Les fonctions des OMP

Les OMP assurent un nombre important de fonctions au niveau de la membrane externe (Figure 19). Par leur exposition à la surface de la bactérie, les OMP jouent un rôle dans l’adhésion aux surfaces et l’interaction avec le système immunitaire. OmpX d’Escherichia coli joue un rôle important dans la virulence en neutralisant les mécanismes de défense de l’hôte (Heffernan et al. 1994). Composée de 8 brins  connectés par 3 turns périplasmiques et 4 courtes boucles extracellulaires, la principale caractéristique d’OmpX est l’allongement de 4 de ses brins  au-delà de l’interface de la membrane (Figure 20) (PDB ID : 1QJ9) (Vogt et al. 1999). Cette structure a été proposée comme support de la fonction d’adhésine et d’inhibition du système du complément. De façon intéressante, les boucles sont visibles dans la densité électronique, témoignant de la rigidité de la structure. L’importance de l’adhésion dans la pathogénicité est souligné par l’exemple d’OpcA de Neisseria meningitidis qui lie des protéoglycanes tels que l’héparine ou l’héparane sulfate et participe à l’internalisation du méningocoque dans les cellules épithéliales (PDB ID : 1K24) (Prince et al. 2002).

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Figure 19. Fonctions biologiques d’OMP caractérisées structurellement. Les OMP permettent la diffusion des molécules à travers la membrane externe. Les ions diffusent passivement par des porines non-spécifiques telles qu’OmpF puis via des canaux ioniques au niveau de la membrane interne (CIC, MscL). Les sucres et les alcools passent par des porines spécifiques tels que LamB ou PhoE avant d’être liés à des protéines périplasmiques (MalE, PiBP) puis sont transférés dans le cytoplasme par des transporteurs ABC (MalFGK, PstABC) ou par des canaux (GlpF). Les sidérophores sont importés par des transporteurs actifs dépendant de TonB tels que FhuA avant de se lier à une protéine périplasmique (FhuD) et d’être importé dans le cytoplasme par un transporteur ABC (FhuBC). La sécrétion de toxines comme l’-hémolysine ou de substances toxiques comme les antibiotiques est assurée par TolC couplée à des pompes d’efflux actif de la membrane interne (HlyDB, AcrAB). Les OMP assurent aussi des rôles d’adhésion aux cellules de l’hôte, OmpX et OpcA, de structure de l’enveloppe, OmpA ou encore des activités enzymatiques, OmpT et OmpLA. Adapté de (Faraldo-Gomez et al. 2003).

OmpA est une protéine majoritaire de la membrane externe et joue un rôle dans l’intégrité de l’enveloppe bactérienne. OmpA est constitué de deux domaines dont seul le domaine N-terminal est transmembranaire (Figure 20). Comme OmpX, OmpA d’Escherichia coli est composée de 8 brins  (PDB ID : 1QJP) (Pautsch et al. 2000). Toutefois les boucles extracellulaires sont hautement mobiles et n’ont pas de densité électronique visible dans la structure cristallographique. L’étude de la mobilité de ces boucles chez OmpA de Klebsiella pneumoniae a été au cœur de notre étude et sera décrite en détail au chapitre 4. Ces boucles pourraient jouer un rôle important dans l’interaction avec la réponse immunitaire (Confer et al. 2013). Enfin, le domaine C-terminal, dont la structure a été également résolue dans le cas de Escherichia coli (PDB ID : 2MQE) (Ishida et al. 2014), est localisé dans le périplasme où il joue en rôle dans l’interaction avec le peptidoglycane (Park et al. 2012).

40 Certaines OMP assurent des fonctions enzymatiques. Ainsi la protéase OmpT est un tonneau  constitué de 10 brins  et dont les boucles extracellulaires contiennent le site catalytique (Figure 20) (PDB ID : 1I78) (Vandeputte-Rutten et al. 2001). OmpLA possède également une activité enzymatique. Cette phospholipase est composée de 12 brins  formant un tonneau  dont le canal est obstrué par les extrémités C- et N-terminales ainsi que par les boucles L1, L4 et L6 (PDB ID :1QD5) (Snijder et al. 1999). Son site actif est situé sur le côté du tonneau , à hauteur des têtes polaires des lipides du feuillet externe de la membrane externe. Normalement monomérique, l’association en dimère permet la formation du site de liaison du substrat et d’un trou oxyanion fonctionnel. Elle pourrait être impliquée dans la sécrétion de colicine et de facteurs de virulence.

Les OMP ont aussi un rôle de porine permettant une diffusion passive de molécules hydrophiles à travers la membrane externe (Figure 19) (Nikaido 2003). Composés de 16 brins , ces porines dites non spécifiques ont un canal qui permet à de petites molécules solubles et des ions de diffuser. Toutefois, la boucle L3 de ces porines n’est pas exposée à la surface extracellulaire mais va être repliée dans la lumière du canal où elle va former un goulet d’étranglement à mi-hauteur (Figure 20). La présence de résidus chargés à ce niveau forme un champ électrique transverse local qui constitue une barrière énergétique pour les solutés de faible polarité tels que de nombreux antibiotiques (Schulz 1994). En fonction de la charge portée par ces résidus, la porine va également avoir une sélectivité préférentielle pour les anions ou pour les cations. Ainsi la présence d’une lysine K125 dans la porine PhoE explique une sélectivité préférentielle pour les anions (PDB ID : 1PHO) (Cowan et al. 1992). Ces porines forment des homotrimères, chaque sous-unité ayant un canal transmembranaire. L’association sous forme de trimère induit la formation d’un cœur hydrophobe entre les 3 sous-unités (Gehring et al. 1989, Schulz 2002). La membrane externe comprend également des porines ayant une spécificité pour certains substrats. LamB est ainsi une porine spécifique des malto-oligosaccharides qui permet la diffusion passive du maltose (PDB ID : 1MAL) (Schirmer et al. 1995). Ces porines spécifiques forment également des homotrimères mais chaque monomère est constitué de 18 brins  au lieu de 16.

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Figure 20. Exemples de structures de OMP d’Escherichia coli. A. Vue de la face extracellulaire. B. Vue de la face latérale. Les limites approximatives de la membrane externe sont indiquées en pointillés, bleus pour la face extracellulaire et rouges pour la face périplasmique. Les brins , les hélices  et les boucles sont colorés en jaune, rouge et vert respectivement à l’exception de TolC où les chaines A, B et C du trimère ont été colorée en rouge, bleu et vert respectivement alors que les extrémités N- et C-terminale des 3 chaines formant une ceinture autour du tonneau 

sont colorées en bleu foncé. La boucle L3 de PhoE et le domaine N-terminal de LamB obstruant le canal ont également été colorés en bleu foncé. Pour OmpT et OmpLA, les acides aminés catalytiques ont été indiqués par des sphères bleues pour l’histidine et rouge pour l’aspartate/asparagine et la sérine. Le numéro PDB est indiqué pour chaque structure et toutes les structures sont des structures cristallographiques à l’exception de OmpA où les deux domaines sont des structures RMN étant donné que les boucles sont absentes des structures cristallographiques du domaine N-terminal (PDB ID :1QJP, 1BXW) et que le domaine C-terminal a été résolu uniquement par RMN. Dans le tableau, sont indiqués le numéro PDB de la structure cristallographique, le nombre de brins  par monomère, l’état oligomérique, le nombre de canaux et la fonction principale de chaque OMP.

Certains métabolites tel que le fer se trouvent en concentration nanomolaire dans les conditions physiologiques, à pH neutre et en présence d’oxygène, due à la rapide oxydation des ions Fe2+ en ions Fe3+ et à leur précipitation sous forme d’hydroxydes insolubles (Faraldo-Gomez et al. 2003). Des concentrations aussi faibles ne permettent pas un apport suffisant par simple diffusion passive. Certaines OMP sont ainsi capables d’assurer un transport actif à travers la membrane externe. C’est le cas de la protéine FhuA qui permet la capture de sidérophores, des molécules de faible poids moléculaire sécrétées par les bactéries qui chélatent le fer avec une haute affinité. Le transport actif contre un gradient de concentration nécessite de l’énergie, habituellement fournie par l’hydrolyse d’ATP ou par un gradient électrochimique transmembranaire. Toutefois ces sources

42 d’énergie ne sont pas disponibles au niveau de la membrane externe en raison de sa nature perméable. L’énergie nécessaire est fournie par le « complexe Ton » qui permet de coupler le transport actif à travers la membrane externe au gradient électrochimique de la membrane interne. Le complexe Ton est localisé au niveau de la membrane interne et est formé par la protéine membranaire ExbB et les protéines ExbD et TonB ancrées dans la membrane interne. FhuA est composé d’un domaine N-terminal qui adopte un repliement globulaire et d’un domaine C-terminal formant un tonneau  de 22 brins  (Figure 20) (PDB ID : 2FCP) (Ferguson et al. 1998). Le domaine N-terminal va obstruer le canal et former avec les boucles extracellulaires un site de liaison à haute affinité pour les sidérophores. Il a été montré chez BtuB, transporteur actif de la vitamine B12 (PDB ID : 1KMO, 1KMP), que la liaison du ligand entrainait un changement conformationnel du côté périplasmique d’une séquence « Ton box » qui permettait une interaction avec la protéine TonB (Merianos et al. 2000, Chimento et al. 2003, Postle et al. 2003). Il a été proposé que cette interaction avec TonB induise un changement conformationnel qui permettrait la translocation et la libération du ligand dans l’espace périplasmique (Faraldo-Gomez et al. 2003).

La membrane externe assure une protection des bactéries en empêchant de nombreuses substances tels que des enzymes, des antibiotiques ou des détergents, d’accéder à la membrane interne. Cette fonction de barrière est également un obstacle majeur pour la sécrétion et l’export de molécules par les bactéries Gram-négatives. La protéine TolC d’Escherichia coli permet l’export de nombreuses molécules hors de la cellule (Wandersman et al. 1990, Fralick 1996, Li et al. 2009). TolC est un trimère qui adopte la structure d’un tonneau  à 12 brins  antiparallèles au niveau de la membrane externe tandis que la partie périplasmique forme un tonneau constitué de 12 hélices  antiparallèles (Figure 20) (PDB ID : 1EK9) (Koronakis et al. 2000). Chaque monomère contribue à 4 structures secondaires, brins  ou hélice , pour chacun des tonneaux. Les extrémités N- et C-terminales vont former une structure / qui va former une ceinture au niveau du tonneau . TolC forme un canal avec un diamètre moyen de 19.8 Å et de 140 Å de long qui traverse la membrane externe et se projette dans l’espace périplasmique (Hinchliffe et al. 2013). Alors que le tonneau  est largement ouvert à la membrane externe, le canal de TolC est fermé à son extrémité périplasmique où 3 des 6 paires d’hélices  se tordent vers l’intérieur du canal. Les aspartates 374 vont alors former un détroit de 3.9 Å de diamètre qui ferme le canal de TolC aux substrats (Koronakis et al. 2000, Andersen et al. 2002). TolC interagit au niveau de la membrane interne avec un adaptateur périplasmique ancré dans la membrane interne et une protéine transmembranaire qui joue le rôle de transporteur actif tels que les couples HlyD-HlyB ou AcrA-AcrB (Thanabalu et al. 1998). Plusieurs homologues de TolC ont été retrouvés chez des pathogènes opportunistes tel que

43 Pseudomonas aeruginosa conférant à ces bactéries des capacités de tolérance accrue vis-à-vis d’un grand nombre de molécules (Hancock et al. 2002).