nous réaliserons deux études de relation, d’abord, entre la conformation de la mamelle et les sorties d’animaux, puis entre l’état sanitaire du pis et les réformes. Ensuite, la morphologie et le statut sanitaire de la mamelle seront combinés dans une variable synthétique « Etat Mammaire Global». Pour quantifier et qualifier ces relations, nous nous baserons sur différents indicateurs : la durée entre le constat d’un défaut de mamelle (pointage, contrôle laitier) et la mise en réforme, le taux de sortie des brebis et les principales causes de réforme liées à chaque statut de la mamelle. Au travers de cette étude, nous nous intéresserons aux différences sur les pratiques de réforme entre i ) les élevages Mamovicap et les autres exploitations du noyau de sélection et ii) les deux principaux bassins de production (Rayon et Pyrénées).
Partie 1 :
2
1) Quelques notions sur les ovins laitiers en France
1.1) Cheptel et production
1.1.1) Données chiffrées, pour 2013, aux niveaux européen et national
Au sein de l’Europe, la France est classée 5ème
producteur, derrière l’Espagne, la Roumanie, la Grèce et l’Italie avec 1 595 000 brebis réparties dans 4 914 exploitations (IDELE and CNE, 2014).
86% des brebis laitières sont situées dans le Sud-Ouest (figure 1) : Midi-Pyrénées détient plus de 750 000 têtes de race Lacaune et l’Aquitaine près de 500 000 de races Manech Tête Rousse/Tête Noire ou Basco-Béarnaise. Le reste des ovins est réparti de manière équitable entre le Languedoc-Roussillon (7%) et la Corse (7%).
1.1.2) Deux bassins de production largement dominants
Le Rayon Roquefort, à cheval sur Midi-Pyrénées et Languedoc-Roussillon, est le premier bassin de production. On y trouve les brebis Lacaune dont le lait est destiné, entre autre, à produire le fromage AOP Roquefort. Midi-Pyrénées représente la première région ovine française avec près de 2 000 cheptels laitiers et plus de 766 000 têtes, répartis essentiellement dans l’Aveyron et le Tarn (figure 2) (RECP, 2012a). La taille moyenne d’un troupeau se situe à 344 animaux (Arranz, 2012). En Languedoc- Roussillon, le cheptel des brebis laitières (Lacaune) se trouve dans l’Aude, le Gard, l’Hérault et la Lozère. Le Rayon Roquefort collecte 162 millions de litres (RECP, 2012a). En moyenne, un exploitant du Rayon délivre 85 000 litres de lait/an (Arranz, 2012).
En Aquitaine, les Pyrénées-Atlantiques constituent le deuxième bassin de brebis laitières (figure 3), avec plus de 2 000 cheptels et 520 000 têtes de races Manech (Tête Rousse
Figure 1 : Production ovine laitière localisée dans le Sud-Ouest de la France
3
Figure 4 : Brebis laitières Lacaune (FGE, 2014)
Figure 5 : Brebis laitières Manech Tête Rousse (RECP, 2012b, p 4)
et Tête Noire) et Basco-Béarnaise. La taille moyenne d’un élevage affleure 233 animaux (Arranz, 2012). 85% des éleveurs livrent leur lait aux entreprises de collecte et de transformation, pour la fabrication de fromages à pâtes pressées non cuites purs brebis dont l’AOP Ossau-Iraty (RECP, 2012b). Les exploitants en Pyrénées-Atlantiques fournissent 57.2 millions de litres. Un cheptel, dans cette zone, produit 35 000 litres de lait/an (Arranz, 2012).
1.1.3) Races ovines laitières et conduites d’élevage
Dans le bassin de Roquefort, la race laitière élevée est la Lacaune Lait (figure 4). Elle délivre, en moyenne, 1.74 litres de lait/j avec un taux de matière grasse et protéique de 71 g/l et de 52 g/l (Astruc and Douguet, 2014). Il s’agit de la première race française en effectif (autour de 800 000) (FGE, 2014). Son lait est utilisé pour la fabrication du Roquefort ainsi que pour d’autres produits de diversification.
Dans le bassin pyrénéen, on retrouve les races Manech Tête Rousse, Manech Tête Noire et Basco-Béarnaise. La Manech Tête Rousse à laquelle on va s’intéresser dans l’étude, est la deuxième race nationale, avec 280 000 femelles (figure 5) (FGE, 2014). Elle produit, en moyenne, 1.32 litres de lait /j avec un taux de matière grasse et protéique de 74 g/l et de 54 g/l (Astruc and Douguet, 2014). Ces brebis, bien adaptées à la transhumance, sont élevées dans des zones de piémont.
Figure 2 : Répartition des brebis laitières en Midi-Pyrénées (RECP, 2012a, p 6.)
Figure 3 : Répartition des brebis laitières en Aquitaine
4
Figure 6 : Sélection organisée de manière pyramidale
(CNBL, IDELE, 2000)
La production laitière, dans le bassin de Roquefort et les Pyrénées-Atlantiques, est rythmée sur la période d’ouverture des laiteries (de mi novembre à fin août). Toutefois, depuis plusieurs années, l’étalement de la production, dans le bassin de Roquefort, a sensiblement bousculé ce rythme.
Généralement, la reproduction est caractérisée par une seule mise bas, par campagne, en automne. La lutte a lieu en juin-juillet pour les adultes et un mois plus tard, pour les agnelles âgées de 8 mois. Afin de regrouper les agnelages, on pratique l’insémination artificielle (IA) après synchronisation des chaleurs. L’IA est très utilisée en Lacaune : 67% des brebis sur la population totale (UPRA Lacaune, 2005). Elle l’est moins dans les Pyrénées où elle est pratiquée principalement chez les sélectionneurs, chez qui elle représente 50% des brebis. Les agneaux des femelles adultes naissent en novembre-décembre et ceux des agnelles vers décembre-janvier. Ils sont ensuite allaités sous la mère et sevrés à un mois d’âge, à un poids de 12-14 kg.
Les agneaux sevrés sont donc soit maintenus dans l’exploitation pour assurer le renouvellement, soit vendus comme agneaux destinés à l’engraissement (uniquement Lacaune) ou comme agneaux de lait (surtout Pyrénées). La traite exclusive dure donc six à huit mois, de novembre jusqu’à juillet. Les brebis sont traites, deux fois par jour, matin et soir. La transhumance reste très présente dans la conduite des troupeaux pyrénéens (Races du Massif, 2010).
De manière plus générale, les brebis laitières sont principalement élevées dans des zones difficiles, montagneuses, sèches ou humides.
1.2) Schéma de sélection
1.2.1) Structure pyramidale de la population
L’amélioration génétique en France se fonde sur la sélection des races locales dans leur bassin de production : la race Lacaune dans le Rayon Roquefort, la Manech Tête Rousse, la Manech Tête Noire et la Basco-Béarnaise dans les Pyrénées-Atlantiques et la Corse sur l’île du même nom (Astruc et al., 1997). Pour se faire, des schémas de sélection existent pour chaque race et sont basés sur les outils classiques de sélection tels que le contrôle de performance (apportant les données phénotypiques) et le recours à l’insémination artificielle dont l’importance en ovins lait facilite l’établissement des relations de parenté entre les élevages (Barillet, 1992).
Cependant, l’IA en ovin présente quelques spécificités. Elle est pratiquée avec de la semence fraîche (Fatet et al., 2008).
Cette utilisation massive de semence fraîche implique donc d’avoir à disposition des effectifs importants de béliers, dans les centres d’IA.
Le schéma de sélection, pour toutes les races ovines, est organisé de façon pyramidale avec, d’une part, un noyau d’éleveurs sélectionneurs, d’autre part, les éleveurs utilisateurs (figure 6).
5
Les sélectionneurs représentent entre 15 et 25% de la population (selon la race) et constituent la base de sélection : ils s’engagent à réaliser le contrôle de performance officiel et un taux d’IA suffisant. 50% des IA de leur troupeau sont assurées avec des béliers de testage. Les sélectionneurs bénéficient de l’accès aux béliers élites (pères à béliers de la race), pour le renouvellement de leur cheptel.
Les utilisateurs ont la possibilité d’adhérer à un contrôle laitier simplifié (CLS) pour la sélection intra-troupeau et le suivi technique du cheptel. Ils accèdent également aux béliers IA améliorateurs.
La mise en place de ces schémas n’est possible que par la collaboration étroite de l’ensemble des acteurs de la filière ovins lait : OS (Organismes de Sélection), Confédération Générale de Roquefort, coopérative UNOTEC, EDE du Rayon Roquefort, CDEO (Centre Départemental de l’Elevage Ovin) dans les Pyrénées, Chambres d’Agriculture, INRA (Institut National de la recherche Agronomique), IDELE (Institut de l’Elevage), CNBL (Centre National des Brebis Laitières), GIS (Arranz, 2012).
1.2.2) Contrôles laitiers : dispositifs nécessaires pour l’acquisition des
phénotypes
Le contrôle laitier est de type AC* : il s’agit de réaliser un contrôle mensuel, sur une seule des deux traites journalières, sans obligation d’alternance (figure 7), le lait du jour étant calculé à partir d’un coefficient correspondant au ratio du lait produit sur les deux traites par le lait contrôlé. Pour des raisons liées à l’échantillonnage du lait pour les analyses sur les taux butyreux (TB), taux protéique (TP) et les comptages de cellules somatiques (CCS), la traite contrôlée est celle du matin.
Le contrôle laitier officiel (CLO) ne se pratique que sur les élevages sélectionneurs. Il s’appuie sur un rythme mensuel (soit six à sept passages au cours de la campagne laitière). Ce type de contrôle permet de relever i) la production laitière, ii) le TB, le TP ainsi que les CCS pour les primipares (race Manech) et pour les deux premières lactations (race Lacaune) (deux à quatre mesures réalisées parmi les quatre premiers contrôles de la brebis) (Astruc and Douguet, 2014). En 2014, le CLO était pratiqué dans 23% de la population ovine Roquefort (170 000 têtes), 25% dans les Pyrénées (117 000) et 18% en Corse (16 000).
Le CLS, quant à lui, n’est effectué que sur les élevages utilisateurs. Il est assez limité avec deux à quatre passages, par campagne (figure 7). Seule, la quantité de lait est mesurée. En 2014, on comptait, en CLS, 480 000 brebis pour le Rayon, 34 000 pour les Pyrénées et 11 500 pour la Corse (Astruc and Douguet, 2014).
6
.
1.3) Critères de sélection pris en compte
Lors de la création des schémas de sélection, l’objectif de sélection était la seule quantité de lait à la traite. La qualité de la sélection a permis (avec un décalage dans le temps entre la race Lacaune et les races Pyrénéennes) un gain génétique conséquent sur la quantité de lait, d’environ 1.5 à 2.5 écart-types génétiques selon la race (Astruc et al., 2000) ; (Duchemin et al., 2012) ; (Astruc et al, 1997) ; (Barillet and Bonaïti, 1992).
En contrepartie, du fait des corrélations génétiques négatives entre quantité et richesse du lait, les taux butyreux et protéique se sont dégradés au fil du temps (Astruc et al., 2000). La richesse du lait a donc été mesurée à partir de la fin des années 80 en Lacaune et 90 en races Pyrénéennes, afin de l’introduire dans l’objectif de sélection (Barillet et al, 2001) ; (Duchemin et al., 2012) (tableau I).
Les années 2000 ont été marquées par la prise en compte des caractères fonctionnels dans les objectifs de sélection, en particulier du fait de l’altération de certains critères (morphologie et santé de la mamelle) sous l’effet de la sélection laitière. Les mamelles sont devenues des « poches », plus difficiles à traire avec une sensibilité accrue aux mammites* (pathologie majeure provoquée par des germes). Ces infections mammaires génèrent une hausse des coûts de production pour l’éleveur (frais vétérinaires), une mise en réforme plus importante de son cheptel mais aussi des pénalités sur le prix du lait, avec les cellules : tout ceci influe donc le revenu de l’exploitant. Cette attente des éleveurs, d’ordre économique, se double d’une attente sociétale orientée actuellement, sur le bien-être animal et la sécurité alimentaire (Barillet, 2007). La morphologie de la mamelle (au travers des pointages de
C
L
O
C
L
S
Figure 7 : Contrôles laitiers officiels et simplifiés en ovins laitiers (Astruc et al. 2011. p 20 et 24)
7
mamelle) et la résistance aux mammites subcliniques* (au travers des CCS) ont donc été prises en compte au milieu des années 2000 en race Lacaune (tableau I). Elles sont à l’étude dans les races Pyrénéennes.
L’index synthétique ovin lait, appelé ISOL*, est donc constitué de caractères et de pondérations différentes selon les races. En race Lacaune, l’ISOL est équilibré à part égale entre les caractères laitiers (quantité, taux butyreux, taux protéique) et ceux fonctionnels (mamelle et CCS). Dans les Pyrénées, l’ISOL comprend le lait et la richesse du lait. En Corse, le critère de sélection est encore la seule quantité de lait à la traite.
Dans le but d’intégrer d’autres caractères dans la sélection, des travaux de recherche sont également en cours : résistance aux parasites gastro-intestinaux et longévité fonctionnelle (Barillet et al., 2002).
Critères de sélection Lacaune Manech
Lait Années 1960 TB et TP 1987 2000 Résistance mammites subcliniques (cellules somatiques) 2002 X Morphologie mammaire 2004 x Résistance à la tremblante 2005 2005
1.4) Vers des schémas de sélection génomique
La disponibilité, à partir de 2009, d’une puce à SNP* de moyenne densité 54k a ouvert la voie à la prise en compte de l’information génomique dans l’évaluation des reproducteurs (Barillet et al., 2010). La sélection génomique se base, en plus du phénotype et des données généalogiques, sur le génotype aux différents marqueurs* SNP contenus dans la puce (Barillet et al., 2014) ; (Sumbusho et al., 2013). L’intérêt de la génomique est de pouvoir disposer de prédictions génomiques suffisamment précises sur des jeunes béliers génotypés. A condition de réaliser une pression génomique suffisante à partir de ces prédictions (c’est-à-dire si l’on est capable de génotyper suffisamment de jeunes béliers), il est possible de supprimer l’opération coûteuse du testage et de considérer les jeunes béliers retenus comme des béliers améliorateurs, voire pères à béliers.
Cependant, certaines contraintes liées à l’élevage ovin, freinent l’application de la génomique : la nécessité d’un effectif important de béliers IA pour la semence fraîche et le prix élevé du génotypage par rapport à la valeur propre de l’animal (Legarra et al, 2013). Depuis 2010, plusieurs programmes R&D (SheepSNPQTL*, Roquefort’In*, Génomia*) ont été menés pour étudier la faisabilité de la mise en place de schémas génomiques, en races Lacaune et Pyrénéennes : constitution d’une population de référence, mise en place d’une évaluation génomique, conception d’un schéma de sélection génomique (Legarra and Barillet, 2010). Les résultats de ces projets se sont avérés positifs même si les avantages sont moins nets qu’en bovin lait (moindre réduction de l’intervalle de génération, coût élevé du génotypage) (Legarra et al., 2012) ; (Sumbusho et al., 2013) ; (Barillet et al., 2014) .
Un schéma génomique, en ovin lait, peut dégager entre 10 et 20% de progrès génétique en plus, à coût identique pour le schéma (les coûts de génotypage étant compensés par la réduction du haras de béliers).
Tableau I : Critères de sélection pour les races Lacaune et Manech
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Par ailleurs, la génomique ouvre de nouvelles perspectives intéressantes, notamment la disponibilité d’inclure de nouveaux critères de sélection (Legarra et al., 2012) ; (Buisson et
al., 2014).
Les maîtres d’œuvre de la sélection Lacaune ont décidé de basculer vers un schéma génomique en 2015. Les Pyrénées-Atlantiques envisagent de leur emboîter le pas d’ici 2017.
2) Pourquoi s’intéresser à la réforme des brebis ?
Une réforme intervient soit lors d’un évènement sanitaire (pouvant, dans certains cas, aboutir à la mort de l’animal), soit lors des décisions d’élevage prises par l’éleveur (réduction de l’effectif du troupeau, renouvellement, recherche d’amélioration génétique). Les animaux sortis sont donc soit morts, soit vendus à la boucherie (Vigroux, 2002).
2.1) Longévité fonctionnelle : un caractère très demandé par
les éleveurs
2.1.1) Réponse aux attentes actuelles
De nombreuses exigences actuelles se font ressentir. D’une part, la société souhaite être rassurée quant à la santé et au bien-être animal. Elle prête une attention de plus en plus forte sur la sécurité alimentaire. D’autre part, les éleveurs réclament une amélioration de l’efficacité et de leurs conditions de travail ainsi qu’une réduction des coûts de production. Dans ce contexte, l’amélioration des caractères d’aptitudes fonctionnelles est en faveur de ces différentes attentes. En effet, ils rendent l’animal plus performant, non pas par la valorisation de plus grandes quantités du lait, mais par la diminution des coûts de production permise par une meilleure longévité (Groen et al., 1997).
2.1.2) Longévité fonctionnelle
La longévité fonctionnelle est l’aptitude de l’animal à retarder la réforme pour des causes non liées à son niveau de production. Elle peut-être mesurée en nombre de jours séparant la première mise bas de la réforme (Ducrocq, 1992). Elle constitue un critère intéressant pour la gestion des coûts de production. En bovins lait, des études montrent qu’un accroissement de 5% du taux de réforme amène à une augmentation de 20% des coûts de renouvellement, ramené au litre de lait produit (Beaudeau et al., 1994).
D’un point de vue génétique, la longévité est étroitement liée aux aptitudes fonctionnelles telles que la facilité de traite, la morphologie mammaire et la résistance aux maladies. La mesure de la longévité suppose de connaître les entrées et les sorties d’animaux au sein du troupeau.
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2.2) Recensement des réformes
Un système de notation des réformes (date et cause) a été mis en place dans le Système National d’Information Génétique Ovin Lait (SIEOL*).
2.2.1) Elaboration des causes de sortie
La définition des groupes et sous-groupes de causes de sortie, élaborée dans les années 2000, s’articule autour des grands appareils fonctionnels de la brebis (mammites, problèmes mammaires, troubles de la reproduction). Elle est formée de 16 groupes, de 44 sous-groupes et de 157 causes (annexe 1). Depuis 2003, ce classement sert de base d’enregistrement pour les élevages ovins laitiers suivis dans SIEOL.
2.2.2) Différents constats sur les réformes entre les Pyrénées et le Rayon
En 2002, Vigroux a réalisé une étude sur la qualité de l’information disponible concernant la réforme, dans le Rayon Roquefort et dans les Pyrénées-Atlantiques. Les principaux constats étaient les suivants.
Les dates de réforme sont connues à hauteur de 78% dans le Rayon et 94% dans les Pyrénées.
Les causes de réforme sont renseignées dans 80% des cas dans le Rayon et 38% dans les Pyrénées.
Selon les régions, l’âge de sortie des animaux n’est pas le même. Dans le Rayon, près de 60% des brebis sont réformées avant 4 ans. Dans les Pyrénées, c’est l’inverse. L’âge moyen de sortie, dans le Rayon, se situe à 3.5 ans alors que dans les Pyrénées c’est 4.5 (Vigroux, 2002).
Au sein des deux bassins de production Rayon et Pyrénées, la hiérarchie des causes de réforme est la suivante : 1) les caractères laitiers (23%) (performances laitières insuffisantes), 2) les mammites et problèmes mammaires (21%) et 3) les troubles de la reproduction (14%). D’autres sorties, plus minoritaires sont constatées telles que les troubles respiratoires, digestifs, nerveux, locomoteurs, cutanés, la conformation, l’état général de l’animal, l’âge, le comportement et les accidents (Vigroux, 2002).
Au vu de ces chiffres, on constate bien que les problèmes liés à la sphère mammaire (mammites et morphologie de la mamelle) représentent une des principales raisons de sortie des brebis laitières. Notamment l’impact économique lié aux mammites, cliniques ou subcliniques, est non négligeable avec la chute de production laitière chez les brebis et l’altération des propriétés fromagères du lait (Bergonier et al., 2003). Elles impliquent, aussi, une hausse du taux de réforme dans les cheptels et une augmentation des coûts de production liée aux frais vétérinaires. De plus, un taux de CCS élevé, engendré par l’infection mammaire, entraîne une pénalité sur le prix du lait (+10% de pénalité pour l’AOP Roquefort) (Barillet et
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3) CCS : leur lien étroit avec les mammites
3.1) Objectif de sélection intéressant pour réduire les
mammites
3.1.1) Définition des CCS et stratégie de sélection mise en place
Les CCS (exprimés en milliers de cellules par ml de lait) représentent le nombre de leucocytes* présents dans le lait (Leitner et al., 2012) ; (Rupp et al., 2009). Ils constituent donc un indicateur d’une inflammation intra-mammaire et peuvent, dans certains cas, marquer une infection (Kehrli and Shuster, 1994 ; Persson-Waller et al., 1997). La résistance de l’animal aux mammites subcliniques est associée à de faibles valeurs de CCS.
Par rapport à la collecte d’informations sur le statut infectieux des mamelles, mesurer des CCS représente une méthode plus facile, plus économe et moins contraignante sur le temps de travail de l’éleveur (Riggio et al., 2015). Les CCS, dans le lait, constituent donc un outil indirect de mesure, très intéressant pour évaluer le statut sanitaire de la mamelle (Lundt et al., 1994).
Pour diminuer les mammites cliniques et subcliniques, dans les élevages ovins laitiers, la stratégie de sélection s’appuie sur les CCS : un taux de CCS faible entraîne une diminution de l’apparition des mammites (Colleau et al., 1995). La résistance aux mammites se traduit par la capacité de l’animal à éviter les infections et/ou à un rapide rétablissement de la brebis après avoir été malade (Rupp and Boichard, 2003).
Chez les brebis laitières, les CCS possèdent une héritabilité faible à modérée, comprise entre 0.11 et 0.15 (Barillet et al., 2001). Le caractère héritable des CCS est particulièrement bas (0.01 à 0.04) durant les premiers jours de lactation mais s’accroît en milieu de lactation jusqu’à 0.25. Une très forte corrélation génétique a été estimée entre la première et la seconde lactation (entre 0.88 et 0.93) (Rupp et al., 2003) : les mêmes gènes contrôleraient les CCS entre les différentes lactations (Rupp al., 2001).
Les études sur les races françaises indiquent une corrélation génétique positive et défavorable, entre les CCS et les caractères laitiers, de 0.1 à 0.2 : ce qui reflète un antagonisme génétique modéré entre ces deux critères (Barillet et al., 2001). On en conclut que la sélection, auparavant basée que sur la production laitière, a fait baisser la résistance aux mammites dans les élevages laitiers.
Sélectionner les animaux sur les CCS plutôt que sur les mammites cliniques semble plus avantageux. En bovin lait, il existe une très forte corrélation génétique entre les CCS et les infections mammaires (entre 0.60 et 0.70) (Heringstad et al., 2000, 2006 ; Carlen et al., 2004 ; Koivula et al., 2005). En ovins, les travaux sur les lignées divergentes de la Fage, montrent que les brebis de la lignée CCS- (moins de cellules) présentent moins de mammites cliniques et de mammites chroniques. Par ailleurs, les CCS sont enregistrés en routine dans les contrôles laitiers (Allain et al., 2010) avec un surcoût marginal faible, contrairement aux évènements sanitaires (mammites). Enfin, ils sont plus héritables que les mammites cliniques (0.15 contre 0.02) (Barillet et al., 2001).
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3.1.2) Résultats issus de cette sélection
La sélection sur les CCS est effective en race Lacaune depuis les années 2000. Parallèlement, des travaux sur les CCS sont conduits dans les fermes expérimentales INRA. Pour se faire, en utilisant la sélection sur descendance de béliers, l’INRA a créé, sur le domaine expérimental de la Fage, deux groupes de brebis Lacaune très divergentes en CCS, avec une différence de trois écart-types génétiques. Les animaux CCS+ (sensibles aux mammites) présentent plus de mammites cliniques ou chroniques (37% contre 16% pour les CCS- résistantes). Ils sont infectés plus longtemps et libèrent plus de cellules dans le lait (Rupp et al., 2009). Ces brebis CCS+ possèdent un profil bactérien beaucoup plus important que les CCS- au moment de l’agnelage : elles sont plus susceptibles de contracter des mammites subcliniques après la mise bas. On en déduit que les CCS- développent des mécanismes physiologiques pour limiter et éliminer les inflammations mammaires.
D’après la figure 8, l’index Cellules, pour les brebis Lacaune, chutait, entre les années 2000 et 2006, passant de -0.2 à -0.3 écart-types génétiques. En effet, la sélection des brebis laitières n’était, auparavant,
centrée que sur les caractères laitiers. Cette priorité basée la quantité de lait et les TP, TB, a altéré la résistance des animaux face aux mammites, impliquant des quantités de CCS de plus en plus élevées et une chute de l’index Cellules. Après l’introduction du critère
CCS dans l’ISOL
(pondération de 25%), l’index
Cellules s’est
considérablement amélioré passant de -0.3 à +0.2 écart-types génétiques (figure 8).
3.2) Caractère héritable en lien avec la morphologie du pis
Il a été prouvé que la sélection sur les CCS s’accompagne d’une réponse corrélée sur la cinétique d’émission du lait et sur la morphologie mammaire (Marie-Etancelin et al. 2005). En effet, les brebis CCS- (résistantes) présentent un temps de latence* plus long et des pis plus adaptés à la traite mécanique (trayons verticaux, sillon marqué, mamelle non décrochée) que les animaux CCS+ (sensibles) (Allain et al., 2010).En Italie, des études ont mené aux mêmes constats en soulignant une corrélation génétique favorable des CCS avec la profondeur de la mamelle (-0.50), l’angle du trayon (0.39) et la distance Plancher-Jarret (-0.42) (Casu et al., 2010).
Figure 8 : Evolution, chez la Lacaune, de l’Index Cellules, en écart-type génétique, suivant le millésime des brebis (Index élevé=favorable/ index faible=défavorable) (Astruc, 2014)
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Figure 9 : Evolution, chez la Lacaune, des index « Cellules » et « Mamelle », en écart-type génétique, suivant le millésime des brebis (Index élevé=favorable/
index faible=défavorable) (Astruc, 2014)
Ce lien très étroit entre les CCS et la morphologie mammaire se confirme également très bien au vu des évolutions identiques de leurs index, entre 2000 et 2013 (figure 9). Des années 2000 à 2006, les index « Cellules » et « Mamelle » diminuaient puis, après, leur intégration dans l’ISOL Lacaune (2002 : CCS et 2004 : mamelle), ils se sont accrus de +0.4 écart-types génétiques, de 2006 à 2013 (figure 9). Cette croissance se traduit par une faible teneur en CCS dans le lait et par une mamelle mieux conformée.
4) Morphologie mammaire : un autre phénotype
important pour les brebis laitières
4.1) Attente forte des éleveurs ovins laitiers
Depuis les années 1990, les éleveurs ovins laitiers constatent une dégradation de la morphologie mammaire : les pis sont décrochés et dits en « poches ». Les dispositifs expérimentaux de la Fage ont abouti aux mêmes conclusions. Or, une mamelle bien conformée implique une meilleure aptitude à la traite et un meilleur statut sanitaire du pis. Améliorer la morphologie mammaire augmenterait la capacité des brebis à donner rapidement leur lait et favoriserait la résistance aux mammites (Marie-Etancelin et al., 2001). Face à ces constats, les exploitants ovins laitiers ont souhaité introduire les caractères liés à la morphologie mammaire dans l’index de sélection (Marie-Etancelin et al. 2005).
Depuis 2000, toutes les brebis primipares des sélectionneurs Lacaune sont pointées pour la morphologie du pis, une fois au cours de la campagne laitière. Par contre, dans les Pyrénées avec la race Manech, le pointage des mamelles n’a commencé qu’en 2013 avec une douzaine d’élevages, l’objectif étant une montée en charge progressive pour concerner l’ensemble des sélectionneurs Basco-Béarnais et Manech Tête Rousse.
4.2) Grille de notation sur la forme de la mamelle
Pour la race Lacaune, cinq critères de notation ont été retenus : l’angle des trayons (angle entre l’axe du trayon et la verticale ; note de 1 à 9), le sillon médian (degré de séparation des deux hémi-mamelles ; note de 1 à 9), la profondeur de la mamelle (distance entre le jarret et le plancher de la mamelle ; note de 1 à 9), le déséquilibre de la mamelle (cofacteur révélateur sur la santé de la mamelle ; note de 1 à 4) et la position du trayon (note de 1 à 5) (figure 10) (Marie-Etancelin et al. 2005). Dans les Pyrénées, les cinq postes sont
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l’angle, le sillon, le plancher-jarret, le périmètre d’attache de la mamelle (note de 1 à 9) ainsi que la longueur des trayons (note de 1 à 9) (figure 11) (Astruc et al, 2011).
L’objectif visé est une mamelle avec des angles de trayon moins horizontaux, un sillon plus marqué, une distance plancher-jarret intermédiaire (pour diminuer la proximité avec le sol, tout en conservant un volume suffisant à la mamelle pour stocker le lait), une position du trayon intermédiaire (pour trouver un compromis entre l’intérêt du trayeur et celui de l’agneau) et bien sûr, une mamelle bien équilibrée (Astruc et al, 2011).
Déséquilibre Position des trayons
Figure 10 : Echelle de notation pour les cinq postes de pointage de la mamelle en ovins laitiers Lacaune (Rayon Roquefort)
(Marie-Etancelin et al. , 2005, p 3)
Figure 11 : Echelle de notation pour les cinq postes de pointage de la mamelle en ovins laitiers Manech (Pyrénées-Atlantiques)
(Marie-Etancelin et al., 2001. p 17-18.)
Périmètre d’attache de la mamelle
Longueur des trayons
1= faible attache 9= large attache
1 = courts 9 = longs
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4.3) Paramètres génétiques
D’un point de vue génétique, la production laitière provoque la dégradation de la morphologie mammaire mais a contrario, elle améliore les cinétiques d’émission du lait (Marie-Etancelin et al. 2005). Elle génère également une position assez horizontale des trayons (Rovai et al, 2004). En effet, les corrélations génétiques, entre les index de morphologie et l’index synthétique laitier, sont défavorables (-0.29 pour le plancher-jarret ; +0.11 pour l’angle ; -0.07 pour le sillon) (Marie-Etancelin et al, 2002).
En race Lacaune, la morphologie mammaire a été intégrée dans l’ISOL depuis 2004. Les héritabilités estimées et globalement modérées, pour la morphologie mammaire, varient de 0.19 pour le plancher-jarret à 0.33 pour l’angle des trayons, le sillon possédant une héritabilité intermédiaire de 0.26. Ces chiffres correspondent parfaitement à ceux trouvés dans des études menées sur d’autres races ovines laitières (entre 0.20 et 0.37 pour l’angle, 0.16 à 0.25 pour la distance plancher-jarret et 0.19 pour le sillon). Ces résultats suggèrent donc la possibilité de mener une sélection efficace sur la morphologie mammaire (Marie-Etancelin et
al. 2005).
La sélection a porté ses fruits. Depuis 2006, les index « Mamelle », « Angle », « Sillon » et « Distance plancher-jarret » (caractères pris en compte, dans les analyses de données génétiques, pour la morphologie mammaire), ont nettement progressé avec +0.2 écart-types génétiques en sept ans, traduisant une nette amélioration de la conformation du pis (figure 12).
5) Mamovicap : projet pour améliorer l’état sanitaire
de la mamelle
5.1) Présentation générale du projet
5.1.1) Origine de sa mise en place
Les mammites altèrent les performances zootechniques des animaux (baisse de production laitière, dégradation de la qualité du lait) conduisant inévitablement à une hausse du taux de réforme dans les élevages, à une augmentation des traitements intra-mammaires et à une dégradation de la qualité sanitaire du lait (Merceron, 2012) ; (De Crémoux et al., 2014a, 2014b).
A cela s’ajoutent les politiques agricoles sur l’élevage qui prônent pour une réduction de l’utilisation des antibiotiques (Plan EcoAntibio). La société souhaite également être rassurée
Figure 12 : Evolution, chez la Lacaune, des index « Mamelle », « Angle », « Sillon, « Distance plancher-jarret », en écart-type génétique, suivant le millésime des brebis (Index
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quant à la sécurité alimentaire et se préoccupe de plus en plus du bien-être animal. Au vu de ces constats, les mammites, décelées indirectement par les CCS, doivent être réduites dans les élevages.
Pour se faire, plusieurs partenaires R&D (INRA, IDELE, ENVT, CNBL, Capgènes, FCEL) ont monté un projet dénommé « Mamovicap : Outils innovants d’intervention et d’aide à la décision pour la maîtrise des mammites en élevages de petits ruminants laitiers ». Ce travail collaboratif a démarré en janvier 2013 pour une durée de trois ans.
5.1.2) Objectifs
De manière globale, le projet « Mamovicap » s’inscrit dans une démarche de réduction de l’antibiothérapie en élevage, de prévention et de limitation des coûts de la santé. Pour y arriver, il allie la sélection génétique d’animaux résistants aux infections mammaires et un conseil plus spécifique en élevage sur les facteurs de risque d’environnement (pratiques, matériels de traite). Ces deux critères ne peuvent être conduits que par une étude croisée entre les caractéristiques individuelles d’aptitude à la traite, les performances, les statuts infectieux des animaux et l’environnement de traite.
Concrètement, la détection des mammites va s’appuyer sur l’évolution de nouvelles technologies telles que la biologie moléculaire. Ces nouveaux outils ouvrent ainsi la possibilité de disposer de nouveaux phénotypes pour la sélection génétique d’animaux résistants. Ces indicateurs assez récents doivent, cependant, être évalués afin de vérifier leur capacité d’utilisation dans des cheptels importants et leur efficacité de diagnostic sur les facteurs de risque des mammites.
Les facteurs de risque d’environnement sont quant à eux étudiés grâce à l’analyse i) des cinétiques d’émission du lait (à l’aide du lactocorder*), ii) du niveau de vide dans les faisceaux trayeurs à l’aide du Vadia* et iii) du moment de survenue des évènements de traite (à l’aide d’un chronomètre).
5.1.3) Différents axes de travail
Le projet MAMOVICAP s’articule autour de cinq axes de travail (De Crémoux et al., 2014). Le premier se concentre sur la mise au point et la valorisation des méthodes de détection des infections mammaires. Afin de détecter la présence d’agents infectieux, des méthodes directes (détection moléculaire) ou indirectes (CCS) sont appliquées.
Le deuxième axe repose sur l’identification de facteurs caractéristiques de la traite. Tout d’abord, les caractères d’aptitude à la traite des animaux sont pris en compte tels que les paramètres morphologiques et de production. Les conditions de traite ainsi que le fonctionnement de l’équipement de traite sont étudiés.
Le troisième a pour but d’observer la relation entre la sensibilité des animaux aux infections mammaires et les conditions de traite. On s’intéresse, dans ce cas, aux interactions animal/machine/trayeur.
Le quatrième axe se focalise sur la construction de critères de synthèse permettant d’établir un diagnostic sur l’état sanitaire du troupeau.
Enfin, le dernier est axé sur l’appropriation, la diffusion et le transfert de connaissances issues du projet vers les conseillers techniques et donc vers les éleveurs.
Après avoir débuté dans des fermes expérimentales et dans des élevages caprins, le projet Mamovicap est actuellement poursuivi dans des cheptels ovins laitiers. Le projet de fin d’études s’inscrit dans ce volet en fermes ovines, qui s’est déroulé au cours de la campagne 2015.
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5.2) Protocole Mamovicap pour les ovins laitiers
5.2.1) Choix des élevages ovins
En 2015, quinze élevages ovins laitiers sélectionneurs, ont été choisis pour ce projet (Astruc, 2015). Dix appartiennent au Rayon Roquefort (race Lacaune) dont cinq sont suivis par UNOTEC et les cinq autres par la Confédération Générale de Roquefort. Les cinq cheptels restants, de race Manech Tête Rousse, sont localisés dans les Pyrénées-Atlantiques et sont rattachés au CDEO.
Tous ces élevages possèdent des critères communs fixés par le projet (Astruc, 2015). Tout d’abord, tous les cheptels détiennent l’Optitraite (suivi, contrôle et vérification de la machine à traire réalisés avant le début de la campagne 2015) et des salles de traite par l’arrière en ligne haute afin de limiter les hétérogénéités liées aux situations de traite.
Ensuite, ces exploitations ont également été sélectionnées pour leur taux en CCS élevé (>800 000 cellules pour le Rayon ; > 1 million pour les Pyrénées-Atlantiques) (Astruc, 2015).
A la suite de tous ces critères d’inclusion, l’IDELE a proposé une liste d’élevages candidats classés par pourcentage décroissant de brebis avec des CCS élevés, aux trois organismes de contrôle laitier. Au final, le choix ne s’est pas forcément porté sur les cinq premiers élevages de chaque organisme. En effet, d’autres critères sont rentrés en compte (traite par l’arrière en ligne haute, concentration géographique des élevages pour ne pas mobiliser trop de techniciens, choix sur des fermes très motivées qui acceptent de suivre un protocole assez lourd) (Astruc, 2015).
5.2.2) Protocole d’étude mis en place sur ces cheptels
Pour chacun des six contrôles laitiers officiels 2015, le comptage des cellules somatiques ainsi que la collecte d’échantillons de lait pour les spectres MIR* (Moyen Infrarouge) sont réalisés (CNBL, 2014). A ce moment là, le technicien relève également des informations sur les mammites cliniques, les traitements au tarissement et différentes observations en lien avec la santé de la mamelle.
Concernant le pointage des mamelles, il est pratiqué sur toutes les brebis du cheptel et non sur les seules primipares (tel que réalisé en routine pour la sélection). Pour les races Lacaune et Manech Tête Rousse, l’angle du trayon, le sillon, la distance plancher-jarret ainsi que le déséquilibre de la mamelle sont notés. Pour la race Lacaune, la position du trayon est également renseignée. Pour les Manech, on évalue, en plus, le périmètre de l’attache de la mamelle ainsi que la longueur des trayons (Astruc, 2015).
En dehors des contrôles laitiers 2015, deux étudiantes vétérinaires de Toulouse et moi-même avons réalisé des palpations mammaires à deux moments: en milieu de campagne laitière (avril) et en fin de campagne (juillet). Différents critères sont relevés, pour chaque hémi-mamelle, tels que : la taille des nœuds lymphatiques*, l’induration focale* et diffuse*, les abcès*, les kystes* et l’aspect des trayons (annexe 2). Toutes ces informations relatives à l’état sanitaire de la mamelle, ne seront pas traitées dans le cadre de mon travail, car les données n’ont pas été disponibles suffisamment tôt. Au cours de ces visites dans les quinze élevages, j’ai rendu un document technique, aux éleveurs, basé essentiellement sur l’analyse des CCS au sein de leur cheptel (annexe 3). Ce papier leur donne, ainsi, un état des lieux sanitaire de leur troupeau, tout au long de la campagne laitière.
Au sein du protocole ovin, les techniciens des organismes de sélection caractérisent, également deux fois en dehors des périodes de contrôle, les conditions de traite (notation des incidents, des dysfonctionnements, mesure du vide sous le trayon sur quatre postes de traite avec le Vadia, mesure des cinétiques du lait à l’aide d’un lactocorder* sur deux postes). Au
