Calendrier du cours IFT3295/IFT6291 Semaine 1:

(1)

Calendrier du cours IFT3295/IFT6291 Semaine 1:

• Mardi 7 Septembre

– Cours: Introduction `a la biologie mol´eculaire

Semaine 2:

• Lundi 13 Septembre

– Cours: Introduction `a la bio-informatique.

– D´emo: S´equen¸cage et assemblage.

– Cours: Alignement de s´equences

Semaine 3:

– Cours: Alignement de s´equences - mesures de similarit´e.

– D´emo: Exercices sur l’alignement de s´equences.

– Cours: Optimisation des algorithmes d’alignement de s´equences.

Semaine 4:

– Cours: Optimisation des algorithmes d’alignement de s´equences.

– Démo: Présentation TP 1. À rendre lundi 25 octobre.

– Cours: Pr´ediction de structures secondaires.

(2)

Semaine 5:

• Lundi 4 Octobre

– Cours: Pr´ediction de structures secondaires.

– D´emo:

• Mardi 5 Octobre

– Cours: Alignement multiple.

Semaine 6:

• Lundi 11 Octobre: Feri´e (Action de grˆace).

• Mardi 12 Octobre

– Cours: Alignement multiple.

Lundi 18 et Mardi 19 Octobre: Semaine de relˆache.

Semaine 7:

• Lundi 25 Octobre

– Cours: Recherche exacte de motifs.

– D´emo: Correction TP1 et r´evision pour l’Intra.

• Mardi 26 Octobre – Intra

Semaine 8:

• Lundi 1 Novembre:

– Cours: Recherche exacte de motifs

– Démo: Présentation TP2. À rendre lundi 15 novembre.

• Mardi 2 Novembre

– Cours: Recherche exacte de motifs

(3)

• Lundi 8 Novembre

– Cours: Recherche approch´ee.

– D´emo: Correction Intra.

– Cours: Recherche approch´ee.

Semaine 10:

– Cours: Arbres des suffixes.

– D´emo:

∗ Correction TP2 pour IFT3295;

∗ Pr´esentations d’articles pour IFT6291/BIN6000.

Semaine 11:

– D´emo:

∗ Présentation TP3 à rendre le 6 décembre;

∗ Pr´esentations d’articles pour IFT6291/BIN6000.

• Mardi 23 Novembre – Cours: Phylog´enie.

Semaine 12:

• Lundi 29 Novembre – Cours: Phylog´enie.

– D´emo: Exercices, Arbre des suffixes.

• Mardi 30 Novembre – Cours: Phylog´enie.

(4)

Semaine 13:

• Lundi 6 D´ecembre

– Cours (2h): Phylog´enie.

– D´emo:

∗ Correction TP3 pour IFT3295;

∗ Pr´esentations articles pour IFT6291/BIN6000.

• Mardi 7 D´ecembre – Cours: Phylog´enie.

Semaine 14:

• Mardi 14 D´ecembre – Examen final

Ordre des pr´ esentations

Les pr´esentations auront lieu en salle de r´eunion 3195 Pav. AA lundi 15 novembre de 10h30

`

a 12h30, lundi 22 novembre de 10h30 à 12h30 et lundi 6 décembre de 10h30 à 13h. Chaque présentation sera d’une durée de 20 minutes plus 10 minutes de questions.

(5)

15 Novembre Matt´eo Delabre Algorithme de Crochemore et Landau pour l’alignement local et global

Monica Dumitrescu Utilisation des arbres des suffixes pour l’alignement de g´enomes entiers. Algorithme MUMmer. Nucleic Acids Research, 27(11):2369-2376, 1999.

Tahsin Ahmed Recherche de répétitions dans le génome en se basant sur l’alignement local ou la recherche de k-mers - Application au système CRISPR-Cas

F´elix-Antoine Le Sieur Circular sequence comparison : algorithms and ap- plications

22 Novembre Alexix Roger Multiple sequence alignment with user-defined an- chor points

Alexis Nolin-Lapalme Multiple sequence alignment using partial order graphs - Bioinformatics, 18:452-464, 2002

Quentin Wolak Explorer l’utilisation des tables des suffixes pour r´eduire l;espace de stockage

Samantha Yuen L’extension de l’algorithme de Hirschberg `a l’alignement local

Rami Shukr PILER: identification and classification of genomic repeats, Bioinformatics, 21:1, 2005.

6 décembre Kristina Atanasova Modèles probabilistes pour l’alignement de séquences (HMM et algorithme de Viterbi)

Vanda Gaonac’h- Lovejoy

RNAalifold: Improved consensus structure predic- tion for RNA alignments

Lucas Hornung Optimisation des algorithmes KMP et Boyer- Moore pour des petits alphabets

Mohammed Oussama Laacisse

Recherche de répétitions dans le génome en se basant sur l’alignement local ou la recherche de k-mers - Application au système CRISPR-Cas

Valérie Triassi Séquen¸cage par hybridation; assemblage par plus court chemin dans un graphe (chemins hamil- toniens et eulériens)