PROFIL DE RESISTANCE DES BACTERIES ISOLEES DES INFECTIONS URINAIRES A L’HOPITAL EL-FATEH A PORTO-NOVO

REPUBLIQUE DU BENIN -*-*-*-*-*-

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI -*-*-*-*-*-

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI -*-*-*-*-*-

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE -*-*-*-*-*-

RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION POUR L’OBTENTION DU DIPLOME DE LICENCE PROFESSIONNELLE

Thème

PROFIL DE RESISTANCE DES BACTERIES ISOLEES DES INFECTIONS URINAIRES A L’HOPITAL EL-FATEH A

PORTO-NOVO

Réalisé et soutenu par :

Nadine Daminos TOMETIN Sous la direction de :

Tutrice : Superviseur : Mme Halylath MOUNIROU-DEEN

Biologiste medical EL – FATEH/ Porto-Novo

Prof Honoré S. BANKOLE Microbiologiste

Professeur titulaire des universités EPAC/UAC Composition du Jury :

Président : Prof Théodora A. AHOYO Superviseur : Prof Honoré S. BANKOLE Examinateur: Dr Olivia M. Y. HOUNGBEGNON

ANNEE ACADEMIQUE : 2017-2018

REPUBLIQUE DU BENIN -*-*-*-*-*-

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI -*-*-*-*-*-

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI -*-*-*-*-*-

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

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OPTION : ANALYSES BIOMEDICALES

DIRECTEUR : Professeur Guy ALITONOU

DIRECTEUR ADJOINT : Professeur Xavier FIFATIN

CHEF DE DEPARTEMENT : Professeur Eugénie ANAGO

NOM et Prénoms Matières enseignées ABLEY Sylvestre Déontologie

ADOMOU Alain Physique

AGBANGLA Clément Génétique

AGOUA Jean Informatique

AHOYO Théodora Angèle Microbiologie / santé publique et Hygiène hospitalière

AKAKPO B. Huguette Education Physique et Sportive AKPOVI D. Casimir Biologie Cellulaire/ Physiologie

Humaine/ Biochimie Métabolique ALITONOU Alain Guy Chimie Générale/ Chimie

Organique

ANAGO Eugénie Biochimie Structurale/ Biochimie clinique/ Biologie ANAGONOU Sylvère Education Physique et sportive ATCHADE S. Pascal Parasitologie/Mycologie/

Entomologie Médicale AVLESSI Félicien Chimie Générale/ Chimie

Organique

BANKOLE Honoré S. Bactériologie/ Virologie DARBOUX Raphael Histologie Appliquée DESSOUASSI Noel Biophysique

DOSSEVI Lordson Techniques Instrumentales DOSSOU Cyriaque Techniques d’Expression et

Méthodes de Communication DOUGNON T. Victorien Microbiologie

LISTE DES ENSEIGNANTS

HOUNNON Hyppolite Mathématiques

HOUNSOSSOU Hubert Biostatistique et Epidémiologie LALLY Armel Législation et Droit du Travail LOKO Frédéric Biochimie Clinique

LOKOSSOU Gatien Immunologie/ Immuno-Pathologie LOZES Evelyne Immunologie/ Immuno –Pathologie MASSOULOKONON Vincent Histologie Générale

OGOUNDIKPE Nicarette Informatique médicale SECLONDE Hospice Transfusion Sanguine

SEGBO Julien Biochimie/ Biologie Moléculaire SENOU Maximin Histologie Appliquée

SOEDE Casimir Anglais

TOPANOU Adolphe Hématologie/ Hémostase TOHOYESSOU Zoe Soins infirmiers

YOVO K. S. Paulin Pharmacologie / Toxicologie

A tous ces scientifiques qui œuvrent sans cesse pour le bien-être de la population mondiale!

 A Dieu, le Tout-Puissant, pour sa grâce infinie, ton amour et ton aide tout au long de ma formation, merci infiniment.

 A mes parents Bernard TOMETIN et Antoinette AGASSOUSSI, que Dieu renforce nos liens. Longue vie à vous.

 A mon mari Maxime MONDJI, sous le soleil ardent et la pluie, tu déploies des efforts pour ma réussite. Que Le Tout-Puissant te donne la longévité.

 Au Professeur Cyrille BOKO, infiniment merci. Vous avez été un appui très important pour moi. Que Dieu vous bénisse.

 A mon superviseur, Professeur Honoré S. BANKOLE. Vous m’avez fait confiance en acceptant de me guider dans la réalisation de ce travail. Que Dieu vous bénisse.

 A mes frères et sœurs, que ce travail soit un exemple pour vous.

 A tous les enseignants et techniciens du département de GBH. Profonde gratitude.

 A ma tutrice Madame Halylath MOUNIROU-DEEN. Que Dieu vous récompense à sa juste valeur.

 A tout le personnel du Laboratoire de l’hôpital El-FATEH. Merci pour les bons moments passés ensemble.

 A tous mes camarades de promotion notamment : Philippe GBAKITI Césaire DEGAN, David AVADRA. Courage et persévérance à tous.

 A tous ceux et à toutes celles qui de près ou de loin ont contribué à la réalisation de ce travail. Soyez-en remerciés.

DEDICACE

 A son Excellence le Président du Jury !

En acceptant de présider mon jury de soutenance de rapport de stage de fin de formation, vous me faites un grand honneur. Par vos observations, j’espère améliorer ce travail. Hommages respectueux.

 Aux Honorables Membres du Jury !

Je suis très heureux de vous avoir dans mon jury. Vos remarques sont indispensables à l’amélioration de ce travail. Profondes gratitudes.

HOMMAGES

LISTE DES ABREVIATIONS S.aureus : Staphylococcus aureus

E. coli : Escherichia coli Ml : Millilitre

°C : Degré Celsius

AMC : Amoxicilline + Acide clavulanique CTR : Ceftriaxone

IPM : Imipenème GMN : Gentamicine CIP : Ciprofloxacine NXN : Norfloxacine DOX : Doxyclycline

Tableau I: Répartition des échantillons d’urines en fonction du sexe ………..22 Tableau II: Répartition des échantillons d’urines en fonction des tranches d’âges des patients………...23 Tableau III: Répartition des échantillons d’urines en fonction des résultats de la

culture……….. …24

Tableau IV : Répartition des échantillons d’urines en fonction du sexe et du résultat de la culture……… …25 Tableau V : Répartition des échantillons d’urines en fonction de l’âge et des résultats de la culture………...……26 Tableau VI: Bilan des espèces bactériennes isolées…………..…………...….27 Tableau VII: Profil de résistance des souches de Staphylococcus aureus…. …28 Tableau VIII: Profil de résistance des souches d’Escherichia coli…………...29 Tableau IX : Répartition des échantillons d’urines en fonction du sexe ……..30 Tableau X: Répartition des échantillons d’urines en fonction des tranches d’âges des patients …………...31 Tableau XI : Répartition des échantillons d’urines en fonction des résultats de la culture………..32 Tableau XII: Répartition des résultats d’urine en fonction du sexe et des résultats de la culture………..33 Tableau XIII: Répartition des échantillons d’urine en fonction de l’âge et des résultats de la culture ………..34 Tableau XIV: Bilan des espèces bactériennes isolées………35 Tableau XV: Profil de résistance des souches de Staphylococcus aureus…….36 Tableau XVIII: Profil de résistance des souches d’Escherichia coli………....37

LISTE DES TABLEAUX

SOMMAIRE

INTRODUCTION……….1

PARTIE I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE………..2

PARTIE II : MATERIEL ET METHODES………...……….……...10

PARTIE III : RESULTATS ET COMMENTAIRE………..21

CONCLUSION ET SUGGESTIONS………40

REFERENCES………42

Les infections urinaires sont des infections touchant l’appareil urinaire. Leur diagnostic repose sur l’examen cytobactériologique des urines (ECBU). Il consiste à réaliser un examen cytologique suivi d’un isolement bactériologique et l’étude du profil de résistance de la bactérie en cause. La présente étude a eu pour objectif général de faire le bilan des espèces bactériennes isolées des infections urinaires de la période allant du Janvier à Décembre 2017. Pour ce faire, une fouille minutieuse du registre a été effectuée pour ressortir, rassembler et analyser tous les résultats des examens cytobactériologiques des urines. Les résultats de ce bilan montrent que 67,96% des prélèvements urinaires présentent une infection, les femmes (60%) sont plus touchées que les hommes. Par ailleurs, 39 échantillons d’urines ont été analysés au cours de l’étude dont 61,54

% étaient positifs à la culture. Des échantillons ayant donné un résultat positif à la culture, 62,50 % provenaient des femmes. Cela vient confirmer les résultats de l’étude rétrospective. Staphylococcus aureus (60%), suivie de E. coli (15.71%) sont les bactéries dominantes dans les deux études.

Mots clés : Infection urinaire, Examen Cytobactériologique des urines, Espèces bactériennes

RESUME

Urinary tract infections are infections affecting the urinary tract. Their diagnosis is based on the cytobacteriological examination of urine (ECBU). It involves performing a cytological examination followed by bacteriological isolation and studying the resistance profile of the bacterium in question. The general objective of this study was to review bacterial species isolated from urinary tract infections from January to December 2017. To do this, a thorough search of the record was carried out to highlight, collect and analyze all the results of cytobacteriological examinations of urine. The results of this show that (67,96%) of urine samples have an infection, women (80, 77%) are more affected than men. The results from 07 august to 09 november show that (61,96%) of urine samples have an infection, women (62,50%) are more affected than men. Staphylococcus aureus, followed by E. coli are the bacteria dominant.

Keys words: Urinary infection, Cytobacteriological examination of urine, Bacterial specie

ABSTRACT

INTRODUCTION

Les infections urinaires constituent un motif fréquent de consultation en médecine [5]. Elles représentent plus de 7 millions de consultation et 1 million d’hospitalisations aux Etats-Unis [4]. Au Bénin, en 2012, le nombre de cas d’infections urinaires rencontrés en consultation et en hospitalisation a été évalué à plus de 18300[2].

Souvent considérées comme banales et bénignes, les infections urinaires peuvent néanmoins avoir des conséquences pathologiques sévères. Elles peuvent aboutir à une dissémination hématogène ou une insuffisance rénale que ce soit chez l’homme ou chez la femme [3, 4,5]. Une telle situation impose alors une prise en charge convenable de ces infections, véritable problème de santé publique [5]. Cette prise en charge passe par un diagnostic de laboratoire.

Le diagnostic de laboratoire des infections urinaire repose sur l’examen cytobactériologique des urines qui est l’une des analyses les plus demandées au laboratoire de bactériologie. C’est une méthode d’analyse cytologique et bactériologique des urines, fréquente et couramment pratiquée dans les laboratoires d’analyses biomédicales. Son but est de révéler l’agent pathogène responsable de l’infection urinaire ainsi que l’antibiotique adéquat pour la biothérapie.

La section de bactériologie du laboratoire de l’Hôpital El-FATEH, depuis sa mise en fonction, a contribué au diagnostic et à la confirmation des infections urinaires.

La présente étude a eu pour objectif général de réaliser le bilan des résultats des examens cytobactériologiques des échantillons d’urines reçus au laboratoire de l’Hôpital El-FATEH à Porto-Novo de la période allant du 1^er Janvier 2017 au 31 Décembre 2017.

Page | 2 Spécifiquement, il s’est agi de :

- Evaluer la qualité microbiologique des échantillons d’urines reçus pendant la période de notre stage ;

- Faire un point reprospectif des examens cytobactériologiques des urines exécutés dans ce laboratoire pendant la période allant du 1^er janvier 2017 au 31 décembre 2017 ;

La présente étude a été rédigée en trois parties essentielles en dehors de l’introduction et de la conclusion. La première partie a permis d’aborder la synthèse bibliographique sur les infections urinaires. Le matériel et la méthodologie ont été abordés dans la deuxième partie. Quant à la troisième partie, elle présente des résultats suivis du commentaire.

CHAPITRE I

SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

I.1. DEFINITION DE QUELQUES CONCEPTS I.1.1. Isolement

L'isolement est une technique qui permet de séparer les bactéries d'un échantillon. Il permet aussi d'obtenir des colonies différentes, espacées les unes des autres. Chaque cellule isolée étant alors potentiellement susceptible de conduire à une colonie. Pour ce faire, on utilise une anse de platine. Cet instrument est stérilisé entre chaque utilisation.

I.1.2. Infection urinaire

Elle est définie par une multiplication microbienne au sein des voies urinaires associée à une réaction inflammatoire locale et résulte d’un déséquilibre entre les défenses naturelles de l’hôte et le pouvoir pathogène des agents infectieux [3].

I.2. GENERALITES SUR L’INFECTION URINAIRE

Il existe deux tableaux principaux d'infection urinaire : la cystite et la pyélonéphrite. Elles se traitent très bien par antibiotiques. L'insuffisance ou l'absence de traitement de la pyélonéphrite peut mener à des complications sévères. Les infections urinaires sont les infections bactériennes les plus fréquentes quel que soit l'âge [7].

Entre 20 et 50 ans, les infections sont 50 fois plus fréquentes chez la femme, mais après 50 ans l’incidence chez l’homme augmente nettement du fait de l’augmentation des maladies prostatiques, et le ratio est donc seulement 1/3 chez les sujets âgés [5].

I.2.1. Facteurs favorisant les infections urinaires

 Chez les femmes

Les relations sexuelles, particulièrement celles qui sont intenses et fréquentes après une période d’abstinence sont un facteur de risque. Chez certaines femmes utilisant un diaphragme comme moyen contraceptif, l’urètre se trouvera comprimé, empêchant la vessie de se vider complétement et facilitant les infections de la vessie. Après être allée à la selle, s’essuyer de l’arrière vers

l’avant avec papier hygiénique est un facteur des risques. Le mouvement d’essuyer doit toujours se faire de l’avant en arrière afin de ne pas contaminer l’urètre avec des bactéries provenant de l’anus. De plus les régions anale et génitale doivent être nettoyées avec soin régulièrement ce qui aide à contrer la prolifération des bactéries. Le moment des règles est une période à risque, le sang des serviettes ou des tampons étant un milieu de culture idéale pour les bactéries. Aussi est-il important de ne pas garder trop longtemps ces protections [8].

 Chez les hommes

La sodomie sans condom augmente le risque d’être infecté car les bactéries en cause sont présentes au niveau de l’anus [8]. L'infection urinaire chez l'homme a pratiquement toujours une cause anatomique. Schématiquement : malformations congénitales dans l'enfance et l'adolescence, problèmes prostatiques chez l'homme âgé, calculs et tumeurs entre ces deux âges.

I.2.2. Physiopathologie

Les germes les plus fréquemment en cause sont Escherichia coli (75 % des cas), Proteus mirabilis, Klebsiella, tous trois des entérobactéries. Il faut ajouter Staphylococcus saprophyticus, cocci à gram-positif, dont la fréquence oscille entre 5% et 25 % des cas selon les pays et quelques autres germes beaucoup plus rares.

Une infection urinaire peut-être simple ou compliquée. Elle est dite simple lorsque tous les éléments suivants sont réunis : évolution depuis moins de trois jours, sans anomalie urologique particulière, sans épisode d'infection urinaire dans les trois mois précédents. Elle est dite compliquée dans le cas contraire.

Une infection urinaire est dite sporadique s'il y a moins de deux épisodes dans les six mois précédents, ou moins de trois épisodes dans l'année précédente.

Sinon elle est à répétition [1].

I.2.3. Symptômes de l’infection urinaire Les symptômes les plus connus :

 Des douleurs ou des brûlures en urinant,

 Une fréquence anormalement élevée de miction durant le jour,

 Une envie persistante d’uriner,

 Des urines troubles ou non qui dégagent une odeur désagréable,

 Une pesanteur dans le bas-ventre,

 Des douleurs intenses dans le bas du dos ou dans l’abdomen au niveau des organes sexuels [7].

I.2.4. Personnes à risque de l’infection urinaire

 Les femmes, surtout celles qui sont actives sexuellement. Le taux d’infection est 50 fois plus élevé que les hommes [8].

 Les hommes atteints d’une hypertrophie bénigne de la prostate ou d’une prostatite [8].

 Les femmes après la ménopause : qui sont sujettes à des vaginoses [8].

 Les femmes enceintes sont particulièrement à risque en raison de la pression exercée par le bébé sur le système urinaire, mais aussi des changements hormonaux inhérents à la grossesse [8].

 Les personnes diabétiques, en raison du taux élevé de sucre dans leur urine, qui constitue un milieu favorable au développement bactérien, et de leur sensibilité accrue aux infections [8].

 Les personnes chez qui on a introduit une sonde dans l’urètre.

 Les personnes qui ont une anomalie des voies urinaires, qui souffrent de calculs rénaux ou de divers troubles neurologiques [8].

 Les personnes âgées qui cumulent souvent plusieurs facteurs ci-dessus [8]…

I.2.5. Diagnostic

I.2.5.1. Bilan Biologique

- L’examen des urines à la bandelette au cours de l’examen clinique recherche une leucocyturie, des nitrites, une hématurie…etc.

-La numération formule sanguine recherche une hyperleucocytose à polynucléaires neutrophiles.

- L’ionogramme sanguin.

-La vitesse de sédimentation, la protéine C réactive et la fibrinémie sont augmentées.

-Le bilan bactériologique est entrepris avant la prescription d’antibiotique. Il s’appuie sur une recherche de germes urinaires par l’ECBU avec antibiogramme et par les hémocultures [4].

I.2.6. Traitement.

I.2.6.1. Substances thérapeutiques

Les antibiotiques ont pour but de diminuer ou de stabiliser la quantité de bactéries présentes au niveau du site infectieux et d'aider les cellules du système immunitaire à entamer le processus de guérison.

L'utilisation effrénée des antibiotiques chez l'homme et l'animal a créé une pression de sélection sur les bactéries et a favorisé l'apparition de bactéries résistantes aux antibiotiques [9]. Selon la nature du germe en cause, le traitement peut être avec du fluconazole per os en cas de Candida albicans [1], en cas d’infection bactérienne plusieurs antibiotiques appartenant à des familles différentes peuvent être utilisés. Cependant pour prescrire l’antibiotique efficace, il faut réaliser un antibiogramme et tester la sensibilité des bactéries en déterminant un phénotype de résistance aux antibiotiques.

I.2.6.2. Résistance aux traitements

Pour être efficace, un antibiotique doit parvenir au contact de la bactérie, la pénétrer sans être détruit ni modifié, et ensuite perturber sa physiologie microbienne. Si l'une de ces conditions n'est pas remplie, l'antibiotique se révèle inefficace et la bactérie est dite résistante. Ce phénomène de résistance est lourd de conséquences et doit être dépisté [2].

I.2.7. Prévention de l’infection urinaire

Il faut boire suffisamment d’eau ou boissons variées (jus, bouillons, thé, etc.). Le jus de canneberge est une option intéressante en prévention des rechutes puisqu’il empêcherait les bactéries d’adhérer aux parois des voies urinaires. Un adulte sain devrait produire entre ½ litre et 2 litres d’urine par jour.

Aussi faut-il éviter de retenir trop longtemps son envie d’uriner, et de garder de l’urine dans la vessie. La rétention de l’urine étant une manière de donner le temps aux bactéries de se multiplier. Enfin, il faut lutter contre les troubles du transit intestinales, en particulier contre la constipation qui conduit aux cystites car, des bactéries stagnent dans le rectum [8].

Chez les femmes ; les meilleurs moyens pour les jeunes filles et les femmes de prévenir les infections urinaires est d’essuyer l’anus toujours de l’avant vers l’arrière avec le papier hygiénique après être allée à la selle ou après avoir uriné. Uriner immédiatement après les relations sexuelles, laver les régions anales et vulvaires quotidiennement.

Eviter le plus possible d’utiliser des produits déodorants, des huiles ou des mousses de bains dans la région génitale et, qui peuvent irriter la muqueuse de l’urètre. Cela peut causer des symptômes qui s’apparentent à ceux d’une infection urinaire. Si l’on tient à utiliser un produit, s’assurer qu’il ne soit pas irritant et privilégier un produit à PH neutre [7].

CHAPITRE II

MATERIEL ET METHODES

II.1. CADRE

II.1.1. Cadre institutionnel

L’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi est une institution universitaire de formation professionnelle, coiffé par l’Université d’Abomey-Calavi. Elle comporte le secteur industriel et celui biologique au sein duquel figure le département de Génie de Biologie Humaine où nous avons suivi notre formation.

II.1.2. Cadre technique

Mon stage de fin de formation s’est déroulé au laboratoire de l’Hôpital EL-FATEH à Porto-Novo. Cet hôpital est le fruit de la coopération agissante avec l’Association Mondiale de l’Appel à l’Islam.

II.1.2.1. Présentation du laboratoire

Le Laboratoire de l’hôpital EL-FATEH est subdivisé en plusieurs sections dont les sections de biochimie, de sérologie, de parasitologie, d’hématologie, et de bactériologie où nous avons réalisé notre travail.

 PAILLASSE D’HEMATOLOGIE

Au laboratoire d’analyses de l’hôpital EL-FATEH à Porto novo, il se fait plusieurs examens en hématologie à savoir :

 La Numération formule sanguine

 Le Test d’Emmel

 Taux d’Hémoglobine

 Réticulocytes

 Vitesse de Sédimentation

PAILLASSE D’IMMUNO-HEMATOLOGIE

A ce niveau se fait l’examen suivant : le Groupage Sanguin ABO et Facteur Rhésus.

PAILLASSE DE BIOCHIMIE

Les paramètres dosés sont les suivants :

 La glycémie ;

 L’urémie ;

 La créatininémie ;

 L’uricémie ;

 Les transaminases O et P ;

 Les cholestérolémies : totales et HDL ;

 La bilirubine ;

 La calcémie ;

 La magnésémie ;

 Les triglycérides ;

 La protidémie.

PAILLASSE DE SEROLOGIE

Dans cette section divers tests sont réalisés à savoir :

 Treponema Pallidum Hemagglutinations Assay : diagnostic de la maladie de la syphilis.

 Venereal Disease Research Laboratory: diagnostic de la maladie d’origine vénérienne.

 Protéine C-Réactif : pour détecter la présence d’un foyer infectieux ou d’un syndrome inflammatoire chez le patient.

 Séro Diagnostic de Widal : pour le diagnostic de la fièvre typhoïde.

 AgHBs : pour le dépistage de l’hépatite B.

 Antistreptolysine O : pour le diagnostic de la maladie rhumatoïde.

 Test Biologique de Grossesse : pour le diagnostic de la grossesse.

 Virus de l’Immunodéficience Humaine : pour le diagnostic du SIDA.

 Virus de l’Hépatite C.

PAILLASSE DE BACTERIOLOGIE

Les examens effectués dans cette section sont :

 Examen Cytobactériologique des Urines + Antibiogramme

 Prélèvement vaginal + Antibiogramme

 Examen Cytobactériologique du Liquide Céphalo-rachidien

 Le spermogramme et la spermoculture.

PAILLASSE DE PARASITOLOGIE

Dans cette section est réalisé les examens suivants :

 L’AKOP pour la recherche des parasites dans les selles.

 Le Frottis Sanguin ou FS ;

 La Goutte Epaisse ou GE ;

 La Densité Parasitaire ou DP.

II.2. MATERIEL

II.2.1. Matériel biologique

Le matériel biologique a été constitué de 39 échantillons d’urine de patients, reçus pendant la période de notre stage. Tous ces patients étaient venus au laboratoire pour raison de recherche d’étiologie d’infection urinaire.

II.2.2. Registre des résultats

Le registre de la bactériologie de l’année 2017 a été utilisé comme support de travail pour l’étude rétrospective.

II.2.3. Milieux de culture

Les milieux de culture utilisés dans le cadre du présent travail, sont entre autres, la gélose de Mac Conkey, la gélose Muëller Hinton, la gélose de Chapman, et les milieux de la galerie API20E.

II.2.4. Réactifs et colorants

Les réactifs et colorants utilisés sont le violet de gentiane, le lugol, la fuchsine de Ziehl diluée au 1/10^è, l’alcool à 90°C.

II.2.5. Appareils

Dans le cadre de ce travail nous avons utilisé une centrifugeuse, un autoclave, une balance électronique, une plaque chauffante, une étuve à 37°C et un microscope optique.

II.2.6. Autre matériel

Il est constitué des lames, des lamelles, des boîtes de Pétri, des tubes à hémolyse stériles de 5 ml, des éprouvettes graduées, des pipettes Pasteur et un bec Bunsen…

II.3. METHODES II.3.1. Type de l’étude

Il s'agit d'une part d’une étude rétrospective sur la période allant de 1er janvier 2017 au 31 décembre 2017 et d’autre part d’une étude prospective qui s’est déroulée du 07 août au 09 novembre 2018.

II.3.2. Prélèvement des échantillons

Après des consignes adéquates, un flacon stérile de 50ml polystyrène a été remis à chacun des patients, pour le recueil au moins 25ml d’urine matinal.

 Technique de prélèvement chez l’homme

 Bien se laver les mains

 Laver soigneusement le pénis et la région meatique au savon

 Rincer à l’eau courante

 Eliminer le premier jet

 Recueillir au moins 25ml du deuxième jet

 Fermer automatiquement le pot après le recueil.

 Technique de prélèvement chez la femme

 Bien se laver les mains

 Laver soigneusement au savon le pourtour urinaire, les grandes et petites lèvres

 Rincer à l’eau courante

 Eliminer le premier jet

 Recueillir au moins 25ml du deuxième jet

 Fermer automatiquement le pot après le recueil

Les échantillons ont été acheminés le même jour au laboratoire pour les manipulations.

II.3.3. Manipulations au laboratoire II.3.3.1. Premier jour

II.3.3.1.1.Traitement des échantillons

Après l’examen macroscopique, chaque prélèvement a été réparti dans deux tubes à hémolyse différents à raison de 10ml par tube et numérotés respectivement 1 et 2. Le tube n°1 a été directement utilisé pour ensemencer la gélose CLED.

Le tube n°2 a été centrifugé à 3000 tours/minute pendant 10minues. Le culot a ensuite été utilisé pour réaliser l’examen microscopique et la culture.

II.3.3.1.2. Examen macroscopique

Il consiste à voir la couleur, la turbidité et les éléments surajoutés de l’urine.

II.3.31.3.Examen microscopique direct

Il comprend l’état frais et l’état coloré au Gram.

a) État frais

Une préparation a été obtenue en mettant entre lame et lamelle une goutte de culot urinaire. L’observation a été faite au microscope à l’objectif X40.

L’examen à l’état frais a permis de voir la présence ou non de bactéries, leur mobilité éventuelle et la présence des éléments figurés notamment les leucocytes.

b) État coloré au Gram

L’étalement a été réalisé à partir du culot urinaire puis a été coloré au Gram.

L’observation a été faite à l’objectif X100. Il a permis de voir la morphologie, le Gram des bactéries, leur mode de regroupement et le degré de l’infection.

II.3.3.1.4 La culture

Les milieux de culture ont été choisis en tenant compte des résultats de l’examen microscopique. Ils ont ensuite été ensemencés puis incubés à 37°C pendant 24h à l’étuve.

II.3.3.2. Deuxième jour

Cette journée a été consacrée à la lecture des milieux préalablement ensemencés, à l’examen de Gram contrôle et à la réalisation des tests d’identification.

II.3.3.2.1. Lectures des milieux ensemencés

Les caractères des colonies présentes sur le milieu de culture ont été décrits. La bactériurie a été déterminée à partir du milieu CLED en comparant la densité des colonies présentes sur le milieu à une série de reproduction étalon (10³, 10⁴, 10⁵, 10⁶, 10⁷).

II.3.3.2.2. Le Gram de contrôle

La coloration ‘’Gram de contrôle’’ a été réalisée à partir des colonies présentes pour confirmer les résultats de l’examen microscopique direct.

II.3.3.2.3. Réalisation des tests biochimiques

Une série de test biochimique a été réalisée en fonction du type de bactérie isolée. A cet effet, des tests biochimiques ont été réalisés suivant une méthode spécifique liée à chaque famille de bactérie.

Pour les entérobactéries, il a été réalisé à part le test à l’oxydase, la galerie Api 20E. La galerie a ensuite été incubée à 37°C pendant 24h.

Quant aux cocci Gram positif, des tests biochimiques ont été réalisés de manière sérielle. Il s’agit notamment de la catalase, la recherche de

a) Recherche de la catalase

Une goutte d’eau oxygénée a été déposée sur une lame de verre porte objet.

Ensuite une colonie isolée a été prélevée à l’aide d’une anse de platine et émulsionnée dans la goutte d’eau. Le dégagement de bulles gazeuses signale la présence de la catalase.

b) Recherche de l’oxydase

Un disque d’oxydase a été posé sur une lame porte objet. Le disque a été ensuite humidifié avec une goutte d’eau distillée stérile. A l’aide d’une pipette Pasteur, une colonie de la souche bactérienne a été écrasée sur le disque mouillé.

L’apparition d’une coloration violacée signe la présence d’une oxydase.

c) Recherche de la staphylocoagulase libre

-Prélever une colonie isolée sur gélose Chapman et la mettre dans du bouillon ordinaire puis incuber à l’étuve à 37°c pendant 24h

-Prélever dans un tube à hémolyse 0,5ml de la suspension bactérienne et 0,5ml de la suspension du plasma de lapin. Incuber à l’étuve à 37°C et lire la réaction toutes les 2h.

 Lecture

La réaction positive a été traduite par la prise en masse du mélange.

c) Recherche de la DNase

 Technique

-Sécher la gélose DNase à l’étuve à 37°C

-Ensemencer le milieu avec la souche de Staphylocoque par une strie et incuber à 37°C durant 24h

-Ajouter une goutte d’acide chlorhydrique 10% sur les colonies.

 Lecture

La réaction positive se traduit par l’apparition d’une zone transparente autour des colonies.

II.3.3.3. Troisième jour

Le troisième jour a été consacré à la lecture des tests biochimiques, de la galerie API 20E, à l’identification des bactéries et à la réalisation de l’antibiogramme.

 Réalisation de l’antibiogramme II.3.3.3.1 Préparation de la solution mère

Cette suspension correspond au standard de turbidité 0,5Mc Farland.

 Technique

 disposer d’un tube à hémolyse contenant 2 ml d’eau physiologique ;

 sélectionner une colonie bien isolée de la souche à tester ;

 émulsionner une partie de cette colonie dans le tube à hémolyse contenant l’eau physiologique ;

 ajuster la turbidité de la suspension à 0,5 Mc Farland en ajoutant soit de l’eau physiologique en cas d’une concentration supérieure, soit la partie restante de la colonie en cas d’une concentration inférieure ;

II.3.3.3.1. Ensemencement de la gélose Mueller Hinton et dépôt des disques d’antibiotiques.

α- Ensemencement :

L’ensemencement a été fait par écouvillonnage sur la gélose Mueller Hinton.

β-Technique de dépôt des disques d’antibiotiques

Les disques d’antibiotiques ont été déposés sur la gélose ensemencée à une distance de 2cm les uns des autres et du bord de la boîte de Pétri à l’aide d’une pince métallique.

Les plaques de gélose ont été incubées pendant 24 heures à 37° Celsius après avoir fait 10 minutes sur la paillasse à la température du laboratoire dans le but d’assurer une pré-diffusion des antibiotiques.

II.3.3.4. Quatrième Jour

II.3.3.4.1. Lecture de l’antibiogramme

A l’aide du pied à coulisse, des diamètres des zones d’inhibition autour des disques ont été mesurés. Par comparaisons aux diamètres inscrits sur l’abaque de lecture correspondant, le profil de résistance des différentes souches testées a été déterminé.

II.3.3.4.2. Interprétation

La souche est sensible à un antibiotique quand le diamètre mesuré se trouve dans la marge de la sensibilité prévue par le fabricant. Elle est résistante quand le diamètre mesuré est dans la marge de la résistance prévue par le fabricant.

CHAPITRE III

RESULTATS ET COMMENTAIRE

III.1.RESULTATS

III.1.1. ETUDE RETROSPECTIVE

Tableau I : Répartition des échantillons d’urines en fonction du sexe.

Sexe Effectifs Fréquences

Féminin 62 60,19%

Masculin 41 39,81%

Total 103 100%

Sur les 103 échantillons d’urines analysés, 60,19% provenaient des femmes.

Tableau II : Répartition des échantillons d’urines en fonction des tranches d’âges des patients.

Ages

Fréquences

[0-10[ 6 5,82%

[10-20[ 8 7,77%

[20-30[ 26 25,24%

[30-40[ 18 17,48%

[40-50[ 10 9,71%

[50-60[ 11 10,68%

[60-70[ 20 19,41%

[70-80[ 4 3,88%

Total 103 100%

La tranche d’âges la plus représentée est celle de 20 à 30 ans avec une proportion de 25,24%.

Effectifs

Tableau III : Répartition des échantillons d’urines en fonction des résultats de la culture

Culture Effectifs Fréquences

Positive 70 67,96%

Négative 33 32,04%

Total 103 100%

A la culture, 67,96% (70/103) des échantillons d’urine ont révélé une culture positive.

Tableau IV : Répartition des échantillons d’urines en fonction du sexe et du résultat de la culture.

Sexe

Résultats

Féminin Masculin

Total

Positif 42 (80,77)

28 (54,90%)

70 (67,96%)

Négatif 10 (19,23%)

23 (45,10%)

33 (32,04%)

Total 52 (100%)

51 (100%)

103 (100%)

Le taux de positivité chez les femmes a été évalué à 80,77% contre 54,90% chez les hommes.

Tableau V : Répartition des échantillons d’urines en fonction de l’âge et des résultats de la culture.

Culture Ages

Positive Négative Total

[0-10[

2

(33,33%) 4

(66,67%)

6 (100%)

[10-20[ 5

(62,5%)

3 (37,5%)

8 (100%)

[20-30[ 23

(88,46%)

3 (11,54%)

26 (100%)

[30-40[ 10

(55,56%)

8 (44,44%)

18 (100%)

[40-50[ 6

(60%)

4 (40%)

10 (100%)

[50-60[ 7

(63,63%)

4 (36,37%)

11 (100%)

[60-70[ 14

(70%)

6 (30%)

20 (100%)

[70-80[ 3

(75%)

1 (25%)

4 (100%)

Total 70

(67,96%)

33 (32,04%)

39 (100%)

Un fort taux de culture positive des échantillons a été enregistré dans la tranche d’âge de 20 à 30 ans (88,46%).

Tableau VI: Bilan des espèces bactériennes isolées.

Espèces bactériennes Nombres Fréquences

 Présence 70 67,96%

 Bacille Gram négatif 28 40%

Escherichia coli 11 15,71%

Enterobacter cloacae 6 8,57%

Klebsiella oxytoca 7 10%

Acinotobacter 4 5,71%

 Cocci Gram positif 42 60%

Staphylococcus aureus 42 60%

 Absence _{33 32,04%}

Total 103 100%

Au nombre des espèces bactériennes isolées et identifiés, les cocci Gram positif viennent en tête avec un pourcentage de 60 % (42 /70).

Tableau VII : Profils de résistance des souches de staphylococcus aureus.

Profils Souches Nombre

1 AMC^S CTR^S IPM^S GMN^R CIP^R

15 (35,71%)

2 AMC^S CTR^R IPM^S GMN^R CIP^R

12 (28,57)

3 AMC^R CTR^S IPM^S GMN^S CIP^R

10 (23,81%)

4 AMC^S CTR^R IPM^S GMN^R CIP^R

03 (07,14)

5 AMC^S CTR^R IPM^S GMN^S CIP^R

02 (04,77)

Total

42 (100%) Les souches de staphylococcus aureus ont montré après l’antibiogramme 5 profils de résistance.

Tableau VIII : Profil de résistance des souches d’Escherichia coli.

Profils Souches Nombre

1 AMC^S IPM^S NXN^S

DOX^R CIP^R

04 (36,37%)

2 AMC^S IPM^S NXN^R DOX^R CIP^R

03 (27,27%)

3 AMC^R IPM^S NXN^S

DOX^R CIP^R

02 (18,18%)

4 AMC^R IPM^S NXN^R DOX^S CIP^R

02 (18,18%)

Total

11 (100%) Les souches d’Escherichia coli ont montré après l’antibiogramme 4 différents profils de résistance.

III.1.2. Etude Prospective (07 Aout au 09 Novembre 2018) Tableau IX : Répartition des échantillons d’urines en fonction du sexe.

Sexe Effectifs Fréquences

Féminin 22

56,41%

Masculin 17

43,59%

Total 39

100%

Plus de la moitié des échantillons d’urine reçus (56,41%) provenaient des femmes.

Tableau X : Répartition des échantillons d’urines en fonction des tranches d’âges des patients.

Ages Effectifs Fréquences

[0-10[ 02 5,13%

[10-20[ 04 10,26%

[20-30[ 12 30,77%

[30-40[ 08 20,51%

[40-50[ 06 15,38%

[50-60[ 02 5,23%

[60-70[ 03 07,69%

[70-80[ 02 05,13%

Total 39 100%

Les échantillons d’urines appartenant aux patients âgés de 20 à 30 ans, ont été les plus représentés (33,77%).

Tableau XI : Répartition des échantillons d’urines en fonction des résultats de la culture

Culture

Effectifs

Fréquences

Positive

24 61,54%

Négative

15

33,46%

Total

39 100%

La culture a été positive pour 61,54% des échantillons d’urines.

Tableau XII : Répartition des échantillons d’urines en fonction du sexe et des résultats de la culture.

Sexe Culture

Féminin

Masculin

Total

Positive

15 (66,18%)

09 (52,94%)

24 (61,54%)

Négative

07 (31,82%)

08 (47,06%)

15 (38,46%)

Total 22

(100%)

17 (100%)

39 (100%)

On note un taux de positivité (66,18%) chez les femmes. Ce taux de positivité a été évalué à (52,94%) chez les hommes.

Tableau XIII : Répartition des échantillons d’urines en fonction de l’âge et des résultats de la culture.

Culture Ages

Positive Négative

Total

[0-10[ 1

(50%)

1 (50%)

2 (100%)

[10-20[ 1

(25%)

3 (75%)

4 (100%)

[20-30[ 10

(83,33%)

2 (16,67%)

12 (100%)

[30-40[ 5

(62,50%)

3 (37,50%)

8 (100%) [40-50[

3 (50%)

3 (50%)

6 (100%)

[50-60[ 1

(50%)

1 (50%)

2 (100%) [60-70[

2 (66 ,67%)

1 (33,33%)

3 (100%) [70-80[

1 (50%)

1 (50%)

2 (100%)

Total 24

(61,54%)

15 (38,46%)

39 (100%)

Les patients âgés de 20 à 30 ans ont présenté un fort taux d’infection avec 83,33% de culture positive.

Tableau XIV: Bilan des espèces bactériennes isolées.

Espèces isolées Nombres Fréquences

 Présence ²⁴ 61,54%

 Bacilles Gram négatif 10 41,67%

Escherichia coli 7 29,16%

Enterobacter cloacae 3 12,50%

- Cocci Gram positif 14 58,33%

Staphylococcus aureus 14 58,33%

 Absence _{15 33,46%}

Total 39 100%

Au nombre des bactéries isolées et identifiées, Staphylococcus aureus vient en tête (58,33%).

Tableau XV: Profils de résistance des souches de Staphylococcus aureus.

Profils Souches Nombre

1 AMC^S CTR^S IPM^S GMN^R CIP^R

05 (35,71%)

2 AMC^R CTR^S IPM^S GMN^R CIP^S

04 (28,57%)

3 AMC^S CTR^R IPM^S GMN^S CIP^R

03 (21,43%)

4 AMCR CTR^S IPM^S GMN^R CIP^S

02 (14,28%)

Total

14 (100%) Les 14 souches de staphylococcus aureus ont montré après antibiogramme 4 différents profils de résistance.

Tableau XVI: Profils de résistance des souches d’Escherichia coli.

Profils Souches Nombre

1 AMC^S IPM^S NXN^S DOX^R CIP^R

03 (42,86%)

2 AMC^S IPM^S NXN^S DOX^R CIP^R

02 (28,57%)

3 AMC^S IPM^S NXN^S DOX^R CIP^R

02 (28,57%)

Total

07 (100%) Les 7 souches d’Escherichia coli ont montré après antibiogramme 3 différents profils de résistance.

III.2. COMMENTAIRE

Le présent travail a eu pour objectif général de faire le bilan des microorganismes isolés des échantillons d’urines manipulés au laboratoire de l’hôpital El-Fateh à Porto Novo en 2017.

Pendant cette période, la section de bactériologie a reçu 103 échantillons d’urines dont 67,96% étaient pathologiques. Sur les échantillons pathologiques, 60% provenaient des femmes. Ceci montre que les femmes ont fait plus d’infections urinaires que les hommes pendant cette période. Ce constat pourrait être lié à des raisons anatomiques comme la proximité du méat urétral, du vagin et de l’anus chez la femme. En effet essuyer l’anus de l’arrière vers l’avant avec papier hygiénique est un facteur de risques. Le mouvement d’essuyer doit toujours se faire de l’avant en arrière afin de ne pas contaminer l’urètre avec des bactéries provenant de l’anus.

La tranche d’âges de 20 à 30 ans a été la plus représentée. Le constat a été le même pour l’étude prospective. Ce résultat pourrait s’expliquer par l’activité sexuelle intense observée dans cette tranche d’âges.

Dans l’étude prospective, 39 échantillons d’urines ont été analysés dont 61,54 % étaient positifs à la culture. Des échantillons ayant donné un résultat positif à la culture, 62,50 % provenaient des femmes. Cela vient confirmer les résultats de l’étude rétrospective.

Les bactéries les plus isolées ont été des cocci à Gram positif avec Staphylococcus aureus la seule espèce isolée. La dominance de cette bactérie est due à l’acide lipotéichoique contenue dans sa paroi cellulaire. Les bacilles Gram négatif isolés étaient essentiellement représentés par les entérobactéries avec une prédominance d’Escherichia coli.

Les entérobactéries étant des bactéries dont la présence signe une contamination fécale, leur isolement pourrait être dû soit au manque d’hygiène corporelle du patient. Ces résultats sont similaires à ceux obtenus dans l’étude prospective.

Les souches de chacune des espèces bactériennes les plus isolées, ont présenté au moins deux différents profils de résistance aux antibiotiques. Ceci est un sérieux problème qui nécessite d’être communiqué très tôt aux professionnels de la santé pour que les mesures idoines soient prises dans la prescription d’antibiotiques aux patients souffrant d’infections urinaires.

La présente étude a révélé que dans presque la totalité des cas, les mêmes espèces bactériennes ont été retrouvées aussi bien à l’étude rétrospective qu’à l’étude prospective. C’est peut-être la preuve que les examens cytobactériologiques des urines sont réalisés dans de bonnes conditions au laboratoire de l’hôpital El-Fateh.

CONCLUSION ET SUGGESTIONS

Au terme de ce travail, il ressort que 103 échantillons d’urines ont été reçus pendant la période allant du 1^er janvier au 31 décembre 2017. Les espèces bactériennes les plus isolées ont été Staphylococcus aureus et Escherichia coli.

Du point de vue profil de résistance aux antibiotiques, toutes les souches microbiennes isolées sont des souches multirésistantes.

A l’issu de cette étude, nous formulons les suggestions suivantes :

 Aux autorités de l’hôpital El-Fateh ;

Tenir compte des résultats de la présente étude lors de l’approvisionnement en milieu de culture et autres consommables.

 A l’endroit du personnel de laboratoire El-Fateh ;

Faire le contrôle de qualité périodiquement avec les souches de références afin de s’assurer que les milieux de culture, les disques d’antibiotiques, les réactifs utilisés répondent aux normes prévues.

1- Adigbonon C., Banni C. Bilan des trois ans d’activités de la section de bactériologie du laboratoire de l’HOMEL. Rapport de fin de formation, licence professionnelle, EPAC/UAC, Benin, 2010, 55p.

2- Alaoui A. S., Zouhdi M.,Alaoui M. A. Examen cytobactériologique urinaire en milieu extra hospitalier. Biol Infectiol.1998 ; 4 : 33–38.

3- - Amoussou R.K., Acakpo A.S., Ami-Toure R., et al. Annuaire des statistiques sanitaires. Ministère de la santé, Bénin, 2012 ; 121p.

4- Ben Haj Khalifa A., Khedher M. Fréquence et résistance aux antibiotiques des bactéries uropathogènes à l’hôpital universitaire Tahar sfar de Mahdia. Revue Tunisienne d’Infectiologie. 2010 ; 4(2) : 57-61.

5- Comes J.F. Epidémiologie bactérienne des cystites non compliquées en Lorraine. Thèse de doctorat biologie médicale. Faculté de médecine de Nancy, Université Henri Poincaré, 2011 ; 89p.

6- Djodbe A., Amoussou Djossou G. Utilisation de l’urine totale pour l’examen cytobactériologique. Rapport de stage de fin de formation, licence professionnel, 2007-2008, EPAC/UAC Benin, 52p.

7- Pavese P. Infections urinaires nosocomiales : définition, diagnostic, physiopathologie, prévention, traitement. Médecine et maladies infectieuses, 2003; 33 : 266– 274.

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

8- Sotindjo M., Tessy T. Influence de l’utilisation d’échantillons d’urines conservés au frais sur la qualité des résultats des examens cytobactériologiques. Rapport de stage de fin de formation, licence professionnel, EPAC/UAC Benin, 2010, 68p.

9-Soula G.H., Pichard E., Soula G.G., Kodio A. Etude bactériologique des infections urinaires à Bamako : orientation pratique. Médecine d'Afrique Noire.1990 ; 37 (5) : 243-249.

Annexe 1 : Technique de coloration de Gram - Recouvrir l’étalement de violet de gentiane pendant 1minute, - Rejeter et rincer à l’eau de robinet,

- Recouvrir l’étalement de Lugol pendant 1minute, - Rejeter et rincer à l’eau de robinet,

- Garder la lame inclinée puis couler sur l’étalement l’alcool pendant 30 à 45 secondes,

- Rincer abondamment la lame à l’eau de robinet,

- Recouvrir l’étalement de la fuchsine pendant 20 secondes, - Rejeter et rincer à l’eau de robinet,

- Laisser sécher,

- Passer au microscope,

- Faire la mise au point de la lame avec l’huile d’immersion et l’observation à l’objectif 100,

Résultat : A la lecture les bactéries Gram négatif (-) sont colorés en rose et ceux Gram positif (+) sont colorés en violet.

Réalisation de la galerie API 20E

 Technique

- préparer la suspension bactérienne en prélevant une colonie isolée avec une pipette Pasteur ;

- réaliser une suspension homogène dans 5ml d’eau distillée stérile ;

- diluer 0,1ml de cette suspension dans 10ml d’eau distillée stérile de manière à avoir une dilution au 1/100 ;

- mettre les souches en contact avec les réactifs de la galerie API 20E,

- introduire dans chaque micro tube à l’aide d’une pipette pasteur la suspension bactérienne en évitant la formation des bulles ;

- remplir les micros tubes et les cupules d’huile paraffine ; - incuber la galerie inoculée à l’étuve à 37°C pendant 24 heures.

Annexe 2 : Préparation des milieux de culture

 Gélose de Chapman

 Mettre 111g de poudre dans 1L d’eau distillée ;

 Mélanger jusqu'à obtention d’une solution homogène ;

 Laisser bouillir pendant 1min ;

 Stériliser à l’autoclave à 121°C pendant 15min ;

 Répartir en boîte de Pétri.

 Gélose DNase

 Mettre 39g de poudre dans 1L d’eau distillée ;

 Porter à ébullition jusqu’à dissolution complète ;

 Stériliser à 121°C pendant 15min ;

 Mélanger et couler en boîte de Pétri.

 Gélose Mueller-Hinton

 Mettre 35g de poudre dans 1litre d’eau distillée.

 Porter à ébullition jusqu’à dissolution complète.

 Stériliser à l’autoclave à 121°C pndant15mim.

 Répartir en boîte de Pétri de manière à avoir une hauteur de 4mm

TABLE DES MATIERES

LISTE DES ENSEIGNANTS ... iii

REMERCIEMENTS ... v

HOMMAGES ... vi

LISTE DES ABREVIATIONS ... vii

LISTE DES TABLEAUX ... viii

SOMMAIRE ... ix

RESUME ...x

ABSTRACT ... xi

INTRODUCTION ... 1

CHAPITRE I ... 3

SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE ... 3

I.1. DEFINITION DE QUELQUES CONCEPTS ... 4

I.1.1. Isolement ... 4

I.1.2. Infection urinaire ... 4

I.2. Généralités sur l’infection urinaire ... 4

I.2.1. Facteurs favorisant les infections urinaires ... 4

I.2.2. Physiopathologie... 5

I.2.3. Symptômes de l’infection urinaire ... 6

I.2.4. Personnes à risque de l’infection urinaire ... 6

I.2.5. Diagnostic ... 7

I.2.5.1. Bilan Biologique ... 7

I.2.6. Traitement. ... 7

I.2.6.1. Substances thérapeutiques ... 7

I.2.6.2. Résistance aux traitements ... 8

I.2.7. Prévention de l’infection urinaire ... 8

CHAPITRE II ... 9

MATERIEL ET METHODES ... 9

II.1. Cadre ... 10

II.1.1. Cadre institutionnel ... 10

II.1.2. Cadre technique ... 10

II.1.2.1. Présentation du laboratoire ... 10

II.2. MATERIEL ... 12

II.2.1. Matériel biologique ... 12

II.2.2. Registre des résultats ... 12

II.2.3. Milieux de culture ... 12

II.2.4. Réactifs et colorants ... 12

II.2.5. Appareils ... 13

II.2.6. Autre matériel ... 13

II.3. METHODES ... 13

II.3.1. Type de l’étude ... 13

II.3.2. Prélèvement des échantillons ... 13

II.3.3. Manipulations au laboratoire ... 14

II.3.3.1. Premier jour ... 14

II.3.3.1.1.Traitement des échantillons ... 14

II.3.3.1.2. Examen macroscopique ... 14

Il consiste à voir la couleur, la turbidité et les éléments surajoutés de l’urine. ... 14

II.3.31.3.Examen microscopique direct ... 14

II.3.3.1.4 La culture ... 15

II.3.3.2. Deuxième jour ... 15

II.3.3.2.1. Lectures des milieux ensemencés ... 15

II.3.3.2.2. Le Gram de contrôle ... 15

II.3.3.2.3. Réalisation des tests biochimiques ... 15

II.3.3.3. Troisième jour ... 17

II.3.3.3.1 Préparation de la solution mère ... 17

II.3.3.3.1. Ensemencement de la gélose Mueller Hinton et dépôt des disques ... 17

d’antibiotiques. ... 17

II.3.3.4. Quatrième Jour ... 18

II.3.3.4.1. Lecture de l’antibiogramme ... 18

II.3.3.4.2. Interprétation ... 18

CHAPITRE III ... 19

RESULTATS ET COMMENTAIRE ... 19

III.1.RESULTATS ... 20

III.1.2. Etude Prospective (07 Aout au 09 Novembre 2018) ... 28

III.2. COMMENTAIRE ... 36

CONCLUSION ET SUGGESTIONS ... 37

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ... 37