Diversité génétique de six populations de Heterobranchus longifilis de Côte d’Ivoire
Marie-Thérèse Gnagra Wognin1, Didier Paulin Sokouri1, Cyrille N’gouan Kouassi3, Guiguigbaza K Dayo2, Yté Wongbé3, Yapi-Gnaoré Chia Valentine4
1Université Félix Houphouët Boigny, UFR Biosciences, Laboratoire de Génétique, 22 BP 582 Abidjan 22, Côte d’Ivoire,
2Institut du Sahel/Comité inter-Etat de lutte contre la sécheresse au Sahel (INSAH / CILSS) Bamako-Mali,
3Centre National de Recherche Agronomique (CNRA) Côte d’Ivoire, 01 BP 633 Bouaké 01, Tél : (+225) 31 00 10 05
4Centre International de Recherche Développement sur l’Elevage en zone Subhumide, 01BP454 Bobo-Dioulasso01 Burkina Faso
*Auteur pour les correspondances : téléphone : +22509947709 ; E-mail : marietheresew@yahoo.fr
Mots clés : Heterobranchus longifilis, marqueurs microsatellites, diversité génétique, Côte d’Ivoire.
Keywords: Heterobranchus longifilis, microsatellites markers, genetic diversity, Côte d’Ivoire, Publication date 31/05/2020, http://m.elewa.org/Journals/about-japs/
1. RÉSUMÉ
La structuration génétique de Heterobranchus longifilis de côte d’ivoire a été étudiée à travers six populations. L’objectif de cette étude est d’identifier une ou des souches d’élevage de Heterobranchus. longifilis en Côte d’Ivoire, en vue de leur valorisation et vulgarisation. Ainsi, 116 échantillons provenant de 4 bassins versants (Agneby, Bandama, Cavally et Sassandra), ont été génotypes à l’aide de 6 marqueurs microsatellites isolés de Clarias gariepinus (Cga01, Cga03, Cga05, Cga06, Cga09 et Cga10). Une grande variabilité génétique intra population a été observée chez les différentes populations de Heterobranchus longifilis étudiées avec une diversité génétique élevée (HS=0,454) et un nombre moyen d’allèles observés de 8 ± 5,90. Sous l’hypothèse de Hardy-Weinberg, toutes les populations de Heterobranchus longifilis ont montré un déficit significatif à la panmixie, à l’exception de celle du Cavally. Les valeurs de FST (0,037 ; 0,078 ; 0,095 et 0,096) ont montré une différenciation génétique modérée entre les populations de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally. Cependant, une forte différentiation génétique a été révélée entre les populations du Sassandra (nord et sud) et celles des autres (Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally). Les valeurs des FST se situent entre 0,16 et 0,27. Les regroupements des populations réalisés à partir de la matrice des distances génétiques de Cavalli-Sforza &
Edwards ont révélé une faible structuration génétique. Cependant, ces résultats indiquent l’existence de deux groupes bien distincts ; l’un composé de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally et l’autre de Sassandra Nord et Sud.
intra-strain genetic variability was observed in the different strains of Heterobranchus longifilis, with high genetic diversity (HS = 0.454). Moreover, the average number of observed alleles was 8 ± 5.90. Under the Hardy-Weinberg hypothesis, all strains of Heterobranchus longifilis showed a significant panmixie deficiency, with the exception of Cavally. Otherwise, the FST values 0.037; 0.078; 0.095 and 0.096 showed moderate genetic differentiation between subpopulations of Agneby (North and South), Bandama and Cavally, repectively. However, the results of this study revealed a strong genetic differentiation between Sassandra populations (north and south) and Agneby populations (north and south), Bandama and Cavally with FSTvalues of 0.16; 0.19; 0.23; 0.24 and 0.27, respectively. The analysis of genetic structuration of Heterobranchus longifilis strains using the Cavalli-Sforza & Edwards genetic distance matrice, revealed weak genetic structuration.
However, the results showed that theses strains can be separated into two distinct groups:
one consisting of Agneby north, Agneby south, Bandama and Cavally and the other of Sassandra north and south.
2. INTRODUCTION
L’Aquaculture constitue un secteur d’activité important pour la Côte-d’Ivoire au regard de la sécurité alimentaire de ses populations. En effet, les ressources halieutiques constituent la première source de protéine animale dans l’alimentation des populations avec une consommation de 15 kg / hab /an (PSDEPA, 2014). Cependant, la production nationale est encore très faible, de l’ordre de 4 000 tonnes par an, pour des besoins de 400 000 tonnes /an. La Côte d’Ivoire a donc mis l’accent sur le développement de l’aquaculture pour combler son déficit. Aujourd’hui la production aquacole ivoirienne est composée à 90% du tilapia Oreochromis niloticus. Pour un développement plus équilibré et diversifié, d’autres espèces d’élevage ont été investiguées. Il s’agit de Lates niloticus, Chrysichthys nigrodigitatus, Sarotherodon melanotheron, Tilapia guineensis, Heterobranchus longifilis et Trachinotusteraia (Dia et al., 1985 ; Hem et al., 1991). Plusieurs travaux menés en Côte d’Ivoire sur ces différentes espèces, ont révélé que le Clariidae, Heterobranchus longifilis est un poisson apprécié par la majorité des consommateurs ivoiriens (Legendre, 1983, 1986a, 1987,1989et 1991 ; Hem et al., 1991 ; Legendre et al., 1992). Par ailleurs, son remarquable potentiel aquacole (sa croissance
rapide, sa rusticité et sa grande capacité à résister aux conditions hypoxiques grâce à son organe supra-branchial de respiration aérienne) a déjà suscité un grand intérêt auprès des autorités compétentes. L’espèce a fait l’objet de plusieurs études portant sur la taxinomie, la reproduction et l’élevage. (Legendre et Teugels, 1991, Daget et Durand, 1981. Teugels et al., 1990). Cependant, très peu de travaux ont été orientés vers une meilleure connaissance des caractéristiques génétiques de Heterobranchus longifilis, données importantes pour envisager un programme d’amélioration génétique. Selon Ponzoni (2007), un tel programme est un moyen de développement d’une aquaculture prospère et durable. En Afrique de l’Ouest, de nombreuses études ont porté sur la variation génétique et morphologique de Clarias gariepinus (Galbusera et al., 1996). Cette étude qui porte sur la diversité génétique des populations indigènes de Heterobranchus longifilis constitue une première en Côte d’Ivoire. Elle a pour objectif de déterminer la structuration génétique des populations de Heterobranchus longifilis des bassins hydrographiques de Côte d’Ivoire en vue d’une meilleure gestion de ces ressources génétiques à utiliser dans les programmes de sélection.
3. MATERIEL ET METHODES 3.1. Echantillonnage et extraction d’ADN
3.1.1 Echantillonnage : Six populations de Heterobranchus longifilis ont été prises en compte au cours de cette étude. Ces populations viennent de quatre bassins hydrographiques de Côte d’Ivoire. Le premier bassin hydrographique est celui de l’Agneby. Il s’agit d’un fleuve côtier qui parcourt une longueur de 220 km pour se jeter dans la lagune Ebrié.
Deux populations ont été prélevées dans ce fleuve ; l’une constituée de 14 individus au nord dans la zone d’Agboville (5°55’ N et 4°13’ W) et l’autre de 16 individus au sud dans le village de Layo (5°19’ N et 14°19’ W). Le deuxième bassin pris en compte est celui de Bandama. Ce fleuve traverse la Côte d’Ivoire du nord au sud sur une distance de 1050 km, Une population de 23 individus a été prélevée au nord de ce fleuve dans la zone de Korhogo (9°27’28’’ N et 5°37’46’’ W). Les deux autres bassins hydrographiques étudiés sont le Sassandra et le Cavally. Le fleuve Sassandra s’étend sur 650 km, il prend sa source en Guinée, puis rejoint l'océan atlantique dans la ville de Sassandra.
Dans ce fleuve, deux populations ont été
échantillonnées : l’une au nord, dans le village de Bougouda (8°10’23’’ N et 7°6’42’’ W) constituée de 10 individus et l’autre au sud dans le département de Soubré (5°47’08’’ N et 6°36’30’’ W) constituée de 33 individus. Enfin, dans la zone nord du fleuve de Cavally, long de 700 km à la frontière ouest du Liberia, une population de 20 individus a été échantillonnée (Figure 1).
3.1.2 Extraction d’ADN : Sur chaque individu échantillonné, un morceau de la nageoire adipeuse d’environ 0,5 g a été prélevé et conservé dans des tubes Eppendorf de 1,5 ml contenant de l’éthanol absolu. Ces tissus ont été digérés dans un mélange composé de 500 μl de solution de lyse (Nuclei Lysis), de 20 μl de solution de protéinase K et de 120 μl de solution d’EDTA (Ethylène Diamine Tétra Acétique) pendant une nuit à + 56°C dans une étuve. L’ADN total a été extrait à partir de chaque échantillon de nageoire adipeuse, à l’aide du Kit de purification de Promega®, selon les recommandations du fabricant. Les échantillons d’ADN ainsi extraits ont été conservés à 4°C.
Figure 1 : sites d’échantillonnage
3.2 Amplification PCR et génotypage : Une PCR classique a été effectuée pour chacun des 6 marqueurs microsatellites (Cga01, Cga03, Cga05, Cga06, Cga09 et Cga10) mis au point à partir de C. gariepinus par Galbusera et al. (1996).
L’ADN du génome a été amplifié par des réactions en chaîne de la polymérase (PCR) effectuées dans des milieux réactionnels de 12 µL contenant 2 µL d’ADN génomique, 5 µL du mix amorce et de 5 µL du mix réactif. Le mix amorce est constitué de 0,2 µL de l’amorce sens marquée [Forward], 0,2 µL de l’amorce anti- sens [Reverse] de chaque amorce de concentration 20 mM et 1,4 µL de l’eau distillé de manière à obtenir 5 ul de mix multiplex.
Seules les amorces forward ont été marquées par un fluorochrome (FAM : bleu ; VIC : vert ; PET : rouge ; NED : jaune). Le mix réactif est composé de 0,6 µL de tampon 10x (TP), 0,48 µL de MgCL2 à une concentration de 25 mM, 0,05 µL de dNTP à une concentration de 20mM, de 0,038de Taq à une concentration de 5 unité/µL et un volume de 3,84 µL de l’eau distillé. Les amplifications ont été effectuées à l'aide d'un thermocycleur VERITI 96 well
thermal cycler (Applied Biosystems) pour l’amplification selon le programme de 30 cycles constitués de la phase de dénaturation initiale qui se fait à une température de 94°C pendant 15mn, 94°C, 30s ; T° d’hybridation, 1mn30s ; 72°c, 1mn30s pour la phase d’hybridation répétée 30 fois ; 72°c, 15mn pour l’élongation finale et 4°C pour la conservation des produits amplifiés. Les conditions de PCR ont été optimisées pour chaque marqueur à partir de celles décrites par Galbusera et al. (1996). Pour le génotypage, les tailles des allèles pour chaque échantillon ont ensuite été déterminées à l'aide du logiciel GENEMAPPER Version .4.1 (Applied Biosystems, USA).
3.3 Analyses des données : La présence d’allèles nuls qui pourraient influencer les écarts panmictiques de Hardy-Weinberg a été estimée à partir du logiciel Micro-checker (Van Oosterhout et al., 2004). Le déséquilibre de liaison entre les paires de loci a été testé avec le logiciel Fstat V 2.9.3 2 (Goudet, 2001). Le polymorphisme des loci et l’hétérozygotie ont été estimés par le calcul des paramètres suivants ; (i) le nombre total d’allèles, (ii) le
Cavally Sassandra
Sassandra Bandama Agneby Agneby
nombre moyen d'allèles par locus (AL) et sur l’ensemble des sous populations étudiées, (iii) la richesse allélique (RA) corrigée par la méthode de raréfaction, (iv) le taux d’hétérozygotie observée (Ho), (v) le taux d’hétérozygotie attendue non biaisée (Hnb) et (vi) l’indice de fixation de Nei (Fis). Le test de signification de l'indice de fixation (Fis) a été réalisé en utilisant les procédés d’échantillonnage ou bootstrap après 10000 permutations de loci au sein d'une population. Cette procédure de permutation est implémentée dans le logiciel FSTAT 2.9.3.2 (Goudet, 2001). La diversité génétique intra- population (HS), la diversité génétique inter- populations (DST) et le coefficient de différenciation entre les sous populations (GST) ont été déterminées par les estimateurs non biaisés de Nei et Chesser (1983) à l’aide du logiciel GENETIX version 4.05.2 (Belkir et al., 2004). Le F-Statistiques de Wright a été obtenu à partir du programme FSTAT V 2.9.3.2 (Goudet, 2001). La différenciation génétique entre paires des différentes sous populations
étudiées a été déterminée à l’aide de la statistique FST à partir de la méthode de Weir Cockerham (1984). Les relations génétiques entre les différentes populations d’échantillonnage ont été déterminées à partir de l’Analyse Factorielle de Correspondance qui a permis la représentation simultanée des individus en utilisant le logiciel GENETIX version 4.05.2 (Belkir et al., 2004). La méthode de calcul de la distance génétique de Cavalli- Sforza et Edwards (1967) entre les paires des différentes populations a été utilisée pour l’estimation du degré de divergence génétique.
Cette distance a été utilisée par la suite pour la construction d’un arbre phylogénétique à l’aide du logiciel MEGA 5.05 (Tamura et al., 2011).
Pour l’analyse de la structuration génétique, des individus des différentes populations ont été mis ensemble selon les génotypes qu’ils ont en commun par la méthode bayésienne à l’aide du logiciel STRUCTURE 2.3.3 (Pritchard et al., 2000 ; Falush et al., 2007).
4. RÉSULTATS
4.1 Polymorphisme des loci microsatellites analysés : Le test de déséquilibre de liaison par paire de loci a mis en évidence une indépendance entre les 6 marqueurs microsatellites étudiés. En effet, sur l’ensemble des populations de l’espèce Heterobranchus longifilis, ce test n’a révélé aucun déséquilibre de liaison significatif pour les 15 combinaisons de loci analysés. Les marqueurs microsatellites utilisés pour le génotypage, ont tous été polymorphes, à l’exception cga05, cga06 et cga09 qui ont été monomorphes chez les populations échantillonnées sur le site
Agneby sud et ceux échantillonnés sur le site de Sassandra nord. Au total, 48 allèles ont été observés pour les 6 loci sur l’ensemble des sous-populations. Le nombre d’allèles par locus sur l’ensemble des populations étudiées a varié entre 1 pour les loci cga05, cga06 et cga09 et 16 pour le locus cga03 (sur l’ensemble des populations d’étude). La moyenne de la richesse allélique sur l’ensemble des populations a été comprise entre 1,6 pour cga05 et 6,5 pour cga03. Par ailleurs, le nombre moyen d’allèles par locus a été de 8 ± 5,9 (Tableau 1).
Tableau 1 : Nombre d’allèles et richesse allélique par locus et par population
Loci Agneby
Nord Agneby
Sud Bandama Cavally Sassandra
Nord Sassandra
Sud Population totale
cga01 A 3 6 7 4 6 9 15
RA 2,7 5,1 5,0 2,8 5,2 5,7 6,0
cga03 A 9 7 14 7 5 11 16
RA 6,7 4,7 7,8 4,9 4,8 5,4 6,5
cga05 A 2 1 2 2 1 3 4
RA 2,0 1,0 1,4 1,9 1,0 1,8 1,6
cga10 A 2 2 2 2 2 3 3
RA 2,0 2,0 2,0 2,0 2,0 2,2 2,1
cga06 A 4 4 4 3 1 2 6
RA 3,6 3,6 2,6 2,7 1,0 1,2 2,9
cga09 A 1 2 2 2 2 4 4
RA 1,0 1,4 1,9 1,9 1,0 2,4 2,1
NA 21 22 31 17 17 32 48
Nbre
moy 3,5 ±
2,88 3,67 ±
2,42 5,17 ±
4,75 3,33±
,97 2,83± 2,14 5,33± 3,72 8 ± 5,90 RA Moy 3,0 ±
2,01 3,0 ±
1,76 3,4 ± 2,47 2,7 ±
1,17 2,7 ± 1,87 3,1 ± 1,94 3,5 ± 2,15 A : Nombre d’allèles ; RA : Richesse allélique ; NA : Nombre total d’allèles ; Nbre moy : Nombre moyen d’allèles par locus et par sous population ; RA : Richesse allélique moyenne
4.2 Variabilité intra population et diversité génétique : Les populations de Heterobranchus longifilis ont présenté de faibles valeurs d’hétérozygoties par locus. Les hétérozygoties observées (H0) varient de 0,32 ± 0,32 à 0,86 ± 0,27 tandis que les hétérozygoties attendues (He) sont comprises entre 0,34 ± 0,32 et 0,51 ± 0,30. Sous l’hypothèse de Hardy- Weinberg, les populations de Heterobranchus longifilis étudiées, à l’exception de celle de Cavally ont montré un déficit significatif à la panmixie avec les valeurs positives de FIS
(Tableau 2). Par ailleurs, la diversité génétique intra population moyenne (Hs) est de 0,454.
Elle varie de 0,099 pour le locus cga05 à 0,815 pour le locus cga03. La diversité génétique totale (HT) varie de 0,101 pour le locus cga05 à 0,864 pour le locus cga03 avec une valeur de 0,530 sur l’ensemble de la population. La diversité inter-populations (DST) présente des valeurs allant de 0,002 pour le locus cga05 à 0,178 pour le locus cga01. Ce paramètre présente une valeur de 0,077 sur l’ensemble des loci. La diversité génétique intra-population (HS) est largement supérieure à la diversité génétique inter-population (DST) pour tous les loci étudiés (Tableau 3).
Tableau 2 : Paramètres de variabilité génétique calculés
Population N A He Ho FIS
Agneby nord 14 3,5 ± 2,88 0.42 ± 0.32 0.32 ± 0.32 0,244*
Agneby sud 16 3,67 ± 2,42 0.40 ± 0.37 0.32 ± 0.38 0,223*
Bandama 20 5,17 ± 4,75 0.51 ± 0.30 0.43 ± 0.36 0,173*
Cavally 20 3,33 ± 1,97 0.47 ± 0.21 0.51 ± 0.27 -0.093NS Sassandra nord 10 2,83 ± 2,14 0.41 ± 0.40 0.71 ± 0.38 0.243*
Sassandra sud 33 5,33 ± 3,72 0.34 ± 0.32 0.86 ± 0.27 0.377*
N : taille des individus ; A : Nombre d’allèles ; Les valeurs de Fis portant des astérisques sont significatives au seuil de p<0,05 ; excès d’hétérozygotes pour les valeurs de Fis négatives et déficit d’hétérozygotes les valeurs de Fis positives
Tableau 3 : Indices de diversité génétique calculés pour chaque locus microsatellite
Loci HS DST HT GST
cga01 0.667 0.178 0.845 0.211
cga03 0.815 0.050 0.864 0.057
cga05 0.099 0.002 0.101 0.018
cga06 0.467 0.034 0.501 0.068
cga09 0.420 0.155 0.575 0.269
cga10 0.254 0.041 0.296 0.140
Moyenne 0.454 0.077 0.530 0.145
HS : diversité génétique intra population ; HT : diversité génétique totale ; DST : diversité génétique inter population ; GST : coefficient de différentiation génique
4.3 Différenciation génétique et relations phylogéniques : Les valeurs de Fst
ont varié de 0,037 à 0,276. La valeur la plus faible a été obtenue entre la population de Agneby sud et celle de Bandama (0,037) tandis que la plus élevée a été observée entre la population de Agneby_nord et celle de Sassandra sud (0,276). Au plan génétique, la population de Agneby sud est plus proche de la population de Bandama que celles d’Agneby nord et de Sassandra sud (Tableau 4). Les distances génétiques de Nei (1978) qui traduisent la différenciation inter populations ont été estimées pour chaque paire de population. Toutes ces distances génétiques calculées ont varié de 0,096 à 0,223. Ces distances génétiques ont confirmé les tendances
des résultats obtenus par le calcul du coefficient de différenciation FST (Tableau 4). Le dendrogramme obtenu selon la méthode NJTRee (Neighbor-joining tree) à partir de la matrice de distances génétiques de Cavalli- Sforza et Edwards répartit les individus issus des différents sites étudiés en deux groupes distincts (Figure3) ; (i) le premier groupe est constitué des individus échantillonnés sur le site de Sassandra (nord et sud) ; (ii) le second groupe est composé d’individus échantillonnés sur les sites de ceux d’Agneby nord et sud, de Bandama, et de Cavally. A l’intérieur de chaque groupe, il existe une séparation en fonction de la localisation. Cependant, l’échelle (0,05) témoigne d’une faible différentiation entre ces sites.
Tableau 4 : Matrice de distribution des Fst (au-dessus de la diagonale) et de distance génétique de Nei (en dessous de la diagonale) entre les différentes populations de Heterobranchus longifilis
Bassin Agneby
_nord
Agneby_
sud
Bandama Cavally Sassandra _nord
Sassandra_
sud
Agneby_nord 0,078 0,096 0,230 0,235 0,276
Agneby_sud 0,133 0,037 0,117 0,190 0,248
Bandama 0,153 0,144 0,112 0,106 0,167
Cavally_nord 0,199 0,096 0,148 0,245 0,235
Figure 3 : Regroupements des différentes populations sur la base de la méthode NJTRee à partir de la matrice des distances génétiques de Cavalli Sforza & Edwards (1967)
4.4 Assignation des individus à une population par clustering bayésien : L’assignation a été réalisée par la méthode de Pritchard et al. (2000) à partir du logiciel STRUCTURE. Les regroupements a posteriori des individus ont été effectués pour K= 2, 3, 4 et 5. Pour chaque valeur hypothétique K du nombre de regroupements, les bandes de même couleur forment une population. Il ressort de ces regroupements que K=2, les populations de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally se distinguent de celles de Sassandra nord et
sud. Par contre, à K = 3, la population de Cavally se sépare génétiquement d’une grande partie de celles de Agneby (nord et sud) et de Bandama. Lorsque K prend la valeur K= 4, les populations forment 4 groupes génétiquement distincts. Quand K= 5, les populations se différentient en 5 groupes ; (i) Sassandra nord et sud, (ii) Cavally, (iii) Bandama, (iv) Agneby sud et (v) Agneby nord. Cependant, il ressort que chaque population mise en évidence est formée d’individus issus de tous les sites d’échantillonnage (Figure 4).
Figure 4 : Regroupement des populations des différents sites d’échantillonnage avec valeurs de K suivant la méthode bayésienne de Pritchard et al. (2000)
Pour une valeur donnée de K de nombre de regroupement donnée, les bandes de même couleur forme une seule population
gariepinus à partir de sept loci microsatellites. Le taux d'hétérozygotie observé pour tous les allèles, qui est de 0,525 se situe dans les limites des taux d’hétérozygotie observés chez les poissons, qui varie de 0,24 à 0,9 (O'Connell et Wright, 1997). Le taux hétérozygotie moyen observé dans cette étude qui est de 0,524 ± 0,32 est supérieur aux valeurs de HO (0,06 à 0,15) enregistrées chez des populations de C.
gariepinus échantillonnées en Afrique (Teugels et al., 1992 ; Agnèse et al., 1997). Par ailleurs, l'hétérozygotie attendue obtenue (He = 0,425 ± 0,32) est supérieure à celle enregistrée par Rognon et al. (1998), qui varie de 0,05 à 0,15, chez les Clarias. Les valeurs des FIS
significativement supérieures à zéro, observées chez les différentes populations étudiées, à l’exception de la population de Cavally, ainsi qu’au niveau des loci, ont révélé l’existence de déficits importants en hétérozygote chez la plupart des loci. Cela est plus prononcé au niveau de Cga01, Cga09 et Cga10. Un déficit important en hétérozygote aux loci Cga05 et Cga09 a été également signalé par Galbusera et al. (1996). Plusieurs causes sous-tendraient ces problèmes d’amplification à savoir ;(i) les facteurs techniques, notamment la présence d’allèles nuls sur certains marqueurs, (ii) l’effet Walhund, (iii) la consanguinité, (iv) la sélection (élimination d’un génotype particulier) et (v) la non-détection du polymorphisme (allèles nuls, artefacts de lecture des gels). Une mutation, au niveau des séquences correspondant à une des amorces, empêche la bonne amplification de cet allèle au cours de la PCR. Il n’apparait aucun signal à l’état homozygote. Les hétérozygotes pour ce type d’allèles, apparaissent donc homozygotes pour l’autre allèle (De Meeûs, 2012). La présence d’une sous structuration génétique à l’intérieur des populations étudiées (effet Wahlund) ou encore la présence d’individus apparentés dans les échantillons pourraient également justifier les déficits d’hétérozygotes observés (FIS>0). En effet, les six loci microsatellites utilisés dans cette étude ont été développés pour Clarias gariepinus. Par conséquent, pour des études futures, une
conceptualisation de marqueurs microsatellites spécifiques à Heterobranchus longifilis serait probablement nécessaire. Les valeurs de HS
(diversité génétique intra population) et HT
(diversité génétique totale) chez les différentes souches de Heterobranchus longifilis échantillonnés dans des bassins versants de différents cours d’eau en Côte d’Ivoire, montrent qu’une grande part de la diversité génétique totale est expliquée par la variation intra population. Les différentes valeurs des Fst (0,037 ; 0,078 ; 0,095et 0,096) traduisent une différentiation génétique modérée entre les populations de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et celle de Cavally. Cependant, des valeurs de FST de 0,16 ; 0,19 ; 0,23 ; 0,24 et 0,27 ont été obtenues chez les populations Sassandra Nord et sud. Cela traduit une forte ou très forte différentiation génétique des populations de Sassandra (Nord et Sud) et les autres populations (Agneby Nord ; Agneby Sud ; Bandama et Cavally).En effet, selon Wright (1965) et Balloux et Lugon- Moulin (2002), les valeurs de FST comprises entre 0 et 0,05 indiquent une faible différenciation génétique ; des valeurs comprises entre 0,05 et 0,15 indiquent une différenciation modérée, celles comprises entre 0,15 et 0,25 indiquent une forte différenciation et l’on a une très forte différenciation génétique pour les valeurs supérieures à 0,25. Ces résultats sont aussi confirmés par les distances génétiques obtenues par la méthode des distances de corde de Cavalli-Sforza et Edwards (1967) entre paires de populations de Heterobranchus longifilis échantillonnées dans les différents cours d’eau. Cependant, la population de Agneby sud est plus proche de celles de Bandama (0,037) et Cavally (0,096). La proximité génétique de ces trois souches pourrait traduire l’existence de flux géniques entre elles par rapport aux populations Sassandra Nord et Sud. Ces flux géniques entre ces trois populations, pourraient résulter des travaux de recherche effectués sur l’espèce Heterobranchus longifilis, par le Centre de Recherches Océanologiques (CRO) dans les années 80, dans le cadre de
l’approvisionnement des pisciculteurs des régions Nord et Ouest de la Côte d'Ivoire en alevins, en vue de diversifier leur production limitée aux tilapias. En effet, dans le cadre de ses travaux de recherche, des géniteurs ont été capturés dans le milieu naturel (les fleuves Bandama et Agneby) pour la production d’alevins qui ont été, ensuite distribués aux
pisciculteurs ruraux pour élevage. Par contre, les populations de Heterobranchus longifilis du fleuve Sassandra n’ont subi aucune manipulation. L’arbre phylogénétique de l’espèce montre une répartition des différentes populations étudiées en deux groupes distincts malgré la faible différentiation génétique qui existe entre eux en témoigne l’échelle de 0,05.
6 CONCLUSION
Cette étude a permis de mettre en évidence la caractérisation génotypique de Heterobranchus longifilis de côte d’ivoire. Au total, 8± 5,90 allèles ont été observés au sein des populations étudiées. Les marqueurs microsatellites, ont permis de montrer la structuration génétique des populations étudiées. Par rapport à la structuration génétique, deux groupes ont été mis en exergue. Il s’agit d’une part des populations du Sassandra (Nord et Sud) et d’autre part, des populations échantillonnées dans les autres fleuves (Agneby Nord, Agneby Sud, Bandama et Cavally). Elle a également permis de révéler une différentiation génétique modérée entre les populations de Agneby Nord, Agneby Sud, Bandama et celle de Cavally
avec une valeur de FST variant de 0,037 à 0,096, . En outre, les résultats ont révélé une forte différentiation génétique entre les populations du Sassandra Nord et Sud et les autres populations avec des FST de 0,16 ; 0,19 ; 0,23 ; 0,24 et 0,27, respectivement. Une forte variabilité génétique, principalement au niveau intra population a été mis en évidence (HS= 0,454). Cette variabilité observée constitue une source potentielle d’amélioration génétique. Les résultats ont été obtenus à partir de six populations de quatre fleuves de côte d’ivoire.
Pour mieux couvrir le réseau hydrographique ivoirien, cette étude mériterait d’être poursuivie en prenant en compte les autres fleuves qui n’ont pas été investigués (Comoé, La Mé
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