Caractérisation des souches cliniques et de référence de S. aureus

La caractérisation des souches étudiées a été principalement faite par la détermination de la sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme et recherche de gènes impliqués dans la résistance), le génotypage (spa typing) et par la détermination des propriétés de surface des cellules bactériennes.

La méthode de diffusion en milieu gélosé de Mueller Hinton a été utilisée en routine pour la sélection de souches sensibles et résistantes à la méticilline. Les résultats obtenus ont montré que 4 souches étaient résistantes et 8 sensibles à la méticilline. A cause du faible pouvoir discriminant de cette méthode, nous avons utilisé la technique de PCR pour la recherche du gène mecA codant pour la résistance à la méticilline et du gène femB qui influence le niveau de résistance à la méticilline. Les 4 souches résistantes à la méticilline ont été confirmées comme étant des SARM du fait de la présence du gène mecA. La présence du gène femB codant pour l’enzyme impliqué dans l’incorporation des glycines 4 et 5 dans le pont pentaglycine et dans l’augmentation de la résistance à la méticilline a été non seulement confirmée dans toutes les souches SARM, mais aussi dans les 4 souches cliniques de SASM2

et dans la souche de référence ATCC 25923. Le gène femB n’était pas amplifié dans l’ADN

extrait de souches SASM1. Ces résultats corroborent ceux obtenus par Kaboyashi et al. (1994) et par Mohanasoundaram et Lalitha, (2008).

Nous avons également recherché le gène ileS-2 impliqué dans la résistance à la mupirocine. En effet, la résistance à cet antibiotique topique utilisé dans la prévention, la décolonisation

120 nasale des MRSA et dans les infections post-opératoires a été rapportée dans plusieurs études à travers le monde (Pérez-Roth et al., 2002; Simor et al., 2007; Shin-Moo et al., 2011). En Afrique, cette résistance a déjà été mentionnée dans les souches SARM isolées au Nigéria et en République Sud Africaine (Shittu et al., 2009; Marais et al., 2009). Des 4 souches SARM isolées à Kinshasa, le gène ileS-2n’a été détecté que dans la souche 007/FV. Ce cas constitue la première description d’une souche résistante à la mupirocine en République Démocratique du Congo.

Les résultats du typage moléculaire par spa typing ont montré que les 4 souches SARM et 3 souches SASM2 avaient des types spa différents (Tableau 5.3). La souche sensible à la méticilline 1532/P était spa non typable. Ces résultats nous ont donc confirmé que les 8 souches cliniques étudiées étaient génomiquement distinctes. Chez les souches sensibles à la méticilline, le type spa t355 a déjà été rencontré dans les souches provenant de plusieurs pays d’Afrique, notamment le Mali (Ruimy et al., 2008), le Gabon (Schaumburg et al., 2011; Ateba Ngoa et al., 2012), et le Nigeria (Shittu et al., 2011). Le type spa t939 a été récemment identifié au Gabon (Schaumburg et al., 2011; Ateba Ngoa et al., 2012). L’analyse du gène spa a aussi révélé l’existence d’un nouveau type spa t10715 d’une souche de SASM. N’ayant trouvé aucune donnée rapportée sur le type t10715 dans la littérature, c’est pour la première fois que ce génotype a été observé chez S. aureus isolé d’un produit pathologique non seulement en Afrique mais aussi dans le monde. Il serait alors intéressant d’étudier les relations de ce nouveau type avec d’autres types déjà décrits. En effet, ce type (15-12-17-17-16-02-16-02-25-17) appartient au complexe clonal spa 012 (15-12-16-02-25-17-24-24) et provient probablement après des insertions, délétions et des duplications successives conduisant aux sous-types t021 12-16-02-25-17-24), t421 12-16-02-25-17), t342 (15-12-16-02-16-02-25-17) et t1848 (15-12-17-16-02-16-02-25-17). L’absence d’un type spa pour la souche 1532/P pourrait être due à l’absence ou la mutation de ce gène. Chez les souches résistantes à la méticilline, le type spa t002 est rencontré dans les souches isolées en Europe (Fenner et al. 2008), et dans certains pays d’Afrique tels que le Nigeria et le Gabon (Shittu et al., 2011; Schaumburg et al., 2011, Ateba Ngoa et al., 2012). Les types spa t044 et t051 sont majoritairement rencontrés dans les souches isolées en Europe (Denis et al., 2005; Fenner et al., 2008). Mais le type spa t044 a été récemment identifié en Tunisie (Kechrid et al., 2010). Ces résultats suggèrent un échange intercontinental de plusieurs clones. En effet, les

121 voyageurs et les migrants sont maintenant considérés comme des vecteurs majeurs des infections à S. aureus parmi les populations (Tappe et al., 2010).

Plusieurs facteurs énumérés dans la partie introductive de ce travail influencent l’adhésion de S. aureus sur une surface. L’hydrophobicité de la surface cellulaire est l’un des facteurs les mieux étudiés. A cet effet, les tests d’agrégation cellulaire par le sulfate d’ammonium (SAT) et MATS (microbial adhesion to solvents) ont été utilisés pour étudier les propriétés de surface de différentes souches de S. aureus.

Les résultats obtenus par le test SAT avaient montré une divergence de l’hydrophobicité de la souche 007/FV par rapport aux autres souches. En effet, la concentration en sulfate d’ammonium provoquant une agrégation de cellules était plus faible (0,2 M) que celle des autres souches, suggérant que cette souche était plus hydrophobe. Cette différence n’était pourtant pas observée dans le test MAT. Le test MAT compare l’affinité des bactéries pour un solvant non- polaire et pour les solvants à caractère acide ou basique ayant des propriétés de Lifshitz - Van der Waals similaires. Le pourcentage d’extraction de toutes les souches SASM de la phase aqueuse par l’hexadecane, un n- alcane très hydrophobe, était plus élevé (autour de 90%) que celui de SARM (environ 80%). Selon les critères définis par Krepsy et al. (2003), toutes les souches étudiées avaient une paroi très hydrophobe, mais les SASM étaient légèrement plus hydrophobes que les SARM (très faible adhésion à l’hexane). Une étude récente menée par Bekir et al. (2012) a montré que les souches SARM possédaient un caractère hydrophile. En dépit de la similitude des indices de polarité et d’hydrophobicité des souches SASM, cette étude a aussi montré que ces bactéries présentaient des propriétés basiques ou donneuses d’électrons à divers degrés et en fonction de la souche. Le caractère basique résulterait de la présence des groupes chimiques carboxylate, hydroxyle, phosphate ou amine à la surface cellulaire (Zeraik et Nitschke, 2010; Renner et Weibel, 2011). Pour la majorité de souches cliniques de SARM, le pourcentage d’extraction par l’acétate d’éthyle était plus élevé que le pourcentage d’extraction par le solvant contrôle, le n-hexane. Ces résultats attestent que les souches cliniques de SARM ont une membrane légèrement acide, avec un caractère accepteur d’électrons. Par contre, les souches SASM ont une paroi complètement dépourvue du caractère acide, accepteur d’électrons. La différence des résultats obtenus par les tests SAT et MATS n’est pas sans rappeler lesrésultats publiés par Vanhaecke et al. (1990). En effet, ces auteurs ont rapporté que l’évaluation de l’hydrophobicité membranaire n’était pas aussi aisée et dépendait de la méthode d’évaluation de celle-ci.

122