HAL Id: hal-02821226
https://hal.inrae.fr/hal-02821226
Submitted on 6 Jun 2020HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci-entific research documents, whether they are pub-lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or
L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires
Création d’un système d’information pour le Réseau
d’Excellence européen EVOLTREE
Fabien Bachraty
To cite this version:
Fabien Bachraty. Création d’un système d’information pour le Réseau d’Excellence européen EVOLTREE. Sciences du Vivant [q-bio]. 2008. �hal-02821226�
Centre régional associé
D’Aix en Provence
-
INRA Avignon
Unité de Recherche
Ecologie des Forêts
Méditerranéennes
Mémoire présenté en vue d’obtenir
Le diplôme d’ingénieur CNAM
En Informatique Spécialité ISI
Par Fabien Bachraty
-
Création d’un système d’information pour
le réseau d’excellence européen EVOLTREE
-
Session décembre 2008
JURY
Président :
M. Jean RANCHIN
Professeur principal :
M. Noël QUESSADA
Membres :
M. Bastien PESCE
M. François LEFEVRE
M. Christian PICHOT
1. Avant propos
La réalisation du système d’information pour les sites d’études intensives du réseau d’excellence européen EVOLTREE (EVOLution of TREEs as drivers of terrestrial biodiversity) qui est consacré à l'étude de l'adaptation des milieux forestiers au changement climatique et à ses conséquences sur la biodiversité est une véritable chance pour moi.
Je travaillais auparavant dans une société privée où je développais des logiciels de contrôle qualité sur ligne, j’y étais resté à la suite de ma formation en alternance pour mon Master en informatique et système d’information. J’ai réalisé mes cours du soir par
l'intermédiaire du CNAM (Conservatoire national des arts et métiers) en parallèle de cet emploi, mais l’entreprise n’avait malheureusement pas de projet à me proposer pour la conduite d’un mémoire. J’ai donc du chercher un autre emploi et ce poste à l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) avec ce profil est arrivé au meilleur moment pour moi et est en parfaite adéquation avec mon projet professionnel.
Le projet de dimension européenne m’a semblé être un véritable défit personnel. Je me suis quelquefois interrogé sur mes capacités à mener à bien sa réalisation. Avec comme seule expérience de gestion de projet celle de mes cours. Le fait de me retrouver responsable, et quasiment seul maître à bord de la création d’un système d’information d’une telle
importance était pour moi à la fois impressionnant et déroutant. Cela reste ma première expérience de gestion de projet informatique en autonomie.
Pour mener à bien ce projet, j’ai dû travailler sur des aspects qui m’étaient peu, voir totalement inconnus. Cela est le cas du développement Web (le web est un système
hypertexte public fonctionnant sur Internet), de la gestion des métadonnées (des données qui servent à définir ou décrire une ou d'autres données) ou encore du traitement des informations georéférencées. Mon travail m’a parfois mené à traiter des aspects pour lesquels je n’ai aucune formation. Cela a été le cas lorsque j’ai du faire des études de normes et de directives européennes. J’ajoute que, dans le contexte européen du projet, l’anglais s’est imposé pour communiquer avec les partenaires, et documenter mes travaux. J’étais dès le départ
pleinement conscient que mon niveau d’anglais scolaire était une difficulté supplémentaire. Au final cela a surtout été l’occasion de transformer mes acquis en véritable pratique de l’anglais tant à l’écrit qu’à l’oral. Ainsi, cette expérience m’a apporté de nouvelles compétences qui me seront utiles pour mon avenir professionnel.
D’un point de vue plus personnel et humain, ce poste m’a souvent fait rencontrer des chercheurs, des post doctorants ou encore des thésards. Les échanges avec ces personnes qui travaillent sur les questions de l’adaptation des forêts aux changements climatiques ont toujours été enrichissants culturellement.
En tout cas l’ambiance et le cadre de travail fourni par l’Unité d’Ecologie des Forêts Méditerranéennes et ses hommes est, largement propice à la réussite d’un projet. C’est donc en partie à cet environnement que je dois la réussite de ce projet.
Ce projet que j’ai réalisé avec un grand enthousiasme a fait mûrir ma vision de la gestion de projet et me donne du recul sur l’appréhension de mon avenir professionnel. J’espère que l’énergie investie, et le plaisir que j’ai eu à faire mon travail transparaîtra aux travers des descriptions de mes travaux. C’est en tout cas avec joie que je partage avec vous par l’intermédiaire de ce mémoire, cette expérience qui est désormais pour moi un excellent
Sommaire
1. Avant propos ... 2 2. Résumé... 7 3. Remerciements... 8 4. Introduction ... 9 4.1. Présentation du contexte... 10 4.1.1. Présentation de l’employeur... 104.1.2. Vision globale du réseau d'excellence européen EVOLTREE ... 10
4.1.3. Origine et constitution du réseau EVOLTREE ... 10
4.1.4. Les objectifs du réseau EVOLTREE ... 10
4.1.5. Les sites d’études intensives ou ISS... 11
4.1.6. Financement et coordination du réseau EVOLTREE ... 12
4.2. Présentation du projet ... 13
4.2.1. La problématique... 13
4.2.2. Les objectifs ... 13
4.2.3. Les contraintes... 14
4.2.4. Les solutions d’intégration de données existantes ... 14
4.2.5. Axes de recherche pour apporter des solutions aux problèmes posés... 14
4.2.6. Fonction, lieu, période et durée ... 15
4.2.7. Encadrement... 16
5. Gestion du projet ... 17
5.1. Phase d'étude des besoins et du contexte ... 17
5.1.1. Introduction de phase ... 17
5.1.2. Étude des métiers ... 17
5.1.2.1. Les différents métiers ... 17
5.1.2.2. Les modes et les habitudes de travail ... 18
5.1.2.3. Le domaine des informations traitées... 18
5.1.2.4. Intérêts du nouveau système d'informations pour les acteurs ... 19
5.1.2.5. Systèmes d’informations connexes ... 20
5.1.2.6. Rôles et responsabilités du système d'informations ... 21
5.1.3. Étude du contexte technique ... 24
5.1.3.1. Les techniques de développement utilisées en interne à l’URFM ... 24
5.1.3.2. Les ressources disponibles dans le contexte ... 25
5.1.4. Étude des compétences disponibles ... 25
5.1.5. Étude du système d'informations existant ... 25
5.1.5.1. Organisation des systèmes d’informations existants... 25
5.1.5.2. Etude des formats des informations à traiter ... 26
5.1.6. Etude du contexte légal ... 27
5.1.7. Méthodes et outils de gestion de projet retenus ... 28
5.1.8. Etude des risques ... 30
5.1.9. Bilan de la phase ... 32 5.1.9.1. Les besoins ... 32 5.1.9.2. Les contraintes... 32 5.1.9.3. Risques ... 33 5.2. Phase de conception ... 34 5.2.1. Introduction de phase ... 34
5.2.2. Premier cycle : Conception préliminaire... 34
5.2.2.1. Formalisation de la phase d’étude du contexte et des besoins ... 34
5.2.2.2. Réalisation d'une ébauche de solution... 34
5.2.2.3. Présentation de l’ébauche de solution ... 35
5.2.2.4. Bilan de l’ébauche ... 36
5.2.2.5. Réalisation d’une maquette pour l’aspect central de la gestion des métadonnées ... 38
5.2.2.6. Retours des acteurs sur la présentation du projet. ... 39
5.2.3. Deuxième cycle : Conception avancée et réalisation de deux propositions techniques... 40
5.2.3.1. Proposition technique Centralisée ... 41
5.2.3.2. Proposition technique Décentralisée ... 44
5.2.3.3. Détail de la solution retenue... 47
5.2.4. Travail de conception détaillée ... 51
5.2.5. Bilan de la phase ... 54
5.2.5.1. Les points de réalisation ... 54
5.2.5.2. Organisation des rôles suite au choix de l’architecture... 57
5.2.5.3. Première planification de réalisation... 58
5.3. Phase de réalisation ... 63
5.3.1. Réalisation de l’outil de test ... 63
5.3.2. Réalisation d'un prototype pour la gestion des métadonnées... 63
5.3.3. Etude de la norme ISO 19115 et des données à décrire ... 65
5.3.4. Gestion des cartes interactives dans l’outil de gestion des métadonnées... 67
5.3.5. Conformité des métadonnées avec la directive européenne INSPIRE ... 68
5.3.6. Bilan des fonctionnalités manquantes ou incomplètes sur l’outil Geonetwork69 5.3.7. Bilan de projet et réorientation corrective... 70
5.3.8. Seconde planification de réalisation... 72
5.3.9. Présentation du projet et du prototype aux partenaires européens à Birmensdorf73 5.3.10. Bilan des différentes présentations... 73
5.3.11. Réalisation d’une première version d’interface de gestion des métadonnées .. 74
5.3.11.1. Développement avec Jeeves... 74
5.3.11.2. Développement d’un workflow simple pour les métadonnées ... 75
5.3.11.3. Développement d’une aide à la saisie des mots clefs... 76
5.3.11.4. Développement de la gestion des Thésaurus... 77
5.3.11.5. Bilan de réalisation de la première version d’interface de gestion des métadonnées ... 77
5.3.12. Test et installation de la première version de l’interface de gestion des métadonnées ... 77
5.3.12.1. Test de la première version ... 77
5.3.12.2. Documentation et installation de la première version ... 78
5.3.12.3. Test post installation... 79
5.3.12.4. Mise en pratique avec les partenaires à Mandelieu... 79
5.3.13. Réalisation des interfaces de partage de données... 80
5.3.13.1. Développement du package commun ... 80
5.3.13.2. Développement de package Web central ... 81
5.3.13.3. Développement du package ISS... 82
5.3.13.4. Développement des interfaces graphiques ... 83 5.3.14. Intégration de l’outil de gestion des métadonnées et des interfaces de partage
5.3.16. Développement d’une seconde version de l’interface de gestion des
métadonnées ... 84
5.3.16.1. Mise à jour du modèle de métadonnées ... 85
5.3.16.2. Cryptage MD5 des mots de passe ... 85
5.3.16.3. Evolution du workflow... 85
5.3.16.4. Modification de la gestion des autorisations ... 86
5.3.16.5. Amélioration de l’interface ... 87
5.3.16.6. Correction du bug relatif à la recherche par groupes ... 87
5.3.17. Meeting en Finlande : bilan de projet... 88
5.3.18. Complément de développement d’une seconde version de l’interface de gestion des métadonnées ... 88
5.3.18.1. Mise à jour du modèle de métadonnées ... 88
5.3.18.2. Evolution du workflow... 89
5.3.18.3. Complément dans la gestion des thésaurus ... 89
5.3.18.4. Développement d’une fonctionnalité d’envoi de mail ... 91
5.3.19. Remise à jour de la version sur le serveur Evoltree ... 91
5.3.20. Complément de développement des interfaces de partage de données... 91
5.4. Phase de tests de la solution intégrée, validation, documentation ... 92
5.5. Installations... 93
5.6. Meeting bioinformatique à Ivry sur seine... 93
5.7. Travaux parallèles et actuels ... 95
5.8. Phase de terminaison ... 97
5.8.1. Résultats obtenus et moyens ... 97
5.8.2. Planning réel... 97
5.8.3. Analyse des écarts et justifications... 98
5.8.4. Recommandations pour poursuivre... 98
5.8.5. Bilan personnel et prise de recul ... 98
6. Le mot de la fin ... 101 7. Glossaire ... 102 7.1. Terminologie du contexte ... 102 7.2. Terminologie technique ... 103 8. Liens Web ... 107 9. Annexes... 108
9.1. Informations supplémentaires et étude sur les normes ISO 19115/19139 ... 108
9.1.1. ISO 19115 ... 108
9.1.2. ISO 19139 ... 109
9.2. Informations et étude sur la directive européenne INSPIRE ... 110
9.2.1. La directive... 110
9.2.2. Les deux modèles de métadonnées ISO/19139 conforme à INSPIRE... 113
9.2.3. Thésaurus Evoltree ... 114
9.3. L’outil de test « test driven methode » ... 115
9.3.1. Développement de l’outil ... 115
9.3.2. Utilisation de l’outil ... 115
9.4.1. Configuration ... 117
9.4.2. Mise en œuvre côté classe ... 118
9.4.3. Traitement de la sortie / Transformation XSL ... 119
9.4.4. Exemples ... 119
9.5. Exemple de codes sources JAVA issus de la personnalisation de Geonetwork 120 9.5.1. Modification du moteur de recherche pour prendre en compte les Thésaurus .... ... 120
9.5.2. Gestion automatique des droits sur les métadonnées ... 122
9.6. Exemple de codes sources en PHP pour les interfaces de partage des données ... ... 125
9.6.1. Codage de la classe commune gérant les connexions SSH... 125
9.6.2. Codage de la classe de l’interface centrale gérant l’intégration des données cartographiques ... 127
9.6.3. Codage de la classe de l’interface ISS exportant les données cartographiques ... ... 130
9.7. Imprimes écran de quelques interfaces hommes machines... 133
9.7.1. Partage d’une ressource de type base de données ... 133
9.7.2. Partage d’une ressource de type cartographique ... 134
9.7.3. Partage d’une ressource de type fichier ou répertoire ... 135
9.7.4. Description d’un jeu de données avec Geonetwork ... 136
9.7.5. Recherche d’un jeu de données avec Geonetwork... 137
9.7.6. Consultation des cartes interactives ... 138
9.7.7. Consultation d’une base de données ... 139
9.7.8. Consultation d’une carte... 141
9.7.9. Consultation d’une archive de fichiers ou de répertoire ... 143
9.8. PHPDocumentor et documentations des interfaces de partages ... 144
9.8.1. Utilisation de l’outil ... 144
9.8.2. Documentations résultantes... 145
9.9. Documentation pour les utilisateurs finaux ... 146
9.9.1. Evoltree ISS Information System Overview ... 146
9.9.2. Evoltree ISS Information System and Data Desciption (Geonetwork)... 147
9.9.3. Evoltree ISS Information System Central Sharing Interface (Consulting Data) . ... 148
9.9.4. Evoltree ISS Information System Local Sharing interface (Sharing Data) ... 149
9.9.5. Evoltree ISS Information System Metadata ISO standard – INSPIRE Templates ... 150
2. Résumé
Pour répondre aux besoins de description et de partage de données hétérogènes en terme de langue, de contenu, de répartition géographique et de format, j'ai conçu et réalisé un système d'information qui place au centre la gestion des métadonnées pour décrire les
données. Ce système travaille en collaboration avec des interfaces web pour fournir la partie partage des données.
La gestion des métadonnées est faite par l'intermédiaire : d'une part de l'outil
Geonetwork qui fut largement personnalisé et amélioré grâce à des développement en Java, et d'autre part par l'implémentation de la norme internationale ISO 19139 avec en parallèle le suivi de la conformité avec la directive européenne Inspire.
La partie partages est faite par l'intermédiaire d'interfaces web développées en PHP fournissant aux partenaires la possibilité de récupérer en ligne les données décrites via les métadonnées, mais aussi de les consulter directement dans certain cas et ceci de façon quasi transparente à l'outil Geonetwork. Un rôle important de ces interfaces est aussi de maintenir à jour les données partagées et de faciliter la maintenance du système global.
Dans le contexte les données sont souvent géoreferencées. Pour s'adapter au mieux à cette dimension le système d'information résultant utilise un serveur de carte web qui est intégré de façon transparente dans l'outil de gestion des métadonnées Geonetwork.
La gestion de ce projet suit les principes des méthodes agiles. Les différentes phases de projet ont été centrées sur les besoins. Dans ce cadre UML a été utilisé pour la phase de conception et a pris une place importante dans la réalisation et l'implémentation des tests. La méthode TDD a été utilisée pour l'implémentation des tests fonctionnels et de non régression.
3. Remerciements
Je veux tout particulièrement remercier Monsieur Christian PICHOT, chercheur qui anime la cellule SIG-SGBD (Système de Gestion de Base de Données et Système
d'Informations Géographiques) de l’URFM et qui s'implique notamment dans la conception du système d'informations lié aux sites expérimentaux. Depuis le premier avril 2008, ses responsabilités se sont élargies puisqu’il participe désormais aux réflexions relatives aux systèmes d’informations pour le département EFPA de l’INRA (Ecologie des Forêts, Prairies, et milieux Aquatiques). Son soutien, sa compréhension des problématiques informatiques, et sa vision globale du projet m’ont été très précieux.
Je remercie aussi Monsieur François LEFEVRE, chercheur qui dirige l’Unité d’Ecologie des Forêts Méditerranéennes, et qui est chargé de la coordination de l'ensemble des activités liées aux sites d’études intensives du réseau EVOLTREE. Sa patience et ses qualités didactiques m’ont aidé à comprendre le fonctionnement du réseau européen. En outre, je le remercie aussi pour l’aide qu’il m’a fournie lors de mes échanges avec les différents partenaires étrangers.
De manière globale je souhaite remercier Messieurs PICHOT et LEFEVRE pour la confiance et le soutien inconditionnel qu’ils m’ont apporté, ainsi que pour les moyens qu’ils ont mis à ma disposition pour réaliser mon projet dans les meilleures conditions.
Un grand merci à toutes les équipes de l’INRA d’Avignon ainsi qu’à toutes les équipes partenaires du réseau EVOLTREE. Je les félicite pour leurs travaux, mais aussi pour leur sympathie et leur enthousiasme. L’implication et la motivation de ces personnes a été un véritable moteur pour moi.
Je veux enfin remercier tous les membres du jury et plus particulièrement Monsieur Noël QUESSADA pour le suivi et l’attention qu’il a porté à mes travaux, et à Bastien PESCE pour tous ses enseignements sur les systèmes d’informations et les relations humaines dans la gestion des projets. Je les complimente tous deux pour leur vision pragmatique et
opérationnelle de l’enseignement.
Sans oublier mon entourage, principalement Sophie GABRIEL qui m’a toujours soutenu et entouré, malgré son investissement dans ses études de médecine (6° année). Il en va de même de mes parents et de mon frère qui m’ont accompagné, et qui ont toujours été là pour m’encourager.
4. Introduction
C’est un fait, les préoccupations écologiques prennent une part de plus en plus importante dans l’opinion publique.
Cet intérêt grandissant, et cette sensibilisation du plus grand nombre est fortement liée à la récente médiatisation des problèmes environnementaux. Mais derrière cet engouement se trouve en réalité de nombreuses questions sur lesquelles les scientifiques travaillent depuis plusieurs décennies et ce à travers le monde.
L’une de ces problématiques concerne le changement climatique global. Il est bien évident que les interrogations relatives aux changements climatiques mondiaux n’ont pas de réponses lorsque l’étude est restreinte à un niveau local. Ainsi pour tenter d’apporter des réponses et des solutions concrètes, une vision globale et une synthèse des résultats sont nécessaires.
C’est dans ce but, et afin de faciliter de larges collaborations entre les chercheurs, que l’Europe met en place des réseaux d’excellence. Ces derniers ont pour objectif de coordonner les efforts des chercheurs à travers l’Europe pour qu’ils puissent créer des structures de travail en commun. Le souhait est d’orienter et de coordonner leurs recherches. Pour cela il est nécessaire de mettre en place des échanges de connaissances et de compétences. Le principe de ces réseaux d’excellence est de financer les efforts et les recherches pour une période fixée, donnant ainsi la capacité aux chercheurs de mettre en place des structures de collaborations pérennes.
La chance m’a été donnée de pouvoir travailler dans un de ces réseaux d’excellence européen nommé EVOLTREE (EVOLution of TREEs as drivers of terrestrial biodiversity). Le domaine d’étude de ce réseau concerne comme l’indique son nom l’adaptation des arbres aux changements climatiques et leurs conséquences sur la biodiversité.
Mon mémoire porte sur le travail que j’ai réalisé pour créer et mettre en place un système d’information pour les sites d’études et les partenaires de ce réseau d’excellence européen. Ce travail a une grande importance pour le réseau puisqu’il fournit aux partenaires des sites d’études le nécessaire pour décrire et échanger leurs données et leurs résultats de recherche.
Comme j’ai pu le constater, la recherche est, par certains aspects, assimilable à une roue de Deming où l’on planifie, on développe, on contrôle, pour finalement agir et améliorer les connaissances. Par conséquent faciliter l’accès aux données, et aux connaissances,
4.1. Présentation du contexte
4.1.1. Présentation de l’employeur
L'INRA est le premier institut de recherche agronomique européen et parmi les trois premiers mondiaux dans les domaines de l’agriculture, de l’alimentation et de
l’environnement. C'est aussi le 2e institut de recherche publique française. Il emploie plus de 8500 hommes et femmes dont 1828 scientifiques, 2427 ingénieurs, 4249 techniciens et administratifs au 31 décembre 2007.
4.1.2. Vision globale du réseau d'excellence européen EVOLTREE
Dans le cadre du réseau d'excellence européen EVOLTREE, sept sites représentatifs des différents écosystèmes forestiers européens font l'objet d'études intensives depuis 2006 sur la dynamique forestière et sur la diversité génétique. A titre d'exemple le Mont Ventoux a été retenu en tant que site modèle méditerranéen.
Un regard sur l’évolution des forêts peut guider les scientifiques dans leurs prédictions relatives aux changements climatiques et les aider à y apporter des réponses. Mais les forêts sont des écosystèmes complexes qui nécessitent une approche tout aussi complexe, si l’on souhaite pouvoir tirer tous les enseignements de leur fonctionnement. Pour réduire cette complexité, l’étude est incluse dans un réseau interdisciplinaire de scientifiques.
4.1.3. Origine et constitution du réseau EVOLTREE
Le réseau d'excellence EVOLTREE a été lancé de façon effective en date du 1er avril 2006 par le centre Condorcet à Pessac en France à l’occasion de la première réunion du réseau.
Il est constitué de 25 partenaires issus de 15 pays de l’union européenne qui travaillent de concert pour identifier et étudier la diversité des gènes et leur valeur d’adaptation. Le but est d’évaluer leurs contributions à l’évolution des essences au sein des communautés d’arbres. La recherche porte aussi sur d’autres organismes qui interagissent avec les arbres comme les insectes, certains champignons, virus et autres.
Le réseau interdisciplinaire fait donc appel à un ensemble d’experts dans le domaine de la génomique et de l’écologie, pour comprendre les facteurs qui contribuent à l’évolution de la biodiversité terrestre. A travers ce projet, une nouvelle discipline émerge : la génomique d’écosystème qui combine la génétique, la génomique, l’écologie, mais aussi leur évolution, pour étudier le niveau de réponse des gènes aux pressions biotiques et abiotiques.
4.1.4. Les objectifs du réseau EVOLTREE
EVOLTREE donnera une vision globale des
changements environnementaux actuels et des perspectives d’évolution à venir. Pour se faire, la capacité d’adaptation des essences d’arbres qui est liée à la diversité génétique des populations va être évaluée par l’utilisation d’outils
méthodes de prédiction incluant des modélisations et des simulations sur l’adaptation des forêts aux changements environnementaux.
Des répercussions importantes sont attendues aussi dans d’autres disciplines scientifiques et plus particulièrement en écologie, en génétique, en écophysiologie, en paléoécologie et en biologie de la conservation. Le but est aussi de réduire la fragmentation des recherches européennes en fournissant une plate-forme de recherche sur la génomique d’écosystème, encourageant ainsi la qualité des études dans la biodiversité terrestre et
améliorant la mobilité et les formations des chercheurs. Le projet aura un impact au-delà de sa durée officielle en intégrant des groupes de recherche, issus de nombreuses disciplines dans des équipes multidisciplinaires leur permettant de partager les infrastructures et les
connaissances.
Le but ultime est de s’assurer que les résultats des recherches influenceront les politiques et feront en sorte que l’utilisation des ressources forestières n’affecte pas les ressources disponibles. Dans une vision de développement durable, le projet transmettra les résultats des recherches sous la forme de recommandations techniques à destination des décideurs. EVOLTREE
contribuera donc à de nouvelles directives et à des indicateurs pour la gestion quotidienne des régions boisées. Il facilitera aussi l’adaptation des peuplements boisés à des buts spécifiques. Ces indicateurs se placent dans le cadre de la gestion durable.
Parmi ces derniers figurent :
o Des indicateurs de suivi de la biodiversité. Pour éviter la perte de diversité.
o Des indicateurs de la santé des forêts.
o Des indicateurs de la qualité génétique des peuplements. La qualité génétique est le gage d'une bonne santé non seulement des arbres en place mais aussi des prochaines générations d'arbres.
Le projet EVOLTREE a aussi pour objectif de partager à l’échelle européenne des infrastructures sur le long terme au-delà du financement de l’union européenne. C’est notamment le cas du sous réseau constitué par les sept sites d’études intensives.
4.1.5. Les sites d’études intensives ou ISS
Les sites d'études intensives sont de larges parcelles d'écosystème de quelques milliers d'hectares où les arbres sont sélectionnés et où les espèces associées sont cartographiées, génotypées et phénotypées. Ces sites incluent des portions de paysages cultivés ou de forêts où les arbres sont présents dans différentes configurations : d'un arbre seul à un bosquet ou une forêt.
Sept sites d'études couvrant les écosystèmes boréals, tempérés, méditerranéens, alpins et ripariens dans des cadres de gestion variée allant des forêts totalement vierges et celles gérées de façon intensives ont été sélectionnés pour générer des données sur l'impact des changements environnementaux sur les écosystèmes naturels repartis en Europe.
Pour chaque site d'étude un partenaire est responsable du développement, de la maintenance et de la mise à jour du système d'information relié aux informations géographiques.
Les objectifs :
• Installer des infrastructures pour une recherche à long terme sur l'évolution de la biodiversité à différent niveaux hiérarchiques : des gènes aux phénotypes, des populations à une communauté.
• Évaluer la structure spatiale de la biodiversité à plusieurs niveaux.
• Suivre la dynamique des populations à travers la démographie et l'approche génétique, pour les arbres et les espèces associées et ceci toujours à plusieurs niveaux.
• Suivre les interactions entre les espèces d'arbres, les autres plantes, les vertébrés, les insectes et les micro organismes.
• Fournir des larges zones de territoire pour les formations, l'éducation et les activités de recherche des partenaires
Les challenges :
• Un des challenges est le fait que les ISS sont des grandes zones, les chercheurs ont plus l'habitude de travailler sur des parcelles locales et de tailles réduites.
• Chaque ISS combine des valeurs intrinsèques et complémentaires avec les autres ISS
• Chaque ISS doit intégrer ses données avec les autres partenaires
• Chaque ISS est une infrastructure à long terme avec un support financier à court terme
• Les ISS doivent répondre aux objectifs multiples des scientifiques.
Les différents ISS
(Intensive Study Sites ou site d'études intensives) d’Ouest en Est : Landes, Loire, Ventoux, Valais, Solling, Blizyn, Punkaharju
4.1.6. Financement et coordination du réseau EVOLTREE
4.2. Présentation du projet
4.2.1. La problématique
L’objectif principal du projet est le partage des informations provenant des sites expérimentaux. Le but est de rendre accessible les données disponibles sur les sept sites d’études aux différents acteurs du réseau via Internet. Ceci afin de réaliser des échanges interdisciplinaires et inter sites.
A cela s’ajoute le besoin de faire l’inventaire des données existantes sur les sept sites d’études, ainsi que chez les différents partenaires.
Pour faire l’inventaire, la découverte et le partage des données, il est donc nécessaire de mettre en place un système qui gère les descriptions des jeux de données disponibles.
Comment décrire, et mettre en œuvre le partage de données hétérogènes et dispersées ?
Voila la problématique synthétique et centrale que mon projet doit résoudre.
4.2.2. Les objectifs
Afin de répondre aux besoins de description et d’échange des données, j’ai décidé en accord avec mes responsables d’orienter l’objectif principal du projet sur la réalisation d’un système d'informations qui est basé sur des interfaces Web et qui utilise des descripteurs de jeu de données. Mon but est de faire abstraction des spécificités propres à chaque site et à chaque type d’information.
Les interfaces de consultation donnent à la fois accès aux descriptions et aux données brutes. Dans un deuxième temps, elles peuvent aussi donner accès à une consultation
cartographique avec l’utilisation, en parallèle d’un serveur de cartes. Cette partie est secondaire mais importante car les données sont de par leur nature, le plus souvent géoréférencées.
4.2.3. Les contraintes
Chacun des partenaires a organisé de façon indépendante le recueil et le stockage de ses données scientifiques. Notons au passage que les sept sites ont été choisis en raison de leurs historiques de recherches. Ils ont donc un important volume d’informations qui est antérieur au lancement du réseau d’excellence en 2006. A titre d’exemple, des données historiques concernant le mont Ventoux remontent à plus de 30 ans. La conséquence directe de cette constatation est que chaque site a ses propres structures et définitions de données, et utilise différentes technologies de stockage de l’information. Ajoutons que la majorité des données présentes sur chacun des sites d’études sont dans la langue nationale. Nous
reviendrons en détail sur ces points. Néanmoins nous pouvons d’ors et déjà dire que tout ceci rend évidement le système d’information très hétérogène.
Le projet de recherche est financé de 2006 à 2010, ensuite les partenaires devront s’organiser entre eux pour pérenniser leurs collaborations et s’autofinancer. Par conséquent les solutions que je dois proposer doivent laisser le plus possible les sites d’études
indépendants vis-à-vis de leurs descriptions et de leurs données.
Dans une vision réseau, le projet doit s’intégrer dans un portail Internet dédié à
EVOLTREE. Ce portail inclut un CMS (Système de gestion des contenus) qui fait le lien avec les autres projets développés en même temps, et que je vous présenterai rapidement par la suite (Système d’information génétiques, mise en commun des modèles de dynamique forestière).
4.2.4. Les solutions d’intégration de données existantes
Les systèmes d'intégration de données sont en plein essor, mais ces derniers ne sont pas encore adaptés à tous les besoins. Leurs inadaptations à la gestion des métadonnées et leurs non-conformités avec les normes de métadonnées et la directive européenne « Inspire » dont nous reparlerons, les rendent impropres à être utilisé dans le cadre de mon projet. J’ajoute que je n’ai pas trouvé d’outils de ce type capable de gérer des données allant de simples fichiers en passant par des bases de données et des serveurs de cartes. C’est pour ces raisons que le développement d’une solution en interne était nécessaire.
4.2.5. Axes de recherche pour apporter des solutions aux problèmes posés
Pour faciliter les échanges, le système d’information doit autant que possible, standardiser les descriptions des données pour rendre transparente les hétérogénéités aux utilisateurs. Afin de fournir aux ISS un outil de recherche qui soit le plus performant possible et qui facilite les recherches et l’inventaire des jeux de données disponibles ; j’ai orienté ma recherche vers l'utilisation de données pour décrire les données. C’est à dire de métadonnées.
L'indépendance des sites expérimentaux étant une contrainte essentielle du projet, j’ai opté pour des solutions modulaires, et avec le moins de couplage possible. Ceci afin que l'emplacement physique des interfaces et des stockages des données soit modifiable dans le futur.
Dans les cas où le couplage est nécessaire, j’ai dirigé mes choix en prévoyant des solutions autorisant aux ISS de garder la valeur ajoutée qu'ils ont mis dans le système
d'informations. J’entends par là que la récupération de leurs données, et de leurs métadonnées doit être simple, et qu’il doit être aussi possible d’utiliser ces dernières de façon analogue et
Un de mes axes de recherche principal était d’assurer la sécurité et la sûreté des jeux de données partagées. Ma réflexion s’est donc porté sur l'utilisation de mécanismes de cryptage et de compression de données, afin de garantir des échanges performants, sécurisés et intègres entre les ISS.
Enfin un axe de recherche a porté sur l'utilisation des technologies géomatiques. Plus particulièrement sur les serveurs de cartes et sur les interfaces Web de visualisation de cartes. Cela dans le but de pouvoir présenter visuellement les jeux de données géolocalisées.
4.2.6. Fonction, lieu, période et durée
L'Unité d’Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM) de l'INRA d'Avignon est responsable de la coordination et de la réalisation du système d’information des sites d’études intensives.
Mon travail prend donc place au sein de cette unité pour concevoir, réaliser et mettre en place ce système d’information. Ce poste s’effectue dans le cadre d’un CDD de 12 mois depuis le premier juin 2007. Je suis embauché comme ingénieur d'étude sur cette période.
Initialement une première période de six à huit mois devait être consacrée à la
réalisation des phases de conception, de réalisation et de test du système d'informations pour finalement se conclure par la présentation de mon mémoire d’ingénieur.
Une seconde période de 4 à 6 mois devait ensuite être dédiée à la mise en place fonctionnelle du système ainsi qu’à la réalisation des formations, et bien sur à l’amélioration du système face aux retours des acteurs.
J'aurais en effet souhaité présenter mon mémoire avant la fin du printemps 2008, car c'est à cette période que les postes ouverts aux personnes non titulaires de l’INRA sont publiés. Mais finalement le travail à réaliser fut bien plus important que ce qui était prévu initialement, de sorte qu’il m'était impossible de me présenter à ces concours n'étant pas titulaire de mon diplôme d'ingénieur.
Je dois ajouter que pour finir ce projet, mon contrat a du être reconduit pour sept mois supplémentaires. Je crois savoir qu’en général un sujet de mémoire porte sur un projet
professionnel durant entre 6 et 12 mois. Le projet que je présente ici porte sur une durée de 16 mois. Il n'est pas toujours facile d'estimer à priori le temps que prend la réalisation complète d'un projet. Cela est d’autant plus vrai lorsque l'expérience fait défaut et que la phase de conception n’est pas suffisamment avancée, je m'en excuse donc. Nonobstant je pense que cela est à l'avantage du contenu présenté et des enseignements personnels que j'en ai tirés.
En fin de compte, j'ai subdivisé la réalisation du système d'informations en sous projets, à savoir la conception globale, suivi respectivement par la réalisation de la partie relative aux descriptions des données, et la réalisation de la partie relative aux partages des données, pour finalement faire l’intégration de la solution. Il m'aurait sans doute été possible de présenter un projet plus simple en me focalisant sur le sous projet concernant les
métadonnées, mais cela n'aurait plus été cohérent avec le sujet initial que j'ai proposé, et qui a été accepté en fin d’année 2007. En tout état de cause, le projet global est bien plus intéressant à présenter.
4.2.7. Encadrement
J’ai travaillé pour cette mission sous la direction de Monsieur François LEFEVRE, qui est le directeur de l’URFM, et qui est aussi chargé de la coordination de l'ensemble des
activités liées aux ISS du réseau EVOLTREE. J’étais aussi sous la responsabilité de Monsieur Christian PICHOT, chercheur et généticien, qui anime la cellule SIG-SGBD (Système
d’information géographiques / Système de gestion de base de données) et qui s'implique notamment dans la conception des systèmes d'informations du département écologie des forêts, prairies, et milieux aquatiques de l’INRA (EFPA). Il supervise donc naturellement mon projet dans le cadre du réseau EVOLTREE.
De façon indirecte, j’étais également sous la responsabilité de Monsieur Dieter KOPECKY qui travaille en Autriche et qui est responsable des systèmes d’informations au niveau d’EVOLTREE.
5. Gestion du projet
5.1. Phase d'étude des besoins et du contexte
5.1.1. Introduction de phase
Cette phase a débuté en date du premier juin 2007. En arrivant, je savais déjà en partie ce qui était attendu de moi, mais la connaissance du contexte dans lequel j’allais devoir travailler, et les contours même du projet étaient très vagues. Seul l’objectif global était fixé :
Fournir aux partenaires européens des ISS les services nécessaires pour faire l’inventaire et le partage de leurs données.
Etant donné le temps limité pour mettre en œuvre la mission qui m’était confiée, il était primordial pour moi de partir dans la bonne direction. Par conséquent ma première étude a porté à la fois sur les besoins qui ont mené au lancement du projet, et sur la connaissance du cadre dans lequel mon travail allait devoir s’intégrer.
5.1.2. Étude des métiers
5.1.2.1. Les différents métiers
Une des forces du réseau EVOLTREE est de regrouper sur des projets de recherche, des groupes interdisciplinaires. Cela induit que les métiers concernés sont à la fois variés et très spécialisés. Pour mieux cerner le contexte global, il est nécessaire de connaître le métier des personnes avec qui j’ai travaillé et qui sont concernées par le nouveau système d’information.
Je me suis attaché dans un premier temps à lire les documentations relatives à EVOLTREE. J’ai ainsi pris connaissance de chacun des sept sites d’études et des différents partenaires du réseau. J’ai alors compris les raisons pour lesquelles ces sites ont été retenus, et j’ai par ailleurs pris connaissance de la nature de certains des travaux réalisés sur ces sites. Si bien que par extrapolation cela m’a donné une idée des informations traitées.
J’ai dans un second temps réalisé un travail analogue pour comprendre quel est le contexte de l’Unité d’Ecologie des Forêts Méditerranéennes, et ceci afin de voir plus en détail comment cela se passe pour un site d'études intensives. Il se trouve que mon intégration au sein de l’unité a eu lieu au moment de l’évaluation de l’unité de recherche en écologie des forêts méditerranéennes. Cette évaluation qui a lieu tous les quatre ans est assez large : elle fournit un bilan des orientations scientifiques, des moyens mis en œuvres et des résultats obtenus. La lecture du dossier d’évaluation m’a mieux fait comprendre le fonctionnement des unités de recherches, et plus particulièrement de celle dans laquelle je
travaille. Cela m’a aussi fourni une connaissance et une vision globale des travaux effectués par les chercheurs sur le site du mont Ventoux.
5.1.2.2. Les modes et les habitudes de travail Enfin, afin de fournir la solution la plus adaptée, j’ai désiré prendre connaissance du cycle de vie des données traitées. A savoir de leur récolte, en passant par leur traitement et leur stockage. Pour se faire, je suis allé sur le site du Mont Ventoux, avec une équipe de l’INRA, pour faire des relevés de positions géographiques d’arbres présents sur une des parcelles d’études. J’ai compris à cette occasion comment sont faits les relevés de positions, et j’ai vu comment ces relevés sont ensuite intégrés au système d’information déjà existant au sein de l’unité. Cette expérience sur le terrain m’a aussi fait comprendre que ce ne sont pas souvent les mêmes personnes qui font les relevés et qui les utilisent.
En discutant ensuite avec les personnes présentes dans l’unité, j’ai appris que les méthodes de travail étaient très diversifiées, et qu’en fonction des équipes, des individus et des outils utilisés, les méthodes de relevés, et d’intégration étaient souvent différentes. La diversité des méthodes de travail étant importante pour une unité, il était dès lors inévitable qu’il en soit de même au niveau de l’ensemble des équipes présentes sur les autres sites expérimentaux du réseau EVOLTREE.
En outre chaque personne semble attachée à sa méthode de travail. A en croire la personne responsable du système d’information géographique (SIG) Didier BETORED, qui travaille régulièrement avec les opérateurs de terrain, il est très difficile de faire évoluer les modes de travail et d’acquisition des données. Même si la volonté de mettre en commun des méthodes pour le stockage et le traitement des données est déjà là, la politique actuelle n’est pas encore d’imposer des standards pour structurer l’information, mais plutôt de laisser les gens travailler comme ils le désirent avec leurs habitudes.
5.1.2.3. Le domaine des informations traitées
Il était essentiel pour moi de cerner le domaine des informations que le système allait devoir traiter. Car à titre d’exemple, on ne décrit et ne partage pas des données climatiques de la même façon que des données d’inventaire forestier. Pour faire cette étude j’ai repris un inventaire succinct des données qui a été fait sur les différents ISS. Il est ressorti de ce rapide inventaire que le système d’information doit traiter quatre grandes catégories de données :
o Des données géographiques telles que des cartes, images satellites, photos aériennes,...
o Des données environnementales concernant par exemple le climat, les sols, voir des scénarios climatiques.
o Mais aussi des données écologiques : les couvertures végétales, les inventaires forestiers, les informations sur la dispersion des pollens, des données
écophysiologiques,...
o Et enfin des données sur la gestion expérimentale comme la gestion des forêts, les parcelles d’études, les gradients altitudinaux, les individus d’arbres génotypés. Comme vous pouvez le constater, l’hétérogénéité est encore le maître mot pour les types de données.
5.1.2.4. Intérêts du nouveau système d'informations pour les acteurs Montrer aux futurs utilisateurs l’intérêt qu’ils peuvent avoir à
s’impliquer dans la mise en place d’un nouveau système d’information n’est pas une chose facile. D’une part le futur utilisateur a déjà ses habitudes de travail, et bien souvent, il est tout à fait satisfait de l’état actuel des choses. D’autres part, il est déjà très pris par ses responsabilités, et lui demander un investissement supplémentaire ou du travail en plus n’est jamais très bien perçu, même quand la bonne volonté est là.
Seule la compréhension de la valeur ajoutée apportée par le nouveau système d'informations pour chacun des acteurs peu induire en retour un réel investissement. C’est pour cette raison que la communication sur ce point m’a semblé être une des clefs pour la réussite du projet.
Je me suis par conséquent attaché à communiquer de façon pragmatique et régulière, pour démontrer aux utilisateurs l’intérêt des travaux à réaliser, mais aussi leur montrer la nécessité de leur participation au nouveau système d’information. C’est dans cette optique que j’ai préparé un argumentaire pour présenter le projet aux différents acteurs. Voici ci dessous un résumé des arguments que j’ai avancés dans mes présentations :
Tout d’abord les données représentent un héritage qu’il est nécessaire de qualifier,
d’inventorier, de protéger si on souhaite pouvoir les exploiter, et utiliser leurs valeurs.
Les personnes ont des connaissances approfondies des données sur lesquelles elles
travaillent à un instant donné, ainsi que de celles qu’elles possèdent. Dans le meilleur des cas, cette connaissance se perd peu à peu. Dans les autres cas comme les changements de poste, les mutations ou plus généralement lors de tout départ, ces connaissances sont définitivement perdues.
La majorité des utilisateurs ont des quantités importantes de données hétérogènes. Il
est alors parfois difficile pour ces personnes de faire l’inventaire de leurs propres données.
Ici le système d’information résout ces problèmes en donnant accès à la description des jeux de données. Dans le réseau concerné, l’intérêt du système est alors plus ou moins naturel, car pour chaque utilisateur cela garantit la préservation des connaissances sur les jeux de données.
Pour les équipes, la connaissance des données disponibles est très enrichissante. Bien souvent des travaux identiques sont réalisés en parallèle ou en différé, et cela est particulièrement vrai dans les équipes de recherche. La connaissance des données disponibles apporte donc un gain de temps et d’argent, car cela évite de faire le même travail plusieurs fois. A défaut cela fournit la capacité d’en
comparer les résultats en faisant des analyses croisées des données. Ce point apporte de grandes perspectives supplémentaires en termes de résultats.
J’ai ensuite réfléchi aux arguments, et aux réflexions pouvant venir naturellement en opposition à ma présentation argumentée. Voici ci après, le listing des contres arguments qui m’ont paru les plus pertinents :
La charge de travail pour mettre en place le système est importante puisqu’il faut faire
l’inventaire des données existantes et en connaître la consistance pour les décrire.
Une difficulté majeure est que ce n’est pas la personne qui fait le travail d’inventaire et de description des données qui en profite directement. C’est plus une vision
communautaire où le travail de chacun est une valeur ajoutée pour tous.
Au-delà de ces deux problèmes se manifeste une peur tout à fait fondée des chercheurs qui fournissent des données. Ces derniers craignent en effet que d'autres tirent profit des
informations partagées sans qu'ils en soient avertis. En d’autre terme ils redoutent que l’utilisation des données se fasse à leur dépend sans qu’ils puissent eux même en profiter.
La connaissance de ces éléments m'a conduit à mieux présenter le système aux différents acteurs. Dans le but de réduire le poids des points négatifs précédents, nous leur avons
demandé de commencer par faire la description des jeux de données sur lesquels ils travaillent actuellement, et dans un second temps de s’occuper des données historiques. J’ai aussi mis en avant et souligné l’intérêt du système d’information pour les individus et les équipes. Enfin, pour le dernier point, nous avons demandé à un organisme spécialisé dans la législation de mettre en place des règles encadrant l’utilisation des données partagées et décrites.
5.1.2.5. Systèmes d’informations connexes
Simultanément, d’autres système d’information sont réalisés par d’autres équipes pour regrouper les données existantes dans le réseau européen. Ces travaux sont centralisés sur des points précis.
Le premier d’entre eux concerne plusieurs équipes de
développements et est centré sur la réalisation d’un système d’information pour les données génétiques. C’est un projet qui nécessite beaucoup plus de moyens matériels et humains que celui dont j’ai la charge. Ce projet est dirigé par la coordination des recherches et non pas par le coordinateur des ISS comme l’est mon projet.
Un deuxième projet concerne la réalisation d’une interface d’échange entre les différents modèles de simulation de dynamique forestière. Les modèles informatiques sont élaborés par les différents partenaires de façon indépendantes. Ces modèles de prévision ont des entrées et des sorties. Le projet consiste à créer une base de données commune pour ces entrées/sorties afin de pouvoir utiliser les mêmes
paramètres sur les différents modèles pour en comparer les résultats. Ce deuxième projet dépend de l’activité « Modeling Platform » et est lui sous la responsabilité de Christian Pichot. J’ai à ce propos participé aux entretiens d’embauches des huit personnes candidates pour le poste relatif à ce projet. J’ai trouvé cette expérience très intéressante.
Je cite ces deux projets car il me semble important de vous faire part du contexte global. La connaissance et la prise en compte de cet
environnement global sont essentiels pour présenter et insérer au mieux mon projet dans le système d’information existant.
5.1.2.6. Rôles et responsabilités du système d'informations
Avant même de rentrer dans l’analyse des rôles et des responsabilités à mettre en place, il m’a fallu comprendre comment est organisé le réseau EVOLTREE au niveau
décisionnel. A ce sujet je remercie spécialement François LEFEVRE pour le temps qu’il m’a consacré pour m’expliquer cela.
L’organisation du réseau EVOLTREE est répartie en quatre grandes parties concernant:
o Les activités de recherche.
o Les activités de dissémination.
o Les activités de gestion.
o Les activités d’intégration.
Chaque partie est subdivisée en sous éléments. Par exemple la partie intégration est composée en premier lieu du centre de connaissance et de la gestion des équipements et du matériel, mais cela intègre aussi l’orientation des recherches, et la gestion des ressources humaines. C’est dans ces activités d’intégration, équipements et matériel, et plus
particulièrement dans la conception d’infrastructures communes que s’intègre mon projet. La compréhension de l’organisation du réseau EVOLTREE est essentielle à la réflexion sur la répartition des responsabilités du système d’information. En effet, nous le comprenons facilement, même si mon projet s’intègre à un niveau précis, son impact touche une partie plus large du réseau incluant par exemple les activités de recherche et de
dissémination. En d’autres termes, malgré le fait que le système d’information soit focalisé sur la gestion des données provenant des sites d’études intensives, cela concerne aussi les données de tous les partenaires qui travaillent sur les ISS.
A partir de là, même si c’est François LEFEVRE qui est le décideur final concernant le choix de la solution à retenir, il est nécessaire d’avoir un consensus qui soit le plus large possible pour que le système d’information mis en place soit une réussite. La constatation directe est que l’obtention d’un accord unanime est difficile à obtenir de par le nombre de personnes concernées. A savoir une quinzaine de personnes, si on prend en compte
des ISS et quelques responsables concernés dans le réseau EVOLTREE tel que la direction des systèmes d’informatique et de la recherche).
Pour en revenir maintenant à l’étude des rôles et responsabilités, j’ai ensuite fait un bilan avec François LEFEVRE et Christian PICHOT, des acteurs existants dans le projet et du rôle que jouent ces personnes pendant les phases de création, et du traitement des données. De cette analyse j’ai ensuite déduit logiquement qui devait décrire, et contrôler les informations. J’ai procédé de façon analogue pour déterminer les rôles de description, de partage et de consultation des données. Cette étape a par conséquent aussi clarifié quels sont les besoins des acteurs pour la consultation.
Au terme de cette analyse j’ai retenu six rôles différents pour la gestion des responsabilités dont voici le détail :
o L’administrateur :
Il n’y a qu’un seul administrateur global à tous les groupes d’utilisateurs. Le rôle de cette personne est de paramétrer et maintenir le système. Il a donc des privilèges spéciaux pour réaliser les activités de management du système d’information. En outre, il a le droit de créer et de supprimer les groupes d’utilisateurs et les utilisateurs, mais aussi de changer les associations utilisateurs / rôles, et a toutes les autorisations sur les métadonnées (création, édition, suppression, changement de propriétaire)
o L’administrateur de groupe :
Il y a assez logiquement un administrateur de groupe par groupe. Son rôle est
d’assurer une partie des responsabilités relatives à la gestion des utilisateurs et à la gestion de leurs autorisations dans chaque groupe. L’administrateur de groupe a en fait les mêmes autorisations que l’administrateur global, à la différence près que toutes ses actions ne
peuvent intervenir que pour les utilisateurs ou les métadonnées qui appartiennent à son groupe d’utilisateurs.
o Contrôleur :
Le contrôleur est la personne qui donne l’autorisation de publication sur Internet des métadonnées et des données. Les administrateurs ont aussi ce privilège, mais ce n’est pas leur rôle premier. Le travail principal du contrôleur est de vérifier les contenus. Pour le faire, il est donc autorisé à éditer toutes les métadonnées de son groupe utilisateur.
o Editeur :
L’éditeur est le créateur de contenu par excellence. Ce rôle donne le pouvoir de créer des métadonnées et de les éditer. L’éditeur peut aussi consulter les métadonnées de son groupe ou encore celles qui sont publiées, pour son groupe utilisateur. Ce rôle permet aussi de télécharger des données protégées ou d’utiliser les cartes interactives en fonction des
autorisations définies dans les jeux de métadonnées.
o Utilisateur enregistré :
Le rôle d’utilisateur enregistré donne les mêmes droits de consultation que le rôle d’éditeur.
C’est le rôle de toute personne qui n’est pas authentifiée sur l’outil de gestion des métadonnées. Ce rôle donne accès à la consultation des métadonnées et au téléchargement des fichiers publics. Il autorise aussi l’utilisation des cartes interactives non protégées.
Les différents rôles que je viens de présenter sont attribuables à chaque groupe d’utilisateurs, sauf le rôle d’administrateur qui lui est global à tous les groupes d’utilisateurs. En ce qui concerne la gestion des groupes utilisateurs, j’ai proposé de mettre en place un groupe d’utilisateurs par site d’études intensives. J’avais aussi envisagé la création d’un groupe d’utilisateurs par projet de recherche. Mais les projets de recherche sont nombreux et les partenaires travaillent très souvent sur plusieurs projets en même temps. Si bien que la gestion des utilisateurs et des appartenances aux groupes aurait été une tâche trop lourde. C’est donc finalement l’aspect localisation géographique qui est apparu plus pertinent pour la gestion des partenariats ISS et pour la gestion des utilisateurs.
J’ai fait le choix de centraliser la gestion des utilisateurs et des autorisations à travers l’outil de gestion des métadonnées, et d’intégrer cette gestion dans le développement de mes interfaces de partage des données. Ce choix m’a paru logique car c’est l’outil de gestion des métadonnées qui est l’interface graphique principale du système d’information. De plus cela évite de dupliquer le stockage des informations relatives aux utilisateurs et des données connexes relatives à leurs rôles et leurs droits.
Le pouvoir d’attribution des rôles dans la mise en place du système d’information appartient à chaque correspondant d’ISS. J’ai ici uniquement un rôle de consultant. A ce sujet mon conseil a été de coupler les rôles que j’ai définis avec les rôles de recherche du réseau EVOLTREE. Cela m’a semblé être une bonne méthode pour déterminer quelles sont les personnes les mieux adaptées pour tenir les différents rôles, et garder une organisation cohérente. Parfois l’organisation des autorisations est plus complexe, car certains partenaires travaillent sur plusieurs sites et sur plusieurs projets. Mais encore une fois ceci n’est qu’un conseil et nous laissons aux correspondants des ISS la flexibilité d’organiser les autorisations comme ils le désirent en utilisant les différents rôles que nous mettons à leur disposition. Un de mes objectifs ici est de fournir un service de gestion des utilisateurs et des droits aussi simple et centralisé que possible.
Résultat du couplage des rôles du système d’information avec les rôles de recherche
5.1.3. Étude du contexte technique
5.1.3.1. Les techniques de développement utilisées en interne à l’URFM Certains outils informatiques sont développés en interne pour
intégrer les données de terrain dans les bases de données. Dans certains cas, le but est aussi de faciliter la consultation. Ces outils et interfaces sont développés en PHP4 (Langage de script libre utilisé pour produire des pages Web dynamiques) par Christian PICHOT.
Il est essentiel de noter qu’au sein de l’unité de recherche dans laquelle je travaille, il n’y a pas de spécialiste de la gestion de projet informatique, ni de développeurs. Le contrôle de la cohérence et le suivi des développements touchant le système d’information est
relativement faible. Christian PICHOT qui est avant tout chercheur, développe et maintient à jour ponctuellement le système d’information existant. Mais il réalise ce travail en parallèle de son activité principale. Faute de moyens humains, il développe des interfaces pour
Et lorsque des compétences plus spécialisées sont nécessaires ou que la charge de travail à réaliser est plus importante, l’unité fait alors appel à des compétences externes et non permanentes avec le recrutement de CDD. C’est le cas de la personne embauchée pour intégrer les modèles de dynamiques forestières, et de moi-même.
5.1.3.2. Les ressources disponibles dans le contexte
L’évaluation de l’enveloppe financière de mon poste prend en compte mon salaire et les frais de déplacement nécessaires pour les meetings et les installations sur les sites. Une marge permettant de prolonger mon contrat pour une durée de six mois supplémentaires est envisageable avec l’accord du réseau.
Cette évaluation ne prend en compte ni l’achat de matériels informatiques, ni celui d’achat de logiciels ou de licences.
En ce qui concerne l’achat de matériels, c’est le partenaire autrichien du réseau qui gère le portail Internet et qui en a la responsabilité. C’est lui qui s’occupe de l’achat et de la maintenance des serveurs Internet pour le réseau EVOLTREE. Mon poste de travail était déjà existant.
Pour la partie comprenant l’achat de logiciels ou de licences, la tendance actuelle au sein de l’unité forestière est de se tourner vers l’open source, et ceci aussi bien pour les applications que pour les systèmes d’exploitation. En conséquence de quoi, il m’a fallu, aussi bien pour le choix de mes solutions techniques que pour mes développements, trouver les outils nécessaires en licence libre et open source.
Par le passé, je travaillais exclusivement sous Windows. J’ai donc du m’adapter ici à mon nouvel environnement de travail qui est Ubuntu.
5.1.4. Étude des compétences disponibles
L’URFM est une unité pilote sur le centre d’Avignon dans la mise en place de SIG (système d’information géographique). La présence de cette compétence au sein de l’unité est une des raisons pour laquelle notre site est retenu pour développer le système d’information pour les sites d’études intensives. La présence de cette compétence se justifie pleinement par le fait que la majorité des informations traitées par l’unité sont géoréférencées.
En plus de la maîtrise de PHP4 par Christian PICHOT et des techniques relevant du SIG par Didier BETORED, ces deux
protagonistes ont une compétence de gestion de bases de données. Cette compétence vient du fait qu'une partie importante des données relevées sur le terrain et gérées par le SIG, sont stockées dans des bases de données relationnelles de type PostgreSQL.
5.1.5. Étude du système d'informations existant
5.1.5.1. Organisation des systèmes d’informations existants
Comme nous l’avons expliqué, le projet doit prendre en compte la description et le partage des données provenant des systèmes d’informations des sept sites expérimentaux. A
ces données s’ajouteront celles provenant des partenaires européens au fur et à mesures des travaux sur sites.
Pour avoir une vision globale de l’existant, il est essentiel d’avoir une idée de la structure et du contenu des systèmes d’informations présents sur les différents sites d’études. Malheureusement ces informations sont très peu connues et difficiles à obtenir simplement parce que la communication dans le réseau est très lente. Réaliser cette évaluation pour chaque partenaire est inenvisageable. Pour contourner ce problème, j’ai cherché à avoir des informations très générales et facilement accessibles pour chacun des sept systèmes
d’informations. A la suite de la récolte de ces informations il est rapidement apparu de grandes disparités des existants.
Disparité dans la gestion du stockage car seul trois des sept sites possèdent un système de gestion de base de données. Les autres stockent leurs données dans des fichiers. Précisons que la gestion des données n’est pas totalement réalisée avec le SGBD pour les trois sites qui en sont équipés. En effet, des données sont aussi stockées sur fichiers ou encore dans des serveurs de cartes. Le système d’information est dans sa globalité très peu structuré et est très hétérogène dans ses solutions de stockage de l’information.
5.1.5.2. Etude des formats des informations à traiter
Une fois la vision globale de la gestion du stockage établie, j’ai poursuivi mon étude pour avoir une meilleure idée du format de stockage des données. Et là encore peu de choses communes entre les sites, autrement dit la gestion des formats des données est très
hétérogène.
Pour les fichiers, la diversité des formats est importante. On retrouve des fichiers de type Word, Excel, PDF ou encore des fichiers texte de type CSV. Tous les autres formats sont aussi envisageables
Au sujet des données présentes sur les serveurs de cartes, nous nous retrouvons dans une situation analogue voir plus complexe, car différents formats de stockage existent. A titre d’exemple le site français du Ventoux utilise un ensemble de logiciels SIG en open source nommé GRASS, alors que de son coté le site suisse du Valais utilise un outil tiers payant de type ARCGIS (Ensemble de logiciels SIG réalisé par la société ESRI).
A cette disparité des formats s’ajoute la couche de complexité inhérente à la géomatique. Complexité qui nécessite les compétences d’un métier à part si l’on désire s’adonner aux joies des conversions entre les différents référentiels de projection cartographiques, pour les différents rasters (Structure de données graphiques représentant des pixels) et vecteurs (Structure de données graphiques représenté comme des points, des lignes, des courbes ou des surfaces avec des attributs).
Enfin concernant les bases de données existantes, leurs structures ne sont pas ou peu documentées. Elles ne sont connues que des différents utilisateurs ou propriétaires. Si bien que globalement, il y a très peu de cohérence entre les différentes structures.
Il faut aussi prendre en compte la diversité de localisation du stockage. Car les
données peuvent aussi bien être centralisées sur des serveurs que décentralisées sur des postes de travail individuels.
Un point important est qu’il n’existe aucun standard relatif à la description des informations existantes, et ceci aussi bien pour les données gérées en base de données que pour les fichiers ou les cartes.
La mise en place de standards n’est pas concevable, car les partenaires et les ISS possèdent de larges quantités de données pouvant provenir d’historique. En plus de cette grande quantité d’information, personne n’a de vision globale, ni la connaissance suffisante des données pour mettre en place un quelconque standard. Par conséquent la réalisation d’un accord demanderait un lourd investissement humain et temporel. Investissement qui n’est pas permis par le temps limité de mon contrat. Pour finir, le fait que la communication soit lente au sein du réseau écarte définitivement tout espoir de standardisation des données.
Un dernier point concernant la diversité des formats de
l’information provient de la différence des langues entre les partenaires. En effet, les opérateurs et les chercheurs des différents sites
expérimentaux ainsi que les différents partenaires, ont l’habitude de travailler sur les données dans leur langue nationale. Cela ajoute un niveau important de complexité à l’ensemble. Car même si l’anglais, le français, et l’allemand rassemblent la majorité des jeux de données, nous pouvons retrouver potentiellement des jeux de données dans la langue des 25 pays partenaires européens.
5.1.6. Etude du contexte légal
J’ai fait une veille sur les travaux de législation européenne et particulièrement sur les travaux relatifs à la directive INSPIRE.
INSPIRE pour “Infrastructure for Spatial Information In Europe” est une directive du parlement européen et du conseil qui établit une infrastructure
d’informations géographique pour l’union européenne. Elle est entrée en vigueur officiellement en date du 15 mai 2007 mais sa version finale est prévue pour mai 2009. Ce délai est principalement dû aux travaux de transposition dans les droits nationaux du texte européen, mais est aussi la conséquence des évolutions des textes de la directive elle-même. La dernière publication officielle date de décembre 2007 et s’articule autour des obligations induites par la directive, des
