PRISE EN CHARGE DE LA DYSBIOSE INTESTINALE.

UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT

FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE - RABAT

DOYENS HONORAIRES :

1962 – 1969 : Professeur Abdelmalek FARAJ 1969 – 1974 : Professeur Abdellatif BERBICH 1974 – 1981 : Professeur Bachir LAZRAK 1981 – 1989 : Professeur Taieb CHKILI

1989 – 1997 : Professeur Mohamed Tahar ALAOUI 1997 – 2003 : Professeur Abdelmajid BELMAHI 2003 - 2013 : Professeur Najia HAJJAJ – HASSOUNI

ADMINISTRATION :

Doyen

Professeur Mohamed ADNAOUI

Vice-Doyen chargé des Affaires Académiques et estudiantines Professeur Brahim LEKEHAL

Vice-Doyen chargé de la Recherche et de la Coopération

Professeur Toufiq DAKKA

Vice-Doyen chargé des Affaires Spécifiques à la Pharmacie

Professeur Younes RAHALI

1. ENSEIGNANTS.·CHERCHEUR S MEDECINS ET PHARMACIENS

PROFESSEURS DE L'ENSEIGNEMENT SUP2RIEUR:

Décembre 1984

Pr. MMOUNI Abdelaziz Médecine Interne - Cl i nique Rovale

Pr. MAAZOUZI Ahmed Wajdi Anesthésie -Réanimation Pr. SETTAF Abdellatif Pathologie Chirurgicale Janvier, Février et Décembre 1987

Pr. LA..CHKAR Hassan Médecine Interne Décembre 1988

Pr. DAFIRI Rachida Radiologie Décembre 1989

Pr. ADNAOUI Mohamed Médecine Interne -Doyen de l a FMPR

Pr. OUAZZANI Taïbi Mohamed Réda Neurologie Janvier et Novembre 1 990

Pr. KHARBACH Aîcha Gynécologie .Obstétrique Pr. TAZI Saoud Anas Anesthésie Réanimation Février Avril Juillet et Décembre 1991

Pr. AZZOUZI Abderrahim Anesthésie Réanimation- Doven de FMPQ

Pr. BAYAHIA Rabéa Néphrologie Pr. BELKOUCHI Abdelkader Chirurgie Générale Pr. BENCHEKROUN Belabbes

Abdellatif

Chirurgie Générale Pr. BENSOUDA Yahia Pharmacie galénique Pr.BERRAHO Amina Ophtalmologie

Pr.BEZAD Rachid Gynécologie Obstétrique Méd. C hef M;1ternité des O rangers

Pr. CHERRAH Yahia Pharmacologie

Pr. CHOKAIRI Omar Histologie Embryologie Pr. KHATTAB Mohamed Pédiatrie

Pr. SOUIAYMANI Rachida Pharmacologie ·Di r. du Centre Nati o mil PV Rabat

Pr. TAOUFIK Jamal Chimie thérapeutique Décembre 1992

Pr. AHALIAT Mohamed Chirurgie Générale Doyen de FMPT

Pr. BENSOUDA Adil Anesthésie Réanimation Pr. CHAHED OUAZZANI Laaziza Gastro·Entérologie

Pr. CHRAIBI Chafiq Gynécologie Obstétrique Pr.EL OUAHABI Abdessamad Neurochirurgie

Pr.FELIAT Rokaya Cardiologie Pr. JIDDANE Mohamed Anatomie

Pr. TAGHY Ahmed Chirurgie Générale Pr. ZOUHDI Mimoun Microbiologie

Mars 1994

Pr. BENJAAFAR Noureddine Radiothérapie Pr. BEN RAIS Nozha Biophysique Pr. CAOUI Malika Biophysique

Pr. CHRAIBI Abdelmjid Endocrinologie et Maladies Métaboliques Doven de l à FMPA

Pr. EL AMRANI Sabah Gynécologie Obstétrique Pr. EL BARDOUNI Ahmed Traumato-Orthopédie Pr. EL HASSANI My Rachid Radiologie

Pr. ERROUGANI Abdelkader Chirurgie Générale - Di recteur du C HIS

Pr. ESSAKALI Malika Immunologie

Pr. ETTAYEBI Fouad Chirurgie Pédiatrique Pr. IFRINE Lahssan Chirurgie Générale

Pr. MAHFOUD Mustapha Traumatologie - Orthopédie Pr. RHRAB Brahim Gynécologie -Obstétrique Pr. SENOUCI Karima Dermatologie

Mars 1994

Pr. ABBAR Mohamed* Urologie Inspect eur du SSM

Pr. BENTAHIIA Abdelali Pédiatrie

Pr. BERRADA Mohamed Saleh Traumatologie - Orthopédie Pr. CHERKAOUI Lalla Ouafae Ophtalmologie

Pr. IAKHDAR Amina Gynécologie Obstétrique Pr. MOUANE Nezha Pédiatrie

Mars 1995

Pr. ABOUQUAL Redouane Réanimation Médicale Pr. AMRAOUI Mohamed Chirurgie Générale Pr. BAIDADA Abdelaziz Gynécologie Obstétrique Pr. BARGACH Samir Gynécologie Obstétrique Pr. EL MESNAOUI Abbes Chirurgie Générale Pr. ESSAKALI HOUSSYNI Leila Oto-Rhino-Laryngologie Pr. IBEN ATIYA ANDALOUSSI

Ahmed

Urologie Pr. OUAZZANI CHAHDI Bahia Ophtalmologie Pr. SEFIANI Abdelaziz Génétique

Pr. ZEGGWAGH Amine Ali Réanimation Médicale Décembre 1996

Pr. BELKACEM Rachid Chirurgie Pédiatrie Pr. BOUIANOUAR Abdelkrim Ophtalmologie Pr. EL AIAMI EL FARICHA EL

Hassan

Chirurgie Générale Pr. GAOUZI Ahmed Pédiatrie

Pr. OUZEDDOUN Naima Néphrologie

Pr. ZBIR EL Mehdi* Cardiologie Di rect eur HMI Mohammed V

Novembre 1997

Pr. BEN SLIMANE Lounis Urologie Pr. BIROUK Nazha Neurologie Pr. ERREIMI Naima Pédiatrie Pr. FELIAT Nadia Cardiologie

Pr. KADDOURI Noureddine Chirurgie Pédiatrique Pr. KOUTANI Abdellatif Urologie

Pr. I.AHLOU Mohamed Khalid Chirurgie Générale Pr. MAHRAOUI CHAFIQ Pédiatrie

Pr. TOUFIQ Jallal Psychiatrie Di recteur Hôp•.Ar.-razi Salé Pr. YOUSFI MALKI Mounia Gynécologie Obstétrique

Novembre 1998

Pr. BENOMAR ALI Neurologie Doyen de l a FMP Abu/cassis

Pr.BOUGTAB Ahdesslam Chirurgie Générale Pr. ER RIHANI Hassan Oncologie Médicale Pr. BENKIRANE Majid* Hématologie

Janvier 2000

Pr. ABID Ahmed* Pneumo-phtisiologie Pr. AIT OUAMAR Hassan Pédiatrie

Pr. BENJELLOUN Dakhama Badr .Sououd

Pédiatrie

Pr. BOURKADI Jamal-Eddine Pneumo-phtisiologie Directeur Hôp. My Youssef

Pr.CHARIF CHEFCHAOUNI Al Montacer

Chirurgie Générale Pr. ECHARRAB El Mahjoub Chirurgie Générale Pr. EL FTOUH Mustapha Pneumo-phtisiologie Pr. EL MOSTARCHID Brahim* Neurochirurgie

Pr. TACHINANTE Rajae Anesthésie-Réanimation Pr. TAZI MEZALEK Zoub_ida Médecine Interne Novembre 2000

Pr. AIDI Saadia Neurologie

Pr. AJANA Fatima Zohra Gastro·Entérologie Pr.BENAMR Said Chirurgie Générale Pr.CHERTI Mohammed Cardiologie

Pr. ECH.CHERIF EL KETTANI Selma Anesthésie-Réanimation

Pr. EL HASSANI Amine Pédiatrie • Di rect eur Hôp. Chei kh Zaid

Pr. EL KHADER Khalid Urologie

Pr. GHARBI Mohamed El Hassan Endocrinologie et Maladies Métaboliques Pr. MDAGHRI ALAOUI Asmae Pédiatrie

Décembre 2001

Pr. BALKHI Hicham* Anesthésie Réanimation Pr. BENABDELJLIL Maria Neurologie

Pr. BENAMAR Loubna Néphrologie

Pr. BENAMOR Jouda Pneumo-phtisiologie Pr. BENELBARHDADI lmane Gastro-Entérologie

Pr.BENNANI Rajae Cardiologie Pr. BENOUACHANE Thami Pédiatrie

Pr. BEZZA Ahmed* Rhumatologie

Pr. BOUCHIKHI IDRISSI Med Larbi Anatomie Pr. BOUMDIN El Hassane* Radiologie

Pr. CHAT Latifa Radiologie

Pr. DAALI Mustapha* Chirurgie Générale Pr. EL HIJRI Ahmed Anesthésie- Réanimation Pr. EL MAAQILI Moulay Rachid Neuro-Chirurgie

Pr. EL MADHI Tarik Chirurgie-Pédiatrique Pr. EL OUNANI Mohamed Chirurgie Générale

Pr. ETTAIR Said Pédiatrie • Directeur Hôp. d1Enlants Rabat

Pr.GAZZAZ Miloudi* Neuro-Chirurgie

Pr. HRORA Abdelmalek Chirurgie Générale Directeur Hôpital Ibn Sina

Pr. KABIRI EL Hassane* Chirurgie Thoracique Pr. lAMRANI Moulay Omar Traumatologie Orthopédie

Pr.LEKEHAL Brahim Chirurgie Vasculaire Périphérique V-D chargéAH Acad

Est.

Pr. MEDARHRI Jalil Chirurgie Générale Pr. MIKDAME Mohammed* Hématologie Clinique Pr. MOHSINE Raouf Chirurgie Générale Pr. NOUINI Yassine Urologie

Pr. SABBAH Farid Chirurgie Générale

Pr. SEFIANI Yasser Chirurgie Vasculaire Périphérique

Pr. TAOUFIQ BENCHEKROUN

Sournia

Pédiatrie Décembre 2002

Pr. AL BOUZIDI Abderrahmane* Anatomie Pathologique Pr. AMEUR Ahmed * Urologie

Pr.AMRI Rachida Cardiologie

Pr. AOURARH Aziz* Gastro-Entérologie Pr. BAMOU Youssef * Biochimie-Chimie

Pr. BELMEJDOUB Ghizlene* Endocrinologie et Maladies Métaboliques Pr.BENZEKRI Laila Dermatologie

Pr. BENZZOUBEIR Nadia Gastro-Entérologie

Pr. BERNOUSSI Zakiya Anatomie Pathologique

Pr. CHOHO Abdelkrim * Chirurgie Générale

Pr. CHKIRATE Bouchra Pédiatrie

Pr. EL AlAMI EL Fellous Sidi Zouhair Chirurgie Pédiatrique

Pr. EL HAOURI Mohamed * Dermatologie

Pr.·FILALIADIB Abdelhai Gynécologie Obstétrique Pr. HAJJI Zakia Ophtalmologie

Pr. JAAFAR Abdeloihab* Traumatologie Orthopédie Pr. KRIOUILE Yamina Pédiatrie

Pr. OUJILAL Abdelilah Oto-Rhino-Laryngologie Pr. RAISS Mohamed Chirurgie Générale

Pr. SIAH Samir * Anesthésie Réanimation

Pr. THIMOU Amal Pédiatrie

Pr. ZENTAR Aziz* Chirurgie Générale Janvier 2004

Pr.ABDELIAH El Hassan Ophtalmologie

Pr. AMRANI Mariam Anatomie Pathologique Pr. BENBOUZID Mohammed Anas Ota-Rhine-Laryngologie

Pr. BENKIRANE Ahmed* Gastro-Entérologie

Pr.BOUI.AADAS Malik Stomatologie et Chirurgie Maxille-faciale

Pr. BOURAZZA Ahmed* Neurologie

Pr. CHAGAR Belkacem* Traumatologie Orthopédie

Pr. CHERRADI Nadia Anatomie Pathologique

Pr. EL FENNI Jamal* Radiologie

Pr. EL HANCHI ZAKI Gynécologie Obstétrique Pr. EL KHORASSANI Mohamed Pédiatrie

Pr. HACH!Hafid Chirurgie Générale

Pr. JABOUIRIK Fatima Pédiatrie Pr. KHARMAZ

Mohamed

Traumatologie Orthopédie Pr. MOUGHIL Said Chirurgie Cardia-Vasculaire Pr. OUBAAZ Abdelbarre * Ophtalmologie

Pr. TARIB Abdelilah* Pharmacie Clinique Pr. TIJAMI Fouad Chirurgie Générale

Pr. ZARZUR Jamila Cardiologie

Janvier 2005

Pr. ABBASSI Abdellah Chirurgie Réparatrice et Plastique Pr. AL KANDRY Sif Eddine* Chirurgie Générale

Pr. ALLALI Fadoua Rhumatologie

Pr. AMAZOUZI Abdellah Ophtalmologie

Pr. BAHIRI Rachid Rhumatologie Di rect eur Hôp. Al Avachi Salé

Pr. BARKA.T Amina Pédiatrie

Pr. BENYASS Aatif Cardiologie

Pr. DOUDOUH Abderrahim * Biophysique

Pr. HAJJI Leila Cardiologie (mise en disponibilité) Pr. HESSISSEN Leila Pédiatrie

Pr. JIDAL Mohamed* Radiologie

Pr. LAAROUSSI Mohamed Chirurgie Cardio-vasculaire Pr. LYAGOUBI Mohammed Parasitologie

Pr. SBIHI Souad Histo-Embryologie Cytogénétique Pr. ZERAIDI Najia Gynécologie Obstétrique

AVRIL 2006

Pr. BELMEKKI Abdelkader* Hématologie Pr. BENCHEIKH Razika O.R.L

Pr. BIYI Abdelhamid* Biophysique

Pr. BOUHAFS Mohamed El Amine Chirurgie ·Pédiatrique

Pr. BOULAHYA Abdellatif* Chirurgie Cardio-Vasculaire. Di rect eur Hôpi t al Ibn Si na M

Pr. CHENGUETI ANSARI Anas Gynécologie Obstétrique

Pr. DOGHMI Nawal Cardiologie

Pr. FELIAT Ibtissam Cardiologie

Pr. FAROUDY Mamoun Anesthésie Réanimation Pr. HARMOUCHE Hicham Médecine Interne

Pr. IDRISS LAHLOU Amine* Microbiologie

Pr. JROUNDI Laila Radiologie

Pr. KARMOUNI Tariq Urologie

Pr. KILI Amina Pédiatrie

Pr. KISRA Hassan Psychiatrie

Pr. KISRA Mounir Chirurgie - Pédiatrique

Pr. LAATIRIS Abdelkader* Pharmacie Galénique

Pr. LMIMOUNI Badreddine* Parasitologie

Pr. MANSOURI Hamid* Radiothérapie

Pr. OUANASS Abderrazzak Psychiatrie

Pr. SAFI Soumaya* Endocrinologie

Pr. SEKKAT Fatima Zahra Psychiatrie

Pr.SOUALHI Mouna Pneumo - Phtisiologie

Pr.TELLAL Saida* Biochimie Octobre 2007

Pr. ABIDI Khalid Réanimation médicale Pr. ACHACHI Leila Pneumo phtisiologie Pr. ACHOUR Abdessamad* Chirurgie générale

Pr. AIT HOUSSA Mahdi * Chirurgie cardia vasculaire Pr. AMHAJJI Larbi * Traumatologie orthopédie Pr. AOUFI Sarra Parasitologie

Pr. BAITE Abdelouahed * Anesthésie réanimation Pr. BALOUCH Lhousaine * Biochimie-chimie Pr. BENZIANE Hamid * Pharmacie clinique Pr. BOUTIMZINE Nourdine Ophtalmologie Pr. CHERKAOUI Naoual * Pharmacie galénique Pr. EHIRCHIOU Abdelkader * Chirurgie générale

Pr. EL BEKKALI Youssef * Chirurgie cardio-vasculaire Pr. EL ABSI Mohamed Chirurgie générale

Pr. EL MOUSSAOUI Rachid Anesthésie réanimation Pr. EL OMARI Fatima Psychiatrie

Pr. GHARIB Noureddine Chirurgie plastique et réparatrice Pr. HADADI Khalid * Radiothérapie

Pr. ISMAILI Nadia Dermatologie Pr. KEBDANI Tayeb Radiothérapie Pr. LOUZI Lhoussain * Microbiologie

Pr. MADANI Naoufel Réanimation médicale Pr. MAHI Mohamed * Radiologie

Pr. MARC Karima Pneumo phtisiologie Pr. MASRAR Azlarab Hématologie biologique Pr. MRANI Saad * Virologie

Pr. OUZZIF Ez zohra Biochimie-chimie Pr. RABHI Monsef * Médecine interne Pr. RADOUANE Bouchaib* Radiologie Pr. SEFFAR Myriame Microbiologie Pr. SEKHSOKH Yessine * Microbiologie

Pr. SIFAT Hassan * Radiothérapie

Pr. TABERKANET Mustafa "* Chirurgie vasculaire périphérique Pr. TACHFOUTI Samira Ophtalmologie

Pr. TAJDINE Mohammed Tariq* Chirurgie générale

Pr. TANANE Mansour * Traumatologie-orthopédie Pr. TLIGUI Houssain Parasitologie

Pr. TOUATI Zakia Cardiologie

Mars 2009

Pr. ABOUZAHIR Ali * Médecine interne Pr.AGADR Aomar * Pédiatrie

Pr. AIT AIJAbdelmounaim * Chirurgie Générale Pr. AIT BENHADDOU El Hachmia Neurologie

Pr. AKHADDAR Ali * Neuro-chirurgie

Pr. ALLALI Nazik Radiologie

Pr. AMINE Bouchra Rhumatologie

Pr. ARKHA Yassir Neuro-chirurgie Di reçt eur Hôp.des Spécialités

Pr. BELYAMANI Lahcen • Anesthésie Réanimation

Pr. BJIJOU Younes Anatomie

Pr. BOUHSAIN Sanae * Biochimie-chimie Pr.BOUI Mohammed * Dermatologie Pr. BOUNAIM Ahmed * Chirurgie Générale

Pr. BOUSSOUGA Mostapha * Traumatologie-orthopédie

Pr. CHTATA Hassan Toufù.< * Chirurgie Vasculaire Périphérique Pr. DOGHMI Kamal * Hématologie clinique

Pr. EL MALKI Hadj Omar Chirurgie Générale Pr.EL OUENNASS Mostapha* Microbiologie Pr. ENNIBI Khalid * Médecine interne

Pr. FATHI Khalid Gynécologie obstétrique Pr. HASSIKOU Hasna * Rhumatologie

Pr. KABBAJ Nawa Gastro-entérologie

Pr. KABIRI Meryem Pédiatrie

Pr. IAMSAOURI Jamal * Chimie Thérapeutique Pr. MARMADE Lahcen Chirurgie Cardio-vasculaire Pr. MESKINI Toufik Pédiatrie

Pr. MESSAOUDI Nezha * Hématologie biologique Pr. MSSROURI Rahal Chirurgie Générale Pr.NASSAR lttimade Radiologie

Pr. OUKERRAJ Latifa Cardiologie

Pr. RHORFI Ismail Abderrahmani * Pneumo-Phtisiologie Octobre 2010

Pr. ALILOU Mustapha Anesthésie réanimation

Pr. AMEZIANE Taoufiq* Médecine Interne Directeur ERSSM Pr. BEIAGUID Abdelaziz Physiologie

Pr.CHADLI Mariama* Microbiologie

Pr. CHEMSI Mohamed* Médecine Aéronautique Pr. DAMI Abdellah* Biochimie, Chimie P r. DARBI Abdellatif* Radiologie

Pr. DENDANE Mohammed Anouar Chirurgie Pédiatrique Pr.EL HAFIDI Naima Pédiatrie

Pr.EL KHARRAS Abdennasser* Radiologie

Pr.EL MAZOUZ Samir Chirurgie Plastique et Réparatrice Pr. EL SAYEGH Hachem Urologie

Pr. ERRABIH lkram Gastro-Entérologie Pr. LAMALMI Najat Anatomie Pathologique Pr. MOSADIK Ahlam Anesthésie Réanimation Pr. MOUJAHID Mountassir* Chirurgie Générale

Pr. NAZIH Mouna* Hématologie

Pr. ZOUAIDIA Fouad Anatomie Pathologique

Decembre 2010

Pr.ZNATI Kaoutar Anatomie Pathologique Mai 2012

Pr. AMRANI Abdelouahed Chirurgie pédiatrique Pr. ABOUEWAA Khalil * Anesthésie Réanimation Pr.BENCHEBBA Driss * Traumatologie-orthopédie Pr. DRISSI Mohamed * Anesthésie Réanimation Pr. EL AIAOUI MHAMDI Mouna Chirurgie Générale Pr. EL KHATIABI Abdessadek * Médecine Interne Pr. EL OUAZZANI Hanane * Pneumophtisiologie Pr.ER-RAJI Mounir Chirurgie Pédiatrique Pr. JAHID Ahmed Anatomie Pathologique Pr.RAISSOUNI Maha * Cardiologie

* Enseignants Militaires Février 2013

Pr.AHID Samir Pharmacologie Pr.AIT EL CADI Mina Toxicologie

Pr.AMRANI HANCHI Laila Gastro-Entérologie Pr.AMOR Mourad Anesthésie Réanimation PrAWAB Almahdi Anesthésie Réanimation Pr.BEIAYACHI Jihane Réanimation Médicale Pr.BELKHADIR Zakaria Houssain Anesthésie Réanimation Pr.BENCHEKROUN Laila Biochimie-Chimie Pr.BENKIRANE Souad Hématologie

Pr.BENNANA Ahmed* Informatique Pharmaceutique Pr.BENSGHIR Mustapha * Anesthésie Réanimation Pr.BENYAHIA Mohammed * Néphrologie

Pr.BOUATIA Mustapha Chimie Analytique et Bromatologie Pr.BOUABID Ahmed Salim* Traumatologie orthopédie

Pr BOUTARBOUCH Mahjouba Anatomie Pr. CHAIB Ali * Cardiologie

Pr. DENDANE Tarek Réanimation Médicale

Pr.DINI Nouzha * Pédiatrie

Pr.ECH-CHERIF EL KEITANI Mohamed Ali

Anesthésie Réanimation Pr.ECH-CHERIF EL KEITANI Najwa Radiologie

Pr.ELFATEMI NIZARE Neure-chirurgie Pr.EL GUERROUJ Hasnae Médecine Nucléaire Pr.EL HARTI Jaouad Chimie Thérapeutique Pr.EL JAOUDI Rachid * Toxicologie

Pr.EL KABABRI Maria Pédiatrie

Pr. EL KHANNOUSSI Basma Anatomie Pathologique Pr.EL KHLOUFI Samir Anatomie

Pr.EL KORAICHI Alae Anesthésie Réanimation Pr.EN-NOUAL! Hassane * Radiologie

Pr.ERRGUIG Laila Physiologie

Pr.FIKRI Meryern Radiologie

Pr.GHFIR lmade Médecine Nucléaire

Pr.IMANE Zineb Pédiatrie

Pr.IRAQ!Hind Endocrinologie et maladies métaboliques Pr.KABBAJ Hakima Microbiologie

Pr.KADIRI Mohamed * Psychiatrie

Pr.LATIB Rachida Radiologie

Pr.MAAMAR Mouna Fatima Zahra Médecine Interne

Pr.MEDDAH Bouchra Pharmacologie

Pr.MELHAOUI Adyl Neuro-chirurgie Pr.MRABTI Hind Oncologie Médicale Pr.NEJJARI Rachid Pharmacognosie Pr.OUBEJJA Houda Chirugie Pédiatrique Pr.OUKABLI Mohamed * Anatomie Pathologique

Pr. RAHALI Younes Pharmacie Galénique Vice-Doyen à la Pharmacie

Pr.RATBI Ilham Génétique

Pr.RAHMAN! Mounia Neurologie

Pr.REDA Karim * Ophtalmologie

Pr.REGRAGUI 'X'afa Neurologie

Pr.RKAIN Hanan Physiologie

Pr.ROSTOM Samira Rhumatologie

Pr.ROUAS Lamiaa Anatomie Pathologique Pr.ROUIBAA Fedoua * Gastro-Entérologie Pr SALIHOUN Mouna Gastro-Entérologie

Pr.SAYAH Rochde Chirurgie Cardio-Vasculaire Pr.SEDDIK Hassan * Gastro-Entérologie

Pr.ZERHOUNI Hicham Chirurgie Pédiatrique Pr.ZINE Ali * Traumatologie Orthopédie • Enseignants Militaires

AVRIL 2013

Pr.EL KHATIB MOHAMED KARIM * Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale MARS 2014

Pr.ACHIR Abdellah Chirurgie Thoracique Pr.BENCHAKROUN Mohammed T Traumatologie- Orthopédie Pr.BOUCHIKH Mohammed Chirurgie Thoracique Pr. EL KABBAJ Driss * Néphrologie

Pr. EL MACHTANI IDRISSI Samira " Biochimie-Chimie

Pr.HARDIZI Houyam Histologie·Embryologie.Cytogénétique Pr. HASSAN! Amale * Pédiatrie

Pr. HERRAK Laila Pneumologie

Pr. JANANE Abdellah • Urologie

Pr. JEA.IDI Anass * Hématologie Biologique Pr. KOUACH Jaouad* Génycologie-Obstétrique Pr. LEMNOUER Abdelhay* Microbiologie

Pr. MAKRAM Sanaa * Pharmacologie Pr. OUIAHYANE Rachid* Chirurgie Pédiatrique Pr. RHISSASSI Mohamed Jaafar CCV

Pr. SEKKACH Youssef* Médecine Interne Pr. TAZI MOUKHA Zakia Génécologie-Obstétriq DECEMBRE 2014

Pr.ABILKACEM Rachid* Pédiatrie

Pr.AIT BOUGHIMA Fadila Médecine Légale

Pr. BEKKALI Hicham * Anesthésie-Réanimation

Pr. BENAZZOU Salma Chirurgie Maxillo-Faciale

Pr. BOUABDELIAH Mounya Biochimie-Chimie

Pr. BOUCHRIK Mourad* Parasitologie

Pr. DOBLALI Taoufik Microbiologie

Pr. EL AYOUB! EL IDRISSI Ali Anatomie

Pr. EL GHADBANE Abdedaim Hatim* Anesthésie-Réanimation

Pr. EL MARJANY Mohammed* Radiothérapie

Pr. FEJJAL Nawfal Chirurgie Réparatrice et Plastique

Pr. JAHIDI Mohamed* O.R.L

Pr. lAKHAL Zouhair* Cardiologie

Pr. OUDGHIRI NEZHA Anesthésie-Réanimation

Pr. RAMI Mohamed Chirurgie Pédiatrique

Pr. SABIR Maria Psychiatrie

Pr. SBAI IDRISSI Karim* Médecine préventive, santé publique et Hyg. AOUT 2015

Pr. MEZIANE Meryem Dermatologie

Pr. TAHIRI Latifa Rhumatologie

PROFESSEURSAGREGES 1

JANVIER 2016

Pr. BENKABBOU Amine Chirurgie Générale

Pr. EL ASRI Fouad* Ophtalmologie

Pr. ERRAMI Noureddine* O.R.L

Pr. NITASSI Sophia O.R.L JUIN 2017

Pr. ABI Rachid* Microbiologie

Pr. ASFALOU Ilyasse* Cardiologie

Pr.BOUAYTI El Arbi* Médecine préventive, santé publique et Hyg.

Pr. BOUTAYEB Saber Oncologie Médicale

Pr. EL GHISSASSI Ibrahim Oncologie Médicale

Pr. HAFIDI Jawad Anatomie

Pr. OURAINI Saloua* 0. R.L

Pr. RAZINE Rachid Médecine préventive, santé publique et Hyg.

Pr. ZRARA Abdelhamid* Immunologie NOVEMBRE 2018

Pr. AMELLAL Mina Anatomie

Pr. SOULY Karim Microbiologie

Pr. TAHRI Rjae Histologie-Embryologie-Cytogénétique

2. ENSEIGNANTS-CHERCHEURS SCIENTIFIQUES PROFEURS/Prs. HABILITES

Pr. ABOUDRAR Saadia Physiologie Pr. AlAMI OUHABI Naima Biochimie-chimie

Pr. AIAOUI KATIM Pharmacologie

Pr. AIAOUI SLIMANI Lalla Naïma Histologie-Embryologie

Pr. ANSAR M'hammed Chimie Organique et Pharmacie Chimique Pr .BARKIYOU Malika Histologie-Embryologie

Pr. BOUHOUCHE Ahmed Génétique Humaine

Pr. BOUKLOUZE Abdelaziz Applications Pharmaceutiques Pr. CHAHED OUAZZANI Lalla Chadia Biochimie-chimie

Pr. DAKKA Taoufiq Physiologie

Pr. FAOUZI Moulay El Abbes Pharmacologie

Pr. IBRAHIMI Azeddine Biologie moléculaire/Biotechnologie Pr. KHANFRI Jamal Eddine Biologie

Pr. OUIAD BOUYAHYA IDRISSI Med Chimie Organique

Pr. REDHA Ahlam Chimie

Pr. TOUATI Driss Pharmacognosie

Pr. ZAHIDI Ahmed Pharmacologie

Mise à jour le 04/02/2020 Khaled Abdellah

Chef du Service des Ressources Humaines FMPR

إ

خاءاذ٘

إ

ىٌ

للها

ًجٚ ضع

ًٌّٕٙأ يزٌا

خٍذصٌا كٌشطٌا ًف اّئاد ًٔدال يزٌا

هٌ ،ٍٍٗع دذثصأ اِ ىٍع ًضفٌا هٌ

هِشوٚ هرّدس ىٍع شىشٌاٚ ذّذٌا

.

إ

ىٌ

هٌٍّا حٌلاج

ٌا

ًٔاثٌا ٓغذ

هازث الله بيط

إ

ىٌ

ٌا ذّذِ هٌٍّا حٌلاجٌا ةداص

طداغ

.حٍىٌٍّا حذٍغٌّا خاٛمٌٍ حِاعٌا ْاوسلأا ظٍئسٚ ىٍعلأا ذئامٌا

حٍٍٍّللإا ٗرِلاع ِٓاضٚ بشغٌّا هٍِ

.

فد

ظ

ٖاعس ٚ للها ٗ

إ

ىٌ

ّٛغٌا ةداص

ًىٌٍّا

شٍِلأا

ٓغذٌا يلاِٛ

للها ٗظفد

إ

ىٌ

ًىٌٍّا ّٛغٌا ةداص

شٍِلأا

ذٍشس يلاِٛ

للها ٗظفد

إٌ

ــــــ

ى

إ

ىٌ

اشٕجٌا ذٍغٌا

ًِساد سٛو ٚد ي

قاسٌٛا حارفٌا ذثع

َ.َ.ق .ي َاعٌا شرفٌّا

شٍثىٌا إِاشردا ٓع اشٍثعذ

قداصٌا باجعلإاٚ كٍّعٌا ٚ

إ

ىٌ

ةٍثط

ياشٕج

داىٌشت ٚد

ساتا ذّذِ

.حٌٍٛثٌا هٌاغٌّا حداشج رارعأ

.حٍىٌٍّا حذٍغٌّا خاٛمٌٍ حٍذصٌا حِذخٌا شرفِ

إِاشردلا ضِشو

شٍثىٌا

،

ىٌإ

ا ةٍثطٌا

ذئاشٌا ذٍمعٌ

شٍتص يذِٙ

ةٍمٌا ضاشِأ رارعأ

ًغٍئشٌا شٌذٌّا

ا

ىفشرغٌّ

يشىغعٌا

-.طاتشٌا

شٍثىٌا إِاشردا جداٙش

إ

ىٌ

ٌا

ذٍمعٌا سٛروذ

جاثٌا ذّذِ

ًٕطاثٌا ةطٌا رارعأ

طإىِ يشىغعٌا ىفشرغٌّا

إِاشردا ساٙظإ يلاخ ِٓ

،شٍثىٌا

إ

ىٌ

ةٍثط ذٍّعٌا

ياشٕج

حٍذٌٛت فٍطٌٍا ذثع

رعأ

حٌِٛذٌا حٍعٚلأاٚ ةٍمٌا حداشج را

إٍع ٓتا ىفشرغّت

شواشِ ًف يشىغعٌا

إِاشردا ساٙظإ يلاخ ِٓ

،شٍثىٌا

إ

ىٌ

ذٍمعٌا ةٍثطٌا

ْاٌضِا كٍفٛذ

ًٕطاثٌا ةطٌا رارعأ

شٌذِ

.ص.َ.َ

ع

ع

.

تيملعلا يتريسم تلصاوم ىلع ينعجش نم ىلإ

تيملعلا يتريسم تلصاوم ىلع ينعجش نم ىلإ

ءاخزلاو ةدشلا يف يتايح نيحاير ىلإ

إ

إ

خ

خ

و يواو

و يواو

أ

أ

يتاوخ

يتاوخ

ءازهزلا تمطاف و ءافو سووً ميزم تميزك قيفوت

إ

إ

ىل

ىل

أ

أ

يتاقىدصو ىئاقدص

يتاقىدصو ىئاقدص

ماؤلا و بحلاو دولا نم اريتك ينم مكل

إ

ىٌ

ٚ حلاص حّطاف ًِا

أ

ذٍععٛت ذّذِ ًت

ٚ

أ

ُغس دجشخذٚ ٍُذٌا كمذذ ساظرٔا يٛط ذعتٚ ًاشٍخ

فٚشظٌا

يذ٘ا ْإرِلااٚ ةذٌا ٰٖٚلاٌّ قداص ةٍمتٚ ذعثٌاٚ ٓذٌّاٚ

يٛط ًعِ هفٛلٚ ىٍع ًِا اٌ هٌ ًاشىش ًِا ىٌا از٘ ًجشخذ

للها لاٌٛ ًٌ عٍجشذٚ ًةدٚ ًَاّر٘ا ِٓ خإٛغٌا هٍذ

ًجٚ ضع

ٌٍَٛا ٓوا ٌُ دٔا ُث

أ

أ

.

للها هظفد ًٌاغٌا ًتأ

أ

دٕو إٌّ

ٕو أٍذٌا ٖز٘ ًف يشخفٚ يذٕع دٔأف

يٕٛعٌّا ُعاذٌا د

إٌ هظفذٌ ْا للها يأعأ ًٌ ًدٚشٌاٚ

.

ىٌإ

لأا

ارع

ر

ٍُىذرٌا حٕجٌ ظٍئس ٚ

يذ٘ضٌا ِّْٛ

حٌشٙجٌّا ءاٍدلاا ٍُعسٛغٍفٚشت

طاتشٌا حٌذٍصٌاٚ ةطٌاحٍٍو رارعأ

.إذادٚشطأ ٍُىذذ حٕجٌ حعائس ًف ُودٛجٚ حٌاغٌٍ إفششٌ

هذاساٌّٙ َاشردلاا ًو هٌ َذمٔ ٓذٔ

،حٌٍّٕٙا

هذافص

.هتلاط حِذخ ًف ُئاذٌا نذجاٛذٚ حٍٔاغٔلإا

ةٍطٔ

،هِٕ

ذٍع

ي

،ضٌضعٌا

ىٍع ًٌٍذو ًّعٌا از٘ يٛثل

كٍّعٌا إٔإرِاٚ شٍثىٌا أشٌذمذ

.

ىٌإ

أ

حدٚشطلاا فششِٚ يرارع

رٛغخع ٍٓعاٌ سٛغٍفٚشثٌا

حٌشٙجٌّا ءاٍدلأا ٍُع رارعأ

يشىغعٌا ةٌسذرٌا ىفشرغِ

ظِاخٌا ذّذِ

-طاتشٌا

يزٌا فششٌا ىٍع ُىٌ كٍّعٌا إٔإرِا ٓع بشعٔ ْأ دٛٔ

حٌاغٌٍ أذعع ذمٌ .ًّعٌا از٘ ٍٗجٛذ ىٍع حمفاٌّٛات إٌ ٗرِذل

.ُىذداٍل دذذ ًّعٌات

حثغٌٕات هٌر ىٍع ياثِ ًضفأ ً٘ هرثٍط ٚ هذءافو ْإ

.إٌ

ذجذ ْأ هِٕ ةٍطٔٚ إت ُىرمثت ٌٓشٌذج ْٛىٔ ْأ دٛٔ

إرِا ٓع اًشٍثعذ ًّعٌا از٘ ًف

دٚذذِلاٌا إٔ

.

إ

ىٌ

لأا

حدٚشطلاا ٍُىجذ حٕجٌ جٛضعٚ جرارع

لأا

ع جرارع

جذٍع

ط

يلا

حٌٍٛذٌا ءاٍٍّىٌا جرارعأ

يشىغعٌا ةٌسذرٌا ىفشرغِ

ظِاخٌا ذّذِ

-طاتشٌا

مفاٛذ ْأ ًٌ شٍثو فششٌ ٗٔإ

ً

ٍُىذرٌا حٕجٌ ًف ًّعٌا ىٍع

.جشلٌّٛا

إٌ ًلااثِ حٌٍّٕٙا هذءافوٚ نسٛضخٚ هعضاٛذ ْٛىٍع

ًف

.إرِٕٙ حعساِّ

از٘ ًف هٌ َذمٔ ْأ إٌ خّعا

،ًّعٌا

.شٍثىٌا إِاشردا جداٙش

ىٌإ

لأا

ارع

ر

ٍُىذرٌا حٕجٌ ٛضع

أ سٛغٍفٚشثٌا

ذّد

و

يصٛ

يافطلأا ةط رارعأ

يافطلأا ىفشرغِ

-طاتشٌا

.إذادٚشطأ ٍُىذذ حٕجٌ ٛضعو ُودٛجٚ حٌاغٌٍ إفششٌ

،حٌٍّٕٙا هذاساٌّٙ َاشردلاا ًو هٌ َذمٔ ٓذٔ

هذافص

.هتلاطٌ نشفاٛذٚ حٍٔاغٔلإا

زيزعلا يديس ،كىم بلطه

،

ريبكلا اهزًدقت ىلع ليلدك لمعلا اذه لوبق

قيمعلا اىهاىتماو

.

AB : Acides biliaires

ADN : Acide Désoxyribonucléique

AESA : Autorité Européenne de Sécurité des Aliments AGCC : Acides gras à chaîne courte

AMPK : Activated protein kinase

ANSM : Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé ARNm : Acide ribonucléique messager

Axe HHS : Hypothalamo-hypophyso-surrénalien

DARSI : Déchets d’Activités de Soins à Risques Infectieux

DGCCRF : Direction générale de la concurrence, de la consommation, et de la répression des fraudes

DT1 : Diabete de type 1

EAE : Encéphalomyélite auto-immune eCB : Endocannabinoides

FAO : Food and Agriculture Organisation des Nations Unies FFAR2 : Fatty acid receptor2

FIAF : Fasting-induced adipocyte factor FOS : Fructo-oligosaccharides

GLP1/2 : Glucacon-like peptide GOS : Galacto-oligosaccharides HELIUS : Healthy life in an urban setting HMP : Human Microbiome Project IAP : Phosphatase alcaline intestinale IBS : Syndrome du côlon irritable IMC : Indice de masse corporelle

INCM : International Conference on Nutrition in Medicine LPS : Lipopolysaccharide

MC : Maladie de Crohn

MICI : Maladies inflammatoires chroniquesde l’intestin

MUC : Mucines

NNT : Number needed to treat NOD : Diabétiques non obèse

OMS : Organisation mondiale de la santé RCH : Rectocolite hémorragique

SCFAs : Short-chain fatty acid

SFB : Bactéries filamenteuses segmentées SN souris : Souris nonobese diabetic

TLR5 : Toll like récepteur 5 TMA : Triméthylamine

TMAO : Triméthylamine-N-oxydepar

TMF : Transplantation de microbiote fécal TOS : Trans-galacto-oligosaccharides UFC : Unité Formant Colonie

Listes des figures

Figure 1 : Contribution des métabolites bactériens dérivés d’acides aminés ou de prébiotiques ... 4 Figure 2 : Dissimilarités de composition du microbiote intestinal au sein de 2084 individus issue la cohorte multi-ethnique HELIUS ... 5 Figure 3: Classification traditionnelle ou classique du monde vivant ... 7 Figure 4: Histogramme du nombre de bactéries colonisant l’intestin du nouveau-né suivant qu’il soit né par césarienne ou par voie naturelle ou qu’il soit allaité ou nourri au lait infantile. Des données sont manquantes pour les enfants allaités nés par césarienne ... 8 Figure 5: Différentes étapes de la colonisation microbienne intestinale du nourrisson et de l’enfant ... 9 Figure 6: Composition du microbiote intestinal fécal d’enfants européens âgés de 6 semaines ... 10 Figure 7: Repartition de la Flore intestinal bactérienne le long de l’intestin ... 20 Figure 8: Fonction de protection du microbiote ... 24 Figure 9: Chaîne trophique de dégradation et de fermentation des glucides par la microflore colique. AGCC= Acides gras à courte chaine. ... 26 Figure 10: Bactérie intestinale dégradant le cholestérol vue par microscope électronique .... 27 Figure 11: Métabolisme des protéines par la microflore colique ... 29 Figure 12: Représentation schématique des fonctions du microbiote intestinal ... 30 Figure 13: Influence exercée sur le microbiote intestinal et état de symbiose et de dysbiose 32 Figure 15 : Représentation schématique de l'interaction flore intestinale et système

Figure 16: Altération de la composition bactérienne, de la production des SCFAS et

conséquences métaboliques ... 50 Figure 17: Métabolites produits par la flore intestinale et implications dans les pathologies . 51 Figure 18: Les Différents micro-organismes considérés comme probiotiques ... 60 Figure 19: Évolution dans le temps de la greffe fécale ... 69 Figure 20: Chronologie (versant « donneur ») de la transplantation fécale selon l’ansm. ... 71 Figure 21: Les 3 principales étapes de la transplantation fécale. ... 78

Liste des tableaux

Tableau I: Nature d’échantillon et méthode d 'analyse ... 5 Tableau II : Comparaison des différentes techniques d'études ... 16 Tableau III : classification des espèces du microbiote intestinal ... 18 Tableau IV : Quelques exemples d'études évaluant l'influence de l'alimentation sur

le microbiote et la santé de l'hôte. ... 57 Tableau V : Questionnaire de présélection (spécifique au don de selles) selon l’ANSM. .... 73 Tableau VI: Questionnaire de sélection (évènements depuis la visite de présélection) selon l’ANSM ... 75 Tableau VII: Listes des agents infectieux à dépister chez le donneur selon l’ANSM ... 76

Intoduction ... 1 Chapitre I : Généralité sur le microbiote intestinal ... 3 I. Généralité ... 4 1. Focus sur l’axe microbiote-intestin-foie ... 4 2. Origine ethnique et microbiote intestinal ... 5 3. Définition ... 6 3.1. Microbiote intestinal ... 6 3.2. Microbiome ... 6 4. Taxonomie en bactériologie ... 7 II. Développement du microbiote intestinal ... 8 1. Chez l’enfant ... 8 2. Chez les Personnes âgées ... 11 III. Facteurs influençant la mise en place du microbiote intestinal ... 12 1. Facteurs génétiques ... 12 2. Facteurs environnementaux ... 12 2.1. Influence du mode d’accouchement ... 12 2.2. Influence de la date du terme de la grossesse ... 12 2.3. Influence de l’environnement ... 13 2.4. Influence du mode d’alimentation ... 13 2.5. Influence de l’antibiothérapie ... 13 IV. Méthodes d’analyse du microbiote intestinal ... 13 1. Techniques de cultures ... 14 2. Séquençage de la sous-unité 16S ribosomique ... 14 3. Métatranscriptomique ... 15 4. Autres méthodes... 15 V. Composition du microbiote intestinal ... 16 1. Généralités ... 16 2. Composition du microbiote intestinal ... 17 VI. Répartition du microbiote intestinal de l’adulte sain ... 19

1. De manière longitudinale ... 19 2. De manière transversale ... 19 2.1. Estomac ... 20 2.2. Intestin grêle ... 20 2.3. Côlon ... 21 VII. Relation microbiote et processus physiologique de l’hôte ... 22 1. Fonctions de microbiote intestinal ... 22 1.1. Protection ... 22 1.1.1. Barrière ... 22 1.1.2. Défense ... 23 1.1.3. Compétition avec les pathogènes ... 23 1.2. Métabolique ... 24 1.2.1. Synthèse de molécules indispensables ... 24 1.2.1.1. Synthèse de vitamines ... 24 1.2.1.2. Production de neurotransmetteurs ... 24 1.2.2. Métabolisme digestif ... 25 1.2.3. Métabolisme des glucides ... 25 1.2.4. Métabolisme des lipides ... 27 1.2.5. Métabolisme des protéines ... 28 1.2.6. Métabolisme des gaz ... 29 1.3. Rôle immunitaire ... 30 Chapitre II : Dysbiose causes et pathologies associés ... 31 I. Définition... 32 II. Principales causes de dysbiose intestinale ... 33 1. Alimentation ... 33 1.1. Dysbiose et régime alimentaires effet et conséquences pathologiques. ... 33 1.2. Impact de la restriction calorique sur la flore intestinale ... 34 1.3. Malnutrition infantile et diversité microbienne ... 35 2. Vieillissement ... 36 3. Microbiote intestinale dysbiose et Stress ... 36

4. Antibiotique ... 37 4.1. Impact de l’antibiothérapie sur la flore intestinale ... 37 4.2. Manifestations cliniques ... 38 III. Pathologies en relation avec la dysbiose... 39 1. Les maladies intestinales ... 39 1.1. Syndrome du côlon irritable ... 39 1.1.1. Description de la pathologie ... 39 1.1.2. Dysbiose et syndrome du côlon irritable ... 39 1.2. Allergies alimentaires ... 40 1.2.1. Description de la pathologie ... 40 1.2.2. Lien entre la dysbiose et Allergies alimentaires ... 41 1.3. Maladies inflammatoires de l’intestin ... 42 1.3.1. Description de la pathologie ... 42 1.3.2. MICI et flore intestinale, lien et conséquences physiopathologiques. ... 43 1.3.3. Microbiote intestinal en cas de MICI pédiatrique ... 44 1.4. Cancer colorectal ... 45 1.4.1. Description de la pathologie ... 45 1.4.2. Flore intestinale, cancer colorectal lien et les conséquences

physiopathologiques ... 46 1.5. Dysbiose et maladies métaboliques ... 48 1.5.1. Obésité ... 48 1.5.1.1. Description de la pathologie. ... 48 1.5.1.2. Lien entre la dysbiose et obésité ... 48 1.5.1.3. Obésité et métabolites produits par la flore intestinale ... 49 2. Maladies extra intestinales ... 51 2.1. Asthme et allergies ... 51 2.1.1. Description de la pathologie ... 51 2.1.2. Dysbiose et asthme, allergies lien et conséquences physiopathologiques ... 52 3. Maladies psychiatriques ... 52 3.1. Immunopsychiatrie ... 52

3.2. Troubles mentaux sévères ... 53 Chapitre 3 : Prise en charge de la dysbiose intestinale ... 55 I. Modulation par régime ... 56 II. Probiotiques ... 57 1. Historique ... 57 2. Définition ... 58 3. Nature des probiotiques ... 58 4. Différents types de micro-organismes probiotiques ... 58 4.1. Bifidobactéries ... 59 4.2. Lactobacilles ... 59 5. Nomenclature ... 60 6. Indicatios aux probitiques ... 61 6.1. Diarrhées post-antibiotiques ... 61 6.2. Diarrhées à Clostridium difficile ... 61 6.3. Diarrhée du voyageur ... 62 6.4. Maladie de Crohn ... 62 6.5. Divers ... 63 7. Effets indésirables ... 63 8. Statut juridique du Probiotique ... 64 8.1. En France ... 64 8.2. Au Canada ... 64 III. Prébiotiques ... 65 1. Généralités ... 65 1.1. Concept des prébiotiques : définition ... 65 2. Nature des prébiotiques... 65 3. Produits contenant des prébiotiques formes de présentation, dosages et exemples ... 66 4. Limites ... 67 IV. Symbiotiques ... 68 1. Définition ... 68 V. Transplantation fécale ... 69

1. Historique ... 69 2. Définition ... 70 3. Indications de la transplantation de microbiote fécal ... 70 4. Donneur ... 71 4.1. Choix du donneur ... 71 4.2. Sélection du donneur ... 73 4.3. Dépistage des agents infectieux dans le sang et dans les selles ... 75 4.4. Recueil des selles fécale ... 76 5. Préparation du receveur ... 77 6. Voies et modalités d’administration de la TMF ... 77 7. Effets indésirables et suivi des patients ... 79 Conclusion ... 81 Résumés ... 84 Bibliographie et wébographie ... 88

1

2

Le tube digestif forme un écosystème extrêmement complexe où les trois principaux acteurs : le microbiote, les nutriments et les cellules de l’hôte sont en contact permanent et interagissent.

De puis la naissance de la microbiologie à la fin du XIXème siècle, les modes de pensées de cette discipline ont constamment évolué. En effet, pendant de nombreuses années la relation microbiote-hôte a été principalement étudiée sous l’angle de la pathogénicité à tort. Le microbiote intestinal représente une biomasse considérable possédant de nombreuses fonctions physiologiques indispensables pour l’hôte ; jusqu’à être aujourd’hui considéré comme un « organe caché ».

Cependant, malgré l’évolution des concepts microbiologiques, la composition du microbiote intestinal restait encore très imprécise. C’est à partir des années 2000 que l’on note des progrès majeurs dans l’investigation de la constitution du microbiote intestinal grâce aux avancées technologiques en biologie moléculaire et bio-informatique, notamment mis en avant lors de grands projets scientifiques. Ces nombreux progrès ont conduit à faire évoluer certains concepts dans l’étude de la déséquilibre de la flore intestinale ce que on appelle la dysbiose et sa relation avec certaines maladies intestinales, extra- intestinales et psychiatrique.

L’objectif principal de cette thèse est d’exposer les connaissances scientifiques fondamentales concernant le microbiote intestinal, la dysbiose, la relation avec les pathologies intestinal et extra-intestinal et les modalités de prise en charge.

3

Chapitre I :

Généralité sur

4

I. Généralité

1. Focus sur l’axe microbiote-intestin-foie

Les nutriments sont métabolisés par le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal a la capacité de produire une large gamme de composés qui jouent un rôle majeur dans la régulation métabolique et inflammatoire des organes à distance telsque le foie par la circulation porte (Figure 1)[ 1].

Éléments néfastes,

Contributions bénéfiques.

Figure 1 : Contribution des métabolites bactériens dérivés d’acides aminés ou de prébiotiques dans l’axe intestin-foie. [1]

Le microbiote intestinal a un rôle important d’après son impact sur le foie et l’intestin et d’autre organes donc c’est quoi cet organe miracle ? et avant de bien l’étudier est ce qu’il y a un lien entre le microbiote et L’ethnicité?

5

2. Origine ethnique et microbiote intestinal

En 2019 au sein de la cohorte HELIUS (healthy life in an urban setting), une étude a porté sur 2084 individus résidant à Amsterdam (Pays-Bas) et appartenant à l’un des six groupes ethniques les plus représentés dans la ville : des Néerlandais et des immigrés de 1re ou 2e génération originaires du Suriname (ascendance africaine, ou sud-asiatique, de Turquie, du Maroc et du Ghana). Lors de leur entrée dans la cohorte, ces participants ont rempli un questionnaire portant sur leurs caractéristiques sociodémographiques, leur mode de vie et leur état de santé, et ont subi des examens clinique et biologique [2].

Tableau I: Nature d’échantillon et méthode d 'analyse

Méthodes d’analyse : Nature d’échantillon le séquençage du gène codant l’ARNr 16S

(ARN ribosomique) Selles

Sur la Figure 2, on peut en effet observer une plus grande proximité des individus de même ethnicité, suggérant une plus grande similarité de composition de leur microbiote intestinal, même si aucune séparation claire n’a été notée [2].

Figure 2 : Dissimilarités de composition du microbiote intestinal au sein de 2084 individus issue la cohorte multi-ethnique HELIUS [2].

6

3. Définition

3.1. Microbiote intestinal

Le microbiote intestinal est un écosystème complexe qui comprend l’ensemble des êtres unicellulaires hébergés dans le tube digestif, principalement des bactéries mais aussi des virus, des champignons et des archées [1].

À ce jour, nous savons qu’il existe un noyau d’environ 200 000 gènes et près de 60 espèces dominantes chez l’homme [3]. À part quelques espèces d’archées, virus et champignon, le microbiote intestinal est principalement constitué de bactéries avec une population ne comptant pas moins de 10 14à 1014 bactéries par gramme de selles, soit jusqu’à dix fois le nombre de cellules que le corps humain abrite [4].

Le milieu intestinal (côlon) est un milieu réduit, et la très presque la majorité de la population bactérienne est anaérobie stricte. Si les caractéristiques de ces bactéries anaérobies (comme leur sensibilité aux antibiotiques) restent mal connues, nous savons néanmoins qu’elles sont rarement pathogènes pour l’homme, contrairement aux entérobactéries, certes moins nombreuses, mais largement étudiées en pathologie humaine, notamment pour leur pouvoir de résistance aux antibiotiques [5].

3.2. Microbiome

Le terme microbiome est utilisé pour désigner l'ensemble de la constitution génétique du microbiote. Le microbiome humain fait référence à la composition génétique du microbiote humain [6]. Ces deux termes sont parfois utilisés de manière interchangeable [7]. Cependant, il est important de reconnaître la différence entre ces deux termes. La principale différence entre le microbiome et le microbiote est que le microbiote comprend toute la population de micro-organismes qui colonise un endroit ou un organisme particulier tandis que le microbiome fait référence à la constitution génétique du microbiote respectif [8].

7

4. Taxonomie en bactériologie

Nous allons prochainement entrer dans la description du microbiote intestinal, il est important de bien distinguer la classification scientifique des bactéries [9].

Figure 3: Classification traditionnelle ou classique du monde vivant [10]

La taxonomie est la science qui en biologie étudie la classification des êtres vivants. La classification actuelle comprend le règne, l’embranchement (ou phylum), la classe, l’ordre, la famille, le genre et l’espèce. L’espèce constitue l’unité de base dans la classification de l’etre vivant.

8

II. Développement du microbiote intestinal

1. Chez l’enfant

Le fœtus des mammifères et par extension celui de l’Homme, se développe in utéro. L’environnement stérile dans lequel le fœtus évolue est aujourd’hui remis en cause par la découverte de bactéries dans le liquide amniotique, le méconium et le cordon ombilical[11].

Cependant, on considère que le processus de colonisation des muqueuses (digestive, urogénitale, bucco-nasale, cutanée, respiratoire…) se met en place à partir de la naissance [12].

Figure 4: Histogramme du nombre de bactéries colonisant l’intestin du nouveau-né suivant qu’il soit né par césarienne ou par voie naturelle ou qu’il soit allaité ou nourri au lait

infantile. Des données sont manquantes pour les enfants allaités nés par césarienne [13].

Le tube digestif est tout d’abord colonisé au contact de la flore vaginale ou fécale de la mère, respectivement lors d’un accouchement par voie basse ou au contact des micro-organismes présents dans l’environnement lors d’un accouchement par césarienne [14]. La

9

constitution du microbiote intestinal se poursuit ensuite progressivement, laissant d’abord la place aux bactéries intestinales aérobie-anaérobie facultatives (entérobactéries et principalement l’espèce Escherichia coli, les entérocoques, les staphylocoques…) nécessitant de l’oxygène pour se multiplier. Par la suite, en consommant l’oxygène présent dans l’intestin, les premières bactéries du microbiote intestinal vont favoriser l’implantation de bactéries dîtes anaérobies strictes proliférant en absence de gaz (Bacteroides, Clostridium,

Bifidobacterium…) ainsi que des lactobacilles et des microaérophiles [14]. (Figure4).

Figure 5: Différentes étapes de la colonisation microbienne intestinale du nourrisson et de l’enfant [15].

10

En l’absence de mécanisme sophistiqué comme chez l’adulte, le tractus digestif du nouveau-né est un environnement particulièrement permissif ou les concentrations de bactéries dans les selles vont atteindre rapidement 1011 bactéries par gramme. Par la suite, le microbiote est continuellement exposé à de nouvelles bactéries provenant de l’environnement extérieur notamment par l’allaitement au sein de la mère, l’alimentation, les contacts divers avec les humains permettant au système immunitaire du nourrisson de se développer. La composition du microbiote intestinal évolue pendant les premières années de la vie pour devenir stable entre 2 et 4 ans [16].

Les proportions des bactéries constituant le microbiote intestinal de l’enfant diffèrent de celles de l’adulte jusqu’aux 2 ans et se stabilisent qualitativement et quantativement par la suite jusqu’aux 4 ans [16]. Le genre bactérien Bifidobacterium est ainsi le plus représenté suivi du genre Bacteroides, les groupes C. coccoides et C. leptum sont quant à eux proportionnellement moins représentés que chez l’adulte.

Figure 6: Composition du microbiote intestinal fécal d’enfants européens âgés de 6 semaines [17].

11

2. Chez les Personnes âgées

Plusieurs facteurs influencent le macrobiote intestinal affectent inévitablement l'écosystème intestinal au cours du vieillissement :

Les changements physiologiques liés à l'âge  La modification du mode de vie.  Le comportement nutritionnel.

 Les fonctionnalités déclinantes du système immunitaire.  Les traitements médicamenteux.

Cependant malgré la proportion croissante de personnes âgées et l’allongement de la durée de la vie, les études portant sur les changements du microbiote intestinal durant le processus de vieillissement et leurs conséquences possibles sur l'état de santé sont encore limitées.

La variabilité interindividuelle est extrêmement importante chez les personnes âgées et il est supérieur à celle observée chez des adultes plus jeunes. Par ailleurs il semble exister des différences frappantes liées au pays, même au sein de pays ayant le même niveau de vie ce qui suggère que les différentes habitudes alimentaires et les modes de vie impactent fortement le microbiote intestinal sur le long terme [18].

De plus les tranches d'âge des personnes âgées étudiées sont plus ou moins larges en fonction des études [18]. Ainsi certaines études portent sur des cohortes de sujets dont l’âge s’étale sur 30 ou 40 ans. Le seuil définissant les personnes âgées varie aussi en fonction des études, certaines débutant à 60 ou 70 ans. Enfin les personnes âgées sont des groupes très hétérogènes en termes de santé, de lieu de vie, de traitements médicamenteux [18].

Ainsi il apparaît essentiel de stratifier les populations de personnes âgées en fonction de leur âge ou de leur mode de vie comme l’on fait les études récentes en séparant les sujets âgés par tranche d’âge ou de leur lieu de résidence. Cela témoigne l'importance de déterminer soigneusement plusieurs paramètres de santé des sujets impliqués dans les études [18].

12

III. Facteurs influençant la mise en place du microbiote intestinal

1. Facteurs génétiques

La composition du microbiote intestinal de jumeaux monozygotes est proche et semble témoigner de l’intervention de facteurs génétiques dans l’implantation et la qualité de la flore [19].

2. Facteurs environnementaux

2.1. Influence du mode d’accouchement

Les enfants nés par voie basse présentent une flore proche de la flore vaginale de leurs mères (Lactobacillus, Prevotella) alors que les enfants nés par césarienne présentaient une communauté bactérienne proche de celle de la peau (Staphylococcus, Corynebacterium et

Propionibacterium). Chez le nouveau-né âgé d’un mois, la différence de composition est

toujours importante, l’accouchement par césarienne est associé à une plus faible colonisation par des bifidobactéries et Bacteroides fragilis et à une plus forte colonisation par des

Clostridium difficile [19,20].

2.2. Influence de la date du terme de la grossesse

Chez les nouveau-nés prématurés, deux observations ont pu être mises en évidence :  Un retard de colonisation.

 Un nombre réduit d’espèces bactériennes.

Si la flore aérobie colonise assez rapidement le prématuré, la flore anaérobie (Bifidobacterium et Bacteroides) est retardée (environnement de soins intensifs très aseptisé et fréquemment soumis à une antibioprophylaxie à large spectre) [19,20].

13

2.3. Influence de l’environnement

L’environnement est un facteur qui influence la mise en place de la colonisation intestinale. Certaines études ont mis en évidence une colonisation par les bifidobactéries plus fréquentes et à un niveau plus important chez les enfants nés dans les pays en voie de développement (liée aux conditions plus strictes d’hygiène dans les pays industrialisés) [19,20].

2.4. Influence du mode d’alimentation

La flore qui s’implante chez le nouveau-né allaité est moins diversifiée que celle d’un nouveau-né nourri au lait artificiel. La différence la plus notable est la colonisation dominante avec le genre Bifidobacterium chez le nouveau-né allaité. Parallèlement, l’implantation des entérobactéries, mais surtout des Clostridium et des Bacteroides est retardée et/ou se fait à un niveau moins élevé. En revanche, dès la fin de l’allaitement, ou l’instauration d’une alimentation mixte, la flore prend rapidement un profil de flore de nouveau-né nourris au lait artificiel [19,20].

2.5. Influence de l’antibiothérapie

L’administration orale d’antibiotiques (principalement l’amoxicilline) mais aussi d’antifongiques (le miconazole) à l’enfant pendant le premier mois de vie a montré une diminution du nombre de Bifidobacterium et de Bacteroides fragilis [19,20].

IV. Méthodes d’analyse du microbiote intestinal

Pour pouvoir définir la composition du microbiote intestinal il est nécessaire de disposer de techniques permettant de rechercher et d’analyser les différents microorganismes. Ces techniques ont beaucoup évoluées ces dernières années, cela a permis d’affiner notre connaissance du microbiote intestinal et cela explique également les divergences que l’on peut retrouver dans les publications scientifiques, en effet selon la technique employée on peut mettre en évidence de nouvelles bactéries ou quantifier plus ou moins précisément les gènes exprimés [21,22].

14

1. Techniques de cultures

Parmis les premières méthodes d’étude de microbiote intestinales est la culture in vitro permet a partire de matiére fécale (selle) et culture:

 D’identifier les espèces dominantes.  D’isoler une souche bactérienne

 D’identifier certains espèces bactériennes.

Moore et Holdeman [23] ont ainsi identifié en 1974 cinq genres bactériens dominants: Bacteroïdes (Phylum des Bacteroïdetes), Eubacterium (Phylum des Actinobacteria),

Fusobacterium (Phylum des Firmicutes), Peptostreptococcus (Phylum desFirmicutes) et Bifidobacterium (Phylum des Actinobacteria) [24]. Dautre part ces techniques de culture

présentent certaines limites:

 Une espèce sous représentée était très difficilement identifiable.

 Les milieux de culture disponibles adaptés au développement que pour l’anaérobiose  Le manque de certains nutriments.

 Faux résultats a cause de la composition qui pouvait être modifiée entre le prélèvement de l’échantillon et les manipulations pour la culture et ensuite l’identification. Il a été estimé qu’environ 60% du microbiote n’est pas cultivable.

2. Séquençage de la sous-unité 16S ribosomique

l’étude du microbiote intestinalest devenu possible grace au techniques de biologie moléculaires qui devloppe a chaque fois des nouvelles aproche.L’acide ribonucléique ribosomique 16S (ARNr 16S) est présente chez toutes les bactéries et la majorité des techniques moléculaires sont basées sur l’utilisation de cette structure qui présente des régions très conservées et d’autres hypervariables, leur comparaison va donc permettre de différencier les espèces.

15 Le séquençage consiste:

1. Extraire l’ADN des bactéries puis à amplifier l’ADNr 16S codant pour l’ARNr 16S

2. Le séquencer.

La construction d’une base de donnees grace au deux projets, MetaHit (Metagenomics of the Human Intestinal Tract) en Europe [25] et the Human Microbiome Project (HMP) [26] ont utilisant des nouvelles techniques de séquençage, l’identification des bacteries presentes dans un echantillon est possible en comparant les séquences obtenues

3. Métatranscriptomique

La métagénomique est une approche pour obtenir des informations biochimiques fonctionnelles. Ces études à grande échelle visent à fournir un inventaire génétique de la communauté microbienne. Il s'agit du séquençage de l'ADN génomique cisaillé sans aucune amplification préalable, également connu sous le nom de séquençage au canon. Pour éviter de manquer les informations génétiques des espèces à très faible abondance, le séquençage métagénomique doit être effectué à une très grande profondeur [24].

4. Autres méthodes

Des techniques peuvent également être employées comme la métaprotéomique (étude des protéines) et métabolomique (étude des métabolites)

Le tableau ci-dessous presente une résumée desavantages et limites des techniques citées:

16

Tableau II : Comparaison des différentes techniques d'études

V. Composition du microbiote intestinal

1. Généralités

Le microbiote intestinal est un écosystème extrêmement complexe recouvrant près de 200 espèces bactériennes et pouvant atteindre un poids de deux kilogrammes chez un individu. Plus de 99% des micro-organismes sont d’origine bactérienne, le reste étant principalement des archées ce qui témoigne de la forte représentation des bactéries dans le tractus digestif [26].

-D’après une étude sur 10 individus différents les résultats suivantes :  Chaque individu possède son propre microbiote intestinal.

17

 microbiote intestinal unique sur le plan qualitatif et quantitatif [27].  Une seule espèce bactérienne commune à tous les individus.

2. Composition du microbiote intestinal

Les tequniques analyses cités précédemment, on permet de révéler la prédominance de 3 types de phyla bactériens:

 Le phylum des Firmicutes est toujours fortement représenté, il comprend :

o Le groupe Eubacterium rectale-Clostridium coccoides le plus souvent représenté (14% à 31% des bactéries totales en moyenne suivant les études).

o Ce groupe est composé d’espèces bactériennes appartenant aux genres

Eubacterium, Clostridium, Ruminococcus, Butyrivibrio.

o Le groupe du Clostridium leptum comprenant des espèces comme

Fæcalibacterium prausnitzii, Ruminococcus albus et Ruminococcus flavefaciens

qui sont les plus représentés (16% à 22% des bactéries totales).  Le phylum des Bacteroidetes :

o Les genres les plus représentés sont Bacteroides, Prevotella et Porphyromonas. Ils sont toujours présents et représentent 9% à 42% des bactéries totales selon les études.

 Le phylum Actinobacteria est moins systématiquement représenté et comprend : o Le genre Bifidobacterium (0, 7% à 10%) et les bactéries du groupe Collinsella-

Atopobium (0, 3% à 3,7% en moyenne).

Un microbiote sous dominant est observé avec les entérobactéries (0,4% à 1%), les lactobacilles et streptocoques (2%) qui sont plus rarement observés.

On observe donc des similitudes importantes entre chaque individu au niveau des phyla et des grands groupes phylogénétiques, mais pour ce qu’il s’agit des espèces, nombreuses d’entre elles sont sujet-spécifique. Cela laisse penser que le microbiote d’un individu lui est

18

propre, mais qu’il existe d’un point de vue fonctionnel une interchangeabilité entre les espèces. Les données récentes de métagénomique vont dans ce sens en montrant que les fonctions portées par les gènes du microbiote sont similaires d’un sujet à l’autre le tableau suivant presente la classification des principale éspeces du microbiote intestinal [28]

19

VI. Répartition du microbiote intestinal de l’adulte sain

Le microbiote intestinal subit des variations quantitatives et qualitatives importantes tout au long du tube digestif [29,30] :

1. De manière longitudinale

De la bouche au côlon la densité en micro-organismes augmente de manière croissante.

2. De manière transversale

Entre la lumière et la muqueuse intestinale existe une niche écologique ou un écosystème spécifique représenté par la couche de mucus qui recouvre l’intestin.

Plusieurs études scientifiques ont montré que :

 Les communautés bactériennes peuplant cette niche étaient stables dans le temps.  Similaires entre l’iléum et le rectum pour un individu donné.

 les bactéries dominantes au niveau du mucus sont différentes de celles qui sont retrouvées au niveau de la lumière de l’intestin.

A chaque niveau du tractus digestif, il y a :

 Une flore différente et correspondante à cet habitat.

 Non seulement une variation importante de la répartition des espèces bactériennes est observée tout au long du tractus digestif (figure 7).

 Aussi au sein même d’un organe comme la bouche avec des prédominances bactériennes distinctes selon les différentes localisations (salive, palais, gencive, gorge…).

20

Figure 7: Repartition de la Flore intestinal bactérienne le long de l’intestin [30]

2.1. Estomac

On retrouve :

 Peu de bactéries en raison de l’acidité (jusqu’à ph 2).  Du liquide gastrique et de l’activité motrice importante.

 les principales bactéries sont les lactobacilles et les streptocoques à raison de 101-103 UFC (Unité Formant Colonie)/g.

2.2. Intestin grêle

Après le passage de l’estomac à pH acide, le pH redevient neutre, l’oxygène se raréfie et le nombre de bactéries va augmenter progressivement du duodénum à l’iléon :

 La flore reste cependant encore relativement pauvre en raison du péristaltisme et de l’abondance des sécrétions.

 La flore du duodénum-jéjunum n’excède pas103

-106 UFC/g et est composée d’espèces aérobie-anaérobie facultatives (Streptococcus, Lactobacillus, Enterobacteriaceae) appartenant à la flore de passage.

21

 La flore iléale est plus importante atteignant 105

-108 UFC/g composée d'une flore anaérobie stricte prédominante appartenant aux genres Bacteroides et Clostridies associée à une flore anaérobie facultative (Streptococcus, Lactobacillus).

Autrement dit, le microbiote intestinal se compose de nombreux microorganismes aux diverses origines :

 Bactéries (92.76%),  Virus (5.8%), archées.  (0.8%), levures et fungii.

2.3. Côlon

C’est au niveau du côlon où la population bactérienne est la plus dense.

 Premierment la stabilité des populations bactériennes y est plus importante avec 108 -1018 UFC/g.

 Autour de 40% du poids sec des selles correspondent à des micro-organismes.  Le transit est très fortement ralenti et il est associé à un très bas potentiel

d’oxydoréduction qui est à l’origine de la proportion dominante de bactéries de genres anaérobies stricts (Bacteroides, Bifidobacterium, Clostridium) [27].

Au sein du côlon, des travaux ont mis en évidence  Des différences entre la flore caecale et fécale.

 La population bactérienne augmente de plus de 100 fois entre ces deux portions du côlon.

22

VII. Relation microbiote et processus physiologique de l’hôte

La relation entre l’être humain et son microbiote intestinal est depuis des millions d’années. Cette longue coévolution a conduit à la sélection de relations symbiotiques à travers lesquelles le microbiote contribue à de nombreux processus physiologiques chez l’hôte [44]. En contrepartis l’hôte fournit un habitat, riche en éléments nutritifs dans laquelle les bactéries vont pouvoir persister et prospérer. En recrutant une communauté diversifiée de bactéries, les mammifères acquièrent des activités biochimiques et métaboliques permettant la dégradation d’une grande variété de polysaccharides végétaux et autres substances alimentaires. Au-delà de ces bienfaits métaboliques permettant une meilleure efficacité digestive, le microbiote intestinal porte également des activités de synthèse, en particulier celles de vitamines. Enfin, le microbiote intestinal exerce un droit de «premier occupant» auprès des niches écologiques et peut produire la sécrétion de substances bactéricides limitant ainsi l'invasion par des bactéries pathogènes [44]. Cette coexistence qui doit être « pacifique » représente un défi majeur pour le système immunitaire intestinal de l’hôte puisqu’il est adapté pour protéger l'hôte contre les micro-organismes pathogènes tout en favorisant les communautés microbiennes commensales [44]. Ainsi l'architecture biologique particulière de la muqueuse gastro-intestinale lui permet de distinguer entre les agents pathogènes nuisibles et micro-organismes symbiotiques, générant une forte réponse inflammatoire vers les premiers et restant tolérante aux derniers [44].

1. Fonctions de microbiote intestinal

1.1. Protection

1.1.1. Barrière

La fonction barrière permet de protéger l'hôte contre :  Des bactéries exogènes pathogènes.

 Des bactéries endogènes opportunistes qui sont présentes en faible quantité dans l'intestin mais qui peuvent être délétères si leur concentration augmente.