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Le régime de la sélection génomique : vers une industrialisation segmentée ?

Depuis 2006, des changements politiques et technologiques profonds ont bouleversé les activités de sélection animale et ont conduit à l’émergence d’un nouveau régime de sélection (Labatut, 2013 ; Labatut et al., 2013 ; Allaire et al., 2016). En 2006, la Loi sur l’élevage de 1966 est révisée dans le cadre de la LOA (Loi d’orientation agri-cole), qui réorganise l’infrastructure de la sélection génétique et le rôle des acteurs. Plusieurs années auparavant, le système de monopole territorial des coopératives de sélection avait été dénoncé par le Conseil de la concurrence français qui avait condamné la filière génétique à une amende pour entrave à la libre concurrence suite à des plaintes de vétérinaires et d’opérateurs privés8 étrangers voulant s’im-planter sur le marché français. Les acteurs de la sélection et l’État se sont alors mobilisés pour réorganiser le secteur au travers de la LOA de 2006, qui supprime le monopole de zone des coopératives de mise en place, encourageant ainsi une libéralisation des marchés de la génétique, mais préservant l’accès au progrès géné-tique à tous au travers de la mise en place d’un Service universel d’insémination

8. Décision n° 04-D-49 du 28 octobre 2004 relative à des pratiques anticoncurrentielles dans le secteur de l’insémination artificielle bovine.

artificielle (SUIA). Chaque éleveur est maintenant libre de choisir son entreprise de mise en place de la semence ou son opérateur de vente de doses de semence. Le SUIA intervient sous la forme d’appels d’offres pour assurer la couverture des zones à faible densité d’élevage et l’utilisation de semences de races à plus petits effectifs.

L’État diminue ses financements à la génétique animale, ayant atteint l’objectif historique de 1966 de rejoindre le niveau génétique des pays concurrents. Il délègue alors le pouvoir et la responsabilité de gérer le système national de sélec-tion à une interprofession des acteurs de la sélecsélec-tion, FGE (France génétique élevage). Les missions de la CNAG ont été largement réduites : la gestion de la filière est devenue principalement professionnelle. Dans la LOA, les coopé-ratives de sélection deviennent des ES (entreprises de sélection) et les Upra des OS (organismes de sélection), intégrant en théorie davantage les acteurs de l’aval des filières de production utilisant les races sélectionnées et gérées par les OS. Dans certains cas (comme celui de la Brune), les acteurs fusionnent pour créer des OES (organismes et entreprises de sélection), réunissant alors à la fois la gouver-nance et la réalisation des schémas de sélection. Comme nous avons pu le rappeler (Labatut et al., 2013), un aspect central de cette nouvelle organisation est que l’État maintient malgré tout le monopole de production d’index « officiels » confié aux instituts publics de recherche et développement (Inra, Institut de l’élevage), et la gestion du système d’information génétique reste publique. Cependant, rapide-ment, d’autres changements liés à des nouvelles technologies (aussi profonds que lorsque l’IA a été développée) vont bouleverser ces principes. Notons déjà que la suppression du monopole de zone a contribué à accélérer le regroupement des opérateurs et les fusions entre coopératives. En 2015, il existe trois principales ES ayant un schéma de sélection pour la race Holstein au niveau français : Évolution, Gènes diffusion et Origenplus.

À partir de 2009, un changement de technologie radical entre en jeu dans les évolu-tions organisationnelles du secteur : la génomique. Cette innovation a été développée, dans un premier temps, pour les trois principales races laitières françaises (Holstein, Montbéliarde, Normande) grâce à une nouvelle forme de partenariat public-privé (mis en place dès le début des années 2000) par rapport aux modes précédents de coopération pour l’innovation : un consortium entre recherche publique et quelques entreprises de sélection partenaires. La génomique permet d’évaluer quasi instanta-nément le potentiel génétique d’un animal grâce à une puce à ADN, sans passer par les longues étapes du testage sur descendance (où on ne pouvait connaître la valeur d’un taureau que lorsque celui-ci avait suffisamment de filles contrôlées, c’est-à-dire au bout de quatre ou cinq ans). Nous détaillons le fonctionnement de la technologie d’évaluation génomique de façon plus précise dans de précédents écrits (Labatut

et al., 2014). L’enjeu est ici d’identifier les différents changements qui permettent

de mieux comprendre ce nouveau régime de sélection et l’évolution de la forme d’industrialisation de la génétique qui lui est concomitante.

Comme nous l’avons montré par ailleurs, le système complexe de ressources communes sur lequel reposent les activités de sélection en agriculture a deux composantes :

− des ressources génétiques : le génome de la population qui constitue la race, pris dans sa globalité (et donc difficilement séparable et privatisable) ;

− des ressources informationnelles : le système d’information sur lequel repose un dispositif de sélection. « Ce système d’information concerne des attributs non direc-tement observables par la morphologie des animaux (comme leur ascendance et descendance, ou leurs performances et celles de leurs ascendants ou descendants : quantité de lait produite par vache, quantité de viande, données de santé, etc.). Selon le régime de sélection, ce système d’information peut être plus ou moins codifié et transparent. Il peut être géré par un club d’éleveurs ou institué comme domaine public (comme c’est le cas en France depuis la Loi sur l’élevage de 1966), ou déve-loppé par des entreprises privées (cas les plus récents) » (Labatut et al., 2013). Les changements dans ce nouveau régime s’opèrent dans ces deux composantes, en parallèle d’une transformation du régime de connaissance lié aux nouvelles techno-logies (génotypage mais aussi sexage, OPU-FIV9, etc.). La production, le traitement et la diffusion des données (phénotypes et génotypes) deviennent un enjeu straté-gique majeur de différenciation pour les acteurs dans un contexte concurrentiel. La production de données génétiques, qui reposait sur le suivi dans les fermes d’un nombre important (mais limité) d’animaux afin de mesurer la valeur d’un repro-ducteur sur sa descendance, s’opère dans des conditions totalement différentes à partir du décryptage du génome qui peut s’effectuer au premier stade embryonnaire et mobilise des techniques pointues, généralement sous brevet. De fait, les opéra-teurs de la production de données se réorganisent. Ainsi, le laboratoire Labogena réalisait les génotypages pour la presque totalité des acteurs de la sélection grâce à l’investissement en 2008 dans une chaîne d’analyse Illumina – fabricant de puces à ADN – pour la recherche et la sélection génomique. Ce GIE (groupement d’in-térêt économique), créé en 1994, regroupait jusqu’en 2013 l’Inra et des membres professionnels de la sélection (dont l’UNCEIA – Union nationale des coopératives agricoles d’élevage et d’insémination animale –, l’Apca – Assemblée permanente des chambres d’agriculture –, Races de France et l’Institut de l’élevage). En 2013, suite à différents problèmes financiers et à des désaccords dans la gouvernance du laboratoire, Labogena est mis en vente et racheté par Évolution, groupe issu de la fusion de plusieurs entreprises françaises de sélection, aujourd’hui l’un des princi-paux opérateurs de sélection bovine au niveau mondial.

Parallèlement, si l’Inra conserve jusqu’à présent le monopole réglementaire de la production d’index officiels selon la LOA 2006, une partie du service d’indexation devient marchand. Ainsi, des entreprises ou des structures régionales développent et proposent aux éleveurs leurs propres outils d’évaluation génomique. Gène diffusion, entreprise de sélection du Nord de la France, s’est ainsi associée à l’Institut Pasteur de Lille et à l’Université de Wageningen pour développer son propre système d’éva-luation, GD Scan, sur des critères propres (la santé des pieds) pour la Holstein. Ingenomix, société de biotechnologie créée à l’initiative des professionnels fran-çais de la race Limousine, s’est spécialisée dans « les études d’association entre les phénotypes et les génotypes et dans l’ingénierie des tests ADN qui en découlent »10,

9. Méthode de récolte des ovocytes et de fécondation in vitro en vue d’un transfert embryonnaire qui consiste à collecter ces ovocytes sur un animal vivant par ponction guidée par échographie.

et a développé Evalim, outil d’évaluation génétique privé. Ainsi, « les technologies génomiques substituent au lourd dispositif collectif et public de testage sur descen-dance un service privatisable, celui du génotypage des animaux grâce à des puces à ADN permettant la récupération à bas coût des informations sur le génome de chaque animal » (Labatut et al., 2013).

L’Inra et l’Institut de l’élevage ne sont plus les seuls partenaires de la R&D pour les acteurs de la sélection, même si ces deux opérateurs continuent jusqu’à présent à réaliser les indexations sur les critères communs et historiques de sélection. Certains opérateurs privés s’orientent de plus en plus vers une logique d’intégration des diffé-rentes étapes de la production et du traitement des données, qu’il s’agisse du rachat de Labogena ou de projets en cours d’intégration d’organismes de contrôle de performance par les ES. Ainsi, le Snig (Système national d’information génétique), autrefois entièrement public, est aujourd’hui dans une phase de transition où, si les moyens de collecte de données restent mutualisés, certaines parties des bases régionales de données permettent une exploitation privative, pour la R&D comme pour l’évaluation génétique. En effet, certains partenaires professionnels peuvent demander aux instituts publics de travailler avec eux sur certaines données ou certains critères de sélection sans que cela soit partagé et mis en commun avec tous les acteurs de la sélection. Cette logique d’intégration dépasse d’ailleurs largement les opérateurs historiques. Ainsi, depuis le développement de la génomique, la tech-nologie du sexage de la semence a pris beaucoup d’ampleur, permettant d’optimiser et de rentabiliser encore plus l’utilisation de la génomique en favorisant la géné-ration d’individus femelles dans le cas des accouplements entre animaux à haute valeur génétique. Une entreprise américaine, Sexing Technologies, a le monopole de cette technologie, dont elle a racheté l’ensemble des brevets, et outille mainte-nant les entreprises de sélection au niveau mondial. Grâce aux bénéfices apportés par ce succès technologique, cette entreprise investit maintenant dans la sélection génétique des reproducteurs. Propriétaire de taureaux, elle se positionne comme vendeur de semences et investit dans des fermes expérimentales de grandes tailles pour produire les données suffisantes nécessaires à la sélection sur des critères spécifiques de différenciation.

Si cette innovation technologique reconfigure, comme nous venons de l’illustrer, les droits de propriété liés à la production des informations génétiques, elle s’accom-pagne également d’évolutions importantes au niveau de la deuxième composante du système de ressources communes : celle des ressources génétiques et de l’offre de semence indexée. En effet, dans le régime précédent, l’offre génétique par race n’était pas différenciée (au-delà des variations individuelles d’un taureau à l’autre), les objectifs de sélection, traduits dans l’Isu (Index synthèse unique), étaient collec-tivement décidés au sein de l’OS et communs à toutes les ES. Dans le nouveau contexte concurrentiel de la LOA 2006 et du fait des possibilités offertes par la génomique (possibilité de créer de nouveaux critères de sélection « privés », indé-pendamment du lourd dispositif de testage sur descendance précédente), les ES cherchent à se différencier de la concurrence par une offre segmentée et diversifiée. Ces entreprises font appel à des consultants en marketing et investissent dans la création d’images de marque. Elles mobilisent des études identifiant des typolo-gies d’éleveurs, dont elles font émerger des « segmentations comportementales »

ou des profils d’utilisation de la génétique. Ainsi, l’un des dirigeants de ces entre-prises, dans un discours introductif, mobilisait comme phrase d’accroche la citation de Christophe Lafougère dans La France agricole du 21 mai 2014 (directeur de Gira Food, cabinet de consultants spécialisé dans les études de marché) : « l’avenir est à la segmentation », ajoutant que « l’investissement dans la marque, dans l’image, c’est vraiment un investissement d’avenir ».

Ces entreprises construisent ainsi non pas une offre de taureaux Holstein, mais une offre segmentée de semence de leur « marque » de Holstein, dont elles déve-loppent l’image. Elles favorisent les accouplements génétiques « cumulatifs » et non « correctifs » pour produire des taureaux correspondant à ces segments : segment « production », segment « qualité », segment « santé », segment « autonomie, rusticité ». Certaines entreprises ont d’ailleurs mis en place la vente de packs de semences de taureaux correspondant à des segments. L’offre génétique n’est donc plus tant centrée sur la race ou le taureau individuel que sur une segmentation par profil (notamment du fait que, par la génomique, les taureaux sont renouvelés beau-coup plus vite dans les catalogues et sont plus nombreux, et donc moins connus par les éleveurs).

Ces éléments nous conduisent à identifier le passage d’un marché de masse, dans lequel une offre réduite de taureaux « stars » s’adressait à l’ensemble des éleveurs, à un marché par segment (dans lequel les taureaux « stars » gardent finalement leur place), le passage d’une industrialisation fordiste à une industrialisation flexible proposant la création d’une diversité de Holstein adaptées à différents enjeux. Ainsi, ce nouveau régime semble proposer non pas une réorientation de la sélection animale vers plus de durabilité, mais une segmentation dans laquelle certains de ces segments seront destinés, comme auparavant, à la création de vaches Holstein de plus en plus productives, tandis que d’autres seront tournées vers la création de vaches Holstein affichées comme « durables » ou « rustiques » (résistances aux maladies par exemple). Cette perspective, autour de laquelle s’est développé un consensus de plusieurs types d’acteurs, suppose une compatibilité des différents modèles de production correspondant.

Ces premières évolutions observées seront vraisemblablement renforcées par un nouveau changement politique profond : le Règlement zootechnique européen en cours de validation et prévu pour une mise en œuvre d’ici 2017. Ce texte, pour « simplifier et harmoniser les conditions d’échange de données, de matériel géné-tique entre les différents pays européens » (Dantin, discours SIA – Salon interna-tional de l’agriculture – 2015), vise à se substituer à l’organisation historique des États en termes de gestion des livres généalogiques, de mise en œuvre des programmes de sélection, du contrôle de performance et de l’évaluation génétique, pour les espèces bovine, ovine, caprine, porcine et équine. Renforçant le mouvement de libéralisa-tion des marchés de la génétique déjà entamé, ce règlement consiste « à passer d’un système encore assez fortement administré à un système basé essentiellement sur la contractualisation » (dossier de presse FGE – France génétique élevage – du 16 janvier 2015) et sous le « régime de la responsabilité propre » (Michel Dantin, discours SIA 2015). Le règlement est structuré autour de breeding societies (BSue), qui cumuleront à la fois les missions de tenue du Livre généalogique et de réalisation du programme de sélection, et auxquelles seront rattachées les activités de contrôle

de performance et l’évaluation génétique (tandis que ces activités étaient jusqu’à présent, en France, prises en charges par des opérateurs différents travaillant en synergie dans un système mutualisé). Les BSue agréées pourront ainsi choisir leurs prestataires de services pour les contrôles de performance comme pour l’évaluation génétique, ces deux activités se retrouvant ainsi sur le marché par appel d’offres. Ce règlement rend également possible l’agrément de plusieurs BSue pour une même race (tandis qu’un seul OS par race était autorisé jusqu’à présent, définissant les objectifs de sélection pour l’ensemble de la race). Ainsi, nous pouvons faire l’hypo-thèse que chaque BSue, en intégrant l’ensemble des étapes de la sélection, et en choisissant ses propres objectifs de sélection et son propre système d’évaluation, participera à ce mouvement de différenciation déjà engagé, en France, depuis 2006 avec la LOA et la génomique, et encouragera le développement d’une gouvernance polycentrique des races et une segmentation accrue de l’offre génétique.

À l’heure où ce chapitre s’écrit, le règlement est débattu au sein des instances profes-sionnelles et scientifiques françaises, avec des avis très divergents. Pour l’interpro-fession, ce règlement serait l’occasion de « placer l’éleveur au centre du dispositif et de créer les conditions d’une restructuration et d’une rationalisation des organismes et des entreprises qui gravitent dans la sphère génétique, pour accroître la compéti-tivité de l’élevage européen » (dossier de presse FGE du 16 janvier 2015). Un audit, réalisé en 2016 pour le compte de la Commission nationale de l’élevage, voit ce nouveau règlement comme une opportunité pour faire évoluer le système d’organi-sation précédent considéré par certains comme complexe et peu réactif. Cependant, l’audit propose un maintien d’une certaine logique mutualiste avec un fort pouvoir interprofessionnel. Pour certains politiques européens, ce règlement est l’occasion d’offrir « un espace de liberté, espace de liberté sous contrôle, [permettant aussi d’élargir] le champ de la créativité » (Michel Dantin, interview SIA, 2015). Pour les acteurs scientifiques et les instituts publics, jusqu’à présent en charge de la mission réglementaire de l’évaluation, les craintes sont un morcellement des activités de R&D et une perte d’efficacité à long terme dans les innovations scientifiques à desti-nation des acteurs de la sélection. Chaque groupe d’acteurs travaille aujourd’hui à l’élaboration de divers scénarios d’application. Les prochaines années seront donc cruciales pour observer l’évolution de ces débats et la mise en œuvre concrète de ces changements politiques et organisationnels profonds.

Conclusion

Cette courte synthèse historique de la « holsteinisation » et des régimes de sélection qui l’ont accompagnée permet de soulever différents enjeux autour de la gestion des biens communs et des nouvelles formes d’industrialisation de l’agriculture. Ce qui est « commun » dans la Holstein en tant que race est un bien intangible (en ce sens que la production des ressources génétiques est le résultat de la façon dont le flux de ressources produit est lui-même utilisé) et, l’on pourrait dire, « ingouver-nable ». Par sa dimension systémique, cette institution échappe en quelque sorte aux volontés de gouvernement, et ce d’autant plus lorsque l’on se trouve dans le régime de sélection actuel, celui de la génomique, qui semble favoriser une gouvernance

polycentrique. Aurons-nous dans quelque temps plusieurs Holstein au sein d’un même pays ? Se dirige-t-on vers plusieurs « marques » et une dislocation de la notion de « race » ? Est-ce que l’enjeu de maintenir une diversité de races sur un territoire n’est pas encore plus menacé face à une Holstein qui ne sera plus « unique » mais « plurielle » (Holstein « durable », « rustique »…) et pourra peut-être davantage se positionner sur les mêmes marchés que les races rustiques à plus faibles effec-tifs ? On peut imaginer que la dimension culturelle des races plus territorialisées continuera à favoriser le maintien d’une certaine biodiversité. Si la génomique est souvent présentée comme une opportunité pour sélectionner les animaux sur des critères plus durables (Institut de l’élevage et Inra, 2011), les premières observations semblent plutôt montrer que la technologie est avant tout utilisée pour multiplier la vitesse du progrès génétique et accroître les parts de marché de la Holstein pour les entreprises qui souhaitent différencier leur offre (ainsi l’ajout d’un critère « santé » peut tout aussi bien s’accompagner de l’augmentation du poids donné au critère « quantité de lait » dans un index synthétique privé).

Alors que le régime coopératif et public précédent était largement critiqué par une partie des éleveurs « alternatifs » impliqués dans des dynamiques de type « semences paysannes » pour la sélection de leurs ressources végétales, le dispositif national français étant considéré comme trop complexe (Bessin, 2012), nous pouvons nous interroger sur la façon dont ces acteurs s’inscriront dans les dynamiques actuelles de libéralisation de la sélection et d’industrialisation flexible. Que restera-t-il de commun dans les formes de sélection animale à venir ? Observerons-nous l’émer-gence d’initiatives de réhabilitation des communs ?

Les traits originaux

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