Intérêt de l’examen cytobactériologique du liquide pleural dans le diagnostic des infections pulmonaires non tuberculeuses au Centre National Hospitalier et Universitaire de Pneumo-Phtisiologie de Cotonou

(1)

Réalisé et présenté par : OTTY Aulrich

1

REPUBLIQUE DU BENIN

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI (UAC)

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI (EPAC)

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DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE (GBH)

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OPTION : ANALYSES BIOMEDICALES

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RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION POUR L’OBTENTION DU DIPLÔME DE LICENCE PROFESSIONNELLE

PRESENTE PAR : OTTY Aulrich

SOUS LA DIRECTION DE :

Année académique : 2015-2016 9^ème Promotion

Tuteur :

M. ODOUN Mathieu

Bio technologiste au laboratoire de référence en mycobactéries de Cotonou

Superviseur :

M. Victorien DOUGNON, PhD Enseignant-Chercheur en Microbiologie à l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi

Biotechnologiste (HZM)

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1

REPUBLIQUE DU BENIN

**********

UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

**********

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI

**********

DIRECTEUR : Professeur Mohamed SOUMANOU

DIRECTEUR ADJOINT : Professeur Clément AHOUANOU

CHEF DE DEPARTEMENT : Docteur Pascal ATCHADE

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2

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE (GBH)

Noms et prénoms Matières enseignées

ABLEY Sylvestre Déontologie

ADOMOU Alain Physique

AGBANGLA Clément Génétique

AGOUA Jean Informatique

AHOYO Théodora Angèle Microbiologie / santé publique et Hygiène hospitalière

AKAKPO B. Huguette Education Physique et Sportive

AKOGBETO Martin Entomologie Médicale

AKPOVI D. Casimir Biologie Cellulaire/ Physiologie

Humaine/ Biochimie métabolique ALITONOU Alain Guy Chimie Générale/ Chimie Organique

ANAGO Eugenie Biochimie Structurale/ Biochimie

clinique/ Biologie Moléculaire

ANAGONOU Sylvère Education Physique et sportive

ATCHADE Pascal Parasitologie/ Mycologie

AVLESSI Felicien Chimie Générale/ Chimie Organique

BANKOLE Honoré Bactériologie/ Virologie

DARBOUX Raphael Histologie Appliquée

DESSOUASSI Noel Biophysique

DOSSEVI Lordson Techniques Instrumentales

DOSSOU Cyriaque

Techniques d’Expression et Méthodes de Communication

DOUGNON T. Victorien Microbiologie

HOUNNON Hyppolite Mathématiques

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Réalisé et présenté par : OTTY Aulrich

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HOUNSOSSOU Hubert Biostatistique et Epidémiologie

LALLY Armel Législation et Droit du Travail

LOKO Frédéric Biochimie Clinique

LOKOSSOU Gatien Immunologie/ Immuno - Pathologie

LOZES Evelyne Immunologie/ Immuno – Pathologie/

Equipements Biomédicaux

MASSOULOKONON Vincent Histologie Générale

OGOUNDIKPE Nicarette Informatique médicale

SECLONDE Hospice Transfusion Sanguine

SEGBO Julien Biochimie/ Biologie Moléculaire

SENOU Maximin Histologie Appliquée

TOPANOU Adolphe Hématologie/ Hémostase

SOEDE Casimir Anglais

YOVO K. S. Paulin Pharmacologie / Toxicologie

TOHOYESSOU Zoe Soins infirmiers

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4

A tous ces scientifiques qui œuvrent sans cesse pour le bien-être de la population mondiale !

DEDICACE

(6)

5

 A mon père OTTY Abdou Rachid

Rien ne vaut l’effort fourni nuit et jour pour mon éducation et mon bien être. Ce travail est le fruit des sacrifices que tu as consentis.

 A ma mère HOUINSOU Aurelie

Tu représentes le symbole de la bonté par excellence, la source de tendresse et l’exemple du dévouement ; ceci est le fruit de tes encouragements et de tes prières.

 A mes mamans ZANNOU Solange et GBENAGNON Yolande

Vos prières et bénédictions m’ont été d’un grand secours pour mener à bien mes études.

 A mes frères et sœurs

Il n’y a pas de secret pour réussir, c’est le fruit de l’apprentissage, du travail acharné et des leçons tirées de l’échec.

 A mon superviseur Docteur Victorien T. DOUGNON,

Malgré vos occupations, vous avez accepté assurer la supervision de ce travail. La perspicacité de vos remarques et suggestions, votre rigueur scientifique et votre esprit de synthèse ont été précieux dans l’élaboration de ce travail.

 A tout le personnel du Laboratoire de Référence de Mycobactéries, plus précisément messieurs DEDEHOUANOU Hebert, ODOUN Mathieu et madame AGON Imelda,

Malgré vos multiples occupations, vous avez accepté m’encadrer. Vous vous êtes investis dans la réalisation de ce travail. Votre simplicité et vos qualités humaines vous distinguent. J’ai puisé de ces marques très appréciables de votre personnalité, une leçon de vie. Merci pour votre gentillesse et votre disponibilité.

REMERCIEMENTS

(7)

6

 A tous les encadreurs des travaux pratiques durant ces années de formation Précisément monsieur Hornel KOUDOKPON

Pour la patience et la volonté de montrer votre savoir-faire tout au long de ces années de formation.

 A tous ceux qui m’ont aidée de près ou de loin dans la réalisation de ce travail, Merci pour tout.

(8)

7

 Au Président du jury,

Vous me faites l’honneur de juger ce travail et avez accepté, avec bienveillance, la présidence de ce jury. Je suis sensible à l’intérêt que vous avez porté à ce travail. Je vous en remercie et vous témoigne, ma profonde et respectueuse reconnaissance.

 Aux Membres du jury,

Je suis très sensible à l'honneur que vous faites en acceptant de juger ce travail. Je suis persuadé que vos remarques, vos critiques et vos suggestions contribueront à améliorer cette œuvre.

Veuillez accepter chers maîtres, l’expression de mes respectueux hommages.

HOMMAGES

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8

OMS Organisation Mondiale de Santé

S. aureus E. coli

: :

Staphylococcus aureus Escherichia coli K. pneumoniae

K. oxytoca

: :

Klebsiella pneumoniae Klebsiella oxytoca S. pneumoniae

P. aeruginosa

: :

Streptococcus pneumoniae Pseudomonas aeruginosa C. freundii

S. alpha hémo

: :

Citobacter freundii

Streptocoques alpha hémolytiques

TBP : Tuberculose extra pulmonaire

TBP : Tuberculose pulmonaire

SPILF : Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française

LISTE DES ABREVIATIONS ET SIGLES

(10)

9

Tableau 1 : Liste des antibiotiques utilisés……….. 24

Tableau 2 : Profil de résistance de la souche d’Enterobacter cloacae………... 32

Tableau 3 : Profil de résistance de la souche d’Escherichia coli………. 32

Tableau 4 : Profil de résistance de la souche de Citobacter freundii………... 32

Tableau 5 : Profil de résistance des souches des souches de Klebsiella oxytoca...……… 32

Tableau 6 : Profil de résistance des souches de Pseudomonas aeruginosa……... 33

Tableau 7 : Profil de résistance des souches de bacilles à identification difficiles …..……….... 33

Tableau 8 : Profil de résistance des souches de Streptocoques alpha hémolytique……… 33

Tableau 9 : Profil de résistance des souches de Streptococcus pneumoniae………….………... 34

Tableau 10 : Profil de résistance des souches de Staphylococcus aureus……….…………. 34

Tableau 11 : Profil de résistance des souches de bactéries anaérobies strictes……… 34

Tableau 12 : Profil de résistance des souches de Klebsiella pneumoniae………..………… 35

LISTE DES TABLEAUX

(11)

10

Figure I : Epanchement pleural de la plèvre………... 18

Figure II : Répartition suivant le sexe ………..……… 30

Figure III : Répartition selon l’âge ……… 30

Figure IV : Répartition suivant la positivité de l’ECBLP...…...……… 31

Figure V : Germes isolés et fréquence ………... 31

LISTE DES FIGURES

(12)

11

Introduction……… 14

Chapitre 1 : Synthèse bibliographique……… 16 I. Pneumopathie bactérienne non tuberculeuse

II. Epanchement bactérien non tuberculeux

Chapitre 2 : Matériel et Méthodes……… 21 2-1- Cadre

2-2- Matériel 2-3- Méthodes

Chapitre 3 : Résultats et commentaire………...……….. 29 3-1- Résultats

3-2- Commentaire

Conclusion et suggestions .……….... 39

SOMMAIRE

(13)

12

Les pneumopathies bactériennes non tuberculeuses constituent un problème de santé publique dans les pays à faible ressource. Cependant, il est nécessaire de connaître la place réelle des bactéries responsables de ces infections afin d’évaluer l’intérêt de leur recherche en routine dans un contexte épidémiologique déterminé. C’est dans ce sens que notre étude à portée analytique a pour but d’évaluer l’apport de l’examen cytobactériologique du liquide pleural dans le diagnostic des infections pulmonaires non tuberculeuses au Centre National Hospitalier et Universitaire de Pneumo-Phtisiologie de Cotonou. Elle s’est déroulé sur une période de 30 jours.

260 patients ayant une bacilloscopie négative ont été inclus dans cette étude : 231 collectés à partir des registres d’ECBLP de Janvier 2014 à Décembre 2015 ET 29 échantillons de liquide pleural de patients ayant une pleurésie. Pour la collecte des résultats issus des registres nous avons considéré les renseignements personnels (âge, sexe, résultat de l’ECBLP). Quant aux 29 échantillons ils ont suivis une méthodologie conduisant à un résultat nous permettant d’atteindre notre objectif.

Sur 260 patients, il y avait une prédominance du sexe masculin (62,69%) sur le sexe féminin (37,3%) avec un sex-ratio de 1,7. De plus 9,61% des échantillons se sont révélés positifs à la culture. Ainsi quelques germes responsables d’infections pulmonaires non tuberculeuses ont été identifiés : Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Klesbsiella pneumoniae, Klesbsiella oxytoca, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Streptocoques alpha hémolytique, Bactéries anaérobies stricts, et Bacilles à identification difficile. Notons que Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae et les bactéries anaérobies strictes sont les plus isolées. Cette étude suggère un examen cytobactériologique avant toute antibiothérapie.

Mots clés : pneumopathie bactérienne-bacilloscopie-infections-tuberculeuses

RESUME

(14)

13

Non tuberculous bacterial pneumopathies constitute a problem of great concern in countries with significant limited resources. However, it’s important not to underestimate the bacteria causing those infections. Thus, it will raise the awareness on how important it is to allocate enough resources into researching those bacteria in a given epidemiological context. That’s why the purpose of the purpose of the importance of a cytobacteriological test of the pleural fluid in the diagnosis of non-tuberculous pulmonary infections at the National Pneumo- phtisiology University Hospital of Cotonou. It was conducted over a period of 30 days. The study was conducted on a population of 260 patients with smear negative: 231 from the cytobacteriological test of the fluid registry from January 2014 to December 2015; and a sample of 29 pleural fluid from patients having pleurisy. For the collection of the results from the registers we considered the personal information (age, sex, result of the ECBLP). As for the 29 samples, they followed a methodology leading to a result enabling us to achieve our objective.

Of 260 patients, there was a predominance of male (62.69%) on the female sex (37.3%) with a sex ratio of 1.7. In addition, 9.61% of the samples were positive for the culture. Thus, a few germs responsible for non-tuberculous pulmonary infections have been identified:

Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Klesbsiella oxytoca, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Hemolytic alpha streptococci, Strict anaerobic bacteria and Bacilli with difficult identification. We note that Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae and strict anaerobic bacteria are the most isolated. This study suggests a cytobacteriological examination before any antibiotic therapy.

Key words: bacterial pneumonia-baciloscopy-infections-tuberculous

ABSTRACT

(15)

14

Les pneumopathies sont des affections pulmonaires parfois dues à des bactéries ou à des virus. Le risque de transmission est lié à la densité de microbes dans l’air inspiré mais aussi à la fréquence, à la durée et à l’intensité des contacts avec un individu contagieux (Woodhead,2002). Dans les communautés, elles constituent un véritable problème de santé chez les sujets atteints.

Parmi les pneumopathies les plus rencontrées, la tuberculose pulmonaire occupe une place importante. Cependant, elle n’est pas la seule pneumopathie bactérienne. Il en existe d’autres types, qui, malheureusement sont passées sous silence. En Europe, la fréquence des pneumopathies non tuberculeuses est estimée à 9 cas pour 1000 adultes par an (Woodhead ,2002). En Afrique, la fréquence est moins bien connue chez l’adulte. Chez les enfants, ces affections représentent 50% des causes de fréquentation des structures sanitaires (Ouedraogo et al, 2010). Elles représentent aussi l’une des principales causes de décès à travers le monde (Gutierrez et al, 2005). En effet, en 2008 l’Organisation Mondial de la Santé estime qu’elles sont responsables de 3,5 millions de décès dont la majorité dans les pays à faibles ressources économiques (Catherinot et al, 2013). Au Bénin, en 2011, les infections pulmonaires non tuberculeuses ont représenté 13,5% des motifs de consultation et la deuxième cause de maladies infectieuses après le paludisme (Ministère de la Santé du Bénin ,2012).

Spontanément, 5 à 10% des pneumopathies bactériennes se compliquent d’un épanchement pleural, généralement de faible abondance, résolutif sous antibiothérapie et pouvant passer inaperçu en l’absence de radiographie pulmonaire (Fournie et al, 1996). Cet épanchement devient purulent dans 20% des cas, ce qui peut augmenter la mortalité jusqu'à 33% (Hardy,1999). Bien que le diagnostic des épanchements pleuraux liquidiens soit relativement facile par l’examen physique et la radiographie thoracique, sa confirmation nécessite une ponction exploratrice, sous une rigoureuse asepsie. Cette ponction permet de disposer d’un liquide trouble ou franchement purulent.

INTRODUCTION

(16)

15

En vue de connaître l’origine de l’affection, ce liquide est ponctionné et l’examen cytobactériologique de ce liquide est recommandé par la plupart des sociétés savantes avant toute antibiothérapie (American Thoracic Society, 2001). De ce fait, la connaissance des germes responsables revêt une importance capitale. L’étiologie bactérienne est retrouvée dans 60 à 80%

des cas (Benhamou et al, 2007). Le traitement devra donc en tenir compte ainsi que de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries en cause.

Eu égard à ce qui précède, notre étude se propose d’évaluer l’intérêt de l’examen cytobactériologique du liquide pleural dans le diagnostic bactériologique des pneumopathies bactériennes non tuberculeuses au Centre National Hospitalier et Universitaire de Pneumophtisiologie (CNHU-PP) de Cotonou.

Il s’est agi spécifiquement de :

 Identifier les germes responsables des infections pulmonaires non tuberculeuse ;

 Formuler des recommandations à partir de l’antibiogramme pour une meilleure prise en charge des infections pulmonaires non tuberculeuses.

(17)

16 CHAPITRE 1 :

SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

(18)

17

1.1.PNEUMOPATHIES BACTERIENNES NON TUBERCULEUSES 1.1.1. Définition

Les pneumopathies bactériennes se définissent comme une atteinte infectieuse du parenchyme pulmonaire, et des voies aériennes sous-glottiques (Chouaid, 1999).

1.1.2. Causes

Les causes des pneumopathies bactériennes sont des agents microbiens qui peuvent être très nombreux. Parmi les différentes bactéries, il y a le pneumocoque qui peut engendrer une pneumonie. D’autres bactéries telles que : Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freundii (Doflien, 201 3) sont impliquées. Il peut s'agir de virus très fréquents, comme le virus de la grippe. De nombreux autres virus peuvent provoquer une infection pulmonaire, comme le virus de l'herpès... Des champignons peuvent être également à la cause d'une infection pulmonaire, comme les aspergilloses. Pour identifier la basse d'une infection pulmonaire, le mieux est de pouvoir prélever et identifier en laboratoire l'agent microbien responsable. Mais assez souvent, grâce aux signes cliniques, et à des examens complémentaires, un diagnostic peut être posé par le médecin.

1.1.3. Conséquences

En dehors d’un traitement bien conduit ou parfois même sous traitement, des complications sont possibles. Rares aujourd’hui, elles étaient responsables d’un taux élevé de décès de l’ordre de 20 à 50 % au début du siècle (Boubacar et al,1994). Elles surviennent plus particulièrement sur un terrain débilité. Lorsqu’elles ne sont pas diagnostiquées et traitées à temps, elles entraînent une excavation, un épanchement pleural ou des atélectasies. La présente étude n’évoquera que l’épanchement pleural d’origine bactérienne et non tuberculeuse.

(19)

18

1.2.EPANCHEMENT PLEURAL BACTERIEN NON TUBERCULEUX 1.2.1. Définition

La pleurésie est définie par la présence d'une quantité anormale de liquide dans l'espace pleural. Les causes cardiovasculaires, néoplasiques et infectieuses représentent une large proportion des causes de pleurésies. Une large variété de pathologies à la fois pulmonaires et extra pulmonaires peuvent cependant être en cause (Thomsen et al, 2006).

Les étiologies des pleurésies sont nombreuses et variées regroupant à la fois des pathologies respiratoires et extra respiratoires. Le diagnostic, orienté par le contexte infectieux est apporté par la bactériologie. L’élévation des antigènes solubles pneumococciques permet de déterminer la responsabilité du germe en cas d’infection décapitée par une antibiothérapie préalable.

Figure 1 : Epanchement pleural de la plèvre (Thomsen et al,2006)

(20)

19

1.1.2. Diagnostic 1.1.2.1.Clinique

Les signes généraux dépendent de l’étiologie. On observe chez le patient avec un état général altéré, une fièvre, une douleur thoracique, une toux sèche, quinteuse. Une douleur à type de point de côté est le signe le plus fréquent, survenant à l’inspiration profonde ou à la toux.

1.1.2.2. Paraclinique a) Imagerie

 La radiographie de thorax : on distingue l’épanchement de la grande cavité, l’épanchement minime et l’épanchement localisé.

 Le scanner thoracique : Il délimite parfaitement les diverses poches pleurales et précise l’existence éventuelle d’une pathologie oesophagienne, bronchique. Permet d’éliminer un abcès pulmonaire et de repérer la topographie exacte de l’épanchement (libre ou enkysté).

b) Biologie

 Examen cytologique et bactériologique du liquide pleural

Il constitue la première étape de l’enquête étiologique. Il permet de poser le diagnostic dans 75 à 80% des cas .

- Cytologie

Elle constitue un élément d’orientation intéressant avec la notion d’une lymphocytose élevée en faveur de la tuberculose ou du cancer mais ceci n’est pas spécifique.

- Bactériologie

Pour la recherche de bacilles tuberculeux, pneumocoque, streptocoque,staphylocoque, entérobactéries, bacilles pyocianiques

- Biochimie

Permet par la réaction de Rivalta, la distinction entre transsudats et exsudats, le taux de protides, le taux d’albumine,le rapport glycopleurie / glycémie,le taux de LDH.

(21)

20

c) Bilan infectieux et de la recherche étiologique

 Hyperleucocytose à polynucléose, V.S accélérée.

 L’examen bactériologie de l’expectoration, IDR à la tuberculine

 Protéine C-Réactive

d) Autres examens

 La bronchoscopie : A la recherche d’une fistule aérodigestive.

 La sérologie HIV

1.1.3. TRAITEMENT

Le but du traitement est d’évacuer l'épanchement, le stériliser, assurer une bonne ré expansion pulmonaire et éviter les séquelles cicatricielles de la plèvre. Pour cela, le choix de l’antibiothérapie doit bien sûr tenir compte, en premier lieu des germes identifiés comme responsables de la pneumopathie à l’origine de l’épanchement. Ensuite comme méthode curative, nous avons la kinésithérapie , l’évacuation du liquide par ponction, l’irrigation pleurale, l’utilisation de fybrinolitiques intra pleuraux et le traitement chirurgical (Thomsen et al, 2006)

(22)

21 CHAPITRE 2 :

MATERIEL ET METHODES

(23)

22

2.1.Cadre d’étude

2.1.1. Cadre institutionnel

Le Département de Génie de Biologie Humaine est l’un des premiers départements de l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi (EPAC). Il forme des techniciens de laboratoire en Analyses Biomédicales. Ce Département est animé à ce jour par dix enseignants-chercheurs.

2.1.2. Cadre technique

L’étude s’est déroulée du 20 Juin au 20 Septembre 2016 au CNHU-PP de Cotonou, plus précisément au Laboratoire de Référence en Mycobactéries (LRM). Le CNHU-PP est le centre national de référence des pathologies respiratoires et de la tuberculose. Le laboratoire de référence des mycobactéries mène plusieurs activités :

 L’examen direct à la recherche des BAAR,

 La culture et l’identification des mycobactéries

 La réalisation des tests de sensibilité aux antituberculeux

 Les examens sérologiques, biochimiques et hématologiques

 Les examens de la bactériologie générale

 Le dosage des lymphocytes TCD4 et de la charge virale VIH,

 La PCR pour le diagnostic de l’ulcère de Buruli et de la tuberculose multi-résistante,

 Le diagnostic moléculaire de la tuberculose et la détection moléculaire de la résistance de M. tuberculosis à la rifampicine et à l’isoniazide

 Le contrôle de qualité et la supervision des laboratoires périphériques sur toute l’étendue du territoire national,

 La formation et l’encadrement des biotechnologistes stagiaires et des étudiants en pharmacie et en médecine.

(24)

23

2.2 MATERIEL

2.2.1. Matériel biologique

Le matériel biologique utilisé était constitué de prélèvement de liquides pleuraux recueillis dans des flacons stériles.

2.2.2. Milieux de culture

Pour la culture et l’identification des bactéries, les milieux de culture usuels suivant ont été utilisés :

La gélose au sang frais de mouton pour la culture des cocci Gram positif (Staphylocoques, Streptocoques et la mise en évidence de leur caractère hémolytiques), la gélose chocolat pour l’isolement des bactéries exigeantes et les entérobactéries, et la gélose Mueller- Hinton (MH) pour l’isolement, l’antibiogramme et le repiquage.

2.2.3. Réactifs

Les réactifs utilisés étaient les colorants pour la coloration de Gram et la coloration au MGG, l’eau oxygénée pour la mise en évidence de la catalase, le Plasma lyophilisé de lapin pour la recherche de la staphylocoagulase libre chez Staphylococcus aureus, les disques pour la recherche d’oxydase chez les GRAM -, la galerie Api 20E pour l’identification des entérobactéries et les disques d’antibiotiques (tableau I) pour la réalisation de l’antibiogramme.

(25)

24

Tableau I.a : Liste des antibiotiques utilisés pour les bacilles à GRAM négatif

Antibiotiques utilisés Familles Symboles et charges

Amoxicilline+Acide clavulanique

Bêta-lactamines

AMC30

Cetriaxone ou Céfotaxime CTX30 ou CRO30

Imipénème IMP10

Céfuroxime CXM30

Céfépime FEP30

Céfoxitine FOX30

Pipéracilline /tazobactam PPT85

Ciprofloxacine

Quinolones

CIP5

Norfloxacine NXN10

Chloramphenicol Phénicolés CHL30

Fosfomycine Fosfomycine FF30

Nitrofuranes Nitrofuranes FTN500

Gentamycine

GMI5

Nétilmicine NET30

Cotrimoxazole Sulfamides SXT1,25/23,75

Aminosides

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25

Tableau I.b : Liste des antibiotiques utilisés pour les cocci à GRAM positif

2.2.4. Equipements et consommables

Des équipements comme des réfrigérateurs, des microscopes, des autoclaves, des burettes graduées, des balances de précision, des étuves à 37°C et des portoirs ont servi à réaliser l’étude.

Des consommables tels les lames et lamelles, les boîtes de Pétri, les ensemenceurs stériles à usage unique ont également été utilisés.

Antibiotiques utilisés Familles Symboles et charges

Chloramphénicol Phénicolés CHL30

Erythromicine Macrolides E15

Amoxicilline+Acide clavulanique Ampicilline

Pénicilline G

Bêta-lactamines

AMC25

PEN5

AM10

Nitrofuranes Nitrofuranes FTN500

Gentamycine Aminosides GMI15

Lyncomicine Lincosamides L25

Norfloxacine Quinolones NOR10

Vancomycine Glycopeptides VAN30

Pristinamycine Tétracycline

Synergistines Tétracyclines

PT15

TET30

(27)

26

2.2.5. METHODES

Il s’est agi d’une étude rétrospective allant de janvier 2014 à décembre 2015 portant sur 231 patients ayant été soumis à l’Examen Cytobactériologique du Liquide Pleural ainsi qu’une étude prospective allant du 15 Aout au 15 Septembre 2016 portant sur 29 échantillons, à portée analytique, qui a permis d’étudier les germes responsables des infections pulmonaires non tuberculeuses afin d’adapter une antibiothérapie adéquate.

2.2.6. Collecte des données relative à l’étude rétrospective

L’étude rétrospective a été faite de Janvier 2014 à Décembre 2015. Les informations ont été collectées à partir des registres. Les paramètres étudiés sont d’ordre biologique (examen cytobactériologique) et thérapeutique (la sensibilité aux antibiotiques).

2.2.6.1.Critères d’inclusion

Ont été inclus dans l’étude, les patients répondant aux critères suivants : toux chronique, fatigue, douleur thoracique, bacilloscopie négative, imagerie montrant un épanchement pleural.

2.2.6.2.Critères d’exclusion

Ont été exclus de la présente étude, les patients à bacilloscopie positive et ceux précédemment traités dans d'autres structures médicales pour infections pulmonaires, à bacilloscopie négative et référés au CNHU-PP pour absence d'amélioration des traitements en cours.

2.2.7. ETUDE PROSPECTIVE 2.2.7.1. Echantillonnage

Les critères d’inclusion et d’exclusion précédemment retenus dans l’étude rétrospective ont été utilisés pour la partie prospective de notre étude concernant l’échantillonnage. En effet, dès les premiers signes cliniques, radiologique ou de suspicion d’infection pulmonaire entrainant un épanchement pleural le clinicien ponctionne le liquide et demande l’examen cytobactériologique. Chaque prélèvement a été accompagné d’une fiche de renseignement comportant le diagnostic, le nom, les prénoms, le sexe et l'âge du patient avant d’être acheminé au laboratoire.

(28)

27

Technique de ponction du liquide pleural (Développement et Santé, 2002)

Le point de ponction est guidé par les données cliniques et radiologiques et dépend de la nature présumée de l’épanchement.

 Faire une anesthésie locale du bord supérieur de la côte inférieure.

 Ponctionner à la seringue ou à l’aide d’une tubulure, en évitant une évacuation trop rapide ou trop abondante (1500 ml au maximum car risque d’œdème pulmonaire lésionnel).

 Recueillir le liquide sur trois tubes : pour analyse biochimique, cytologique et bactériologique.

2.2.7.2. Examen cytobactériologique du liquide pleural

 Examen macroscopique du liquide

L’examen permet d’apprécier l’aspect d’un liquide biologique. Ainsi pour les liquides pleuraux, les épanchements jaune citrin, hématique, purulent, légèrement trouble, trouble ont été différenciés.

 Examen microscopique

C’est l’ensemble des observations faites à l’état frais et à l’état coloré.

A l’état frais une chambre de l’hématimètre de MALLASEZ a été rempli pour la numération des leucocytes et des hématies.

Concernant l’état coloré, deux frottis sur lame ont été réalisés, l’un a été coloré au Gram et l’autre au May-Grunwald Giemsa (MGG). Les lames ont ensuite été séchés à l’air libre et examinées au microscope à l’objectif 100X avec une moyenne sur 10 champs microscopiques.

Ceci a permis d’apprécier :

- Pour le GRAM, le type de GRAM (GRAM+ ou GRAM-) et le type de bactérie (Cocci ou Bacilles).

- Pour la coloration au MGG :

o le nombre de leucocytes (polynucléaires neutrophiles et éosinophiles) ; o le nombre de cellules épithéliales.

(29)

28

2.2.7.3. Culture

Elle a tenu compte des résultats issus de l’état coloré. La gélose chocolat a été ensemencée pour les bacilles et la gélose au sang frais de mouton pour les Cocci.

2.3.4. Isolement et identification

L’isolement a été réalisé par repiquage de colonie isolée en vue d’obtenir une culture pure.

Les colonies de la culture pure ont été utilisés pour l’identification.

La galerie Api 20 E a été réalisée pour les bacilles Gram négatif. Les Cocci Gram positifs ont été identifiées par une série de tests biochimiques (la catalase, la staphylocoagulase libre).

Quant aux streptocoques, ils ont été identifiés par leur caractère hémolytique. L’identification des bactéries a été faite selon les techniques biochimiques classiques utilisées (Méité et al, 2007).

2.3.5. Etude de la sensibilité des bactéries isolées aux antibiotiques

L’antibiogramme a été réalisé par la préparation de la suspension bactérienne (inoculum).

L’ensemencement a été réalisé sur la gélose Mueller Hinton par la méthode d’inondation. Des disques de papier buvard imprégnés des différents antibiotiques à tester ont été déposés à la surface de la gélose. La gélose est ensuite incubée à 37°C pendant 24 heures dans l’étuve.

La détermination de la concentration a été faite à l’aide d’une règle graduée qui permet de mesurer le diamètre de la zone d’inhibition. Les mesures obtenues sont comparées à celles figurant sur la fiche fournie par le fabricant afin de noter le profil de résistance des différentes souches suivant la marge de sensibilité prévue par le fabricant.

(30)

29

3.1.RESULTATS

3.1.1. Présentation de la population d’étude

CHAPITRE 3 :

RESULTATS ET COMMENTAIRE

(31)

30

3.1 RESULTATS

3.1.1. Présentation de la population d’étude

Au total, 260 patients ont été inclus dans cette étude dont 62,69% d’hommes et 37,3% de femmes. Dans la population d’étude, les hommes sont plus atteints que les femmes.

Le sex-ratio est de 1,7. (Figure 1)

Figure 1 : Répartition de la population d’étude suivant le sexe.

La tranche d’âge de [20 ; 40 est la plus atteinte par la pleurésie.(figure2)

Figure 2 : Répartition des patients selon les tranches d’âge 62,69%

37,3%

0 10 20 30 40 50 60 70

Pourcentage

Sexe Hommes Femmes

4,08%

44,68%

33,87% 33,46%

1,63%

0,00%

5,00%

10,00%

15,00%

20,00%

25,00%

30,00%

35,00%

40,00%

45,00%

50,00%

Pourcentage

Tranches d'age

[0;20[ [20;40[ [40;60[ [60;80[ [80;100[

(32)

31

3.1.2. Présentation des résultats cytologiques

9,61% des échantillons se sont révélés positifs à la culture. (Figure 3)

Figure 3 : Prévalence des pneumopathies bactériennes non tuberculeuses

Plusieurs germes ont été isolés. Il s’agit de Klebsiella pneumoniae qui vient en tête suivi de Streptococcus pneumoniae et des bactéries anaérobies stricts. (Figure 4)

Figure 4: Fréquence des germes isolés

9,61%

90,39%

Positif Négatif

3,8%

7,6%

15,38%

7,6

11,53 11,53

3,8 3,8

0 5 10 15 20

Nombre de germes isolés

Germes isolés

K.oxytoca B.id difficile K.pneumoniae P.aeruginosa S.pneumoniae B.anaérobie strict E.cloa E.coli

(33)

32

3.1.3. Profil de résistance des germes isolés

Tableau II: Profil de résistance de la souche Enterobacter cloacae

Profil Phénotypes Nombre

Profil

AMX^R AMC ^RCFM^R FEP^R CTX^RFOX^RCRO^R CXM^R CHL^R CIP^R E^R GMI^R L^R NET^R SPI^R FTN^R NOR^R OFX^R

OX^R P^R PT^R TH^RFF^S IMP^S

1

La souche d’Enterobacter cloacae est multi résistante

Tableau III: Profil de résistance des souches de Escherichia coli

Profil

AMX^RAMC ^R AM^R CFM^R FEP^RCTX^RNAL^RFOX^RCRO^R CXM^R CHL^R CIP^R E^R GMI^R L^R NET^R SPI^R FTN^RNOR^R OFX^R OX^R

FF^SIMP^SNET^R NOR^ROFX^R OX^R PT^R TH^RTIC^R SXT^R

1

La souche d’Escherichia coli est multi résistante

Tableau IV : Profil de résistance de la souche de Citrobacter freundii

Profil

AMX^R AMC ^R AM^R CAZ^S CTX^SCRO^S CXM^RCHL^R CIP^R E^R GMI^R CXM^S CHL^S CIP^S E^R GMI^R IMP^S L^R NET^RFTN^R NOR^R P^R

OX^R FF^S TZP^SPT^RTIC^R SXT^R

1

La souche de Citrobacter freundii est multi résistante Tableau V : Profil de résistance de Klebsiella oxytoca

Profil AMX^SAMC^R CFM^S FEP^S FOX^RCXM^RCIP^SCHL^SGMI^S IMP^SL^R FTN^S NOR^SNET^S OX^R OFX^RP^R PT^RTIC^RSXT^R

1 La souche de Klebsiella oxytoca est multi résistante

(34)

33

Tableau VI : Profil de résistance des souches de Pseudomonas aeruginosa

Profil 1

AMX^RAMC^R AMK^R CFM^R FEP^S CTX^RCAZ^SCOL^SCRO^R

CIP^S FF^R IMP^SNET^S OFX^S TIC^R TM^S 1

Profil 2

AMX^R AMC ^R AM^R ATM^S CFM^R FEP^S CTX^RCAZ^RCRO^R CXM^R CHL^RCIP^SCOL^S E^R GMI^R FF^R GMI^S IMP^S L^R NET^S

OFX^STIC^R TM^S

1

Les souches de Pseudomonas aeruginosa sont multi résistantes

Tableau VII : Profil de résistance des souches de bacilles à identification difficile

Profil 1

AMX^SAMC^SAM^SFEP^S CTX^SCRO^SCHL^SGMI^SIMP^SSXT^R

VAN^S TH^R 1

Profil 2

AMX^S AMC^S CFM^R FEP^S CTX^SFOX^SCRO^S CXM^S CHL^S

CIP^RGMI^S FF^R GMI^S IMP^S NET^S OFX^SNOR^S TH^S 1

Les souches de bacilles à identification difficile sont presque toutes multi résistantes.

Tableau VIII : Profil de résistance des souches de Streptocoques alpha hémolytique

Profil 1 NAL^R AMX^S AMC^S AM^S ATM^R FEP^S CTX^S CIP^R CRO^S CHL^S E^S DOX^S L^S NOR^R FTN^S P^S TET^S OFX^S PT^S TH^SOX^S

1 Profil 2 NAL^R AMX^S AMC^S ATM^R CFM^R CTX^S FOX^SCIP^S CRO^S CHL^S

E^S DOX^S L^S NOR^S FTN^S P^S TET^S OFX^S PT^S TH^S

1

Les souches de bacilles à Streptocoques alpha hémolytique sont presque toutes multi résistantes.

(35)

34

Tableau IX : Profil de résistance des souches de Streptococcus pneumoniae

Profil 1 AMX^S CRO ^S CHL^S E^S FF^SL^S NOR^S P^R TH^R TET^R SXT^SVAN^S 1 Profil 2 AMX^SAM^S CHL^S CIP^RE^SFTN^SCRO^SOX^S PT^SSPI^S

TET^SSXT^S TH^S

1

Profil 3 NAL^R AMX^SATM^R CFM^S CTX^SFOX^SCRO^SCXM^S CHL^SCIP^R E^R DOX^RL^R FTN^S NOR^R OFX^RTET^S SPI^RVAN^R PT^I

1

Profil 4 NAL^R AMX^SAMC^S ATM^R CFM^RCTX^SFOX^SCRO^SCXM^S CHL^S CIP^RE^SFTN^SNOR^R P^R TET^R OFX^RPT^S TH^S

1

Les souches de Steptococcus pneumoniae sont presque toutes multi résistantes Tableau X: Profil de résistance des souches de Staphylococcus aureus

Profil 1 AMX^R AMC^S AM^R ATM^R CXM^S CHL^S FOX^S DOX^R E^S FF^S GMI^S L^S NET^S FTN^S OFX^S OX^S SPI^S PT^S TH^STIC^R SXT^S VAN^S

1

Profil 2 NAL^RFAD^S AMX^R AMC^R ATM^R CTX^R FOX^R CRO^R CXM^R CHL^R CIP^S E^SFF^S

GMI^SL^S NET^S OFX^S OX^R P^R PT^RTET^RTIC^RSXT^S VAN^S

1

Profil 3 NAL^RFAD^S AMX^R AMC^R ATM^R CTX^R

FOX^R CRO^R CXM^R CHL^R CIP^S E^SFF^S GMI^SL^S NET^S OFX^S OX^R P^R PT^RTET^RTIC^RSXT^S VAN^S

1

Les souches de Staphylococcus aureus sont multi résistantes

Tableau XI : Profil de résistance des souches bactéries anaérobies strictes

Profil 1 AMX^SAMC^S CTX^S CHL^R CLIN^R IMP^S LIN^S MET^R PT^S TIC/AC CLAV^S

1 Profil 2 AMX^SAMC^S CTX^R CLIN^S IMP^S MET^R TIC/AC CLAV^S 1 Les souches de bactéries anaérobies strictes sont presque toutes résistantes.

(36)

35

Tableau XII : Profil de résistance des souches de Klebsiella pneumoniae

Profil Phénotype Nombre

Profil 1 AMX^RAMC^R CFM^RFEP^RCTX^RFOX^RCRO^RCXM^R CHL^R CIP^SE^R FF^R GMI^R IMP^R FTN^R NOR^SOX^R P^R SXT^R

1 Profil 2 AMX^RAMC^RAM^RCFM^R FEP^RCTX^RFOX^RCRO^RFF^SGMI^R

IMP^SNET^RFTN^RNOR^ROX^RP^RSXT^R

1

Profil 3 AMX^R AMC^R CFM^R FEP^R CTX^R FOX^R CRO^R CXM^R CIP^R E^R FF^S GMI^R IMP^S L^R NET^R FTN^R

NOR^RFOX^IOFX^R OX^R P^R TH^R SXT^R

1

Profil 4 AMX^R AMC^S AM^R CFM^S FEP^S CTX^SFOX^S CRO^S CXM^S CHL^S CIP^S E^R FF^S GMI^S IMP^S L^R NET^S FTN^R NOR^S OFX^S

OX^R P^R TZP^S TH^RPT^R TH^S TIC^R SXT^S

1

Les souches de Klebsiella pneumoniae sont presque toutes multi résistantes

(37)

36

3.2.COMMENTAIRE

La présente étude visait à évaluer l’intérêt de l’examen cytobactériologique du liquide pleural dans le diagnostic des affections pulmonaires non tuberculeuses.

A l’issue de l’analyse des résultats obtenus, il y a une prédominance du sexe masculin sur le sexe féminin avec un sex-ratio de 1,7. Ce résultat est le même que celui retrouvé par KOROGONE en 2009. Les explications données à cette observation reposent sur les risques d’alcoolisme et de tabagisme actif beaucoup plus retrouvés chez l’homme que chez la femme.

En effet, l’alcoolisme (Mandell et al, 2000) et le tabagisme actif (Ouedraogo, 2010) sont cités comme étant des facteurs de risque d’infection pulmonaire. Il est également évoqué, la difficulté d’accès des femmes aux services de santé dans les pays en voie de développement (Korogone,2009).

Par ailleurs, la tranche d’âge la plus touchée est de 20 à 40 ans avec une fréquence de 44,68%

Ce résultat est similaire à celui trouvée par Doflien en 2013 ainsi que celui de Korogone en 2009. Les infections pulmonaires touchent donc plus l’adulte jeune dans notre environnement.

Le caractère majoritairement jeune de la population de notre pays pourrait expliquer cette observation. En effet, l’espérance de vie au Bénin est estimée de 56 ans à 59 ans respectivement pour l’homme et la femme par l’OMS en 2009.

Les bactéries pathogènes ont été isolées chez 25 patients, soit 9,3%. Ce faible pourcentage pourrait s’expliquer par le fait que l’étude a été faite dans un centre de référence de pneumophtisiologie où dans près de la moitié des cas les patients consultent après échec d’une automédication ou après échec de traitement dans une autre structure sanitaire. Ce résultat est inférieur à celui de 33% estimé par certains auteurs (Cohen et al, 2004).

Cette différence pourrait être imputée à la notion de prise d’antibiotiques avant admission en consultation dans notre population d’étude. En effet, comme l’a montré certaines études, l’examen cytobactériologique de tout prélèvement pulmonaire diminue considérablement en cas de prise préalable d’antibiotiques (Luna, 2000).

Différents germes responsables d’infections pulmonaires ont été isolées. A propos des Cocci Gram+, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae et des streptocoques alpha hémolytiques ont été isolées. Staphylococcus aureus est le plus souvent un commensal de la

(38)

37

peau mais elles peuvent être responsables d’infections, tandis que Streptococcus pneumoniae encore appelé pneumocoque est un agent pathogène impliquée dans les pneumonies. Par rapport aux bacilles Gram-, des souches de Pseudomonas aeruginosa ont été isolées. Dans ce groupe de bactéries, nous avons aussi isolé les entérobactéries tels que : Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, et Citobacter freundii. Nous avons aussi isolé des bactéries anaérobies stricts retrouvées en général dans les infections pulmonaires mais aussi des bacilles à identification difficiles. Notons aussi que Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae et les bactéries anaérobies stricts ont été les germes les plus isolés dans notre étude. Ceci a été pareil d’après les études de la SPILF en France en 2009.

Concernant la sensibilité aux antibiotiques, toutes les bactéries isolées sont multi résistantes.

Dans la famille des Cocci GRAM + l’association amoxicilline+acide clavulanique est active sur Streptococcus pneumoniae. Par contre la fosfomycine et la gentamycine sont les plus actifs sur toutes les souches de Staphylococcus aureus isolées.

Dans la famille des bacilles GRAM -, les carbapénèmes notamment l’imipenème sont très actifs sur les souches de Pseudomonas aeruginosa.

La ciprofloxacine présente un spectre d’action très large sur les entérobactéries. Ces résultats d’antibiogramme sont en désaccord avec ceux de Doflien où l’association amoxicilline+acide clavulanique pourrait être active sur toutes les bactéries isolées. Ceci pourrait s’expliquer par l’apparition de souches multi résistantes ou encore la mauvaise qualité des disques d’antibiotiques relevé au Bénin (Dougnon et al ,2016). Cependant, les contrôles de qualité régulièrement effectués nous éloignent de cette dernière hypothèse.

(39)

38 CONCLUSION ET SUGGESTION

(40)

39

Conclusion

Au terme de cette étude visant à évaluer l’intérêt de l’Examen Cytobactériologique du Liquide Pleural (ECBLP) du liquide pleural dans le diagnostic des affections pulmonaires tuberculeuses, tirer les conclusions suivantes :

- L’ECB du liquide pleural avec un rendement de 9,3% a permis d’isoler Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, Streptococcus pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa et Citrobacter freundii, Escherichia coli, Klebsiella oxytoca, streptocoques alpha hémolytiques et bactéries anaérobies stricts.

- L’association amoxicilline + acide clavulanique (Augmentin) est actif sur Streptococcus pneumoniae et les bacilles à identification difficile. Les Gram négatif comme Pseudomonas aeruginosa et les entérobactéries ont été sensibles à la ciprofloxacine

- Dans le traitement des infections pulmonaires non tuberculeuses, on ne pourra réaliser une antibiothérapie probabiliste avant un diagnostic biologique de l’agent infectieux.

(41)

40

Suggestions

A l’endroit des décideurs du ministère en charge de la Santé :

 Mettre en place un système de surveillance continue de la flore bactérienne responsable des infections pulmonaires non tuberculeuses

A l’endroit des prescripteurs :

 S’assurer du diagnostic des infections pulmonaires non tuberculeuses avant tout antibiothérapie.

A l’endroit des patients :

 Se faire consulter dans les meilleurs délais par un professionnel de santé qualifié devant une toux et éviter toute automédication surtout aux antibiotiques.

(42)

41

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