Implementer les cartes genomiques en Tropes
11.2 Description de la meta-connaissance
Il nous faut desormais representer la connaissance sur les entites, c'est-a-dire regrouper les concepts biologiques comparables, sur lesquels le raisonnement aura lieu, exprimer
11.2 Description de la meta-connaissance 133 quelles sont les dimensions de ces concepts dans leurs points de vue respectifs, quelles sont les unites des concepts et si celles-ci sont additives.
Pour cela, le meta-modele de Tropes a ete etendu, en de nissant des sous-classes des meta-conceptsConcept etPoint-de-vue et en leur ajoutant si necessaire de nouveaux attributs. Regrouper les concepts comparables selon l'optique des cartes genomiques est indispensable, car une base de connaissances, m^eme restreinte a l'etude des cartes, se compose obligatoirement d'une multitude de concepts, dont certains n'ont rien a voir avec la construction des cartes. Il en est ainsi de concepts representant des commentaires, des references aux auteurs ou a des articles, etc. Pour les distinguer de ces autres concepts, ont ete creees des sous-classes du conceptConcept, telles que tous les concepts utiles dans la modelisation des cartes et comparables pour la construction sont instances d'une de ces classes (appeleeConstruction-cartes). Cette specialisation pourrait egalement servir a reunir des concepts de representation temporelle( gure 11.2). De plus, un nouvel attribut-concept a ete cree, pour lier cette classe aux relations qu'il est possible de de nir entre ces concepts. Concept Point Intervalle Cytogénétique Génétique Physique Cytogénétique Génétique Physique Point de vue ordonné ordonné Concept Construction cartes Gène Carte Point de vue Temps
Concept Point de vue
Figure 11.2 - :Extension du meta-modele. Au lieu d'^etre des instances de la classe-racine du concept
Concept, les concepts cartographiques comparables entre eux sont regroupes par leur appartenance a la classe Construction-cartes. De m^eme, chaque point de vue de ces concepts est instance du meta-concept
Point-de-vue, mais est lie a une sous-classe de la racine indiquant si cette entite est un point ou un intervalle dans ce point de vue. Ainsi, le point de vue genetique du conceptGeneest instance de la classe
Point tandis que le point de vue physique est rattache a la classe Intervalle.
Le concept Point de vue a aussi ete etendu de facon a representer les dimensions des entites. Comme celles-ci dependent precisement du type de carte ou une entite est de nie, il a su de creer deux sous-classes de la classe-racine, modelisant respectivement les points de vue dans lesquels l'entiteest un point, et ceux dans lesquels c'est un intervalle ( gure 11.2).
Un meta-attribut du conceptPoint de vue fait le lien avec l'unite du point de vue. Ce meta-attribut prend ses valeurs dans le conceptUnit, qui ne comprend que deux attributs,
le premier indiquant le nom de l'unite, le second si cette unite est additive ( gure 11.3). Le modeleTropesimpose une redondance d'information car, m^eme si concepts et points de vue sont independants, ces derniers sont rattaches a un concept. Ainsi, il faut repeter l'information associant un point de vue a une unite pour chacun des concepts de la base de connaissances, m^eme si les points de vue en question ont le m^eme nom.
cM faux additive nom vrai additive nom additive kb vrai nom % chr Unit nom additive Cytogénétique Génétique Physique Gène
Figure 11.3 - : Le concept Unit. Une unite est caracterisee par son nom; elle comporte un attribut supplementaire indiquant si elle est additive ou non. Dans le cas des cartes genomiques, trois instances de ce concept ont ete de nies, une pour chacun des trois types de carte. Tout point de vue comporte un meta-attribut pointant sur l'instance d'unite adequate ; par exemple, le point de vue genetique du concept Gene pointe sur l'unite cM (il en est de m^eme des autres points de vue genetiques des autres concepts car un point de vue dans le modeleTropesest rattache a un concept).
De m^eme, nous de nissons un conceptScale, dont la clef est un couple d'unites, et qui contient un attributechelle donnant la valeur du facteur d'echelleentre les deux unites. Ce concept n'est pas utilise puisque, comme cela a ete vu, il n'existe pas de facteur d'echelle entre les di erentes cartes genomiques. Neanmoins, il pourrait ^etre utilise pour inferer des relations approximatives basees sur une valeur constante du rapport entre unites.
11.3 Representation des relations
Les relations, qu'elles soient qualitatives ou quantitatives, sont representees dans un concept speci que appeleRelation. Ce concept contient un certain nombre d'attributs re-presentant les elements de la formalisation. La clef du concept est constituee des attributs
noms etentites, qui prennent leur valeur respectivement dans un ensemble de cha^nes de
caracteres et un ensemble d'instances de la base de connaissances. Le choix d'un ensemble de noms permet de representer les disjonctions de relations atomiques. L'attribut entites
11.4 Correspondance entre la formalisation et l'implementation 135 contient, dans le cas des relations qualitatives orientees, l'entite de reference et les entites mises en relation. Il est necessaire de placer la reference dans les attributs-clefs car, si elle avait ete ajoutee en tant qu'attribut a la classe des relations qualitatives orientees, il n'aurait pas ete possible de creer deux relations di erant seulement par la valeur de cet attribut, ce qui non seulement doit ^etre autorise, mais permet en outre d'inferer des relations d'orientation (cas de la fusion ou les relations sont identiques).
La gure 11.4 montre l'organisation du concept Relation; au fur et a mesure qu'on descend dans la hierarchie des classes, les valeurs possibles pour l'attribut noms sont de plus en plus restreintes, pour se limiter a une seule cha^ne de caracteres au niveau des classes terminales. La classe des relations quantitatives est adjointe de deux nouveaux attributs speci ant les distances possibles entre les extremites des entites en relation.
Relation orien contient dans ordre même opposéeorien Relation Sans ordre Qualitative Quantitative extrémités distance entités D’ordre noms avant
avant recouvreaprès après recouvre contenu
arité inverse
Figure 11.4 - : Le concept Relation. Il se scinde en deux parties, une classe de relations qualitatives et l'autre de relations quantitatives, qui partagent les attributs noms et entites. D'autres attributs sont de nis pour representer les informations necessaires a l'expression des relations qualitatives (inverse et
arite) et quantitatives (distance et extremites). L'attributnoms est progressivement restreint au fur et a mesure que les classes se specialisent.
Quelques exemplesd'instances du conceptRelationsont donnes dans le tableau suivant (tableau 11.1).