Les données utilisées dans ce mémoire sont détaillées au chapitre 2. Le chapitre 3
expose l'état des connaissances méthodologiques. La première partie explore
l'estima-tion du lien entre les infecl'estima-tions à pneumocoque et deux facteurs environnementaux, les
syndromes grippaux et la consommation d'antibiotiques. Dans cette partie, la question
de la prise en compte de la saisonnalité lors de l'étude du lien entre deux séries
sai-sonnières est étudiée. La deuxième partie s'intéresse à l'excès d'antibiotiques prescrits
lors des épidémies grippales. La question de la linéarité du lien dans le cas d'une série
explicative à prol épidémique est soulevée. Enn, la troisième partie présente
l'évo-lution des infections invasives à pneumocoque entre 2002 et 2009 en France et évalue
le lien entre ces infections et trois facteurs environnementaux : les syndromes
grip-paux, l'exposition aux antibiotiques et la vaccination anti-pneumococcique, comme
schématisé Figure 1.5. Les méthodes statistiques mises en ÷uvre dans cette partie
sont choisies d'après les études méthodologiques des parties 1 et 2.
Chapitre 2
Construction des indicateurs de santé
publique
Avant toute étude de données temporelles, il est important de bien connaitre le
sys-tème de recueil qui a permis d'obtenir ces données. En eet, si un indicateur de santé
augmente au cours de la période d'étude, il est important de s'assurer que le recueil a
été stable sur cette période, car cette augmentation pourrait simplement venir d'une
modication de la structure du système de recueil. L'augmentation de la fréquence
d'un évènement de santé peut être simplement due à l'augmentation de la
popula-tion d'étude et non pas à l'évènement de santé en lui-même. An de se prémunir de
conclusions erronées, une bonne connaissance du système de recueil de données est
préférable.
Après avoir résumé les modalités de fonctionnement général d'un réseau de
sur-veillance, les principales qualités requises pour qu'un système soit ecace sont listées.
Le cas des diérents indicateurs de santé utilisés dans la suite de ce mémoire sont
ensuite présentés et la qualité de leur recueil est étudiée.
2.1 Les clés de la surveillance en épidémiologie
La surveillance épidémiologique est une méthode d'observation fondée sur la collecte
continue et systématique de données de santé permettant d'estimer l'étendue et
l'am-pleur d'un problème, ainsi que la répartition géographique et démographique de ces
16 2.1. Les clés de la surveillance en épidémiologie
évènements de santé. Les données de surveillance peuvent également être utilisées an
de détecter des modications de pratiques, d'enregistrer l'évolution d'agents infectieux
ou environnementaux, d'évaluer l'impact d'une intervention de santé publique et de
décrire l'histoire naturelle d'évènements de santé dans une communauté. C'est à
par-tir de ces informations que des hypothèses sont générées et que des actions de santé
publique sont mises en ÷uvre [26, 27]. L'exemple le plus connu de l'utilisation d'un
système de recueil est la détection d'épidémies en temps réel [28,29].
En résumé, la surveillance épidémiologique est la base de la prise de décision dans le
domaine de la santé publique et permet aux chercheurs d'émettre des hypothèses et
aux décideurs de mener de façon éclairée et ecace leurs actions de santé. La rapidité
et la pertinence des décisions sanitaires dépendent de la abilité du système de
sur-veillance. Assurer ecacement la détection et le suivi des menaces sanitaires constitue
donc un pré-requis à toute lutte ecace [27].
An de travailler dans de bonnes conditions sur des données issues d'un réseau de
sur-veillance, il est important de connaitre les modalités de fonctionnement de ce réseau
ainsi que les qualités et les limites de ce réseau.
2.1.1 Mise en place d'un système de surveillance
La mise en place d'un système de surveillance s'articule autour de trois grands axes :
la dénition des cas retenus, la dénition de la population surveillée et la dénition
des modalités d'enregistrement.
La dénition des cas est l'étape la plus importante qui doit aboutir à une
déni-tion consensuelle et opéradéni-tionnelle des cas de l'évènement surveillé. Cette dénidéni-tion
doit rester homogène au cours du temps de l'étude et utilisable par tous les agents
impliqués.
La dénition de la population surveillée (ou population cible) permet de
déli-miter le nombre de cas potentiels et de calculer des fréquences de l'évènement.
La dénition des modalités d'enregistrement sont inévitables, car le stockage
d'informations est limité. Ces modalités doivent permettre de valider les cas déclarés
et de décrire ces cas à partir de caractéristiques individuelles, temporelles et
géogra-phiques. Les sources d'informations sont souvent multiples, dénies selon l'évènement
étudié et le contexte, et en fonction du système de soins. Il est important de
standar-diser la collecte des données de façon à rendre ces informations comparables.
On distingue deux grands types de surveillance : la surveillance passive, pour
la-quelle les agents de collecte informent la structure de centralisation (c'est le cas des
centres nationaux des bactéries qui sont informés par les laboratoires d'analyse), et
la surveillance active, pour laquelle la structure collecte elle-même les informations
auprès des sources (par exemple, les registres de cancers qui envoient des agents pour
récupérer des cas et les valider).
2.1.2 Qualités d'un système de surveillance
Plusieurs critères permettent d'apprécier les performances d'un système de surveillance,
les suivants font parties des principaux [30,31].
La sensibilité est la capacité du système de surveillance à détecter tous les cas réels.
La sensibilité correspond au nombre de cas réels détectés par le système de surveillance
rapportés au nombre total d'évènements eectivement survenus au cours de la période
de surveillance dans la population concernée. On parle souvent d'exhaustivité du
sys-tème.
La valeur prédictive positive (VPP) représente la proportion de cas réels parmi
les cas rapportés au système de surveillance. Si elle est faible, on peut craindre que
le système de surveillance entraine fréquemment des investigations complémentaires
pour des cas qui ne sont pas réels (faux positifs) ou détecte des fausses épidémies.
La représentativité. En cas de sensibilité imparfaite du système de surveillance, on
cherchera à estimer s'il décrit correctement l'évènement étudié en fonction des
carac-téristiques des sujets, du temps et du lieu.
La stabilité. Ce n'est pas réellement un critère mais il est important de vérier que
le système de recueil est stable dans le temps, c'est-à-dire que la dénition des cas,
la population cible et les modalités de recueil restent les mêmes tout au long de la
période d'étude.
im-18 2.2. Indicateurs des infections invasives communautaires à pneumocoque
portants, mais ne sont pas cités ici car non adaptés.
2.2 Indicateurs des infections invasives
Dans le document
Usage des anti-infectieux et infections invasives à pneumocoque en France, étude d'associations temporelles
(Page 35-41)