Polymérase Chain Réaction (PCR) :[54]

L'approche syndromique est une nouvelle méthode de diagnostic des maladies infectieuses qui permet la détection simultanée de tous les micro-organismes les plus fréquemment responsables d'une infection dans un seul test.

L'approche syndromique dans le diagnostic des infections respiratoires a conduit à un meilleur diagnostic étiologique, un meilleur contrôle du risque infectieux viral, une minimisation de l'exposition aux antibiotiques et de meilleures voies de traitement.

La plate-forme PCR multiplex, disponible au niveau du laboratoire de microbiologie, virologie et biologie moléculaire de l’hôpital Militaire Avicenne de Marrakech (BioFire Filmarray respiratoire),) effectue l'analyse de 20 virus et bactéries simultanément.

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Tableau 28: Les pathogènes détectés par le panel respiratoire Filmarray

Virus Bactérie  Adénovirus  Coronavirus HKU1  Coronavirus NL63  Coronavirus 229E  Coronavirus OC43  Métapneumovirus humain  Entérovirus/rhinovirus humains  Virus de la grippe A

 Virus de la grippe A/H1

 Virus de la grippe A/H1-2009

 Virus de la grippe A/H3

 Virus de la grippe B  Virus parainfluenza 1  Virus parainfluenza 2  Virus parainfluenza 3  Virus parainfluenza 4  Virus respiratoire syncytial  Bordetella pertussis  Bordetella parapertussis  Chlamydophila pneumoniae  Mycoplasma pneumoniae

Dans une étude menée au niveau du laboratoire de notre formation, parmi 35 cas admis, le rhinovirus était le germe le plus détecté, un cas de coronavirus et un cas d’influenza AH3 ont été détectés aussi. [55]

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Tableau 29: Examens bactériologiques et biologiques à réaliser lors de la prise en charge d’une pneumonie communautaire aiguë selon la Société de pneumologie de langue française (SPLF), l’Infectious Disease Society of America (IDSA), l’American Thoracic

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Figure 23: Éléments de choix des techniques de prélèvements microbiologiques en pneumologie. La règle de prélever avant de débuter une antibiothérapie sauf contexte de

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2. Étiologie :

De nombreuses études ont été menées dans le monde entier pour tenter de clarifier l'épidémiologie des germes responsables de la pneumonie aiguë acquise dans la communauté (PAC).

Ces études diffèrent en termes d'investigations diagnostiques, de comorbidité des patients et de gravité de la pneumonie. [56]

Une étiologie est identifiée dans un tiers à la moitié des cas.

Dans plus de (60%) à (80%) de ces études, dont certaines sont anciennes, les PAC sont d'origine bactérienne.

Dans toutes les études, Streptococcus pneumoniae était la cause bactérienne la plus courante.

Chez les patients sans comorbidité et sans signe de gravité, les études basées sur la sérologie et/ou l'AC montrent une fréquence non nulle de Mycoplasma pneumoniae et de Chlamydia pneumoniae. [57]

Dans des études réalisées sur des patients sans comorbidité hospitalisés pour une pneumonie, les bactéries trouvées sont : S. pneumoniae, Legionella pneumophila et, dans une moindre mesure, Chlamydia ou Mycoplasma pneumoniae. Certaines bactéries peuvent être associées à des environnements particuliers : bactéries anaérobies chez les patients souffrant de troubles de la déglutition ou d'un mauvais état dentaire, Haemophilus influenzae chez les patients atteints de BPCO, Klebsiella pneumoniae chez les patients atteints d'éthylique.[24]

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Les infections multi-microbiennes ne sont pas non plus rares, on les trouve dans 5 à 10 % des PAC identifiées microbiologiquement. [58]

Dans les cas les plus graves de pneumonie communautaire entraînant une admission en réanimation, des études épidémiologiques basées sur des échantillons fiables ont montré qu'outre S. pneumoniae et L. pneumophila, on trouvait fréquemment Staphylococcus aureus et des bacilles gram-négatifs. [24]

Mais surtout, les études plus anciennes sous-estiment probablement la proportion de virus dans les pneumonies communautaires ; dans une étude prospective portant sur 885 patients hospitalisés pour des PAC et ayant fait l'objet d'une recherche systématique de virus respiratoires, la grippe et les rhinovirus figuraient parmi les cinq agents pathogènes les plus fréquemment identifiés, respectivement chez (7,7%) et (5,2%) des patients. [59]

Le CDC a présenté les résultats de l'étude EPIC dans une présentation orale lors de la réunion de l'American Thoracic Society en 2015 ; Chez 1 481 patients adultes hospitalisés pour une (PAC) qui ont été examinés de janvier 2010 à juin 2011 par un examen cytobactériologique des expectorations (ECBC), une hémoculture, des antigènes et un écouvillon nasopharyngé pour détecter la PCR du virus respiratoire, une étiologie virale a été trouvée dans (27%) des cas, une étiologie bactérienne dans (11%) et une étiologie mixte dans (3%) des cas. Les virus les plus fréquemment identifiés étaient les rhinovirus (8,8 %), la grippe (5,1 %), les métapneumovirus (4,4 %), le VRS (3 %) et la para-influenza (2,9 %).[60]

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Tableau 30 : Pathogènes les plus fréquents identifiés dans les pneumonies aigues communautaires (quel que soit le lieu de prise en charge, ambulatoire ou hôpital). [61]

Germes Fréquence Streptococcus pneumoniae 10 % - 48% Mycoplasma pneumoniae 2.5 % - 32.5 % Chlamydophila pneumoniae 3 % - 16.3 % Virus respiratoires* 1 % - 23 % Haemophilus influenzae 2.7 % - 11 % Staphylococcus aureus 1.4 % - 5 % Moraxella catarrhalis 0.2 % - 3 % Legionella spp 1 % - 8 % Entérobactéries 1% - 11 % Pseudomonas spp 0.4 % - 2 % Anaérobies 1.1 % - 16 % Pneumocystis spp 0.3 – 8 % Coxiella burnetii 0.5 % - 1 % Autres 2 % - 6.1 %

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Tableau 31 : Éléments d’orientation diagnostique des Pneumonies Aigues Communautaires selon L’Afssaps et la Société́ de Pathologie Infectieuse de Langue Française (SPILF), en collaboration avec la Société́ Française de Pneumologie (SPLF)

[27]

Éléments en faveur du pneumocoque

- Agent étiologique le plus fréquent chez le sujet ≥40 ans et/ou avec comorbidité́(s) associée(s) ; - Début brutal ;

- Fièvre élevée dès le premier jour ; - Malaise général ;

- Point douloureux thoracique ; - Opacité́ alvéolaire systématisée ;

- Hyperleucocytose à polynucléaires neutrophiles.

Éléments en faveur des bactéries

« atypiques »

- contexte épidémique (notamment pour Mycoplasma pneumoniae) ;

- début progressif en 2 à 3 jours.

Éléments en faveur d’une légionellose

 Contexte épidémique ou « situation à risque » (voyage, thermes, exposition à de l’eau en aérosol contaminée...)

 comorbidité(s) fréquente(s)

 Tableau clinique évocateur (1/3 des cas) avec pneumonie

 d’allure sévère, début progressif, sans signe ORL, pouls dissocié, atteinte souvent bilatérale

 Présence de signes extra thoraciques : digestifs (douleurs abdominales, vomissements, diarrhée), neurologiques (troubles de la conscience,

céphalées, myalgies)

 Échec des Bêta-lactamines actives sur le pneumocoque.

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V. Traitement :

1. But :

Le traitement des PACG vise trois objectifs :  l’éradication de la bactérie

 une hématose correcte  stabilité hémodynamique