DETERMINATION DU PROFIL DE RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES MENINGEES AU BENIN :

(1)

REPUBLIQUE DU BENIN

MINISTERE D’ETAT CHARGE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE Option: Analyses biomédicales

RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION POUR

L'OBTENTION DU DIPLÔME DE LICENCE PROFESSIONNELLE

Réalisé et soutenu le 19 décembre 2014 par : Rakia Mahougnon OUMAROU

Devant le jury :

Prof Evelyne LOZES (Présidente) Prof. Honoré S. BANKOLE (Superviseur)

Dr Victorien DOUGNON (Membre) Mme Agnès HOUNWANOU (Tuteur)

Année Académique 2013-2014 7^ème Promotion

Détermination du profil DE RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES MENINGEES AU BENIN : CAS DE Neisseria meningitidis ET DE

Streptococcus pneumoniae

(2)

REPUBLIQUE DU BENIN

*********

MINISTERE D’ETAT CHARGE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

*********

UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

*********

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI

**********

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

*********

DIRECTEUR:

Professeur Félicien AVLESSI

DIRECTEUR ADJOINT:

Professeur Clément BONOU

CHEF DE DEPARTEMENT : Docteur Julien SEGBO

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page i

LISTES DES ENSEIGNANTS DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE I. Enseignants permanents

N° NOM et Prénoms Matières enseignées 01 Feu ADISSODA Cyrille Anglais

02 AHOYO T. Angèle Microbiologie Générale et Médicale

03 AIKOU Nicolas Biochimie

04 AKPOVI Casimir Physiologie cellulaire

05 ALITONOU Guy Chimie Générale et Organique 06 ANAGO Eugénie Biochimie Structurale

07 ANAGONOU Sylvère Education Physique et Sportive 08 ATCHADE Pascal Parasitologie

09 AVLESSI Félicien Chimie Générale et Organique 10 BANKOLE S. Honoré Bactériologie Générale et Appliquée 11 DOSSOU Cyriaque Techniques d’Expression et Méthodes

de Communication

12 HOUNSOSSOU Hubert Biométrie et Anatomie Générale 13 LOKO S. Frédéric Biochimie Clinique

14 LOZES Evelyne Immunologie Générale

15 SECLONDE Hospice Immuno-Hématologie et Transfusion Sanguine, Esprit de Leadership 16 SEGBO A. G. Julien Biologie Cellulaire, Biochimie

Métabolique et Biologie Moléculaire 17 TOPANOU Adolphe Hématologie Générale

18 YANDJOU Gabriel Techniques d’Expression et Méthodes de Communication

19 YOVO K. S. Paulin Physiologie Humaine, Pharmacologie et Toxicologie

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page ii

II. Enseignants vacataires

N° NOM et Prénoms Matières enseignées 01 ABLEY Sylvestre Déontologie Médicale 02 ADOMOU Alain Physique

03 AGBANGLA Clément Génétique Moléculaire

04 AGOSSOU Gilles Législation et Droit du Travail 05 AKOGBETO Martin Entomologie Médicale

06 BINAZON Claude César Soins Infirmiers et Phlébotomie 07 DARBOUX Raphaël Histologie Spéciale

08 DESSOUASSI Noël Biophysique

09 DOUGNON T. Victorien Méthodologie de recherche 10 DOSSEVI Lordson Techniques Instrumentales 11 FOURN Léonard Santé Publique

12 HOUNNON Hyppolite Mathématiques 13 MASLOKONON Vincent Histologie Générale 14 SENOU Maximin Histologie Spéciale

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page iii

DEDICACE

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page iv

A l’éternel Dieu Tout-Puissant pour toutes ses grâces.

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page v

REMERCIEMENTS

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 A

u Professeur Frédéric LOKO

Pour m’avoir permis d’effectuer notre stage au Service des Explorations Diagnostics.

 A

notre superviseur, le Professeur Honoré BANKOLE

Vos qualités d’enseignant, votre attention à nos difficultés, votre patience, votre disponibilité, et votre dévouement font de vous un modèle qui suscite notre admiration. Puisse l’Eternel vous accorder longévité et prospérité afin que les générations futures bénéficient aussi de vos connaissances.

 A

Mme Agnès HOUNWANOU

Plus qu’une tutrice vous avez été pour une mère de par votre soutien, vos analyses, vos sages conseils et votre attention. Que le Seigneur vous comble de sa grâce.

 A

M. Emmanuel DJOSSOU et M. François HOUNSOU

Pour votre soutien, vos sages conseils et les efforts consentis pour la réalisation de ce travail, merci infiniment.

 A

tout le personnel du Service des Explorations Diagnostiques Pour votre implication active à ma formation.

 A

ux enseignants de l’EPAC, en particulier ceux du département de Génie de Biologie Humaine

Recevez ici le témoignage de ma profonde gratitude.

 A

ux autorités de l’Université d’Abomey-Calavi, recevez ici mes sincères remerciements.

 A

u Dr. Victorien T. DOUGNON

Malgré vos multiples occupations, vous avez porté une attention particulière à ce travail. Que Dieu vous bénisse.

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page vii

 A

M. Brice FANOU, M. Jean Robert KLOTOE, M. Lauris FAH, M.

Hornel KOUDOKPON

Pour la famille que vous m’avez donnée à l’EPAC. Puisse le Seigneur vous le rendre au centuple.

 A

ma mère Elise Afiavi ADJADJA

Merci pour la vie et l’éducation qui m’a été données. Que Dieu t’accorde une longue vie.

 A

mon père Maman OUMAROU Merci pour le soutien et l’affection.

 A

mes frères, sœurs et amis

Seul le Seigneur pourra vous rendre tout ce que vous avez fait pour moi.

Qu’il bénisse vos projets et vous comble au-delà de vos attentes.

 A

tous mes camarades de promotion et particulièrement à Cédric ADDA En souvenir des moments de joies et de peines vécus ensemble. Courage et persévérance.

 A

tous ceux et à toutes celles qui de près ou de loin ont contribué à la réalisation de ce travail, merci infiniment.

(10)

Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page viii

HOMMAGES

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page ix

 A

son excellence le président du jury

C’est un grand honneur que vous me faites en acceptant de présider ce Jury de soutenance de rapport de stage de fin de formation. Veuillez agréer monsieur le président, l’expression de ma profonde gratitude.

 A

ux Honorables membres du Jury

Je suis très touchée par l’honneur que vous nous faites en acceptant de siéger dans ce Jury de soutenance de rapport de stage de fin de formation. Vos critiques sont indispensables à l’amélioration de ce travail. Veuillez trouver ici, l’expression de notre profond respect.

Respectueux Hommages !

(12)

Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page x

LISTE DES SIGLES ET ABREVIATIONS

% : Pourcent

°C : degré Celsius

mL : Millilitre

µl : Microlitre

g : Gramme

µg : Microgramme

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page xi

LISTE DES TABLEAUX

Tableau I : Répartition des souches de Streptococcus pneumoniae en fonction du profil de résistance aux antibiotiques………...

27 Tableau II : Répartition des souches de Neisseria meningitidis en

fonction du profil de résistance aux antibiotiques………...

29

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page xii

LISTE DES FIGURES

Figure1 : Organigramme de la section de la bactériologie……….. 15

Figure 2 : Culture de la souche N°1 de Neisseria meningitidis………… 25

Figure3 : Culture de la souche N°1 de Streptococcus pneumoniae……. 25

Figure4 : Antibiogramme d’une souche de Streptococcus pneumoniae. 26

Figure5 : Antibiogramme d’une souche de Neisseria meningitidis…… 28

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RESUME & ^ABSTRACT

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page xiv

Résumé Abstract

La méningite, urgence thérapeutique, demeure un problème de santé publique. La gravité de la maladie impose une antibiothérapie immédiate. Dans ce cadre, le chloramphénicol et le ceftriaxone sont deux antibiotiques couramment utilisées pour son traitement au Bénin. La présente étude a eu pour objectif général de déterminer le profil de résistance aux antibiotiques de Neisseria meningitidis et de Streptococcus pneumoniae, deux espèces bactériennes couramment rencontrées dans les méningites au Bénin.

Un total de 40 souches bactériennes dont 20Neisseria meningitidis et 20Streptococcus pneumoniae, en conservation au Laboratoire National de Santé Publique ont été remises en culture.

Toutes les souches ont fait l’objet d’antibiogramme prenant en compte le chloramphénicol et le ceftriaxone.

Toutes les souches bactériennes utilisées ont été sensibles aux antibiotiques utilisés notamment au chloramphénicol et au ceftriaxone.

Ces deux molécules, destinées à la lutte contre la méningite au Bénin, demeurent toujours efficaces. Toutefois la surveillance de la résistance des bactéries méningées doit être continue.

Meningitis, therapeutic urgency, remain public health problems. The gravity of the disease imposes an immediate antibiotherapy. With in this framework, the chloramphenicol one and the ceftriaxone are two antibiotics usually used for its treatment in Benin. The presente study had for general objective to determine the profile of resistance to antibiotics of Neisseria meningitides and Streptococcus pneumoniae, two bacterial species usually met in meningitides in Benin.

A total of 40 bacterial strains whose 20 Neisseria meningitides and 20 Streptococcus pneumoniae, in conservation at the National Laboratory of Public Health were given in culture. All the stocks were the fascinating object of antibiogramme of accounts the chloramphenicol one and the ceftriaxone.

All the bacterial strains used were sensitive to antibiotics used in particular with chloramphenicol and the ceftriaxone.

These two molecules, in tended for the fight against meningitis in Benin, remainal ways effective. However the monitoring of the resistance of the meningitides bacteria must be continuous.

Mots clés: Méningite, N. meningitidis S. pneumoniae, résistance, antibiotiques.

Key words: Meningitis, N. meningitidis S. pneumoniae, resistance, antibiotics.

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page xv

SOMMAIRE

INTODUCTION

I. GENERALITES SUR LES MENINGITES 1. DEFINITION

2. MANIFESTATIONS CLINIQUES 3. BACTERIES ETIOLOGIQUES 4. DIAGNOSTIQUE BIOLOGIQUE 5. TRAITEMENT

II. MATERIEL ET METHODES 1. CADRE

2. MATERIEL 3. METHODES

III. RESULTATS ET COMMENTAIRE 1. RESULTATS

2. COMMENTAIRE

CONCLUSION ET SUGGESTIONS

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

ANNEXES

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page xvi

INTRODUCTION

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Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page 2

La méningite, urgence thérapeutique, peut être définie comme un processus inflammatoire d'origine généralement infectieuse, qui atteint les méninges. Les méningites à Neisseria meningitidis et à Streptococcus pneumoniae ont toujours constitué un important problème de santé publique. Elles sont susceptibles d'évoluer selon un mode épidémique. Elles sont responsables de nombreuses séquelles et caractérisées par une forte mortalité quand le diagnostic est posé tardivement et le traitement mal conduit [6,11].

L’établissement des bases rationnelles d’un traitement anti-infectieux implique l’étude des paramètres prédictifs de son activité, qui incluent la sensibilité des germes en cause. Les antibiotiques ont pour but d’éradiquer la ou les bactéries responsables de l’infection, ou du moins de réduire significativement l’inoculum afin de faciliter la mise en jeu des moyens de défense naturels[14].

La pathologie infectieuse représente un motif d’admission fréquent aux urgences où elle entraîne une prescription importante et parfois inappropriée d’antibiotiques. Cette forte consommation d’antibiotiques favorise l’émergence de souches bactériennes résistantes [3]. L’émergence et le développement de la résistance aux antibiotiques sont la réponse évolutive du monde bactérien à l’utilisation croissante des antibiotiques par l’homme, au cours de la deuxième moitié du siècle dernier [10]. La guérison microbiologique permet la résolution des signes cliniques et prévient l’émergence de microorganismes résistants.

Cependant, la gravité de certains états cliniques impose une antibiothérapie immédiate. Le délai entre l’évocation du diagnostic et l’antibiothérapie doit être alors le plus court possible [3, 11, 14].Pour répondre à cette exigence, un travail axé sur la détermination des profils de résistance aux antibiotiques des bactéries étiologiques doit être réalisé en amont. C’est le cas des méningites. Toutefois, cette mesure ne met pas à l’abri d’une résistance bactérienne éventuelle.

(20)

C’est la raison pour laquelle une surveillance continue de la résistance aux antibiotiques des bactéries responsables de la méningite doit être de mise.

Le présent travail s’est donné comme objectif général de déterminer le profil de résistance aux antibiotiques de Neisseriameningitidis et de Streptococcus pneumoniae, les deux espèces bactériennes les plus rencontrées dans les méningites aux Bénin. Plus spécifiquement, il s’est agi de :

1. Remettre en culture 20 souches deNeisseria meningitidis et 20 souches de Streptococcus pneumoniae en conservation au laboratoire national de santé publique,

2. Réaliser l’antibiogramme sur toutes les 40 souches bactériennes en y incluant le ceftriaxone et le chloramphénicol, deux antibiotiques utilisés pour le traitement de la méningite au Bénin.

En dehors de l’introduction et de la conclusion, le présent document a été rédigé en trois parties essentielles. Il comporte dans sa première partie la synthèse bibliographique sur la méningite. La deuxième partie prend en compte la méthodologie suivie et la dernière partie a borde les résultats avec le commentaire suscité.

(21)

I. SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

(22)

I.1. DEFINITION SUR LES MENINGITES

Les méningites bactériennes sont liées à l’envahissement du liquide céphalo-rachidien par une bactérie qui s’y développe. Elles sont l’une des infections bactériennes les plus graves qui sévissent dans le monde. Le nombre de cas de ces méningites bactériennes est estimé à plus d’un million par an dans le monde et touche avec prédilection les enfants. Elles sont à l’origine d’une mortalité élevée dans les pays en voie de développement et aussi redoutables dans les pays industrialisés [8, 13].

Malgré les progrès des politiques vaccinales ainsi que le développement de nouvelles stratégies antibiotiques, la méningite constitue une urgence médicale et thérapeutique. Elle est habituellement infectieuse, le plus souvent virale, plus rarement bactérienne, exceptionnellement fongique. De pronostic redoutable à cause de la forte mortalité et des séquelles qui lui sont associées, l’état du malade peut être amélioré par une prise en charge précoce optimale [15].

I .2. MANIFESTATIONS CLINIQUES I.2.1. Méningite cérébro-spinale

Elle est la forme la plus fréquente. Le germe infecte le liquide céphalo- rachidien et les méninges. Des signes infectieux, avec une fièvre à début le plus souvent brutal survenant parfois au décours d’un épisode infectieux des voies aériennes supérieures (rhinopharyngite ou otite) sont observés. Toutefois des signes évocateurs d’une atteinte méningée céphalées, photophobie, vomissements et/ou refus alimentaire sont aussi remarqués [7].

(23)

A l’examen, les deux maîtres signes de la contracture d’origine méningée sont recherchés. Il s’agit de la raideur de la nuque et du signe de Kernig.

La raideur de la nuque se caractérise par une flexion de la nuque douloureuse. Quant au de signe de Kernig, c’est la flexion sur le tronc des membres inférieurs maintenus en extension, entraînant une flexion invincible des jambes sur les cuisses [15].

I.2.2. Septicémie

L’agent pathogènese dissémine dans tout l’organisme et provoque une infection généralisée du sang et des organes. L’état de santé se dégrade très rapidement. Elle peut conduire au décès ou laisser des séquelles importantes qui sont entre autres des lésions cérébrales, une surdité partielle et des troubles de l’apprentissage [4, 15].

La moindre suspicion de méningite infectieuse doit conduire à l’hospitalisation [1, 7].

I.3. BACTERIES ETIOLOGIQUES

En situation communautaire, les germes les plus souventresponsablesdeméningitespurulentesgravessontStreptococcus

pneumoniae, Neisseriameningitidis, Hemophilusinﬂuenzae et Listeria monocytogenes. Depuis l’introductionduvaccinantihémophile, Streptococcus pneumoniae et Neisseria meningitidissont devenusles principaux agents bactériens responsables des méningites [3, 5].

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I.3.1. Neisseria meningitidis I.3.1.1. Habitat et transmission

Neisseriameningitidisappartient au genre Neisseria de la famille des Neisseriaceae. Le genreNeisseria comprend deux espèces pathogènes majeures responsables de maladies spécifiques, exclusivement chez l'homme:

Neisseriagonorrhoeae (gonocoque) et Neisseria meningitidis (méningocoque).

Les méningococcies demeurent des maladies graves, occasionnant une létalité importante dans tous les pays, surtout dans ceux à infrastructure sanitaire faible.

La transmission est interhumaine par la salive, le baiser, les gouttelettes de Pf1ügge, la toux, les éternuements... Elle est associée à une exposition proche et répétée. La contamination exige donc un contact direct avec les malades atteints de méningite à méningocoque ou avec les porteurs sains [6].

I.3.1.2. Caractère bactériologique

Neisseria meningitidis se présente à l'examen microscopique sous la forme d'un diplocoque immobile à gram négatif. C’est un germe très fragile, sensible aux variations de température, au froid et à la dessiccation. La culture doit être réalisée sur des milieux enrichis comme la gélose chocolat [2].

Les colonies sont grisâtres, lisses et à bords réguliers. Pour les produits polymicrobiens, l’utilisation des milieux sélectifs par adjonction de certainsantibiotiques VCF (Vancomycine, Colistine et Fungizone) sont utilisés.

Le milieu le plus adapté au transport des souches est le milieu VDK (décrit par Vandekerkove) qui permet une conservation à court terme (18 à 72 heures). La conservation à long terme est faite par congélation à -70°C ou par lyophilisation [6, 9].

(25)

I.3.1.3. Pouvoir pathogène

Les principaux facteurs de virulence actuellement identifiés sont: la capsule polysaccharidique, le lipooligosaccharide, les systèmes de captation du fer, les pili, les Ig A protéases et les protéines de membrane externe de classe 5.

La capsule polysaccharidique a un rôle antiphagocytaire. Elle permet de résister à la phagocytose des polynucléaires neutrophiles et est plus ou moins développée selon les souches et est immunogène. Le lipooligosaccharide constitue l'endotoxine bactérienne. Il comporte un lipide et un corps oligosaccharidique qui peut être sialylé. Après sialylation, il permet de résister à l'action bactéricide du sérum et à la phagocytose. C'est cette endotoxine bactérienne qui est responsable du choc méningococcique. Les systèmes de captation du fer permettent à la bactérie de se procurer le fer nécessaire à sa croissance.

Grace aux pili, la bactérie adhère aux cellules endothéliales. Les Ig A protéases, protéines de la membrane externe, clivent les Ig A en fragments Fab et Fe. Elles favorisent ainsi la survie du méningocoque dans les cellules épithéliales et la colonisation. L’adhésion et l'invasion de la cellule hôte sont dues aux protéines de membrane externe de classe 5[12].

I.3.1.4. Epidémiologie

La méningite à méningocoque est présente partout dans le monde avec à la fois des bouffées épidémiques et des cas sporadiques. Les souches A, B, C, Y, W135 sont à l'origine de 90% des cas d'infections invasives, les 10% restant étant provoqués par les autres sérogroupes beaucoup plus rares. Le sérogroupe A est à l'origine d'épidémies touchant des centaines de milliers de personnes dans la« ceinture africaine de la méningite» allant du Sénégal à l'Ethiopie.

(26)

En dehors des épidémies, la méningite à méningocoque sévit aussi sous forme de cas sporadiques dans l'ensemble du monde [2].

I.3.2. Streptococcus pneumoniae I.3.2.1. Habitat et transmission

Streptococcus pneumoniae, appelé communément pneumocoque, est un hôte naturel des muqueuses de l’homme et de quelques mammifères. Le pneumocoque colonise fréquemment les voies respiratoires supérieures de l’homme puisqu’il y aurait jusqu’à 70% de porteurs pharyngés sains ; on peut parfois les retrouver au niveau des muqueuses génitales. C’est un germe transmis par voies aérienne : la transmission est presque toujours directe par l’intermédiaire des gouttelettes de Pflügge. Le germe, réputé fragile, survit peut dans le milieu extérieur [1, 9].

I.3.2.2. Caractère bactériologique

Les pneumocoques sont des diplocoques à Gram positif en forme de huit, très caractéristiques, parfois associes en courtes chaînette. L’identification des pneumocoques repose sur le fait qu’ils sont des germes aéro-anaérobies à métabolisme fermentaire, qui présentent une capsule mise en évidence par l’encre de chine. Ces germes ne possèdent pas de catalase, sont sensibles à l’optochine et sont lysés par la bile et les sels biliaires [1].

L’examen microscopique d’un liquide céphalo-rachidien lors des méningites à pneumocoques révèle la présence de très nombreux polynucléaires, souvent altérés (>1000 – 2000/mm3), représentant près de 90% des cellules inflammatoires du liquide. Les bactéries apparaissent sous forme de diplocoque à gram positif capsulés et extracellulaires [12].

(27)

I.3.2.3. Pouvoir pathogène

Le pneumocoque possède une capsule qui détermine sa virulence. Sa structure polysaccharidique est un caractère essentiel dans l’identification des types de pneumocoques.Streptococcus pneumoniae est l’un des germes cosmopolites le plus souvent en cause au cours des infections bactériennes des voies respiratoires.IL peut être responsable d’otites, de sinusites de pneumonies, de septicémies, de méningites. Les autres localisations septiques sont rares [1, 13].

I.3.2.4. Epidémiologie

Les infections à Streptococcus pneumoniae sont responsables d’une mortalité et d’une morbidité non négligeables, dans le monde (environ 1 million de décès par an). Les séquelles que l’on rencontre après des infections graves voire récidivantes vont de la perte de l’ouïe aux troubles neurologiques, comme les difficultés d’apprentissage ou un retard d’élocution. C’est la principale bactérie responsable des pneumonies avant l’âge de 5ans. Des études finlandaise et française évaluent que13-18% des pneumonies chez l’enfant sont causées par le pneumocoque. Il partage aussi la responsabilité des méningites purulentes de l’enfant avec le méningocoque [12].

I.4. DIAGNOSTIQUE BIOLOGIQUE

Le diagnostic d’une méningite bactérienne est urgent et repose exclusivement sur l’examen du LCR obtenu après ponction lombaire. Il faut donc savoir réunir les signes qui doivent conduire le plus rapidement possible à cet examen. La confirmation du diagnostic repose exclusivement sur l’examen du LCR qui est urgent [1, 5, 10].

(28)

I.4.1. Diagnostique bactériologique

Le diagnostic bactériologique de la méningite est basé exclusivement sur la mise en évidence du germe dans les prélèvements pathologiques par l’examen microscopique direct ou par l’isolement en culture.

Le diagnostic peut être suspecté dès l’examen macroscopique du liquide, si celui-ci est hypertendu ou s’il a perdu sa limpidité habituelle. La fragilité des germes implique qu’il faille ensemencer très rapidement les prélèvements sur des milieux enrichis tels que les géloses au sang. Une croissance des germes est observée en 18 à 24 heures en anaérobiose, à une température de 37°C [2, 4].

La recherche des antigènes solubles dans le sang et les urines permet souvent, avec une faible sensibilité, un diagnostic rapide d’antigènes bactériens des principaux germes [1].

I.4.2. Autres examens biologiques

L’examen biochimique du LCR met en évidence, en cas de méningite bactérienne, une protéinorachie anormale (> 0,45 g/l) et un rapport du glucose LCR/sang < 0,40. Cette hypoglycorachie est, pour certains, l’indice d’un mauvais pronostic. Certains examens tels que la Numération Formule Sanguin, la protéine réactive C et le dosage de la procalcitonine ont un intérêt d’orientation vers une infection bactérienne [4].

La Numération Formule Sanguin révèle une hyperleucocytose à polynucléaires. L’examen sérologique montre une élévation de la protéine réactive C dans le sang. Toutefois, le dosage de la procalcitonine apparaît actuellement comme le meilleur paramètre susceptible de distinguer une méningite virale d’une méningite bactérienne car la sensibilité et la spécificité sont proche de 100% [6].

(29)

I.5. TRAITEMENT

Si le diagnostic de méningite à pneumocoque est porté, il faut rapidement évaluer le risque que ce pneumocoque soit de sensibilité diminuée à la pénicilline. Le traitement doit être rapidement bactéricide, les concentrations d’antibiotiques obtenues dans le liquidecéphalo-rachidien doivent être supérieures à dix fois la CMI.

Le traitement initial classique par pénicilline G ou amoxicilline n’est plus adapté aujourd’hui. L’augmentation du risque de pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline rend préférable l’utilisation initiale d’une céphalosporine de troisième génération. Les recommandations de la neuvième conférence de consensus de février 1996 en thérapie anti-infectieuse sont les suivantes : s’il existe des signes de gravité, l’association d’une céphalosporine de troisième génération (cefotaxime 200 à 300 mg.kg^–1.j^–1 en quatre perfusions ou de ceftriaxone 70 à 100 mg.kg^–1.j^–1en une ou deux injections) avec la vancomycine 40 à60 mg.kg^–1.j^–1 en quatre perfusions d’au moins une heure est préconisée.

En l’absence de signe de gravité, le traitement repose de préférence sur une céphalosporine de troisième génération en monothérapie. La rifampicine et la fosfomycine peuvent être utilisées comme alternative à la vancomycine, en particulier si un traitement par corticostéroïdes est débuté. Les corticoïdes n’ont pas, pour l’instant, prouvé leur efficacité dans les méningites à pneumocoques [2].

(30)

‘

II. MATERIEL & METHODES

(31)

II.1. CADRE

Notre stage s’est déroulé du 02 Juin au 05 Septembre 2014 au Laboratoire Central du Service des Explorations Diagnostiques au Ministère de la Santé à Akpakpa.

II.1.1. Attributions

Le Service des Explorations Diagnostiques est chargé de :

 développer et pratiquer les méthodes d’analyses biologiques dans un but de diagnostic et de recherche ;

 organiser et mettre en œuvre toutes les enquêtes de surveillance épidémiologique des maladies en général et des maladies transmissibles en particulier ;

 pratiquer toutes les analyses de santé publique (hygiène et environnement) en collaboration avec les structures concernées ;

 assurer l’organisation des stages pratiques des élèves et étudiants en provenance des structures agréées de formation, ainsi que le recyclage et la formation en cours d’emploi des techniciens de laboratoire d’analyses biomédicales ;

 étudier et faire appliquer la règlementation sur les conditions d’ouverture et de fonctionnement des laboratoires d’analyses biomédicales publics et privés ;

 organiser et participer aux analyses de santé publique (eaux, air, aliments) et aux investigations toxicologiques diverses.

II.1.2. Différentes sections de la division du laboratoire central

Le laboratoire central comprend les sections de Bactériologie, de Parasitologie, de Sérologie, de Biochimie et d’Hématologie.

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II.1.2.1. Section de Bactériologie

Elle a pour rôle d’assurer le contrôle et la surveillance des maladies à potentiel épidémique. Outre cette activité, les examens suivants y sont réalisés :

 examen cytobactériologique des urines ;

 examen cytobactériologique des sécrétions cervico-vaginales ;

 examen cytobactériologique des sécrétions urétrales ;

 examen cytobactériologique des pus et sérosités ;

 spermogramme ;

 spermoculture ;

 coproculture.

L’organigramme de cette section se présente comme indiqué dans la figure n^o1 ci-après :

Figure1 : Organigramme de la section de la bactériologie.

II.1.2.2. Section de parasitologie

Les examens suivants y sont pratiqués :

 coprologie parasitaire complète;

 recherche d’amibes, kystes, œufs et parasites ;

 analyse de la goutte épaisse et réalisation de la densité parasitaire;

 recherche des œufs de bilharzie vésicale ; Section de Bactériologie

Responsable matériel et

réactifs

Responsable manipulations

et contrôle de qualité

Responsable préparation des milieux et

stérilisation

Responsable biosécurité et

gestion des déchets

Responsable entretien

(33)

 recherche de filaires ;

 test biologique de grossesse.

II.1.2.3. Section de sérologie

Elle s’occupe, comme la section de bactériologie, du contrôle et de la surveillance des maladies à potentiel épidémique.

De plus les examens suivants y sont réalisés :

 sérodiagnostic de Widal ;

 sérodiagnostic de la syphilis ;

 sérodiagnostic de la rubéole ;

 sérodiagnostic de la chlamydiose ;

 sérodiagnostic de la toxoplasmose ;

 dosage des anticorps antistreptolysine O ;

 recherche de l’antigène du virus de l’hépatite B ;

 recherche de l’anticorps du virus de l’hépatite C.

II.1.2.4. Section de biochimie

Les paramètres suivants y sont dosés :

 Glycémie ;

 Urémie ;

 Créatininémie ;

 Uricémie ;

 Triglycérides ;

 Cholestérol total-HDL-LDL ;

 Bilirubine total et direct ;

 Phosphatase alcaline ;

 Gamma GT ;

(34)

 Protidémie ;

 Transaminases (ASAT, ALAT) ;

 Phosphatase acide ;

 Amylasémie ;

 Calcémie ;

 Magnésémie ;

 Phosphorémie.

En plus de ces paramètres, l’électrophorèse de l’hémoglobine y est aussi effectuée.

II.1.2.5. Section d’Hématologie

C’est la section dans laquelle s’effectue les analyses comme :

 Numération formule sanguine ;

 Vitesse de sédimentation ;

 Numération des réticulocytes ;

 Temps de saignement ;

 Temps de coagulation ;

 Groupage sanguin ABO et facteur Rhésus ;

 Test d’Emmel.

II.2. MATERIEL

II.2.1. Matériel biologique

Dans le cadre de la présente étude, 40 souches bactériennes méningées dont 20 souches de Neisseria meningitidis et 20 souches de Streptococcus pneumoniae ont été utilisées. Toutes ces souches étaient conservées, au Laboratoire National de Santé Publique, en cryotubes dans du lait écrémé à - 30°C au congélateur.

(35)

II.2.2. Milieux de culture

Les milieux de culture utilisés sont :

 la Gélose au sang frais de mouton ;

 la gélose chocolat ;

 la Gélose Mueller-Hinton II.2.3. Disques d’antibiotiques

 Céfotaxime 30µg

 Ceftriaxone 30µg

 Chloramphénicole 30µg

 Gentamicine 500µg

 Oxacilline 1µg

 Oxacilline 5µg

 Riphampicine 30µg

 Vancomycine 30µg II.2.4. Appareils

 Autoclave

 Etuve à 37°C

 Microscope optique

 Poupinel

 Réfrigérateur

(36)

II.2.5. Autre matériel

 Bec bunsen

 Boîtes de Pétri

 Eprouvette graduée

 Lames

 pied à coulisse

 Pipette Pasteur

 Seringues stériles plus aiguille

 Standard de turbidité de Mac Farland

 Tubes à hémolyses.

II.3.METHODES

II.3.1. Préparation des milieux de culture

Les milieux de culture utilisés dans le cadre de ce travail, ont été préparés selon les indications des fabricants [annexe 1].

II.3.2. Contrôle des souches II.3.2.1. Repiquage des souches

Les souches de Neisseria meningitidis ont été repiquées sur la gélose chocolat et les souches de Streptococcus pneumoniae sur la gélose au sang frais de mouton à 5%.

 Technique

 Sortir l’aliquote du congélateur ;

 Gratter la surface du cryotube avec une anse de platine ;

 Ensemencer par stries la gélose ;

 Incuber à l’étuve à 37°C en atmosphère enrichie en CO2 pendant 24heures.

(37)

Détermination du profil de résistance aux antibiotiques des bactéries méningées au Bénin : Cas de Neisseria menigitidis et de Streptococcus pneumoniae

II.3.2.2. Examen microscopique après coloration de Gram

A partir des colonies observées, un frottis a été réalisé et coloré par la méthode de Gram [annexe 2]. L’observation a été faite au microscope à l’objectif à immersion. L’observation microscopique a montré la présence des:

 diplocoques Gram négatif en grains de café pour Neisseria meningitidis ;

 diplocoques Gram positif en flamme de bougie pour Streptococcus pneumoniae.

II.3.3. Réalisation de quelques tests biochimique II.3.3.1. Test d’agglutination

Ce test concerne les souches de Neisseria meningitidis.

II.3.3.1.1. Technique

 Nettoyer une lame avec de l’alcool ;

 Diviser la lame en deux zones avec des crayons gras ;

 Déposer une goutte d’antisérum de groupe W135 du kit Pastorex sur chacune des zones ;

 A l’aide d’une anse stérile prélever une petite colonie isolée à la surface de la gélose chocolat ;

 Emulsionner et chalouper la suspension pour observer l’agglutination.

II.3.3.1.2. Lecture

La lecture se réalise sous un bon éclairage et au-dessus d’un fond noir. La réaction s’est révélée positive par l’apparition d’agglutination.

II.3.3.2. Réalisation du test à l’optochine

Ce test concerne les souches de Streptococcus pneumoniae

SUGGESTION

(38)

II.3.3.2.1. Technique

 Prélever une colonie suspecte alpha-hémolytique avec une anse stérile ;

 Ensemencé en strie sur gélose au sang frais ;

 Déposer un disque d’optochine à l’extrémité de la strie, là où a commencé l’ensemencement. Trois ou quatre colonies peuvent être testées sur la même boîte ;

 Incuber 24h à 37° C dans une atmosphère enrichie en CO2. II.3.3.2.2. Lecture

Toutes les souches de pneumocoques ont présenté une zone d’inhibition dont le diamètre est supérieur à 14mm.

II.3.4. Réalisation de l’Antibiogramme

II.3.4.1. Préparation de la suspension bactérienne

Dans le cadre de la présente étude, un inoculum à 0,5 Mac Farland a été utilisé.

 Technique

 Disposer des tubes à hémolyses stériles contenant 2mL d’eau physiologique stérile;

 Prélever une partie d’une colonie bien isolée de la souche à tester à l’aide d’une anse de platine ;

 Emulsionner dans un tube à hémolyse contenant 2mL d’eau physiologique ;

 Ajuster la turbidité de la suspension à 0,5 Mac Farland en ajoutant soit de l’eau physiologique en cas d’une concentration supérieure, soit la partie restante de la colonie en cas d’une concentration inférieure.

(39)

II.3.4.2. Ensemencement de la gélose Mueller Hinton au sang frais de mouton à 5%

L’ensemencement de la suspension a été réalisé par écouvillonnage sur la gélose Mueller Hinton au sang frais de mouton à 5%. L’écouvillonnage a été fait par stries serrées en tournant 3 fois la boite de Pétri d’un angle de 60°.

II.3.4.3. Dépôt des disques d’antibiotiques II.3.4.3.1. Technique

Les disques d’antibiotiques ont été déposés sur la gélose ensemencée à une distance de 2 cm les uns des autres et du bord de la boîte de Pétri à l’aide d’une pince métallique.

Les plaques de gélose ont été incubées à l’étuve 37°C pendant 24heures en atmosphère enrichie en CO2après avoir fait 10 minutes sur la paillasse à la température du laboratoire dans le but d’assurer une pré-diffusion des antibiotiques.

II.3.4.3.2. Lecture et interprétation de l’antibiogramme

A l’aide du pied à coulisse, des diamètres des zones d’inhibition autour des disques ont été mesurés. Par comparaison aux diamètres inscrits sur l’abaque de lecture correspondant, le profil de résistance des différentes souches testées a été déterminé. La souche est sensible à un antibiotique quand le diamètre mesuré se trouve dans la marge de la sensibilité prévue par le fabricant.

La souche est résistante quand le diamètre mesuré est dans la marge de la résistance prévue par le fabricant. Lorsque le diamètre mesuré se situe dans la marge de l’intermédiaire prévue par le fabricant, la souche est alors dite intermédiaire à cet antibiotique.

(40)

III. RESULTATS & COMMENTAIRE

(41)

III.1. RESULTATS

(42)

III.1.1. Résultat de la remise en culture des souches bactériennes

Toutes les 40 souches bactériennes remises en culture, ont produit normalement des colonies (figures 2 et 3 ci-dessous).

Figure 2 : Culture de la souche N°1 de Neisseria meningitidis

Figure 3 : Culture de la souche N°1 de Streptococcus pneumoniae

Sur la gélose au sang frais de mouton à 5%, les souches de Streptococcus pneumoniae ont présenté de petites colonies grisâtres, en goutte de rosées et translucides à bord nettes. Quant aux souches de Neisseria meningitidis, les colonies produites sur la gélose chocolat sont petites, rondes, humides, luisantes et bombées.

(43)

III.1.2. Résultat des antibiogrammes

III.1.2.1. Souches de Streptococcus pneumoniae

A la lecture des antibiogrammes, toutes les souches de Streptococcus pneumoniae ont monté une seule et même image sur la gélose [figure 4 ci- dessous].

Figure 4 : Antibiogramme d’une souche de Streptococcus pneumoniae

(44)

Tableau I : Répartition des souches de Streptococcus pneumoniae en fonction du profil de résistance aux antibiotiques

N° DE LA SOUCHE PROFIL DE RESISTANCE SOUCHE 1 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 2 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 3 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 4 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 5 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 6 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 7 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 8 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 9 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 10 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 11 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 12 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 13 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 14 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 15 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 16 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 17 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 18 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 19 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S SOUCHE 20 CHL^S-CTR^S-CTX^S-GEN^S-OX^S-VA^S Toutes les souches de Streptococcus pneumoniae ont présenté le même profil de résistance aux antibiotiques.

(45)

III.1.2.2.Souches de Neisseria meningitidis

A la lecture des antibiogrammes, toutes les souches de Neisseria meningitidis ont monté une seule et même image sur la gélose [figure 5 ci- dessous].

Figure 5 : Antibiogramme d’une souche de Neisseria meningitidis

(46)

Tableau II : Répartition des souches de Neisseria meningitidis en fonction du profil de résistance aux antibiotiques

N° DE LA SOUCHE PROFIL DE RESISTANCE SOUCHE 1 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 2 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 3 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 4 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 5 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 6 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 7 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 8 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 9 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 10 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 11 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 12 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 13 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 14 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 15 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 16 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 17 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 18 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 19 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S SOUCHE 20 CHL^S-CTR^S-CTX^S-OX^S-RA^S

Toutes les souches de Neisseria meningitidis ont présenté le même profil de résistance aux antibiotiques.

(47)

Iii.2. COMMENTAIRE

(48)

Le présent travail a eu pour objectif général de déterminer le profil de résistance aux antibiotiques de Neisseria meningitidis et de Streptococcus pneumoniae, les deux espèces bactériennes les plus rencontrées dans les méningites au Bénin.

Un total de 40 souches bactériennes dont 20 souches de Neisseria meningitidis et 20 souches de Streptococcus pneumoniae ont été utilisées.

Toutes ces souches étaient conservées, au Laboratoire National de Santé Publique, en cryotubes dans du lait écrémé à -30°C au congélateur. Notons que les 40 souches bactériennes proviennent de la région septentrionale du Bénin où sévit la méningite.

Toutes les 40 souches bactériennes remises en culture, se sont normalement développées avec production de colonies caractéristiques [Figures 2 et 3]. Ceci a permis de confirmer la vitalité des souches bactériennes utilisées, malgré la longue durée de conservation dont elles ont fait l’objet. Cette situation témoigne des bonnes conditions de conservation des souches bactériennes au Laboratoire National de Santé Publique. Toutefois, il convient de réaliser momentanément un repiquage de toutes les souches bactériennes en conservation afin de les rajeunir et par conséquent de prolonger leur durée de vie.

A l’antibiogramme, toutes les souches de Streptococcus pneumoniae ont présenté le même profil de résistance aux antibiotiques testés [Tableau I]. Il a été aussi de même pour les souches de Neisseria meningitidis [Tableau II].Ce qui fait penser que la méningite dans cette région du Bénin serait due à une seule souche de Neisseria meningitidis et de Streptococcus pneumoniae. Une étude prenant en compte un échantillonnage de grande taille provenant de plusieurs zones de cette région permettrait de confirmer ou d’infirmer cette assertion.

(49)

Le chloramphénicol et le ceftriaxone sont les deux molécules d’antibiotiques actuellement utilisées dans le traitement des méningites. Toutes les souches ont montré une sensibilité vis-à-vis de ces deux molécules. Cela permet de dire que, pour l’instant, ces souches bactériennes n’ont pas encore développé de résistance vis-à-vis de ces molécules. Toutefois, la surveillance doit être continue dans le temps afin d’éviter toute surprise éventuelle de résistance bactérienne pouvant compromettre la prise en charge correcte des épidémies de méningite.

(50)

CONCLUSION

(51)

Au terme de ce travail, il ressort que les souches bactériennes utilisées ont subi de bonnes conditions de conservation au Laboratoire National de Santé Publique.

Toutes les 40 souches bactériennes utilisées ont montré une sensibilité vis-à-vis du chloramphénicol et au ceftriaxone. Ces deux molécules couramment utilisées demeurent donc efficace dans le cadre du traitement des méningites au Bénin. Il convient toutefois que le Laboratoire National de Santé Publique continue la surveillance de la résistance des bactéries méningées dans le but d’éviter la catastrophe.

(52)

REFFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

(53)

1. ANONYME

Pneumocoque et résistance à la pénicilline, https://www.

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2. AUBURTIN M., TIMSIT J.F., 2001. Méningites à pneumocoque : actualités, perspectives. www. Sciencedirect.com (consulté le 28 novembre 2014).

3. BADIAGA S., GERBEAUX P., 2006. Antibiothérapie aux urgences. www.

Sciencedirect.com (consulté le 28 novembre 2014).

4. COULIBALYS., 2006, « Evaluation d’un milieu de transport du LCR pour la Confirmation des méningites bactériennes », thèse de pharmacie faculté de médecine de pharmacie et d’odonto – stomatologie de l’université de Bamako, 102p.

5. CRAIG AS., ERWIN PC., SCHAFFNE W., ELLIOTT JA., MOORE WL., USSERY T., 1999 « carriage of multidrug – resistant streptococcus pneumoniae and impact of chemoprophylaxis during an outbreak of meningitis at a day care center », Clin, Infect, Dis, 29:1257-1264.

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centrafricain.Manuscrit n° 2842. “Santé publique”.

(54)

8. PILLY E.,2012. Méningites infectieuses et méningo-encéphalites chez l'enfant et chez l'adulte. Conférence de consensus SPILF. Item 96.

9. SCHUCHAT A., 1995, « Bacterial meningitis in the United States in, Active Surveillance Team ». N Engl J Med, 337(14): 970-6p. SCHUCHAT A., 1995, « Bacterial meningitis in the United States in, Active Surveillance Team ». N Engl J Med, 337(14): 970-976.

10. SKURNIKD., ANDREMONTA., 2006. Antibiothérapie sélectionnante. De la théorie à la pratique. www. Sciencedirect.com (consulté le 28 novembre 2014).

11. SOTTO A., 2008. Méningite et méningo-encéphalites de l’adulte.

Conférence de consensus 2008. Circulaire DGS/5C/2006/458. ECN n°96 février 2010.

12. TRAORE B. S., 2008. Incidence des infections à Streptococcus pneumoniae chez les enfants de 0 à 15 ans hospitalisés dans le service de pédiatrie du CHU. Doctorat en Médecine. Faculté de Médecine, de Pharmacie et d’Odontostomatologie de Bamako. Mali, 173p.

13. VERON Le M., 1989 « Bactériologie Médicale, Médecine Science » Flammarion 2ème éd, 795-817pp.

14. WENGER J.D., SCHUCHAT A., 1997 « Epidémiologie des méningites bactériennes », Annales Nestlé 38 : 384 – 402.

15. WOLFFM., CHASTRE J.,2006.Durée de l’antibiothérapie des infections sévères en réanimation. www. Sciencedirect.com. consulté le (consulté le 28 novembre 2014).

(55)

TABLE DES MATIERES

(56)

LISTE DES ENSEIGNANTS DU GENIE DE

BIOLOGIEHUMAINE……….. i

DEDICACE………. iii

REMERCIEMENTS……… .. v

HOMMAGES……….. viii

LISTE DES ABREVIATIONS ET SIGLES……… x

LISTE DES TABLEAUX………... xi

LISTE DES FIGURES………... xii

RESUME & ABSTRACT……….. xiii

SOMMAIRE……… xv

INTRODUCTION………... 1

I. SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE………...……… 4

I.1. DEFINITION SUR LES MENINGITES.……….. 5

I .2. MANIFESTATIONS CLINIQUES………... 5

I.2.1. Méningite cérébro-spinale……… 5

I.2.2. Septicémie………... 6

I.3. BACTERIES ETIOLOGIQUES………. 6

I.3.1. Neisseria meningitidis……… 7

I.3.1.1. Habitat et transmission……… 7

I.3.1.2. Caractère bactériologique………. 7

I.3.1.3. Pouvoir pathogène………. 8

I.3.1.4. Epidémiologie………. 8

I.3.2. Streptococcus pneumoniae……… 9

I.3.2.1. Habitat et transmission………. 9

I.3.2.2. Caractère bactériologique………... 9

I.3.2.3. Pouvoir pathogène………. 10

I.3.2.4. Epidémiologie………. 10

I.4. DIAGNOSTIQUE BIOLOGIQUE……….. 10

(57)

Détermination du profil de résistance aux antibiotiques des bactéries méningées au Bénin : Cas de Neisseria menigitidis et de Streptococcus pneumoniae

I.4.1. Diagnostique bactériologique………. 11

I.4.2. Autres examens biologiques………. 11

I.5. TRAITEMENT………. 12

II. MATERIEL ET METHODES……… 13

II.1. CADRE………. 14

II.1.1. Attributions………. 14

II.1.2. Différentes sections de la division du laboratoire central…… 14

II.1.2.1. Section de Bactériologie………. 15

II.1.2.2. Section de parasitologie……… 15

II.1.2.3. Section de sérologie……….. 16

II.1.2.4. Section de biochimie……….. 16

II.1.2.5. Section d’Hématologie………. 17

II.2. MATERIEL………. 17

II.2.1. Matériel biologique………. 17

II.2.2. Milieux de culture……… 18

II.2.3. Disques d’antibiotiques………... 18

II.2.4. Appareils……….. 18

II.2.5. Autre matériel………. 19

II.3. METHODES……… 19

II.3.1. Préparation des milieux de culture………... 19

II.3.2. Contrôle des souches……… 19

II.3.2.1. Repiquage des souches………. 19

II.3.2.2. Examen microscopique après coloration de Gram……… 20

II.3.3. Réalisation de quelques tests biochimique……… 20

II.3.3.1. Test d’agglutination……….. 20

II.3.3.1.1. Technique……… 20

II.3.3.1.2. Lecture……….. 20

II.3.3.2. Test à l’optochine……… 20

SUGGESTION CONCLUSION ET

SUGGESTION

(58)

II.3.3.2.1. Technique………. 21

II.3.3.2.2. Lecture……….. 21

II.3.4. Réalisation de l’Antibiogramme……… 21

II.3.4.1. Préparation de la suspension bactérienne……… 21

II.3.4.2. Ensemencement de la gélose Mueller Hinton au sang frais de mouton à 5%... 22

II.3.4.3. Dépôt des disques d’antibiotiques……….. 22

II.3.4.3.1. Technique……… 22

II.3.4.3.2. Lecture et interprétation de l’antibiogramme……… 22

III. RESULTATS ET COMMENTAIRE………. 23

III.1. RESULTATS……….. 24

III.1.1. Résultat de la remise en culture des souches bactériennes…. 25 III.1.2. Résultat des antibiogrammes……… 26

III.1.2.1. Souches de Streptococcus pneumoniae………. 26

III.1.2.2.Souches de Neisseria meningitidis………. 28

III.2. COMMENTAIRE……… 30

CONCLUSION……….. 33

REFFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES………. 35

(59)

ANNEXES

(60)

Réalisé et soutenu par Rakia Mahougnon OUMAROU Page b

ANNEXE 1 : Préparation des milieux de culture

 Gélose de Muller-Hinton au sang

 Mettre en suspension 35g de poudre dans un litre d’eau distillée ;

 Mélanger soigneusement ;

 Chauffer jusqu’à l’ébullition ;

 Répartir dans des flacons et stériliser à l’autoclave pendant 15 minutes à 121°C ;

 Laisser refroidir à 45°C;

 Ajouter 5% de sang de mouton ;

 Bien homogénéiser et couler en boîte de Pétri ;

 Laisser solidifier et conserver au réfrigérateur à 4°C.

 Gélose au sang frais

 Mettre en suspension 42,5g de poudre de gélose Columbia + ANC dans un litre d’eau distillée ;

 Mélanger soigneusement ;

 Chauffer jusqu’à l’ébullition ;

 Répartir dans des flacons puis fermer à l’aide de coton cardé et papier aluminium ;

 Stériliser à l’autoclave pendant 15 minutes à 121°C ;

 Laisser refroidir à 40°C;

 Ajouter 5% de sang de mouton ;

 Bien homogénéiser et couler en boîte de Pétri ;

 Laisser solidifier et conserver au réfrigérateur à 4°C.