2.3.1 Intensité de la moniliose et de la pourriture brune
La moniliose au Costa Rica causée par le pathogène Moniliophthora roreri et la pour- riture brune au Cameroun causée par le pathogène Phytophthora megakarya sont les deux maladies étudiées au cours de ce travail de thèse. Ces maladies sont toutes deux des ma- ladies de fruits. L’évaluation de leur présence au sein d’une parcelle est donc réalisée par comptage des fruits sains et des fruits contaminés. Nous détaillerons dans un premier temps les méthodes d’acquisition des données utilisées respectivement au Costa Rica et au Cameroun. Puis nous expliquerons le calcul de l’indice dit “d’intensité de la mala- die" utilisé pour l’évaluation à l’échelle de la parcelle de l’intensité d’attaque des deux pathogènes.
Figure 12 – : Pourcentage mensuel d’agriculteurs récoltant à Talamanca et périodes (P1 à P4) de comptage des chérelles et des cabosses saines et pourries (d’après : Projet Carbone-Talamanca, CATIE, 2005 dans Deheuvels et al. 2011)
Acquisition des données
Au Costa Rica, les comptages exhaustifs des fruits sains et atteints de moniliose ont été réalisés sur l’ensemble des cacaoyers à l’échelle de la cellule (carré de 10 x 10 m) et sommés à l’échelle de l’unité d’échantillonnage (50 x 20 m). Les relevés ont été réalisés à quatre périodes : P1 = avril-mai, P2 = juillet, P3 = octobre et P4 = janvier. Les périodes P1 et P3 sont juste avant les deux récoltes principales de cacao alors que les périodes P2 et P4 sont entre les deux récoltes principales de cacao (Figure 12). Ces données ont été acquises sur deux saison de production entre avril 2008 et janvier 2010. Les comptages ont été réalisés en distinguant les jeunes fruits, appelés chérelles et faisant moins de 10 cm de long, des fruits adultes, appelés cabosses et faisant plus de 10 cm de long. Les fruits considérés comme atteints par la moniliose sont les fruits présentant au moins un des symptômes suivants : déformation du fruit, lésion, mûrissement prématuré, tâche de couleur chocolat, lésions sporulantes, cabosses momifiées (Chapitre 1, Figure 7). Si les fruits ne présentent aucun de ces symptômes et s’ils n’ont pas subi d’autres dommages (rongeurs, pourriture brune, etc.) ils sont comptabilisés comme sains. Le protocole d’ac- quisition de ces données a été construit par Olivier Deheuvels et Jacques Avelino, et ces données ont été acquises par Ignacio Rodriguez Marquez.
Au Cameroun, les comptages exhaustifs des fruits sains et atteints de pourriture brune ont été réalisés sur 80 cacaoyers répartis de façon homogène dans l’unité d’échantillonnage (Figure 13). Les relevés ont été réalisés à quatre périodes réparties sur la durée de temps
Figure 13 – : Cartographie de la parcelle 19 du réseau installé dans le département de la Lékié au Cameroun. La position des 80 cacaoyers choisis pour le suivi des bioagresseurs est indiquée par le numéro du cacaoyer.
de présence des fruits dans une parcelle en 2012. Les périodes sont les suivantes : T1 = mai, T2 = juillet-août, T3 = septembre-octobre et T4 = novembre. Seuls les cabosses, c’est-à-dire les fruits adultes de plus de 10 cm de long, ont été considérées dans ces comp- tages. Les cabosses considérées comme atteintes sont les cabosses présentant des tâches brunes caractéristiques de la pourriture brune de la cabosse (Chapitre 1, Figure 8). Si les fruits ne présentent aucun de ces symptômes et s’ils n’ont pas subi un nombre trop im- portant de piqûres de mirides ni d’autres dommages (rongeurs, etc.) ils sont comptabilisés comme sains. Ces données ont été acquises par les techniciens Mbarga Joseph Bienvenu, Owona Benoît et Petchayo Tigang Sandrine de l’IRAD (Institut de Recherche Agricole pour le Développement) sous la supervision de Martijn ten Hoopen (UR106 du CIRAD).
Indice d’intensité
Pour chaque parcelle un indice d’intensité d’attaque des fruits a été calculé. Cet indice renseigne sur le niveau de prévalence des maladies au cours d’une période donnée. Pour chaque année et chaque catégorie de fruit (chérelle ou cabosse), l’indice est calculé comme :
IN = DiseaseArea ·100 T otalArea
, où T otalArea est l’aire sous la courbe en fonction du temps (en jours) du nombre total de fruits entre le premier et le dernier comptage d’une année et DiseaseArea est l’aire sous la
Figure 14 – Nombre de cabosses totales et atteintes de moniliose au cours des deux années de données pour la parcelle 1 du réseau installé à Talamanca au Costa Rica.
Figure 15 – Nombre de cabosses totales et atteintes de pourriture brune au cours de l’année 2012 sur la parcelle numéro 20 du réseau installé au département de la Lékié au Cameroun.
Figure 16 – Bâches plastiques installées au pied des 80 cacaoyers choisis pour le suivi des bioagresseurs d’une parcelle d’agroforêt à cacaoyers du département de la Lékié au Cameroun.
courbe du nombre de fruits malades au cours de la même période de temps. T otalArea et
DiseaseAreasont exprimés en nombre de fruit*jours (cf. Figure 14 et 15). Dans le cas du
Cameroun, les comptages n’étant pas exhaustifs sur l’ensemble des cacaoyers des unités d’échantillonnage, les nombres de fruits observés sur les 80 cacaoyers ont été ramenés au nombre total de cacaoyer dans l’unité d’échantillonnage considérée.
2.3.2 Densité de mirides
Au Cameroun, la densité de mirides a été évaluée sur 80 cacaoyers par unité d’échan- tillonnage en septembre 2011 et août 2012, c’est-à-dire autour du pic de présence des populations de mirides au Cameroun. Nous avons utilisé un protocole mis en place par Régis Babin (UR106) dans le cadre de sa thèse (Babin, 2009). Le soir vers 18 h, des bâches plastiques de 4 x 4 m de côté ont été placées au pied des 80 cacaoyers en prenant soin d’être au dessous du tronc et du feuillage des cacaoyers (Figure 16). Le lendemain matin à l’aube, vers 6 h quand les mirides sont peu actifs de façon à limiter les départs des adultes ailés, les 80 cacaoyers étaient aspergés par un insecticide à effet choc. L’insecticide était composé de 20 g/L de Lambda Cyhalothrin et de 20 g/L de imidaclopride pulvérisé à l’aide d’un atomiseur (Stihl SR 420) en utilisant une dose de 25 mL/ha. Sept heures après le traitement afin de lui laisser le temps d’agir, l’ensemble des insectes morts et tombés sur les bâches plastiques était collecté. Les insectes étaient conservés dans de l’alcool à 70% à l’intérieur de tubes portant des étiquettes indiquant le numéro de la parcelle et du cacaoyer (Figure 17). Les tubes étaient conservés au congélateur. Au laboratoire, les mirides étaient triés et identifiés. Parmi les mirides du cacaoyer, les individus observés appartenaient exclusivement à l’espèce Sahlbergella singularis. Le stade (cinq stades lar-
Figure 17 – Insectes récoltés dans une parcelle d’agroforêt du réseau du département de la Lékié au Cameroun et conservés dans des tubes
vaires et un stade adulte), ainsi que chez l’adulte le sexe, ont été identifiés. Les traitements insecticides et ramassage des insectes ont été réalisé par Régis Babin en 2011 (avec l’aide de techniciens de l’IRAD : Maurice Douandji et Yédé), et avec la collaboration de Marie Ange Ngo Bieng en 2012. Le trie en laboratoire a été réalisé avec l’aide de Régis Babin, Marie Ange Ngo Bieng, Antoine Foucart (UR106), Laurence Blondin (UR106) et Jéré- mie Balagne (stagiaire Supagro) en 2011 et réalisé et supervisé par Leïla Bagny Beilhe (UR106) avec l’aide des techniciens de l’IRAD : Maurice Douandji, Marie Bénédicta Nd- zana et Thérèse Lydie Ngayenne en 2012. Pour chaque année, la densité de mirides à l’échelle de la parcelle a été estimée en sommant le nombre total d’individus de l’espèce
Sahlbergella singularis et en le ramenant au nombre total de cacaoyer de la parcelle (notée Dmir).