Actualité du microbiote intestinal

(1)

UNIVERSITE MOHAMMED V - RABAT

FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE - RABAT-

ANNEE: 2018

THESE N°: 122

ACTUALITÉ DU MICROBIOTE INTESTINAL

THESE

Présentée et soutenue publiquement le : ………..

PAR

Mr. YOUNESS MOTYA

Né le 27 Septembre 1994 à Fès

Pharmacien Interne De CHU Ibn Sina De Rabat

De L’Ecole Royale Du Service De Santé Militaire-Rabat

Pour l'Obtention du Diplôme de Docteur en Pharmacie

MOTS CLES : Microbiote Intestinal – Dysbiose – Probiotiques – Prébiotiques – Maladies Intestinal – Transplantation du Microbiote Intestinal.

JURY

Mr. A . BAITE PRESIDENT

Professeur d’Anesthésie - Réanimation

Mme. S . EL HAMZAOUI RAPPORTEUR

Professeur de Microbiologie Mr. Y . SEKHSSOUKH Professeur de Microbiologie Mme. S . TELLAL Professeur de Biochimie Mr. A . GAOUZI Professeur de pédiatrie JUGES

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UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT

FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE - RABAT

DOYENS HONORAIRES :

1962 – 1969 : Professeur Abdelmalek FARAJ 1969 – 1974 : Professeur Abdellatif BERBICH 1974 – 1981 : Professeur Bachir LAZRAK 1981 – 1989 : Professeur Taieb CHKILI

1989 – 1997 : Professeur Mohamed Tahar ALAOUI 1997 – 2003 : Professeur Abdelmajid BELMAHI 2003 - 2013 : Professeur Najia HAJJAJ – HASSOUNI

ADMINISTRATION :

Doyen

Professeur Mohamed ADNAOUI

Vice-Doyen chargé des Affaires Académiques et estudiantines Professeur Brahim LEKEHAL

Vice-Doyen chargé de la Recherche et de la Coopération

Professeur Toufiq DAKKA

Vice-Doyen chargé des Affaires Spécifiques à la Pharmacie

Professeur Jamal TAOUFIK

Secrétaire Général

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1 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS MEDECINS ET PHARMACIENS

PROFESSEURS :

Décembre 1984

Pr. MAAOUNI Abdelaziz Médecine Interne – Clinique Royale

Pr. MAAZOUZI Ahmed Wajdi Anesthésie -Réanimation

Pr. SETTAF Abdellatif Pathologie Chirurgicale

Novembre et Décembre 1985

Pr. BENSAID Younes Pathologie Chirurgicale

Janvier, Février et Décembre 1987

Pr. LACHKAR Hassan Médecine Interne

Pr. YAHYAOUI Mohamed Neurologie

Décembre 1989

Pr. ADNAOUI Mohamed Médecine Interne –Doyen de la FMPR

Pr. OUAZZANI Taïbi Mohamed Réda Neurologie

Janvier et Novembre 1990

Pr. HACHIM Mohammed* Médecine-Interne

Pr. KHARBACH Aîcha Gynécologie -Obstétrique

Pr. TAZI Saoud Anas Anesthésie Réanimation

Février Avril Juillet et Décembre 1991 Pr. AZZOUZI Abderrahim Anesthésie Réanimation- Doyen de FMPO

Pr. BAYAHIA Rabéa Néphrologie

Pr. BELKOUCHI Abdelkader Chirurgie Générale

Pr. BENCHEKROUN Belabbes Abdellatif Chirurgie Générale

Pr. BENSOUDA Yahia Pharmacie galénique

Pr. BERRAHO Amina Ophtalmologie

Pr. BEZAD Rachid

Gynécologie Obstétrique Méd. Chef Maternité des

Orangers

Pr. CHERRAH Yahia Pharmacologie

Pr. CHOKAIRI Omar Histologie Embryologie

Pr. KHATTAB Mohamed Pédiatrie

Pr. SOULAYMANI Rachida Pharmacologie- Dir. du Centre National PV Rabat Pr. TAOUFIK Jamal Chimie thérapeutique V.D à la pharmacie+Dir. du CEDOC +

Directeur du Médicament

Décembre 1992

Pr. AHALLAT Mohamed Chirurgie Générale Doyen de FMPT

Pr. BENSOUDA Adil Anesthésie Réanimation

Pr. CHAHED OUAZZANI Laaziza Gastro-Entérologie

(5)

Pr. EL OUAHABI Abdessamad Neurochirurgie

Pr. FELLAT Rokaya Cardiologie

Pr. GHAFIR Driss* Médecine Interne

Pr. JIDDANE Mohamed Anatomie

Pr. TAGHY Ahmed Chirurgie Générale

Pr. ZOUHDI Mimoun Microbiologie

Mars 1994

Pr. BENJAAFAR Noureddine Radiothérapie

Pr. BEN RAIS Nozha Biophysique

Pr. CAOUI Malika Biophysique

Pr. CHRAIBI Abdelmjid

Endocrinologie et Maladies Métaboliques Doyen de la

FMPA

Pr. EL AMRANI Sabah Gynécologie Obstétrique

Pr. EL BARDOUNI Ahmed Traumato-Orthopédie

Pr. EL HASSANI My Rachid Radiologie

Pr. ERROUGANI Abdelkader Chirurgie Générale – Directeur du CHIS-Rabat

Pr. ESSAKALI Malika Immunologie

Pr. ETTAYEBI Fouad Chirurgie Pédiatrique

Pr. HASSAM Badredine Dermatologie

Pr. IFRINE Lahssan Chirurgie Générale

Pr. MAHFOUD Mustapha Traumatologie – Orthopédie

Pr. RHRAB Brahim Gynécologie –Obstétrique

Pr. SENOUCI Karima Dermatologie

Mars 1994

Pr. ABBAR Mohamed* Urologie Directeur Hôpital My Ismail Meknès

Pr. ABDELHAK M‘barek Chirurgie – Pédiatrique

Pr. BENTAHILA Abdelali Pédiatrie

Pr. BENYAHIA Mohammed Ali Gynécologie – Obstétrique Pr. BERRADA Mohamed Saleh Traumatologie – Orthopédie Pr. CHERKAOUI Lalla Ouafae Ophtalmologie

Pr. LAKHDAR Amina Gynécologie Obstétrique

Pr. MOUANE Nezha Pédiatrie

Mars 1995

Pr. ABOUQUAL Redouane Réanimation Médicale

Pr. AMRAOUI Mohamed Chirurgie Générale

Pr. BAIDADA Abdelaziz Gynécologie Obstétrique

Pr. BARGACH Samir Gynécologie Obstétrique

Pr. DRISSI KAMILI Med Nordine* Anesthésie Réanimation

Pr. EL MESNAOUI Abbes Chirurgie Générale

Pr. ESSAKALI HOUSSYNI Leila Oto-Rhino-Laryngologie

Pr. HDA Abdelhamid* Cardiologie Inspecteur du Service de Santé des FAR Pr. IBEN ATTYA ANDALOUSSI Ahmed Urologie

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Pr. OUAZZANI CHAHDI Bahia Ophtalmologie

Pr. SEFIANI Abdelaziz Génétique

Pr. ZEGGWAGH Amine Ali Réanimation Médicale

Décembre 1996

Pr. AMIL Touriya* Radiologie

Pr. BELKACEM Rachid Chirurgie Pédiatrie

Pr. BOULANOUAR Abdelkrim Ophtalmologie

Pr. EL ALAMI EL FARICHA EL Hassan Chirurgie Générale

Pr. GAOUZI Ahmed Pédiatrie

Pr. MAHFOUDI M‘barek* Radiologie

Pr. OUZEDDOUN Naima Néphrologie

Pr. ZBIR EL Mehdi* Cardiologie DirecteurHôp.Mil. d’Instruction Med V Rabat

Novembre 1997

Pr. ALAMI Mohamed Hassan Gynécologie-Obstétrique

Pr. BEN SLIMANE Lounis Urologie

Pr. BIROUK Nazha Neurologie

Pr. ERREIMI Naima Pédiatrie

Pr. FELLAT Nadia Cardiologie

Pr. KADDOURI Noureddine Chirurgie Pédiatrique

Pr. KOUTANI Abdellatif Urologie

Pr. LAHLOU Mohamed Khalid Chirurgie Générale

Pr. MAHRAOUI CHAFIQ Pédiatrie

Pr. TOUFIQ Jallal Psychiatrie Directeur Hôp.Ar-razi Salé

Pr. YOUSFI MALKI Mounia Gynécologie Obstétrique

Novembre 1998

Pr. BENOMAR ALI Neurologie Doyen de la FMP Abulcassis

Pr. BOUGTAB Abdesslam Chirurgie Générale

Pr. ER RIHANI Hassan Oncologie Médicale

Pr. BENKIRANE Majid* Hématologie

Janvier 2000

Pr. ABID Ahmed* Pneumo-phtisiologie

Pr. AIT OUAMAR Hassan Pédiatrie

Pr. BENJELLOUN Dakhama Badr.Sououd Pédiatrie

Pr. BOURKADI Jamal-Eddine Pneumo-phtisiologie Directeur Hôp. My Youssef Pr. CHARIF CHEFCHAOUNI Al Montacer Chirurgie Générale

Pr. ECHARRAB El Mahjoub Chirurgie Générale

Pr. EL FTOUH Mustapha Pneumo-phtisiologie

Pr. EL MOSTARCHID Brahim* Neurochirurgie

Pr. MAHMOUDI Abdelkrim* Anesthésie-Réanimation

Pr. TACHINANTE Rajae Anesthésie-Réanimation

(7)

Novembre 2000

Pr. AIDI Saadia Neurologie

Pr. AJANA Fatima Zohra Gastro-Entérologie

Pr. BENAMR Said Chirurgie Générale

Pr. CHERTI Mohammed Cardiologie

Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Selma Anesthésie-Réanimation

Pr. EL HASSANI Amine Pédiatrie - Directeur Hôp.Cheikh Zaid

Pr. EL KHADER Khalid Urologie

Pr. EL MAGHRAOUI Abdellah* Rhumatologie

Pr. GHARBI Mohamed El Hassan Endocrinologie et Maladies Métaboliques

Pr. MDAGHRI ALAOUI Asmae Pédiatrie

Pr. ROUIMI Abdelhadi* Neurologie

Décembre 2000

Pr.ZOHAIR ABDELLAH * ORL

Pr. BALKHI Hicham* Anesthésie-Réanimation

Pr. BENABDELJLIL Maria Neurologie

Pr. BENAMAR Loubna Néphrologie

Pr. BENAMOR Jouda Pneumo-phtisiologie

Pr. BENELBARHDADI Imane Gastro-Entérologie

Pr. BENNANI Rajae Cardiologie

Pr. BENOUACHANE Thami Pédiatrie

Pr. BEZZA Ahmed* Rhumatologie

Pr. BOUCHIKHI IDRISSI Med Larbi Anatomie

Pr. BOUMDIN El Hassane* Radiologie

Pr. CHAT Latifa Radiologie

Pr. DAALI Mustapha* Chirurgie Générale

Pr. DRISSI Sidi Mourad* Radiologie

Pr. EL HIJRI Ahmed Anesthésie-Réanimation

Pr. EL MAAQILI Moulay Rachid Neuro-Chirurgie

Pr. EL MADHI Tarik Chirurgie-Pédiatrique

Pr. EL OUNANI Mohamed Chirurgie Générale

Pr. ETTAIR Said Pédiatrie - Directeur Hôp. d’EnfantsRabat

Pr. GAZZAZ Miloudi* Neuro-Chirurgie

Pr. HRORA Abdelmalek Chirurgie Générale

Pr. KABBAJ Saad Anesthésie-Réanimation

Pr. KABIRI EL Hassane* Chirurgie Thoracique

Pr. LAMRANI Moulay Omar Traumatologie Orthopédie

Pr. LEKEHAL Brahim Chirurgie Vasculaire Périphérique

Pr. MAHASSIN Fattouma* Médecine Interne

Pr. MEDARHRI Jalil Chirurgie Générale

(8)

Pr. MOHSINE Raouf Chirurgie Générale

Pr. NOUINI Yassine Urologie - Directeur Hôpital Ibn Sina

Pr. SABBAH Farid Chirurgie Générale

Pr. SEFIANI Yasser Chirurgie Vasculaire Périphérique Pr. TAOUFIQ BENCHEKROUN Soumia Pédiatrie

Décembre 2002

Pr. AL BOUZIDI Abderrahmane* Anatomie Pathologique

Pr. AMEUR Ahmed * Urologie

Pr. AMRI Rachida Cardiologie

Pr. AOURARH Aziz* Gastro-Entérologie

Pr. BAMOU Youssef * Biochimie-Chimie

Pr. BELMEJDOUB Ghizlene* Endocrinologie et Maladies Métaboliques

Pr. BENZEKRI Laila Dermatologie

Pr. BENZZOUBEIR Nadia Gastro-Entérologie

Pr. BERNOUSSI Zakiya Anatomie Pathologique

Pr. BICHRA Mohamed Zakariya* Psychiatrie

Pr. CHOHO Abdelkrim * Chirurgie Générale

Pr. CHKIRATE Bouchra Pédiatrie

Pr. EL ALAMI EL Fellous Sidi Zouhair Chirurgie Pédiatrique

Pr. EL HAOURI Mohamed * Dermatologie

Pr. FILALI ADIB Abdelhai Gynécologie Obstétrique

Pr. HAJJI Zakia Ophtalmologie

Pr. IKEN Ali Urologie

Pr. JAAFAR Abdeloihab* Traumatologie Orthopédie

Pr. KRIOUILE Yamina Pédiatrie

Pr. MABROUK Hfid* Traumatologie Orthopédie

Pr. MOUSSAOUI RAHALI Driss* Gynécologie Obstétrique

Pr. OUJILAL Abdelilah Oto-Rhino-Laryngologie

Pr. RACHID Khalid * Traumatologie Orthopédie

Pr. RAISS Mohamed Chirurgie Générale

Pr. RGUIBI IDRISSI Sidi Mustapha* Pneumo-phtisiologie

Pr. RHOU Hakima Néphrologie

Pr. SIAH Samir * Anesthésie Réanimation

Pr. THIMOU Amal Pédiatrie

Pr. ZENTAR Aziz* Chirurgie Générale

Janvier 2004

Pr. ABDELLAH El Hassan Ophtalmologie

Pr. AMRANI Mariam Anatomie Pathologique

Pr. BENBOUZID Mohammed Anas Oto-Rhino-Laryngologie

Pr. BENKIRANE Ahmed* Gastro-Entérologie

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Pr. BOURAZZA Ahmed* Neurologie

Pr. CHAGAR Belkacem* Traumatologie Orthopédie

Pr. CHERRADI Nadia Anatomie Pathologique

Pr. EL FENNI Jamal* Radiologie

Pr. EL HANCHI ZAKI Gynécologie Obstétrique

Pr. EL KHORASSANI Mohamed Pédiatrie

Pr. EL YOUNASSI Badreddine* Cardiologie

Pr. HACHI Hafid Chirurgie Générale

Pr. JABOUIRIK Fatima Pédiatrie

Pr. KHARMAZ Mohamed Traumatologie Orthopédie

Pr. MOUGHIL Said Chirurgie Cardio-Vasculaire

Pr. OUBAAZ Abdelbarre * Ophtalmologie

Pr. TARIB Abdelilah* Pharmacie Clinique

Pr. TIJAMI Fouad Chirurgie Générale

Pr. ZARZUR Jamila Cardiologie

Janvier 2005

Pr. ABBASSI Abdellah Chirurgie Réparatrice et Plastique Pr. AL KANDRY Sif Eddine* Chirurgie Générale

Pr. ALLALI Fadoua Rhumatologie

Pr. AMAZOUZI Abdellah Ophtalmologie

Pr. AZIZ Noureddine* Radiologie

Pr. BAHIRI Rachid Rhumatologie Directeur Hôp. Al Ayachi Salé

Pr. BARKAT Amina Pédiatrie

Pr. BENYASS Aatif Cardiologie

Pr. DOUDOUH Abderrahim* Biophysique

Pr. EL HAMZAOUI Sakina * Microbiologie

Pr. HAJJI Leila Cardiologie(mise en disponibilité)

Pr. HESSISSEN Leila Pédiatrie

Pr. JIDAL Mohamed* Radiologie

Pr. LAAROUSSI Mohamed Chirurgie Cardio-vasculaire

Pr. LYAGOUBI Mohammed Parasitologie

Pr. RAGALA Abdelhak Gynécologie Obstétrique

Pr. SBIHI Souad Histo-Embryologie Cytogénétique

Pr. ZERAIDI Najia Gynécologie Obstétrique

AVRIL 2006

Pr. ACHEMLAL Lahsen* Rhumatologie

Pr. AKJOUJ Said* Radiologie

Pr. BELMEKKI Abdelkader* Hématologie

Pr. BENCHEIKH Razika O.R.L

(10)

Pr. BOUHAFS Mohamed El Amine Chirurgie - Pédiatrique

Pr. BOULAHYA Abdellatif* Chirurgie Cardio – Vasculaire. Pr. CHENGUETI ANSARI Anas Gynécologie Obstétrique

Pr. DOGHMI Nawal Cardiologie

Pr. FELLAT Ibtissam Cardiologie

Pr. FAROUDY Mamoun Anesthésie Réanimation

Pr. HARMOUCHE Hicham Médecine Interne

Pr. HANAFI Sidi Mohamed* Anesthésie Réanimation

Pr. IDRISS LAHLOU Amine* Microbiologie

Pr. JROUNDI Laila Radiologie

Pr. KARMOUNI Tariq Urologie

Pr. KILI Amina Pédiatrie

Pr. KISRA Hassan Psychiatrie

Pr. KISRA Mounir Chirurgie – Pédiatrique

Pr. LAATIRIS Abdelkader* Pharmacie Galénique Pr. LMIMOUNI Badreddine* Parasitologie

Pr. MANSOURI Hamid* Radiothérapie

Pr. OUANASS Abderrazzak Psychiatrie

Pr. SAFI Soumaya* Endocrinologie

Pr. SEKKAT Fatima Zahra Psychiatrie

Pr. SOUALHI Mouna Pneumo – Phtisiologie

Pr. TELLAL Saida* Biochimie

Pr. ZAHRAOUI Rachida Pneumo – Phtisiologie

Décembre 2006

Pr SAIR Khalid Chirurgie générale Dir. Hôp.Av.Marrakech

Octobre 2007

Pr. ABIDI Khalid Réanimation médicale

Pr. ACHACHI Leila Pneumo phtisiologie

Pr. ACHOUR Abdessamad* Chirurgie générale

Pr. AIT HOUSSA Mahdi * Chirurgie cardio vasculaire

Pr. AMHAJJI Larbi * Traumatologie orthopédie

Pr. AOUFI Sarra Parasitologie

Pr. BAITE Abdelouahed * Anesthésie réanimation Directeur ERSSM

Pr. BALOUCH Lhousaine * Biochimie-chimie

Pr. BENZIANE Hamid * Pharmacie clinique

Pr. BOUTIMZINE Nourdine Ophtalmologie

Pr. CHERKAOUI Naoual * Pharmacie galénique

Pr. EHIRCHIOU Abdelkader * Chirurgie générale

Pr. EL BEKKALI Youssef * Chirurgie cardio-vasculaire

Pr. EL ABSI Mohamed Chirurgie générale

Pr. EL MOUSSAOUI Rachid Anesthésie réanimation

(11)

Pr. GHARIB Noureddine Chirurgie plastique et réparatrice

Pr. HADADI Khalid * Radiothérapie

Pr. ICHOU Mohamed * Oncologie médicale

Pr. ISMAILI Nadia Dermatologie

Pr. KEBDANI Tayeb Radiothérapie

Pr. LALAOUI SALIM Jaafar * Anesthésie réanimation

Pr. LOUZI Lhoussain * Microbiologie

Pr. MADANI Naoufel Réanimation médicale

Pr. MAHI Mohamed * Radiologie

Pr. MARC Karima Pneumo phtisiologie

Pr. MASRAR Azlarab Hématologie biologique

Pr. MRANI Saad * Virologie

Pr. OUZZIF Ez zohra * Biochimie-chimie

Pr. RABHI Monsef * Médecine interne

Pr. RADOUANE Bouchaib* Radiologie

Pr. SEFFAR Myriame Microbiologie

Pr. SEKHSOKH Yessine * Microbiologie

Pr. SIFAT Hassan * Radiothérapie

Pr. TABERKANET Mustafa * Chirurgie vasculaire périphérique

Pr. TACHFOUTI Samira Ophtalmologie

Pr. TAJDINE Mohammed Tariq* Chirurgie générale

Pr. TANANE Mansour * Traumatologie-orthopédie

Pr. TLIGUI Houssain Parasitologie

Pr. TOUATI Zakia Cardiologie

Décembre 2008

Pr TAHIRI My El Hassan* Chirurgie Générale

Mars 2009

Pr. ABOUZAHIR Ali * Médecine interne

Pr. AGADR Aomar * Pédiatrie

Pr. AIT ALI Abdelmounaim * Chirurgie Générale Pr. AIT BENHADDOU El Hachmia Neurologie

Pr. AKHADDAR Ali * Neuro-chirurgie

Pr. ALLALI Nazik Radiologie

Pr. AMINE Bouchra Rhumatologie

Pr. ARKHA Yassir Neuro-chirurgie Directeur Hôp.des Spécialités

Pr. BELYAMANI Lahcen* Anesthésie Réanimation

Pr. BJIJOU Younes Anatomie

Pr. BOUHSAIN Sanae * Biochimie-chimie

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Pr. BOUNAIM Ahmed * Chirurgie Générale Pr. BOUSSOUGA Mostapha * Traumatologie-orthopédie

Pr. CHTATA Hassan Toufik * Chirurgie Vasculaire Périphérique

Pr. DOGHMI Kamal * Hématologie clinique

Pr. EL MALKI Hadj Omar Chirurgie Générale

Pr. EL OUENNASS Mostapha* Microbiologie

Pr. ENNIBI Khalid * Médecine interne

Pr. FATHI Khalid Gynécologie obstétrique

Pr. HASSIKOU Hasna * Rhumatologie

Pr. KABBAJ Nawal Gastro-entérologie

Pr. KABIRI Meryem Pédiatrie

Pr. KARBOUBI Lamya Pédiatrie

Pr. LAMSAOURI Jamal * Chimie Thérapeutique

Pr. MARMADE Lahcen Chirurgie Cardio-vasculaire

Pr. MESKINI Toufik Pédiatrie

Pr. MESSAOUDI Nezha * Hématologie biologique

Pr. MSSROURI Rahal Chirurgie Générale

Pr. NASSAR Ittimade Radiologie

Pr. OUKERRAJ Latifa Cardiologie

Pr. RHORFI Ismail Abderrahmani * Pneumo-Phtisiologie

Octobre 2010

Pr. ALILOU Mustapha Anesthésie réanimation

Pr. AMEZIANE Taoufiq* Médecine Interne

Pr. BELAGUID Abdelaziz Physiologie

Pr. CHADLI Mariama* Microbiologie

Pr. CHEMSI Mohamed* Médecine Aéronautique

Pr. DAMI Abdellah* Biochimie- Chimie

Pr. DARBI Abdellatif* Radiologie

Pr. DENDANE Mohammed Anouar Chirurgie Pédiatrique

Pr. EL HAFIDI Naima Pédiatrie

Pr. EL KHARRAS Abdennasser* Radiologie

Pr. EL MAZOUZ Samir Chirurgie Plastique et Réparatrice

Pr. EL SAYEGH Hachem Urologie

Pr. ERRABIH Ikram Gastro-Entérologie

Pr. LAMALMI Najat Anatomie Pathologique

Pr. MOSADIK Ahlam Anesthésie Réanimation

Pr. MOUJAHID Mountassir* Chirurgie Générale

Pr. NAZIH Mouna* Hématologie

Pr. ZOUAIDIA Fouad Anatomie Pathologique

Decembre 2010

Pr.ZNATI Kaoutar Anatomie Pathologique

Mai 2012

(13)

Pr. ABOUELALAA Khalil * Anesthésie Réanimation Pr. BENCHEBBA Driss * Traumatologie-orthopédie

Pr. DRISSI Mohamed * Anesthésie Réanimation

Pr. EL ALAOUI MHAMDI Mouna Chirurgie Générale Pr. EL KHATTABI Abdessadek * Médecine Interne Pr. EL OUAZZANI Hanane * Pneumophtisiologie

Pr. ER-RAJI Mounir Chirurgie Pédiatrique

Pr. JAHID Ahmed Anatomie Pathologique

Pr. MEHSSANI Jamal * Psychiatrie

Pr. RAISSOUNI Maha * Cardiologie

* Enseignants Militaires Février 2013

Pr.AHID Samir Pharmacologie

Pr.AIT EL CADI Mina Toxicologie

Pr.AMRANI HANCHI Laila Gastro-Entérologie

Pr.AMOR Mourad Anesthésie Réanimation

Pr.AWAB Almahdi Anesthésie Réanimation

Pr.BELAYACHI Jihane Réanimation Médicale

Pr.BELKHADIR Zakaria Houssain Anesthésie Réanimation

Pr.BENCHEKROUN Laila Biochimie-Chimie

Pr.BENKIRANE Souad Hématologie

Pr.BENNANA Ahmed* Informatique Pharmaceutique

Pr.BENSGHIR Mustapha * Anesthésie Réanimation

Pr.BENYAHIA Mohammed * Néphrologie

Pr.BOUATIA Mustapha Chimie Analytique et Bromatologie Pr.BOUABID Ahmed Salim* Traumatologie orthopédie

Pr BOUTARBOUCH Mahjouba Anatomie

Pr.CHAIB Ali * Cardiologie

Pr.DENDANE Tarek Réanimation Médicale

Pr.DINI Nouzha * Pédiatrie

Pr.ECH-CHERIF EL KETTANI Mohamed Ali Anesthésie Réanimation Pr.ECH-CHERIF EL KETTANI Najwa Radiologie

Pr.EL FATEMI NIZARE Neuro-chirurgie

Pr.EL GUERROUJ Hasnae Médecine Nucléaire

Pr.EL HARTI Jaouad Chimie Thérapeutique

Pr.EL JAOUDI Rachid * Toxicologie

Pr.EL KABABRI Maria Pédiatrie

Pr.EL KHANNOUSSI Basma Anatomie Pathologique

Pr.EL KHLOUFI Samir Anatomie

Pr.EL KORAICHI Alae Anesthésie Réanimation

Pr.EN-NOUALI Hassane * Radiologie

(14)

Pr.FIKRI Meryem Radiologie

Pr.GHFIR Imade Médecine Nucléaire

Pr.IMANE Zineb Pédiatrie

Pr.IRAQI Hind Endocrinologie et maladies métaboliques

Pr.KABBAJ Hakima Microbiologie

Pr.KADIRI Mohamed * Psychiatrie

Pr.MAAMAR Mouna Fatima Zahra Médecine Interne

Pr.MEDDAH Bouchra Pharmacologie

Pr.MELHAOUI Adyl Neuro-chirurgie

Pr.MRABTI Hind Oncologie Médicale

Pr.NEJJARI Rachid Pharmacognosie

Pr.OUBEJJA Houda Chirugie Pédiatrique

Pr.OUKABLI Mohamed * Anatomie Pathologique

Pr.RAHALI Younes Pharmacie Galénique

Pr.RATBI Ilham Génétique

Pr.RAHMANI Mounia Neurologie

Pr.REDA Karim * Ophtalmologie

Pr.REGRAGUI Wafa Neurologie

Pr.RKAIN Hanan Physiologie

Pr.ROSTOM Samira Rhumatologie

Pr.ROUAS Lamiaa Anatomie Pathologique

Pr.ROUIBAA Fedoua * Gastro-Entérologie

Pr SALIHOUN Mouna Gastro-Entérologie

Pr.SAYAH Rochde Chirurgie Cardio-Vasculaire

Pr.SEDDIK Hassan * Gastro-Entérologie

Pr.ZERHOUNI Hicham Chirurgie Pédiatrique

Pr.ZINE Ali* Traumatologie Orthopédie

AVRIL 2013

Pr.EL KHATIB MOHAMED KARIM * Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale

MAI 2013

Pr.BOUSLIMAN Yassir Toxicologie

MARS 2014

Pr. ACHIR Abdellah Chirurgie Thoracique

Pr.BENCHAKROUN Mohammed * Traumatologie- Orthopédie

Pr.BOUCHIKH Mohammed Chirurgie Thoracique

Pr. EL KABBAJ Driss * Néphrologie

Pr. EL MACHTANI IDRISSI Samira * Biochimie-Chimie

Pr. HARDIZI Houyam Histologie- Embryologie-Cytogénétique

Pr. HASSANI Amale * Pédiatrie

Pr. HERRAK Laila Pneumologie

Pr. JANANE Abdellah * Urologie

(15)

PROFESSEURS AGREGES :

DECEMBRE 2014

Pr. ABILKASSEM Rachid* Pédiatrie

Pr. AIT BOUGHIMA Fadila Médecine Légale

Pr. BEKKALI Hicham * Anesthésie-Réanimation

Pr. BENAZZOU Salma Chirurgie Maxillo-Faciale

Pr. BOUABDELLAH Mounya Biochimie-Chimie

Pr. BOUCHRIK Mourad* Parasitologie

Pr. DERRAJI Soufiane* Pharmacie Clinique

Pr. DOBLALI Taoufik* Microbiologie

Pr. EL AYOUBI EL IDRISSI Ali Anatomie

Pr. EL GHADBANE Abdedaim Hatim* Anesthésie-Réanimation

Pr. EL MARJANY Mohammed* Radiothérapie

Pr. FEJJAL Nawfal Chirurgie Réparatrice et Plastique

Pr. JAHIDI Mohamed* O.R.L

Pr. LAKHAL Zouhair* Cardiologie

Pr. OUDGHIRI NEZHA Anesthésie-Réanimation

Pr. RAMI Mohamed Chirurgie Pédiatrique

Pr. SABIR Maria Psychiatrie

Pr. SBAI IDRISSI Karim* Médecine préventive, santé publique et Hyg.

AOUT 2015

Pr. MEZIANE Meryem Dermatologie

Pr. TAHRI Latifa Rhumatologie

JANVIER 2016

Pr. BENKABBOU Amine Chirurgie Générale

Pr. EL ASRI Fouad* Ophtalmologie

Pr. ERRAMI Noureddine* O.R.L

Pr. NITASSI Sophia O.R.L

JUIN 2017

Pr. KOUACH Jaouad* Génycologie-Obstétrique

Pr. LEMNOUER Abdelhay* Microbiologie

Pr. MAKRAM Sanaa * Pharmacologie

Pr. OULAHYANE Rachid* Chirurgie Pédiatrique

Pr. RHISSASSI Mohamed Jaafar CCV

Pr. SABRY Mohamed* Cardiologie

Pr. SEKKACH Youssef* Médecine Interne

Pr. TAZI MOUKHA Zakia Génécologie-Obstétrique

AVRIL 2014

(16)

Pr. ABI Rachid* Microbiologie

Pr. ASFALOU Ilyasse* Cardiologie

Pr. BOUAYTI El Arbi* Médecine préventive, santé publique et Hyg.

Pr. BOUTAYEB Saber Oncologie Médicale

Pr. EL GHISSASSI Ibrahim Oncologie Médicale

Pr. OURAINI Saloua* O.R.L

Pr. RAZINE Rachid Médecine préventive, santé publique et Hyg.

Pr. ZRARA Abdelhamid* Immunologie

* Enseignants Militaires

2 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS SCIENTIFIQUES

PROFESSEURS/Prs. HABILITES

Pr. ABOUDRAR Saadia Physiologie

Pr. ALAMI OUHABI Naima Biochimie-chimie

Pr. ALAOUI KATIM Pharmacologie

Pr. ALAOUI SLIMANI Lalla Naïma Histologie-Embryologie

Pr. ANSAR M‘hammed Chimie Organique et Pharmacie Chimique

Pr .BARKIYOU Malika Histologie-Embryologie

Pr. BOUHOUCHE Ahmed Génétique Humaine

Pr. BOUKLOUZE Abdelaziz Applications Pharmaceutiques Pr. CHAHED OUAZZANI Lalla Chadia Biochimie-chimie

Pr. DAKKA Taoufiq Physiologie

Pr. FAOUZI Moulay El Abbes Pharmacologie

Pr. IBRAHIMI Azeddine Biologie moléculaire/Biotechnologie

Pr. KHANFRI Jamal Eddine Biologie

Pr. OULAD BOUYAHYA IDRISSI Med Chimie Organique

Pr. REDHA Ahlam Chimie

Pr. TOUATI Driss Pharmacognosie

Pr. ZAHIDI Ahmed Pharmacologie

Mise à jour le 10/10/2018 Khaled Abdellah

(17)

(18)

Je dédie cette thèse à

A Allah

Tout puissant

Qui m’a inspiré

Qui m’a guidé dans le bon chemin

Je vous dois ce que je suis devenue

Louanges et remerciements

(19)

A ceux qui me sont les plus chers

A ceux qui ont toujours cru en moi

A ceux qui m’ont toujours encouragée

(20)

À

FEU SA MAJESTÉ LE ROI

HASSAN II

(21)

À

SA MAJESTÉ LE ROI

MOHAMED VI

Chef Suprême et Chef d’Etat-Major Général

des Forces Armées Royales

Roi du MAROC et garant de son intégrité territoriale

(22)

À

SON ALTESSE ROYALE

LE PRINCE HÉRITIER

MOULAY EL HASSAN

(23)

À

SON ALTESSE ROYALE

LE PRINCE MOULAY RACHID

(24)

À

(25)

A

Monsieur le Général de Corps d’Armée

Abdelfattah LOUARAK

Inspecteur Général des FAR et Commandant de la Zone Sud

En témoignage de notre grand respect

(26)

A

Monsieur le Médecin Général de Brigade

Abdelhamid HDA

Professeur de Cardiologie.

Inspecteur du Service de Santé des Forces Armées Royales.

En témoignage de notre grand respect,

(27)

A

Monsieur le Médecin Colonel Major

MEHDI ZBIR

Professeur de Cardiologie

Directeur de l’HMIMV ŔRabat.

En témoignage de notre grand respect

Et notre profonde considération

(28)

A

Monsieur le Médecin Colonel Major

Abdelouahed BAITE

Professeur d’Anesthésie Réanimation

Directeur de l’E.R.S.S.M

En témoignage de notre grand respect

Et notre profonde considération

.

(29)

A

Monsieur le Médecin Colonel Major

Mohammed Abbar

Professeur d’urologie

Directeur de l’HMMI-Meknès.

En témoignant de notre grand respect

Et notre profonde considération

(30)

A

Monsieur le Médecin Colonel Major

Khalid SAIR

Professeur de chirurgie viscérale

Directeur de l’Hôpital Militaire Avicenne de Marrakech

En témoignant de notre grand respect

(31)

A

Monsieur le Médecin Colonel

RADOUAN ZAHNOUN

Commandant du groupement formation et instruction

ERSSM

En témoignant de notre grand respect

Et notre profonde considération

(32)

C’est avec beaucoup de fierté, d’accomplissement, et de soulagement

que je dépose cette thèse qui vient marquer la fin d’un long parcours

universitaire, et qui signe par le fait même le passage de mon rôle

d’étudiante à celui de professionnelle, ce qui représente une étape très

importante de ma vie. C’est avec honneur que je porterai mon titre de

docteur pharmacien.

(33)

A la mémoire de MON TRES CHER PERE AHMED

De tous les pères, tu es le meilleur. Tu as été toujours un exemple pour moi

par tes qualités humaines, et ta persévérance. En témoignage d’années de

sacrifices, de sollicitudes, d’encouragement et de prières. Pourriez-vous

trouver dans ce travail le fruit de toutes vos peines et de vos efforts. En ce

jour, j'espère réaliser l'un de tes rêves. Aucune dédicace ne saurait exprimer mes

respects, ma reconnaissance et mon profond amour.

Que ton âme repose en paix, que dieu t’accorde sa miséricorde et t’accueille

dans son vaste paradis.

A MA TRES CHERE MERE FATIMA

Source inépuisable de tendresse, de patience et de sacrifice. Ta prière et ta

Bénédiction m'ont été d'un grand secours tout au long de ma vie. Quoique je

puisse dire et écrire, je ne pourrais exprimer ma grande affection et ma

profonde reconnaissance. J'espère ne jamais te décevoir, ni trahir ta confiance

et tes sacrifices. Puisse Dieu tout puissant, te préserver et t'accorder santé,

longue vie et Bonheur.

(34)

À ma grand-mère Rahma

Je te remercie pour tes prières pour moi et pour ton soutien .Que

Dieu te protège, te donne la santé et que tu seras gagnante de son

éternel paradis.

A MON CHER ONCLE Mohammed

Mon conseiller, et ami fidèle, qui m’a assisté dans les moments difficiles et

m’a pris doucement par la main pour traverser ensemble des épreuves

pénibles…. Je te suis très reconnaissant, et je ne te remercierai jamais assez

(35)

A MES CHERS ET ADORABLE FRERE ET SŒUR,

Fatiha l’aimable ma confidente et ma fidèle compagnante dans les

moments les plus délicats de cette vie mystérieuse.

Et Mohammed mon grand frère que j’aime profondément. En témoignage

de mon affection fraternelle, de ma profonde tendresse et reconnaissance, je

vous souhaite une vie pleine de bonheur et de succès et que Dieu, le tout

puissant, vous protége et vous garde.

À Mohammed LABRIGUI, Yousssef ZAHRAOUI, Hamza

MASCA, Salma ALAMI, et ma tante Bahia :

Vous avez toujours fait preuve d’attachement, de sincérité, et de

considération envers ma personne. Je voudrais pouvoir vous apporter ici la

chaleur de mon affection et de mon amour.

Votre aide, votre générosité extrême, votre soutien, étaient pour moi une

source de

courage, de conscience et de patience. Puisse Dieu, le tout puissant, vous

combler de santé, de bonheur et vous procurer longue vie.

(36)

A tous les membres de ma famille, petits et grands

Veuillez trouver dans ce modeste travail l’expression de mon

affection

À mes chèrs amis

Abderrazak Elmasmoudi,Yassin Atbib, , Youssef El Kati , Tarik

Bennani, Houssam Boui ,Anouar El Hassani,Ayoub Essad ,

Abdelouahab Erraji, Zakaria Amellal, Issam Erraoui, Mustapha

Chriqui ,Hamza El Fadil,Kamal El Chouiyakh, Youssef Tabet,

Mohamed Mahboubi, Firdaous ,Rachida,Khadija, Hajar ,Radia ,

Zineb, Oumaima et wissal .

Je ne peux trouver les mots justes et sincères pour vous exprimer mon affection

et mes pensées, vous êtes pour moi des frères et sœurs et des amis sur qui je

peux compter.

En témoignage de l’amitié qui nous uni et des souvenirs de tous les

moments que nous avons passés ensemble, je vous dédie ce travail et je vous

(37)

UNE SPECIALE DEDICACE A CETTE PERSONNE QUI

COMPTE DE JA ENORMEMENT POUR MOI, ET POUR QUI

JE PORTE Beaucoup DE TENDRESSE ET DE

RESPECT. A TOI HOUDA

(38)

A tous les professeurs auprès de qui j’ai eu l’honneur d’apprendre. A

tous ceux qui ont participé de loin ou de près à la réalisation de ce

travail

A tous mes enseignants

A tous ceux qui ont contribué de près ou de loin à l'élaboration de ce

travail,

A tous ceux qui m'ont dispensée le savoir,

A tous ceux et celles qui me sont chers Et que j’ai involontairement

omis de Citer

(39)

(40)

A notre Maître et Président de Jury,

Monsieur Abdelouahed BAITE

Professeur d’Anesthésie-Réanimation à la Faculté de Médecine et de

Pharmacie de Rabat

Directeur de l’école royale du service de sante militaire

C'est pour nous un grand honneur de vous avoir à la présidence de ce jury

malgré vos multiples responsabilités. Nous avons pour votre sérieux et votre

richesse d’enseignement et d’encadrement. Veuillez trouver, cher maître, dans

ce modeste travail, l’expression de notre très haute considération et notre

profonde gratitude.

(41)

A notre Maître et Rapporteur de thèse

Mme. SAKINA EL HAMZAOUI

Professeur de Microbiologie à la Faculté de Médecine de Pharmacie

de Rabat

Vous m’avez fait le grand honneur d’accepter de me diriger dans ce travail

avec bienveillance et rigueur. Votre attachement au travail bien fait est l’objet

de ma considération. Votre amabilité, Votre dynamisme, votre dévouement

pour le travail et votre compétence ont suscité mon admiration. Vous n’avez

jamais lésiné ni sur votre temps ni sur votre savoir tout au long de ce travail.

Je garde un excellent souvenir de la qualité de l’enseignement que vous nous

avez prodigué. J’espère être digne de la confiance que vous avez placée en moi

en me guidant dans la vie personnelle, professionnelle et l’élaboration et la

mise au point de cette thèse. Qu’il me soit permis, madame, de vous exprimer

ma profonde gratitude et mes sincères remerciements. Merci pour votre

gentillesse et votre totale disponibilité.

(42)

A notre Maître et Membre du jury,

Mr Yassine SEKHSOUKH

Professeur de microbiologie à la Faculté de Médecine et de Pharmacie

de Rabat

Vous nous avez reçus avec beaucoup d’amabilité, nous en avons été touchés.

C’est pour nous un grand honneur de vous avoir dans notre Jury pour

juger notre travail.

Veuillez recevoir l’expression de ma reconnaissance et de mon respect.

Merci

(43)

A notre Maître et Membre du jury

Mme. SAIDA TELLAL

Professeur de Biochimie à la Faculté de Médecine de Pharmacie de

Rabat

Vous nous avez reçus avec beaucoup d’amabilité, nous en avons été

touchés.

C’est pour nous un grand honneur de vous avoir dans notre Jury pour

juger notre travail.

Veuillez recevoir l’expression de ma reconnaissance et de mon respect.

Merci

(44)

A notre Maître et Membre du jury,

Mr Ahmed GAOUZI

Professeur en Pédiatrie à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de

Rabat

C’est pour nous un honneur et un grand privilège de vous avoir dans

notre jury de thèse.

Merci pour la simplicité que vous avez témoigné en acceptant de siéger

parmi notre jury de thèse. Veuillez trouver dans ce travail, l’expression de

notre gratitude et de notre grande estime

Merci

(45)

Liste des

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ABREVIATION :

ANSM: Agence national de sécurité des médicaments et des produits de santé

ASD: Autism Spectrum Disorder

AVC: Accident Vasculaire Cérébrale BCG: bacille de Calmette-Guérin C. difficile: Clostridium difficile

CCR: Cancer Colorectal

CEI: Cellule épithéliale intestinale

CFU: Colony Forming Unit

DCI: dénomination commune internationale DDD: dose journalière définie (defined daily dose). DJA: Dose Journalière Admissible

FIAF: Fast-Induced Adipocyte Factor FOS: fructo-oligosaccharides

GABA: Acide Gamma-AminoButyrique

GOS: Galacto-oligosaccharides

IBS: syndrome de l'intestin irritable (irritable bowel syndrome) ICD: Infection à Clostridium difficile

IDM: infarctus de myocarde

INRA: Institut Scientifique de Recherche

LBP: LPS binding protein

LPS: Lipopolysaccharide

(47)

LTreg: Lymphocyte T regulator

MALT: mucosa-associated lymphoid tissue MAPK: Mitogen-Activated Protein Kinase

MC: Maladie de Crohn

MGM: microorganisme génétiquement modifies

MICI: maladies inflammatoires chroniques de l‘intestin

NAFLD: Les hépatopathies stéatosiques non alcooliques ou (non alcoholic fatty liver disease)

NASH: Non Alcoholic SteatoHepatitis

NF-κB: Nuclear Factor-kappa-light-chainenhancer of activated B cells RCH: rectocolite hémorragique

SIBO: small intestinal bacterial overgrowth

TDAH: Trouble Déficitaire de l‘Attention avec Hyperactivité TMAO: Oxyde De Triméthylamine

TMF: Transplantation de microbiote fécal TRUC: (Tbet -/- x Rag-/- Ulcerative Colitis)

(48)

LISTE DES FIGURES :

Figure 1: Localisation du Microbiote Intestinal ... 2 Figure 2: Flow diagramme de la revue de la littérature « Le microbiote intestinal». ... 10 Figure 3: le microbiote intestinal ... 38 Figure 4: Conditions écologiques abiotiques et microbiote peuplant différentes niches de l‘intestin (écosystèmes) ... 39 Figure 5: Le tractus digestif humain : Distribution des microorganismes non-pathogènes fréquemment rencontrés chez l‘adulte. ... 42 Figure 6: Microbiote intestinal composé de micro-organismes vivants. ... 43 Figure 7: Rôle du microbiote intestinal ... 44 Figure 8: Fermentation des sucres (indigestes) par le microbiote colique. ... 47 Figure 9: Facteurs de déséquilibre du microbiote ... 54 Figure 10: Le rôle des bactéries dans la pathogénie des MICI ... 59 Figure 11: Les souris axéniques ont un taux élevé de Fiaf (Fasting-induced adipose factor). Le Fiaf agit en inhibant la LPL (lipoprotéine lipase) et diminue la récupération des triglycérides par l‘adipocyte ... 66 Figure 12: La colonisation de l‘intestin diminue le taux de Fiaf et conduit à l‘activation de la LPL et du transfert de triglycérides vers le tissus adipeux ... 67 Figure 13: Le microbiote intestinal et ses métabolites: leur implication dans les maladies cardiovasculaires et métaboliques. ... 69 Figure 14: Diabète de type 2 et microbiote intestinal ... 72 Figure 15: Le microbiote dans les maladies du foie ... 74 Figure 16: Représentation schématique des relations psycho-neuro-endocrines dans l'axe cerveau-tube digestif ... 76

(49)

Figure 17: Schéma des interactions entre dysbiose, inflammation de bas grade et dépression . ... 80 Figure 18: Greffe fécale ... 82 Figure 19: sites d'action des probiotiques ... 95

(50)

LISTE DES TABLEAUX :

Tableau 1: Les articles sélectionnés sur le microbiote intestinal ... 11 Tableau 2: Phylums et quelques genres microbiens dominants dans le tube digestif ... 41 Tableau 3: Effets et fonctions du microbiote intestinal ... 45 Tableau 4: Effets et fonctions du microbiote intestinal. ... 50 Tableau 5: Méthodes visant à préserver et/ou restaurer l‘intégrité du microbiote intestinal 125

(51)

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INTRODUCTION ... 1 I.HISTORIQUE... 5

1. Méthodes traditionnelles ... 5 2. L’apparition des méthodes moléculaires ... 5 3. De la phylogénétique à la métagénomique ... 7 4. Projets en cours ... 7 II.MATERIELS ET METHODES ... 9

III.RESULTAT ... 38

1. Définition du microbiote intestinal ... 38 2. Microbiote et écosystèmes du tube digestif de l’homme sain ... 39

Composition du microbiote intestinal ... 39 2.1

Établissement – stabilité et adaptabilité du microbiote intestinal ... 42 2.2

Fonctions et effets physiologiques du microbiote intestinal ... 43 2.3

2.3.1 Effet de barrière et fonctions immunitaires ... 45 2.3.2 Fonctions métaboliques ... 47 2.3.2.1 Fermentation ... 47 2.3.2.2 Transformation des acides biliaires et divers xénobiotiques ... 48 2.3.2.3 Autres ... 49 2.3.3 Effets trophiques et sur la motricité ... 49

3. Méthodes d’étude du microbiote intestinal ... 49 4. Microbiote et environnement ... 52

Microbiote et polluants minéraux ... 52 4.1

(53)

4.1.2 Impact du microbiote sur les métaux lourds ... 53 Microbiote et médicaments ... 53 4.2

5. Déséquilibres du microbiote : dysbiose et maladies intestinales et

extra-intestinales ... 54

Infections intestinales ... 54 5.1

Diarrhées dues aux antibiotiques ... 56 5.2

Pullulation bactérienne du grêle ... 57 5.3

Colites de diversion ... 57 5.4

Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin ... 58 5.5

Intestin irritable ... 60 5.6

Microbiote et cancérogenèse dans le tractus digestif ... 60 5.7

Microbiote et maladies extradigestives ... 61 5.8

5.8.1 Microbiote et maladies auto-immunes ... 61 5.8.2 Allergies ... 62 5.8.3 Syndrome métabolique – obésité – hépatopathies métaboliques ... 65 5.8.4 Affections neuropsychiatriques... 67 5.8.5 Microbiote et maladies cardiovasculaires ... 68 5.8.6 Microbiote et diabète de type 2 ... 70 5.8.6.1 Physiopathologie du diabète de type 2 ... 70 5.8.6.2 Le lien entre microbiote intestinal et diabète de type 2 ... 71 5.8.7 Les hépatopathies stéatosiques non alcooliques et le microbiote intestinal ... 72 5.8.7.1 Physiopathologie ... 72 5.8.7.2 La stéatopathie non alcoolique et le microbiote ... 73 5.8.8 Les maladies psychiatriques chroniques associées à la dysbiose intestinale ... 74

(54)

5.8.9 Microbiote et autisme ... 77 5.8.10 Microbiote et dépression ... 78

6. Modulation thérapeutique du microbiote intestinal ... 81

Transplantation de microbiote fécal (TMF) ... 81 6.1

Modulation nutritionnelle du microbiote intestinal ... 85 6.2

6.2.1 Influence du régime alimentaire ... 85 6.2.2 Microbiote intestinal humain et esthétique nutritionnelle ... 87 6.2.3 La nutrithérapie ... 89 Approche microbiologique ... 90 6.3 6.3.1 Les antibiotiques ... 90 6.3.2 Les probiotiques ... 92 6.3.3 Symbiotiques ... 105

7. L’apport du pharmacien d’officine dans la préservation de l’eubiose ... 106

Les conseils d'or du bon usage des médicaments ... 106 7.1

7.1.1 Le bon usage des antibiotiques ... 106 7.1.2 Les médicaments probiotiques et compléments alimentaires ... 109 Les conseils d’or en nutrition ... 112 7.2

Les conseils d’or en hygiène de vie ... 116 7.3

DISCUSSION ... 121 CONCLUSION ... 126 RESUMES ... 133 REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ... 137

(55)

1

(56)

2

Le microbiote intestinal est un ensemble important de bactéries (cent mille milliards) réparties le long du tractus intestinal et dont la composition globale est variable selon la localisation, les individus, l‘âge, les périodes de la vie d‘un même individu. Le nombre de bactéries augmente progressivement depuis l‘estomac (moins de 104 par gramme de contenu) jusqu‘au côlon (1011 à 1012 par gramme) en passant par le duodénum (103 à 104 par gramme), le jéjunum (105 à 106 par gramme) et l‘iléon (107 à 109 par gramme). Le passage de la valvule iléo-cæcale permet l‘entrée dans le côlon qui, compte tenu du nombre de bactéries présentes, est une véritable chambre de fermentation. L‘ensemble constitue un écosystème qui fonctionne comme un organe à part entière en étroite symbiose avec notre organisme et forme avec lui un supra-organisme (Figure 1). Certains auteurs lui donnent le nom d‘espace métabolique intégré.

(57)

3

C‘est, en effet, une usine biochimique indispensable pour la digestion des aliments non assimilés par l‘organisme et pour diverses fonctions physiologiques chez l‘Homme : maturation du système immunitaire, effet barrière contre des pathogènes extérieurs, production de vitamines, collecte d‘énergie, accessibilité aux micronutriments voire métabolisation des xénobiotiques ce fonctionnement est extrêmement dynamique grâce à un dialogue permanent entre les différentes espèces de bactéries constituant le microbiote et entre le microbiote et l‘hôte, à l‘origine de l‘homéostasie de l‘écosystème [4].

Les perturbations du microbiote intestinal sont impliquées aussi bien dans certaines pathologies intestinales que dans des pathologies extra-intestinales. Parmi ces pathologies, il faut citer les maladies inflammatoires chroniques de l‘intestin (MICI) du type maladie de Crohn ou rectocolite hémorragique(RCH), l‘obésité, le syndrome métabolique, certaines pathologies cardiovasculaires, certaines pathologies allergiques et avec plus de prudence, l‘autisme ou les troubles du comportement.

De ces données ont peut déduire en premier lieu l‘existence d‘un lien étroit entre microbiote et inflammation intestinale, puis entre microbiote et système immunitaire (immunité innée, allergie et auto-immunité), enfin entre microbiote et cerveau.

Ceci nécessite de s‘interroger sur la possibilité d‘identifier la ou les bactéries responsables de ces pathologies et, à l‘inverse, l‘existence d‘une ou de plusieurs espèces commensales qui, par leur présence, évite (nt) à l‘hôte qui la (ou les) possède de résister à la maladie.

En revanche, certaines familles de bactéries comme les entérobactéries sont quantitativement moins représentées dans le microbiote intestinal (107 à 108 par gramme de selles), mais sont des pathogènes majeurs pour l‘homme (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter sp, Salmonella enterica, Proteus sp, Shigella sp.). Les infections à ces germes sont traitées par les antibiotiques, dont l‘utilisation à large échelle remonte à environ 80 ans. Le contre point de cette utilisation massive est l‘apparition puis la diffusion de mécanismes de résistance au sein des bactéries pathogènes, notamment chez les entérobactéries. La résistance croissante, couplée à un ralentissement de la mise sur le marché

(58)

4

de nouveaux antibiotiques, pourrait amener de plus en plus souvent à être confronté à des infections pour lesquelles plus aucun antibiotique n‘est actif. De par la diversité et le nombre de bactéries qu‘il héberge, le microbiote intestinal est au cœur du phénomène de la résistance aux antibiotiques, en étant à la fois le réservoir des entérobactéries résistantes aux antibiotiques, mais également la « victime collatérale » de la prise d‘antibiotiques qui sélectionnent ces bactéries [5].

Les objectifs de notre travail s‘articulent autour des points suivants :

 Connaître le lien entre le microbiote intestinal et l‘écosystème de tube digestif de l‘homme.

 Chercher l‘implication du microbiote intestinal dans les pathologies intestinales et extra-intestinales.

 Démontrer l‘efficacité des moyens thérapeutiques dans la modulation du microbiote intestinal.

(59)

5

I. Historique

1. Méthodes traditionnelles

La recherche sur la flore bactérienne intestinale a été initiée à la fin du 19ème siècle, mais ce n‘est que vers le début des années 1960 que l‘intérêt a grandi [6]. Dès la fin des années 70, il a été estimé que cette flore contenait 10 fois plus de cellules procaryotes (la plupart bactérienne) que de cellules (eucaryotes) du corps humains[7]. Les premières estimations de la composition de la flore microbienne ont été tirées des techniques traditionnelles de bactériologie telles que la culture, la microscopie et l‘étude de la fermentation des sucres des bactéries isolées de selles humains [8, 9].

L‘intérêt de la composition de cette flore était alors l‘identification d‘agents pathogènes responsables de diarrhées infectieuses (Campylobacter, Salmonella, Shigella, Escherichia coli enterotoxinogène…).

Rapidement, il est apparu que le microbiote (la communauté bactérienne) intestinal possédait d‘autres rôles tels que la protection des cellules épithéliales intestinales, la régulation du stockage des graisses mais aussi une interaction avec le système immunitaire et donc potentiellement responsable de pathologie humaine. Cette prise de conscience a été le point de départ de très nombreuses études durant ces 10 dernières années. L‘avènement des techniques moléculaires a permis de faciliter mais aussi de compléter la composition de cette flore, en effet une proportion estimée à environ 80% de germes intestinaux étant non cultivables [9].

2. L’apparition des méthodes moléculaires

En effet, dès la fin des années 1980, Carl Woese a révélé qu‘une petite sous unité ribosomal (ARN16s dans le cas des bactéries) contenait des régions de séquences nucléotidiques qui sont hautement conservées et qu‘elles sont entrecoupées de régions hypervariables [10]. Ces régions hypervariables contiennent la signature du groupe et de l‘espèce phylogénétique. Grâce au développement de ces techniques, mais aussi à la prise de conscience que la santé humaine dépendait de la flore qui se trouve à l‘extérieur et à

(60)

6

l‘intérieur du corps humain, l‘étude de la microbiologie intestinale a connu une renaissance dans la dernière décade.

Les premières études moléculaires ont combiné la PCR (polymerase chain reaction) et une méthode d‘électrophorèse en gel couplé avec un gradient dénaturant (DGGE, denaturing gradient gel electrophoresis), ce qui a permis de comparer les microbiotes intestinaux. Puis, une technique d‘hybridation (FISH, Fluorescent In Situ Hybridation) a permis de détecter environ 32 espèces différentes de bactéries intestinales. Cette dernière technique possède une très bonne spécificité mais il faut connaître dans un premier temps les séquences que l‘on veut observer pour pouvoir choisir les amorces.

Cette première évaluation de la flore a permis de constater que la famille des

Bacteroidetes et celle des Firmicutes (clostridium) constituaient pour plus de la moitié du

microbiote. Une autre approche a été d‘observer directement les produits biochimiques du métabolisme microbien par spectrométrie de masse.

Cette méthode n‘est utilisée qu‘en complément de techniques traditionnelles de séquençages. La première tentative pour déchiffrer la diversité du microbiote intestinal revient à un groupe de scientifique de l‘université de Stanford qui a créé un programme d‘analyse des produits de séquençages [9].

Cette analyse a été réalisée sur 13355 séquences de gènes de procaryotes du tissu muqueux et des selles de 3 adultes sains. Les résultats ont montré que sur 13 355 séquences, 11 831 appartenaient aux bactéries (395 espèces phylogénétiquement différents) et 1 524 aux Archea (1 seule espèce : Methanobrevibacter smithii). Sur les 395 espèces bactériennes, 301 font parties de la famille des Firmicutes et 65 des Bacteroides. Ces résultats ont été confirmés par une étude de cohorte sur 124 échantillons de selles humains qui a révélé la présence de 1000 à 1150 espèces différentes dans le pool de selles et au moins 160 espèces différentes dans chaque selle.

(61)

7

3. De la phylogénétique à la métagénomique

Mais, il s‘est avéré que l‘étude phylogénétique ne répondrait pas à toutes les questions. Après la découverte de la totalité du génome humain, Julian Davies indiquait que le décodage du génome humain n‘était pas suffisant pour comprendre la biologie humaine car la flore microbienne affectait de façon importante la vie humaine. En effet, il prédit que ces bactéries pourraient être porteuses de 2 à 4 millions de gènes non caractérisés additionnés aux 30 000 gènes humains.

Quelques mois plus tard, Relman and Folkow appellent à réaliser un second projet sur le génome humain pour entreprendre une étude métagénomique des communautés bactériennes de la bouche, du tractus intestinal, de l‘appareil reproducteur et de la peau. Dans un même temps, Handlsman invente le terme métagénome et Joshua Lederberg (Lauréat du prix Nobel) le terme de microbiome. Ces 2 termes désignent l‘ensemble du génome de tous les membres de la communauté bactérienne.

4. Projets en cours

Au cours des dix dernières années, d‘importants projets menés aux États-Unis, en Europe et en Asie ont permis d‘améliorer considérablement les connaissances sur le microbiote intestinal.

Le Dr Joël Doré Directeur de Recherche à l‘Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), précise que « les outils que nous utilisons pour évaluer le microbiome et comprendre la symbiose « homme-microbe » ont gagné en résolution et sensibilité. » Aux yeux du Pr James Versalovic, pathologiste en chef de l‘Hôpital pour enfants du Texas et professeur de pathologie à la faculté de médecine Baylor, aux ÉtatsUnis, « le Projet Microbiome Humain mené par les États-Unis (The US Human Microbiome Project) nous a offert une nouvelle perspective du corps humain sain à travers l‘étude de l‘association de ses microorganismes. Chaque partie du corps humain, y compris l‘intestin, possède une communauté bactérienne distincte ».

(62)

8

De plus en plus de données soutiennent l‘idée que le corps humain est incomplet sans ses microbes— notamment les microbes logés dans le tractus intestinal. Au vu de ses fonctions uniques, certains scientifiques ont défini le microbiote intestinal comme un « super-organe », qui devrait recevoir la même attention que n‘importe quel autre organe.

« Le microbiote intestinal est essentiel, au développement total de l‘intestin, et des systèmes immunitaire, vasculaire et nerveux, pour n‘importe quel mammifère, y compris l‘Homme », explique Versalovic. « Autrement dit, être « complètement humain » exige un microbiote intestinal diversifié et pleinement fonctionnel. » De nos jours, il est impossible de parler de santé humaine sans citer le rôle du microbiote intestinal dans le maintien et le rétablissement de la santé humaine. » [11].

(63)

9

II. Matériels et Méthodes

Les études originales publiées dans des revues scientifiques du 1er janvier 2014 au 1er mai 2018 ont été systématiquement colligées et analysées sur une période allant du janvier 2018 au septembre 2018, les duplicatas ont été supprimés et la liste des références a été examinée afin d‘ajouter autres articles supplémentaires potentiels.

Les revues de la littérature sont classiques et font partie depuis longtemps du travail des chercheurs scientifiques. Mais elles sont réalisées sans inclure de règles formelles sur le choix des articles et des études sélectionnées selon la manière de résumer l‘information et de retenir telle ou tel résultat. Dans ces conditions, les opinions de l‘auteur de ces revues peuvent jouer un rôle dans le choix des articles sélectionnés. Ils ont montré ainsi que les études qui vont dans le sens des opinions admises sont plus souvent citées que les autres [12].

La quantité d‘information disponible dans le domaine médicale est aujourd‘hui considérable. Une interrogation des bases de données telle que SCIENCE DIRECT, PUBMED et ELSEVIER avec le mot-clef « flore intestinal » l‘ancienne dénomination du microbiote intestinal indique que 1.651 articles sont disponibles sur ce sujet dans une période de presque 5 ans allons de janvier 2014 jusqu‘au mois de mai 2018. Avec le mot-clef « microbiote intestinal » 451 articles sont accessibles dans la même période. Seules 65 articles (Tableau 1) sont sélectionnés selon l‘accessibilité en ligne, l‘importance de la revue, la pertinence scientifique de l‘étude, la fiabilité et la validité d‘étude (Figure 2). Chacun de ces articles apporte des informations originales, parfois concordantes, rarement identiques, mais pas toujours cohérentes, sur différents aspects des outils diagnostiques et des méthodes thérapeutiques. En outre, stratégies diagnostiques et thérapeutiques ont leurs aspects positifs (identification des malades, guérison), mais aussi leurs inconvénients (malades non diagnostiqués, effets secondaires des traitements). C‘est à dire la nécessité de réaliser des synthèses de l‘ensemble de ces informations pour aboutir à des règles de décision utilisables en pratique médicale.

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10

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11

Tableau 1: Les articles sélectionnés sur le microbiote intestinal

ARTICLES ANNEE SOURCE AUTEURS ET LEURS AFFILIATIONS

1 Microbiote intestinal et MICI 2010 GASTROENTEROLOGIE CLINIQUE ET BIOLOGIQUE P. Seksik

Service de Gastroentérologie et Nutrition, Hôpital Saint Antoine, AP-HP, Paris, France

& Equipe de recherche 7, UPMC, Paris, France.

2 Actualité du microbiote intestinal 2014 ANNALES PHARMACEUTIQUES FRANÇAISES P. Bourlioux

11, avenue de la République, 94400 Vitry-sur-Seine, France

3

Le microbiote intestinal est l’avenir de la

multirésistance bactérienne

2014 JOURNAL DES

ANTI-INFECTIEUX

É. Ruppé *, A. Andremont

Laboratoire de bactériologie, hôpital Bichat Claude-Bernard, « l‘émergence de la résistance bactérienne in vivo », université Paris Diderot — Paris ,France

4 Les hépatopathies stéatosiques non alcooliques et le microbiote intestinal 2015 MEDECINE DES MALADIES METABOLIQUES - MAI 2015 - VOL. 9 - N°3

Cat. Buffet1, Cam. Buffet2 1 Université Paris XI ;

Service hépato-gastro-entérologie adulte, Hôpital de Bicêtre, AP-HP, Le Kremlin-Bicêtre.

2 Université Pierre-et-Marie-Curie ; Service de nutrition (Pr J.-M.

(66)

12

5 Modulation alimentaire du microbiote intestinal humain et esthétique nutritionnelle 2014 ÉTHIQUE ET SANTE (2015) V. Baty

Service d’hépato gastroentérologie, clinique Mutualiste, 107, rue Trarieux, 69003 Lyon,

France

6 _{microbiote intestinal}Les relations entre et lipides

2014

CAHIERS DE NUTRITION ET DE DIETETIQUE (2014)

Philippe Gérard a,b

a Institut Micalis, INRA, UMR1319, équipe AMIPEM, domaine de

Vilvert,

78350 Jouy-en-Josas, France

b AgroParisTech, UMR Micalis, 78350 Jouy-en-Josas, France

7 _{d’étude du microbiote :}Nouvelle technique la culturomique 2014 REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - FÉVRIER 2015 - N°469 Bernard La Scola a

a Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales

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13

8

Implantation du microbiote intestinal

chez l’enfant : ontogenèse d’une niche

écologique

2014

REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES -

FÉVRIER 2015 - N°469

Anne Fillerona, Estelle Jumas-Bilak b,c a a Service de pédiatrie

Centre hospitalier universitaire Carémeau Place du Professeur Robert-Debré

b Laboratoire d‘hygiène hospitalière

Centre hospitalier universitaire de Montpellier Hôpital Arnaud-de-Villeneuve

c UMR 5119 Équipe Pathogènes et environnements

Université Montpellier 1

UFR des sciences pharmaceutiques et biologiques

9 _{intestinal : un nouvel}Le microbiote acteur de la nutrition 2015 CAHIERS DE NUTRITION ET DE DIETETIQUE KARINE CLEMENT

Institut cardiometabolique et nutrition (ICAN)

10 Microbiote intestinal : _{quelles implications} thérapeutiques ?

2015 LA REVUE DE

MEDECINE INTERNE

V. de Lastours ∗, B. Fantin

Service de médecine interne, hôpital Beaujon, 100, avenue du Général-Leclerc, 92110 Clichy, France

(68)

14

11 Impact du microbiote intestinal sur le développement des allergies 2016 REVUE FRANÇAISE D’ALLERGOLOGIE 56 S. Nicolas a,b,∗

a Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm),

31400 Toulouse, France

b Unité mixte de recherche (UMR) 1048, institut de maladies

métaboliques et cardiovasculaires (I2MC), équipe 2 : facteurs de risques intestinaux,

dyslipidémie, diabète, université Paul-Sabatier (UPS), 1, avenue Jean-Poulhès, BP 84225, 31432 Toulouse 12 Le microbiote intestinal : description, rôle et implication physiopathologique 2016 LA REVUE DE MEDECINE INTERNE

C. Landmana,b ,E. Quévrain a

a Inserm ERL 1157, CNRS UMR 7203 LBM and

inflammation-immunopathology-biotherapy department (DHU i2B), CHU Saint-Antoine, Sorbonne

universités – UPMC université Paris, France

b Service de gastroentérologie et nutrition, hôpital Saint-Antoine,

(69)

15

13

Le transfert de microbiote fécal lors d’infections récidivantes

à Clostridium difficile. Cadre et aspects

pharmacotechniques

2015