Les graphes générés par le prototype d’IndexMed

L'utilisation de modèle de visualisation de données basé sur des graphes valués a été mis en place sur les métadonnées et les ensembles de données de CIGESMED (David et al., 2016a). Il permet de les considérer et de les visualiser, malgré leurs différences, à un niveau similaire et améliore la perception et la compréhension des contextes nécessaires à l'aide à la décision en utilisant les nouvelles méthodes d'exploration de données (clustering collaboratif, Représentation des connaissances, etc.).

Nous l’avons vu précédemment, les possibilités de sélection des données et de structuration des graphes sont immenses. On peut choisir en nœuds n’importe quel des champs de la base de données, le nombre d’enregistrement sera le nombre de nœuds, sauf si l’on choisit de faire une sélection (ce que l’on fait pour les très grandes bases pour ne pas trop ralentir la visualisation). L’affichage des contextes comporte lui aussi de nombreuses possibilités : il est possible d’afficher plusieurs valeurs de qualifications de données en leur donnant une couleur et/ou une taille différente ou d’afficher leur valeur sur les nœuds et/ou les liens112_{. A}

titre d’exemple, dans la figure 44, nous avons affiché des quadrats photo en tant que nœuds, initialement tous verts, reliés par les taxons qu’ils contiennent en commun (les liens). Les quadrats photo ont été sélectionnés pour avoir des orientations tranchées (seules les quatre modalités Nord, Sud, Est et Ouest sont représentées). Les initiales en trois lettres sont les noms des sites. Puis nous avons sélectionné une orientation, (les nœuds correspondant aux quadrats photo pris avec une exposition à l’Est se colorent en violet.). Ce premier niveau de visualisation montre que des quadrats photo de CCA (Cassidaigne - Ile de Cassidaigne) forment un cluster assez homogène, et sont pratiquement tous pris à l’Est. On remarque à gauche de la figure 44 deux photos-quadrats FTF (Frioul - Tiboulen du Frioul) reliés et isolé

112 _{Lors de ces sélections successives, si l’opérateur choisit de colorer un noeud avec une valeur d’un}

attribut, puis un autre noeud avec une valeur d’un autre attribut, certains noeuds vont changer deux fois de couleur. Afin d’éviter cela, lorsqu’il ne s’agit pas de valeurs du même attribut, il faut choisir un autre mode de représentation du nouveau paramètre de contexte (par exemple, “couleur”, puis “taille”, puis “étiquettes des noeuds”).

du reste du graphe, et un groupe de 8 photos-quadrats dont 7 de RMO (Rioux - Moyade) et un de FTF.

Dans la figure 45, nous avons modifié le graphe de la figure 44 en ajoutant aussi les expositions Nord en rouge, et diminué la taille des noeuds des quadrats photo situés à la profondeur D1 (dans la zone des 30 mètres de profondeur). Dans cette seconde représentation, on peut voir que des quadrats photo de FTF sont majoritairement à la profondeur D1, et que beaucoup des photos-quadrats sont orientés au nord. Une grande proportion de ces quadrats photo qualifiés avec les valeurs de descripteurs “D1” pour la profondeur et “N” pour l’orientation se regroupent dans des clusters.

Enfin, dans la figure 46, nous avons modifié le graphe de la figure 45 en ajoutant aussi les expositions Sud (S) colorées en orange. On observe en supplément que beaucoup de RMO sont qualifiés par l’orientation S et la profondeur D1. Les quadrats photo pris dans ce contexte à RMO sont répartis par petits groupes dans les différents clusters du graphe, alors que les quadrats photo pris à RIT pour le même profil (l’orientation S et la profondeur D1) sont majoritairement regroupés. Pour La figure 47, nous avons modifié le graphe de la figure 46 en ajoutant aussi les expositions Ouest (O) colorées en rose. On constate que tous les nœuds en vert se sont bien colorés en rose (pour la dernière modalité restante). A contrario, dans la figure 48, on visualise une sélection des photos-quadrats par exclusion des autres catégories “Plat” (Flat) et à l’ombre ( Ceiling). Il ne reste donc plus normalement que les deux autres, à savoir “Incliné” (Inclined) et “à l’ombre” (Ceiling). En premier lieu, on remarque un fort regroupement des nœuds de chaque catégorie qui montre une forte structuration des données issues des fréquences relatives d’espèces sur les photo-quadrats en fonction de ce paramètre. En deuxième lieu, on peut observer qu’un nœud vert se situe en plein milieu du graphe : il met en évidence une erreur dans les données de contexte (une erreur de syntaxe sur une modalité de l’inclinaison qui crée artificiellement une cinquième modalité).

La figure 49 (A, B et C) montre qu’avec quelques paramètres, on peut faire des représentations plus complexes qui révèlent la structure de l’échantillonnage et la répartition des données en fonction de contextes et des méthodes employées. Dans cet exemple (Figure 49A), on constate que les photo quadrats prises en linéaire ne semblent pas se regrouper dans un cluster en particulier. En revanche, ils sont absents des clusters ou les nœuds représentent des photo quadrats ou l’inclinaison est “inclinée” (en orange sur la figure 49B et c’est normal vu que les quadrats photo ont été effectués sur des parois verticales). Ils sont concentrés sur les profils verticaux réalisés à la profondeur que D1 (partie basse de la figure), et clairement regroupés dans les clusters du bas de la figure. Afin de les mettre en exergue dans la figure 49C, tous les nœuds correspondant à des photo quadrats faits sur le site FTF ont été grossis. (On n’affiche donc plus l’information liée à la profondeur pour les photo quadrats faits sur les sites FTF, sauf pour les photo quadrats faits sur un transect

linéaire et avec flash car ils étaient uniquement faits à des profondeurs D1). Les résultats des analyses de quadrats photo ne sont pas sensibles à l’utilisation du flash par rapport au phare à la profondeur D1 sur le site FTF. En haut de la figure 49C, on constate que certains quadrats photo faits sur les sites FTF sur des profils inclinés avec des transects en patchs sont situés dans des clusters presque exclusivement constitués de nœuds provenant d’un quadrat photo fait sur un site en particulier (sur paroi inclinée à CCA ou sur paroi verticale à RMO : les nœuds étiquetés FTF sont en orange pour CCA et en vert pour RMO). Un gros nœud rouge (donc correspondant à un photo quadrat fait sur une paroi verticale à FTF) se trouve même au milieu du plus important cluster de nœuds correspondant à des photo quadrats faits à CCA.