Détection des changements environnementaux et climatiques pour les districts des HTC

Afin de déterminer si des changements environnementaux et climatiques ont pu avoir eu lieu dans les districts d’Ambositra et Tsiroanomandidy entre les années 2006 et 2015, nous avons réalisé une étude à partir des données épidémiologiques, climatiques et environnementales disponibles pour ces deux districts pour cette période. Le lien entre apparition de cas humains de peste et changements climatiques et environnementaux a été supposé pour cette étude.

6.3.2.1. Choix des années de références

Les critères pris en compte pour la distribution des cas de peste et le choix des années références sont la date de déclaration du cas entre 2006 et 2015, la résidence du cas enregistré dans le district d’Ambositra ou le district de Tsiroanomandidy, la catégorie du cas, probable ou confirmé déclarée au sein du LCP (chapitre 4). A partir de l’exploitation de la base de données, la distribution des cas de peste par unités administratives, communes et fokontany (plus petite unité administrative à Madagascar), pour les districts d’Ambositra et de Tsiroanomandidy, a été cartographiée (Voir chapitre 4). Pour permettre de déterminer l’évolution temporelle des cas de peste durant la période d’étude et afin de choisir les années

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références à prendre en compte dans l’étude, une courbe épidémiologique mensuelle a été réalisée. Cette courbe est basée sur le nombre de cas de peste probables et confirmés mensuels notifiés dans les districts d’Ambositra et Tsiroanomandidy entre janvier 2006 et décembre 2015. Trois années références par district ont été prises en compte.

Source : LCP/IPM

Figure 9. Évolution du nombre de cas probables et confirmés de peste de 2006 à 2015 dans les deux districts d’étude des HTC

La courbe représente l’évolution temporelle des cas de peste selon les données du LCP de 2006 à 2015 pour le cas des deux districts des HTC pris en compte dans le cadre de l’étude. Cette courbe a permis de déterminer les années de référence afin de permettre une analyse des facteurs environnementaux et climatiques pouvant influencer l’apparition des cas humains de peste à Ambositra et Tsiroanomandidy (figure 9).

6.3.2.2. Pour le district d’Ambositra

Pour la période de 10 ans prise en compte, un pic de cas humain de peste a été détecté entre novembre 2006 et avril 2007 dans ce district. Une période de silence a été mise en exergue de mai 2009 et novembre 2011. Ce qui fait de l’année 2010 une année de silence de peste pour le district d’Ambositra. En novembre 2011 les cas humains de peste ont réapparu jusqu’au mois d’aout de l’année 2015 où les cas de peste humaine ont commencé à baisser. Trois années ont été prises comme référence pour détecter l’influence des facteurs climatiques et environnementale par rapport à l’apparition de cas humains de peste pour le district

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d’Ambositra selon l’allure de la courbe évolutive des cas de peste de 2006 à 2015 : l’année 2006, l’année 2010 et l’année 2015.

6.3.2.3. Pour le district de Tsiroanomandidy

Depuis janvier 2006, des cas de peste ont été notifiés dans ce district. L’apparition des cas humains de peste est annuelle pour ce district. Un pic de cas humains de peste a été détecté pour le mois de novembre de l’année 2011. Jusqu’à 2015, les cas de peste ont été déclarés dans ce district. Trois années : 2006, 2011 et 2015 ont été prises en compte dans le cadre de la détection des changements environnementaux et dynamiques climatiques pouvant être liées à l’apparition de cas de peste pour le district de Tsiroanomandidy.

6.3.2.4. Les données collectées

Les données climatiques et environnementales ont été collectées via des plateformes spécifiques dans lesquelles ces types de données sont disponibles. Les plateformes pouvant fournir des relevés à différentes périodes t (hebdomadaires, mensuelles). Les calculs des valeurs des différents paramètres ont été basés sur la moyenne annuelle de ces relevés.

6.3.2.4.i. Les données climatiques

Les données climatiques prises en compte et extraites ont été la température et l’indice de végétation (NDVI). Ces paramètres ont été extraits par communes pour les trois années de référence. Les données ont été ensuite intégrées dans un tableau par commune pour les deux districts. Les températures moyennes par commune pour une année donnée, ont été extraites sur la plateforme de l’International research institute for climate and society (IRI) Les données sur l’indice de végétation ou NDVI ont été également extraites grâce à la plateforme d’IRI. Les valeurs de NDVI extraites ont été les valeurs moyennes pour chacune des années de références par commune pour les deux districts.

6.3.2.4.ii. Les données sur l’occupation du sol

Des images satellites Landsat 8 ont été utilisées pour extraire l’occupation du sol, sur les trois années de référence, dans les zones d’étude. Les surfaces de différentes classes d’Occupation du sol détectées à différentes périodes t ont été prises en compte. Il s’agit des forêts et autres types de couverture végétale ; les routes ; les surfaces en eau ; les cultures ou autres types d’activités liés à l’action anthropique ; les surfaces non classées. Ces images ont été obtenues depuis la plateforme earth explorer de l’United States geological survey (USGS).

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6.3.2.4.iii. Le relief

Les données sur le relief, notamment l’altitude moyenne par fokontany, ont été extraites depuis Shuttle radar topography mission (SRTM) avec une résolution spatiale de 90 mètres.

6.3.2.5. Télédétection et traitements des données

Les données ainsi collectées ont été ensuite traitées selon des techniques de télédétection notamment pour la classification des variables relatives à l’occupation du sol qui ont subies une classification non supervisée et une classification supervisée. Le travail de traitement des données a été effectué en collaboration avec l’équipe Santé géomatique (SaGEO) de l’Unité épidémiologie et recherches cliniques de l’IPM. Les démarches et techniques suivies ainsi que les méthodes utilisées pour ces traitements méritant un chapitre à part entière plus issue des sciences géomatiques, elles n’ont pas été relatées dans ce travail. Ces démarches ayant fait l’objet d’un travail de master 2 dans le cadre du projet de recherche.

6.3.2.6. Analyses statistiques

Afin de déterminer si des changements climatiques et environnementaux ont marqué les trois années sélectionnées par district, les données quantitatives recueillies ont fait l’objet d’analyses statistiques. Outre les statistiques descriptives une analyse de variance (Anova) à mesures répétées pour échantillons appariés a été réalisée pour chaque variable prise en compte par district. L’Anova à mesures répétées permet de comparer plusieurs positions observées à des périodes différentes pour un même échantillon ou des échantillons dépendantes. Plusieurs séries de mesures quantitatives, sur des périodes différentes, pour les mêmes individus statistiques (commune ou fokontany pour le cas de notre étude) ont été réalisées. L’analyse détecte des différences entre les moyennes des variables pour les périodes sélectionnées pour les mêmes individus. Un test post-hoc ou test à posteriori a été effectué pour déceler les moyennes qui sont particulièrement différentes les unes des autres. Pour le cas de l’étude le test utilisé a été le test de Bonferroni. Les tests statistiques ont été réalisés à l’aide du logiciel statistique Stata 12 ®.

L’Anova à mesures répétées a été utilisée pour détecter l’évolution.

6.3.3. Variations climatiques entre 2006 et 2015 dans les districts des HTC étudiés