Protocole Libmol pour explorer la structure des lipides membranaires Etude de la structure des lipides membranaires :
Ouvrez un onglet Libmol sur FIREFOX (CTRL + clic pour suivre le lien).
A gauche dans l'onglet "Fichiers", dans la ligne "Rechercher dans la librairie de molécules", recherchez
"lipides" et sélectionnez "bicouche lipidique membranaire".
En haut à droite dans le menu "Réglages" sélectionnez la couleur de fond noir.
A la souris :
- la molette permet de zoomer-dézoomer
- le clic gauche maintenu permet de faire pivoter la molécule dans l'espace - le clic droit maintenu permet de déplacer la molécule sans la faire pivoter
A gauche dans l'onglet "Commandes" catégorie "Représenter", testez les différentes propositions (en bas à gauche s'affiche un texte explicatif de chaque mode de représentation) puis conservez "Boules et bâtonnets".
A gauche dans l'onglet "Commandes" catégorie "Colorer", testez les différentes propositions puis : - en "Atomes", listez les éléments chimiques présents dans la molécule,
A gauche dans l'onglet "Séquence", cliquez sur A puis B, les deux colonnes ne sont alors plus colorées.
Sélectionnez ensuite le premier lipide en cliquant dessus : Faites-le apparaitre en « sphère ».
Cliquez ensuite sur « inverser »puis « masquer/montrer » pour zoomer le lipide sélectionné.
A gauche dans l'onglet "Commandes", cliquez sur eau pour faire apparaitre les molécules d’eau.
A vous ensuite de faire varier les paramètres afin d’observer les interactions entre lipides et eau….
NB : vous pouvez colorer les molécules d’eau grâce à la palette.
