HAL Id: tel-02185015
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02185015
Submitted on 16 Jul 2019HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci-entific research documents, whether they are pub-lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.
L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.
Cecilia Bognon-Küss
To cite this version:
Cecilia Bognon-Küss. Entre chimie et biologie : nutrition, organisation, identité. Philosophie. Uni-versité Panthéon-Sorbonne - Paris I, 2018. Français. �NNT : 2018PA01H215�. �tel-02185015�
ECOLE DOCTORALE DE PHILOSOPHIE THÈSE ������������������������������������������������������������� ���������� ������������� ��������������������������������������� CÉCILIA BOGNON-KÜSS ��������������������� �
E
NTRE
C
HIMIE ET
B
IOLOGIE
:
N
UTRITION
,
O
RGANISATION
,
I
DENTITE
� ����������������� ���������������������� �� Jean GAYON �� �� Denis FOREST � ������������������� � Delphine�ANTOINE-MAHUT����������������������������������������������� ������������ François DUCHESNEAU� ������������������������������������������ Denis FOREST������������� ������������������������������������������������� Pierre-François MOREAU� ���������������������������������������������������� Stéphane SCHMITT� ����������������������������� ������������ Barbara STIEGLER� ��������������������������������������������
ECOLE DOCTORALE DE PHILOSOPHIE THÈSE ���� ������������������������������� ����������������������� ������������������������� ��������������������������������������� CÉCILIA BOGNON-KÜSS ��������������������� �
E
NTRE
C
HIMIE ET
B
IOLOGIE
:
N
UTRITION
,
O
RGANISATION
,
I
DENTITE
� ��������������������������������������������� Jean GAYON ������� Denis FOREST � ������������������� � Delphine�ANTOINE-MAHUT����������������������������������������������� ������������ François�DUCHESNEAU� ������������������������������������������ Denis FOREST������������� ������������������������������������������������� Pierre-François MOREAU� ���������������������������������������������������� Stéphane SCHMITT� ������������������������������������������� Barbara STIEGLER� ��������������������������������������������
S
OMMAIRE
Chapitre 1. La nutrition : esquisse de la question pour une philosophie du vivant ... 53 1.1 Le « mythe » de la digestion. A propos de Bachelard ... 53 1.2 Nutrition, Génération, Vie. Aristote ... 68 1.3 Les opérations vitales : Comment reconnaître un démon ? Saint Thomas d’Aquin ... 90
Chapitre 2. Modèles de la nutrition au 17e siècle ... 97
2.1 La vie existe-t-elle au 17e siècle ? ... 97 2.2 Fermentation. Van Helmont ... 106 2.3 Mécanisme. Descartes ... 118 2.4 Conclusion ... 153 Chapitre 3. Transition. Nutrition, Chimie, Vie ... 155 3.1 Du mécanisme matérialiste au matérialisme vital ... 155 3.2 Séparer l’inorganique et l’organique. Stahl : chimie, organisme, métabolisme ... 164
3.3 Nutrition directe ou métamorphose ? ...192
Chapitre 4. Nutrition, Organisation, Biologie ... 203 4.1 Génération, nutrition et organisation vitale ... 203 4.2 La Biologie avant la « Biologie » ... 212 Chapitre 5. Nutrition, Organisation, Préformation ... 237 5.1 L’analogie nutrition – génération : l’organisation déjà donnée ... 237 5.2 Préambule. Bonnet contre Buffon ... 241 5.3 Buffon. La nutrition entre épigenèse et préformation ... 254 5.4 Bonnet. Préexistence et nutrition ... 276 5.5 La nutrition comme préformation. L’organisation comme structure ... 287
Chapitre 6 Nutrition, Organisation, Epigenèse ... 289 6.1 La nutrition et le point de vue chimique sur le vivant ... 289 6.2 La nutrition comme épigenèse : penser la productivité du vivant ... 324 6.3 La nutrition directe, le retour de la préformation ? ... 357 Chapitre 7. Nutrition indirecte et synthèse organisatrice ... 381 7.1 Glycogénèse, chimie et processus ... 381 7.2 L’espace du métabolisme ... 398
� ������������������������������ ���������������������������� ��������������������� � �
�
�
R
EMERCIEMENTS
� � ������� ������� ���� ������� ��� ����� ������� ��� ������� ��� ������� ��� ��� ������������ ��������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������� � ����������������������������������������������������������������������������� ��������� ��������������� ��������� ������������ ���������������� �������� ��������� �������� ��� �������� ���������� ���� ��� ��������� ����� ��������������� �������� �������� ���������������������� � ��� ��������� ����� ������������ ������ ������� ������� �������� ��� ���������� ��� ���������� ��� ������ ������ ����� ���� �������������� �������� ��� ����������� ��� �������� �������� ����������������������������������������������������������������������������������������� ��� ��������� ��� ���������� ������� ������� �������� ����� ����������� ��� ����� ����������� ��� ��� ���������� ������ �� ����� ������ ����������� ������ ���� ����� ������ ��� ��������� ��� ���������� ��������������� �������� ���� ���� ���� ������������ ��� ��� ���������� ��������� ��� �������� ������������������������������������������������������������������������������� � ��� ��������� ���������������� ������� �������� �������� ��� ������������ ��� �������� ���������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������� ��������� ����������� �� ���������� ��� �� ������ ��������� �� ��� ����� �� �������� �������� ������� ��� ����� ��� ����� ���������� ��� ���� ����������� ������������� ��� ���� �������������������������������������������������������������������������������������� ���������� ��� ����������� ��� ���� �������� ������ ������ ��� ��������������� ����� �������� ���������������� ����������� ��� �������������� �������� ���� ��������� ������ �������� ��� ��������������������������������������������������� �
�������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������� ������ ������� ����� ��� �������� ����������� ��������� ����� ��� ���������� ��� ����� ��� ������ �� ����� ����� ����� ��������������� ��� ����� ����� ���������� ����� ������ ��� �� �� ��� ���� ����� ���������� ���������� ����������� ������ ������� ���������� ���������� ����� ���������� ����� ������������������������������������������������������������������������������������� ���� ����� ����� ��� ��������� �� �� ���������� ����� ��������� �� ������� ���������� �� ����������������������������������������������������������������������������������������� ����������� ������ �� ������ ������������ ������� ��� �� �������� ���� ��� ����� ���� ������ ��� ������������� ����� ������ �� ����� ������ �������� ���� ������� ����� �������� �������� ������ ������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������������������������� �������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������� ��� ��������� ��� �� �������� ����� �������� �� ���������� ���� ���������� �������������� ��� ���� ������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ���� ���������������� ��� ����������� ��������� ����� ��� ���� ��������� ����� ���� ������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ���� ��� �������� ��� ���������� ��������������� ��� �� ������ ��������� ����� ���� ������� ����� �������� �� �������� ��������� �� ��� ������� ��� ������� �������������� ����� ���� ������ ��� ���������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������������������������������������������������������������������ � ����������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������� ��� ��������� �������� ���������� ��� ������������ ��� ������������� ������ ��� ��� ���� ��������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������� ��� ��������� ����� ��� ������������ ��� ���� ������������ ������������ ���������� ����������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������� ��� ��������� ��� ���������� ���� ��������� ��� �������� ������� ��� ��������� ���� ����������������������������������������������������������
������������������������������������������������������������������������������� ��� �������� �������� ��� �������� ������� ����������� �������� ����� ������������� ��� ��� ������������������������������������������������������������������������������������������ ������� ������������� ����� ���� ���������� ����� ���� ����� ��� ��� ������� ��� ������������� ������ ������������� �������� ���������� ��������� �������� ������� ������������ ������� ������� ��� ������������������������� �������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������� �� ��������� ��������� ��� ������� ���� �� ��������� ���������� �� �������� ���� ��������������������������������������������������������������������������������������� ���� ��������� ��������� ����� ��� ������� ���� ���� ����� ��� ��� ������� ���� ����������� ������������������������������ ����������������������������������������������������������������������������������� � ��������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������� ������ ��� �������� ������� ��� �������� ��� ��� ������� ���� ���������� �������� ���� ������� ���� ���������� ���� ���� ����� ����� ���� ������ ���� ����� ����� ���� ������� ��� ���� ���� �������� �������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������� ����������� ����� ����������� ����� ��� ������ ����� ��� ��� ����������� ��� ����� ����� ����������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������ ���� ����� ����������� ������ �� ������� ������ � �� ����������� ��� ��������� �� �� ������������������������������������������������������������������ ��� ��������� ���������� ����� ����������������� ��������� ��������������� ��� ������������������������������������������������������������������������������������������ ��������� ������� ����� ��� �������� ��������� �� ���� ���������� ������� ������������ �� ������ ���������������������������������������������������������������������������������������� ���� ������������������ ��� ���� ����������� ���� �������� ���� ������������ ����� �� ����� ������ ������� ��� ��������� ������� ����� ��� ���� ��� ����� ��� ��� ��������� ����� ��� �������� ��� ���������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������������������������������������������������������������������������� ����� ��������� ����������� ��� �������������� �� ��� ����� ���� ���������� ��� ��� ����������� ��������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������ � ������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������
��������� ��� ����� ����������������� ����� ������� ������ ��������� ����� ���� ���������� �������������������������������������������������������������������������������������� ������������ ��� �� ��������������� ��� ���������� �������� ���� ����������������� ����������� ���������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������ ����� ���� ������� ������������� ����� ������ ��������� ��� ������� ��������� ������ ���������� �� ��������� �������� ������� ����� � ���� ������ ��������� �� ������ ���������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������� ������� ���������� ������� ��������� ������ ��������� ������� ����� ������� ������ �������� ��������� ������������ ��� ��������� ����� ����������������� ������� ����������������� ��� �������� ������� ����� ��� �������� �������������� ��� ���� ��������������� ����������� ������� ������������������������������������ � ����������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������� ����������� ���������������� ���� �������������� ��� ������������� �������������� ��� ������������������������������������������������������������������������������������� ����������� ��������� ���������� ����� ���� ��������� ��� ���� ������� ����� ������� �������� ��������� �� ��������� ��� ���� ����� ������� ������� ����� �������� ������� ��� �������� ���������� �������� ���������� ���������� ������ ��������� �������� ������������� �������� ������������������������������������������������������������������� � �� �������� �� ��������� �� ���������� �� �� ����� ����� ��� ��� ��� ��������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ������������� ���������������� ���� ���� ����� ������ �������������� ������� ��� ������� ��������������������������������������������������������������������������������������� ����������� ������������������ ��������� ������������ ��������� ������ ��� ��������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ��������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������� � ������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������� �
��� ��������� �������� ������������� ��� ������� ������������������ ����� ��� ���������� ������� ������ ���������� ��� ����� �������� ��������� ����� ���� �������� ����������� ������������� � ������������������������������������������������������������������������� ������� ���� �� ������� ���� ��������� ���������� ������ ����� ������ �������������� ���������� ������ ����� ���� ������� ��� ��� �������� ���� ��� ����� �������� ����� ������������ ������ ������������������������������������������������������������������������������������������ � ��� ���� ��� ��� ���������� � ����� ������ ���� ��� �������������� �������� �� �� ��������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������� � ������������������������������������������������������������������������������ �������������� ��������������������������������������������������������������������� ������ ���� �������� ��� �������� �������� ��� �������� ������� ������������ ������� ��������� ����������������������������������������������������������������������������������� �������� ������� ������ ������ ��� ������� �������� �������� �������� ������������� ������� ������ ������� �������� ������ ���������� ��������� �������� �������� ����������� ������� ���� �������� ������ �������� ������������� �������� �������� �������� �������� ���������� �������� ��������� ��������� ������� ����� ������� ����� ��������� ��������� �������� ���� �������� �������� �������� ������ �������������������� ������� ��������� ������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������� ������� ��������� ������� ������������ ������� ����� �������� ��������������� ��� ��������������� � ��� ��������� ���������������� ���� �������� ������������ ���� ������� ���� ���������� �������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������������������������������� � ��� ��������� ����� ���� ���������� �� ���� ����� ��� ��� ������� ������������ ���� ����� ����������������������������������������������������������������������������������������� ������ ��� ������� �� ������ ��������� �������� ����������� ����� ������ ��� �������� ���� �������� ��� �������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������� ����� ���� ������ ���� �������� ����� ����� ������������ �� ���� ���������� ��� ������ ����� ����
�������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������� � ��� ��������� ���� ����� ��� ������������ ��������� ��� ����� ����������������� ������� �������������� ���������� �������� ��� ����� �������� ��� �������� ������� ���� ������� ��� ����� ���������� ��� ��� �������� ������� ��������� ������ ��� ����� �������� ������ ��� ����������� ������ ������� ��� ��� �������� ����� ����� �� �������� ���� ����� ��� �� ����������� �� ���� ������� �� ��������� ��� ����� ��������� �� ������ ������ ���� � ��� ���� ������ ���������� �� ����� ��������� � ������������������������������������������������������������������������������ ���������������������������������������������������������������������� � ��� ��������� ���� ����� �������� �� ������ ���������������� ���������������� ���������� �������� ������������ �������� �������������� ��� �������� �������� ��� ����� ����������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������� ��� �������� ��� ���� ������������ �� ��� ������ �� ������ ��� ��������� ����������� ������ ��� ������ ����������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������� ������ �� ��� ������ ��� �������� ������ ������� ����� ��� ����� ������ �� ���� ��������� ������� ��� ������� �������� ��� �������� ������� ��� ���������� ����� ������ ������� ��� ����� ��� ����� ������ ������������ � �� �������� �� �������� ����������� ���� ������� ������� ��� ������� �������� ���������� ��� ��� ����������� ������� ��� ������������ ��� ����� �������� ��� ��� �������� ���� ���� �������������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������� ����� ��� ���������� �������� ����� ��� ��������� ��� ��� �������� ����������� ���� ��������� �������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������� ����������� �������� �������� �������� ������ ������� ��� ��� �������� ������� ��� ��� ����� ����� ������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������� ����� ���� ��� ������������ ��� ����� ���� ����� ������ ��� ����� ��� ���� ��� ������ ��������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������
������ �������� ��� ����� ����������� ������ �� ��� ������������ ��������� ����� ��� ������� ��� ��������� ��� ��� ������ ������� �������� �������� ��� ����������� ������ ������ �� ���� ����� ������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������� �� ���� ���������������� �� ���� ���� ��� ����� ��������� ����� � ����������� ������ ������ ��� ������� ������ ����� ���� ��������� ����� ����� ��������� ��� �������� ��������� ��� ��� ������� ��� ����� ��� ���� ������������ ������������ ����� ������ ���������� ��� ��� ��������� ��� �������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ����� ��� �������� ��� �������� ��� ��� ���������� �� ������ ���� ����������� ��������� ��� ������ ��� ������������������������������������������������������������������������������������������ ��������������������������������������������������������������������������������������� ��� ��������� ����� ��� �������� ���� ������������ ��� ������� ������� ���� ����� ������ ��������������������������������������������������������������������������������������� ���� ��� ��������� �� ���� �������� ��� �� ���� ���������� ��� �������� �� ���� ��� �� ��� ������� ��� ��������������������������� ������� ������ �������� ��� ��� �������� ����������� ��� ������� ��� ��������� ������ ��� ����������� ��� ������� ����� ����� ��� ��� �������� ���� ����� �������� ����� �������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������������������������������������������������������������������ ������� ������ ������ ����������� ���� ���� �� ��� �� ���� ������ � �������� ��� ���������������������������������������������������������� � ������������������������������������������������������������������������������ ������� ����� ��� ���������� ����� ���� �������� ����� �������� ����� ���� ��������������� ���������������� ������������� ����� ������ ������ ��� ���� ����� ������ ��������� ���������� ��������������������������������������������������������������� ������������������������ �������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������� � � � �
� �