Analyse des catégories fonctionnelles des partenaires de ST-HBc

Les partenaires nucléaires de ST-HBc identifiés dans l’étude protéomique ont été analysés par Gene Ontology sur la base de leurs fonctions moléculaires. Parmi les 58 protéines identifiées en présence de benzonase (Figure 26B), les fonctions les plus représentées sont celles de protéines de liaison (38%), suivies par des protéines à activité catalytique (29%), des protéines structurales (14%) et enfin des récepteurs et des transducteurs de signal. Parmi les protéines de liaison, la grande majorité sont des protéines de liaison aux acides nucléiques (77%) et en particulier des protéines de liaison aux ARN (82%). Ce profil de répartition des voies biologiques, avec une majorité de protéines de liaison aux acides nucléiques et en particulier aux ARN, est également retrouvé en prenant en compte uniquement les 37 partenaires de ST-HBc communs aux conditions avec ou sans benzonase (Figure 26C).

Grâce à l’analyse des termes GO des partenaires de ST-HBc nous avons donc pu déterminer que la majorité de ces facteurs sont des protéines de liaisons aux ARN

Figure 27. Analyse bioinformatique des partenaires nucléaires d'HBc.

Parmi les 37 protéines associées à ST-HBc en présence ou non de benzonase, 11 sont impliquées dans l’épissage des ARNm via le spliceosome (entourées en rouge) et certaines sont aussi présentes dans les termes entourés en vert.

104 impliqués dans le métabolisme des ARN. Une analyse plus précise a permis de déterminer que parmi les 37 protéines communes aux conditions avec ou sans benzonase, la voie biologique la plus largement représentée est constituée par l’épissage des ARNm via le spliceosome. Les 11 protéines appartenant à cette voie sont impliquées dans la sélection des sites d’épissage et la régulation de l’épissage constitutif et alternatif (Figure 27). Ces 11 protéines comptent une majorité de protéines SR (SRSF1, 2, 5, 10, TRA2A et TRA2B), deux protéines LUC7-like relatives aux protéines SR (LUC7L2 et 3), deux protéines hnRNP (hnRNPA0 et RBMX), et une hélicase (DDX17).

Afin de préciser l’importance de la voie biologique « épissage des ARNm via le spliceosome » parmi les facteurs associés à ST-HBc, nous sommes partis de ces 11 protéines dites « initiatrices » pour rechercher, dans les bases de données, leurs interactants directs (1er niveau d’interaction) et identifier ceux retrouvés dans le protéome ST-HBc, indépendamment de leur significativité et leur condition de purification (avec ou sans benzonase) (Figure 28A). Cette première analyse a permis de montrer que 27 facteurs connus pour interagir avec ces 11 protéines « initiatrices » étaient également retrouvés parmi les partenaires du ST-HBc. Une analyse séquentielle nous a permis par la suite de regarder parmi les facteurs interagissant avec ces 11 protéines au 2ème puis 3ème niveau d’interaction, combien étaient aussi présents dans le protéome ST-HBc (Figure 28B). Dans l’ensemble, 115 protéines du protéome ST-HBc ont pu être connectées, directement ou indirectement, aux 11 protéines initiatrices. Environ la moitié de ces protéines (52/115) interviennent dans l’épissage des ARNm via le spliceosome.

Le score d’enrichissement des protéines associées à ST-HBc a permis d’évaluer leur niveau de représentation dans la condition dHepaRG-ST-HBc en comparaison avec la condition « contrôle ». De toutes les protéines identifiées, SRSF10 possède le score d’enrichissement le plus élevé, avec une valeur autour de 2700 que ce soit en présence ou non de benzonase. Parmi les 11 partenaires de ST-HBc impliqués dans l’épissage des ARNm via le spliceosome, SRSF10, TRA2B, LUC7L2, TRA2A, LUC7L7, SRSF2, et DDX17 présentent les mêmes scores d’enrichissement en présence ou non benzonase, suggérant qu’ils sont présents dans les complexes

105 Figure 28. Réseaux d’interaction entre les 11 protéines « initiatrices » impliquées dans l’épissage des ARNm via le spliceosome, et l’ensemble des protéines identifiées dans le protéome d’HBc.

Parmi les 37 protéines associées à ST-HBc communes aux conditions avec ou sans benzonase, 11 sont impliquées dans l’épissage de ARN via le spliceosome. (A) Interactome construit à partir des 11 protéines dites « initiatrices ». Parmi les facteurs connus pour interagir avec ces 11 protéines initiatrices, ceux retrouvés dans le protéome d’HBc sont indiqués avec des codes couleur. (B) Facteurs associés au ST-HBc connus pour interagir avec les 11 protéines initiatrices du 1er au 3ème niveau d’interaction.

106 protéiques associées à ST-HBc, indépendamment de la présence d’acides nucléiques (Figure 29A). En revanche, SRSF1 présente un score d’enrichissement élevé, d’environ 190, qui tombe à 10 après traitement par la benzonase suggérant qu’au contraire cette protéine est majoritairement liée à HBc par l’intermédiaire d’acides nucléiques. Concernant SRSF5, RBMX et hnRNPA0, leur score diminue légèrement en présence de benzonase, ce qui suggère que ces trois protéines sont présentes dans les complexes protéiques associés à HBc mais sont aussi liées à HBc par l’intermédiaire d’acides nucléiques. Le niveau de représentation des protéines identifiées dans les complexes associés à HBc est donc assez variable, et pour certaines d’entre elles, dépendant de la présence d’acides nucléiques.

Figure 29. Enrichissement et stœchiométrie des 11 protéines « initiatrices » dans les complexes associés à ST-HBc.

(A) Scores d’enrichissement des 11 protéines dites « initiatrices » dans les complexes associés à ST-HBc, en présence ou non de benzonase (B) Stœchiométrie des 11 protéines initiatrices exprimée relativement à ST-HBc.

107 Concernant la stœchiométrie de ces facteurs par rapport à la quantité de ST-HBc détectée (Figure 29B), on trouve un rapport de 0,06 et 0,02 pour SRSF10 et RBMX, respectivement. Cela signifie que, dans l’échantillon analysé, la protéine ST-HBc était environ 17 et 50 plus enrichie que SRSF10 et RBMX, respectivement. Les autres protéines initiatrices sont présentes avec un rapport inférieur à 0,001 pour une protéine ST-HBc. Ces ratios soulignent l’importance de l’interaction de ST-HBc avec SRSF10 et dans une moindre mesure avec RBMX, par rapport aux autres facteurs.

En conclusion, ces analyses in silico ont permis de déterminer que, dans un contexte non infectieux, la protéine HBc interagirait préférentiellement avec les protéines de liaison aux ARN et, en particulier, avec des facteurs impliqués dans l’épissage des ARNm via le spliceosome. Deux facteurs en particulier, SRSF10 et RBMX, appartenant à deux familles majeures de RBP, les protéines SR et hnRNP, ont été identifiés parmi les protéines les plus enrichies dans les complexes associés au SR-HBc.