Recherche des bactéries présumées pathogènes dans la diarrhée des veaux de 0 à 6 mois des élevages bovins dans la commune de Dassa-zoumé.

(1)

REPUBLIQUE DU BENIN

*********

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

***************************

UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

************

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI (EPAC)

**************

DEPARTEMENT DE PRODUCTION ET SANTE ANIMALES (D-PSA)

*************************

THEME

Recherche des bactéries présumées pathogènes dans la diarrhée des veaux de 0 à 6 mois des élevages bovins dans la commune de

Dassa-zoumé.

Présenté et soutenu par : KIFOULY A. Habirou

9^èmePromotion

Année académique 2015-2016

RAPPORT DE FIN DE FORMATION POUR L’OBTENTION DE LICENCE PROFESSIONNELLE

Président du Jury : Pr Sahidou SALIFOU

Professeur titulaire en Parasitologie Enseignant-Chercheur à l’EPAC/UAC

Membre du Jury : Dr Camus ADOLIGBE

Maître-Assistant des Universités (CAMES) Enseignant-Chercheur à l’EPAC/UAC

Superviseur :

Docteur Cyrille K. BOKO

Maître-Assistant des Universités (CAMES) Enseignant- Chercheur à l’EPAC/UAC

(2)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page ii Dédicace

Grâce à Allah, le tout puissant, et à son serviteur, le prophète Mouhammed, je dédie ce travail à :

 Mon père Aboudou Waïdi KIFOULY

En bon père, vous avez guidé mes pas depuis mon enfance jusqu’à l’Université d’Abomey-Calavi. Vous ne ménagez aucun effort pour la réussite de vos enfants. En reconnaissance de toutes vos peines et des nombreux sacrifices consentis, trouvez ici l’expression de ma profonde reconnaissance et que ce modeste travail vous apporte satisfaction, longévité et une santé illimitée. Qu’Allah vous bénisse pour nous.

 Ma mère Raïmatou SOUMANOU

Femme tendre laborieuse sans orgueil et sans haine, voilà les fruits de l’éducation que vous nous avez donnée. Vous avez fait preuve de courage, de sacrifice et vos vœux ne sont plus loin d’être réalisés. Que ce travail soit pour vous le réconfort de votre patience de tous les sacrifices consentis et que vos prières les plus chères sur vos enfants soient exaucées. Qu’Allah vous protège et vous comble de toutes ses grâces.

 Ma belle-mère Anissatou AYELESSO

Femme brave et endurante, merci pour votre contribution inconditionnelle de diverses natures. Qu’Allah vous soutienne dans vos activités et qu’il vous bénisse pour toujours.

(3)

Recherche des bactéries présumées pathogènes dans la diarrhée des veaux à de 0 6 mois des élevages bovins dans la commune de Dassa-Zoumé

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page iii Hommages

A mon superviseur, Docteur Cyrille BOKO, Maître-Assistant des Universités (CAMES), Enseignant - Chercheur et Chef du Département de Production et Santé Animales (PSA) de l’École Polytechnique d’Abomey - Calavi (EPAC), pour avoir accepté de superviser ce travail. Ses précieux conseils, son appui scientifique et sa disponibilité malgré ses multiples occupations tout au long de ce stage m’ont permis de mener à bien ce travail. Je garde de lui le souvenir d’un maître dévoué, rigoureux, soucieux du travail bien fait. Qu’il reçoive mes sincères hommages.

A mon président du jury, pour le grand sacrifice qu‘il a fait en acceptant de présider mon jury malgré ses nombreuses occupations. Hommages respectueux.

A tous les membres du jury, pour le grand honneur qu’ils m’ont fait en acceptant de juger ce modeste travail et d’y apporter leurs critiques constructives malgré leurs multiples occupations. Toutes mes profondes reconnaissances et considérations.

(4)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page iv Remerciements

Je tiens à adresser mes sincères remerciements :

 A Allah le tout puissant, qui m’a permis de réaliser sans crainte cette étude;

 Au Professeur Souaïbou FAROUGOU, Vice-recteur Chargé de la Coopération Interuniversitaire, des Relations Extérieures et de l’Insertion Professionnelle, Responsable de l’Unité de Recherche en Biotechnologie de la Production et de la Santé Animales pour nous avoir accueillis dans son laboratoire ;

 Au Professeur Benoît KOUTINHOUIN, Directeur-Adjoint du Centre de Pédagogie Universitaire et d’Assurance Qualité (CPUAQ) de l’Université d’Abomey-Calavi, Enseignant-Chercheur en Production et Santé Animales pour ses enseignements et conseils ;

 Au Professeur Issaka YOUSSAO, Directeur du Laboratoire de Biotechnologie Animale et de Technologie des Viandes à l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi, Enseignant-Chercheur en Production et Santé Animales pour ses enseignements et conseils ;

 Au Docteur Pamphile TOBADA, Maître-Assistant des Universités, Responsable du Complexe Clinique Laboratoire Pharmacie Vétérinaires (CCLPV), Enseignant- Chercheur en Production et Santé Animales pour m’avoir accepté au CCLPV ;

 Aux Docteurs Ulbad TOUGAN et Nestor NOUDEKE, respectivement Enseignant-Chercheur à l’Université de Parakou et à l’Université d’Abomey- Calavi ; pour leurs conseils et leurs soutiens.

 A tous les Enseignants du Département de la Production et Santé Animales pour la qualité de la formation qu’ils ont donnée ;

 A M. Aubin Daré YOLOU, Responsable du Développement Rural de Dassa- Zoumé) et à tout le personnel du Secteur Communal du Développement Agricole

(5)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page v particulièrement M. Achille SOSSOU et M. Paul KARIKA pour leur contribution aux prélèvements dans les troupeaux d’élevages bovins de la localité.

 A mes oncles, tantes et grands parents : Moutalibi, Moukaila, Madinatou, Latifou, Azim KIFOULY ; Salimantou, Aziz AROUNA et Issiaka AMADOU pour vos sacrifices très immenses à mon endroit ;

 A mes frères et sœurs : Kodiri, Hambaliyou, Daouda, Tadjou, Abdoulaye, Alidjanantou et Djamal puisse Allah vous comble de sa grâce;

 A M. Pierre CHALLATON pour sa contribution à la rédaction de ce mémoire avec rigueur et détermination ;

 A Mlle Alida YAMBODE et M. Oscar AGUIDISSOU pour leur assistance ;

 A tous les camarades de la 9^ème promotion pour la bonne ambiance qui a régné entre nous tout au long de notre formation, ces années passées ensemble nous ont permis de nous connaître et de se soutenir ;

 A tous ceux qui d’une manière ou d’une autre ont contribués à la rédaction de ce document. Que Dieu le créateur vous comble de sa grâce. Amen !

(6)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page vi Table des matières

Dédicace ... ii

Hommages ... iii

Table des matières ... vi

Liste de figures ... ix

Sigles et Abréviations ... x

Résumé ... xiii

Abstract ... xiv

Introduction ... 1

PREMIERE PARTIE : GENERALITES ... Erreur ! Signet non défini. 1. Généralités ... 4

1.1 Contexte et justification du stage ... 4

1.3 Présentation du Secteur Communal du Développement Agricole de Dassa-Zoumé ... 5

1.3.1 Missions ... 6

1.3.2 Organigramme du SCDA ... 7

DEUXIEME PARTIE : ACTIVITES MENEES, DIFFICULTES RENCONTREES ET PROBLEME IDENTIFIE ... Erreur ! Signet non défini. 2.1. Activités menées ... 9

2.1.1. Sur le terrain ... 9

2.1.2. Au laboratoire de Production et Santé Animales ... 12

2.2. Difficultés rencontrées ... 13

2.3. Problème identifié ... 13

TROISIEME PARTIE ... Erreur ! Signet non défini. Recherche des bactéries présumées pathogènes dans les diarrhées des veaux de 0 à 6 mois des élevages bovins dans la commune de Dassa-zoumé. ... Erreur ! Signet non défini. 3.1. Généralités sur les bactéries à l’origine de la diarrhée chez les veaux ... 15

3.1.1. E. coli... 15

3.1.1.1. Etiologie ... 15

(7)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page vii

3.1.1.2. Pathogénie ... 16

3.1.1.3. Clinique ... 17

3.1.1.4. Source et mode de contamination ... 17

3.1.2. Salmonella ... 19

3.1.2.1. Etiologie ... 19

3.1.2.2. Pathogénie ... 20

3.1.2.3. Clinique ... 21

3.1.2.4. Source et mode de contamination ... 23

3.1.3. Clostridium et de Campylobacter ... 24

3.2. Matériels et méthodes ... 25

3.2.1. Matériel ... 25

3.2.1.1. Milieu d’étude ... 25

3.2.1.2. Matériel biologique ... 27

3.2.1.3. Matériels techniques ... 27

3.2.2. Méthodes ... 27

3.2.2.1. Collecte des données ... 27

3.2.2.2. Analyse microscopique ... 27

3.2.2.3. Analyses statistiques ... 28

3.2. Résultats ... 29

3.3.1. Répartition des troupeaux. ... 29

3.3.2. Répartition des prélèvements selon la localité ... 29

3.3.3. Résultats des examens bactériologiques des fèces des veaux ... 30

3.3.4. Résultat des analyses par classe d’âge ... 31

3.3. Discussion ... 32

3.4.1. Résultats des examens bactériologiques des fèces des veaux ... 32

3.4.2. Résultat des analyses par classe d’âge ... 33

Conclusion et suggestions ... 34

Références Bibliographiques ... 35

(8)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page viii Liste des tableaux

Tableau 1 : Bilan des activités de clinique sur le terrain ... 11 Tableau 2: Bilan des inspections faites à l’aire d’abattage de Dassa-zoumé.12 Tableau 3: Répartition des prélèvements selon la localité. ... 29 Tableau 4 : Répartition des bactéries selon la provenance du prélèvement..30

Tableau 5 : Répartition des résultats des analyses selon les tranches d’âges des veaux ... 31

(9)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page ix Liste de figures

Figure 1 : liens institutionnels et organigramme du SCDA ... 7 Figure 3 : Cartographie de la commune de Dassa-Zoumé ... 26 Figure 4 : Répartition des troupeaux cas selon la localité. ... 29

(10)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page x Sigles et Abréviations

ACCPA : Agent Communal de Contrôle des Produits Animaux

ACIPV : Agent Communal d’Inspection Phytosanitaire de Production Végétale ACQCPV : Agent Communal de Qualité et Contrôle en Production Végétale APCPA : Agent de Poste de Contrôle des Produits Animaux

APCPV : Agent de Poste de Contrôle des Produits Végétaux

APQCPV : Agent de Poste de Qualité et de Contrôle des Produits Végétaux API : Analytical Profil Index

CAER : Conseiller en Aménagement et Equipement Rural CARDER: Centre d’Action Régionale du Développement Rural CCLPV : Complexe Clinique Laboratoire Pharmacie Vétérinaire CPA : Conseiller en Production Animale

CPH : Conseiller en Production Halieutique

CPUAQ : Centre de Pédagogie Universitaire et d’Assurance Qualité CPV : Conseiller en Production Végétale

DPSA : Département de Production et Santé Animales E. coli : Escherichia coli

EPAC : Ecole Polytechnique d’Abomey- Calavi

(11)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page xi ECUE: Éléments Constitutifs d’Unités d’Enseignements

FAO : Food and Agriculture Organization GBH : Génie de Biologie Humaine

Gen : Génie de l’Environnement

GIMR : Génie d’Imagerie Médicale et de Radiobiologie GTA : Génie de Technologie Alimentaire

GPS : Global Positioning System LMD : Licence Master Doctorat

GMBH : Génie Maintenance Biomédicale et Hospitalière PSA : Production et Santé Animales

RDR : Responsable du Développement Rural

REESAO : Réseau pour l’Excellence de l’Enseignement Supérieur en Afrique de l’Ouest SCDA : Secteur Communal du Développement Agricole

STa : Entérotoxine thermostable a d’E. coli STb: Entérotoxine thermostable b d’E. coli TNF‐α: Tumor Necrosis Factor α

TSAER : Technicien Spécialisé en Aménagement et Equipement Rural TSANA : Technicien Spécialisé en Alimentation et Nutrition Appliquée

(12)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page xii TSIEC : Technicien Spécialisé en Inspection et Education Coopérative

TSPA : Technicien Spécialisé en Production Animale TSPH : Technicien Spécialisé en Production Halieutique TSPV : Technicien Spécialisé en Production Végétale

TSSSE : Technicien Spécialisé en Statistique et Suivi Evaluation

(13)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page xiii Résumé

Le présent stage de fin de formation en Licence Professionnelle a été effectué du 20 septembre au 20 juin 2016, au Secteur Communal du Développement Agricole de Dassa- Zoumé. Dans ce secteur, nous avons effectué des traitements des animaux contre diverses maladies, des inspections des viandes bovines et porcines, et des mesures parcellaires.

Malgré les efforts fournis par la direction de l’élevage sur le plan zootechnique et sanitaire, des soucis demeurent toujours dans le domaine des maladies bactériennes. Ainsi dans cette étude, la recherche des bactéries dans la diarrhée des veaux de 0 à 6 mois a été faite. Pour ce faire, des prélèvements par écouvillonnage anal ont été faits sur les veaux présentant des diarrhées dans les élevages bovins. Au total, 25 prélèvements ont été effectués dans dix troupeaux, puis analysés. Les germes isolés après analyse bactériologique sont Escherichia coli (100%), Lactobacillus (80%), Streptococcus (68%).

Le germe présumé pathogène isolés des prélèvements de diarrhées est Escherichia coli. Il urge alors qu’une étude soit entreprise sur un grand effectif dans le temps et dans l’espace, en faisant en parallèle le typage des E. coli, Ceci permettrait de mieux situer la place de la colibacillose par rapport aux incidences des autres infections digestives néonatales qui sévissent dans nos exploitations et ce, en vue d’apporter des mesures prophylactiques (sanitaires et vaccinales) efficaces pour lutter contre ces pathologies qui restent redoutables actuellement aussi bien dans notre pays que dans le monde.

Mots clés : Veaux, diarrhée, bactéries.

(14)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page xiv Abstract

This training course of end of training in Professional License was carried out of September 20 at June 20, 2016, with the Communal Sector of the Agricultural Development of Dassa-Zoumé. n this sector, we carried out treatments of the animals against various diseases, inspections of the beef and veal and porcine, the assistance of the farmers cotton to compartmental measurements. In spite of the efforts provided by the direction of the breeding on the zoo technical and medical level, of the concern always remain in the field of the bacterial diseases. Thus in this study, the research of the bacteria in the diarrhea of calves from 0 to 6 months was made. With this intention, taking away by anal cleaning was made on calves presenting of the diarrheas in the bovine breedings.

On the whole, 25 taking away were carried out in ten herds, then analyzed. The germs insulated after bacteriological analysis are Escherichia coli (100%), Lactobacillus (80%), Streptococcus (68%).The germ supposed pathogenic isolated from the taking away of diarrheas are Escherichia coli. It is urgent whereas a study is undertaken on a large manpower in time and in space, by making in parallel the typing of the E coli, This would make it possible to better locate the place of the colibacillosis compared to the incidences of the other digestive infections new dawn which prevail in our exploitations and this, in order to bring prophylactic measurements (medical and vaccine) effective to fight against these pathologies which remain frightening currently as well in our country in the world.

Key words: Calves, diarrhea, bacteria

(15)

Introduction

En Afrique subsaharienne, l’élevage joue un rôle primordial dans la sécurité alimentaire et la lutte contre la pauvreté (Duteutre, 2007). L’Afrique de l’Ouest compte près de 293,405 millions de ruminants (bovins, ovins et caprins) dont 26% d’ovins (soit plus de 15% du cheptel ovin mondial), 45% de caprins et 29% de bovins (FAOSTAT, 2015).

Au Bénin, l’effectif des animaux d’élevage estimé en 2015 à 2.116.000 têtes de bovins, 860000 têtes d’ovins, 1.716.000 têtes de caprins, 398.000 êtes de porcins et 17.643.000 têtes de volailles (FAOSTAT, 2015). Cependant, ce niveau de production ne permet pas encore de régler totalement le problème de la disponibilité des protéines d’origine animale. Ainsi, malgré les efforts fournis par la Direction de l’élevage dans le sens de l’amélioration de la production de viande, beaucoup reste à faire, notamment dans le domaine sanitaire. La majorité des actions menées dans le volet sanitaire pour l’élevage des bovins concernent la plupart du temps la lutte contre les grandes endémies liées aux maladies virales alors que les maladies bactériennes jouent aussi un rôle non négligeable dans la faible productivité des bovins.

Cette réduction est liée surtout à la mortalité des veaux sous leur mère suite à de nombreuses pathologies néonatales. Parmi les pathologies néonatales, les entérites diarrhéiques sont les plus fréquentes et représentent une des préoccupations des éleveurs.

Ces diarrhées néonatales sont les premières causes de mortalité des veaux après celles liées au vêlage. Elle peut toucher de 10 à 80% des veaux suivant les élevages. Les diarrhées néonatales ont des répercussions économiques importantes de par le coût des soins à apporter aux veaux et par les mortalités (Bradford et Smith, 2008).

De nombreux agents pathogènes peuvent causer ces diarrhées, tels que des bactéries, des virus ou des parasites, chacun ayant une incidence différente selon l’âge du veau atteint (Bradford et Smith, 2008).

(16)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 2 C’est pour contribuer à l’amélioration de la productivité des veaux que la présente étude a été initiée à travers le thème : « Recherche des bactéries présumées pathogènes dans les diarrhées des veaux de 0 à 6 mois des élevages bovins dans la commune de Dassa- Zoumé.

Les objectifs de ce stage sont :

- Renforcer nos capacités techniques en matière de soins des animaux et en microbiologie (la bactériologie) ;

- Identifier les principales bactéries présumées pathogènes.

Le présent document est subdivisé en trois parties : - La première porte sur les généralités ;

- La deuxième fait le point des activités menées et des difficultés rencontrées au cours de notre stage ;

- La troisième est consacrée à la recherche des bactéries présumées pathogènes dans les diarrhées des veaux de 0 à 6 mois des élevages bovins dans la commune de Dassa-zoumé.

(17)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 3 PREMIERE PARTIE : GENERALITES

(18)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 4 1. Généralités

1.1 Contexte et justification du stage

L’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi (EPAC) de l’Université d’Abomey-Calavi est créée par décret N°- 2002-551 du 16 décembre 2002, modifié par le décret N°-2005-078 du 25 février 2005 portant création, attributions, organisation et fonctionnement de l’EPAC. C’est un établissement public d’enseignement supérieur, de formation technique et professionnelle, à caractère de grande école dotée d’une autonomie financière et d’un règlement pédagogique par Arrêté Rectoral n°81-10/UAC/SG/VR-AAIP/SEOU du 31 décembre 2010. Les domaines de compétences de l’EPAC couvrent dix (10) Départements d’enseignement organisés en deux secteurs clés : le secteur industriel et le secteur biologique.

Le Secteur industriel se compose de cinq Départements : Génie Civil, Génie Électrique, Génie Informatique et Télécommunication, Génie Mécanique et Énergétique et Génie Maintenance Biomédicale et Hospitalière (MBH). Au niveau du Secteur biologique, il y a cinq Départements : Génie d’Imagerie Médicale et de Radiobiologie (GIMR) ; Génie de Biologie Humaine (GBH) ; Génie de l’Environnement (Gen) ; Production et Santé Animales (PSA) et Génie de Technologie Alimentaire (GTA). Dans le cadre de la professionnalisation de l’enseignement supérieur, les formations en Licence Professionnelle et en Master ont été instaurées dans le secteur biologique de l’EPAC depuis l’année académique 2005-2006. Ces formations se renforcent aujourd’hui avec les réformes en cours sur le système Licence Master Doctorat (LMD) au sein du Réseau pour l’Excellence de l’Enseignement Supérieur en Afrique de l’Ouest (REESAO) au sein duquel l’EPAC joue un rôle primordial.

(19)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 5 Aujourd’hui, les curricula de formation ont été revus grâce à la contribution du Programme Néerlandais de Renforcement des Capacités Post-Secondaire (NPT/BEN/146). L’année a été subdivisée en semestres, les cours ont été réorganisés en Unités d’Enseignement. Chaque Unité d’Enseignement se compose de plusieurs Éléments Constitutifs d’Unités d’Enseignement appelés ECUE. La formation en Master Professionnel à l’EPAC dure deux ans après une Licence Professionnelle de six semestres obtenus trois ans après le BAC. Elle est répartie en quatre semestres destinés aux cours théoriques et travaux pratiques, au stage en entreprises et travaux de fin de formation. Au cours de la formation, un stage d’un mois est organisé pendant chaque vacance universitaire. Dans le cadre du LMD, ce stage est considéré comme une Unité d’Enseignement et est exécuté en pleine année académique.

Dans le cadre de notre stage pour l’obtention de diplôme de Licence Professionnelle au Département de Production et Santé Animales à l’EPAC, nous avons choisi le Secteur Communal du développement Agricole (SCDA) de Dassa-Zoumé situé dans le département des collines, sous la direction du Centre d’Action Régionale pour le Développement Rurale (CARDER) de Bohicon.

1.2 Période de stage

Notre stage s’est déroulé du 20 juin au 20 septembre 2016 au Secteur Communal du Développement Agricole de Dassa-Zoumé.

1.3 Présentation du Secteur Communal du Développement Agricole de Dassa- Zoumé

Le Secteur Communal du Développement Agricole (SCDA) est situé dans la commune de Dassa-Zoumé. Il est dirigé par un Responsable chargé du Développement Rural et des techniciens supérieurs qui assurent la qualité des produits fabriqués dans cette commune.

Outre ces techniciens, ce secteur est constitué de différents conseillers qui appuient les

(20)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 6 producteurs sur le terrain en vue d’améliorer les techniques de production ainsi que l’augmentation de leur rendement. Il est sous la direction du Centre d’Action Régionale pour le Développement Agricole (CARDER) des départements du Zou et des Collines situé à Bohicon.

1.3.1 Missions

Ce secteur a pour rôle :

- De Coordonner les actions visant à améliorer le niveau du développement et d’assurer leurs mises en exécution ;

- D’Assurer l’hygiène et la qualité dans les produits alimentaires notamment la viande ;

- D’Appuyer les éleveurs en matière de production animale pour une meilleure rentabilité de leur exploitation ;

- De Sensibiliser les éleveurs sur le respect des mesures prophylactiques et sanitaires adéquates en cas d’apparition d’une maladie contagieuse et transmissible ;

- De Sensibiliser les éleveurs de la commune sur les bienfaits de la vaccination afin de protéger leur troupeaux et d’éviter l’apparition d’une maladie ravageuse ;

- De Sensibiliser les éleveurs sur les avantages d’une bonne hygiène et alimentation en matière d’accroissement du cheptel ;

- De Protéger la population contre les zoonoses ;

- De Sensibiliser les producteurs sur l’utilisation et les inconvénients des différents produits permettant d’améliorer la productivité végétale surtout le NPK ; permettant de lutter contre les insectes ravageurs comme les insecticides et les mauvaises herbes comme les herbicides ;

- D’Appuyer les producteurs sur l’évaluation de leurs parcelles et l’amélioration de leur rendement lors des campagnes surtout la campagne cotonnière.

(21)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 7 1.3.2 Organigramme du SCDA

L’organigramme du SCDA est représenté par la figure suivante :

Figure 1 : liens institutionnels et organigramme du SCDA

ACCPA ACQCPV

TSANA

TSIEC P

CPV CPA

APCPA CAER CPH APQCPV APCPH

RDR

TSPH ACIPV

TSAER TSSSE

TSPA

AE

TSPV

SC

(22)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 8 DEUXIEME PARTIE : ACTIVITES MENEES, DIFFICULTES

RENCONTREES ET PROBLEME IDENTIFIE

(23)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 9 2.1. Activités menées

Durant notre stage, plusieurs activités ont été menées sur le terrain et au laboratoire.

2.1.1. Sur le terrain

Plusieurs activités ont été menées durant notre période de stage à Dassa dont les principales peuvent se résumer comme suit :

 Suivi d’une unité cunicole

Cette unité cunicole est construite dans l’arrondissement de Paouignan de ladite commune. C’est un appui de « african development fondation » à l’endroit des personnes handicapées et qui vise à améliorer les conditions de vie de ses derniers. Les différents travaux menés dans cette structure se résument comme suit :

- Sur le plan hygiénique : contrôle de la gestion des déjections animales et conseil sur l’entrée anarchique des personnes étrangères dans la lapinière.

- Sur le plan médical : sensibilisation des responsables de la structure sur la vaccination des animaux contre la maladie hémorragique virale d’une part et le respect des mesures prophylactiques et sanitaires d’autre part.

 Mesure parcellaire dans le village d’Atchèguigon

Au cours de notre stage, nous avons participé à des campagnes cotonnières dans le village d’Atchèguigon.

Situé dans l’arrondissement de Paouignan, le village d’Atchèguigon est un village très recyclé des autres, à 45Km dudit arrondissement. Les producteurs du coton de ce village ont été suivi de la phase de démarrage jusqu’à la phase de finition en mettant à leur disposition des herbicides, des engrais, des insecticides, et autres produits très utiles pour empêcher les insectes ravageurs

(24)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 10 de détruire leur culture ; en évaluant et en appréciant leur rendement à l’hectare de leur champ, surtout de mieux distribuer les produits en fonction des emblavures pour chaque producteur, il est nécessaire de faire alors la prise des mesures parcellaires. Cette opération consiste à prendre les coordonnés x et y d’un point du champ ainsi que sa superficie. Pour effectuer cette opération de façon succincte nous avons utilisés un appareil appelé « GPS (global positioning system) » qui indique la superficie réel du champ que le producteur a cultivé.

 Clinique ambulante

Au cours de notre stage, nous avons participé aux activités de traitements des pathologies animales, castration, vaccinations, déparasitages présentés par le tableau suivant :

Tableau I : Bilan des activités de clinique sur le terrain

(25)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 11

Espèces Nombres Symptômes Produits

Traitement des cas de diarrhée

Caprins 8

10 51

Train postérieur souillé ; amaigrissement ; anorexie

Sulfat 33 ; oxytetracycline ; benzal /

vermifuge canine (chez le chien) ; vitamine B complexe

Ovins Bovins

Déparasitage externe Chiens 1

8

Présence de tiques, puces, gales sur le corps, dépilation ;

muqueuses oculaires pâles

Ivermectine ; supermetrine ; oxytetracycline ; multivitamine Porcins

Déparasitage interne Caprins 13 9 12

4

- Benzal / vermifuge canine (chez le chien) ; multivitamine ; oxytetracycline

Ovins Porcins

Chiens

Castration Caprins 15

11

- Peni-procaïne, anti-inflammatoire Ovins

Vaccination contre la rage Chiens 7 - Rabisin

Administrer en sous-cutanée à raison de 1ml par sujet

Vaccination contre la PPCB

Bovins 45 - Périvax. Administrer en voie Intra

musculaire en raison de 1 ml/150kg

(26)

 Inspection à l’aire d’abattage de Dassa-zoumé

Le point des inspections faites à l’aire d’abattage durant notre stage se résume dans le tableau suivant :

Tableau II: Bilan des inspections faites à l’aire d’abattage de Dassa-zoumé Types de

carcasses

Nombre Organes saisis

Motifs Nombre

INSPECTION

Bovins 55

Poumons

Emphysèmes 8

Congestion 5

Pneumonie 4

Foie Inflammation 5

Congestion 2

Rate

Abcès 4

Hypertrophie 8

Reins Néphrite 3

Abcès 6

Porcs 25

Poumons Pneumonie 6

Congestion 6

Foie Abcès 4

Inflammation 2 Hypertrophie 5 2.1.2. Au laboratoire de Production et Santé Animales

Au laboratoire nous avons préparés les milieux de culture.

Préparations des milieux de culture

Le milieu de culture est l’ensemble de substances contenant des éléments nutritifs quantitatifs et qualitatifs pour la croissance des microorganismes mais

(27)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 13 aussi pour leur entretien. Il existe des milieux solides (gélose) et des milieux liquides (bouillon). Les milieux de cultures qui ont été utilisés sont des milieux commercialisés sous forme de milieux complets déshydratés. Ainsi pour la préparation, les milieux déshydratés ont été pesés et dissous dans de l’eau distillée suivant les indications du fabriquant. Les milieux, ont été mis au bain marie à vapeur fluente et certains ont été stérilisés en plus à l’autoclave à une température de 121°C pendant 1h selon l’indication du fabriquant. Après refroidissement ces milieux ont été coulées dans des boîtes de Pétri (gélose) ou distribués dans les tubes à vis (bouillon). Les milieux préparés ont été conservés au réfrigérateur à une température de 3 à 5°C pour être utilisés ultérieurement.

Les milieux qui ont été préparés sont :

 Mac Conkey

 EMB : Eosine Bleu Méthylène 2.2. Difficultés rencontrées

 Au Laboratoire les difficultés rencontrées sont :

- coupures intempestives de l’énergie électrique et d’eau - adaptation difficile aux méthodes de travail

 A Dassa-Zoumé, les difficultés rencontrées sont : - absence de moyen de déplacement ;

- la réticence de certains éleveurs par rapport aux prélèvements.

2.3. Problème identifié

Parmi les problèmes que connaissent les éleveurs dans les élevages, la diarrhée observée chez les veaux a retenu notre attention et nous a amené à procéder à la

« Recherche des bactéries présumées pathogènes dans les diarrhées des veaux de 0 à 6 mois des élevages bovins dans la commune de Dassa-Zoumé ».

(28)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 14 TROISIEME PARTIE

Recherche des bactéries présumées pathogènes dans la diarrhée des veaux de 0 à 6 mois des élevages bovins dans

la commune de Dassa-zoumé.

(29)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 15 3.1. Généralités sur les bactéries à l’origine de la diarrhée chez les veaux Les diarrhées constituent le problème de santé numéro 1 dans l’élevage du jeune veau. D’un point de vue zootechnique, elles entraînent des retards de croissance fortement préjudiciables. Les symptômes sont similaires quelques soit la cause.

Le diagnostic repose sur l’existence de symptômes associés et l’âge d’apparition. De multiples agents microbiens sont les hôtes naturels ou pathologiques du tube digestif du veau. Leurs natures conditionnent les étapes du diagnostic et la conduite prophylactique. L’un des principaux agents pathogènes responsables de diarrhée chez le veau sont des bactéries. Au nombre de ses bactéries, nous avons :

3.1.1. E. coli

La principale bactérie impliquée dans les diarrhées/septicémies du très jeune veau est Escherichia. Coli. Ce germe occupe une place majeure dans un grand nombre d’études portant sur ces affections néo-natales.

3.1.1.1. Etiologie

Escherichia coli (E. coli) est une entérobactérie anaérobie facultative gram négatif, présente de façon normale dans la flore intestinale d’un veau sain à une concentration de 10⁶bactéries par gramme de fèces. Elle colonise l’intestin précocement, dans les huit premières heures de vie de l’animal (Fichou, 2003).

Les souches pathogènes d’E. coli possèdent des facteurs de virulence impliqués dans la pathogénie de la maladie, tels que des adhésines, des entérotoxines et des cytotoxines. Ces souches pathogènes sont transmises des adultes aux nouveau‐nés par voie féco‐orale (Bradford, 2008 et Fichou, 2003). Les réservoirs de la bactérie sont les individus porteurs sains, ainsi que l’environnement. En effet, les colibacilles sont capables de survivre plusieurs mois dans le sol, l’eau et les aliments souillés par des déjections. Les facteurs

(30)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 16 d’attachement F5 (anciennement K99) et F41 sont responsables de l’adhérence, et les entérotoxines thermostables (STa et STb) et thermolabiles (LT) stimulent la sécrétion des cellules des cryptes. Bien que des ECET produisent des entérotoxines thermolabiles, la plupart des souches responsables des diarrhées néonatales produisent l’entérotoxine thermostable STa. Cette entérotoxine ainsi que le facteur d’attachement F5 sont des facteurs de virulence transmis par l’intermédiaire de plasmides (Ravary et Sattler, 2006).

Les souches vérotoxinogènes (O157:H7, O111, O26 et O130), elles, sont responsables de diarrhées hémorragiques chez le jeune veau (Bradford, 2008 ; Jonsson et al, 2009).

E. coli CS31A est incriminé dans les gastro‐entérites paralysantes, aussi appelées syndrome diarrhéique avec ataxie, bien que son rôle soit aujourd’hui mis en doute dans ces diarrhées (Bradford, 2008). Les gastro‐entérites paralysantes sont caractérisées par la discrétion des signes diarrhéiques, l'absence de déshydratation et la présence signes nerveux dominés par la parésie et de l'ataxie (Navetat, et al, 1996).

La maladie est classiquement observée sur des veaux de moins de 4 jours (Bradford, 2008 ; Ravary et Sattler, 2006), bien que l’infection concomitante d’un rotavirus puisse étendre cette fenêtre de 7 à 14 jours. Les cellules intestinales des veaux de plus de 2 jours acquièrent une résistance naturelle à l’adhésion du facteur d’attachement F5 (Bradford, 2008).

3.1.1.2. Pathogénie

La diarrhée est la résultante d’une sécrétion exacerbée, ou d’une baisse de l’absorption dans le tube digestif. Les colibacilles causent des diarrhées par leur sécrétion d’entérotoxines qui provoquent une perturbation de la perméabilité cellulaire et entraînent un passage d’eau et d’électrolytes vers la lumière intestinale (accroissement des sécrétions intestinales) (Bradford et Smith, 2008 ;

(31)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 17 Ravary et Sattler, 2006). Ensuite, l’excès de nutriments est fermenté dans le gros intestin, ce qui provoque une prolifération bactérienne, la formation d’acides organiques et d’autres composés toxiques. L’effet osmotique de ces nutriments entraîne un appel d’eau vers la lumière du tube digestif, ce qui contribue à la diarrhée (Bradford et Smith, 2008).

3.1.1.3. Clinique

La diarrhée à E. coli est caractérisée par une couleur jaune paille, elle est profuse et très liquide. La déshydratation est le signe clinique le plus marqué, avec comme conséquences une hypothermie, un abattement et une hypotension (Ravary et Sattler, 2006).

Les souches vérotoxinogènes se retrouvent chez les veaux de 1 à 4 semaines et se caractérisent par une diarrhée mucoïde hémorragique.

Les infections à E. coli CS31A présentent un veau mou avec parésie postérieure et fèces pâteux d’odeur bien particulière de « beurre rance ». L’abdomen est distendu (caillette pleine), la déshydratation est modérée et la létalité faible. Les signes cliniques pourraient être la conséquence d’une bactériémie avec endotoxémie colibacillaire subaiguë transitoire, accompagnée d’une acidose métabolique par les D‐lactates (Espinasse, 1991 ; Ravary et Sattler, 2006).

Quand les pertes hydriques sont supérieures aux apports, des signes de déshydratation et d’acidose apparaissent (Bradford et Smith, 2008).

Une cause de mort probable est la défaillance cardiaque, résultant d’un déséquilibre potassique du myocarde, l’hypothermie contribuant également à cette défaillance cardiaque (Bradford et Smith, 2008).

3.1.1.4. Source et mode de contamination

La diarrhée peut être due à une cause unique. Mais l’association entre plusieurs germes pathogènes est possible et fréquente. Les germes en cause peuvent varier d’une saison de vêlage à l’autre, ou au cours d’une même saison, voire sur le

(32)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 18 même veau à des âges différents. Les sources principales de germes de diarrhées sont les mères, les veaux plus âgés, la litière, et le bâtiment. La contamination du veau se fait par la bouche, à partir de la peau des trayons, du matériel (tétines, seau, etc.), des aliments ou de l’eau souillés par des matières fécales contenant des germes de diarrhée. C’est ce qu’on appelle un cycle de contamination féco- orale (Feader, 2010).

A la naissance du veau, le tube digestif est stérile et ne contient que le méconium, résidu sombre lui-même stérile. La colonisation bactérienne du tube digestif se fait au fil des tétées avec des coliformes et des entérocoques puis par des lactobacilles à deux ou trois jours et par la flore cellulolytique vers le huitième jour de vie. Cette flore normale constitue une barrière physique au niveau de la muqueuse qui doit limiter la colonisation du tube digestif par des bactéries pathogènes.

La contamination ultérieure résulte d’interactions entre ces bactéries pathogènes et les récepteurs cellulaires portés par les cellules de l’intestin qui sont normalement renouvelées dès le 3ème jour de vie, sauf sollicitation anormale de la santé du veau. Il est bien évident qu’en cas de co-infection, on observe une prolongation de la période sensible à certains coliformes car l’organisme occupé à lutter contre d’autres pathogènes ne peut pas renouveler ses propres cellules de l’intestin faute d’énergie et de « matériaux » disponibles.

On comprend aisément que plus le nombre de bactéries pathogènes est élevé dans l’environnement et que plus cet environnement est confiné, plus le veau ne risque d’être contaminé. Cette situation est fréquemment rencontrée en fin de saison de vêlage ou lorsque les températures extérieures présentent une amplitude importante avec des variations conséquentes de la température et de l’humidité de l’air ambiant au sein des bâtiments.

Par la suite, on observera une 2ème phase caractérisée par la prolifération de ces bactéries dans le tube digestif du veau avec expression des facteurs de virulence

(33)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 19 du colibacille qui vont entraîner soit une modification du métabolisme cellulaire, soit la libération de toxines, soit l’apparition d’hémorragies ou de nécroses…

Les signes cliniques varient en fonction de la souche de colibacille incriminée : diarrhée profuse et aqueuse, déshydratation sévère, acidose, ou encore fièvre violente et troubles nerveux sans diarrhée pourront apparaître. Le diagnostic précis fera idéalement appel à des examens de laboratoire.

3.1.2. Salmonella

Outre Escherichia. Coli, Salmonella est l’autre bactérie principalement impliquée dans les diarrhées néo-natales. En effet, bien que la fréquence d’infection par cette bactérie soit plus faible, en particulier chez le veau de moins d’une semaine, sa gravité et son caractère zoonotique en font un pathogène important à considérer.

3.1.2.1. Etiologie

Les salmonelles sont des entérobactéries gram négatif. Les veaux peuvent être infectés par une large gamme de sérotypes de Salmonelles dans les heures suivant la naissance (Anderson et al, 2001). Les principaux sérotypes rencontrés sont S. Typhimurium et S. Dublin. Les réservoirs de la bactérie sont les vaches adultes, dont l’excrétion de la bactérie est intermittente dans le lait et les fèces chez les porteurs asymptomatiques, les oiseaux et les rongeurs dont la dissémination de la bactérie se fait par leurs fèces. La survie de la bactérie est longue : 4 mois dans l’eau, 5 mois dans le sol et 12 mois dans le fumier. La contamination se fait par voie orale (Fichou, 2003), bien que les muqueuses de l’arbre respiratoire supérieur et les conjonctives soient également des voies de contamination rapportées.

La salmonellose se déclare en général chez des veaux âgés de 1 à 8 jours (Fichou, 2003), mais peut se produire également jusqu’à 28 jours, et même encore chez des veaux plus âgés (Anderson et al, 2001).

(34)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 20 L’immunité contre les salmonelles change rapidement au cours des trois premiers mois de la vie du veau. À deux semaines d’âge la dose létale pour les souches virulentes est de 10⁵bactéries par gramme de fèces, vers six ou sept semaines de vie, elle est de 10⁷bactéries par gramme de fèces et à douze quatorze semaines d’âge, elle est de 10¹⁰bactéries par gramme de fèces. Les individus adultes sont aussi bien les réservoirs que les sources de l’infection des veaux par Salmonella Dublin (Bradford et Smith, 2008).

L’exposition aux salmonelles peut se produire par du lait ou du colostrum contaminé, par la surface contaminée des trayons ou du pis de la vache, par le personnel, l’équipement ou l’environnement (Bradford et Smith, 2008). Des souches multi-résistantes de Salmonella sont fréquemment impliquées dans les maladies des veaux, et occasionnellement des humains. Au cours d’une suspicion de salmonellose, il est prudent d’informer les éleveurs du risque zoonotique de la salmonellose pour eux et leur famille.

3.1.2.2. Pathogénie

Suite à l’ingestion, les salmonelles colonisent le tractus intestinal et envahissent les entérocytes de l’iléon et les cellules M (qui sont des cellules spécialisées dans les tissus lymphoïdes intestinaux) (Holt, 2000 ; Reis, 2003 ; Wray et Davies, 2000), ainsi que les amygdales (Gelberg et al, 2001). Elles se fixent par leurs fimbriae sur des récepteurs spécifiques et pénètrent dans la cellule par endocytose ce qui laisse des lésions d’effacement et une réorganisation du cytosquelette (Fichou, 2003). Elles détruisent les microvillosités intestinales, il en résulte un défaut d’absorption. Il y a également destruction de la muqueuse et invasion de la sous muqueuse. L’inflammation locale entraîne une augmentation des sécrétions (Ravary et Sattler, 2006).

Dans les tissus lymphoïdes, les salmonelles entrent dans les phagocytes mononuclées et sont rapidement disséminées dans tout l’organisme via les

(35)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 21 nœuds lymphatiques (Fichou, 2003 ; Gelberg et al, 2001 ; Holt, 2000). La capacité des salmonelles à infecter les veaux via les amygdales a été démontrée par des études expérimentales sur des veaux oesophagectomisés (De Jong et Ekdahl, 1965). Chez ces veaux, Salmonella spp a été isolée dans les tissus dans les trois heures suivant l’infection orale.

Les mécanismes de virulence de Salmonella spp incluent la capacité d’invasion de la muqueuse intestinale, de multiplication dans les tissus lymphoïdes, et d’échappement aux systèmes de défense de l’hôte, entraînant une maladie systémique. On pense que la diarrhée associée à la salmonellose est due à la réponse inflammatoire à l’infection. Une corrélation positive est retrouvée entre la sévérité des lésions histopathologiques détectées dans la muqueuse iléale et le volume des sécrétions de fluides (Zhang et al, 2002). Le relargage d’endotoxines, de prostaglandines, et de cytokines pro inflammatoires (interleukine 1 (IL‐1) et Tumor Necrosis Factor α (TNF‐α)) (Tizard, 2000) augmente également la perméabilité vasculaire et donc l’hypersécrétion. La desquamation des cellules épithéliales entraîne une hémorragie, une production de fibrine, une mal digestion et une malabsorption (Wray et Davies, 2000).

L’état hyper osmotique qui en résulte dans la lumière intestinale appelle les fluides vers la lumière, contribuant à la perte d’eau, de sodium, de potassium et de bicarbonates. Les dégâts sur la muqueuse contribuent également à la perte de protéines et donc à l’hypo protéinémie.

3.1.2.3. Clinique

Les manifestations de la maladie sont variables, reflet des interactions entre l’immunité de l’hôte, la dose d’agent pathogène rencontrée et sa virulence. Les diarrhées à salmonelles sont caractérisées par une diarrhée liquide nauséabonde, une perte d’appétit, un abattement et une hyperthermie (Ravary et Sattler, 2006).

(36)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 22 Peu de signes cliniques de la maladie peuvent être observés chez les veaux souffrant de salmonellose suraiguë et on les retrouve généralement morts, sans prodromes observés par l’éleveur. Les veaux atteints peuvent avoir été léthargiques ou sans appétit au cours des quelques repas précédents. Les analyses sanguines montrent une leucopénie, une neutropénie, une hémoconcentration associée à une déshydratation, une acidose métabolique et une urémie augmentée (Mohler et Izzo, 2009).

L’anorexie et l’abattement sont typiquement les premiers signes cliniques observés dans les infections aiguës. L’hyperthermie et la diarrhée suivent dans les 48 à 72 heures post infection. La fièvre peut persister jusqu’à 7 jours post infection (Mohler et al, 2006 ; Mohler et al, 2008). L’absence d’hyperthermie n’exclut pas la présence de salmonellose, la réponse fébrile étant transitoire et les veaux succombant à l’infection étant souvent hypothermiques dans les 12‐24 heures précédant la mort (Mohler et al, 2006).

La diarrhée est aqueuse, profuse, et peut être mucofibrineuse et hémorragique.

Des différences sont observées entre les infections par différents sérovars et même des différences entre différentes souches d’un même sérovar. C’est le résultat de différences entre les facteurs de virulence des différentes souches (Mohler et al, 2006 ; Mohler et al, 2008). S. Typhimurium donne une diarrhée jaune à brunâtre, pouvant contenir du sang et des débris de muqueuse intestinale.

Hyperthermie, déshydratation sévère, mortalité importante, septicémie fréquente caractérisent une salmonellose à S. Typhimurium. S. Dublin donne une diarrhée d’odeur fétide, avec parfois du sang et des lambeaux de muqueuse. Les veaux présentent une anorexie, une hyperthermie et une mortalité en 1 à 2 jours dans 5 à 10% des cas (Fichou, 2003 ; Gelberg et al, 2001 ; Quinn et al, 2002 ; Smith, 2002 ; Wray et Davies, 2000).

S. Typhimurium est communément impliquée dans les pathologies entéritiques des veaux de moins de deux mois (64, Quinn et al, 2002 ; Smith, 2002 ; Tsolis,

(37)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 23 1999 ; Wray et Davies, 2000 ; Wray et al, 1987). Au contraire, S. Dublin est impliquée dans des maladies de fréquence similaire chez les jeunes adultes et les adultes (Sojka et Field, 1970).

3.1.2.4. Source et mode de contamination

Les bovins adultes peuvent être porteurs sains, excrétant de façon intermittente des salmonelles dans leurs fèces et dans le lait, rendant ainsi leur détection difficile. Certains sérovars comme S. Dublin sont aussi fréquemment associés à des avortements chez la vache, qui excrète alors intensément des salmonelles dans ses sécrétions vaginales et son placenta (Martel et al, 2002). Ils sont alors à la fois réservoir et source de contamination pour les veaux. De plus, les fèces des rongeurs et des oiseaux contaminent les aliments et l’environnement, où ces bactéries peuvent persister plusieurs mois. Les veaux s’infectent alors par voie orale, principalement entre leur 3ème et leur 6ème semaine de vie.

Les fèces peuvent parfois contenir du sang, du mucus ou des lambeaux de muqueuse accompagnés de fibrine (Constant, 2001). La distinction de ces deux sérotypes face à un veau malade nécessite donc le recours à des analyses de laboratoire. Salmonella peut aussi être impliquée dans des formes septicémiques, ainsi que dans des méningites, des bronchopneumonies infectieuses enzootiques ou encore des mammites (Camart-Perie, 2006). Dans les cas de diarrhée, le taux de morbidité est souvent élevé, et celui de mortalité peut dépasser 50 %, en particulier en l’absence de traitement. Le décès survient le plus souvent en quelques jours après l’apparition d’une déshydratation importante, le veau se trouvant très affaibli. Martel et al, (2002) rapporte même une mortalité pouvant atteindre 80 % sans traitement, contre 10 % si des mesures thérapeutiques adaptées sont mises en place. Si le veau survit à cette phase aiguë, des troubles articulaires peuvent alors apparaître, pouvant aller jusqu’à la nécrose ischémique des extrémités.

(38)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 24 3.1.3. Clostridium et de Campylobacter

D’autres bactéries sont soupçonnées d’intervenir dans les diarrhées néonatales, sans que leur implication ait encore été réellement démontrée. Il s’agit de Clostridium et de Campylobacter.

Les clostridies ne sont pas communément considérées comme des agents pathogènes majeurs de diarrhée néonatale (Bradford et Smith, 2008). Elles infectent le veau de 5 à 15 jours, mais peuvent l’infecter avant. Selon le type de Clostridium, on a des signes cliniques différents (Ravary et Sattler, 2006).

Parmi les clostridies, Clostridium perfringens est l’agent causal le plus important dans les affections néonatales. Les clostridies produisent des toxines qui sont propres à leur type (Ravary et Sattler, 2006). C. perfringens type A est associé à une abomasite hémorragique aiguë des nouveau‐nés et une diarrhée mucoïde. Les signes cliniques comprennent une distension abdominale aiguë, une colique, une dépression, et une mort subite (Bradford et Smith, 2008).

L’importance clinique de Campylobacter dans les diarrhées néonatales n’est pas démontrée (Bradford et Smith, 2008).

(39)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 25 3.2. Matériels et méthodes

3.2.1. Matériel

3.2.1.1. Milieu d’étude

La présente étude a été réalisée du 20 Juin au 20 septembre 2016 dans la commune de Dassa-zoumé. La commune de Dassa-zoumé est située dans le département des Collines. Elle est limitée au nord par la commune de Glazoué, au sud par la commune de Covè, de Zagnanado et de Djidja, à l’est par la commune de Savalou, à l’ouest par la commune de Savè et de Kétou. Elle couvre une superficie de 1711km². Cette commune possède une pluviosité moyenne de 1100-1200mm avec une hauteur maximale des pluies en juillet et en août. La température moyenne annuelle varie entre 26 et 27°C avec les maxima qui oxillent entre 35°C et 38°C (mars et août) et les minima entre 18 et 21°C (décembre à janvier – période d’harmattan) (Portail officiel du gouvernement Béninois, 2002).

(40)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 26 Monographie de la commune de Dassa-Zoumé : Avril 2006

Figure 2 : Cartographie de la commune de Dassa-Zoumé

(41)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 27 3.2.1.2. Matériel biologique

Le matériel biologique est représenté par les produits pathologiques : les déjections diarrhéiques des veaux âgés de 0 à 6 mois.

3.2.1.3. Matériels techniques

Les matériels utilisés sur le terrain dans le cadre du prélèvement étaient constitués d’écouvillons stériles, de glacière, de marqueurs, de conservateurs de froid.

3.2.2. Méthodes

3.2.2.1. Collecte des données

L’étude a porté sur des veaux de 0 à 6 mois présentant la diarrhée. Les prélèvements de matières fécales ont été réalisés dans dix troupeaux au total. Le passage dans les exploitations se fait deux fois par semaine. Le prélèvement se fait à partir de l’écouvillon stérile qu’on introduit dans le rectum des veaux qui présentent des signes de diarrhée pour y récupérer la matière fécale du veau puis réservé aux analyses bactériologiques. Le prélèvement ainsi réalisé est conservé dans une glacière muni de carboglace, puis acheminé au Complexe Clinique Laboratoire Pharmacie Vétérinaire (CCLPV) du Département de Production et Santé Animales (PSA) de l’EPAC/UAC.

Ainsi, 25 prélèvements de matières fécales, dont 5 à Dassa I, 6 à Dassa II, 5 à Paouignan, 4 à Kpingni, 5 à Lèma, ont été finalement transmis au CCLPV.

3.2.2.2. Analyse microscopique

 Ensemencement sur gélose

Les prélèvements faits à l’aide des écouvillons sont ensemencés sur la gélose au sang et sur la gélose Mac Conkey puis incubés à l’étuve à 37 °C pendant 24 heures. A partir de cet instant, les colonies de bactéries qui sont poussées sur la gélose sont utilisées pour réaliser le Test d’orientation (mobilité, catalase, oxydase, coloration de Gram).

(42)

 Identification

L’identification des souches de bactéries isolées est faite par les méthodes classiques décrites par Barrow et al. (1993) :

 Pré identification à l’aide de mini galerie (lactose, indol, H₂S).

 Identification par la grande galerie commerciale API20E suivant les instructions du fabricant.

3.2.2.3. Analyses statistiques

Les fréquences d’isolement des germes ont été comparées par le test bilatéral de Z.

(43)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 29 3.2. Résultats

3.3.1. Répartition des troupeaux.

Les troupeaux où les cas de diarrhées ont été observés sont présentés par le graphique suivant :

Figure 3 : Répartition des troupeaux cas selon la localité.

Les prélèvements ont été faits dans dix (10) différents troupeaux où les cas de diarrhées ont été observés.

3.3.2. Répartition des prélèvements selon la localité

Nous avons enregistrés 25 cas de diarrhées où les prélèvements ont été faits.

Tableau III: Répartition des prélèvements selon la localité.

Localité Nombre de

prélèvements

Pourcentage

Dassa I 5 20

Dassa II 6 24

Paouignan 5 20

Kpingni 4 16

Lèma Total

5 25

20 100 .

3

2 2

1

2 Dassa I

Dassa II Kpingni lèma paouignan

(44)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 30 3.3.3. Résultats des examens bactériologiques des fèces des veaux

L’étude montre que E. coli, lactobacillus et streptococcus sont les agents les plus fréquemment isolés avec des taux respectifs de 100%, 80% et 68%.

Tableau IV : Répartition des bactéries selon la provenance du prélèvement

Localité N E coli (%) IC Lactobacillus(%) IC Streptococcus(%) IC

Dassa I 5 100a 0 80a 35,06 60a 42,94

Dassa II 6 100a 0 85a 28,57 66,67a 37,72

Paouignan 5 100a 0 80a 35,06 60a 42,94

Kpingni 4 100a 0 75a 42,44 75a 42,44

Lèma 5 100a 0 80a 35,06 68a 40,89

IC: Intervalle de Confiance ; N : nombre d’échantillon. % : pourcentage

(45)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 31 3.3.4. Résultat des analyses par classe d’âge

Le tableau suivant montre la répartition des résultats des analyses selon les tranches d’âges des veaux. E. coli, Lactobacillus et Streptococcus sont pratiquement observé chez les veaux de 0 à 6 mois avec un impact maximal chez les veaux de 0 à 30 jours (28%) pour E. coli et Lactobacillus (25%) ; de 1 à 3 mois (23,53%) pour Streptococcus.

Tableau 1 : Répartition des résultats des analyses selon les tranches d’âges des veaux

j : jours; m : mois, IC: Intervalle de Confiance.

Agents Total des isolements

0-30 j IC 30j-2 m IC 2-3 m IC 3-4 m IC 4-5 m IC 5-6 m

IC

E. coli 25 28a 17,60 20a 15,68 20a 15,68 16a 14,38 12a 12,74 4a 7,68

Lactobacillus 20 25a 18,98 20a 17,53 15a 15,65 20a 17,53 15a 15,65 5a 9,55 Streptococcus 17 11,76a 15,31 23,53a 20,16 23,53a 20,16 17,65a 18,12 17,65a 18,12 5,88a 11,18

(46)

UAC/EPAC/D-PSA/2016 Habirou A. KIFOULY Page 32 3.3. Discussion

3.4.1. Résultats des examens bactériologiques des fèces des veaux

Dans le cadre de notre étude E. coli, lactobacillus et streptococcus sont les agents bactériens les plus fréquemment isolés à toutes les tranches d’âge, 100%

pour E. coli, 80% pour lactobacillus et 68% pour streptococcus. Cela pourrait s’expliquer par le fait que E. coli, lactobacillus et streptococcus font partir de la microflore normale du tube digestif du jeune veau pré-ruminant (Contrepois et al, 1973). Par ailleurs, Escherichia coli (E. coli) est une entérobactérie anaérobie facultative gram négatif, présente de façon normale dans la flore intestinale d’un veau sain à une concentration de 10⁶bactéries par gramme de fèces. Elle colonise l’intestin précocement, dans les huit premières heures de vie de l’animal (Fichou, 2003). Les 100% d’isolement d’E. coli obtenus dans notre étude chez les 25 veaux diarrhéiques âgés de 0 à 6 mois sont légèrement supérieurs à ceux obtenu par Lacroute (2016) chez 186 veaux malades, âgés de moins de huit jours (99.2%). Cette différence serait due au faible effectif et à l’âge des veaux dans notre cas d’étude. Selon Bradford et Smith (2008), les diarrhées bactériennes sont dues majoritairement aux colibacilles, et aux clostridies. A cet effet, les cas de diarrhées observés pourraient être dus majoritairement par les E. coli s’il s’agit des diarrhées d’origine bactérienne.

Cela montre qu’il pourrait avoir des souches pathogènes d’E. coli parmi celles qui colonisent normalement le tube digestif du veau juste après la naissance ou transmises par les adultes à travers la voie féco-orale ou issues de la contamination extérieure. Les principales souches pathogènes d’E. coli impliquées dans la diarrhée des veaux sont les E. coli entérotoxinogènes ETEC (Ravary et Sattler, 2006). Parmi les souches d’E. coli isolées dans notre étude, il pourrait donc avoir des souches pathogènes dont seul le typage peut confirmer.