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2. Préconisation : le VDIP et son matériel

2.2. La détection, l’identification et le prélèvement : définition et challenges pour les

2.2.1. Le prélèvement

2.2.1.2. Procédures et matériels

Le prélèvement est une étape critique indispensable à la qualité de l’analyse. En effet,

comme celui-ci est souvent naturellement contaminé par d’autres micro-organismes, il faut

donc que l’intervention humaine soit minime afin de limiter la sur-contamination. C’est pourquoi des recommandations ont été émises concernant le type de matériel à utiliser

(30,37,38) et les procédures (taille de l’échantillon et nombre). Les règles de base

concernant l’échantillonnage sont en premier lieu de bien identifier l’échantillon (lieu, date, heure..). En second lieu, il convient d’effectuer le prélèvement en trois exemplaires, l’un destiné pour l’analyse proprement dite ou expertise, l’autre conservé pour une éventuelle contre-expertise, et un troisième au titre de la conservation de la preuve (30).

Les quantités prélevées devront être suffisantes pour l’ensemble des analyses nécessaires.

Pour les prélèvements environnementaux, l’échantillonnage doit être réalisé préalablement à toute autre manipulation de l’objet suspect et nécessite l’utilisation d’outils de prélèvement stériles à usage unique selon des procédures adéquates réalisées par du

personnel formé. De plus, les analyses par des méthodes de terrains doivent être entreprises

seulement après la collecte en quantité suffisante d’échantillons réservés aux laboratoires de référence en évitant toute contamination extérieure. Si l’objet ne peut être conditionné

(volumineux), il est conservé sur le site.

Le matériel de prélèvement et les quantités à prélever en fonction du type de matrice sont

référencés dans le Tableau 3. Des exemples de kits de prélèvement commerciaux et les

matrices sur lesquelles ils peuvent être utilisés sont recensés et associés à des sites internets

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Tableau 3 : Recommandation pour le prélèvement des différentes matrices environnementales (adapté de (38))

Types d'échantillon Matériels(1) Quantités à

prélever Détails

Gazeux (aérosols et particules)

Unités de prélèvement stériles d’aérosols, filtres,

milieux de croissance,

éponges, lingettes, Minimum 100L

Seulement si une détection positive est retrouvée ou

sur ordre

Si possible, éviter la récupération des poudres

ayant été directement en contact avec le sol Colleteur d’air (cyclone, sur

filtre, électrostatique)

Liquides et eaux Pipettes, seringues, flacons à seller avec téflon, éponge

100mL (eau) Prélever indépendamment eaux de surface, sédiments, eau de profondeurs. Penser à prélever les eaux post-

décontamination 10mL

(liquides)

Solides

Sols, poudres

Sacs plastiques à seller, truelle, pelle, cuillère, spatules, flacons à seller

avec téflon, filtres

Surface de 10x10x2cm

(sols)

Prélever les débris séparément

Neige Cuillères, pelle, truelle, flacons à seller avec téflon

Surface de 10x10x2cm

Ne prélever que la (les) couche(s) touchée(s)

Pierres Sacs plastiques à seller

Taille: de 0,5 à 2cm pour un volume maximum de 200mL Végétaux

Sacs plastiques à seller, ciseaux, sécateurs, pinces de

prélèvement

2L Ne pas toucher les plantes avec les gants

Solides non transportables

Cotons secs, cotons imprégnés de tampon, écouvillons dans milieu

adapté

Pas de quantité minimum

Peut-être de type bâtiments, tables, murs…

Vêtements Sacs plastiques de 5L à seller, pinces

Pas de quantité minimum

Découper les parties contaminées

Echantillons de contrôle

Tous les échantillons de contrôles doivent être réalisés dans les mêmes conditions que l’échantillon contenant l’agent à analyser. Il permet d’évaluer le bruit de fond présent dans la matrice.

(1)

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Tableau 4 : Liste non exhaustives de kits de prélèvements commerciaux disponibles

Instruments/kits Fabricants Sites internet (au 27/04/14) Types de matrices Commentaires

Alexeter Collection Swab®

Alexeter http://www.alexeter.com/biow/index.a sp

- Poudre, surfaces.

- Remise en milieu liquide - Pré-traitement par filtration

- Compatible avec les tests immunologiques

BioDetect test strip et avec la détection par PCR

- 75 dollars américains (USD) / boîte de 25 - Décontamination par immersion possible

Sample collection and recovery device

(SCRD)

ASD biosystem http://www.asdbiosystems.com/p1.htm - Poudre, surface

- Remise en milieu liquide

- Compatible avec les tests immunologiques et avec la détection par PCR

- 12 USD chacun

- Décontamination par immersion possible

Kits SWIPE™ New Horizons

Diagnostics

http://www.nhdiag.com/profile_one.sh tml

- Solides, liquides, poudres, particules

- Pré-traitement par filtration pour le kit

SWIPE™ Sample Processing Kit

- Compatible avec les tests immunologiques et avec la détection par PCR

- 13,20-23,10 USD selon le kit

B2C™ Bulk sample collection kit

QuickSilver Analytics, Inc.

http://www.chembiokits.com/ Poudres 26,71 USD chacun

ULTRA-TURRAX® Tube Drive control

IKA® http://www.ika.com Liquides, poudres, surfaces, solides (végétaux,

écorces..)

- 968 USD la malette contenant différents tubes (disperseurs, broyeurs, agitareurs)

- Recharge: en moyenne 10 US USD/tube

BiSKit™ Large Area Sampling Kit (LAS

Kit)

QuickSilver Analytics, Inc.

http://www.chembiokits.com/ Surfaces - 51,65 USD chacun

- Compatible avec les PCR et immuno-essais

QSA model 102™ QuickSilver

Analytics, Inc.

http://www.chembiokits.com/ -Surfaces, liquides et solides

- Agents RBC-E

3050,65 USD le kit complet

Mini Push Pack™ QuickSilver

Analytics, Inc.

http://www.chembiokits.com/ Liquides, surfaces et solides

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Kit SAS™ Small area sampling

QuickSilver Analytics, Inc.

http://www.chembiokits.com/ Poudres et liquides 22,68 USD chacun

S3™ Bio sampler QuickSilver

Analytics, Inc.

http://www.chembiokits.com/ Surfaces - Compatible avec les tests immunologiques et avec la détection par PCR

- 32,46 USD chacun

Coriolis® FR ou RECON

Bertin technology http://www.bertin.fr/en/coriolis-fr- first-response-bio-aerosol-

sampler.aspx

Bio-collecteur d’air (cyclone)

32250 USD

SASS® technology Research

international™

http://www.resrchintl.com/ Bio-collecteur d’air (cyclone)

IMASS™ et SASS® BBI detection http://www.bbidetection.com Poudre, liquide, surface et aérosols

Pour les poudres : couplé à une détection immunologique

Air Corona™ Leti™ et le

Commissariat à l'énergie atomique

et aux énergies alternatives

(CEA)

http://www.leti.fr/ Bio-collecteur d’air (électrostatique)

BioBadge® 100 FLIR® http://www.southernscientific.co.uk/ca

talog/products/icx-biobadge

Bio-collecteur d’air (filtre)

ACD-200 INNOVAPREP http://innovaprep.com/products/acd-

200-bobcat-aerosol-collector/

Bio-collecteur d’air (filtre)

XMX/2AL-MIL Dycor http://www.dycor.com/Products/Defen

seSecurity/AerosolCollectors/XMX2L MIL.aspx

Bio-collecteur d’air

TED Evaluation Kit BioTX http://biotx.net/products/ted Poudres, fibres, liquides et

surfaces

559,59 USD

M-Vac portable SEC MSI M-Vac®

system

http://www.m-

vac.com/products/overview/portable- sec

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