F. Les β-lactamases de la classe C
2.3. Résistance aux quinolones
2.3.Résistance aux quinolones
Les quinolones sont des antibiotiques de synthèse dont les cibles d’action sont les topoisomérases II (ADN gyrase) et topoisomérases IV [90, 91]. Ces molécules sont généralement classées en générations en fonction de leur spectre d’activité et leur date de mise sur le marché [92]. Leur large utilisation en médecine humaine et vétérinaire a conduit à l’émergence et à l’augmentation de la prévalence de la résistance acquise chez toutes les espèces bactériennes à travers le monde [93]. La résistance chromosomique aux quinolones chez les entérobactéries résulte essentiellement d’accumulation de mutations dans l’ADN gyrase (Gyr A) puis dans la topoisomérase IV [94]. Les mutations apparaissent quasi-exclusivement dans de courtes régions conservées, situées entre les acides aminés 67 et 106, appelées QRDR [30] [95-97]. De plus, la résistance chromosomique aux quinolones peut être associée à la diminution de la perméabilité membranaire et/ou à la surexpression des systèmes d’efflux [98-101].
Récemment, trois mécanismes de résistance plasmidique aux quinolones ont été décrits. Le premier déterminant PMQR (Plasmid Mediated Quinolones Resistance), correspondant à la protéine QnrA1, a été identifié en 1998 [102]. Le gène codant a été identifié sur un large plasmide conjugatif isolé à partir d’une souche de K. pneumoniae résistante à la ciprofloxacine [102]. QnrA1 est une protéine de 218 acides aminés appartenant à la famille des protéines à motifs pentapeptidiques répétés. Elle entre en compétition avec les quinolones pour l’accessibilité de l’ADN gyrase [103] et peut être aussi la topoisomérase IV [104]. Quatre autres déterminants Qnr-like (qnrB, qnrS, qnrC et qnrD) ainsi que différents variants des protéines QnrA (n=7), QnrB (n=42) et QnrS (n=5) ont été identifiés chez les entérobactéries [105-108]. Ces gènes sont généralement trouvés en tant que gènes cassettes dans des intégrons de classe 1 sur des plasmides qui souvent hébergent d’autres gènes de résistance aux β-lactamines, aminosides, chloramphénicol, tétracyclines, sulfamides, triméthoprime et rifampicine [109]. L’ensemble des déterminants Qnr a été identifié dans le monde dans différentes espèces d’entérobactéries, essentiellement K. pneumoniae, Enterobacter spp., E. coli et Salmonella enterica, aussi bien en milieu hospitalier que communautaire [110].
Le deuxième déterminant PMQR identifié est le aac(6’)-Ib-cr. Ce déterminant a été découvert pour la première fois en 2006 chez une souche d’E.coli qnrA-positive en Chine [111]. Il se distingue de son progéniteur, le aac(6’)-Ib, par le remplacement de deux acides
29 aminés, Trp102Arg et Asp179Tyr et confère une résistance de bas niveau à la ciprofloxacine et à la norfloxacine [111]. En général, aac(6’)-Ib-cr est identifié comme gène cassette au sein d’intégron de classe 1 [112]. Il est souvent associé à d’autres gènes de résistance aux quinolones tels les différents variant qnr, les BLSEs (CTX-M-1, CTX-M-14, CTX-M-15, CTX-M-24), les céphalosporinases plasmidiques (DHA-1) et les carbapénémases (KPC-2) [113]. Il a été essentiellement identifié chez des souches cliniques d’E.coli et de K. pneumoniae [109].
Enfin, le troisième déterminant PMQR est le gène qepA qui code pour une pompe d’efflux actif (QepA1 et QepA2) responsable d’une diminution de la sensibilité aux fluoroquinolones hydrophiles (norfloxacine, ciprofloxacine) [114, 115]. Il a été décrit chez des souches d’E.coli en France, au Japon et en Belgique [114], souvent associé aux déterminants rmtB, qnrS et aac(6’)-Ib-cr [116]. Il n’a pas encore été rapporté en Algérie.
En Algérie, les gènes codants pour la résistance aux quinolones sont présentés sur le tableau 5.
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Chapitre 2 : Proteus, Morganella et Providencia
1.Introduction
Les bactéries des genres Proteus, Morganella, et Providencia (PMP) appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae. En raison de la forte similitude entre ces trois genres, ces trois genres ont été placés dans la tribu Proteeae, cependant, la désignation de la tribu n'est plus utilisée [117]. La taxonomie de PMP est une histoire fascinante qui est empêtrée dans toute l'histoire dès le début de l'évolution de la science de la microbiologie. Les espèces appartenant à ces genres ne sont pas considérées comme pathogènes direct, contrairement à certains autres membres de la famille des Enterobacteriaceae, et sont souvent isolés dans les laboratoires cliniques. Comme avec d'autres agents pathogènes opportunistes, ils peuvent provoquer la morbidité et la mortalité. Bien que tous ces organismes soient omniprésents dans l'environnement, des rapports épidémiologiques indiquent qu'ils sont capables de causer de graves problèmes de maladies infectieuses, et qu'ils sont souvent en cause dans des infections urinaires [4]. La plupart des infections sont associées à une hospitalisation prolongée et dans le cas de Proteus et Morganella., à la colonisation des cathéters et aux infections des voies urinaires (IVU) associés [5].
Les trois genres de PMP comprennent actuellement un total de huit espèces. Les bactéries de ce groupe peuvent être différenciées par les tests biochimiques énumérés dans le tableau 6. Ils ont une caractéristique biochimique qui les distingue de tous les autres membres de la famille des Enterobacteriaceae, à l'exception des genres rare Tatumella et Rahnella, la capacité de désamination oxydative de certains acides aminés à l'acide cétonique correspondant et de l'ammoniac. Les tests de phénylalanine ou tryptophane désaminase sont les plus couramment réalisés et une méthode rapide pour cette réaction a été mise au point depuis 1985 par Giammanco et al. [118]. Les membres de la tribu sont facilement reconnues par les pigments rouge-brun du type mélanine qu'ils forment lorsqu'ils sont cultivés dans des conditions aérobies sur un milieu contenant du fer et un acide aminé aromatique, tel que le phénylalanine, le tryptophane, la tyrosine ou l'histidine [119, 120].
En outre, la plupart des souches du groupe PMP partagent les caractéristiques communes suivantes: la mobilité avec des flagelles péritriches, la résistance aux KCN
31 (cyanure de potassium) (sauf Providencia heimbachae.), La capacité de dégradation de la tyrosine (sauf Proteus myxofaciens) [121] et une incapacité à acidifier le lactose, le dulcitol, et du malonate ou bien à former l’arginine dihydrolase, β-galactosidase ou la lysine decarboxylase (à l'exception de certaines souches de M. morganii). Tous sont rouge de méthyle positif et, sauf pour certaines souches de Proteus spp., sont Voges Proskauer-négatif.
Figure 6. Les micrographies électroniques des espèces appartenant aux genres Proteus,
Morganella and Providencia. (A, B) Proteus mirabilis cellule nageur; (C) P. vulgaris; (D) P. penneri; (E) M. morganii; (F) Providencia stuartii and (G) P. rettgeri. La barre représente 200 nm [5].
A B C
D E F
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Tableau 6. Différenciation des trios genres de PMP [117].
Test Proteus Providencia Morganella
Utilisqtion de citrate V + - Fermentation de D-Mannose - + + Production de H2S + - V Ornithine decarboxylase V - (+) Hydrolysis d’urée + V + Fermentation d’inositol - V - Liquéfactions de gélatine (22°C) + - -
Lipase (huile de maïs) + - -
Essaimage + - -
+ : 90–100% positive; (+) : 75–89.9% positive; V : 25.1–74.9% positive; - : 10.1–25% positive.