Bactériologie 8
Introduction
L
’examen cytobactériologique des urines (ECBU) re p r é- sente dans un laboratoire de microbiologie clinique une des principales, sinon la principale activité de diagnostic (5). Dupoint de vue quantitatif, ceci contribue dans une large mesure au coût général très élevé de la prise en charge des infections u r i n a i res. Les derniers consensus concernant cette patholo- gie recommandent pourtant un recours non systématique à l’ECBU (5, 9). En l’absence de cet examen, le traitement
P rofil et sensibilité aux antibiotiques de 2063 b a c t é r i e s uropathogènes isolées dans le centre de la Tu n is i e.
Summary:Profile and sensitivity to antibiotics of 2063 uropathogenic bacteria in midTunisia.
Current bacteriological data are very useful when making therapeutic decisions in cases of non com - plicated urinary tract infection. In this article, we present the data gathered by a university hospital laboratory in mid-Tunisia as well as the results of 17829 urinary cytobacteriological examinations conducted in a multidisciplinary hospital during the year 2000. Urine was sowed on usual agar. All bacterium cultivating at least 105bacteria reported to ml and at 37°C in a normal atmosphere was retained; identification and sensitivity to antibiotics of the bacterium followed the recommendations of the French Society of Microbiology. We collected 2063 non-redundant bacteria of which 82,3%
came from female samples. Gram negative rods were distinctly predominant with 92% of the whole bacterium and Escherichia colirepresented 67% of the whole of the germs; Staphylococcus sapro- phyticuswith 4,8% and Streptococcus agalactiae with 1% dominated Gram positive bacteria. The susceptibility of bacteria to the principal antibiotics used for the treatment of the urinary tract infec - tion was characterised by the low percentage of sensitivity of the Gram negative rods to amoxicil - line (41,2% of sensitivity for Escherichia coli and 22% for the Proteus sp), and by cotrimoxazole which preserved an activity between 63,8% for Escherichia coli and 94,7% for Staphylococcus saprophyticus.The highest percentage of sensitivity was achieved by gentamicine (99,4% of Esche- richia coliand 98,9% of Staphylococcus saprophyticus) and fluoroquinolons (97,8% ofEscherichia coli and 100% of Staphylococcus saprophyticus are sensible); furadoin was active on almost all Escherichia coli and Staphylococcus saprophyticus. Apart from natural resistance, colistin was constantly active. Escherichia coli and Staphylococcus saprophyticuswere the major agents of the urinary tract infection. Gentamicin and fluoroquinolons showed themselves to be constantly active antibiotics. Nitrofurans and colistin deserve a better place in therapeutic choice.
Résumé :
Nous présentons les données bactériologiques actuelles fournies par l’examen cytobactériologique d’urines d’un laboratoire de microbiologie hospitalo-universitaire du centre tunisien. Il s’agit des résul - tats de 17 829 examens cytobactériologiques d’urines réalisés au cours de l’année 2000. La sensibi - lité aux antibiotiques est effectuée selon les recommandations de la Société française de microbiolo - gie. Nous avons collecté 2 063 bactéries non redondantes provenant, dans 82,3 % des cas, d’échan - tillons féminins. Les bacilles à Gram négatif sont nettement prédominants avec 92 % de l’ensemble des bactéries et Escherichia colireprésente 67 % du total des germes;Staphylococcus sapro p h y t i c u s avec 4,8 % et S t reptococcus agalactiaeavec 1 % dominent les bactéries à Gram positif. La sensibi - lité des bactéries aux principaux antibiotiques utilisés pour le traitement de l’infection urinaire se dis - tingue par le faible pourcentage de sensibilité à l’amoxicilline des bacilles à Gram négatif (41,2 % de sensibilité pour Escherichia coli et 22 % pour les P ro t e u s) alors que le cotrimoxazole n’est actif qu’entre 63,8 % pour Escherichia coli et 94,7 % pour Staphylococcus sapro p h y t i c u s .Les meilleurs pourcentages de sensibilité sont relatifs à la gentamicine (99,4 % des Escherichia coli et 98,9 % des Staphylococcus sapro p h y t i c u ssont sensibles) et aux fluoroquinolones (97,8 % des Escherichia coli e t 1 0 0 % des Staphylococcus sapro p h y t i c u ssont sensibles) ; la furadoïne est active sur la quasi totalité des Escherichia coli et des Staphylococcus sapro p h y t i c u s. En dehors des résistances naturelles, la colis - tine est constamment active. Escherichia coli et Staphylococcus saprophyticus sont les agents majeurs de l’infection urinaire. Toute bactéries confondues, la gentamicine, le céfotaxime et les fluoroquino - lones sont les antibiotiques les plus constamment actifs.
B ACTÉRIOLOGIE
J. Boukadida* (1), N. Boukadida (2) & S. Elraii (1)
(1) Laboratoire de microbiologie, CHU Farhat Hached,4002 Sousse, Tunisie.
(2) centre de santé de base de Sousse, Tunisie.
* E-mail : jboukadida@lycos.com
Manuscrit n°2356. “Bactériologie”. Reçu le 18 septembre 2001. Accepté le 22 janvier 2002.
urinary cytobacteriological exam antibiotic laboratory Tunisia Northern Africa
examen cytobactériologique des urines antibiotique
laboratoire Tunisie Afrique du Nord
Bull Soc Pathol Exot, 2002,95, 1, 8-10 9 a n t ibiotique s’appuie sur les données épidémiologiques bac-
tériennes actualisées et géographiquement adaptées (2, 14). De telles données permettent également d’informer les org a n i s m e s s a n i t a i res quant à l’évolution de l’antibiorésistance. Nous pré- sentons dans ce travail le profil et la sensibilité aux antibio- tiques de 2 063 bactéries isolées à partir d’ECBU dans un hôpital universitaire polyvalent du centre tunisien.
Matériels et méthode
L
a période de l’étude est l’année 2000. Nous avons re ç u 1 7 829 échantillons d’urines. Les échantillons analysés sont des milieux de jet d’urines matinales, des prélèvements par collecteur chez les nouveau-nés et les nourrissons et excep- tionnellement des ponctions sus-pubiennes. Les échantillons p roviennent des diff é rents services hospitaliers (néonatalo- gie, pédiatrie, services médicaux, soins intensifs, matern i t é , c h i ru rgie et consultations externes médicales) et de dispensaire s périphériques (consultations médicales de pre m i è re ligne).Après comptage cellulaire à la cellule de Mallassez, 100µl de chaque échantillon d’urine sont ensemencés sur gélose ordi- n a i re (Sanofi Diagnostics Pasteur - France). Toute bactérie qui pousse en 24 h e u res à 37 °C en atmosphère normale à plus de 105colonies/ml est identifiée. La sensibilité aux anti- biotiques est réalisée par la méthode de diffusion en milieu gélosé de Mueller Hinton (Sanofi Diagnostics Pasteur – France et les disques du même fabriquant) selon les re c o m m a n d a- tions de la SFM (20). L’ensemble des données a été analysé par le logiciel fourni par l’OMS “WHONET 4”.
Résultats
N
ous avons collecté 2 063 bactéries non re d o n d a n t e s (tableau I) dominées à plus de 67 % par E s c h e r i c h i a c o l i . Les bactéries proviennent dans 82,3 % d’échantillons féminins. Nous avons réparti l’ensemble des bactéries en 7 catégories selon la spécialité médicale des patients (tableau II) ; les consultations médicales et les services médicaux adultes dominent, avec plus de 63 % du total des isolats, au niveau de la provenance des ECBU à culture positive. Neuf genre s bactériens dominent le profil bactériologique avec plus de 1 % de l’ensemble des bactéries isolées (tableau II). Leur sen- sibilité aux principaux antibiotiques utilisés pour le traite- ment des infections urinaires montre une fréquente eff i c a c i t é de la gentamicine, l’ofloxacine, les furadoïnes, la colis- tine. L’amoxicilline garde une constante eff i c a c i t é essentiellement sur le streptocoque B. Pour les bac- téries nosocomiales, la ceftazidime, mais surtout l’imi- pénème et la colistine, s’avèrent les plus fréquemment actives in vitro (tableau III). Selon la provenance des échantillons d’urine, le céfotaxime, la gentamicine et les quinolones sont les plus fréquemment actifs en milieu médical (tableau IV). Compte tenu des éven- tuelles contre-indications, le choix sera plus re s t re i n t en pédiatrie et pour la femme enceinte ; il sera orienté principalement vers les céphalosporines de 3eg é n é- ration ou bien la colistine.Discussion
L
’infection urinaire demeure, partout dans le monde, une pathologie très fréquente (6). C’est l’un des principaux motifs de consultation, d’explorations m i c robiologiques et de prescription des antibiotiques avec, pour cette dern i è re, les conséquences sur le coût des soins et du développement de résistances bacté- riennes (2, 6, 9). Les données bactériologiques localeset actualisées sont indispensables pour l’application efficace des nouveaux consensus de la prise en charge de cette pathologie où il s’agit en particulier de pre s c r i re une antibiothérapie eff i- cace et de restreindre le recours à l’ECBU.
Les deux principales données locales et actualisées à fournir s o n t : le profil bactériologique général et particulier à diff é re n t s t e rr a i n s ; la sensibilité des principales bactéries aux antibiotiques préconisés pour le traitement de l’infection urinaire.
Profil des 2063 bactéries isolées d’ECBU.
Profile of the 2 063 bacteria isolated from ECBU.
bactéries à Gram négatif nb d’isolats %
Escherichia coli 1383 67
Klebsiella sp. 236 11,4
Proteus sp. 87 4,2
Enterobacter sp. 62 3
Citrobacter sp. 61 3
Pseudomonas aeruginosa 38 1,8
Acinetobacter baumannii 21 1
Morganella morganii 4 0,2
Serratia sp. 4 0,2
Salmonella enterica* 3 0,1
Providencia sp. 2 0,1
total bacilles à Gram négatif 1901 92
bactéries à Gram positif
Staphylococcus saprophyticus 100 4,8
Enterococcus sp. 21 1
Streptococcus agalactiae 20 1
Streptococcus sp. 7 0,5
Staphylococcus aureus 5 0,2
Staphylococcus epidermidis 2 0,1
Staphylococcus hominis 2 0,1
Streptocoque du groupe D 2 0,1
Streptocoque du groupe A 2 0,1
Staphylococcus xylosus 1 0,05
total des bactéries à Gram positif 162 8
(*) Deux souches de sérotype Enteritidis et une souche de sérotype Braenderup.
Tableau I
Tableau II.
Tableau III.
Répartition des ECBU positifs selon leur provenance des différents services hospitaliers et périphériques.
Distribution of positive ECBU according to their origin (hospital wards, peripheral hospitals)
spécialité médicale nb d’isolats %
services externes 841 40,7
services médicaux internes 493 23,9
gynécologie-obstétrique 348 16,9
pédiatrie 130 6,3
réanimation polyvalente 90 4,4
réanimation pédiatrique 89 4,3
néonatologie 39 1,9
chirurgie 33 1,6
total des ECBU positifs 2063 100
Pourcentage de sensibilité aux antibiotiques des 9 principales bactéries isolées d’ECBU (proportion > 1 %).
Percentage of sensitivity to antibiotics of the 9 main bacteria isolated from ECBU (proportion > 1%)
nb de souches 1383 236 100 83 62 61 38 21 20
amoxicilline 41,2 - 84,2 22 - - - - 100
céfalotine 54,4 69,1 94,6 56 - - - - -
céfotaxime 99,6 88 - 95,2 82 92,5 - - -
amikacine 99,9 95,8 100 95 95,3 100 86,5 55 -
gentamicine 99,4 88,4 98,9 91,5 84 90,5 63,2 52,6 90*
ac. nalidixique 95,5 85,5 - 78,8 88 90 - - -
ofloxacine 97,8 98,1 100 98,7 95,5 95,1 66,7 46,7 -
colistine 100 100 - - 100 100 100 100 -
furadoïne 99 76,2 100 - 72 88,1 - - 100
ticarcilline - - - - 64,5 26 63,9 75 -
céftazidime - - - - - - 76,5 47,1 -
imipénème 100 100 - 100 100 100 88,2 100 -
tétracycline 85,9 20,7 82,1 - 28 41,5 - - -
chloramphénicol 88,4 84,7 90,8 71 83,7 95,1 - - 90
cotrimoxazole 63,8 67,1 94,7 76,6 67,4 90 - 50 90
* : résistance de type bas niveau pour 90% des souches, (-) antibiotique non testé ou de sensibilité quasi nulle
Bactériologie 10
J. Boukadida, N. Boukadida & S. Elraii
Plusieurs études et organismes dans différents pays, tel que l’AFORCOPIBIO en France, présentent régulièrement l’évo- lution du profil des bactéries uropathogènes et de leur sensi- bilité aux antibiotiques (7, 8, 16, 19). Partout dans le monde, Escherichia coli, avec des pourcentages stables de 60 à 70 %, dominent nettement le profil général des bactéries re s p o n- sables d’infections urinaires. Les bacilles à Gram négatif pré- dominent par rapport aux cocci à Gram positif et sont représentés essentiellement par des entérobactéries. Pseudo - monas aeru g i n o s a et Acinetobacter baumanii sont isolés essen- tiellement dans un contexte nosocomial, en particulier chez les malades sondés (17). À l'instar des autres infections en néo- natologie (11), Klebsiella est un agent fréquent de l’infection urinaire néonatale; sa prédominance chez les malades diabé- tiques est également notée dans notre étude. Staphylococcus saprophyticusest le principal coccus à Gram positif respon- sable d’infection urinaire; il est incriminé essentiellement dans la cystite de la jeune femme (18) mais également dans d’autre s contextes (1, 15) comme nous l’avons noté dans notre étude, puisque 4 souches sur les 100 ont été isolées chez des patients de sexe masculin. Il en est de même pour Streptococcus aga - l a c t i a e (13, 23), deuxième cocci à Gram positif isolé dans notre série essentiellement en milieu obstétrical, 5 souches ont été isolées en dehors de ce contexte dont 3 chez des patients de sexe masculin.
La sensibilité aux antibiotiques des bactéries uropathogènes se rapproche des résultats de plusieurs études (7, 9, 21). Pour les bacilles à Gram négatif, il s’agit en particulier de la pro- portion de plus en plus réduite d’ Escherichia colisensibles à l’amoxicilline et la même constatation est valable pour le cotri- moxazole. Les céphalosporines de troisième génération, la gentamicine, les fluoroquinolones et les nitrofuranes sont les antibiotiques qui s’avèrent actuellement les plus fréquem- ment actives ; elles doivent donc s’envisager en priorité en thérapeutique. La colistine, pour laquelle la résistance acquise reste toujours exceptionnelle et compte tenu de son faible coût et de sa tolérance sur certains terrains (femme enceinte), pourrait continuer à avoir certaines indications (3).
Pour les cocci à Gram positif, l’amoxicilline demeure l’anti- biotique de choix quand il s’agit de streptocoque et, à un moindre degré, de S.saprophyticus. Pour ce dernier, les fluo- roquinolones, les furadoïnes, la gentamicine et le cotrimoxa- zole peuvent s’envisager en traitement de première intention avec une grande marge d’efficacité. La résistance d’entéro- coque vis-à-vis des glycopeptides (22) n’a pas été retrouvée dans notre étude.
Enfin, les nitrofuranes, proposées actuellement pour le trai- tement de l’infection urinaire non compliquée (4), et la colis- tine s’illustrent dans notre étude par une re m a rquable activité ( h o rmis les résistances naturelles). Ces “anciens” a n t i b i o- tiques connaissent actuellement un regain d’intérêt (10, 12) ; ils méritent réellement de meilleures considérations dans les
schémas thérapeutiques de l’infection urinaire, du moins dans sa forme non compliquée : les nitrofuranes et la colistine sont des antibiotiques à prix intéressant. Alors que la résistance bactérienne inquiète, à juste raison, toutes les autorités sani- taires, leur prescription permet d’alléger la pression de sélec- tion exercée sur les autres antibiotiques (β-lactamines et fluoroquinolones en particulier).
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Tableau IV.
Sensibilité toutes bactéries confondues, selon leur provenance, vis-à-vis de 9 antibiotiques.
Sensitivity of all bacteria taken together, according to their origin, with respect to 9 antibiotics.
EXT G/O MED PED NN CHIR
amoxicilline 35,9 % 40,1 30,2 35,5 35,1 25
céfalotine 56,2 63,3 50,9 50,4 51,4 54,8
céfotaxime 98,2 97,3 97,5 97,5 82,9 87,5
gentamicine 98,8 99 95,9 91,9 81,1 94
cotrimoxazole 68,8 75,5 64,4 55,9 62,9 62,5
ac. nalidixique 93,4 94,4 91,6 97,5 80 84
ofloxacine 97,7 98 95,6 100 97,2 97
furadoïne 92,1 89,4 90,6 89,4 81,1 94
colistine 94 92,1 93,7 91,9 94,2 91
EXT: patients consultants, G/O:maternité,MED:services hospitaliers médicaux, PED : pédiatrie, NN : néonatologie, CHIR : chirurgie
