Utiliser Anagène pour étudier les relations ADN/ARNm/Protéine

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Logiciel Anagène

LES ICÔNES DE LA BARRE D'OUTILS

Première série : banques de données

1- Afficher l’arborescence de la banque de séquences.

2- Afficher l’arborescence de la liste des thèmes d'étude.

3- Afficher l’arborescence de la liste des programmes et documents.

Deuxième série : outils de sauvegarde 1- Voir le classeur.

2- Enregistrer les séquences sélectionnées, la fenêtre active ou l’ensemble des fenêtres.

3- Imprimer les séquences choisies et les résultats des traitements appliqués.

Troisième série : outils d’édition

Quatrième série : outils de traitement

1- Convertir les séquences : affiche ADN brin non transcrit, ADN brin transcrit, ARNm, séquence peptidique, codons possibles pour un polypeptide.

2- Comparer les séquences à une séquence de référence à partir de la première position et réaliser l’alignement avec discontinuités.

3- Révéler les sites d’action d’enzymes de restriction sur des séquences d’ADN.

4- Afficher le graphique de ressemblance des deux séquences sélectionnées.

Remarque : l’icône est active mais n’affiche qu’un message rappelant que le module graphique de ressemblance est en cours de développement.

Cinquième série : accès aux informations

1- Renseigner la séquence pointée ou d’un résultat d’un traitement pointé.

2- Afficher le tableau interactif du code génétique en ARN.

Avant-dernière icône : gestion du curseur

Allonger le curseur sur la hauteur de l’ensemble des séquences et de la règle et sur la largeur de la sélection en cours ou rétablir le curseur par défaut.

Dernière icône

Après confirmation, fermer toutes les fenêtres.

Fichiers disponibles pour l'étude des

Thalassémies >Banque de Séquences > chaînes de l'hémoglobine > β

> Séquences normales et séquences mutées Betacod.adn

Betacod.adn

Partie codante d'un allèle du gène codant pour la globine bêta Partie codante d'un allèle du gène codant pour la globine bêta humaine normale

humaine normale Betacod.arn Betacod.arn

ARNm correspondant à Betacod.arn ARNm correspondant à Betacod.arn Betapro

Betapro

Séquence protéique correspondant à Betacod.adn Séquence protéique correspondant à Betacod.adn

tha1cod.adn Partie codante d'un allèle du gène codant pour la globine bêta humaine responsable d'une thalassémie grave en Chine

tha1cod.arn ARNm correspondant à tha1coda.dn tha1.pro Séquence protéique correspondant à tha1

tha2cod.adn Partie codante d'un allèle du gène codant pour la globine bêta humaine responsable d'une thalassémie majeure en Sardaigne

tha2cod.arn ARNm correspondant à tha2cod.adn tha2.pro Séquence protéique correspondant à tha2

tha3cod.adn Partie codante d'un allèle du gène codant pour la globine bêta humaine responsable d'une thalassémie majeure en Inde

tha4cod.adn Partie codante d'un allèle du gène codant pour la globine bêta humaine responsable d'une thalassémie majeure dans les pays méditerranéens

tha5cod.adn Partie codante d'un allèle du gène codant pour la globine bêta humaine responsable d'une thalassémie

tha7cod.adn Partie codante d'un allèle du gène codant pour la globine bêta humaine responsable d'une thalassémie

C

omparer les séquences

Il convient d’explorer les séquences avec la barre de défilement horizontal pour découvrir les régions plus ou moins semblables. Remarque : si l’on souhaite, pour une comparaison, changer de séquence de référence, il suffit avec les flèches situées en haut et en bas des boutons de sélection de la fenêtre d’affichage des séquences, de remonter ou de descendre la séquence pointée et sélectionnée. On a intérêt à bien choisir l’ordre des séquences en fonction du degré de ressemblance entre elles. Si la comparaison porte sur trois séquences et que deux d’entre elles sont semblables, leur ressemblance sera plus évidente si l’une des deux sert de référence.

Comparaison simple à partir de la première position dans chacune des séquences ; ce mode est plus particulièrement indiqué pour comparer par exemple des allèles d’un même gène comportant le même nombre de bases.

Alignement avec discontinuité : l’algorithme de comparaison utilisé par les chercheurs en biologie moléculaire fait intervenir plusieurs paramètres définis par défaut ; le principe consiste à arranger les séquences de manière à obtenir le plus grand nombre d’identités ; ce mode est indiqué lorsque les séquences ne sont pas de même longueur.

Le résultat du traitement s’affiche dans une fenêtre spécifique qui se place, comme pour les autres traitements appliqués, en dessous de la fenêtre d’affichage des séquences.

La première des séquences sert de référence pour la comparaison. L’information accessible par le bouton correspondant de la barre d’outils reconnaissable à son « Point i » fournit à propos de la ligne pointée, le degré de similitude entre les séquences et la signification des symboles utilisés.