Etude de l’expression de diverses protéines 3.1.1

(1)

Page 1. Introduction

2. Hypothèse 3. Travaux réalisés

3.1. Etude de l’expression de diverses protéines 3.1.1. KRAS, proto-oncogène

3.1.1.1. Méthodologie

3.1.1.1.1. Méthode de sélection des études

3.1.1.1.2. Evaluation de la méthodologie des études sélectionnées 3.1.1.1.3. Méthodes statistiques

3.1.1.2. Résultats

3.1.1.2.1. Caractéristiques des études 3.1.1.2.2. Résultats des études individuelles 3.1.1.2.3. Qualité méthodologique des études 3.1.1.2.4. Méta-analyse

3.1.1.3. Conclusions

3.1.2. Prolifération cellulaire, récepteurs de facteurs de croissance épithéliale et angiogenèse.

3.1.2.1 Méta-analyses de la littérature 3.1.2.1.1. Rôle de Ki-67

3.1.2.1.1.1. Résultats

3.1.2.1.1.1.1. Caractéristiques des études 3.1.2.1.1.1.2. Résultats des études individuelles 3.1.2.1.1.1.3. Qualité méthodologique des études 3.1.2.1.1.1.4. Méta-analyse

3.1.2.1.1.2 Conclusions 3.1.2.1.2. Rôle d’EGFR 3.1.2.1.2.1. Résultats

3.1.2.1.2.1.1. Caractéristiques des études 3.1.2.1.2.1.2. Résultats des études individuelles 3.1.2.1.2.1.3. Qualité méthodologique des études

3.1.2.1.2.1.4. Méta-analyse

3.1.2.1.2.2 Conclusions

21 25 25 25 26 27 27 27 28 29 30 31 31 31 33 33

33 33 33 33 34 35 35 36 36 36 36 37 37 37 38

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3.1.2.1.3.2 Conclusions 3.1.2.1.4. Rôle de l’angiogenèse 3.1.2.1.4.1. Résultats

3.1.2.1.4.2 Conclusions

3.1.2.2. Etude de l’expression de ces protéines par immunohistochimie dans les lésions pré-invasives bronchiques

3.1.2.2.1. Expression de Ki-67 3.1.2.2.1.1. Méthodologie

3.1.2.2.1.1.1. Sélection des patients

3.1.2.2.1.1.2. Méthode de marquage par IHC 3.1.2.2.1.1.3. Méthode d’évaluation du marquage 3.1.2.2.1.1.4. Méthodes statistiques

3.1.2.2.1.2.1. Population

3.1.2.2.1.2.2. Expression de Ki-67 3.1.2.2.1.3. Conclusions

3.1.2.2.2. Expression d’EGFR 3.1.2.2.2.1. Méthodologie

3.1.2.2.2.1.2. Méthode de marquage par IHC 3.1.2.2.2.1.3. Méthode d’évaluation du marquage 3.1.2.2.2.2. Résultats

3.1.2.2.2.3. Conclusions 3.1.2.2.3. Expression de c-erbB-2 3.1.2.2.3.1. Méthodologie

38 38 39 39 40 40 40 41 41 42 42 42 42

42 43 43 43 43 44 46 46 46 46 47 48 48 48 48 49 50 50 50 50

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3.1.2.2.3.1.2. Méthode de marquage par IHC 3.1.2.2.3.1.3. Méthode d’évaluation du marquage 3.1.2.2.3.2. Résultats

3.1.2.2.3.3. Conclusions

3.1.2.2.4. Corrélation entre les expressions des 3 protéines 3.1.2.2.4.1. Résultats

3.1.2.3. Conclusions générales de ce chapitre sur la prolifération cellulaire et les récepteurs de croissance épithéliaux dans les lésions pré-invasives bronchiques

3.1.3. Facteurs impliqués dans les voies de l’apoptose cellulaire 3.1.3.1. Méta-analyses de la littérature

3.1.3.1.1. Rôle de p53 3.1.3.1.1.1. Résultats

3.1.3.1.1.2. Conclusions 3.1.3.1.2. Rôle de COX-2

3.1.3.1.2.2. Conclusions 3.1.3.1.3. Rôle de Bcl2 3.1.3.1.3.1. Résultats

3.1.3.2. Etude de l’expression de ces protéines dans les lésions pré-invasives

50 50 51 51 51 51 51 51

52 52 52 52 53 53 54 54 54 55 55 56 56 56 57 57 58 58 58 58 59 60 60 61

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3.1.3.2.1. Expression de p53 par immunohistochimie 3.1.3.2.1.1. Méthodologie

3.1.3.2.1.2.2. Expression de p53 3.1.3.2.1.3. Conclusions

3.1.3.2.2. Caractérisation des voies de contrôle de p53

3.1.3.2.2.1. Etude de l’expression protéique par immunohistochimie 3.1.3.2.2.1.1. Expression de MDM2

3.1.3.2.2.1.1.1. Méthodologie

3.1.3.2.2.1.1.1.1. Sélection des patients

3.1.3.2.2.1.1.1.2. Méthode de marquage par IHC

3.1.3.2.2.1.1.1.3. Méthode d’évaluation du marquage 3.1.3.2.2.1.1.1.4. Méthodes statistiques

3.1.3.2.2.1.1.2. Résultats

3.1.3.2.2.1.1.2.1. Population

3.1.3.2.2.1.1.2.2. Expression de MDM2

3.1.3.2.2.1.1.3. Conclusions

3.1.3.2.2.1.2. Expression de p14^arf

3.1.3.2.2.1.2.1.2. Méthode de marquage par IHC

3.1.3.2.2.1.2.1.3. Méthode d’évaluation du marquage 3.1.3.2.2.1.2.1.4. Méthodes statistiques

3.1.3.2.2.1.2.2. Résultats

3.1.3.2.2.1.2.2.1. Population

3.1.3.2.2.1.2.2.2. Expression de p14^arf

3.1.3.2.2.1.13. Conclusions

3.1.3.2.2.1.3. Expression de NPM

61 61 61 61 62 62 62 62 63 65 65 65 65 66 66 66 66 67 67 68 68 68 68 68 69 69 69 69 69 69 70 71 71 71

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3.1.3.2.2.1.3.1.2. Méthode de marquage par IHC 3.1.3.2.2.1.3.1.3. Méthode d’évaluation du marquage 3.1.3.2.2.1.3.1.4. Méthodes statistiques

3.1.3.2.2.1.3.2. Résultats

3.1.3.2.2.1.3.2.1. Population

3.1.3.2.2.1.3.2.2. Expression de NPM

3.1.3.2.2.1.3.3. Conclusions

3.1.3.2.2.1.4 Corrélation entre les expressions de ces protéines.

3.1.3.2.2.1.4.1 Méthodologie

3.1.3.2.2.1.4.1.1. Sélection des patients 3.1.3.2.2.1.4.1.2. Méthodes statistiques

3.1.3.2.2.1.4.2. Résultats

3.1.3.2.2.1.4.2.1. Corrélation entre p14^arf et MDM2

3.1.3.2.2.1.4.2.2. Corrélation entre NPM et MDM2

3.1.3.2.2.1.4.2.3 Corrélation entre NPM et p14^arf

3.1.3.2.2.2. Localisation intracellulaire relative de ces protéines et de p53 par immunofluorescence

3.1.3.2.2.2.1. Méthodologie

3.1.3.2.2.2.1.1. Sélection des patients

3.1.3.2.2.2.1.2. Méthode de marquage par IF 3.1.3.2.2.2.1.3. Méthode d’évaluation du marquage 3.1.3.2.2.2.2. Résultats

3.1.3.2.2.2.2.1. Distribution intracellulaire des protéines

3.1.3.2.2.2.2.2. Localisation intracellulaire relative des protéines

3.1.3.2.3. Expression de COX-2 par immunohistochimie 3.1.3.2.3.1. Méthodologie

71 71 71 72 72 72 72 73 73 74 74 74 74 74 75 75

75 76 76 76 77 77 77

78 80 81 81 81 81 81 82 82 82

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3.1.3.3. Conclusions générales de ce chapitre sur les voies de l’apoptose dans les lésions pré-invasives bronchiques

3.2. Etude de l’expression des ARNs messagers 3.2.1. Méthodologie

3.2.1.1. Collecte des échantillons et isolement de l’ARN 3.2.1.2. Acquisition des profils d’expression génique 3.2.1.3. Réalisation des RT-PCR de validation 3.2.1.4. Méthodes statistiques

3.2.2 Résultats

3.2.2.1. Population

3.2.2.2. Adéquation de la classification histologique sur base des profils d’expression génique

3.2.2.3. Comparaison des profils d’expression génique entre les différents stades de la carcinogenèse bronchique

3.2.2.4. Regroupement des stades histologiques en plus grands groupes sur base de la similarité de leurs profils d’expression génique

3.2.2.5. Comparaison des profils d’expression génique entre les différents groupes élargis

3.2.2.6. Validation de quelques gènes par RT-PCR

3.2.2.7. Identification de gènes permettant de distinguer les lésions prénéoplasiques et néoplasiques des tissus bronchiques normaux et de bas grade

3.2.3. Conclusions

3.3 Etude de l’expression des microARNs 3.3.1. Méthodologie

3.3.1.1. Collecte des échantillons et isolement de l’ARN 3.3.1.2. Analyse de l’expression des microARNs

3.3.1.3. Méthodes statistiques 3.3.2. Résultats

3.3.2.1. Comparaison des profils des microARNs

3.3.2.1.1. Entre l’épithélium bronchique normal de non-fumeurs et les différents stades de la carcinogenèse bronchique chez les fumeurs

3.3.2.1.2. Entre les stades successifs de la carcinogenèse bronchique chez

85

86 86 87 87 88 89 90 91 92

92

94

96

99 103

103 106 107 108 108 108 109 109 109

109

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les fumeurs

3.3.2.2. Potentiel discriminant des profils d’expression des microARNs entre les différents stades

3.3.3. Conclusions

4. Synthèse, limitations des études et discussion

4.1. Aspects méthodologiques particuliers au type de matériel biologique étudié 4.2. Analyse raisonnée de la littérature

4.3. Etude de l’expression de ces protéines dans les lésions pré-invasives bronchiques 4.3.1. Aspects méthodologiques

4.3.2. Analyse individuelle des protéines 4.3.2.1. Ki-67

4.3.2.2. EGFR 4.3.2.3. c-erbB-2 4.3.2.4. p53

4.3.2.5. Voies de contrôle de p53 4.3.2.5.1. MDM2

4.3.2.5.2. p14^arf 4.3.2.5.3. NPM 4.3.2.6. COX-2

4.3.3. Conclusions sur l’étude de l’évolution de l’expression de diverses protéines au cours de la carcinogenèse bronchique

4.4. Etude de l’expression des ARNs messagers 4.4.1. Qualités et limites de l’étude

4.4.2. Groupes sélectionnés et évolution des profils d’expression génique

4.4.2.1. Les tissus bronchiques histologiquement normaux et les hyperplasies 4.4.2.2. Métaplasies et dysplasies légères

4.4.2.3. Dysplasies sévères, CIS et CEB 4.4.2.4. Le cas des dysplasies modérées

4.4.3. Comparaison avec les données publiées dans la littérature

4.3.3.1. Facteurs décrits dans les lésions pré-invasives pulmonaires précurseurs de CEB

4.3.3.1.1. Dans les travaux de cette thèse 4.3.3.1.2. Dans d’autres études

4.4.3.2. Facteurs jamais décrits dans les lésions pré-invasives bronchiques 4.5. Etude de l’expression des microARNs

110

113 116 116 116 118 120 120 122 122 124 125 125 127 127 127 128 129

130 131 131 133 133 133 134 134 134

134 135 135 136 136

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4.5.2. Mise en relation de nos résultats avec la littérature

4.5.2.1. Comparaison avec la différenciation tissulaire et l’embryogenèse pulmonaire

4.5.2.2. Les microARNs en relation avec le cancer du poumon

4.5.2.3. Les microARNs en relation avec des oncogènes ou gènes suppresseurs de tumeurs

4.5.2.3.1. p53 4.5.2.3.2. Bcl2

4.5.2.4. Les microARNs non décrits dans les cancers pulmonaires mais décrits dans des cancers liés à d’autres organes

4.5.2.5. Les microARNs non encore décrits dans les cancers

4.6. Apport global de nos travaux sur la connaissance des mécanismes impliqués dans la carcinogenèse bronchique.

4.7. Conséquences potentielles pour le dépistage précoce du cancer bronchique.

5. Conclusions 6. Perspectives 7. Bibliographie

138

138 138

139 139 140

140 140

141 145 147 148 150

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