Mycologie Patrick BOIRON
(15 h CM, 5 h ED, 11 h TP)
Objectifs des Cours Magistraux :
L’enseignement de la mycologie est abordé ici sous ses aspects fondamentaux et appliqués. Les objectifs consistent à fournir au futur pharmacien les connaissances nécessaires pour toutes les sollicitations professionnelles variées auxquelles il pourra avoir à répondre. Il s’agit notamment, tout en ayant une vue d’ensemble de leur systématique, de comprendre la spécificité des champignons et leur rôle dans la biosphère ; d’appréhender les bases de la reconnaissance des champignons macromycètes (et qui seront détaillées et approfondies en 5ème année Filière Officine), qui conduira le pharmacien à être l’interlocuteur privilégié des amateurs de champignons ; de savoir identifier les principales espèces toxiques et pouvoir répondre aux interrogations par les centres antipoisons ; de comprendre les mécanismes des mycotoxicoses alimentaires par les moisissures dont la gravité potentielle et l’incidence croissante constituent une préoccupation grandissante pour les autorités sanitaires; de connaître les extraordinaires potentialités des champignons appliquées aux grands secteurs industriels, notamment aux industries agro-alimentaires et pharmaceutiques, qui, associées à la génétique moléculaire, constituent l’un des grands volets des biotechnologies dont les retombées dans le domaine de la Santé pourraient fournir les bases de la thérapeutique de demain.
Programme des Cours Magistraux :
- Généralités et systématique :
- Place des champignons dans le monde vivant ; Biologie : saprophytisme, parasitisme, symbiose ; Organisation générale des champignons ; Caractéristiques morphologiques, cytologiques et biochimiques.
- Principales caractéristiques des grandes divisions de la classification des champignons ; Grands mécanismes de la multiplication asexuée et de la reproduction sexuée des champignons.
- Zygomycètes :
- Champignons inférieurs (Zygomycètes) : Entomophthorales : lutte biologique ; Mucorales (moisissures) : rôle écologique, intérêt agro-alimentaires, médical et industriel.
- Ascomycètes :
- Illustration de l’intérêt médical, phytopathogène, agro-alimentaire et industriel des espèces majeures micromycètes : Pneumocystis jirovenci, Saccharomyces cerevisiae, Dermatophytes, Aspergillus et Penicillium, Uncinula necator (oïdium), Claviceps purpurea ; ou macromycètes : Pezizes, Helvelles, Gyromitres, Morilles.
- Basidiomycètes et macromycètes :
- Principes de reconnaissance des principaux ordres et des espèces types de champignons macromycètes : Cantharellales, Tricholomatales, Entolomatales, Cortinariales, Agaricales, Amanitales, Plutéales, Russulales, Bolétales.
- Deutéromycètes :
- Illustration de l’intérêt médical, phytopathogène et industriel de quelques espèces majeures.
- Intérêt industriel / biotechnologique des champignons :
- Moisissures des biodétériorations des denrées alimentaires et de produits divers et bioaérocontamination ; méthodes de prévention et de lutte
- Biotechnologie des levures et moisissures utiles : denrées alimentaires, synthèse de métabolites et biotransformation : biomasse, métabolites primaires, enzymes, métabolites secondaires d’intérêt en santé (alcaloïdes, antibiotiques, arômes, pesticides, etc.), biolixiviation, biodépollution, biotransformation.
- Mycotoxines et micromycètes toxinogènes :
- Conditions physico-chimiques et biologiques de développement des principales espèces fongiques mycotoxinogènes ; mycotoxicogénèse et moyens de prévention
- Eudes des principales mycotoxicoses et des toxines en cause : aflatoxicoses (aflatoxines), pénicilliotoxicoses (citrinine, patuline), fusariotoxicoses (nivalénol, trichothécènes, toxine T2, diacétoxyscirpénol, zéaralénone, etc.).
- Mycétismes et macromycètes vénéneux :
- Etude des principaux syndromes toxiques (incubation et durée, mécanismes de toxicité, symptomes cliniques, conduite à tenir) : phalloïdien, gyromitrien, sudorien, résinoïdien, myco-atropinien, narcotinien, coprinien, paxillien, myopathique, acromélalgien.
- Reconnaissance des principales espèces de macromycètes vénéneux en cause : Amanites, Lépiotes, Galères, Cortinaires, Gyromytres, Helvelles, Inocybes, Clitocybes, Entolomes, Tricholomes, Bolet, Omphalotus, Clavaires, Coprins, Paxilles, Psilocybes, etc. ; et des espèces présentant un risque de confusion
Objectifs des Travaux Pratiques :
Les travaux pratiques de mycologie ont pour but d’illustrer la spécificité des champignons et permettre la compréhension et la maîtrise des techniques susceptibles d’être utilisées dans le cadre de la vie professionnelle, que ce soit à l’officine, à l’hôpital, dans l’industrie, dans un laboratoire de biologie clinique ou dans un laboratoire de recherche. Ils sont l’occasion de mettre en pratique les grands principes de détermination des champignons ; d’appliquer les techniques d’identification des moisissures qu’elles soient mycotoxinogènes, d’intérêt pharmaceutique, industriel ou agro-alimentaire ; de concrétiser certaines méthodes de reconnaissance des champignons macromycètes et des syndromes toxiques dont ils sont responsables.
Programme des Travaux Pratiques :
L’enseignement pratique de la mycologie générale est réparti en quatre séances auxquelles s’ajoute 1 séance d’enseignement pratique de mycologie médicale (voir fiche Parasitologie et Mycologie Médicale).
- Généralité et systématique (2 séances) :
- Reconnaissance microscopique des principales caractéristiques morphologiques des champignons micromycètes et des grands mécanismes de la multiplication asexuée et de la reproduction sexuée des champignons.
- Illustration à partir d’exemples provenant des grandes classes de champignons : Zygomycètes, Ascomycètes, Basidiomycètes et Deutéromycètes et d’espèces d’intérêts agro-alimentaire, médical et industriel.
- Mycotoxines et micromycètes toxinogènes (1 séance) :
- Mise en situation des étudiants (travail en groupe) devant des cas, issus de la réalité, de mycotoxicoses, ou d’étude de mycotoxine (dossiers en anglais) : compréhension, analyse et présentation publique (devant l’ensemble des étudiants) de la situation.
- Détermination du(des) champignon(s) responsable(s) du cas présenté et sélection de l’espèce concernée, par reconnaissance macro- et microscopique, parmi plusieurs espèces (étudiées lors des 2 premières séances de Travaux Pratiques) : présentation du cas (devant l’ensemble des étudiants) et description du(des) champignon(s), rappel des éventuelles principales caractéristiques écologique, agro-alimentaires, médical et industriel.
- Mycétismes et macromycètes vénéneux (1 séance) :
- Mise en situation des étudiants (travail en groupe) devant des cas, issus de la réalité, d’intoxication par les macromycètes : compréhension, analyse et présentation publique (devant l’ensemble des étudiants) de la situation.
- Détermination du champignon responsable du cas clinique présenté et sélection de l’espèce concernée, par reconnaissance parmi plusieurs espèces (étudiées en Cours Magistral et Enseignement Dirigé) : présentation (devant l’ensemble des étudiants) et description du champignon, rappel des éventuelles confusions à éviter.
Ouvrages à consulter :
Ph. Bouchet, J.-L. Guignard, J. Villard. Les champignons. Mycologie fondamentale et appliquée. Abrégés de Pharmacie, Masson, 1999.
P. Boiron. Organisation et biologie des champignons. Collection 128, Nathan, 1996.
