UNIVERSIT ´E DE MONTR ´EAL Automne 2014
D´epartement IRO Nadia El-Mabrouk
Calendrier du cours IFT3295
Semaine 1:
• Mardi 2 Septembre
– Cours: Introduction au cours.
Semaine 2:
• Lecture de deux chapitres de livre:
1. Molecular Biology Primer: Chapitre 3 du livreAn introduction to Bioinformatics Algorithms, par Neil C. Jones et Pavel A. Pezner, 2004.
2. Duplication, rearrangement and reconciliation: a follow-up 13 years later: Dans Models and algorithms for genome evolution, Computational Biology series, par C.
Chauve, N. El-Mabrouk, L. Gueguen, M. Semeria and E. Tannier, Springer , pp.
47-62, 2013.
• Travail `a rendre pour le lundi 22 septembre: Questionnaire en lien avec l’article 1.
Semaine 3:
• Lundi 15 Septembre
– Cours: Recherche et alignement de s´equences par programmation dynamique.
– D´emo: Introduction au code g´en´etique.
• Mardi 16 Septembre – Cours: Suite
Semaine 4:
• Lundi 22 Septembre
– Cours: Heuristiques: M´ethodes de filtrage pour la recherche dans les banques de donn´ees biologiques.
– D´emo: Exercices: programmation dynamique. Rendre le Questionnaire . Pr´esentation du TP1.
• Mardi 23 Septembre – Cours: Suite
Semaine 5:
• Lundi 29 Septembre
– Cours: Alignement multiple par programmation dynamique – D´emo: Rendre TP1. Pr´esentation du TP2.
• Mardi 30 Septembre – Cours: Suite
Semaine 6:
• Lundi 6 Octobre
– Cours: Alignement multiple: Heuristiques – D´emo: Rendre TP2.
• Mardi 7 Octobre
– Cours: Recherche exacte; Arbres des suffixes
Semaine 7:
• Lundi 13 Octobre – Jour f´eri´e
• Mardi 14 Octobre:
– Intra
Mardi 21 et Mercredi 22 Octobre: Semaine de relˆache.
Semaine 8:
• Lundi 27 Octobre
– Cours: Recherche exacte; Arbres des suffixes
– D´emo: Correction Intra. Pr´esentation TP3 (programmation).
• Mardi 28 Octobre – Cours: Suite
Semaine 9:
• Lundi 3 Novembre
– Cours: Arbres des suffixes – D´emo:
• Mardi 4 Novembre
– Cours: Phylog´enie: Mod`eles ´evolutifs, inf´erence
Semaine 10:
• Lundi 10 Novembre
– Cours: Phylog´enie: Mod`eles ´evolutifs, inf´erence – D´emo: Correction TP3. Pr´esentation TP4.
• Mardi 11 Novembre
– Cours: Phylog´enie: Mod`eles ´evolutifs, inf´erence
Semaine 11:
• Lundi 17 Novembre
– Cours: Phylog´enie: Consensus d’arbres – D´emo: Rendre TP4.
• Mardi 18 Novembre
– Cours: Phylog´enie: Consensus d’arbres
Semaine 12:
• Lundi 24 Novembre
– Cours: R´earrangements g´enomiques – D´emo: Rendre TP3.
• Mardi 25 Novembre – Cours: Suite
Semaine 13:
• Lundi 1 D´ecembre
– Cours: Familles de g`enes et r´econciliation – D´emo:
• Mardi 2 D´ecembre – Cours: Suite
Semaine 14:
• Lundi 8 D´ecembre – Cours: R´evision.
– D´emo: R´evision.
Semaine 15:
• Mardi 16 D´ecembre – Examen final
