Méthodes d’échantillonnage

Les bureaux d’études n’ont pas obligation de résultats, mais ont obligation de moyens. La qualité de leur prestation est garantie par la mise en œuvre de tous les moyens d’investigation possibles, et la mise en concurrence encourage le développement de méthodes innovantes. Dans le cadre de ce travail, j’ai donc utilisé toutes les méthodes classiques de récolte des mollusques (collecte à vue, dragage, récolte de sédiment au niveau des sources…) mais j’ai aussi cherché à testé des méthodes nouvelles pour la prospection des milieux aquatiques difficiles d’accès.

I.4.2.1 Rivières

Les principaux obstacles à la prospection des rivières sont la visibilité et la profondeur.

A faible profondeur et quand le substrat est minéral, les prospections à pied à l’aide d’un aquascope sont les plus efficaces. L’aquascope permet de s’affranchir de la réverbération et de la distorsion optique due au changement de milieu (air vs eau), il offre un angle de vue important et il est ergonomique. C’est l’outil le plus largement utilisé pour la recherche des naïades (Fig. 16A). Pour des profondeurs intermédiaires, ou lorsque le substrat est vaseux, l’utilisation d’un masque et d’un tuba permettent à la fois de survoler le lit sans troubler les eaux et d’effectuer des plongées en apnée. Dans le cas de rivières très turbides, la méthode de recherche au toucher est employée : on malaxe la vase jusqu’à rencontrer occasionnellement des bivalves, à la manière des ratons-laveurs. Cette méthode présente des risques (tessons de bouteilles, morceaux de fer rouillés). Il est préférable de porter des gants pour des raisons de sécurité, mais l’acuité tactile s’en trouve alors amoindrie… Pour répondre à ce cas de figure, j’ai testé l’utilisation de la tellinière. La tellinière est un outil traditionnel languedocien utilisé pour la récolte des Tellines (genres Apolymetis, Donax, Macoma, Tellina) dans les zones de faible profondeur de l’estran. La tellinière est particulièrement efficace en rivière quand les conditions de visibilité sont mauvaises (Fig. 16B). A l’instar d’une drague, son emploie facilite la standardisation des protocoles d’échantillonnage puisque la surface échantillonnée est déterminée par celle du filet multipliée par la longueur du trait dragué et que l’opérateur échantillonne le substrat à l’aveugle. Quand la profondeur proscrit l’utilisation de la tellinière ou de l’aquascope, il est nécessaire d’avoir recours soit au dragage, soit à la plongée.

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Le dragage des rivières est difficile à mettre en œuvre. Il nécessite l’utilisation d’un bateau, de puissance suffisante pour tirer la drague. La drague ne peut être manipulée que dans des espaces aquatiques dégagés et horizontaux, ce qui exclue les berges et leurs abords, qui sont les secteurs les plus favorables aux naïades puisque le substrat est plus stable. Le risque qu’elle se coince dans des arbres morts ou tout des déchets d’origine anthropique (carcasses de voitures, épaves, tuyaux, etc.) est important, en particulier à l’aval des cours d’eau. Enfin, l’utilisation d’une drague impacte le lit des cours d’eau, par exemple sur les zones de frayère, et cet impact peut être répréhensible au regard de la loi.

La plongée (Fig. 16C) est apparue comme le moyen le moins impactant de prospecter les cours d’eau profonds. Outre la difficulté de mise en œuvre au point de vue logistique (regonflage des blocs pour des missions de longue durée, contraintes liées à la sécurité, accès aux cours d’eau plus difficile en raison du transport du matériel, retour au point de départ en tenant compte du courant ou utilisation d’une barge…), la pratique de la plongée dans le cadre professionnel est soumise à une réglementation qui impose une certification. J’ai donc du passer ma certification de plongeur professionnel pour pouvoir mener des études en milieu hyperbare dans le cadre professionnel. La prospection en plongée nécessite aussi de s’entourer des compétences d’autres plongeurs professionnels pour être en règle avec la réglementation actuelle (qui n’est d’ailleurs pas vraiment adaptée aux plongées en rivière). En rivière mais surtout en milieu souterrain, l’appui d’un binôme a été un des piliers du travail de terrain, que ce soit pour assurer ma sécurité ou pour l’appui logistique (camion équipé, matériel de secours, compresseur, matériel de sécurité…). Au-delà des remerciements que je leur dois, j’insiste sur la pertinence de travailler en partenariat avec des professionnels de la plongée et des sports de plein air. Des solutions techniques à des difficultés de terrain ont pu être trouvées grâce à leurs compétences, qui ne se trouvent pas nécessairement dans les universités ou les bureaux d’études : aménagement d’un camion pour transporter les plongeurs, le matériel et les échantillons ; développement de techniques de progression sur cordes, sur et sous l’eau ; adaptation du petit matériel pour les exigences du biologiste (quadrats et transects sub-aquatique, prise de notes) ; localisation du plongeur et des sites d’acquisition des données pour le SIG...

La traçabilité de tous les spécimens de naïades collectés est assurée par la mise en collection au MNHN. Un numéro d’inventaire MNHN issu de la base de données INVMAR (voir http://collections.mnhn.fr/wiki/Wiki.jsp?page=Schema_Invmar) a été attribué à chacun des spécimens. Les coquilles ont été séchées et portent, au marqueur indélébile à l’intérieur de la valve droite, le numéro de ma base de données personnelle, numérotée de 1 à 582 (voir ANNEXE I pour la correspondance entre n° de ma base de données et n° MNHN). Cette dernière inclue les échantillons d’animaux relâchés vivants, aussi tous les individus de cette base ne correspondent pas à des numéros MNHN. En revanche la réciproque est vraie. Les tissus ont été conservés séparément dans de l’alcool à 90° et sont numérotés par une étiquette portant le numéro d’inventaire MNHN. Quelques échantillons de tissus non liés à des spécimens euthanasiés ont été intégrés dans les analyses moléculaires ; ils ne portent pas de numéro MNHN. De même, dans le cadre d’une étude de génétique des populations, de nombreux spécimens d’U. crassus ont été échantillonnés soit à l’aide d’écouvillons, soit en prélevant un morceau de chair, et ces spécimens ne figurent pas en collection non plus. Enfin, aucun spécimen de Margaritifera n’a été prélevé dans le cadre de ce travail. Des morceaux de manteau ou de pieds ont été prélevés pour les séquences présentées ici, mais l’intégralité du matériel a été utilisée pour les extractions et il n’y a aucun spécimen en collection.

Figure 16 (page suivante) : quelques méthodes pour la recherche des bivalves d’eau douce. A : l’aquascope est la méthode la plus populaire, principalement utilisée pour rechercher la mulette perlière dans les têtes d’eau limpides et peu profonde des cours d’eau. B : la tellinière, outil traditionnel languedocien utilisé en milieu marin, a été adaptée pour la prospection des rivières turbides et peu profondes. C : la plongée reste le seul moyen de prospection adapté pour toutes les circonstances. Elle est en revanche lourde à mettre en œuvre, nécessite un appui logistique pour le transport des plongeurs, des qualifications en particulier dans le cadre professionnel, et présente des risques en particulier liés au courant (progression des plongeurs, objets dérivants) et à la turbidité (orientation, risques de s’empêtrer dans les branchages). D : quelque soit la méthode employée, l’échantillonnage est limité par les conditions d’accessibilité et/ou de visibilité, comme ici sur l’Aisne.

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