Année: 2021 Thèse N°: 69
Les viroses respiratoires :
epidemioLogie, evoLution
et actuaLites therapeutiques
THESE
Présentée et soutenue publiquement le : / /2021
PAR
Monsieur Mohamed Anouar MESSAOUDI
Né le 15 Octobre 1995 à Khénifra
Pour l'Obtention du Diplôme de
Docteur en Médecine
Mots Clés : Viroses respiratoires; Epidémiologie; Virus influenza; coronavirus; Virus syncytial respiratoire
Membres du Jury :
Monsieur Ahmed GAOUZI Président
Professeur de Pédiatrie
Monsieur Mimoun ZOUHDI Rapporteur Professeur de Microbiologie
Madame Saida TELLAL Juge Professeur de Biochimie
Monsieur Taoufik DOBLALI Juge
Professeur de Microbiologie
ROYAUME DU MAROC
UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT FACULTE DE MEDECINE
ET DE PHARMACIE RABAT
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UNIVERSITE MOHAMMED V
FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE RABAT
1. DOYENS HONORAIRES :
1962 – 1969: Professeur Abdelmalek FARAJ 1969 – 1974: Professeur Abdellatif BERBICH 1974 – 1981: Professeur Bachir LAZRAK 1981 – 1989: Professeur Taieb CHKILI 1989 – 1997: Professeur Mohamed Tahar ALAOUI 1997 – 2003: Professeur Abdelmajid BELMAHI 2003 - 2013: Professeur Najia HAJJAJ – HASSOUNI
ADMINISTRATION :
Doyen Professeur Mohamed ADNAOUI Vice-Doyen chargé des Affaires Académiques et Estudiantines
Professeur Brahim LEKEHAL
Vice-Doyen chargé de la Recherche et de la Coopération
Professeur Toufiq DAKKA
Vice-Doyen chargé des Affaires Spécifiques à la Pharmacie
Professeur Younes RAHALI
Secrétaire Général
Mr. Mohamed KARRA
1 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS MEDECINS ET PHARMACIENS 2. PROFESSEURS DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR :
Décembre 1984
Pr. MAAOUNI Abdelaziz Médecine Interne – Clinique Royale
Pr. MAAZOUZI Ahmed Wajdi Anesthésie -Réanimation Pr. SETTAF Abdellatif Pathologie Chirurgicale Décembre 1989
Pr. ADNAOUI Mohamed Médecine Interne –Doyen de la FMPR
Pr. OUAZZANI Taïbi Mohamed Réda Neurologie Janvier et Novembre 1990
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Pr. AZZOUZI Abderrahim Anesthésie Réanimation- Doyen de FMPO
Pr. BAYAHIA Rabéa Néphrologie
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Pr. CHERRAH Yahia Pharmacologie
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Pr. ERROUGANI Abdelkader Chirurgie Générale – Directeur du CHIS
Pr. ESSAKALI Malika Immunologie
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Mars 1994
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Pr. BENTAHILA Abdelali Pédiatrie
Pr. BERRADA Mohamed Saleh Traumatologie – Orthopédie Pr. CHERKAOUI Lalla Ouafae Ophtalmologie
Pr. LAKHDAR Amina Gynécologie Obstétrique
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Mars 1995
Pr. ABOUQUAL Redouane Réanimation Médicale Pr. AMRAOUI Mohamed Chirurgie Générale Pr. BAIDADA Abdelaziz Gynécologie Obstétrique Pr. BARGACH Samir Gynécologie Obstétrique Pr. EL MESNAOUI Abbes Chirurgie Générale Pr. ESSAKALI HOUSSYNI Leila Oto-Rhino-Laryngologie Pr. IBEN ATTYA ANDALOUSSI Ahmed Urologie
Pr. OUAZZANI CHAHDI Bahia Ophtalmologie Pr. SEFIANI Abdelaziz Génétique
Pr. ZEGGWAGH Amine Ali Réanimation Médicale Décembre 1996
Pr. BELKACEM Rachid Chirurgie Pédiatrie Pr. BOULANOUAR Abdelkrim Ophtalmologie Pr. EL ALAMI EL FARICHA EL Hassan Chirurgie Générale
Pr. GAOUZI Ahmed Pédiatrie
Pr. OUZEDDOUN Naima Néphrologie
Novembre 1997
Pr. ALAMI Mohamed Hassan Gynécologie-Obstétrique
Pr. BIROUK Nazha Neurologie
Pr. FELLAT Nadia Cardiologie
Pr. KADDOURI Noureddine Chirurgie Pédiatrique Pr. KOUTANI Abdellatif Urologie
Pr. LAHLOU Mohamed Khalid Chirurgie Générale Pr. MAHRAOUI CHAFIQ Pédiatrie
Pr. TOUFIQ Jallal Psychiatrie Directeur Hôp.Ar-razi Salé
Pr. YOUSFI MALKI Mounia Gynécologie Obstétrique Novembre 1998
Pr. BENOMAR ALI Neurologie Doyen de la FMP Abulcassis
Pr. BOUGTAB Abdesslam Chirurgie Générale
Pr. ER RIHANI Hassan Oncologie Médicale Pr. BENKIRANE Majid* Hématologie
Janvier 2000
Pr. ABID Ahmed* Pneumo-phtisiologie Pr. AIT OUAMAR Hassan Pédiatrie
Pr. BENJELLOUN Dakhama Badr.Sououd Pédiatrie
Pr. BOURKADI Jamal-Eddine Pneumo-phtisiologie Directeur Hôp. My Youssef
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Pr. TACHINANTE Rajae Anesthésie-Réanimation Pr. TAZI MEZALEK Zoubida Médecine Interne Novembre 2000
Pr. AIDI Saadia Neurologie
Pr. AJANA Fatima Zohra Gastro-Entérologie Pr. BENAMR Said Chirurgie Générale Pr. CHERTI Mohammed Cardiologie
Pr. BENAMAR Loubna Néphrologie
Pr. BENAMOR Jouda Pneumo-phtisiologie Pr. BENELBARHDADI Imane Gastro-Entérologie
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Pr. BOUCHIKHI IDRISSI Med Larbi Anatomie Pr. BOUMDIN El Hassane* Radiologie
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Pr. ETTAIR Said Pédiatrie - Directeur Hôp. Univ. Cheikh Khalifa
Pr. GAZZAZ Miloudi* Neuro-Chirurgie
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Pr. KABIRI EL Hassane* Chirurgie Thoracique Pr. LAMRANI Moulay Omar Traumatologie Orthopédie
Pr. LEKEHAL Brahim Chirurgie Vasculaire Périphérique V-D chargé Aff Acad. Est.
Pr. MEDARHRI Jalil Chirurgie Générale Pr. MIKDAME Mohammed* Hématologie Clinique Pr. MOHSINE Raouf Chirurgie Générale Pr. NOUINI Yassine Urologie
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Pr. SEFIANI Yasser Chirurgie Vasculaire Périphérique Pr. TAOUFIQ BENCHEKROUN Soumia Pédiatrie
Décembre 2002
Pr. AL BOUZIDI Abderrahmane* Anatomie Pathologique
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Pr. BELMEJDOUB Ghizlene* Endocrinologie et Maladies Métaboliques Pr. BENZEKRI Laila Dermatologie
Pr. BENZZOUBEIR Nadia Gastro-Entérologie Pr. BERNOUSSI Zakiya Anatomie Pathologique Pr. CHOHO Abdelkrim * Chirurgie Générale Pr. CHKIRATE Bouchra Pédiatrie
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Pr. CHAGAR Belkacem* Traumatologie Orthopédie Pr. CHERRADI Nadia Anatomie Pathologique Pr. EL FENNI Jamal* Radiologie
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Pr. HACHI Hafid Chirurgie Générale Pr. JABOUIRIK Fatima Pédiatrie
Pr. KHARMAZ Mohamed Traumatologie Orthopédie Pr. MOUGHIL Said Chirurgie Cardio-Vasculaire Pr. OUBAAZ Abdelbarre * Ophtalmologie
Pr. TARIB Abdelilah* Pharmacie Clinique Pr. TIJAMI Fouad Chirurgie Générale Pr. ZARZUR Jamila Cardiologie Janvier 2005
Pr. ABBASSI Abdellah Chirurgie Réparatrice et Plastique
Pr. LAAROUSSI Mohamed Chirurgie Cardio-vasculaire Pr. LYAGOUBI Mohammed Parasitologie
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AVRIL 2006
Pr. ACHEMLAL Lahsen* Rhumatologie Pr. BELMEKKI Abdelkader* Hématologie
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Pr. JROUNDI Laila Radiologie
Pr. KARMOUNI Tariq Urologie
Pr. KILI Amina Pédiatrie
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Pr. KISRA Mounir Chirurgie – Pédiatrique Pr. LAATIRIS Abdelkader* Pharmacie Galénique Pr. LMIMOUNI Badreddine* Parasitologie
Pr. MANSOURI Hamid* Radiothérapie Pr. OUANASS Abderrazzak Psychiatrie Pr. SAFI Soumaya* Endocrinologie
Pr. SOUALHI Mouna Pneumo – Phtisiologie
Pr. TELLAL Saida* Biochimie
Pr. ZAHRAOUI Rachida Pneumo – Phtisiologie Octobre 2007
Pr. ABIDI Khalid Réanimation médicale Pr. ACHACHI Leila Pneumo phtisiologie Pr. ACHOUR Abdessamad* Chirurgie générale Pr. AIT HOUSSA Mahdi * Chirurgie cardio vasculaire Pr. AMHAJJI Larbi * Traumatologie orthopédie
Pr. AOUFI Sarra Parasitologie
Pr. BAITE Abdelouahed * Anesthésie réanimation Pr. BALOUCH Lhousaine * Biochimie-chimie Pr. BENZIANE Hamid * Pharmacie clinique
Pr. BOUTIMZINE Nourdine Ophtalmologie Pr. CHERKAOUI Naoual * Pharmacie galénique Pr. EHIRCHIOU Abdelkader * Chirurgie générale
Pr. EL BEKKALI Youssef * Chirurgie cardio-vasculaire Pr. EL ABSI Mohamed Chirurgie générale
Pr. EL MOUSSAOUI Rachid Anesthésie réanimation Pr. EL OMARI Fatima Psychiatrie
Pr. GHARIB Noureddine Chirurgie plastique et réparatrice Pr. HADADI Khalid * Radiothérapie
Pr. ICHOU Mohamed * Oncologie médicale
Pr. ISMAILI Nadia Dermatologie
Pr. KEBDANI Tayeb Radiothérapie Pr. LOUZI Lhoussain * Microbiologie
Pr. MADANI Naoufel Réanimation médicale Pr. MAHI Mohamed * Radiologie
Pr. MARC Karima Pneumo phtisiologie Pr. MASRAR Azlarab Hématologie biologique
Pr. MRANI Saad * Virologie
Pr. OUZZIF Ez zohra * Biochimie-chimie Pr. RABHI Monsef * Médecine interne Pr. RADOUANE Bouchaib* Radiologie Pr. SEFFAR Myriame Microbiologie Pr. SEKHSOKH Yessine * Microbiologie Pr. SIFAT Hassan * Radiothérapie
Pr. TABERKANET Mustafa * Chirurgie vasculaire périphérique Pr. TACHFOUTI Samira Ophtalmologie
Pr. TAJDINE Mohammed Tariq* Chirurgie générale
Pr. TANANE Mansour * Traumatologie-orthopédie Pr. TLIGUI Houssain Parasitologie
Pr. TOUATI Zakia Cardiologie
Mars 2009
Pr. ABOUZAHIR Ali * Médecine interne
Pr. AGADR Aomar * Pédiatrie
Pr. BOUNAIM Ahmed * Chirurgie Générale Pr. BOUSSOUGA Mostapha * Traumatologie-orthopédie
Pr. CHTATA Hassan Toufik * Chirurgie Vasculaire Périphérique Pr. DOGHMI Kamal * Hématologie clinique
Pr. EL MALKI Hadj Omar Chirurgie Générale Pr. EL OUENNASS Mostapha* Microbiologie Pr. ENNIBI Khalid * Médecine interne
Pr. FATHI Khalid Gynécologie obstétrique Pr. HASSIKOU Hasna * Rhumatologie
Pr. KABBAJ Nawal Gastro-entérologie Pr. KABIRI Meryem Pédiatrie
Pr. KARBOUBI Lamya Pédiatrie
Pr. LAMSAOURI Jamal * Chimie Thérapeutique Pr. MARMADE Lahcen Chirurgie Cardio-vasculaire Pr. MESKINI Toufik Pédiatrie
Pr. MESSAOUDI Nezha * Hématologie biologique Pr. MSSROURI Rahal Chirurgie Générale Pr. NASSAR Ittimade Radiologie
Pr. OUKERRAJ Latifa Cardiologie
Pr. RHORFI Ismail Abderrahmani * Pneumo-Phtisiologie Octobre 2010
Pr. ALILOU Mustapha Anesthésie réanimation
Pr. AMEZIANE Taoufiq* Médecine Interne Directeur ERSSM
Pr. BELAGUID Abdelaziz Physiologie Pr. CHADLI Mariama* Microbiologie
Pr. CHEMSI Mohamed* Médecine Aéronautique Pr. DAMI Abdellah* Biochimie- Chimie Pr. DARBI Abdellatif* Radiologie
Pr. DENDANE Mohammed Anouar Chirurgie Pédiatrique Pr. EL HAFIDI Naima Pédiatrie
Pr. EL KHARRAS Abdennasser* Radiologie
Pr. EL MAZOUZ Samir Chirurgie Plastique et Réparatrice Pr. EL SAYEGH Hachem Urologie
Pr. ERRABIH Ikram Gastro-Entérologie Pr. LAMALMI Najat Anatomie Pathologique Pr. MOSADIK Ahlam Anesthésie Réanimation Pr. MOUJAHID Mountassir* Chirurgie Générale
Pr. NAZIH Mouna* Hématologie
Pr. ZOUAIDIA Fouad Anatomie Pathologique Decembre 2010
Mai 2012
Pr. AMRANI Abdelouahed Chirurgie pédiatrique Pr. ABOUELALAA Khalil * Anesthésie Réanimation Pr. BENCHEBBA Driss * Traumatologie-orthopédie Pr. DRISSI Mohamed * Anesthésie Réanimation Pr. EL ALAOUI MHAMDI Mouna Chirurgie Générale Pr. EL OUAZZANI Hanane * Pneumophtisiologie Pr. ER-RAJI Mounir Chirurgie Pédiatrique Pr. JAHID Ahmed Anatomie Pathologique Pr. RAISSOUNI Maha * Cardiologie
Février 2013
Pr. AHID Samir Pharmacologie
Pr. AIT EL CADI Mina Toxicologie
Pr. AMRANI HANCHI Laila Gastro-Entérologie Pr. AMOR Mourad Anesthésie Réanimation Pr. AWAB Almahdi Anesthésie Réanimation Pr. BELAYACHI Jihane Réanimation Médicale Pr. BELKHADIR Zakaria Houssain Anesthésie Réanimation Pr. BENCHEKROUN Laila Biochimie-Chimie Pr. BENKIRANE Souad Hématologie
Pr. BENNANA Ahmed* Informatique Pharmaceutique Pr. BENSGHIR Mustapha * Anesthésie Réanimation Pr. BENYAHIA Mohammed * Néphrologie
Pr. BOUATIA Mustapha Chimie Analytique et Bromatologie Pr. BOUABID Ahmed Salim* Traumatologie orthopédie
Pr. BOUTARBOUCH Mahjouba Anatomie
Pr. CHAIB Ali * Cardiologie
Pr. DENDANE Tarek Réanimation Médicale
Pr. DINI Nouzha * Pédiatrie
Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Mohamed Ali Anesthésie Réanimation Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Najwa Radiologie
Pr. ELFATEMI Nizare Neuro-chirurgie Pr. EL GUERROUJ Hasnae Médecine Nucléaire
Pr. FIKRI Meryem Radiologie
Pr. GHFIR Imade Médecine Nucléaire
Pr. IMANE Zineb Pédiatrie
Pr. IRAQI Hind Endocrinologie et maladies métaboliques Pr. KABBAJ Hakima Microbiologie
Pr. KADIRI Mohamed * Psychiatrie
Pr. LATIB Rachida Radiologie
Pr. MAAMAR Mouna Fatima Zahra Médecine Interne Pr. MEDDAH Bouchra Pharmacologie Pr. MELHAOUI Adyl Neuro-chirurgie Pr. MRABTI Hind Oncologie Médicale Pr. NEJJARI Rachid Pharmacognosie Pr. OUBEJJA Houda Chirugie Pédiatrique Pr. OUKABLI Mohamed * Anatomie Pathologique
Pr. RAHALI Younes Pharmacie Galénique Vice-Doyen à la Pharmacie
Pr. RATBI Ilham Génétique
Pr. RAHMANI Mounia Neurologie
Pr. REDA Karim * Ophtalmologie
Pr. REGRAGUI Wafa Neurologie
Pr. RKAIN Hanan Physiologie
Pr. ROSTOM Samira Rhumatologie
Pr. ROUAS Lamiaa Anatomie Pathologique Pr. ROUIBAA Fedoua * Gastro-Entérologie Pr SALIHOUN Mouna Gastro-Entérologie
Pr. SAYAH Rochde Chirurgie Cardio-Vasculaire Pr. SEDDIK Hassan * Gastro-Entérologie
Pr. ZERHOUNI Hicham Chirurgie Pédiatrique Pr. ZINE Ali * Traumatologie Orthopédie AVRIL 2013
Pr. EL KHATIB MOHAMED KARIM * Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale MARS 2014
Pr. ACHIR Abdellah Chirurgie Thoracique Pr. BENCHAKROUN Mohammed * Traumatologie- Orthopédie Pr. BOUCHIKH Mohammed Chirurgie Thoracique Pr. EL KABBAJ Driss * Néphrologie
Pr. EL MACHTANI IDRISSI Samira * Biochimie-Chimie
Pr. HARDIZI Houyam Histologie- Embryologie-Cytogénétique Pr. HASSANI Amale * Pédiatrie
Pr. HERRAK Laila Pneumologie
Pr. JANANE Abdellah * Urologie
Pr. KOUACH Jaouad* Génycologie-Obstétrique Pr. LEMNOUER Abdelhay* Microbiologie
Pr. MAKRAM Sanaa * Pharmacologie
Pr. OULAHYANE Rachid* Chirurgie Pédiatrique Pr. RHISSASSI Mohamed Jaafar CCV
Pr. SEKKACH Youssef* Médecine Interne
Pr. TAZI MOUKHA Zakia Génécologie-Obstétrique DECEMBRE 2014
Pr. ABILKACEM Rachid* Pédiatrie
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Pr. BEKKALI Hicham * Anesthésie-Réanimation Pr. BENAZZOU Salma Chirurgie Maxillo-Faciale Pr. BOUABDELLAH Mounya Biochimie-Chimie
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Pr. DERRAJI Soufiane* Pharmacie Clinique Pr. DOBLALI Taoufik Microbiologie Pr. EL AYOUBI EL IDRISSI Ali Anatomie
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Pr. FEJJAL Nawfal Chirurgie Réparatrice et Plastique
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Pr. LAKHAL Zouhair* Cardiologie
Pr. OUDGHIRI NEZHA Anesthésie-Réanimation Pr. RAMI Mohamed Chirurgie Pédiatrique
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Pr. TAHIRI Latifa Rhumatologie
PROFESSEURS AGREGES :
Pr. BOUAYTI El Arbi* Médecine préventive, santé publique et Hyg. Pr. BOUTAYEB Saber Oncologie Médicale
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NOVEMBRE 2018
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Pr. BOUCHENTOUF Sidi Mohammed * Chirurgie Générale Pr. BOUZELMAT Hicham * Cardiologie
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Pr. OBTEL Majdouline Médecine préventive, santé publique et Hyg. Pr. OURRAI Abdelhakim * Pédiatrie
Pr. SAOUAB Rachida * Radiologie
Pr. SBITTI Yassir * Oncologie Médicale Pr. ZADDOUG Omar * Traumatologie Orthopédie Pr. ZIDOUH Saad * Anesthésie-réanimation
2 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS SCIENTIFIQUES 3. PROFESSEURS/Prs. HABILITES
Pr. ABOUDRAR Saadia Physiologie Pr. ALAMI OUHABI Naima Biochimie-chimie
Pr. ALAOUI KATIM Pharmacologie
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Pr. ZAHIDI Ahmed Pharmacologie
Mise à jour le 11/06/2020 KHALED Abdellah
Chef du Service des Ressources Humaines FMPR
A Mes très chers parents
Aucune phrase, aucun mot ne saurait exprimer le respect et l'amour propre que je
vous porte.
Vous m'avez comblé d'affection, et vous avez été toujours pour moi un grand
support dans mes moments les plus difficiles.
Sans vos conseils soignés, votre générosité, vos prières, et votre sacrifice, je
n'aurais pu devancer le stress de ces longues années d'étude.
Vous m'avez apporté toute la tendresse et l'affection dont j'ai eu besoin. Vous
avez veillé sur mon éducation avec le plus grand soin.
Vous êtes pour moi l'exemple de la bonne foi, la régularité et de la persévérance.
A travers ce modeste travail, je vous remercie et prie le grand dieu qu'il vous
garde en bonne santé et vous amène une longue vie que je puisse vous combler à
mon tour.
A la mémoire de mes grands parents
J'aurais bien voulu que vous soyez parmi nous en ce jour mémorable. Que la
clémence de dieu règne sur vous et que votre âme repose en paix.
A Mon frère et mes sœurs :
ADNANE, IMANE et YOUSRA
A tous les moments d’enfance passés avec vous, en gage de ma profonde estime
pour votre soutien, encouragement et réconfort.
En affirmation de toute l'affection et des profonds sentiments fraternels que je
vous porte.
A Ma chère fiancée et future femme :
KAOUTAR ELMAMOUNI
Aucun mot ne saurait t’exprimer ma profonde admiration pour la personne que
tu es, ma reconnaissance pour l’amour, la tendresse et la gentillesse
inconditionnels dont tu m’as toujours entouré, grâce à ton aide et à ta patience
avec moi que ce travail a pu voir le jour.
A mon cher neveu et bout de choux :
JAD LARHMAM
Je t’aime tant
A tous mes amis et camarades
Mohamed Amine Bahir, Salah-eddine El Gourari, Kamal Boudar, Smail Qarch,
Hamza Lahlou, Hicham Kenab, Amine Essedik, Yassine…
A tous ceux que j'ai omis d'écrire leurs noms.
Que notre amitié demeure pour toujours.
A notre maître président de jury
Monsieur Ahmed GAOUZI
Professeur en Pédiatrie
Votre grande gentillesse, votre savoir-faire, vos qualités humaines et
professionnelles, ainsi que votre compréhension à l'égard des étudiants nous
suscitent une admiration extrême et un profond respect.
A notre maître rapporteur de thèse
Monsieur Mimoun ZOUHDI
Professeur en Microbiologie
Pour vos conseils sages et judicieux, pour les efforts que vous avez déployés pour
que ce travail soit conçu.
Pour votre soutien indéfectible et votre compétence à toutes les étapes de ce
travail.
A notre maître juge de thèse
Madame Saïda TELLAL
Professeur en Biochimie.
Vous nous faites un grand honneur en acceptant de juger notre travail.
Vous nous avez reçu avec bienveillance nous en sommes très heureux.
Veuillez trouver ici, cher maître, l'expression de notre gratitude et de nos sincères
A notre maître juge de thèse
Monsieur Taoufik DOBLALI
Professeur en Microbiologie
Nous sommes très émus par la spontanéité avec laquelle vous avez accepté de
juger notre travail.
Votre présence parmi notre jury de thèse est très honorable.
Veuillez trouver ici, cher maître, le témoignage de notre gratitude et nos fidèles
sentiments.
Liste des figures
Figure 1 : Différentes structures des génomes viraux ... 7 Figure 2 : Structure d'une hélice... 8 Figure 3 : Schéma d'un icosaèdre ... 8 Figure 4 : Processus d'enveloppement de la capside virale par bourgeonnement... 10 Figure 5 : Schéma représantant le virus influenza A (HA : hémagglutinine ; NA :
neuraminidase ; M : protéine de matrice ; NS : protéine non structurale ; NP : nucléprotéine ; PB : protéine basique ; PA : protéine acide ; RNA : acide ribonucléique) ... 19 Figure 6 : Nomenclature des virus influenza [9] ... 20 Figure 7 : Description des phases de pandémie. [22] ... 27 Figure 8 : Algorithme décisionnel de l’indication des tests de diagnostic rapide (TDR) et de la RTPCR en temps réel. ... 30 Figure 9 : Virus respiratoire syncytial en microscopie électronique. (P. Lebon-Paris). ... 32 Figure 10 : Schéma représentant la structure du virus respiratoire syncytial (VRS). ARN : acide ribonucléique ; gp : glycoprotéine ... 32 Figure 11 : Metapneumovirus en microscopie éléctronique (P. Lebon, Paris). ... 41 Figure 12 : Structure des sérotypes 1 à 4 du virus parainfluenza humain. [41] ... 45 Figure 13 : Une section stylisée du virion de l'adénovirus, indiquant les orientations relatives des composants protéiques et de l'ADN viral. Les protéines de cœur et de capside sont
répertoriées séparément. (Adapté de Stewart et Burnett, 1993). ... 53 Figure 14 : Classification des picornavirus. Les genres possédant à la fois des espèces
animales et humaines sont marqués par un astérisque. [50] ... 59 Figure 15 : Les protéines de capside des rhinovirus. [50]... 59 Figure 16 : Particule de coronavirus en microscopie électronique. L’aspect en couronne est dû à la présence de hauts spicules constitués de la protéine de surface S. (Pierre Lebon, Saint-Vincent de Paul, Paris) ... 63 Figure 17 : Représentation schématique d’un coronavirus. La nucléocapside hélicoïdale est formée de la protéine N, étroitement liée à l’ARN génomique. Les autres protéines
structurales comprennent les protéines M et E, et les protéines de surface S et HE. Cette dernière est présente uniquement chez les coronavirus du groupe 2a. [57] ... 65
Liste des tableaux
Tableau 1 : Conséquences de la présence ou non de l’enveloppe virale sur le virus ... 10 Tableau 2 : Classification des virus responsable des infections respiratoires ... 11 Tableau 3 : Les virus classiques responsable des infections respiratoires virales ... 12 Tableau 4 : Dérive et cassure antigénique des virus influenza [13] ... 22 Tableau 5 : Sérotypes d'adénovirus selon la région géographique (NA : non appliqué) [47] 56 Tableau 6 : Cas et décès confirmés par COVID-19 nouvellement signalés et cumulés, par Région de l'OMS, au 13 décembre 2020 (Genève : Organisation Mondiale de la Santé, 2020.) ... 71
Introduction ... 1
Chapitre I : Généralités ... 4 I. Définition et structure du virus : ... 5 1. Définition : ... 5 2. Structure du virus : ... 6 2.1. Le génome virale ... Erreur ! Signet non défini. 2.2. La capside ... 7 2.3. L'enveloppe ou péplos ... Erreur ! Signet non défini. II. Classification des virus respiratoire : ... 11 1. Groupe I : Classiques ... 11 2. Groupe II : Opportunistes ... 13 III. Physiopathologie des infections virales respiratoire : ... 13 1. Immunopathologie : ... 13 2. Conséquences clinques : ... 14 2.1. Infection des voies aériennes supérieurs : ... 14 2.2. Bronchite et bronchiolite : ... 15 2.3. Pneumonie : ... 16
Chapitre II : Approche épidémiologique et diagnostique ... 17 I. Virus influenza : ... 18 1. Agent causal : ... 18 1.1. Structure virale : ... 18 1.2. Propriétés antigéniques : ... 20 1.3. Ecologie des virus influenza : ... 22 2. Epidémiologie :... 24 2.1. Epidémiologie globale : ... 24 2.2. Particularités du virus H1N1 pandémique : ... 26 3. Clinique : la grippe ... 28 4. Diagnostic biologique : ... 29 II. Virus respiratoire syncytial ... 31
1. Agent causal ... 31 1.1. Structure Virale : ... 31 1.2. Propriétés antigéniques : ... 33 1.3. Ecologie virale : ... 34 2. Epidémiologie :... 35 2.1. Epidémiologie globale : ... 35 2.2. Epidémiologie du VRS au Maroc : ... 36 2.3. Épidémies à VRS : ... 36 3. Clinique : la bronchiolite ... 38 4. Diagnostic biologique : ... 39 III. Métapneumovirus humain ... 41 1. Agent causal : ... 41 1.1. Structure virale : ... 41 1.2. Propriétés antigéniques : ... 41 2. Epidémiologie :... 42 3. Clinique : ... 43 4. Diagnostic biologique : ... 44 IV. Para-influenza virus : ... 45 1. Agent causal : ... 45 1.1. Structure virale : ... 45 1.2. Propriétés antigéniques : ... 46 2. Epidémiologie :... 47 3. Clinique : ... 47 4. Diagnostic Biologique : ... 48
1. Agent causal : ... 53 2. Epidémiologie :... 54 3. Clinique : ... 56 4. Diagnostic biologique : ... 57 VII. Rhinovirus : ... 58 1. Agent causal : ... 58 2. Epidémiologie :... 60 3. Clinique : ... 61 4. Diagnostic biologique ... 61 VIII. Coronavirus : ... 63 1. Agent causal : ... 63 1.1. Structure virale : ... 63 1.2. Propriétés antigéniques : ... 65 1.3. Ecologie virale : ... 66 2. Epidémiologie :... 67 2.1. Epidémiologie globale : ... 67 2.2. Epidémie de SARS 2002-2004 : ... 68 2.3. Syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) : ... 69 2.4. Pandémie du Covid-19 : ... 70 3. Clinique : ... 72 4. Diagnostic biologique : ... 74
Chapitre III : Evolution et sequelles des viroses respiratoires ... 76 I. Atélectasies séquellaires : ... 79 II. Infection bactérienne chronique : ... 81 III. Dilatations des bronches et bronchiolite oblitérante : ... 81 IV. Diminution de la fonction respiratoire : ... 83 V. Asthme et viroses respiratoires :... 84
Chapitre IV : Actualités thérapeutiques des viroses respiratoires : ... 86 I. Prévention : ... 87
1. Mesures d’hygiène :... 87 2. Vaccination : ... 88 2.1. Stratégie contre les virus émergents : ... 88 2.2. Développement de vaccin universel contre la grippe : ... 89 2.3. Vaccins à base de nanoparticules contre les virus respiratoires : ... 90 2.4. Vaccins COVID-19 : ... 91 II. Traitement symptomatique : ... 93 1. Mesures générales : ... 93 2. Kinésithérapie : ... 94 3. Corticothérapie : ... 94 4. Bronchodilatateurs : ... 94 5. L’antibiothérapie : ... 95 III. Traitements spécifiques : ... 95 1. Virus Influenza : ... 95 1.1. Adamantanes : ... 95 1.2. Inhibiteurs de la neuraminidase (NAI) : ... 96 2. Virus Syncytial Respiratoire : ... 97 2.1. La Ribavirine : ... 97 2.2. Immunoglobulines intraveineuses et anticorps monoclonaux : ... 98 3. Métapneumovirus humain : ... 98 4. Parainfluenza Virus : ... 98 5. Bocavirus : ... 98 6. Adénovirus : ... 99 7. Rhinovirus : ... 99
Les infections virales aiguës des voies respiratoires, dîtes viroses respiratoires, restent une des principales causes de morbidité, de mortalité et de perte économique. Bien que souvent spontanément résolutives chez les adultes en bonne santé, ces infections sont responsables d'une perte substantielle de temps de production et sont des facteurs importants de maladie et de décès des très jeunes, des personnes immunodéprimées et des populations âgées. Au cours des 10 dernières années, un certain nombre de nouveaux agents pathogènes respiratoires viraux humains ont été identifiés, conduisant à une sensibilisation accrue et au développement de mesures pour les contrôler. L'identification de nouveaux virus est à la fois le résultat de l'application de nouvelles techniques plus sensibles permettant la détection de virus qui circulent dans la population humaine depuis des années et le résultat de l'introduction récente de virus dans la population humaine.
Les maladies respiratoires aiguës représentent environ 75% de toutes les morbidités aiguës dans les pays développés, et la plupart de ces infections (environ 80%) sont virales. Les infections des voies respiratoires supérieures telles que la rhinite, la pharyngite et la laryngite sont parmi les infections les plus courantes chez les enfants, survenant trois à huit fois par an chez les nourrissons et les jeunes enfants, avec une incidence variant inversement avec l'âge, les jeunes enfants ayant la fréquence plus élevée. Selon les statistiques
pneumonie. L'infection virale aiguë des voies respiratoires est la principale cause d'hospitalisation des nourrissons et des jeunes enfants dans les pays développés et une cause majeure de décès dans les pays en développement. En pratique clinique, un virus spécifique n'est souvent pas identifié en raison du manque de tests sensibles et / ou de la présence d'agents pathogènes encore inconnus.
Chapitre I :
Généralités
I. Définition et structure du virus :
1. Définition :
On trouve le terme < Virus > mentionné pour la première fois dans les textes antiques (Virgile, < Les Géorgiques >, 70-19 av J.-C), ce terme qui, jusqu’à l’aube du 20e siècle, signifiait poison. La notion de maladie virale, telle que la rage, la poliomyélite, les oreillons, zona ou la variole a été rapportée depuis l’antiquité.
C’est qu’en 1953 que André LWOFF donna une définition du virus qui est maintenant unanimement reconnue :
1/ Les virus ne comportent qu’un seul type d’acide nucléique ADN ou ARN qui constitue le génome viral.
2/ Les virus se multiplient par réplication à partir de leur matériel génétique.
3/ Il est incapable de croître ou se diviser.
4/ Les virus sont doués de parasitisme intracellulaire absolu.
5/ Son génome n’a aucune information pour la synthèse d’enzymes du métabolisme intermédiaire.
Les virus peuvent être considéré comme une forme élaborée de parasitisme. Ils ne peuvent se reproduire qu’au sein de cellules vivantes. Ils ne possèdent aucun système d’énergie et ils détournent la machinerie cellulaire à leur profit pour se répliquer et assurer leur pérennité. Ils sont constitués de structures extrêmement simples dont l’ensemble des éléments protège le code génétique et ayant comme objectifs de s’infiltrer dans une cellule pour la parasiter, puis la détruire.
Chez l’homme, les virus peuvent être responsables d’un grand désordre pouvant détruire les cellules et altérer les tissus, puis induire des relations complexes avec le système immunitaire pouvant aller jusqu’à détruire ce système et par exemple conduire au sida et à la mort du sujet infecté.
Enfin, à l’aide de quelques gènes, les virus peuvent modifier les fonctions intracellulaires à leur profit, ce qui a pour objectif final de transformer l’organisme infecté en agent contaminant, capable de propager l’infection et d’assurer la survie du virus. [1]
2. Structure du virus :
2.1. Le génome viral
Un virus est constitué toujours d’un génome qui peut être soit de l’ADN ou de l’ARN, il contient la totalité de l’information génétique de la particule virale. De taille réduite, sa capacité de codage est faible, allant de quelques gènes pour les virus les plus petit (Entérovirus, Parvovirus) à quelques centaines pour les virus les plus gros (Poxvirus, Herpesvirus).
Ce génome est soit bicaténaire (double brin) ou monocaténaire (simple brin), circulaire ou linéaire, segmenté ou non segmenté.
Ainsi, la nature de l’acide nucléique (ADN ou ARN) constitue un premier critère pour la classification des virus.
Figure 1 : Différentes structures des génomes viraux
2.2. La capside
D'un mot grec, capsa, signifiant boîte, le génome est emballé dans une structure protéique nommée capside qui a comme rôle de protéger le génome. Les capsides virales sont édifiées à partir de la polymérisation d’une seule ou d’un petit nombre de sous-unités protéiques. La nucléocapside est une structure compacte formée par l'assemblage de la capside autour du génome. Elles sont organisées selon deux types de symétrie :
- Nucléocapside tubulaire ou hélicoïdale : La symétrie est hélicoïdale,
c'est un tube enroulé en peloton, ce peloton est lui-même entouré dans un 3ème élément nommé péplos.
- Nucléocapside icosaédrique ou cubique : La symétrie est cubique, c’est
un polyèdre à vingt faces qui sont des triangles équilatéraux, et douze sommets. L'icosaèdre présente un contour hexagonal sous un certain angle.
La symétrie de la capside constitue un deuxième critère de classification des virus.
2.3. Péplos ou l’enveloppe :
C'est l'élément le plus externe de certains virus, Il vient d’un mot grec signifiant manteau. Ce terme évoque une structure souple et, de fait, la péplos est une membrane. Selon les virus elle est dérivée des membranes cytoplasmique, nucléaire ou cellulaires. Elle est composée de : bicouche lipidique cellulaire, glycoprotéines virales sous forme de spicules La face interne de l’enveloppe virale peut être dans certains cas associée à une protéine virale(matrice). En effet, les virus à péplos terminent leur multiplication dans la cellule par bourgeonnement. Des glycoprotéines d’origine virales s’insèrent dans cette couche bilipidique.
L’absence ou la présence de l’enveloppe est responsable en grande partie du mode de transmission des maladies. Tous les virus humains et animaux à capside tubulaire ont une enveloppe mais certains virus à capside icosaédrique en sont pourvus.
La nature glucido-lipido-protéique de l’enveloppe virale modifie les caractéristiques physicochimiques des particules virales. Elles deviennent sensibles aux solvants des lipides alors que les virus nus sont résistants. Cette fragilité supplémentaire aura des conséquences sur le plan épidémiologique. Ainsi, les virus enveloppés sont moins résistants dans le milieu extérieur et ne sont transmissible que par contamination directe (HSV, HIV …). A l’opposé, les virus nus sont plus résistants et seront impliqués dans des contaminations indirectes par le relais d’aliments souillés (Hépatite A, poliovirus). Cette fragilité aura des conséquences aussi sur le transport des prélèvements.
La présence ou non de l’enveloppe constitue un troisième critère de classification des virus
Propriété Virus enveloppé Virus nus Stabilité dans
l’environnement
0 +
Elimination dans les selles 0 +
Elimination dans la gorge + +
Contamination interhumaine directe, Respiratoire ou salivaire, sexuelle ou oculaire + + Contamination interhumaine indirecte, fécale-orale 0 + Transmission préférentielle pendant la saison froide
+ +/-
Température de stockage de longue durée des
prélèvements
-80°C -20°C
Inactivation par solvants lipidiques (éther)
+ 0
II. Classification des virus respiratoire :
Les infections respiratoires virales sont très fréquentes et sont liées à des très nombreux virus mais leur prévalence est difficile à estimer puisqu’ils sont rarement recherchés systématiquement en dehors de contextes épidémiques ou pandémiques.
Groupe I Groupe II
Virus Influenza Virus Parainflueza
Virus Respiratoire Syncytial Métapneumovirus
Rhinovirus Bocavirus Adénovirus Coronavirus
Virus Herpès Simplex Virus Varicelle-Zona Cytomégalovirus Virus Epstein Barr Virus de la rougeole
Coxsackievirus, Echovirus Poliovirus
Tableau 2 : Classification des virus responsable des infections respiratoires
1. Groupe I : Classiques
Les propriétés taxonomiques et virologiques des principaux virus respiratoire humain, qui appartiennent à des familles distinctes, sont généralement caractérisées comme étant des virus de taille petite à moyenne qui ont des caractéristiques en commun, mais diffèrent par leur symétrie, leur mode de réplication, et comportement pathogène et épidémiologique. [2]
Virus Famille Taille (en nm)
Génome Enveloppe Types
VRS Paramyxoviridae
120-200
ARN Oui 2 groupes
antigénique A et B avec 10 génotypes A et 13 génotypes B
Virus influenza Orhtomyxoviridae 80-120 ARN Oui 3 groupes
antigénique A, B et C Virus Parainfluenza Paramyxoviridae 120-180
ARN Oui 4 Sérotypes
1, 2, 3 et 4 Métapneumovirus Paramyxoviridae
120-180
ARN Oui 2 Sous-types
A et B
Rhinovirus Picornaviridae 20-27 ARN Non + de 100
types
antigéniques
Coronavirus Coronaviridae 80-160 ARN Oui 7 génotypes
(les plus connus sont Sars-CoV, Mers-CoV, Covid-19)
Bocavirus Parvoviridae +/- 25 ADN Non
Adénovirus Adenoviridae 70-110 ADN Non 51 sérotypes
humains
2. Groupe II : Opportunistes
Ce sont des virus dits « opportunistes » qui peuvent donner des manifestations respiratoires principalement chez les sujets immunodéprimés comme exemple les virus appartenant à la famille des Herpesviridae (varicelle-zona, herpès, cytomégalovirus…) [3]
III. Physiopathologie des infections virales respiratoire :
1. Immunopathologie :
L’arbre respiratoire est un organe directement exposé aux polluants atmosphériques, incluant de multiples agents infectieux viraux, bactériens et fongiques. L’organisation des systèmes de défenses immunitaires très sophistiquée assure une protection efficace dominée par l’intervention en première ligne des effecteurs de l’immunité innée qui reconnaissent des motifs antigéniques conservés parmi divers via des récepteurs cellulaires eux aussi exprimés chez tous les individus exposés. Les systèmes immunitaires recrutables après la primostimulation antigénique enclenchent ensuite des réponses immunitaires adaptatives, locales et systémiques. [4]
La fonction respiratoire normale dépend de la conservation de l'architecture pulmonaire et de la barrière endothélio-épithéliale entre les voies respiratoires et la circulation. Lors d'une infection virale, l'architecture pulmonaire est fréquemment compromise principalement par la réponse immunitaire de l'hôte et directement par réplication virale. L'ampleur de l'altération structurelle, de la compromission fonctionnelle et, par la suite, des manifestations cliniques de l'infection dépendent de nombreux facteurs, mais principalement du degré de dissémination du virus dans les voies respiratoires. [5]
L’inoculation se fait par les voies respiratoires supérieures, principalement les yeux et le nez, et le virus se multiplient localement dans l’épithélium respiratoire des grandes et petites voies respiratoires sans provoquer d’infection systémique. En fonction du virus, cela peut entraîner une inflammation, une augmentation des sécrétions muqueuses, une infiltration des leucocytes et une altération des activités ciliaires et de production de mucus. Les cellules des voies respiratoires ciliées supérieures et inférieures peuvent être détruites et l’épithélium dénudé, et les mécanismes de clairance et la fonction des cellules phagocytaires sont compromis. Les dommages peuvent créer une vulnérabilité à la surinfection bactérienne. La réponse immunitaire de l’hôte semble jouer un rôle important dans la pathogenèse. Cette lésion immunomédiée a été appelée < tempête de cytokines > [6]. Dans les infections respiratoires sévères, les petites voies respiratoires peuvent être bloquées entraînant une obstruction des voies respiratoires due à une inflammation et à une nécrose de l’épithélium. [2]
2. Conséquences clinques :
2.1. Infection des voies aériennes supérieurs :
Souvent, le système respiratoire supérieur est le site initial de réplication virale car de nombreux virus respiratoires sont inhalés ou transférés par contact à la muqueuse nasale. Chez les patients en bonne santé sans conditions préexistantes, les infections avec des souches courantes de rhinovirus, de
l’apoptose, la nécrose et la desquamation de cellules épithéliales [7]. Finalement, le recrutement de neutrophiles et mononucléaires cellules propage davantage l'œdème et l'hypersécrétion de mucus, exacerbant la congestion nasale, les éternuements, et toux chez les patients [8]
2.2. Bronchite et bronchiolite :
Certains virus capables de produire des infections plus sévères telles que la grippe, ces virus passent des voies aériennes supérieurs aux voies aériennes inférieures où ils se disséminent vers les bronches et bronchioles et s'ils ne sont pas contrôlés, peuvent atteindre les alvéoles. La surveillance des patients pendant une infection virale respiratoire affirme cela, car la symptomatologie des voies respiratoires supérieures précède souvent celle des voies respiratoires inférieures. Parmi les viroses respiratoires, les virus de la grippe, le SRAS-CoV et le MERS-CoV sont généralement capable de se propager dans les bronches et les bronchioles chez des individu en bonne santé. Cependant, chez les nourrissons et jeunes enfants, le VRS infecte fréquemment les petites voies aériennes conductrices et est une des principales causes d'hospitalisation pédiatrique dans le monde.
L'infection des bronches et des bronchioles conduit à des changements cellulaires et à une inflammation localisée comme dans les infections des voies aériennes supérieures. Cependant, en raison de la diminution progressive du diamètre des voies aériennes conductrices des voies aériennes inférieures, l'inflammation et les blessures dans ce compartiment entraîne une altération plus grave de la fonction respiratoire. L'absence des cellules épithéliale ciliée dans ce compartiment limite l'expulsion du mucus, des bactéries et des fragments cellulaires de ces voies respiratoires. Cela est aggravé par une sécrétion accrue
de mucus épithélial, une fuite vasculaire, un œdème, et une inflammation des muqueuses. L'afflux de cellules inflammatoires en réponse aux signaux provenant de l'épithélium infecté augmente l'œdème, la congestion vasculaire et le gonflement des tissus limitant davantage le passage de l'air dans les petites voies respiratoires.
Et empêchant un échange de gaz efficace. Cela se manifeste cliniquement par une respiration sifflante et une dyspnée. Dans les cas graves, cela peut entraîner une difficulté à respirer qui nécessite une oxygénothérapie. [5]
2.3. Pneumonie :
Les voies respiratoires terminal sont le site d'échange de gaz et constituent la majorité de la surface des voies respiratoires du poumon. Pendant l'infection, la perte de jonctions serrées, la fuite vasculaire, et l’accumulation de liquide œdémateux et de la fibrine dans alvéoles peut entraîner une nécrose des cellules alvéolaires et formation de membranes hyalines. Dans les cas graves, ces changements peuvent entraîner des lésions alvéolaires diffuses, qui vont se manifester cliniquement par un SDRA et une insuffisance respiratoire. De plus, la perte de la tension superficielle et du surfactant entraîne des menaces supplémentaires pour la fonction pulmonaire. La pneumonie virale peut entraîner parfois une altération de l'élasticité pulmonaire ce qui peut avoir des conséquences durables et mettre l'hôte à haut risque de surinfections
Chapitre II :
Approche épidémiologique
et diagnostique
I. Virus influenza :
1. Agent causal :
1.1. Structure virale :
Ils appartiennent à la famille des Orthomyxoviridae, ce sont des virus enveloppés à ARN monocaténaire segmenté. Les types des influenza virus sont au nombre de 3 : Virus influenza A, B et C. Le virus influenza A présente un potentiel épidémique plus élevé chez les animaux, spécialement chez les mammifères et les oiseaux qui sont leurs hôtes habituels. Le virus influenza B est responsable des grippes saisonnières tandis que le C est généralement bénin [9].
Le génome viral des virus influenza est constitué de huit fragments d’ARN différents. Ces ARN sont de polarité négative. Leur transcription et leur réplication sont effectuées par des ARN polymérases ARN dépendantes, codées par le génome viral. La structure des virus influenza type A est composé de : [10]
La surface est constituée d’une enveloppe lipidique dans laquelle sont fixées 2 types de glycoprotéines, l’hémagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA). Actuellement, il existe 18 sous-types d’HA, notés de H1 à H18 et 11 sous-types de NA, notés de N1 à N11. [9]
Le rôle de l’hémagglutinine (HA) est la fixation du virus sur des récepteurs présents au niveau des cellules des espèces humaines et animales, ce qui permet l’endocytose du virus. Ces récepteurs sont
Le transfert de l’ARN du noyau vers le cytoplasme se fait par le biais de la protéine de matrice (M1) et la protéine d’exportation nucléaire (NEP ou NS2), ce qui permet la formation des nouveaux virions au niveau de la membrane plasmatique. Le degré de variabilité est augmenté en cas d’infection d’une même cellule par des virus grippaux différents, cela est dû à la fragmentation du génome et la redistribution aléatoire de ces fragments dans les particules virales produites, ce qui conduit à des échanges génétiques de grande ampleur par réassortiment, et ensuite donnant naissance à des virus recombinants ayant des propriétés très différentes de celles des virus parentaux. La transcription et la réplication de l’ARN se fait par l’association de ribonucléoprotéines (RNPs) au complexe polymérase (PB1, PB2 et PA) et à la nucléoprotéine (NP). [11]
Figure 5 : Schéma représantant le virus influenza A (HA : hémagglutinine ; NA : neuraminidase ; M : protéine de matrice ; NS : protéine non structurale ; NP : nucléprotéine ;
PB : protéine basique ; PA : protéine acide ; RNA : acide ribonucléique)
La nomenclature utilisée pour nommer les virus influenza est [9] : Type du virus (A, B ou C),
Lieu d’isolement de la souche,
Numéro d’enregistrement de la souche, Année d’isolement.
Sous-type viral.
Figure 6 : Nomenclature des virus influenza [9]
1.2. Propriétés antigéniques :
La survenue des épidémies grippales est principalement causée par glycoprotéines de surface HA et NA. De nouvelles souches virales sont formés suite à leurs variations. Il existe deux types de variations antigéniques : les cassures (« shift ») et les dérives (« drift »). L’échappement au système immunitaire de l’hôte est dû aux changements au niveau des glycoprotéines de surface des virus influenza. [12]
multipliant dans l’organisme infecté. Cette variation est responsable des formes épidémiques des virus influenza. Il peut s’agir dans un deuxième cas d’un changement plus complet de la protéine HA, nommé « cassure », qui correspond à un remplacement d’un virus par un tout différent autre virus qui a de nouveaux caractères immunologiques. En général, ces nouveaux virus sont responsables d’une pandémie [9]
DERIVE/GLISSEMENT
« drift » CASSURE/SAUT « shift »
Types viraux concernés
A, B, C A
Mécanismes Mutations ponctuelles Réassortiment des virus
influenza humains et animaux chez le porc, transmission directe des virus animaux à l’homme Modification antigénique Mineure Majeure Conséquences taxonomiques Emergence de nouveaux variants
Emergence de nouveaux sous-types
Conséquences immunitaires
Immunité croisée partielle entre 2 variants consécutifs
Absence d’immunité croisée entre 2 sous-types influenza A Conséquences
épidémiologiques
Epidémies limitées tous les 1 à 2 ans
Pandémie, tous les 10 à 30 ans Conséquences
vaccinales
Vaccin peut être encore valide
Péremption du vaccin
Tableau 4 : Dérive et cassure antigénique des virus influenza [13]
1.3. Ecologie des virus influenza :
En effet, le virus contient des gènes de plusieurs virus connus d’origines aviaire, porcine et humaine. Les virus influenza de type A infectent de nombreuses espèces animales ainsi que l’homme. Les oiseaux aquatiques sauvages sont la source du plus grand nombre de sous-types viraux influenza A (18 sous-types HA et 11 sous-types NA). Ils sont ainsi considérés comme le
Des études sur l’écologie de ces virus renforcent l’hypothèse que tous les virus grippaux rencontrés chez les mammifères dérivent d’un réservoir aviaire. Les virus grippaux se répliquent chez les oiseaux dans les cellules du tractus digestif entraînant ainsi le rejet d’une très grande quantité de virus dans le milieu extérieur et en particulier dans les étendues d’eau où ces oiseaux vivent, les virus étant particulièrement résistants dans l’eau. La transmission se fait ensuite vers les mammifères (chevaux, porcs, hommes) par voie respiratoire. [14]
Deux structures sont impliquées dans le mécanisme d’attachement des virus influenza : le site de liaison au récepteur présent sur l’HA et le récepteur spécifique présent à la surface de la cellule-hôte [14]. Les virus aviaires se lient aux récepteurs avec une liaison de l’acide sialique au galactose, présent sur les cellules intestinales aviaires. Chez l’homme, les virus se lient aux récepteurs présents sur les cellules des épithéliums respiratoires. [15]
Le porc est considéré comme un bon réservoir pour les virus influenza. En effet, il possède à la fois les récepteurs cellulaires pour les virus aviaires et pour les virus humains au niveau respiratoire. Il facilite ainsi les recombinaisons par échanges de segments génomiques entre les différentes souches virales influenza de type A. [16]
2. Epidémiologie :
L’épidémiologie des virus influenza est difficile à évaluer par l’importance des formes asymptomatiques. Les virus influenza sont responsable de la grippe et ils se manifestent classiquement sous 3 formes : [9]
Epidémique : présence de nombreux cas, se propageant rapidement dans une région,
Sporadique : présence de quelques cas dans la population générale, Pandémique : propagation rapide de l’infection à l’ensemble de la
planète.
2.1. Epidémiologie globale :
La première référence à une épidémie virale d’une maladie respiratoire aigüe, supposé « grippe » date d’il y a plus de 2000 ans. Depuis, de nombreux épisodes d’épidémies et pandémies ont été décrits. Le virus de la grippe de type A a été isolé chez le porc en 1930 aux Etats-Unis puis chez l’humain en 1933 en Grande Bretagne. Le XXème siècle a connu de nombreuses épidémies grippales mais a été marqué par trois pandémies liées à des grippes A. L’histoire du virus H1N1 commence en 1918, avec son apparition simultanée chez l’homme et le porc. [17]
Dans les zones à climat tempéré, la grippe saisonnière se manifeste classiquement par des épidémies annuelles hivernales de novembre à mars. Par contre, elle circule toute l’année avec des pics survenant lors de la saison des pluies, dans les régions tropicales. Il est estimé que plus de 3 millions de cas graves sont causé par les épidémies annuelles de grippe et 250 000 à 500 000 morts chaque année dans le monde. Les enfants de moins de 5 ans et les personnes âgées de plus de 65 ans sont les plus touchés. Chez les enfants hospitalisés pour infections respiratoires, les virus influenza sont responsables d’environ un tiers des cas (33 %), un taux comparable à celui du virus respiratoire syncytial (VRS, 33,9 %) et supérieur à celui du rhinovirus (20,8 %). L’épidémie associe généralement un virus de type B et 2 virus influenza de type A. Les infections dû au virus influenza A sont les plus fréquentes à un taux de 76 % contre 24 % pour le virus influenza B. [9]
2.2. Le virus H1N1 pandémique :
Le virus responsable de la nouvelle grippe pandémique A(H1N1)2009, possède un nom scientifique plus précis, indiquant la date et le lieu de son apparition : A/California/04/2009 "H1N1". La particularité de ce nouveau virus par rapport à la définition classique des virus pandémique est que sa virulence était moins préoccupante et son HA était insuffisamment divergente. [18] La variation antigénique était plutôt un « pseudo-shift » qu’une cassure antigénique. L’hémagglutinine de ce nouveau virus était semblable à celle du virus de 1918 (« grippe espagnole »). Ainsi, la plupart des personnes nées avant 1957 ont déjà été en contact avec des souches proches du virus H1N1 actuel. [19] On ne peut pas parler non plus de dérive antigénique puisqu’il n’évolue pas directement du virus H1N1 saisonnier d’origine humaine qui circule depuis 1977. [20]
Contrairement aux autres virus pandémiques de sous-type H1N1 de 1918 et de 1977, le virus A(H1N1)2009 ne contient pas le marqueur pathogénique PB1-F2, ce qui explique sa présentation clinique modérée. [18] Sa multiplication dans les cellules humaines pulmonaires est plus efficace que celle des virus saisonniers. L’analyse génétique des séquences de l’HA1 a montré la présence d’une mutation dite Asp222Gly (ou D222G). Cette mutation favorise l’atteinte des voies respiratoires inférieures par liaison aux acides sialiques α2,3, modifiant ainsi le tropisme viral. Cette mutation survient de manière sporadique
Le 11 juin 2009, l’OMS a relevé le niveau d’alerte à la pandémie de la phase 5 à la phase 6, signifiant qu’une pandémie de grippe est en cours, la première depuis 41 ans. La phase 6 se caractérise par une transmission interhumaine soutenue, imputable à des flambées au niveau communautaire dans au moins 2 régions de l’OMS et au moins 1 pays dans chacune de ces régions.
3. Clinique : la grippe
La principale forme clinique des virus influenza est la grippe. La période d’incubation courte de 1 à 3 jours. La majorité des patients présentent une forme bénigne caractérisée par un syndrome grippal. Les deux signes cliniques les plus constants sont la fièvre et la toux. La grippe débute typiquement par l’apparition brutale d’une forte fièvre, et de signes généraux de type : céphalées, frissons, rhinite, myalgies, toux sèche, maux de gorge. La fièvre peut baisser transitoirement puis remonter formant un « V grippal ». La contagiosité est présente 24 heures avant l’apparition des premiers signes cliniques et dure 5 à 7 jours. Les microgouttelettes excrétées par les sujets contaminés sont les principales sources de contamination. Chez les enfants de moins de 5 ans et les personnes âgées de plus de 65 ans, le diagnostic est plus difficile, en raison d’une forme paucisymptomatique de la maladie et de la possibilité de présenter de manière plus fréquente des symptômes extra-respiratoires. [9]
Durant la période de pandémie grippale en 2009, la présentation clinique du nouveau virus A(H1N1)2009 était similaire à celle de la grippe saisonnière (période d’incubation, symptômes, complications) avec des symptômes extra-respiratoires plus importants (diarrhées, vomissements) dans 25 à 40 % des cas. [12]
Les complications les plus fréquentes sont les surinfections bactériennes respiratoires (sinusites, pneumonies, bronchites, otites, …), ou l’aggravation d’une maladie chronique préexistante. La pneumonie grippale primaire est une complication rare et de sombre pronostic, qui peut évoluer dans certains cas vers un tableau de « grippe maligne » avec un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). [9]
4. Diagnostic biologique :
Dans l’immense majorité des cas, le diagnostic est probabiliste en cas de contexte épidémiologique compatible ou de contact avec un cas confirmé, associés aux signes cliniques (cf. Chapitre « clinique »). Cependant, les signes cliniques ne permettent pas de distinguer la grippe saisonnière des autres viroses respiratoires. Les manifestations biologiques observées n’ont également rien de spécifique. Il s’agit d’anomalies biologiques classiques au cours des syndromes grippaux : lymphopénie, thrombopénie, leucopénie, neutropénie, élévation des transaminases sériques, des lactates déshydrogénases, de la créatine kinase et créatinine, et une acidose métabolique.
Plusieurs méthodes de diagnostic sont disponibles avec des sensibilités, des spécificités variables et des conditions de réalisation.
De façon générale, le diagnostic d’une infection virale repose sur le diagnostic direct qui permet de mettre en évidence le virus (microscopie électronique, culture cellulaire) ou un de ses constituants (antigènes viraux, ARN viral) et le diagnostic sérologique réalisé sur une paire de sérums prélevés à deux semaines d’intervalle. Ce dernier permet d’objectiver, dans le cadre d’une infection actuelle, la présence d’IgM spécifiques ou une ascension
En période pandémique, lorsque la circulation du virus dans la communauté est active et en raison du nombre important de prélèvements à traiter, la stratégie du diagnostic au laboratoire doit tenir compte de l’utilisation conjointe des TDR et de la RT-PCR en temps réel. Un résultat négatif par un TDR justifie obligatoirement le recours à un test moléculaire pour confirmer ou infirmer l’infection
Dans le cadre de la grippe A(H1N1)2009, la confirmation virologique d’un cas d’infection est définie chez un individu par la positivité des tests de laboratoire suivants : RT-PCR et /ou Culture virale et /ou quadruplement du taux d'anticorps sur deux sérums prélevés à 15 jours d'intervalle.
II. Virus respiratoire syncytial
1. Agent causal
1.1. Structure Virale :
Le VRS est un virus enveloppé de taille moyenne (120 à 300 nm) constitué d'un seul brin négatif non segmenté d’ARN. Le fait que le VRS ne soit pas segmenté est considéré important car le virus ne se réassortit pas avec d’autres virus. En revanche, les virus segmentés, par exemple l’influenza virus et le rotavirus, ont une probabilité beaucoup plus grande de réassortiment, en particulier avec les virus d'autres espèces. Le réassortiment peut conduire à des changements dans la composition génétique d'un virus, rendant le virus plus virulent ou plus résistant aux anticorps sériques existants chez l'homme et à certaines réponses immunitaires à médiation cellulaire. Le VRS est constitué d’une nucléocapside hélicoïdale interne avec une molécule d’ARN composé de 10 gènes, le tout entourée d’une enveloppe lipidique. Sur la surface de l’enveloppe on trouve deux glycoprotéines (gp) : gp G, la protéine d’attachement, et gp F la protéine de fusion. La gp G comporte une petite zone male identifiée, qui pourrait être le site de liaison au récepteur cellulaire. L’accès du virus aux cellules de l’épithélium respiratoire est favorisé par la forte glycosylation de cette glycoprotéine. Une fraction de G (15 %) est produite sous forme soluble, et constitue un leurre pour le système immunitaire. La gp F est responsable de la fusion entre la membrane cytoplasmique et l’enveloppe virale. Elle permet aussi la pénétration intracellulaire du virus et la diffusion tissulaire de l’infection. [23]
1.2. Propriétés antigéniques :
On désigne deux sous-groupes antigéniques de VRS A et B. Les différences antigéniques sont présentes surtout sur la protéine G, dans laquelle on trouve quatre sur cinq des épitopes différents. Les souches de référence du sous-groupe A sont les souches Long (Maryland 1956), A2 (Australie 1961) et SS2 (Grande-Bretagne 1976). Pour le sous-groupe B, les souches de références sont 8-60 (Suède 1960), 18537 (Washington 1962), RSN2 (Newcastle 1972). L’analyse antigénique des souches de VRS et l’étude de sa structure génétique montrent la protéine G est la principale différence, et que l’immunité croisée est supportée principalement par la protéine F. [23]
La différenciation entre les deux sous-groupes A et B peut se faire soit par hybridation sur des produits d’amplification à l’aide de sondes spécifiques des VRS A ou B ou par la longueur d’un produit de l'amplification en chaîne par polymérase (PCR) entre les gènes F et G (9 kDa pour le VRS A et 1,1 kDa pour le VRS B). L’analyse génétique de la gp G montre aussi des différences à l’intérieur des groupes A et B de VRS, qui peuvent aller jusqu’à 20 % de la structure en acides aminés pour le VRS A, et 12 % pour le VRS B. [24]
1.3. Ecologie virale :
La transmission du VRS se fait par les sécrétions respiratoires. Sa multiplication dans les voies aériennes est très importante, et la contagiosité des enfants est prolongée et très grande. L’excrétion virale débute 3 à 6 jours après le contage et dure en moyenne 1 semaine ; rarement les enfants excrètent encore du virus au bout de 3 semaines. [25]
Las portes d’entrées principales de l’infection sont les muqueuses nasales et conjonctivales. Il a été montré chez des volontaires que l’infection par le VRS est plus facile si le virus est introduit sur la conjonctive ou dans le nez que s’il est introduit dans la bouche. [26]
Une étude faite par l’équipé de CB. Hall et al a montré que cinq infirmières sur sept se contaminent après des soins à un nourrisson infecté et que quatre infirmières sur dix sont infectés après la manipulation d’objets au contact de l’enfant. [26] Le VRS peut rester infectieux pendant environ 30 heures sur les surfaces, 1 heure 30 sur les gants et 30 minutes sur les blouses en coton. L’infection nosocomiale à VRS touche environ 5 % des nourrissons hospitalisés suite à autre patient infecté ou à un membre de la famille infecté après contact avec le personnel soignant. [23]
