Université de Liège Faculté de Médecine
Service d’Hématologie biologique et Immuno‐Hématologie
Prévalence comparée des infections VHC et VIH au Mali.
Mémoire déposé en vue de l’obtention du grade de Docteur en Sciences Biomédicales et Pharmaceutiques
Nouhoum BOUARE
Promoteurs : Chr. Gérard A. Gothot
Année académique 2012‐2013
Table des matières
RESUME...12
CHAPITRE 1 : LES OBJECTIFS DE L’ETUDE ...13
1.1. Introduction générale... 13
1.1.1. DIAGNOSTIC DU VHC ET DU VIH ... 13
1.1.1.1. Diagnostic de l’infection par le VHC... 13
1.1.1.2. Diagnostic de l’infection par le VIH... 14
1.1.1.3. Méthodes utilisées au LRS de Liège ... 15
1.1.1.4. Tests utilisés pour cette étude... 16
1.1.2. PREVALENCE DU VHC... 17
1.1.3. TRANSMISSION DU VHC ... 18
1.1.4. EPIDEMIOLOGIE DU VHC AU MALI... 19
1.2. Buts de l’étude ... 21
1.2.1. OBJECTIF GÉNÉRAL... 21
1.2.2. OBJECTIFS SPECIFIQUES... 21
1.2.3. MÉTHODOLOGIE GÉNÉRALE... 21
CHAPITRE 2: SUJETS ET METHODOLOGIE...22
2.1. Séries étudiées ... 22
2.1.1. LES FEMMES ENCEINTES (≤ 50 ANS) ... 22
2.1.2. LES FEMMES DE > 50 ANS... 22
2.2. Préparation de l’enquête sur le terrain ... 23
2.3. Déroulement de l’enquête... 24
2.3.1. PROGRAMMES DE FORMATION... 24
2.3.2. COUNSELLING... 25
2.3.3. FICHES DE CONSENTEMENT... 25
2.3.4. LE QUESTIONNAIRE... 26
2.3.5. LE PRELEVEMENT ET CONSERVATION DU SANG... 27
2.3.6. TRANSPORT DES ECHANTILLONS... 28
2.3.7. PREPARATION ET CONSERVATION DES ECHANTILLONS... 28
2.3.8. ENVOI DES ECHANTILLONS EN BELGIQUE... 29
2.4. Méthodologie analytique... 29
2.4.1. TESTS VIH... 29
2.4.1.1. Dépistage et critères d’interprétation ... 29
2.4.1.2. Confirmation : LIA‐HIV1‐2 (Innogenetics) ... 30
2.4.2. TESTS VHC ... 30
2.4.2.1. Dépistage et critères d’interprétation ... 30
2.4.2.2. Confirmation : INNO‐LIA HCV (Innogenetics)... 31
2.4.2.3. Biologie moléculaire... 31
2.5. Méthodes statistiques... 31
2.6. Annexes ... 32
CHAPITRE 3 : LES RESULTATS ANALYTIQUES ...33
3.1. Résultats des tests VIH ... 33
3.1.1. SOUS‐POPULATION DES FEMMES ENCEINTES (JEUNES FEMMES)... 33
3.1.1.1. Dépistage VIH... 33
3.1.1.2. Résultat de la méthode de confirmation LIA‐VIH ... 33
3.1.1.3. Analyse des profils des échantillons confirmés positifs avec LIA‐VIH... 34
3.1.1.4. Profil « moyen » des échantillons confirmés VIH‐1 positifs avec LIA‐VIH... 35
3.1.1.5. Analyse des profils des échantillons LIA‐VIH « indéterminés » ... 36
3.1.1.6. En résumé, pour le VIH chez les femmes jeunes ... 36
3.1.2. SOUS‐POPULATION DES FEMMES > 50 ANS (FEMMES PLUS AGEES) ... 37
3.1.2.1. Dépistage VIH... 37
3.1.2.2. Résultats de la méthode de confirmation LIA‐VIH... 37
3.1.2.3. Analyse des profils des échantillons confirmés positifs VIH‐1 ou VIH‐2 avec LIA ... 37
3.1.2.4. Profil « moyen » des échantillons confirmés positifs avec LIA‐VIH ... 38
3.1.2.5. Analyse des profils des échantillons « Indéterminés » ... 39
3.1.2.6. En résumé, pour le VIH chez les femmes de plus de 50 ans ... 40
3.2. Résultats des tests VHC ... 40
3.2.1. SOUS‐POPULATION DES FEMMES ENCEINTES (JEUNES FEMMES)... 40
3.2.1.1. Dépistage avec INNOTEST HCV Ab IV (Innogenetics) :... 40
3.2.1.2. Dépistage avec MONOLISA HCV Ab/Ag Ultra (Biorad) :... 40
3.2.1.3. Résultats de la méthode de confirmation LIA‐HCV... 41
3.2.1.4. Analyse des profils des échantillons confirmés positifs avec LIA... 41
3.2.2. SOUS POPULATION DES FEMMES > 50 ANS... 43
3.2.2.1. Dépistage VHC :... 43
3.2.2.2. Résultats de la méthode de confirmation LIA‐HCV... 43
3.2.2.3. Analyse des profils des échantillons confirmés positifs avec LIA... 44
3.2.3. COMPARAISONS DES 2 SERIES ETUDIEES... 47
3.2.3.1. Caractéristiques du test mixte MONOLISA appliqué aux 2 sous‐populations de femmes ... 47
3.2.4. ANALYSE DE PREDICTION A PARTIR DES TESTS RATIO... 48
3.2.4.1. Relation entre la valeur du TR et résultat de la PCR ... 49
3.2.4.2. VPP du TR par rapport au LIA‐VHC... 50
3.2.4.3. VPP du TR par rapport à la PCR‐VHC... 50
3.2.4.4. VPP du LIA par rapport à la PCR‐VHC... 51
3.2.5. ANALYSE COUT/EFFICACITE DIAGNOSTIQUE... 51
3.2.5.1. Est‐il utile de répéter les analyses lorsque le résultat initial est positif ? ... 52
3.2.5.2. Est‐il pertinent d’exploiter les valeurs des TR ? ... 52
3.2.5.3. Quel est l’apport du LIA de confirmation ?... 53
3.2.5.4. Quel est l’apport informatif d’un deuxième test de dépistage ?... 54
3.2.5.5. Quels sont les coûts de ces différentes alternatives ?... 54
3.2.5.6. Algorithme diagnostique proposé ... 56
CHAPITRE 4 : ANALYSE DES FACTEURS DE RISQUE...58
4.1. Analyses Descriptives ... 58
4.1.1. RESULTATS DESCRIPTIFS... 58
4.1.1.1. Etude chez les femmes enceintes ... 58
4.1.1.2. Etude chez les femmes plus âgées... 59
4.2. Etude des statuts VHC et VIH ... 63
4.2.1. ANALYSE UNIVARIEE... 63
4.2.1.2. Variable dépendante statut VHC ... 66
4.2.2. ANALYSE MULTIVARIEE... 66
4.2.2.1. Régression logistique : test de tous les effets (Wald Stat)... 67
4.2.2.2. Méthode de Sélection Descendante des Variables Explicatives ... 67
5. DISCUSSION ET CONCLUSION...69
5.1. Prise en charge du VIH et du VHC au Mali ... 69
5.1.1. PRISE EN CHARGE DU VIH... 69
5.1.2. PRISE EN CHARGE DU VHC ... 69
5.2. Justification de l’étude ... 71
5.3. Chronologie des études et des événements... 72
5.4. Discussion des résultats ... 72
5.4.1. LES PREVALENCES VIH ET VHC ... 72
5.4.1.1. En ce qui concerne le VIH ... 72
5.4.1.2. En ce qui concerne le VHC ... 73
5.4.2. ABSENCE DE CO‐INFECTION VIH‐VHC : ... 75
5.4.3. LES FACTEURS DE RISQUE VIH ET VHC:... 76
5.4.4. SUR LE PLAN ANALYTIQUE... 78
5.4.4.1. En ce qui concerne le VIH ... 78
5.4.4.2. En ce qui concerne le VHC ... 78
5.5. Perspectives pour l’avenir ... 80
PUBLICATIONS...81
BIBLIOGRAPHIE...82
ANNEXES ...88
DEDICACES et REMERCIEMENTS
Je dédie cette thèse en hommage et reconnaissance, A mes parents :
A la mémoire de mon père Feu Samakoro BOUARE
Brutalement arraché à notre affection, ton honnêteté, dévouement, ton sens de l’humanisme (solidarité et partage) et ton amour pour le travail bien fait, ne sauraient laisser personne indifférent. Les sacrifices consentis pour notre éducation ont été fructueux pour nous avoir ouvert la voie de la réussite par le travail, le courage, l’honnêteté et la dignité. En témoignage du respect pour ton âme et en reconnaissance de ton affection qui n’a en aucun moment fait défaut à notre famille, cette thèse t’est dédiée. Paix à ton âme.
A la mémoire de ma marâtre Feue Assanatou SANGARE
Je n’ai pas eu la chance de te connaître chère maman, puisque précocement arrachée à l’affection de la famille. Puisse cette thèse constituer le témoignage de mon attachement à ton esprit de femme exemplaire, ciment de l’union dans le foyer. Paix à ton âme.
A ma mère Makoro OULALE
Femme courageuse, endurante, humaniste, ton assistance régulière nous a apporté réconfort et consolidation. Trouve ici le grand hommage en reconnaissance de ton immense sacrifice. Puisse cette thèse te réconforter.
A mes grands parents :
Feu Tiékoura BOUARE (dit Bina), Feue Tinéma DIARRA (dite Nènè), Feue Baroban TRAORE, Feu Dougakoro OULALE, Feue Minata COULIBALY (dite Mata), Feue Araba COULIBALY (dite Ba Araba), pour votre affection et votre tendresse. C’est Dougakoro que je n’ai pas vu et dont le souvenir me hante.
A Mes aïeux :
Je ne vous ai pas connus, mais ce travail, à travers vous, est dédié à l’humanité toute entière.
Puisse le Tout‐puissant vous recevoir dans la lumière et la vie éternelle.
A ma famille :
A mon épouse Arahamatoulaye DIARRA, mes fils Samakoro et Abdoulaye BOUARE, pour leur patience, leur bonne compréhension et pour avoir enduré d’énormes sacrifices derrière moi pendant que je suivais des formations à l’étranger (spécialisation, stage, et recherche doctorale) en Belgique. J’en profite pour lancer un vibrant hommage à mes frères et sœurs pour leur assistance et précieux soutiens. Il s’agit de : Dramane, Cheick Oumar, Mamadou, Amadou, Kadiatou, Boubacar, Ousmane, Issa, Mohamed, Assanatou, Abdoulaye, Malick,
Aguibou, Adama. Que mon très cher ami Abdoulaye DIARRA trouve ici toute ma reconnaissance et mes neveux et nièces, toute ma sympathie. Je n’oublie pas mon cher Thomas et son petit frère Maxime (petits fils de Madame GERARD) et leurs parents que j’embrasse chaleureusement.
A mon cousin Feu Yacouba Coumaré :
Brutalement arraché à notre affection au moment même où je démarrais mes travaux de recherche doctorale au CHU de Liège. Puisse ce travail constituer le témoignage de mon attachement à ton esprit bienveillant. Repose en paix cher Yacou.
A Feu Dr. Harouna Sissoko (collaborateur au CHU‐GT) :
Brutalement arraché à notre affection juste au moment où j’étais sur le point de boucler mes travaux de recherche doctorale. Trouve ici l’expression de ma très haute considération pour tes fructueuses contributions et collaboration dans la réussite de l’enquête menée chez les femmes plus âgées. Repose en paix cher Harouna.
A mon ainé et ami Feu Mohamed Touré :
Très cher regretté Mohamed Touré, mon cher ainé et ami, trouve ici ma profonde gratitude en reconnaissance du dévouement et de la sympathie dont tu as toujours fait montre à mon égard. Repose en paix mon cher Touré.
Remerciements au plan académique, professionnel et social :
Mes remerciements s’adressent au gouvernement du Mali à travers les ministères de la formation professionnelle, des affaires étrangères et de la coopération internationale ainsi que celui de la santé, pour avoir accepté ma candidature pour effectuer non seulement un stage de perfectionnement, mais également pour entreprendre mes travaux de recherche doctorale au Laboratoire de Référence Sida du CHU‐ULg en Belgique.
Je tiens à vivement remercier la Coopération Technique Belge (BTC/CTB) pour le bénéfice des bourses antérieures (DES Immuno‐Hématologie, stage de perfectionnement en sérologie infectieuse) et la présente bourse de doctorat mixte. Cette solidarité du Royaume de Belgique en faveur des pays en développement (dont le Mali) et singulièrement dans le domaine de la formation permet sans doute de promouvoir le développement et de lutter contre la pauvreté par le renforcement de ressources humaines dans le domaine combien important de la recherche scientifique.
Je tiens particulièrement à remercier les Professeurs André GOTHOT, Danièle SONDAG, et le Docteur Christiane GERARD, Docteur FRERE, pour leur adhésion au projet d’étude, leurs soutiens et appuis remarquables.
Je tiens également à remercier et très sincèrement le staff technique du Laboratoire de Référence Sida du CHU de Liège à travers le Professeur André GOTHOT, Mesdames
Christiane GERARD, Dolorès VAIRA pour leur patience, leur écoute attentive et leurs contributions techniques de qualité. Je n’oublie pas non plus la pertinente contribution et collaboration du Professeur Jean DELWAIDE (Service de Gastro‐entérologie) et Dr Sébastien BONTEMS (responsable qualité au Laboratoire de Référence Sida).
Singulièrement, j’adresse un vibrant hommage au Professeur André GOTHOT qui a accepté d’être mon Promoteur et Directeur de thèse et à Madame Gérard qui m’a enseigné l’Immuno‐Hématologie, qui a non seulement accepté de m’encadrer, mais s’est évertuée à trouver des sponsors comme Innogenetics, Biorad et Biomérieux.
Mes très sincères remerciements s’adressent aussi à nos sponsors comme les laboratoires INNOGENETICS, BIORAD et BIOMERIEUX pour leur appui en réactifs de laboratoire.
Que les membres du comité de thèse, les Professeurs M. MOUTSCHEN, Président, J.
DELWAIDE et D. SONDAG‐THULL, pour leurs précieuses contributions à l’amélioration de la qualité du travail, trouvent ici l’expression de mon profond respect et de ma profonde gratitude. Je remercie également les Professeurs Claude TAYOU et Véronique DENEYS d’avoir accepté de faire partie de mon jury de thèse.
Mes remerciements s’adressent aussi aux Professeurs Flabou BOUGOUDOGO (co‐promoteur de thèse) et Moussa MAIGA (CHU‐Gabriel Touré), aux Dr. Ousmane KOITA (LBMA) et Amara Chérif TRAORE (Ministère Santé) ainsi qu’à Messieurs Issa BERTHE (CPS Santé Bamako), Hippolyte TRAORE (INRSP), Abdala Traoré, Moussa SISSOKO et Modibo DIARRA (tous du LCV à Bamako) pour leur fructueuse collaboration.
Mes remerciements s’adressent également aux responsables des sites d’étude de Bamako (CSRefs commune I, commune II, commune III, commune IV, commune V, commune VI;
Hôpitaux CHU‐GT, CHME; INRSP) ainsi qu’aux personnels Médecins, Pharmaciens, Biologistes, Sages femmes, Techniciens de laboratoire qu’ils ont bien voulu mettre à notre disposition pour une collaboration fructueuse.
Je tiens à également remercier le Professeur Anselme KONATE (CHU‐GT), le Dr. Ouman DEMBELE (CSLS) et Mr. Ishaga COULIBALY (Direction Nationale de la Population) pour la qualité des dernières informations démographiques et de prise en charge du VIH et VHC au Mali.
Mes remerciements s’adressent en particulier à Monsieur André SASSE pour la qualité des informations fournies sur les études épidémiologiques en général.
Je tiens à vivement remercier Monsieur Paul GERARD (chargé de cours de mathématiques à l’ULg) qui a fait une première analyse descriptive et explicative à partir des données épidémiologiques de la première série d’échantillon (femmes enceintes) ainsi que Madame Laurence SEIDEL (Biostatisticienne au département de Santé Publique du CHU‐ULg) qui a fait
une seconde analyse biostatistique à partir de l’ensemble des données collectées dans les deux séries étudiées.
Je remercie également Messieurs et Mesdames Gianni MAGGIPINTO, Mélanie MONFORT, Fabrice SUSIN, Marie Christine WARLING, Adèle PUGLISI, membres du Service d’Hématologie Biologique et Immuno‐Hématologie pour leurs contributions et prestations de qualité.
Puissent mon frère Médecin Dr. Malick BOUARE pour sa participation à l’enquête de terrain, et mes frères Dr Oumar Bouaré et Dr. Issa Bouaré pour les précieux conseils, trouver ici ma reconnaissance.
Je salue le soutien indéfectible et les précieux conseils de Monsieur Tidiane DIARRA.
L’occasion m’est aussi donnée de remercier, très vivement, la conférence des Nations Unies sur le Commerce et le Développement pour le bénéfice du stage sur les techniques moléculaires à l’Université de Cape Town (UCT) en Afrique du sud.
Que les professeurs Lionel OPI, Ikbal PARKER, HENDERSON, Dr. Sandrine, et Madame Ruth, de l’UCT trouvent ici mes vibrants hommages pour les précieux enseignements et conseils dont j’ai bénéficié au cours de mon stage en 2007 à Cape Town University (South Africa).
Je ne peux passer sous silence sans remercier Mesdames N’Diaye Aissé KEITA et N’Deye N’DOYE pour le rôle précieux qu’elles ont joué en son temps au niveau du département de la santé pour l’aboutissement du dossier de projet d’étude et Madame TOURE Djénéba SAMAKE présidente de l’association Malienne de lutte contre les hépatites pour les encouragements et conseils.
Je ne peux terminer sans adresser un vibrant hommage à Feu Professeur Harouna KEITA qui a guidé mes premiers pas dans la recherche pharmaceutique et pour avoir été mon directeur de thèse de pharmacie à l’Ecole Nationale de Médecine et de Pharmacie à Bamako (Mali).
Sans citer de nom, je remercie tous ceux ou toutes celles qui m’ont aidé, écouté attentivement, et ont contribué à l’aboutissement de ce travail.
ABREVIATIONS
Ac : Anticorps (ou Ab : Antibody) Ag : Antigène (ou Antigen)
AgHBs : Ag de surface du virus de l’hépatite B
ADN : Acide Désoxyribonucléique (ou DNA : Deoxyribonucleic Acid) ARN : Acide Ribonucléique (ou RNA : Ribonucleic Acid)
CHC : Carcinome Hépatocellulaire CHU : Centre Hospitalier Universitaire
CHU‐GT : Centre Hospitalier Universitaire Gabriel Toure
CHU‐ULg : Centre Hospitalier Universitaire de l’Université de Liège CHME : Centre Hospitalier Mère‐Enfant (or Mother Child Hospital) CPN : Consultation prénatale (ou ANC : Antenatal Clinics)
CSRef : Centre de Santé de Référence
CTB : Coopération Technique Belge (ou BTC : Belgian Technical Cooperation) EDTA : Ethylene diamine tetra acetic acid
EDSM‐IV : Enquête Démographique et de Santé au Mali (4è édition) EIA : Enzyme immunoassay
ELISA : Enzyme Linked Immunosorbent Assay
ICT : Immunochromatographic Technology (or Lateral Flow) INRSP : Institut National de Recherche en Santé Publique
LBMA‐UB : Laboratoire de Biologie Moléculaire Appliquée de l’Université de Bamako LIA : Line Immuno‐Assay
LiPA : Line Probe Assay
LRS: Laboratoire de Référence SIDA (AIDS Reference Laboratory) N: Nombre de Valeur dans un échantillon (ou Fréquence)
OMS : Organisation Mondiale de la Santé (ou WHO : World Health Organization)
ONUSIDA : Organisation des Nations Unies pour la lutte contre le SIDA (ou UNAIDS : Organization of the United Nations in charge of the fight against AIDS)
P : Probability of significance PCR : Polymerase Chain Reaction
PTME : Prévention de la Transmission Mère‐enfant
RT‐PCR : Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
SIDA : Syndrome de l’Immunodéficience Acquise (ou AIDS : Acquired Immunodeficiency Syndrome)
SLIS : Local system of Health information TRi : Test Ratio of initial assay
ULg : Université de Liège UCT : University of Cape Town
VHB : Virus de l’Hépatite B (ou HBV : Hepatitis B Virus) VHC : Virus de l’Hépatite C (ou HCV : Hepatitis C Virus)
VIH : Virus de l’Immunodéficience Humaine (ou HIV : Human Immunodeficiency Virus) VPP : Valeur Prédictive positive (ou PPV : positive predictive value).
RESUME
La problématique de l’hépatite à virus C est vaste : la prévalence globale est estimée par l’OMS à 3 %; ce qui représente 150 millions de porteurs chroniques et 350.000 décès par an.
La prévalence est élevée en Afrique subsaharienne (0.1 % ‐ 13.8 %). Le traitement est efficace mais pas à 100 % et il n’y a pas encore de vaccin contre le VHC.
Il n’existe à ce jour pas d’étude moléculaire portant sur le virus de l’hépatite C dans la population générale au Mali.
En postulant que l’hépatite à virus C pouvait être un problème de santé publique au Mali, nous avons entrepris une étude intitulée « Prévalence comparée des infections VHC et VIH au Mali ».
Le but de l’étude est de constituer une banque de données scientifiques susceptible d’orienter les actions et décisions de santé publique et de mieux défendre le dossier de création d’un laboratoire d’étude et de recherche sur les hépatites au Mali. Notre étude a pour objectif la caractérisation des deux infections au Mali en documentant notamment la prévalence des marqueurs viraux ainsi que les facteurs de risque de ces infections.
Cette étude, financée par la Coopération Technique Belge, suite à un accord de partenariat bilatéral conclu entre le gouvernement du Mali et la Belgique, a nécessité deux enquêtes menées dans deux sous‐populations de femmes au Mali à savoir : une population jeune composée de femmes enceintes et des femmes âgées de plus de 50 ans vues en consultation de médecine générale.
Les résultats obtenus ont été analysés sous deux angles : analytique et épidémiologique.
1. Sur le plan analytique : en vue de comparer les performances des tests VHC et VIH appliqués aux deux sous‐populations de femmes recrutées au Mali.
2. Sur le plan épidémiologique: l’analyse de la situation épidémiologique a consisté à comparer les fréquences des deux infections VIH et VHC et à identifier les facteurs de risque associés à la survenue des deux infections via un questionnaire soumis aux participantes.
Les résultats de l’étude révélant une prévalence chez les femmes jeunes de 4,1 % pour le VIH et 0.2 % pour le VHC, et des taux de prévalences plus élevés chez les femmes plus âgées : respectivement, 6.1 % pour le VIH et 6.5 % pour le VHC. Ces chiffres confirment la problématique des infections VHC et VIH au Mali.
Le présent travail comporte cinq chapitres : Le chapitre 1 est une introduction à l’étude ;
Le chapitre 2 présente la méthodologie suivie pour réaliser l’étude ; Le chapitre 3 rapporte les résultats obtenus sur le plan analytique ;
Le chapitre 4 analyse les facteurs de risque rapportés par les femmes enrôlées dans l’étude ; Le dernier chapitre comporte la discussion et la conclusion.
CHAPITRE 1 : les objectifs de l’étude
1.1. INTRODUCTION GENERALE 1.1.1. Diagnostic du VHC et du VIH
1.1.1.1. Diagnostic de l’infection par le VHC.
Le VHC est un hépacivirus de la famille des flaviviridae, enveloppé, ARN simple brin, présentant une grande variabilité génotypique (6 génotypes notés de 1 à 6 et de nombreux sous‐types).
Après contamination par le virus de l’hépatite C, l’ARN viral est détectable dans le sérum ou plasma entre 1 et 2 semaines par la méthode PCR [Orland, 2001 ; Hoofnagle, 2002]. Alors, la virémie augmente progressivement pour atteindre 100 000 à 10 000 000 UI/mL. Les transaminases augmentent généralement entre 2 et 8 semaines après l’exposition pour atteindre un pic généralement égal à 10 fois la valeur normale. L’ictère n’apparait que chez 20 à 30 % des patients infectés ; lorsqu’il survient, il est généralement précédé de symptômes généraux tels qu’asthénie, myalgies, fébricules, nausées, vomissement, gènes de l’hypochondre droit. Ces symptômes cliniques surviennent en moyenne 7 semaines après l’exposition [2 à 12] et durent 2 à 12 semaines. Dans la majorité des cas, l’affection peut passer inaperçue. Les anticorps VHC apparaissent en moyenne approximativement 50 jours [20 à 150 jours] après l’exposition [Pawlotsky, 1999]. Ils sont donc présents généralement au moment des symptômes. Néanmoins, ils apparaissent tardivement dans 30 % des cas.
Le diagnostic de l’hépatite C aiguë n’est pas aisé puisqu’il n’existe pas encore de test sérologique permettant d’affirmer le caractère aigu de l’infection. En effet, les anticorps VHC de type IgM sont à la fois présents pendant la phase aiguë et chronique de l’infection [Quiroga, 1991]. Le diagnostic doit par conséquent être basé sur un ensemble de critères [Delwaide, Aliment Pharmacol Ther 2004] :
‐ Le diagnostic peut être affirmé lorsqu'une séroconversion pour les anticorps VHC est observée (patient présentant au moment des symptômes un test anticorps VHC négatif, avec apparition ultérieure d’anticorps VHC).
‐ Si les anticorps VHC sont d’emblée présents au moment des symptômes, le diagnostic de
l’hépatite C aiguë est considéré comme probable lorsque les taux des enzymes hépatiques sont élevés (à au moins 10 fois la norme), chez un patient sans antécédents connus d'hépatopathie chronique, et lorsqu'il existe un facteur de risque de transmission dans les 4 à 6 mois précédant l’apparition des symptômes.
L’évolution naturelle se fait vers une guérison spontanée (dans environ 20 à 30 % des cas), soit vers une hépatite chronique (dans la majorité des cas). En cas de guérison, les transaminases se normalisent en 4‐5 semaines, avec négativation préalable de la virémie.
Le diagnostic biologique du VHC est systématique en cas d’hépatite virale et en cas d’accidents d’exposition au sang. Il se résume principalement en trois phases [Grosjean J, 2009] :
‐ Diagnostic direct : détection et quantification à temps réel du génome viral par PCR ou Real Time PCR; possible recherche d’antigène spécifique VHC par ELISA; génotypage : par hybridation ou séquençage du génome viral (tests spécialisés), les génotypes VHC de 1 à 6 sont nécessaires pour déterminer la dose, la durée et le pronostic d’un traitement.
‐ Diagnostic indirect : recherche d’anticorps spécifiques par ELISA, un test non négatif doit être confirmé par un second échantillon avec une technique ELISA différente ou un immunoblot (RIBA : Recombinant Immuno Binding Assay ; LIA : Line Immuno‐Assay);
recherches biocliniques : de cytolyse hépatique avec élévation des transaminases (ALAT >
ASAT) parfois très importante, hyperbilirubinémie par la biochimie et d’ hyperlymphocytose modérée par méthode hématologique.
‐ Diagnostic différentiel : concerne la recherche des autres hépatites virales aiguës mais surtout chroniques (VHB ± VHD ou virus de l’hépatite D ou Delta).
1.1.1.2. Diagnostic de l’infection par le VIH
Si le sérum et le plasma suffisent pour le diagnostic du VHC, celui du VIH nécessite dans certains cas en plus du sang contenant des cellules mononuclées (recherche du virus par culture ou du génome par PCR ou RT‐PCR) et rarement autres liquides biologiques (LCR, plasma séminal,…).
Le VIH est un lentivirus du genre rétrovirus avec double brin d’ARN, deux génomes pro‐
viraux répliquant respectivement pour VIH‐1 et VIH‐2.
• VIH‐1 : groupe M, N, O et sous types A‐K
• VIH‐2 : sous types A‐F
On entend par génome pro‐viral, l’ADN viral double brin intégré dans l’ADN cellulaire.
Le diagnostic du VIH se résume également en trois phases [Grosjean J, 2009] :
‐ Diagnostic direct : détection/quantification de l’ARN viral par amplification génomique (RT‐
PCR quantitative, NASBA ou Nucleic Acid Sequence Based Assay) ou par hybridation
moléculaire avec amplification du signal (bDNA), ce test est utilisé en routine pour suivi de l’efficacité thérapeutique, évaluation pronostic et diagnostic chez les nouveaux nés ou en cas de suspicion de primo‐infection; détection/quantification de l’Ag p24 par ELISA (primo‐
infections) dans un délai d’environ 15 jours après la contamination; le génotypage de résistance ou recherche des mutations associées à la résistance aux antirétroviraux, par séquençage des gènes codant les protéines cibles des antirétroviraux (RT, PR, gp41,…), l’interprétation des résultats est complexe et évolutive; tests spécialisés tels que détection/quantification de l’ADN viral, culture virale, phénotypage de résistance qui utilise des virus recombinants cultivés en présence d’antirétroviraux, détermination du tropisme viral qui permet la détermination des corécepteurs utilisés par le virus par séquençage de gp 120 (V 3) ou test phénotypique avec les virus recombinants.
‐ Diagnostic indirect : encore appelé diagnostique sérologique comporte les tests de dépistage et de confirmation tels que : dépistage des anticorps anti‐VIH par des tests sensibles; selon la législation française de 2008, un dépistage doit être effectué par 2 techniques ELISA différentes (un test rapide peut être utilisé) dont une détectant VIH‐2 et les VIH‐1 groupe O. Certains tests dits combinés (ou mixtes) détectent à la fois les anticorps anti‐VIH et l’Ag p24 (réduction de la fenêtre virologique). Les anticorps apparaissent 3 semaines à 3 mois après la contamination. Pour un résultat non négatif, la spécificité des anticorps doit être confirmée systématiquement sur le même échantillon par la réalisation d’un Immunoblot ou d’un Western blot (élimination des faux positifs).
Le diagnostic indirect ou diagnostic sérologique est, de loin, le plus largement appliqué dans les laboratoires.
‐ Diagnostic différentiel : syndrome mononucléosique sanguin : il faut rechercher les autres étiologies telles que MNI (EBV), CMV et toxoplasmose ; recherche systématique des infections transmises par voie sanguine (HBV, HCV, HDV) ou sexuelle pouvant être associées;
faire le diagnostic des pathologies et infections opportunistes.
1.1.1.3. Méthodes utilisées au LRS de Liège
Au Laboratoire de référence SIDA (LRS) du CHU de Liège, le diagnostic d’une infection par le virus C et/ou par le VIH est basé à la fois sur les méthodes sérologiques et de biologie moléculaire.
‐ Les échantillons dépistés VIH positifs qui proviennent en général des laboratoires externes sont soumis au LRS à un algorithme de confirmation impliquant la mise en œuvre de plusieurs tests EIA dédiés à la recherche des anticorps anti‐VIH et de l’antigène p24 libre, puis à une technique de type immuno‐blot (Line Immuno Assay) comme méthode de confirmation.
Le diagnostic des enfants nouveau‐nés ainsi que le suivi thérapeutique des patients traités est assuré par les méthodes de biologie moléculaire : mesure quantitative de la charge virale, phénotypage de résistance, etc.
‐ Pour le VHC, la présence des anticorps est confirmée par la mise en œuvre de tests EIA. La mise en évidence du RNA viral est ensuite réalisée par PCR. La caractérisation moléculaire (PCR, génotypage) n’est réalisée à la demande du clinicien que lorsqu'un traitement est envisagé. La caractérisation moléculaire est importante non seulement sur le plan thérapeutique (notamment pour choix du schéma de traitement le plus approprié en fonction du génotype infectant), mais elle présente également un intérêt sur les plans scientifique et épidémiologique.
Dans la littérature, les avis sont partagés quant à la performance des tests VHC immuno‐
enzymatiques (EIA) en Afrique sub‐saharienne. Ceci a stimulé chez nous l’intérêt scientifique de documenter aussi bien l’épidémiologie du VHC que la performance des tests EIA VHC dans la population des femmes au Mali en général pour guider les décisions de santé publique.
1.1.1.4. Tests utilisés pour cette étude
Dans la présente étude, des tests de diagnostic indirect (EIA VHC, confirmation LIA) ont été utilisés pour quantifier la fréquence de l’infection par le VHC. Les tests moléculaires ont permis de faire la caractérisation moléculaire (PCR, génotypage) en vue de déterminer l’épidémiologie moléculaire du virus C au Mali.
En ce qui concerne le diagnostic des infections par le VIH, nous avons utilisé un test de dépistage rapide de troisième génération (sensible et spécifique) détectant le VIH‐1/2 et VIH‐1 groupe O et un test de confirmation LIA pour quantifier la fréquence de l’infection par le VIH dans notre population d’étude. Par souci de réduire le coût de l’étude et compte ténu de la cinétique persistante des anticorps anti‐VIH chez le sujet infecté, nous avons restreint l’étude VIH à la seule sérologie.
Il faut signaler qu’actuellement, au Mali, pour prévenir la transmission verticale du VIH quelques tests rapides sont utilisés pour le dépistage des femmes enceintes qui fréquentent les centres de santé pour consultations prénatales. Le « VIKIA HIV1/2 3rd generation test » (BioMerieux) est hautement sensible et spécifique, ne requiert pas d’équipement complexe et donc pourrait faciliter le dépistage du VIH particulièrement dans les aires les moins équipées [Piche J, 2006; Plantier JC, 2008]. Ceci a contribué à stimuler notre curiosité d’évaluer l’efficacité de ce test chez les femmes au Mali.
1.1.2. Prévalence du VHC
Le virus de l’hépatite C (VHC) a probablement émergé au début du 20ème siècle pour diffuser ensuite chez l’homme avec le développement de la transfusion sanguine, des soins médicaux et l’usage de drogues par voie I.V [Trépo C, 2006]. Au cours des dernières années, il s’est imposé comme un problème majeur de santé publique en France comme dans d’autres pays développés [Trépo C, 1999].
Découvert en 1989 par Houghton et al. [Trépo C, 2006], l’hépatite à virus C (VHC ou HCV en anglais) est la principale cause d’hépatites chroniques et de cirrhoses en Europe et en Amérique du Nord [Trépo C, 2006]. Dans ces pays, avant la prise des mesures préventives telles que la sélection des donneurs de sang et le dépistage des dons de sang, la transfusion sanguine était la principale cause de la transmission du VHC et comptait pour plus de 1/3 des cas [Trépo C, 2006].
L’estimation de la prévalence dans la population générale est imprécise à cause de la difficulté de collecter des échantillons représentatifs et du coût de telles études [Trépo C, 2006]. Les données récentes de l’OMS sur le virus de l’hépatite C indiquent 150 millions de porteurs chroniques et 350.000 décès par an [OMS, 2012]. Le VHC représente (20 %) des hépatites aiguës ; la chronicité survient dans 60 à 90 % des cas et la cirrhose peut survenir dans environ 20 % des cas après 20 ans d’évolution de la maladie chronique. Le carcinome hépatocellulaire (CHC) surviendrait dans 3 à 5 % par an sur cirrhose et le risque de mortalité lié au VHC serait de l’ordre de 2 à 5 % des cas de carcinome hépatocellulaire par an.
L’hépatite chronique C est la première cause de transplantation hépatique en Europe et aux Etats‐Unis et la seconde en France après la cirrhose alcoolique [Trépo C, 1999]. La transfusion de sang et de produits dérivés du sang a été responsable de la majorité des infections par le virus de l'hépatite C (VHC) avant l'identification du virus en 1989 et le développement de tests de détection des marqueurs spécifiques d'infection [Roudot‐
Thoraval F, 2000].
La distribution géographique du VHC est variable, avec des régions de haute prévalence telles que l’Afrique et l’Asie où la prévalence peut excéder 10 %, et des régions de faible endémie telles que l’Amérique du Nord ou l’Europe de l’Ouest avec une prévalence d’environ 1 %. En Afrique sub‐saharienne, la prévalence de l’infection par le VHC oscille entre 0,1 % et 13,8 % [Madhava V, 2002].
La haute prévalence de l’infection VHC dans les pays en développement est principalement due à la transmission iatrogénique produite durant les campagnes de traitement ou de vaccination en masse. Le cas le mieux documenté est celui d’Egypte où des campagnes de traitement anti‐schistosomiase ont été conduites entre 1920 et 1980 [Franc C, 2000]. La
diffusion du VHC représente encore un problème majeur de santé publique dans les pays en développement dans lesquels une prévalence VHC élevée est associée avec une sécurité transfusionnelle sous‐optimale [Trépo C, 2006]. Dans les pays où historiquement l’épidémie du VHC a émergé très tôt, on enregistre déjà une augmentation notoire de l’incidence des complications hépatiques.
1.1.3. Transmission du VHC
L’hépatite C, est une infection qui a des modes de transmission assez semblables à ceux du VIH et du VHB; c’est à dire transmission par contact direct (transmission sexuelle) et indirect (transmission à l’aide d’un véhicule tel que instrument piquant ou tranchant, et transmission par échange placentaire : mère‐enfant).
La transmission du VHC est essentiellement parentérale [Delwaide J, 2002]. Historiquement, l’infection VHC s’est développé à travers trois modes de contamination : via les soins médicaux par la réutilisation des aiguilles et seringues sans subir de stérilisation préalable, via la transfusion sanguine avant 1991, et finalement, à travers la toxicomanie par voie intraveineuse ou le partage des pailles pour inhalation de cocaïne [Trépo C, 2006].
Le risque de transmission verticale du VHC est estimé à 12 % si la mère est porteuse de l’ARN viral, et à 27 % si la mère présente une charge virale VHC supérieure à > 2,5 106 copies/ml [Roudot‐Thoraval F, 2000].
Dans les pays industrialisés, le risque de transmission du VHC par transfusion est actuellement contrôlé par les mesures prises pour sécuriser les dons de sang : sélection clinique, dépistage des marqueurs infectieux chez les donneurs de sang et l’application des procédés d’inactivation virale. Dans les pays industrialisés, la toxicomanie est actuellement le mode majeur de transmission de l’infection par le VHC [Trépo C, 2006].
La transmission sexuelle du VHC est exceptionnelle [Grosjean J, 2009].
Le risque lié à l’infection par le VHC peut être mesuré par comparaison de sa prévalence avec celle du VIH.
La notion de comparaison et co‐infection VHC/VIH nous amène à décrire la situation épidémiologique du VIH‐SIDA.
La transmission verticale (de la mère à l’enfant) du VHC est estimée à moins de 5 %, mais en cas de coinfection par le VIH, ce risque peut atteindre 15 % à 20 % [Gibb DM, 2000]. De même, cette coinfection favorise la progression de l’hépatite vers la cirrhose [Benhamou Y, 1999].
L’infection par le VHC, due aux facteurs communs de risque, est plus fréquente parmi les personnes séropositives au VIH, que parmi la population globale. On estime à 300 000 le nombre de personnes co‐infectées VIH‐VHC aux Etats‐Unis, et dans quelques études sur les
des cas en général et jusqu’à 90 % des personnes hémophiles ou des utilisateurs de drogues par voie intraveineuse [Brian Boyle, 2003].
1.1.4. Epidémiologie du VHC au Mali
Le VHC reste insuffisamment exploré au Mali comme dans beaucoup de pays d’Afrique au sud du Sahara.
Au Mali, les études portant sur le VHC ont le plus souvent été entreprises parmi les populations spécifiques telles que donneurs de sang, les patients souffrant d’hépatite chronique ou soumis à l’hémodialyse [Diarra A, 2009 ; Maiga Moussa Y, 2002 ; Baby M, 2011]. Des études représentatives et l’épidémiologie de l’infection par le VHC dans la population générale du Mali ne sont donc pas abondantes. La détermination des facteurs de risque communs au VIH et VHC permet la mise en œuvre de mesures préventives efficaces.
C’est pourquoi, nous avons voulu documenter les profils épidémiologiques, les facteurs de risque et les modes de transmission partagés par les deux maladies infectieuses VHC et VIH au Mali en utilisant les données épidémiologiques collectées durant ce travail.
En ce qui concerne la population des donneurs de sang au Mali, la séroprévalence du VHC a été estimée à 3,30 % [Diarra A, 2009]. Au Mali, la séroprévalence du VHC n’a pas été déterminée chez les femmes enceintes et l’est encore moins dans la population générale.
L’épidémiologie moléculaire est, elle aussi, méconnue. Dans ce pays, pendant que les programmes de prévention et de traitement sont implémentés pour le VIH, beaucoup reste à faire pour les hépatites virales en général.
Eu égard à la problématique de l’hépatite C (VHC) dans le monde et particulièrement en Afrique au sud du Sahara et, considérant les limites des études du VHC au Mali (sérologies, le plus souvent, non confirmées et l’absence d’étude moléculaire), nous avons formulé l’hypothèse que « l’hépatite à virus C serait un problème de santé publique dans ce pays ».
Selon une estimation faite par UNAIDS epidemic update [UNAIDS/WHO, 2007] en 2007, il y aurait, en Afrique sub‐saharienne, 22,5 millions (20,9‐24,3 millions) de personnes vivant avec le VIH, soit 68 % des cas mondiaux. L’Afrique de l’Ouest, considérée comme la région la plus peuplée du continent, montre une prévalence comprise entre 1 % et 5 % [UNAIDS, 2008].
Cette région est aussi l’épicentre de l’épidémie du VIH‐2 [Santiago ML, 2005]. La prévalence du VIH dans la population générale du Mali est de 1,3 % [EDSM‐IV, 2006].
Notre étude a été conduite à Bamako (capitale du Mali). Le Mali est un pays situé en Afrique de l’Ouest et fait frontière avec la Côte d’Ivoire et la Guinée Conakry au Sud, la Mauritanie et le Sénégal à l’Ouest, l’Algérie au Nord, le Niger à l’Est et le Burkina Faso au Sud‐Est [Map of Mali].
Figure 1 : carte du mali et des pays voisins.
Le Mali a une superficie d’environ 1 241 148 km2 [EDSM‐IV, 2006] ; sa population est estimée à 15 840 000 habitants (dont 10 312 000 vivraient en milieu rural et 5 528 000 en milieu urbain); la population féminine compterait pour 50,01%
[Perspective de la population du Mali, DNP 2012].
port du nombre de visites (CPN) sur le nombre de ouveau cas de grossesse enregistrés.
ont décrit une association entre l’âge et la séroprévalence du VHC [Ndong‐Atome GR, 2008].
Le choix de Bamako était motivé par le fait que cette ville a réalisé le taux de couverture maximum en consultation prénatale entre 2006 et 2007 (85 %‐90 %), avec un indice d’assiduité variant de 2,12 à 2,21 [Annuaire Système Local d’Information Sanitaire du Mali, 2007]. L’indice d’assiduité étant le rap
n
Pour estimer et comparer la prévalence des deux infections et évaluer la performance des tests EIA‐VHC, nous avons entrepris dans un premier temps une étude dans deux populations de femmes au Mali : (1) des femmes enceintes (ou femmes jeunes) : cette population, bien qu’ exclusivement féminine, peut être considérée comme représentative de la population générale parce que les patientes ne sont pas sélectionnées sur la base des facteurs de risque spécifiques et sont supposées être en bonne santé [Faulques B, 1999]. Par ailleurs, ces femmes peuvent être facilement accessibles pour enquête épidémiologique et représentent en outre le vecteur des modes majeurs de transmission du VIH (sexuel et vertical) ; (2) des femmes âgées de plus de 50 ans fréquentant la consultation de Médecine générale dans deux hôpitaux de Bamako : cette seconde population est susceptible d’être plus informative sur l’épidémiologie du VHC, comme suggéré par Ndong‐Atome et al. qui
1.2. BUTS DE L’ETUDE 1.2.1. Objectif Général
Cette étude contribue à développer des moyens diagnostiques et de prévention des deux infections VHC et VIH en documentant les performances techniques des tests commerciaux ainsi que les aspects épidémiologiques. Les données récoltées devront nous permettre de mieux documenter et de défendre un dossier d’organisation du management des hépatites virales au Mali.
1.2.2. Objectifs Spécifiques
- Quantifier les fréquences des infections VHC et VIH au Mali.
- Développer des moyens de prévention de la transmission (sanguine, sexuelle, et surtout néonatale) des virus VHC et VIH au Mali par l’identification des facteurs de risque.
- Déterminer l’épidémiologie moléculaire du VHC au Mali.
- Optimiser le dépistage et le diagnostic biomédical du VHC au Mali.
- Optimiser le dépistage du VIH au Mali.
- Défendre le dossier d’implantation d’un laboratoire d’étude des hépatites virales et du VIH‐Sida au Mali (Hepatitis virus and HIV Research Laboratory) ou (Laboratoire de recherche sur les hépatites virales et le VIH: LRH).
- Inciter les décideurs à s’impliquer en faveur de la création d’un programme de lutte contre les hépatites virales au Mali.
1.2.3. Méthodologie générale
- Etudier la prévalence des marqueurs des infections HCV et HIV chez les femmes enceintes se présentant en consultation prénatale dans les Centres de santé de référence (CSRef) de Bamako au Mali.
- Etudier la prévalence des marqueurs des infections HCV et HIV chez les femmes de plus de 50 ans se présentant en consultation de médecine générale dans 2 hôpitaux de Bamako au Mali.
- Procéder à une analyse globale des résultats obtenus.
CHAPITRE 2: Sujets et Méthodologie
2.1. SERIES ETUDIEES
Deux enquêtes successives ont été réalisées à Bamako :
• La première, réalisée chez les femmes enceintes recrutées dans les six centres de santé de référence de Bamako en 2009.
• La seconde, chez les femmes de plus de 50 ans vues en consultation de médecine générale dans deux hôpitaux (Centre hospitalier Mère‐Enfant et Centre Hospitalier Universitaire Gabriel TOURE) en 2010.
Il s’agit de deux études prospectives et transversales.
Les séries étudiées sont les suivantes : 2.1.1. Les femmes enceintes (≤ 50 ans)
La taille de l’échantillon à analyser est le résultat d’un choix raisonné basé sur les critères suivants :
• L’absence d’étude fiable sur l’infection VHC chez les femmes enceintes au Mali.
• La taille de l’échantillon : équivalente à celle utilisée pour d’autres études [Ndong‐
Atome GR, 2008].
• Le coût de réalisation des essais.
Les critères de sélection des femmes jeunes ont été les suivants :
Critères d’inclusion : toute femme enceinte vue en consultation prénatale dans un des six centres de santé de référence de Bamako et recrutée après consentement informé.
Critères d’exclusion : le refus de participer à l’étude et le traitement par l’héparine (un inhibiteur de PCR).
2.1.2. Les femmes de > 50 ans
La taille minimum de l’effectif a été calculée de la manière suivante qui tient compte de la prévalence supposée du marqueur recherché dans la population cible.
Considérant la formule : p – E < p < p + E, correspond à l’intervalle de confiance et tenant compte de la prévalence attendue p= 3 % = 0,03 et E = marge d’erreur, nous avons estimé la taille minimale de notre échantillon n = 200 femmes de plus de 50 ans [Marc M. Triola, 2009].
Sur le terrain, 237 femmes dont 231 âgées de plus de 50 ans ont été recrutées.
Les critères de sélection des femmes plus âgées ont été les suivants :
• Critères d’inclusion : toute femme âgée de plus de 50 ans fréquentant les services de consultation de médecine générale de 2 hôpitaux de Bamako (CHU Gabriel Touré, Hôpital Mère‐enfant).
• Critères d’exclusion : le refus de donner son consentement, tout état physique ou mental ne s’y prêtant pas à l’enquête, et le traitement par l’héparine.
Il est à noter que tous les sujets participant à l’étude ont donné volontairement [Principe opt in : OMS, 2006; Kiréré Mathe, 2008] et anonymement leur consentement après avoir reçu des informations utiles sur les 2 infections VIH et VHC (voir annexes 1 et 2).
2.2. PREPARATION DE L’ENQUETE SUR LE TERRAIN
La stratégie mise en place et utilisée a comporté de nombreuses étapes ; elle s’est articulée autour des axes principaux suivants :
Les démarches auprès du département de la santé au Mali ont comporté :
• une audience avec Monsieur le ministre de la santé et des réunions techniques au département de la santé, de manière à avoir l’adhésion et le soutien du dit département ;
• Le protocole d’étude a ensuite été soumis au comité scientifique et éthique de l’institut national de recherche en santé publique (INRSP);
• Des démarches auprès des autorités sanitaires des sites d’étude ont également été menées pour expliquer le bien fondé de l’étude et identifier les sites convenant le mieux pour l’étude;
• Des démarches auprès de la société civile ont été entreprises, notamment un entretien avec la présidente de l’association malienne de lutte contre les hépatites;
• Des formulaires spécifiques ont été élaborés : des questionnaires (voir annexes 3 et 4), un formulaire de consentement éclairé anonyme et volontaire, des cartes de prélèvement, etc ;
• Ensuite, des modes opératoires normalisés ont été rédigés, relatifs au prélèvement sanguin, aux navettes de collecte des échantillons primaires, à la préparation des échantillons‐tests incluant la réception d’échantillons primaires, la conservation et le transport des échantillons (voir annexes 5 et 6);
• Une carte de prélèvement a été confectionnée pour assurer la traçabilité de l’enregistrement de tous les prélèvements effectués dans le cadre de l’étude (voir annexe 7);
• Il a ensuite été procédé à la formation des enquêteurs de terrain tels que : les superviseurs (médecins et autres chercheurs), les sages femmes, les techniciens de laboratoire etc... à l’utilisation des formulaires et des procédures ;
• Un technicien de laboratoire formé a été délégué auprès de chaque chauffeur;
• Les chauffeurs ont été informés sur la conduite à tenir pour la navette de collecte (voir annexes 8 et 9);
• Des visites et le ravitaillement des sites d’étude en produits et consommables médicaux ont été organisés avant enquête et pendant l’enquête;
• L’enquête proprement dite a ensuite été menée : collecte de sang et recueil des informations relatives au mode de vie, antécédents cliniques et connaissances des deux maladies par un questionnement des sujets participants à l’étude;
• Les prélèvements ont été transportés des sites de prélèvement vers les sites de préparation des échantillons‐tests;
• Les échantillons‐tests ont été préparés (centrifugation, décantation, congélation) et conservés dans les conditions ad hoc (voir annexe 10 et 11);
• Des actions d’amélioration des points faibles par l’accompagnement et le suivi des équipes sur le terrain ont été nécessaires pour aider les partenaires de terrain à optimiser leur travail, concentrer leurs efforts sur le projet de façon à éviter des dispersions et relâchements liés aux tâches de la vie quotidienne. Toutes choses permettant d’assurer la permanence d’une boucle de rétroaction (cycle de qualité) ont été mises en œuvre;
• Les échantillons‐tests ont été transportés dans des conditions adéquates (cryotubes d’échantillons disposés dans de conteneurs dotés de glace carbonique) vers le CHU de Liège via DHL (voir annexe 12);
• La réalisation des analyses, et l’interprétation des résultats ont été effectués au laboratoire de référence SIDA du CHU‐ULg à Liège, Belgique;
• Les résultats des données épidémiologiques recueillies au moyen des questionnaires ont fait l’objet d’analyses statistiques par le Service de Biostatistique du CHU de Liège.
Afin d’illustrer certaines étapes de l’enquête, voici quelques photos démonstratives des activités préparatoires et de réalisation de l’enquête.
2.3. DEROULEMENT DE L’ENQUETE 2.3.1. Programmes de formation
Les enquêteurs ont été recrutés en fonction de leur compétence technique, leur motivation et leur disponibilité. Des programmes de formation ont été organisés à l’intention des membres de l’équipe d’enquête en se basant sur leur profil professionnel, leur compétence technique et leur disponibilité (ou pas) pour des formations en groupe. Globalement, environ 50 enquêteurs ont été formés.
Au cours de chaque formation les supports de travail (formulaires et procédures d’enquête) étaient soumis à l’appréciation des participants afin qu’ils puissent contribuer à leur amélioration.
Figure 2 : Le Doctorant (en blouse blanche à gauche) avec les membres de son équipe d’enquête après une séance de formation / échange d’informations sur les formulaires et les procédures à suivre.
2.3.2. Counselling
Les quelques images qui suivent illustrent quelques étapes du processus des enquêtes telles qu’elles se sont déroulées sur le terrain : information préalable, couselling VIH (VHC inclus), prélèvement sanguin, navette de collecte et préparation des échantillons‐tests (sérum et/ou plasma).
Figure 3 : Sage‐femme lors de la causerie de groupe sur la PTME avec les femmes enceintes.
2.3.3. Fiches de consentement
La fiche de consentement soumise à la patiente (annexes 1 et 2) est remplie par la sage‐
femme qui assure le counselling pour la première enquête et par le médecin pour la seconde enquête.
Ce formulaire comporte des recommandations générales sur la manière d’accueillir les participantes. Il reprend les paramètres d’identification de chaque patiente et comporte des informations relatives aux infections par les virus VIH et VHC et leur évolution. Il indique également les critères d’exclusion de l’étude.
A huis clos, il est demandé à la patiente si elle marque son accord pour participer à l’étude.
Si elle accepte, il lui est expliqué qu’elle aura à répondre à un certain nombre de questions et à se soumettre à un prélèvement sanguin.
Pour la première enquête, la patiente est ensuite confiée à une autre sage‐femme formée en counselling et qui aidera la patiente à répondre aux items du questionnaire sur les facteurs de risque.
Figure 4 : Sage‐femme lors d’un entretien de couselling en vue d’obtenir le consentement éclairé de la patiente.
2.3.4. Le questionnaire
Les questionnaires (voir annexes 3 et 4) comportent un certain nombre de questions dont les réponses sont, le plus souvent de type oui/non.
Le questionnaire est utilisé pour collecter des informations relatives aux comportements à risque ou potentiellement à risque chez toutes les femmes participantes et les données étaient analysées en général pour identifier les facteurs de risque de transmission des deux infections. La parasitose (trypanosomiase) était recherchée à travers un questionnement spécifique permettant de faire un diagnostic présomptif [Pitcovsky TA, 2001]. Pour cela, les participantes étaient questionnées si elles ont présenté des symptômes tels que troubles du sommeil, anorexie ou prurit. La résidence (ou l’habitat) des sujets était définie comme suit : résidence urbaine (municipalités du district Bamako ou chef lieu de ville de la région administrative) ou rurale (toutes aires en dehors du district de Bamako et des chefs lieu de ville des régions administratives). Le Mali compte 8 Régions administratives plus le district de Bamako.
Les questions sont réparties en trois grandes catégories :
• celles qui se rapportent aux caractères socio‐professionnels et démographiques : mode de vie, habitat, pratiques socio‐culturelles telles que tatouage / scarification / piercing, excision, infibulation, visite du mari ou partenaire chez le coiffeur,
• celles qui concernent plus spécialement les renseignements cliniques : antécédents médicaux : traitement par l’héparine (inhibiteur de PCR), parasitose (trypanosomiase), transfusion, hospitalisation, dialyse, soins dentaires, fibroscopie, rectoscopie.
• et celles qui visent à cerner le degré de connaissance des patients en matière d’infection par le VIH et/ou le VHC : connaissance du VIH, VHC ou hépatites virales en général.
2.3.5. Le prélèvement et conservation du sang
Des modes opératoires détaillés sont mis à la disposition du personnel chargé de procéder aux prélèvements veineux (voir annexes 5 et 6). Après le prélèvement, le technicien remplit la carte de prélèvement (voir annexe 7).
Les formulaires de consentement, les questionnaires dûment remplis, le double de la carte de prélèvement ont accompagné les tubes de sang prélevé et étiquetés jusqu’au laboratoire où s’effectue la préparation et la conservation des échantillons.
Figure 5 : Technicienne de laboratoire à la recherche d’un point de ponction veineuse pour la réalisation du prélèvement.
Figure 6 : Technicienne occupée à ranger les tubes de sang veineux dans un container réfrigéré.
2.3.6. Transport des échantillons
Deux fois par jour, les chauffeurs assurent une navette entre les points de collecte et le laboratoire central (voir annexes 8 et 9). Comme indiqué dans le mode opératoire correspondant, une vérification est réalisée lors de chaque étape du processus tant en ce qui concerne l’identification de l’échantillon que la non rupture de la chaine du froid.
Figure 7 : Chauffeur assurant la navette (transport des prélèvements vers le laboratoire chargé de la préparation des échantillons‐tests).
2.3.7. Préparation et conservation des échantillons
Les prélèvements sont traités dans les 6 heures qui suivent la ponction veineuse afin de préserver la qualité des échantillons. Ils sont centrifugés dans une centrifugeuse réfrigérée ou non et aliquotés (voir annexes 10 et 11) dans des cryotubes eux‐mêmes dûment étiquetés puis congelés dans un congélateur entre ‐20 et ‐80°C. Tous les prélèvements traités sont répertoriés dans un registre.
Figure 8 : Le Doctorant lors de l’aliquotage des échantillon‐tests (séra ou plasmas) après centrifugation du sang total veineux recueilli en tube (sec ou EDTA).
