Réalisation de l’ECBU : Il comprend deux grandes étapes :

3-1. Examen direct : a) Examen macroscopique :

L’examen macroscopique de l’urine homogénéisée permet d’apprécier la limpidité, l’aspect, la couleur des urines, et la présence ou l’absence de pus ou de sang. Son intérêt reste limité. En effet, le caractère trouble d’une urine ne signe pas systématiquement la présence d’une infection et peut simplement refléter la présence de cristaux.

La coloration des urines n’est pas synonyme d’hématurie et peut être liée à une prise médicamenteuse comme le cas de la Rifampicine. La valeur prédictive positive

(VPP) de cet examen est faible et sa valeur prédictive négative (VPN) est de l’ordre de 95 % ce qui signifie qu’une urine limpide peut être infectée dans 5 % des cas. [93]

b) Examen microscopique :

Il comprend un examen cytologique et un examen bactériologique, qui ont pour but d’apprécier de façon quantitative et qualitative la présence d’éléments figurés (leucocytes, hématies, cellules épithéliales et cristaux) et de bactéries dans les urines. Cytologie :

La leucocyturie est considérée comme le témoin d’une atteinte inflammatoire des tissus de l’arbre urinaire.

Elle est mesurée par numération dans un volume donné de l’urine homogénéisée sur une cellule de Malassez, de préférence à usage unique. Ce nombre est rapporté par millilitre.

Cet examen est quantitatif par comptage des leucocytes et des hématies et qualitatif par recherche d’autres éléments figurés de l’urine (cristaux, cylindres, levures, parasites….). [93]

Bactériologie :

L’examen microscopique d’un frottis coloré au Gram d’un prélèvement d’urine homogénéisé non centrifugé est examiné au fort grossissement (x1000) en immersion.

Un résultat positif correspond à une bactériurie supérieure à 104 unités formant colonie par millilitre UFC/ml. Un examen direct négatif n’exclut donc pas le diagnostic d’une I U.

La coloration de Gram permet une orientation diagnostic rapide (bacilles à Gram négatif, cocci à Gram positif, levures…) et permet ainsi d’orienter le prescripteur pour la mise en route d’une antibiothérapie probabiliste, notamment lors de pyélonéphrite ou de prostatite.

C’est un examen simple et rapide mais qui n’est pas systématique. Il n’est pas toujours réalisé du fait du grand nombre d’ECBU demandés. [93]

Figure 11 : Coloration de Gram sur culot de centrifugation observé au grossissement x1000 [180]

3-2. Uro-culture :

La culture d’urine permet d’isoler les germes, d’identifier l’espèce bactérienne, de la quantifier et d’effectuer un antibiogramme adéquat. La très grande majorité des bactéries responsables d'infections urinaires ne sont pas exigeantes et sont cultivées sur géloses ordinaires.

6. Interprétation des résultats : a) Leucocyturie :

Le seuil significatif de leucocyturie est fixé de manière consensuelle à ≥ 104 éléments/ml, soit 10 leucocytes/mm3). Il témoigne d’une réaction inflammatoire survenant au cours d’une infection urinaire, sans toutefois en être spécifique.

Une leucocyturie non significative possède une excellente valeur prédictive négative permettant souvent d’exclure une infection urinaire (sauf chez le sujet neutropénique ou à la phase initiale de l’infection). Ce paramètre n’a pas de valeur chez un patient porteur d’une sonde à demeure ou présentant une vessie neurologique. [92][93]

b) Bactériurie :

Une bactériurie ≥ 103 UFC/ml évoque une infection urinaire, sous respect strict des conditions de prélèvement, de transport et d’analyse des urines.

Le seuil de bactériurie dans les prostatites aigues est fixé à 103 UFC /ml (IV-C).

[31]

Le caractère pathogène d’un micro-organisme et le seuil de bactériurie significative dépendent du type de micro-organismes et de leur niveau d’implication dans l’étiologie des infections urinaires :

p Groupe 1: comprend des bactéries dotées de caractères particuliers de pathogénicité pour le tractus urinaire, et souvent isolées chez des patients ne présentant pas d'uropathie. Ces bactéries sont à considérer comme pathogènes lorsqu'elles sont

de Staphylococcus saprophyticus. Ceci est valable quel que soit le tableau clinique d’IU (cystite, pyélonéphrite, IU masculine).

q Groupe 2 : comprend l'essentiel des autres bactéries uropathogènes, qui peuvent être responsables d'IU (en particulier les entérobactéries), mais sont plus habituellement impliquées dans des IU nosocomiales ou lorsqu’il existe des facteurs anatomiques ou iatrogènes favorisants. Pour ces espèces bactériennes, le seuil de bactériurie considéré comme significatif en culture mono-microbienne est de 103 UFC/mL chez l’homme.

Ce groupe comporte : Proteus spp, Klebsiella spp.,
Enterobacter spp., Serratia spp., Citrobacter spp., Corynebacterium urealyticum, Enterococcus spp, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus.

On notera, particulièrement pour Enterococcus spp, que ces seuils sont bien établis pour une culture mono-microbienne. En revanche, quand ce genre est retrouvé en association avec E coli, ce qui est fréquent en pratique clinique, le seuil est alors augmenté à 105 UFC/mL.

p Groupe 3 : comprend les bactéries dont l’implication comme pathogène exige un niveau de bactériurie >105UFC/mL. Ce groupe comprend : Streptococcus agalactiae, les staphylocoques à coagulase négative autre que Staphylococcus saprophyticus, Acinetobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia, autres Pseudomonaceae ou les Candida spp.

p Groupe 4: comprend les espèces considérées comme contaminantes qui appartiennent habituellement à la flore urétrale ou génitale de proximité :

Lactobacilles, Streptocoques alpha-hémolytiques, Gardnerella vaginalis, Bifidobacterium spp, bacilles diphtérimorphes (sauf Corynebacterium urealyticum). Théoriquement, seul leur isolement à partir d’une ponction sus-pubienne peut permettre de confirmer leur rôle pathogène. Leur isolement associé à la présence de

cellules épithéliales urinaires à l’examen direct des urines signe de façon quasi-certaine une contamination au moment du prélèvement. [31]

Tableau I : Les seuils de bactériurie considérés comme significatifs pour les espèces bactériennes les plus courantes

Symptômes Leucocyturie Bactériurie (UFC/ml) Nombre Interprétation

≥104/ml d’espèce

+ + ≥ 103 ufc/ml ≤ 2 Infection urinaire

+ + < 103 -Réaction inflammatoire non infectieuse -Traitement antibiotique en cours -Recherche de Micro organismes à culture lente ou difficile -Etiologie non infectieuse + - ≥ 105 ≤ 2 -Patient immunocompétent : refaire l’ECBU car suspicion d’IU débutante -Patient immunodéprimé - Variable 103-104 ≥ 1 -Contamination probable consécutive à un mauvais prélèvement + Variable >105 ≥ 2 Colonisation

Variable - < 103 Absence d’IU ou de

Espèces bactériennes Seuil de Sexe significativité

E. coli , S. saprophyticus 103 UFC/ml Homme

Enterobacteries autres que E.Coli, Enterocoque, C.

urealyticyum, P. aeruginosa, S. aureus

103 UFC/ml Homme

Tableau II : Principales situations cliniques et cytobactériologiques des IUC [99] L’interprétation de l’ECBU découle en grande partie du seuil de bactériurie retenu, sur la notion de traitements antibiotiques antérieurs, de cathétérisme urinaire ou d’antécédents urologiques, mais aussi sur le contexte clinique, malheureusement pas toujours connu du biologiste. En complément, l’interprétation se fondera sur les données de l’examen direct, de la leucocyturie et de la bactériurie. Le caractère symptomatique ou non permet généralement de différencier infection et colonisation. [92] [97] [93] [98]

Une bactériurie sans leucocyturie doit faire évoquer, par ordre de fréquence, une souillure, une colonisation urinaire ou une IU débutante. Un deuxième ECBU, pratiqué le lendemain dans des conditions techniques rigoureuses de prélèvement et de conservation, permet le plus souvent de trancher :

o la disparition de la bactériurie significative signe la souillure du premier prélèvement;

o un résultat identique au premier ECBU est en faveur d’une colonisation urinaire (à noter qu’il peut toutefois exister une leucocyturie significative en cas de colonisation urinaire) ;

Tableau III: Principales situations cliniques et cytobactériologiques des IUN [99] Sondage Symptômes Leucocyturie Bactériurie avec Interprétation

≥104/ml au plus deux micro- organismes

différents

- + + ≥ 103 UFC/ml Infection certaine

-Inflammation sans ≤ 103 UFC/ml bactériurie -Traitement antibiotique en cours -Micro-organismes à culture lente ou difficile

-Etiologie non infectieuse

- - Variable ≥ 103 UFC/ml Colonisation

Absence d’IU ou de < 103 UFC/ml colonisation

- + - ≥ 105 UFC/ml Infection débutante ou

sujet neutropénique

+ + Non ≥ 105 UFC/ml Infection urinaire

contributive < 105 UFC/ml - Inflammation sans bactériurie

- Traitement antibiotique en cours

- Micro-organismes à culture lente ou difficile -Etiologie non infectieuse

+ - Non ≥ 105 UFC/ml Colonisation

contributive

< 103 UFC/ml - Absence d’IU ou de Colonisation

c) Antibiogramme :

L’antibiogramme a une valeur de confirmation, son interprétation est fondée sur la connaissance des phénotypes de résistance. Sa lecture interprétative nécessite une identification correcte de la souche et une méthode d'antibiogramme parfaitement standardisée. La mise en évidence de phénotypes de résistance hautement improbables compte tenu de l'identification de la souche doit conduire à vérifier l'identification bactérienne, à contrôler la pureté de l'inoculum et à contrôler la technique de l'antibiogramme. [92] [100]

Trois catégories cliniques ont été retenues pour l'interprétation des tests de sensibilité in vitro : Sensible (S), Résistant (R) et Intermédiaire (I).

Les souches catégorisées S sont celles pour lesquelles la probabilité de succès thérapeutique est forte dans le cas d'un traitement par voie systémique avec la posologie recommandée dans le résumé des caractéristiques du produit (RCP).

Les souches catégorisées R sont celles pour lesquelles il existe une forte probabilité d'échec thérapeutique quels que soient le type de traitement et la dose d'antibiotique utilisée.

Les souches catégorisées I sont celles pour lesquelles le succès thérapeutique est imprévisible. Ces souches forment un ensemble hétérogène pour lequel les résultats obtenus in vitro ne sont pas prédictifs d'un succès thérapeutique. [100] [101]