DIAGNOSTIC PARACLINIQUE :

11.1. Biologique :

Bilan inflammatoire : Le bilan inflammatoire comprend la réalisation d’une numération

formule sanguine (NFS), du dosage de la protéine C réactive (CRP) et/ou de la procalcitonine (PCT). Aucun de ces examens pris isolement ou en association ne permet de poser le diagnostic d’infection bactérienne. Le dosage de la (PCT) et de la (CRP) peut, en présence d’une pneumopathie clinique et radiologique, guider dans la mise en route et/ou le maintien d’une antibiothérapie [77].

Ionogramme sanguin et fonction rénale : se sont des examens nécessaires pour la prise

en charge hospitalière des pneumopathies bactériennes. Une sécrétion inappropriée d’hormone antidiurétique (ADH) peut se rencontrer au cours des pneumopathies de l’enfant.

Examens microbiologiques spécifiques : réalisés par l’hémoculture dont moins de 10 %

prélevées chez les enfants avec des pneumopathies bactériennes sont positives. La recherche d’une résistance bactérienne à l’antibiothérapie justifie la réalisation de cet examen.

La sérologie : L’apport de la sérologie dans le diagnostic étiologique des infections

respiratoires basses est important mais tardif et principalement utilisé pour le diagnostic de M.

pneumoniae. En effet, la culture de ce germe, longue et difficile, est rarement pratiquée. La

sérologie par méthode immuno-enzymatique permet de rechercher des anticorps spécifiques sur deux sérums prélevés à 15 jours d’intervalle [77].

Diagnostic moléculaire : Le diagnostic étiologique des infections pulmonaires par

faible rendement et, par conséquent, donne généralement un impact clinique limité. Des tests, non approuvés par les autorités réglementaires et non disponibles dans le commerce. Les tests multiplex sont bien établis dans le diagnostic d'une infection virale respiratoire et sont maintenant étendues à M.pneumoniae et C. pneumoniae [78].

Le risque fondamental des prélèvements bactériologiques des voies respiratoires basses est la contamination par la flore oropharyngée. Ainsi qu’une bienveillance extrême doit être portée sur les conditions de recueil et de transport de ces prélèvements dans le but de limiter la contamination salivaire en effectuant une culture quantitativement adaptée. La recherche de certaines bactéries ne s’effectue que sur des demandes spécifiques du clinicien du fait de la nécessité d’une culture prolongée sur milieu spécifique ou d’une recherche par biologie moléculaire. Le recueil des prélèvements respiratoires s’effectue dans un récipient stérile, acheminé rapidement au laboratoire, idéalement en moins de 2 heures, afin d’éviter la prolifération des bactéries. Idéalement, ce recueil s’effectue avant tout traitement (ATB).

Examen cytobactériologique des crachats (ECBC) : constitue une source d’inexactitude

et peut être facilement contaminé par la salive, mais il est considéré comme non invasif. Afin d’éviter cette contamination, il doit être réalisé le matin au réveil, après un rinçage bucco-dentaire à l’eau distillée stérile et lors d’un effort de toux. Avant ensemencement, un examen microscopique est effectué après coloration afin d’évaluer le nombre de cellules épithéliales et de leucocytes par champ microscopique au faible grossissement. D’après les critères de Bartlett, Murray et Washington, un prélèvement optimal doit contenir moins de 10 cellules épithéliales et plus de 25 polynucléaires par champ. Un prélèvement contenant plus de 25 cellules épithéliales par champ est considéré comme contaminé par la salive et ne sera donc pas ensemencé. L’étape suivante est l’examen direct après coloration de gram dans le but de distinguer les flores mixtes des flores monomorphes, sachant que l’existence de bactéries à l’intérieur des polynucléaires constitue un critère de contamination. L’ensemencement s’effectue ensuite de manière quantitative après fluidification du prélèvement et dilutions, et les milieux de cultures sont incubés 48 heures. Ainsi, l’interprétation du résultat final tiendra compte du nombre de cellules épithéliales et de polynucléaires, de la coloration de gram et de la culture au seuil de significativité [79].

L’aspiration des sécrétions bronchiquespar voie endotrachéale : est un examen de choix chez les patients dont les techniques invasives ne sont pas autorisées ou les patients qui ne peuvent pas cracher et misent sous intubation ou trachéotomie. Elle est fréquemment réalisée en réanimation chez le patient intubé-ventilé, et à l’aveugle lors d’aspiration des sécrétions broncho-pulmonaires par la sonde d’intubation. Néanmoins, de même que pour l’(ECBC), le risque d’infection par la flore salivaire reste capital, auquel s’associe une contamination fréquente par la flore commensale qui colonise les sondes d’intubation. Ainsi, une évaluation du nombre de cellules épithéliales et de polynucléaires par champ permettra d’évaluer la qualité du prélèvement, et seuls les prélèvements de bonne qualité seront ensemencés [79].

Le lavage broncho alvéolaire (LBA) : est effectué sous endoscopie et est donc invasif. Il

consiste à injecter, puis à réaspirer du sérum physiologique à travers un fibroscope placé dans une bronche sous-segmentaire. Des échantillons de 50 ml de sérum physiologique (à 37◦C) sont instillés en 4 à 6 fois, puis récupérés par aspiration, permettant de recueillir entre 20 et 60% de la quantité injectée. Le LBA se compose de deux fractions : une bronchique qui doit être éliminée (50 ml) et une alvéolaire (150—200 ml). Il présente l’avantage d’explorer un vaste territoire pulmonaire, les bronchioles distales et jusqu’à100 millions d’alvéoles [79].

Le Brossage télescopique protégé : est un prélèvement invasif qui s’effectue sous

fibroscopie, constitué d’une brosse protégée par un double cathéter obturé par un bouchon de polyéthylène glycol, évitant ainsi une contamination du prélèvement par la flore de l’oropharynx lors du passage des voies aériennes supérieures. Ce dispositif est glissé au travers du fibroscope et est dirigé dans une petite bronche de 4^ème ordre, au niveau du territoire pulmonaire radiologiquement suspect. Le cathéter interne est alors poussé, expulsant le bouchon et permettant d’avancer la brosse de quelques centimètres, pour réaliser le

l’étiologie. Par ailleurs, ce sont des tests qualitatifs qui ne ciblent que deux pathogènes alors qu’un certain nombre de (PAC) ont une étiologie pluri-microbienne [79].

C.psittaci : Le nombre total de globules blancs est généralement normal ou légèrement élevé. L'éosinophilie a été observée en convalescence. Les résultats des tests de la fonction hépatique sont légèrement anormaux dans 50% des cas et peuvent suggérer une cholestase. Une culture de l'organisme est possible à partir de sang dans les 4 premiers jours de la maladie et de crachats dans les 2 premières semaines. Toutefois, bien que l'organisme puisse être isolé en culture cellulaire et par inoculation à l'animal, ces méthodes sont dangereuses et le diagnostic sérologique est préférable [15].

La culture et l'isolement de C.psittaci sont rarement entrepris en dehors de la recherche des laboratoires, en grande partie en raison de difficultés techniques. Le diagnostic est généralement fait en observant une multiplication par quatre ou plus des anticorps dans un sérum apparié (sérums aigus et de convalescence). En l'absence d'une exposition aux oiseaux, les tests sérologiques doivent être interprétés avec prudence en raison du potentiel de réactivité croisée avec d'autres Chlamydia. L'utilisation de la fixation du complément est découragée en raison de sa faible spécificité. La micro-immunofluorescence est généralement plus sensible et plus spécifique que la fixation du complément ; Toutefois, il existe encore une certaine réactivité croisée avec d'autres chlamydiae. Le prélèvement de sérum aigu devrait avoir lieu dès le début de la maladie clinique, avec collecte de sérum de convalescence

2 à 4 semaines plus tard. Un test (PCR) en temps réel pour C. psittaci a été élaboré à partir d'échantillons respiratoires mais est disponible uniquement dans les laboratoires spécialisés [16].

C.burnetti: La plupart des patients atteints de pneumonie à fièvre Q (70%) avaient un globule blanc normal. Bien que la (NFS) ait été normale, une thrombocytose réactive de plus de 1 million de plaquettes par mm3 a été fréquemment retrouvée pendant la convalescence de la fièvre Q. Environ 50 % des patients atteints de pneumonie à fièvre Q présentaient une élévation des enzymes hépatiques mais aussi les patients atteints de légionelles. La créatinine phosphokinase chez les patients atteints de pneumonie à fièvre Q était de 912 U/L (normal entre 18-199 U/L). Comme la maladie est souvent non spécifique dans sa présentation

clinique, les tests de laboratoire sont nécessaires pour confirmer le diagnostic. Comme la plupart des laboratoires n'ont pas la capacité pour isoler l'organisme, des tests sérologiques, y compris la fixation du complément et les tests d'immunofluorescence des anticorps sont les moyens de diagnostic les plus courants. Une multiplication par quatre du titre d'anticorps entre les échantillons de sérum en phase aiguë et en phase de convalescence est considérée comme un diagnostic. L'échantillon de la phase aiguë doit être prélevé dès que possible dans la maladie et l'échantillon de convalescence 2 à 4 semaines plus tard. Lorsque l'échantillon est prélevé précocement, il n'y a pas d'anticorps détectables contre C.burnetii. La (PCR) a été utilisée avec succès pour détecter l'(ADN) de C.burnetii dans des cultures cellulaires. L'isolement de C.burnetii doit être effectué uniquement dans des installations de confinement de niveau de biosécurité en raison de son extrême infectiosité. L'adaptation d'un système de culture en flacon coquille utilisant un fibroblaste pulmonaire embryonnaire humain a amélioré l'isolement de C.burnetii. Les tests sérologiques doivent toujours être interprétés en tenant compte du tableau clinique [36].

Tableau X : Caractéristiques paracliniques chez 477 patients atteints de Fièvre Q aigue [34]

Caractéristiques paracliniques de la fièvre Q Fréquence (%) Anomalies électro cardiographiques 3

Thrombopénie (< 150 G/l) 35

(TAAN) détectent les bactéries vivantes et l'antigène respectivement. Ces techniques sont principalement utilisées dans des laboratoires spécialisés expérimentés. Le diagnostic de routine de l'infection à C. pneumoniae a été sur la base des résultats des tests sérologiques visant à identifier les anti-C. pneumoniae [46].

M.pneumoniae : De nombreux tests de laboratoire sont disponibles pour le diagnostic de

M. pneumoniae. Il semble que les meilleurs de ces tests soient ceux basés sur la détection des

acides nucléiques spécifiques aux Mycoplasmes [59].

Le diagnostic biologique d’une infection à M. pneumoniae est plus souvent réalisé par la sérologie que par la culture et l’amplification génique, cette dernière se développant de plus en plus. Ces méthodes directes ont cependant l’avantage d’affirmer le caractère récent de l’infection [62].

La culture est plus rarement réalisée pour M. pneumoniae en raison des délais nécessaires. Elle est avantageusement remplacée par l’amplification génique. Quelle que soit la méthode de prélèvement, celui-ci doit ramener des cellules auxquelles M. pneumoniae adhère.

Prélèvements de gorge et aspirations nasopharyngé chez le jeune enfant sont à préférer pour la recherche de M. pneumoniae en raison du caractère diffus de l’infection. Le brossage bronchique et le (LBA) sont également adaptés, contrairement aux expectorations, trop contaminées et pouvant contenir des inhibiteurs de (PCR) [57].

Les prélèvements sur écouvillon seront mis en milieu de transport adapté. La mise en culture doit se faire préférentiellement sans délai. Les échantillons peuvent cependant être gardés à +4 °C pendant 48 h au plus, et au-delà à -70 °C [57].

Les milieux de culture sont complexes, renfermant 20 % de sérum, de l’extrait de levure et sont rendus sélectifs par addition d’une bêta-lactamine et éventuellement d’autres inhibiteurs. Il faut utiliser des milieux liquides et gélosés, les milieux liquides sont ensemencés en faisant des dilutions pour éliminer des inhibiteurs tissulaires et éventuellement faire une étude quantitative. L’incubation a lieu à 37 8C, de préférence sous (CO2) [57].

L’identification de l’espèce se fait sur les propriétés métaboliques et l’aspect des colonies.

L’amplification géniqueest une excellente alternative à la culture pour M. pneumoniae, tant sur le plan sensibilité que spécificité. La (PCR) peut être réalisée sur les différents prélèvements déjà cités, en particulier les prélèvements de gorge ou les aspirations nasopharyngé, mis en milieu de transport [57].

Des méthodes de détection antigénique par différentes techniques ont été proposées pour M. pneumoniae, mais elles manquent de sensibilité et ne sont pas recommandées.

L’isolement de M. pneumoniae chez un patient est un élément significatif, car a priori cette bactérie n’appartient pas à la flore commensale, à l’exception des périodes épidémiques.

Les sérologies sont les méthodes les plus utilisées pour le diagnostic d’infection à M.

pneumoniae. Les techniques immuno-enzymatiques (EIA) sont les plus utilisées en raison de

leur meilleur sensibilité et spécificité. Elles permettent de détecter séparément les immunoglobulines M, G et A respectivement (IgM, IgG, IgA). La présence d’(IgM) spécifiques seules est souvent interprétée comme la preuve d’une infection aigue, carce type d’anticorps apparaît typiquement une semaine après le début de l’infection et deux semaines avant l’apparition d’(IgG). Cela présente l’avantage théorique d’autoriser l’analyse d’un seul sérum. Cependant, la présence (IgM) témoigne d’une primo-infection, est souvent observée chez les enfants et adolescents, mais occasionnellement chez l’adulte. Ces derniers présentent souvent une augmentation de titre des (IgG) sans réponse d’(IgM). Les (IgA) sont identiques aux (IgM) et existent dans les infections aigues, mais sont, au contraire des (IgM) sont présentes aussi lors des réinfections. Chez l’adulte, l’existence d’(IgA) pourrait donc poser le

endotrachéale, de lavage broncho alvéolaire (LBA), de biopsie pulmonaire ouverte et de liquide céphalorachidien (LCR). La sensibilité de la culture d'expectorations est cependant faible; Tandis que les échantillons de (LBA) sont connus pour avoir une sensibilité plus élevée. Les colonies sont caractérisées par leur couleur bleue et leur aspect de verre dépoli. En coloration de Gram, elles se présentent sous la forme de longs et minces bacilles Gram-négatifs. Les échantillons doivent être incubés et régulièrement contrôlés pendant au moins 10 jours avant que la culture ne soit déclarée négative. Les Légionella peuvent être isolées dans les voies respiratoires et les échantillons de tissus en 2-4 h en utilisant l'immunofluorescence directe [52].

F.tularensis : Le diagnostic de tularémie est confirmé par isolement d’une souche de F.

tularensis à partir d’un prélèvement clinique quel qu’il soit, mais repose habituellement sur la

sérologie du fait de la faible sensibilité de la technique de culture. Les techniques basées sur l’amplification génique par (PCR) sont utiles pour une détection précoce de l’(ADN) de

F. tularensis dans les prélèvements cliniques, avant apparition des anticorps spécifiques.

Ces techniques permettent également de confirmer la présence de F. tularensis dans des tissus d’exérèse chirurgicale (adénopathies suppurées notamment) lorsque la faible efficacité des traitements (ATB) spécifiques amène un doute diagnostique [26].

11.2. Radiologie :

La radiologie thoracique permet d’apporter la preuve de la pneumopathie. Sa réalisation ne doit pas retarder la mise en route d’une antibiothérapie si celle-ci est décidée. En l’absence de signes cliniques évocateurs d’une pneumopathie (fièvre, tachypnée, signes de lutte, anomalies auscultatoires), la radiographie n’est pas justifiée [77].

Les indications d’une radiographie de thorax sont : [77].

• une fièvre avec auscultation pulmonaire évocatrice d’une pneumonie. • une fièvre même isolée, en particulier chez le nourrisson.

• une toux fébrile persistante. • des pneumonies récidivantes.

La radiographie thoracique doit être réalisée de face, en position debout et en inspiration profonde. Le cliché de profil ne se justifie pas en première intention. Le cliché de face en expiration sera réalisé en cas de suspicion d’une inhalation de corps étranger. La radiographie peut être normale dans les 72 premières heures suivant le début des symptômes. Classiquement, le diagnostic de pneumopathie repose sur la présence d’une opacité parenchymateuse, alvéolaire, unique ou multiple, parfois bilatérale. Si l’opacité est systématisée avec bronchogramme aérien évoque une étiologie bactérienne, notamment pneumococcique Les opacités rondes sont particulières à l’enfant. La recherche de complications, telles que la présence d’un ou de plusieurs abcès, d’une pleurésie, d’une atélectasie, est systématique. Le contrôle radiologique est indispensable pour s’assurer de la complète normalisation radiologique lors de complications, d’adénopathies, de pneumonie ronde (pour éliminer un syndrome tumoral), d’une mauvaise évolution clinique ou de pneumopathies à répétition. Il est discuté lors d’un premier épisode rapidement résolutif, mais reste souvent préconisé à un mois d’évolution pour s’assurer d’une guérison complète et de l’absence de malformation sous-jacente [77].

Le scanner thoracique peut se justifier en présence d’une complication (pleuropneumopathie, un abcès) pour aider dans la prise en charge thérapeutique [77].

C.psittaci : La radiographie thoracique est anormale chez environ 75 % des patients et est généralement plus anormale que ce que l'auscultation permettrait de prévoir. La constatation la plus fréquente est la consolidation dans un seul lobe inférieur, observée dans 90 % des radiographies anormales du thorax. Cependant, divers motifs ont été signalés, notamment un aspect homogène de verre dépoli, un motif réticulaire irrégulier rayonnant du hile, une consolidation segmentaire ou lobaire avec ou sans atélectasie, un motif miliaire, un

Pour les patients atteints de psittacose, les radiographies thoraciques sont anormales jusqu'à 90% des cas d'hospitalisation. Le plus souvent, de manière unilatérale, on observe une consolidation dense du lobe inférieur, mais aussi des infiltrats bilatéraux, nodulaires, miliaires ou interstitiels peuvent être présents [14].

Figure 20 : Radiographie thoracique montrant l'infiltration du lobe inférieur gauche et infiltration inhomogène dans le lobe droit [80].

C.pneumoniae : Un seul infiltrat, sous-segmentaire et irrégulier, est l'aspect radiographique typique est l’infiltrat, sous-segmentaire et irrégulier des pneumopathies atypiques, ce qui est souvent le cas des infections à C.pneumoniae.

Autres caractéristiques radiographiques, tels que la consolidation lobaire ou sous-lobaire, les infiltrats interstitiels, l'implication bilatérale, l'épanchement pleural et l'adénopathie hilaire peuvent être présents dans l'infection à C.pneumoniae, mais moins fréquemment [45].

Au moment de la radiographie thoracique, un modèle unilatéral de l'alvéole s'infiltre ou la bronchopneumonie prédomine. Les résultats sont généralement confinés à un seul lobe avec une implication du lobe inférieur plus fréquente que l'implication du lobe moyen ou supérieur. Un schéma de pneumonie interstitielle est relativement rare. Jusqu'à un quart des patients peuvent présenter un épanchement pleural de taille petite à moyenne. La lymphadénopathie médiastinale est trouvé sur la radiographie thoracique [81].

Figure 21 : Radiographie thoracique et tomodensitométrie (TDM) montrant respectivement des infiltrats droits et une opacité irrégulière du verre dépoli avec épaississement de la paroi

Figure 22 : Radiographie thoracique montrant la consolidation dans le segment apical du lobe inférieur gauche [83].

M.pneumoniae : Les résultats de la radiographie thoracique comprennent des infiltrats alvéolaires unilatéraux ou bilatéraux, des nodules péri-bronchovasculaires centrolobulaires, des zones d'atténuation du verre rodé, une lymphadénopathie intrathoracique et même un épanchement pleural [52].

Il n’existe aucun critère radiologique spécifique de l’infection à M. pneumoniae, mais différents aspects peuvent être retrouvés : un infiltrat interstitiel, une condensation alvéolaire systématisée, des adénopathies hilaires ou, plus rarement, un épanchement pleural [77].

C.burnetti : Les manifestations radiologiques de la pneumonie à fièvre Q sont souvent impossibles à distinguer de celles de la pneumonie causée par d'autres microorganismes. Toutefois, les opacités ne sont pas rares et, dans les zones endémiques, elles peuvent très souvent suggérer une pneumonie à fièvre Q. Les épanchements pleuraux lorsqu'ils se produisent sont généralement petites et une adénopathie hilaire peut se produire.

La radiographie pulmonaire était moins précise que le scanner pour la détection des domaines de consolidation [36].

Figure 24 : Radiographie thoracique de face et de profil d'une patiente souffrant d'une pneumonie à Fièvre Q. Cette opacité ne peut être distinguée d'une pneumonie, quelle qu'en soit

Figure 26 : Radiographie thoracique d'un jeune homme atteint de Fièvre Q montrant l'étendue de l'hilarité bilatérale de l'adénopathie [36].

Légionella : Il n’y a pas d’atteinte radiologique spécifique de la légionellose. On observe classiquement des infiltrats alvéolaires, occasionnellement bilatéraux, qui progressent vers une consolidation. Sinon, la présentation d’une légionellose n’est pas différente de toute autre pneumonie acquise en communauté. Le diagnostic repose sur la clinique et confirmé par la présence d’un infiltrat sur la radiographie thoracique dans la plupart des cas [84].

Figure 27: A) Radiographie thoracique montrant des infiltrats pulmonaires bilatéraux et multilobaires apical et basal droit, hilaire gauche. B) (TDM) thoracique montrant des

Figure 28 : Radiographie du thorax mettant en évidence un foyer lobaire inférieur gauche ainsi qu'un infiltrat péri-hilaire droit [85].

F.tularensis : Les caractéristiques radiographiques de la tularémie pulmonaire sont très variables. Certains rapports décrivent les opacifications multilobaires par tâches comme la principale chez les patients atteints de tularémie pulmonaire, alors que d'autres notent une tendance plus unilatérale des consolidations. Les opacités ovoïdes, une caractéristique qui a été historiquement considérées comme pathognomoniques pour la pneumonie de tularémie, sont observées dans une minorité des cas. Les épanchements pleuraux et l'adénopathie hilaire sont fréquents [86].

Figure 29 : Radiographie thoracique d'un homme atteint de Tularémie pulmonaire montrant des infiltrats multilobaires du côté droit[86].