Situation de la colibacillose due à Escherichia coli dans les élevages cunicoles de la Commune d’Abomey-Calavi

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REPUBLIQUE DU BENIN

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MINISTERE D’ETAT CHARGE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE (MECESRS)

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI (UAC)

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI (EPAC)

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Département de Production et Santé Animales (D/PSA)

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Mémoire de Fin de Formation pour l’obtention du Grade de Master en Production et Santé Animales

Spécialité : Biotechnologie et Gestion des Monogastriques THEME

Présenté et soutenu par

Albert A. KPADONOU

Année académique 2012-2013

Superviseur Co-Superviseur

Pr. Marc T. KPODÉKON Maître de Conférences,

Professeur Agrégé de Pathologie Médicale et d’Anatomie Pathologique,

Enseignant-Chercheur à l’EPAC

Dr. Cyrille K. BOKO,

Maître-Assistant des Universités, Enseignant-Chercheur à l’EPAC

Jury

Président: Prof. Souaïbou FAROUGOU Membres:

Pr. Marc T. KPODÉKON Pr. Jacques T. DOUGNON Dr. Cyrille BOKO

Situation de la colibacillose due à Escherichia coli dans

les élevages cunicoles de la Commune d’Abomey-Calavi

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Situation de la colibacillose due à Escherichia coli dans les élevages cunicoles de la Commune d’Abomey- Calavi

1

UAC/EPAC/PSA/2013 Albert Akonassou PADONOU

Dédicaces Je dédie ce travail:

A DIEU, détenteur de toute grâce pour avoir su guider mes pas; à mes parents KPADONOU Houssou et KOUDJOU Anago; à mon frère KPADONOU Victorin et au Docteur Cyrille K.

BOKO

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2

Hommage

A notre superviseur, Professeur Marc T. KPODÉKON, Maître de Conférences, Professeur Agrégé de Pathologie Médicale et d’Anatomie Pathologique, Enseignant-Chercheur à l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi pour le plaisir qu’il nous a fait en acceptant de diriger ces travaux. Sa rigueur scientifique, son calme et la qualité de ses cours m’ont été d’un grand atout dans la réussite de ma formation. Recevez ici, Monsieur le Professeur mes sincères et profondes marques de gratitude.

A notre Co-superviseur, Docteur Cyrille K. BOKO, Maître-Assistant des Universités, Enseignant-Chercheur à l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi pour avoir pris ces travaux comme les siens. Votre patience, vos judicieux conseils et vos sacrifices de tout genre ont eu pour fruit la réalisation de ce document. Je ne saurais trouver le mot juste, pour vous témoigner ma profonde reconnaissance. Que Dieu vous comble de ses grâces et que son œil de miséricorde vous assiste à chaque instant. Votre amour pour le travail bien fait et votre sens élevé de sacrifice sont autant de souvenir que je garderai toujours, infiniment merci.

A son excellence Monsieur le Président de Jury ainsi qu’aux honorables membres du Jury pour avoir accepté de consacrer de leur temps pour juger ce travail.

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3

Remerciements

A la fin de cette œuvre réalisée grâce à la participation salutaire de bon nombre de personnes, je tiens à présenter mes sincères remerciements:

Au Professeur YOUSSAO Abdou Karim Issaka pour ses conseils, ses aides précieuses et la qualité de ses enseignements. Veuillez recevoir Monsieur le Professeur, mes sincères remerciements.

Au Professeur DOUGNON T. Jacques pour m’avoir pris comme son enfant et a su m’orienter dans le cadre dudit mémoire. Votre simplicité et la qualité de vos enseignements forcent l’admiration. Que Dieu vous protège, vous fortifie et vous assiste dans la réalisation de tous vos projets. Ma famille se joint à moi pour vous adresser mes sincères et profondes gratitudes;

A tous les enseignants de l’EPAC particulièrement ceux du Département de Production et Santé Animales (PSA) pour n’avoir ménagé aucun effort pour faire de moi un professionnel responsable;

A tous les fils et filles de la famille KPADONOU en particulier Victorin, Paulin, Fiacre, Edmond, Juliette et Marie;

A toute la famille KOUDEZIN de Dassa-Zoumè en particulier Angélique, Jacqueline et Caroline pour tout leur soutien matériel, moral et spirituel, infiniment merci;

A mes frères et amis Pascal KIKI, Moussa HAMIDOU, Lazard KOUATONOU, Gabin GNONONFOU, Dénis ASSIKI, Fabrice et Brice AKAKOTO pour tous les sacrifices consentis. Je vous prie de recevoir mes sincères remerciements;

A mes amis Arétas TONOUHEWA, Sévérin YEMALIN, Fortuné BOKO, Juste TOVISSOUHE, Ahmed ALIDOU, ADMOU Moukadamou, Roleine HOUINTAVO, Mahroufath BAKARI, Laurette KOUCHIKA et Alida YAMBODE pour leur confiance renouvelée;

A Monsieur Christophe GODOVO, sa femme et ses enfants pour leur soutien financier et moral;

A tous les cuniculteurs de la commune d’Abomey-Calavi en particulier Monsieur Lionel ANANI et Madame Célia FIOGBE pour leur soutien de taille, surtout dans l’identification des fermes d’élevage;

Au Docteur AKPO Yao, Enseignant-Chercheur à l’Université de Parakou pour son soutien moral;

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4

Aux Messieurs Serge AHOUNOU; Ulbad TOUGAN, Olivier AMOUSSOU et Kévin pour leurs précieux conseils;

Aux Messieurs Eric YESSINOU et François DOSSA pour n’avoir ménagé aucun effort à me porter des aides chaque fois que je suis dans le besoin;

A Madame ZANNOU Julienne, Secrétaire du Département de Production et Santé Animales (PSA) pour ses aides précieuses;

A mes camarade Pierre CHALLATON et Justin EKETE pour leur aide dans la réalisation des travaux du laboratoire ;

A la famille HOUENON d’Agonni particulièrement à Monsieur HOUENON Christian et sa sœur jumelle Christiane;

A tous mes amis de la quatrième promotion: Moussa, Pascal, Arétas, Ignace, Thibaut, Jédifort, Jaurès, Donald et Marc pour leur amitié renouvelée;

A tous ceux, qui de près ou de loin ont contribué de quelque manière à la réalisation de ce document.

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Table des matières

Dédicaces ... 1

Hommage ... 2

Remerciements ... 3

Table des matières ... 5

Listes des sigles et abréviations ... 8

Liste des tableaux ... 9

Liste des figures ... 10

Résumé ... 11

Abstract ... 12

Introduction ... 13

CHAPITRE 1 : ... 15

Chapitre1 : Généralités sur le lapin domestique ... 16

1.1. Importance de la cuniculture ... 16

1.1.1. Place du lapin dans l’alimentation humaine ... 16

1.1.2. Importance économique ... 17

1.1.3. Importance du lapin dans le domaine de la science ... 18

1.1.4. Importance socioculturelle de l’élevage du lapin ... 19

1.2. Aperçu sur la biologie du lapin ... 20

1.2.1. Taxonomie ... 20

1.2.2. Particularités du tube digestif ... 20

1.2.3. Digestion chez le lapin ... 23

1.2.4. Composition du système digestif du lapin... 25

1.2.5. Composition taxonomique... 26

1.2.6. Intérêt de contrôler le fonctionnement de l’écosystème caecal ... 27

1.2.7. Rôle de microbiote dans la stimulation de l’immunité intestinale ... 27

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6

1.3. Troubles digestifs du lapin en engraissement ... 28

1.3.1. Maladies d’origine non biologique ... 28

1.3.2. Pathologies d’origine biologique ... 29

1.3.3. Troubles digestifs d’origine virale... 31

1.3.4. Maladie d’étiologie indéterminée ... 32

1.3.5. Troubles digestifs d’origine bactérienne ... 33

1.4. Généralités sur la colibacillose ... 34

1.4.1. Classification en pathovars des E. coli responsables de troubles intestinaux ... 35

1.4.2. Pathovars à tropisme extra-intestinaux ... 38

1.4.3. Classement sérologique des E. coli ... 38

1.4.4. Pathologie des lapins associés aux E. coli ... 39

CHAPITRE 2: ... 41

Chapitre II: Milieu d’étude, matériel et méthodologie ... 42

2.1. Caractéristiques du milieu d’étude ... 42

2.1.1. Relief, climat et hydrographie ... 42

2.1.2. Sols et végétation ... 42

2.2. Matériel ... 43

2.3. Méthodologie ... 43

2.3.1. Technique d’alimentation des animaux ... 43

2.3.2. Technique de prélèvement des organes et analyse ... 43

2.4. Analyses statistiques ... 44

CHAPITRE 3: ... 45

Chapitre 3: Résultats et discussion ... 46

3.1. Résultats ... 46

3.1.1. Prévalence d’isolement des E. coli en fonction des zones d’élevage ... 46

3.1.2. Prévalence d’isolement des E. coli en fonction de l’âge des lapins ... 47

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7

3.1.3. Effet de la ration alimentaire et de sa quantité d’ingestion sur la prévalence d’isolement

des E. coli sur les jeunes de 35 à 55 jours d’âge ... 47

3.1.4. Symptômes et lésions de colibacillose ... 48

3.1.5. Fréquence d’isolement des E. coli en fonction des organes examinés ... 51

3.2. Discussion ... 52

3.2.1. Prévalence globale d’isolement des E. coli par zone d’élevage ... 52

3.2.2. Prévalence d’isolement des E. coli en fonction de l’âge ... 52

3.2.3. Effet de la ration et de la composition de l’aliment sur la prévalence d’isolement des E. coli ... 53

3.2.4. Fréquence d’isolement des E. coli au niveau des organes ... 54

3.2.5. Symptômes et lésions ... 54

Conclusion et suggestions ... 56

Références bibliographiques ... 57

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Listes des sigles et abréviations ANC: Apport Nutritionnel Conseiller

Ce.Cu.R.I: Centre Cunicole de Recherche et d’Information FAO: Food and Agriculture Organization

INRA: Institut National de Recherche Agronomique

INSAE: Institut National de la Statistique et de l’Analyse Economique

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9

Liste des tableaux

Tableau I:Teneur lipidique de la viande de différentes espèces animales (IPL, 2009) ... 16 Tableau II: Composition en acides aminés indispensables en % du taux de protéine de la viande cru et cuite non dégraissée (Gigaud et Combes, 2007b) ... 17 Tableau III: Classification zoologique du lapin: les grandes lignes ... 20 Tableau IV: Composition moyenne des fèces normales et des caecotrophes (Gidenne et Lebas, 2006) ... 25 Tableau V: Prévalence d'isolement des E. coli en fonction des zones d'élevage ... 46 Tableau VI: Prévalence d'isolement des E. coli en fonction de l'âge des lapins... 47 Tableau VII: Effet de la ration alimentaire sur la prévalence des infections à E. coli sur les jeunes lapins de 35 à 55 jours d'âge ... 48 Tableau VIII: Symptômes cliniques et les lésions avant et après l'autopsie des lapins ... 49 Tableau IX: Fréquence d'isolement des E. coli au niveau des différents organes ... 51

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Liste des figures

Figure 1: Systèmes et/ou domaines de recherche utilisant le lapin (Dewree et al., 2006) ... 19 Figure 2: Dentition du lapin (Gidenne, 2010) ... 21 Figure 3: Schéma et caractéristiques des principaux éléments du système digestif du lapin (Kpodékon et al., 2007) ... 22 Figure 4: Cinétique d'implantation de quelques populations bactériennes dans le caecum du lapin en fonction de l'âge (Gidenne et al., 2007) ... 23 Figure 5: Métabolisme caecal des principaux nutriments et formation des produits terminaux de fermentation bactérienne (Gidenne, 2007) ... 24 Figure 6: Structure et principales caractéristiques des Escherichia coli ... 35 Figure 7: Quelques lésions observées sur les organes à l'autopsie ... 50

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Résumé

La colibacillose constitue l’un des problèmes dont souffre la cuniculture béninoise. Afin d’évaluer son impact sur la santé des lapins, une étude a été réalisée de Mars à Septembre 2013, dans les élevages cunicoles de la Commune d’Abomey-Calavi. Des lapins morts de la diarrhée ont été collectés. Des analyses microbiologiques ont été réalisées à partir des prélèvements (du caecum, de l’intestin grêle, du foie et du poumon). Ainsi, il a été observé qu’à partir des 62 prélèvements présumés d’infection à Escherichia coli, 29 se sont révélés positifs soit une prévalence de 46,77 % d’isolement des E. coli. Les lapereaux de 35 à 55 jours d’âge étaient les plus infectés avec un taux de 58,62 % alors que pour les autres catégories d’âge, l’infection a été moindre (p<0,05). Le caecum et l’intestin grêle étaient les organes au niveau desquels E. coli a été plus isolé respectivement à une prévalence de 44,83 et 41,38 %. Ils étaient suivis par le foie et le poumon avec une prévalence d’isolement respective de 13,79 et 0 %. En outre, le symptôme le plus constant était la diarrhée profuse souillant le train postérieur du lapin. La plupart des lésions recensées ont été la congestion de l’intestin grêle, du caecum et du foie. Le caecum a présenté le plus souvent un contenu soit liquide, soit liquide et gazeux à la fois. L’intestin grêle, a pour sa part présenté en majorité une lumière avec peu de contenu.

Mots clés: Escherichia coli, diarrhée, lapins, Abomey-Calavi

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Abstract

Colibacillosis is one of health problem in rabbit breeding in Benin. This study aims to evaluate its impact on the health of rabbits. Then, the current study was carried out Mars to September 2013, in the rabbit farm of Abomey-Calavi. Dead rabbits of from diarrhoeas were collected. Microbiological analysis were carried out from samples (caecum, small intestine, liver, and lung). It was therefore observed that from the 62 samples presumed infected by Escherichia coli, 29 appeared positive with a prévalence of 46.77 %. The young rabbits from 35 to 55 days of age were infected with a rate of 58.62 % whereas for the other categories of age, the infection was lesser. The caecum and the small intestine were the most infected organs by E coli with the respective prévalence of 44.83 and 41.38 %. They were followed by the liver and the lung with a respective prevalence of insulation of 13.79 and 0 %. Moreover, the most constant symptom was the profuse diarrhoea soiling rabbit hindquarter. The majority of the listed lesions were the congestion of the small intestine, the caecum and the liver. The caecum generally presented liquid contents or both liquid and gas contents. The small intestine, presented in majority a face with a little contents.

Key words: Escherichia coli, diarrhoea, rabbits, Abomey-Calavi

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Introduction

En ce début du XXI^ème siècle, les pays en voie de développement en général et le Bénin en particulier sont confrontés à des problèmes de faim, de sous-alimentation et de pauvreté.

Malgré les progrès accomplis en terme de rétablissement des grands équilibres macro- économiques et de croissances économiques, 36,2 % des béninois vivent encore sous le seuil de la pauvreté (INSAE, 2012). Face à cette situation de pauvreté persistante, le recours à l’élevage des espèces à cycle court reste l’un des moyens sûrs pour lutter contre la pauvreté et l’insécurité alimentaire. Abordant dans le même sens, Sonaiya et Swon (2004) affirment que les espèces à cycle court, du fait de leurs nombreuses potentialités de productivités faciles et nécessitant peu d’investissement, occupent aujourd’hui une place de choix dans les stratégies de développement et de lutte contre la pauvreté dans la plupart des pays du Tiers-Monde.

C’est fort de cela que la cuniculture a connu un essor particulier au Bénin depuis la création du Centre Cunicole de Recherche et d’Information (Ce.Cu.R.I.) (Kpodékon et al., 1993).

D’activité relativement simple (FAO, 1999), l’élevage de lapins fermiers au Bénin passe rapidement à un élevage moderne avec un effectif de 64695 lapines mères pour 915 éleveurs dénombrés dans le Sud et le Centre du Bénin (Kénoukon, 2005). Mais, le principal frein technico-économique de la filière cunicole est la maîtrise de la santé des lapins en croissance (Lebas, 2005).

En effet, deux syndromes principaux sont classiquement identifiés chez le lapin : le syndrome respiratoire qui domine chez les adultes et le syndrome digestif, plus fréquent chez les lapins en croissance (Lebas et al., 1996). Cependant, les affections digestives constituent la cause essentielle de morbidité et de mortalité chez le lapin de chair en croissance (Licois, 2010). Ainsi, ces troubles digestifs entraînent 12 à 18% de mortalité dans les élevages cunicoles (Guerder, 2003). Certains agents pathogènes spécifiques (E. coli entéropathogènes, coccidies, clostridies, …) sont identifiables (Licois et Marlier, 2008), mais les signes cliniques lors des troubles digestifs sont souvent peu spécifiques. Cependant, dans le cas de la colibacillose, les taux de mortalité des lapereaux atteints varient et selon les élevages touchés, la maladie peut rapidement décimer toute une bande (Marlier et al., 2003, Licois et Marlier, 2008). Elle provoque aussi un retard de croissance des lapereaux en engraissement et entraîne des surcoûts vétérinaires. Il est donc facile de constater que des études ont été notoirement

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14

faites en Europe sur la colibacillose, ce qui n’est pas le cas en Afrique de l’Ouest en général et plus particulièrement au Bénin.

Par ailleurs, depuis la création au Bénin du Centre Cunicole de Recherche et d’Information (Ce.Cu.R.I.), dont l’objectif est d’accroître les connaissances concernant le lapin, son élevage et sa pathologie, pour améliorer les productions locales et de vulgariser son élevage rationnel (Kpodékon, 1993), nombreuses études ont été réalisées sur la coccidiose chez cette espèce.

Partant delà, nombre de cuniculteurs amateurs béninois administrent des anticoccidiens aux lapins quelle que soit la pathologie digestive. Ce faisant, ils participent au déséquilibre du microbiote de l’animal. Ce qui conduit à l’augmentation du pH caecal avec la multiplication de la flore saprophyte dont E. coli, exposant ainsi le lapin aux pathologies digestives autre que la coccidiose.

Face à cette situation qui mine la cuniculture béninoise, il urge de mener des actions fortes et dans l’immédiat afin de donner espoir aux cuniculteurs et par là, participer à la création d’emploi ainsi qu’à la réduction de la pauvreté. Des travaux de Farougou et al. (2007), réalisés dans les élevages cunicoles du Sud-Bénin, il ressort que la prévalence est de 50 % pour les colibacilloses (E. coli) contre 8 % pour la clostridiose (Clostridium spp) et 7 % d’entérobactériose (Enterobacter spp). Ainsi, la colibacillose constitue un réel problème pour cette filière cunicole du Bénin.

Il serait alors intéressant de faire l’inventaire des sérotypes des Escherichia coli pathogènes responsables de la colibacillose chez le lapin (Oryctolagus cuniculus) dans le Sud du Bénin.

A cet effet, cette deuxième étape de collecte de données est destinée à évaluer ‘‘la situation de colibacillose due à Escherichia coli dans les élevages cunicoles de la Commune d’Abomey-Calavi.’’

De manière spécifique, il s’agira : d’isoler les souches présumées pathogènes de E. coli du lapin dans la Commune d’Abomey-Calavi;

Le travail est présenté en trois chapitres dont le premier, relatif à la synthèse bibliographique ; le deuxième décrit le milieu d’étude, les matériels et la méthodologie de recherche ; enfin le troisième fait le point sur les résultats obtenus qui seront discutés.

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15

CHAPITRE 1 :

SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

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Chapitre1 : Généralités sur le lapin domestique 1.1. Importance de la cuniculture

Le lapin présente des intérêts dans plusieurs domaines dont l’alimentation humaine, l’économie, la science et la vie socioculturelle.

1.1.1. Place du lapin dans l’alimentation humaine

La viande de lapin ou viande blanche présente des atouts nutritionnels et diététiques intéressants. Elle est pauvre en lipides et plus maigre que beaucoup d’autres viandes avec une teneur faible en cholestérol (Tableau I). Le lapin a une teneur en protéines identiques à celle des autres produits carnés avec un profil en acides aminés indispensables comme le résume le Tableau II. Pour des lapins aux âges et poids commerciaux d’abattage, les teneurs en eau et minéraux totaux sont respectivement de 72,5±2,5 % et 1,2±0,1 % de viande fraîche (INRA, 2004). Sa teneur élevée en sélénium est un atout supplémentaire puisque le sélénium couplé à la vitamine E limite le stress oxydant et les peroxydations lipidiques et de ce fait pourrait être conseillée pour les personnes carencées en sélénium, les sportifs de haut niveau et les personnes âgées. En effet, selon IPL (2009), 100 g de viande couvrent 128 à 150 % des ANC.

De même, cette viande est recommandée aux personnes devant suivre un régime hyposodé en considération de sa faible teneur en sodium (49 mg/100g) ; mais riche en potassium, en phosphore et en vitamine B12 que les viandes de porc, de taurillon, de veau et du poulet ; et plus riche en vitamine B3 que toute ces viandes à l’exception de celle du poulet (IPL, 2009).

Par ailleurs, cette viande blanche présente un ratio en acide gras oméga 6/ oméga 3 avantageux de 8 (Gigaud et Combes, 2007b). En plus, elle est riche en acide docosahexaénoïque (DHA) qui intervient sur la croissance, le développement fonctionnel du cerveau et de la vue chez l'enfant et sur le maintien des fonctions cérébrales chez l'adulte (Combes et Dalle zotte, 2005).

Tableau I:Teneur lipidique de la viande de différentes espèces animales (IPL, 2009)

Lapin Bœuf Poulet Porc

Teneur lipidique (g/100 g de viande)

Cuisse: 3,7 Faux-filet :15 Blanc: 2,9 Filet maigre: 3 Côtes:9,3 à 9,7 Viande et peau:11,6 Echine: 25,5

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Tableau II: Composition en acides aminés indispensables en % du taux de protéine de la viande crue et cuite non dégraissée (Gigaud et Combes, 2007b)

Pour 100 g de viande Lapin Porc Veau Taurillon Poulet

Lysine 1.60 1.78 1.29 1.69 1.66

Cystine 0,23 0,22 NR NR NR

Méthionine 0.52 0.55 NR NR NR

Meth + Cyst 0.75 0.77 0.60 0.74 0.77

Histidine 0.53 0.56 0.49 0.59 0.52

Leucine 1.51 1.64 1.20 1.57 1.60

Arginine 1.21 1.30 0.97 1.23 1.22

Tyrosine 0.65 0.86 0.54 0.68 0.66

Phénylalanine 0.72 0.8 0.63 0.80 0.73

Thréonine 0.85 0.92 0.74 0.85 0.85

Valine 0.94 1.00 0.81 1.02 0.89

Isoleucine 0.86 0.92 0.77 0.93 0.92

NR: non renseigné

1.1.2. Importance économique

Le lapin est une espèce mammifère à intérêt économique indéniable, avec la production de viande, de fourrure et de laine. Sa viande constitue une source de protéines animales non négligeable pour les pays non industrialisés. Par ailleurs, la légendaire prolificité des lapines et la capacité de cette espèce à transformer du fourrage en viande consommable font du lapin, un animal économiquement très intéressant. En effet, les lapines ont en moyenne des tailles de portée supérieures à 9 petits, une durée de gestation de 31 à 32 jours et une maturation sexuelle rapide (4 mois pour les femelles), ce qui leur permet d’avoir jusqu’à 50 petits par an (Lebas et al., 1996). C’est ce qui explique l’expansion de son élevage au Bénin et dans tous les Départements du pays (Wabi, 2007). Cette spéculation fait actuellement vivre 7000 personnes. Ainsi, la consommation de la viande du lapin est adoptée dans les habitudes alimentaires des béninois à tel point que la production annuelle de viande de lapin est passée de 4 tonnes en 1993 à 940 tonnes en 2010 (ABeC, 2011). Cette viande blanche est de nos jours plus recherchée que celle du poulet et peu de tabous religieux reposent sur elle (Henaff et Jouve, 1988). En raison de ces multiples atouts nutritionnels et diététiques, elle est conseillée pour tous les âges et, elle est appréciée sur le plan qualitatif, économique et socioculturel (Nteme, 2000).

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1.1.3. Importance du lapin dans le domaine de la science

De par sa taille réduite et sa forte prolificité associée à une courte durée de gestation, le lapin possède les qualités requises pour être un excellent modèle expérimental dans maints domaines (Dewree et Drion, 2006). En effet, ce modèle animal convient relativement bien, car il est phylogénétiquement plus proche de l’homme (Houdebine, 1998). Sa manipulation est aisée, et sa taille permet d’obtenir facilement des échantillons tissulaires, sanguins et de produire des antisérums. Le lapin a d’abord été utilisé en ophtalmologie au XVII^ème siècle (Fox, 1984) puis a constitué un excellent modèle d’investigation pour les études pharmacologiques de transfert placentaire de médicaments, de métabolites et de stéroïdes au vu de la placentation similaire à celle rencontrée dans l’espèce humaine (Fox et al., 1982;

Fox, 1984). Il représente à l’heure actuelle un modèle approprié pour l’investigation des systèmes cardiovasculaires, ostéo-articulaires, respiratoires. Il est encore utilisé en ophtalmologie, oncologie et diabétologie. Il reste un modèle incontournable pour l’étude de l’hypertension et l’athérosclérose bien que le modèle rongeur (souris « Knock Out ») le supplante de plus en plus, ceci pour des raisons évidentes d’hébergement et de facilité de gestion quotidienne (Okabe et al., 2006). Le lapin constitue également un outil adéquat pour l’étude de l’arthrose et de sa pathogenèse, et pour la validation de nouvelles technologies d’imagerie ostéo-articulaire (Spriet et al., 2005). Selon une revue de la littérature des articles recencés par Medline (2004), 585 publications relatent l’utilisation du lapin en tant qu’animal modèle comme le résume la figure 1.

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Figure 1: Systèmes et/ou domaines de recherche utilisant le lapin (Dewree et al., 2006)

1.1.4. Importance socioculturelle de l’élevage du lapin

La petite taille de l'animal et sa docilité constituent de grands atouts dans la pratique de son élevage. Avec un petit investissement de départ, il est possible de démarrer un élevage cunicole, l'installation peut se faire partout, sur quelques mètres carrés, le long d'un mur ou sous un arbre. Les cages et les bâtiments d'élevage peuvent être construits avec des matériaux locaux tels que bois, terre de barre, rotin, feuille de palmier, bambou de Chine, etc... Son alimentation est simple, elle peut être constituée de fourrages tels que les herbes de bords des champs, les feuilles des arbres, des graines de céréales. Elle n'entre pas nécessairement en compétition avec celle de l'homme (Kpodékon et al., 2007).

Sur le plan culturel, la chair du lapin est tendre et savoureuse, peu grasse et très nutritive.

C’est pourquoi sa viande fait partie de l’une des viandes recherchées. Ainsi, la viande du lapin occupe une place de choix exceptionnelle à toute occasion de fête et est très utilisée dans les mets des restaurants, maquis, hôtels et autres. Au Bénin, Kpodékon et Tomagnimena, (1992) ont montré que 64% de la population ont consommé au moins une fois la viande de lapin d'élevage et presque la quasi- totalité des consommateurs l'a appréciée. En outre, les plus belles fourrures de certaines races comme les lapins Angora et Rex sont utilisées dans l’habillement et celles de mauvaise qualité sont recyclées, les poils servant pour la fabrication

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de feutrine ou de textile et la peau étant coupée en fines lamelles puis recyclée en colle ou en engrais (Lebas et al., 1996).

1.2. Aperçu sur la biologie du lapin 1.2.1. Taxonomie

Le lapin est un mammifère placentaire de l'ordre des lagomorphes dont la classification simplifiée est présentée dans le tableau III.

Tableau III: Classification zoologique du lapin: les grandes lignes

CLASSE Mammifères

SUPER-ORDRE Glires

ORDRE Lagomorphes

FAMILLE Léporidés

SOUS-FAMILLE Léporinés (Gallouin, 1989)

GENRE Oryctolagus

ESPECE Oryctolagus cuniculus

1.2.2. Particularités du tube digestif

Les lapins appartiennent à l’ordre des lagomorphes et se distinguent des rongeurs par leurs deux paires d’incisives sur la mâchoire supérieure, et une paire à la mâchoire inférieure (Figure 2). Toutes les dents des lapins sont de type aradiculaire hypsodonte (VET info, 2004) et poussent en permanence. Les incisives ainsi que les molaires grandissent en moyenne de 8 à 12 cm par an (VET info, 2004). Pour éviter une pousse continue des dents, le lapin les use et les affûte en les frottant les unes contre les autres par des mouvements fréquents des mâchoires (Kpodékon et al., 2007).

Concernant l’estomac, il s’agit d’un compartiment assez volumineux qui représente près de 40 % du volume total du système digestif (Figure 3). Il fait suite à l’intestin grêle, long d’environ 3 m pour un diamètre de 0,8 à 1 cm. Son contenu est relativement assez faible. Il débouche à la base du caecum.

Le volume du caecum représente environ 49% de la capacité du tube digestif (Portsmouth, 1997) et 90% de l'ensemble intestin grêle-cæcum-côlon (Kimse, 2009). Lieu de passage et de séjour obligé pour les aliments, le caecum héberge une microflore très dense, composée essentiellement de bactéries (cellulolitiques ; amylolitiques, xylanolitiques…) (Figure 4) et de

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levures. Contrairement au rumen, la biocénose caecale du lapin ne contient ni protozoaires ni champignons (Bennegadi et al., 2003) exceptés chez l’animal atteint de coccidiose (Lelkes et Chang, 1987). La composition de cet écosystème caecal varie énormément suivant l’âge des animaux.

Figure 2: Dentition du lapin (Gidenne, 2010)

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Figure 3: Schéma et caractéristiques des principaux éléments du système digestif du lapin (Kpodékon et al., 2007)

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Figure 4: Cinétique d'implantation de quelques populations bactériennes dans le caecum du lapin en fonction de l'âge (Gidenne et al., 2007)

1.2.3. Digestion chez le lapin

La digestion chez le lapin est un processus complexe qui se compose de deux grandes étapes (Lebas et al., 1991) dominées par la cæcotrophie (Gallouin, 1989). Il s’agit de la digestion classique permettant d’obtenir pour l’organisme, des nutriments qui sont assimilés par le sang à travers les parois du tube digestif de l’animal. Enfin, la digestion fermentaire où les microbes hôtes du caecum agissent sur les résidus issus de la digestion classique.

1.2.3.1. Digestion classique

Les particules alimentaires arrivent rapidement dans l’estomac après mastication et insalivation. Elles y séjournent trois à six heures et y subissent peu de transformation sous l’action protéolytique de la pepsine. Ensuite, le bol alimentaire est expulsé par de petites salives dans l’intestin grêle.

Le bol alimentaire passe environ deux heures et demie dans l’intestin grêle où il est soumis à l’action des enzymes intestinales, pancréatiques et de la bile. Les particules non dégradées entrent dans le caecum, siège de la digestion microbienne ou fermentaire.

1.2.3.2. Digestion microbienne ou fermentaire

Une fois dans le caecum, les particules non dégradées y séjournent de deux à douze heures de temps. Pendant ce temps, elles subissent l’attaque des bactéries qui synthétisent la vitamine B et dégradent les fibres. Ainsi, la dégradation des nutriments par la flore (Figure 5) aboutit à la

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production de divers composés, dont les principaux sont les acides gras volatils (AGV), l'ammoniaque, et des gaz (CO2, CH4, H2). Les acides gras volatils sont absorbés en quasi- totalité par la paroi caecale, et peuvent couvrir 30 à 50 % des besoins énergétique d'entretien du lapin adulte (Gidenne et al., 2007).

Ensuite, le contenu caecal constitué approximativement pour moitié de particules alimentaires non dégradées et pour moitié de corps bactériens est évacué vers le côlon.

Figure 5: Métabolisme caecal des principaux nutriments et formation des produits terminaux de fermentation bactérienne (Gidenne, 2007)

Ψ: substrats primaires non digérés dans l'intestin grêle, et disponibles pour les microorganismes (1): digesta = nutriments d'origine alimentaire (amidon, fibres, etc.);

endogène = polysaccharides du mucus, cellules épithéliale desquamées, protéines enzymatiques, etc. H = hydrolyse de polymère

hyd.: Hydrogénation des acides gras à chaines longues (AGCL)

AGV = acides gras volatils (C₂= acetate; C₃=propionate; C₄=butyrate), NH3 =ammoniaque 1.2.3.3. Digestion après le caecum

A l’entrée du côlon, ce compartiment est capable de deux types d’activités différentes selon le moment de la journée sur le contenu caecal reçu.

Dans le courant de la matinée, le contenu caecal subit peu de transformation. Ceci aboutit à la formation des crottes molles ou caecotrophes, en forme de grappes de 5 à 10 petites boules,

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enrobées de mucus, qui sont happées par le lapin directement à leur sortie de l'anus (Kpodékon et al., 2007).

Si le contenu caecal s’engage dans le côlon à un autre moment de la journée, son sort est différent et il est fractionné en grande partie refoulée vers le caecum. La fraction renfermant surtout les grosses particules sont acheminées vers le côlon et le rectum, où elles forment les crottes dures riches en glucides pariétaux. Elles sont élaborées la nuit, entre 18 et 7 heures et non ingérées.

Toutefois, la composition des crottes molles est différente de celle des crottes dures. Les caecotrophes sont riches en eau et matières azotées totales, mais plus pauvres en cellulose brute que les crottes dures comme le résume le tableau IV.

Tableau IV: Composition moyenne des fèces normales et des caecotrophes (Gidenne et Lebas, 2006)

Composition Crottes dures Caecotrophes

Matière seche (%) 58,3 27,1

Protéines (% MS) 13,1 29,5

Cellulose brute(%MS) 37,8 22

Lipides (% MS) 2,6 2,4

Minéraux (% MS) 8,9 10,8

Vitamine B2 (mg/kg) 40 140

Vitamine B12 (mg/kg) 0,1 3

1.2.4. Composition du système digestif du lapin

Le tube digestif des animaux et en particulier celui des mammifères, constitue un habitat très favorable au développement des microorganismes. En effet, la vitesse de transit est lente, le pH du milieu est acide à neutre associé à une humidité importante et une température stable et élevée. Le microbiote est abondant et est constitué d'environ 100 à 1000 milliards de microorganismes par gramme de digesta. Sa diversité et sa complexité sont très élevées puisque environ un millier d’espèces différentes le constituent.

Chez le lapin, un microbiote abondant (10 ¹¹ à 10 ¹² bactéries/g) est présent dans l'ensemble caecum-côlon, les caecotrophes et les fèces; il a également été étudié au niveau de l'iléon où son abondance est moindre (10 ⁶ à 10 ⁸ bactéries/g). La population bactérienne est largement majoritaire et estimée à 10 ¹⁰-10 ¹² bactéries par gramme de contenu tandis que la population archée est estimée à 10⁷ par g de contenu (Combes et al., 2011). En ce qui concerne le

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domaine des eucaryotes, l’écosystème semble dépourvu de champignons anaérobie (Bennegadi et al., 2003) et de levures malgré que la présence de levures "commensales" ait été observée dans le caecum (Forsythe et Parker, 1985). Les protozoaires sont absents de l’écosystème caecal (Bennegadi et al., 2003) excepté chez l’animal atteint de coccidiose (Lelkes et Chang, 1987).

1.2.5. Composition taxonomique

La diversité taxonomique de l’écosystème digestif du lapin a d’abord été étudiée par des techniques de culture. Ces études basées sur l’aspect fonctionnel des microorganismes et leur capacité à se développer sur des substrats définis ont permis de montrer que le lapin adulte héberge 10 ⁷ et 10 ⁶ bactéries cellulolytiques par gramme de contenu caecal et de fèces respectivement. Les populations de bactéries xylanolytiques et pectinolytiques s’établissent quant à elles entre 10 ⁹ et 10¹⁰ bactéries par g dans le côlon et le caecum. Les espèces cultivables les plus fréquemment identifiées sont Eubacterium cellulosolvens pour les bactéries cellulolytiques et Bacteroides ruminicola pour les bactéries pectinolytiques et xylanolytiques (Boulahrouf et al., 1991). Par ailleurs, la fraction cultivable du microbiote digestif du lapin adulte sain se caractérise par l’absence ou la faible densité de Lactobacillus, Streptococcus et de Escherichia coli (Padilha et al., 1996). Cependant, la période de sevrage est marquée par l’augmentation sensible de Escherichia coli et des streptocoques qui progressent ensuite rapidement avec apparition des entérobactéries et la microflore du lapin adulte se caractérise par la dominance d’espèces anaérobies strictes, particulièrement de bacilles gram négatifs genre bactéroides que l’on retrouve à tous les niveaux du tube digestif.

En bref, Suau et al. (1999) montrent que, ces techniques culturales ne permettent que l’étude de 10 à 20 % de la population existante du système digestif. Ainsi, depuis une dizaine d'années, plusieurs techniques de microbiologie moléculaire ont permis une avancée considérable dans la connaissance de la diversité microbienne spécifique des écosystèmes digestifs. A cet effet, on distingue cinq grands types de méthodes : la réalisation d’inventaire moléculaire, les empreintes moléculaires, la quantification par PCR en temps réel, le séquençage en profondeur de l’ADNr 16S et depuis très récemment le séquençage en masse de tout l’ADN microbien du contenu digestif (séquençage du métagénome). Pourtant, chez le lapin, la connaissance de ces microorganismes est encore parcellaire, car force est de reconnaître que la diversité fonctionnelle ou spécifique du microbiote cible recherché n’est pas encore connue.

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1.2.6. Intérêt de contrôler le fonctionnement de l’écosystème caecal

Le microbiote digestif joue de multiples rôles physiologiques: capacité fermentaire, rôle de barrière contre les agents infectieux, pouvoir immunorégulateur, effets sur la motricité, la vascularisation et la trophicité intestinales. La maîtrise du microbiote pourrait donc permettre d’améliorer l’efficacité digestive ou le statut immunitaire et donc la santé digestive.

L’amélioration de l’efficacité digestive au travers d’une optimisation de la composition du microbiote aurait un impact direct sur le coût alimentaire, et permettrait aussi d’augmenter l’utilisation de matières premières « fibreuses » non concurrentielles avec l’alimentation de l’homme. De même, l’amélioration de l’efficacité digestive réduirait les rejets dans l’environnement. Notons que chez le lapin, la maîtrise du microbiote pourrait permettre de limiter les troubles digestifs post-sevrages, d'une part via son effet barrière et d'autre part via son rôle immuno-stimulateur. Le recours à l’antibiothérapie serait ainsi plus limité, ce qui est un enjeu majeur pour les productions animales.

1.2.7. Rôle de microbiote dans la stimulation de l’immunité intestinale

Le système immunitaire intestinal du lapin est essentiellement situé dans l’intestin grêle et le côlon comme chez la plupart des mammifères, avec cependant deux structures particulières supplémentaires le sacculus rotondus, situé à la jonction iléo-caecale et l’appendice vermiforme, situé à l’extrémité du caecum. Certaines espèces bactériennes à Gram négatif, E coli et Bacteroides, semblent jouer un rôle important dans cette stimulation puisque leur seule présence dans le tube digestif est capable de provoquer une stimulation égale à la moitié de celle mesurée avec un microbiote intestinale complexe. En effet, les polysaccharides de la paroi de ces bactéries jouent un rôle important dans l’activation du système immunitaire (Mazmanian et al., 2005). Chez le lapin, la diversification du répertoire primaire des anticorps se poursuit après la naissance et est sous la dépendance des stimulations bactériennes. Cette diversification commence avant la naissance et s'achève vers l'âge de 10-12 semaines. Ainsi jusqu'à 2 à 3 semaines d'âge, les lapereaux ne disposent que d'un répertoire peu diversifié, dit néonatal. La mise en place du répertoire primaire des anticorps a lieu entre 4 et 8 semaines d’âge par des processus de recombinaison de nucléotides, de conversion génique et d'hypermutation somatique dans le GALT (Gut Associated Lymphoid Tissue) et plus particulièrement dans l’appendice vermiforme (Mage et al., 2006). Le microbiote est indispensable à la production et à la diversification de ce premier répertoire d’anticorps

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(Lanning et al., 2000) nécessaire à l'animal pour lutter efficacement contre les divers pathogènes auxquels il est soumis.

1.3. Troubles digestifs du lapin en engraissement

Les taux de mortalités affectant les lapereaux avant et après le sevrage sont importants en élevage cunicole. Les maladies du système digestif sont responsables de la plupart de ces pertes. Marlier et al., (2003), ont évalué ces pathologies digestives observées chez les animaux à l'engraissement à 49 % des causes de mortalité avant l'âge de 14 semaines versus 10 % pour les animaux de plus de 14 semaines. On peut estimer que la diarrhée, symptôme le plus constant de la pathologie intestinale, se manifeste dans plus de 95% des cas d’entérite, essentiellement pendant les deux ou trois semaines qui suivent le sevrage (Licois, 2010).

Selon une étude réalisée par Farougou et al., (2007), sur 75 lapins de tout âge, 50% des bactéries identifiées sont des Escherichia coli contre 8% de Clostridium spp alors que les Enterobacter et Shigella dysenteriae suivent respectivement dans l’ordre de 7% et 5% sans perdre de vu d’autres bactéries à incidence faible pour les lapins en croissance. De plus, des travaux de Montcho (2012), montrent une prévalence de 82,05% des infections à Escherichia coli chez lapereaux sevrés contre 17,94% pour les animaux sous-mères. Il en ressort donc un problème de recrudescence des infections à Escherichia coli dans les fermes cunicoles du Bénin. Cependant, les étiologies de ces affections restent encore parfois difficiles à établir car les signes cliniques ne sont pas pathognomoniques. Ainsi, les éleveurs n’enregistrent que de manque à gagner suite à une augmentation des frais vétérinaires et de médicaments avec comme corolaire une baisse des revenus des éleveurs.

Ces affections du système digestif peuvent être d'origine non biologique (alimentation, stress,…) ou d'origine biologique (virus, bactéries, parasites). Un rappel sommaire sera présenté par rapport à chacune de ces maladies digestives du lapin rencontrées dans les élevages cunicoles.

1.3.1. Maladies d’origine non biologique

Ces maladies sont de nos jours très fréquentes dans les exploitations cunicoles, créant ainsi, beaucoup de dégâts qui engendrent d’énormes pertes économiques. Elles peuvent subvenir suite à des troubles psychiques, de manque d’hygiène et ou d’un dérèglement alimentaire.

1.3.1.1. Causes psychiques (Kpodékon et al., 2007)

Le surpeuplement, le changement de personne soignante, les rats, les chiens, les enfants, les bruits violent, causent une décharge d'adrénaline qui bloque le péristaltisme intestinal, en

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particulier au niveau de l'évacuation du cæcum. Cela entraîne le développement d'une flore anormale, surtout colibacillaire, ces bactéries étant déjà présentes dans le tube digestif mais à faible concentration.

1.3.1.2. Causes alimentaires

Les conditions d’hygiène et d’entretien des animaux jouent un rôle primordial. En effet, des conditions défectueuses telles que les déséquilibres alimentaires, un abreuvement insuffisant ou une litière sale et humide, favorisent dans une très large mesure l’émergence de maladies.

Par rapport à l’alimentation, ce volet fait appel à de nombreuses matières premières dont le non respect du taux d’incorporation de l’un ou de l’autre favorise l’émergence de maladies surtout digestives. Ainsi, une alimentation trop riche en protéines ou en fibres digestibles, favorise la multiplication de C. spiroforme (Licois, 2010). Aussi, Bennegadi et al, (2003) ont par exemple observé que diminuer la quantité de fibres d’une ration d’engraissement en la faisant passer de 19 % à 9 % augmentait très sensiblement le risque de développer des entérites. Notons aussi que, la part des NDSF (Neutral Detergent Soluble Fibres) bien qu’il soit faible dans l’alimentation des lapins, une réduction de celles-ci a un effet défavorable sur la santé digestive. Mais encore, la présence de contaminants dans les aliments destinés aux lapins, qu’ils soient d’origine fongique comme les mycotoxines ou chimique comme les ionophores peuvent causer ou favoriser des troubles digestifs (Anouk, 2010).

Ces mycotoxines provoquent des arrêts de consommation et des diarrhées. Le risque de production de mycotoxines est particulièrement important lorsque les matières premières ou l'aliment préparé ne sont pas stockés dans un milieu bien sec et aéré (Kpodékon et al., 2007).

En conclusion, la prévention des troubles digestifs repose sur des règles d'hygiène habituelles, sur une alimentation adaptée et sur une prophylaxie raisonnée.

1.3.2. Pathologies d’origine biologique

Elles regroupent toutes maladies parasitaires, virales ou bactériennes susceptibles d’être à l’origine des problèmes d’ordres digestifs chez les lapins. Certaines de ces maladies seront abordées brièvement.

1.3.2.1. Troubles digestifs d’origine parasitaire Ici, ne seront abordés que la coccidiose suivie de l’oxyurose :

 Coccidiose

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La coccidiose du lapin est une maladie causée par des protozoaires parasites du foie et de l'intestin: les coccidies. C’est pour les éleveurs, l'affection la plus redoutable, car elle est très fréquente, souvent mortelle et surtout pour les jeunes. Les coccidies, responsables de cette parasitose sont du genre Eimeria et peuvent induire de lourdes pertes en élevage, notamment celles intestinales. Elles ont un développement intracellulaire et constituent une étiologie importante des troubles et des complications d'origine intestinale. Elles sont monoxènes et ont une spécificité très poussée vis-à-vis de l'espèce animale qu'elles parasitent (Licois, 2010). Il existe chez le lapin, plusieurs espèces de coccidies (11 espèces de Emeria) dont une seule affecte le foie. Les 10 autres parasitent l'intestin (Kpodékon et al., 2007). Pour ces dernières, elles sont classées en quatre catégories: les apathogènes (E. coecicola), les légèrement pathogènes (E. perforans, E. vedjovskyi et E.exigua), les pathogènes (E.irresidua, E. magna, E. media et E. piriformis) et les hautement pathogènes (E. flavescens et E. intestinalis) (Lebas et al., 1996). Chaque espèce a un tropisme particulier pour une zone de l’intestin (Marlier et al., 2003). Les signes de coccidioses sont essentiellement des diarrhées tandis que les lésions présentent un aspect segmenté au niveau des anses intestinales avec une congestion et de l’œdème de la paroi (Licois et Marlier, 2008). Par rapport à la seule espèce hépatique, E.

stiedae, on note comme lésions, la présence de nombreux nodules jaunâtres de formes et tailles irrégulières (Kpodékon et al., 2007). Cependant, un foie qui renferme des nodules ne peut être vendu et cause surtout des pertes économiques lors de saisies des foies infectés à l’abattoir (Lebas et al., 1996).

 Oxyurose

L’oxyuridose du lapin est due à Passalurus ambiguus, de très petits vers dont la forme adulte est présente dans le gros intestin (cæcum, côlon) du lapin, jusqu'à l'anus. P. ambiguus est un parasite spécifique des lagomorphes. Son infestation se fait par ingestion des œufs puis, une fois libérées dans l’estomac, les larves migrent vers le caecum et le côlon pour donner les stades adultes. Les femelles se laissent alors entraîner vers l’entrée de l’anus où elles pondent leurs œufs. L’animal peut ensuite se recontaminer par la caecotrophie (Harkness et Wagner, 1995).

Elle se manifeste surtout par un prurit ou même des surinfections de la région anale qui retentissent sur l’état général de l’animal. En cas d’infestation massive les lapins peuvent, en plus du prurit, présenter de la diarrhée, une parésie caecale et une perte de poids progressive (Boucher et Nouaille, 2002). C'est une cause importante de "nervosité

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ambiante", tant chez les reproducteurs que chez les lapins en engraissement, provoquée en particulier par les démangeaisons au niveau de l'anus.

1.3.3. Troubles digestifs d’origine virale

Chez le lapin, parmi les maladies virales de l'appareil digestif qui se traduisent presque toujours par de la diarrhée, nous pouvons citer entre autres :les rotavirus et les coronavirus.

1.3.3.1. Rotavirus

Les rotavirus sont considérés comme la principale cause de gastroentérites virales chez de nombreux animaux, dont le lapin. Le rotavirus du lapin (LRV) est considéré comme peu pathogène, mais il peut être à l’origine de maladies digestives en post-sevrage dans cette espèce. De plus, il peut être impliqué dans des entérites plus sévères, en association avec d’autres virus, bactéries (colibacilles, clostridies…) ou parasites.

Les lapins se contaminent par voie oro-fécale puis excrètent le virus dans leur fèces. La gravité de la maladie est dose dépendante, c'est-à-dire que les conséquences de l’infection (dégénérescence des microvillosités, malabsorption et diarrhée) sont d’autant plus importantes que la dose infectieuse est élevée (Lavazza et al., 2008).

A l’autopsie, les lésions macroscopiques observées sont inconstantes: on peut notamment avoir une impaction caecale ou une entérotyphlite catarrhale, hémorragique ou nécrotique (Lavazza et al., 2008). Cependant, lorsqu’un animal est guéri, il est protégé à vie contre les réinfections (Krogstad et al., 2005).

1.3.3.2. Coronavirus

Il s’agit d’un virus dont le rôle n’a pas encore été déterminé et pour le moment il n’est pas considéré comme très pathogène chez le lapin. Par ailleurs, en cas d’infection à coronavirus, deux types de manifestations cliniques sont observés chez le lapin: des entérites ou des cardiomyopathies accompagnées d’épanchement pleural. Par rapport aux entérites, les signes cliniques sont non spécifiques et comprennent une diarrhée aqueuse, une distension abdominale, de la dysorexie et de l’apathie. Les animaux les plus touchés ont entre 3 et 10 semaines d’âge. Cependant, une grande partie des animaux peut ne présenter aucun symptôme tout en excrétant des particules virales (Anouk, 2010). Krogstad et al. (2005) ont noté à l’autopsie chez des lapins infectés expérimentalement, un intestin grêle congestionné et un contenu caecal plus liquide dès 6 h après l’inoculation.

En somme, le rôle des virus dans les gastroentérites des lapins est encore un sujet à discussion car il n’a pour le moment été démontré que dans le cas des rotavirus. D’autre part on les

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retrouve le plus souvent en association avec d’autres pathogènes reconnus et notamment des bactéries comme les colibacilles ou les clostridies.

1.3.4. Maladie d’étiologie indéterminée

Il y a aussi d’autres maladies pour lesquelles les lapins d’élevages payent un lourd tribut. Malheureusement, il s’agit des maladies dont la cause reste non connue jusqu’à ce jour. Mais force est de constater qu’à leur apparition, elles se manifestent aussi bien par la diarrhée comme le cas des troubles digestives à étiologie connue. Il s’agit de :

1.3.4.1. Entéropathie épizootique du lapin ou EEL

En règle générale, cette pathologie atteint les animaux en engraissement entre l'âge de 6 et de 14 semaines mais, des cas sporadiques peuvent également être observés chez des animaux plus âgés. A ce jour, le ou les agents responsables de l'EEL n'ont pas encore été clairement identifiés (Marlier et al., 2003). Il semblerait qu’elle provienne d’une bactérie anaérobie aéro- tolérante encore inconnue, non cultivable sur les milieux nutritifs connus et produisant une toxine à diffusion et action rapide, soluble et thermosensible, probablement protéique et non encore identifiée (Licois, 2007). Ce qui caractérise l'EEL et a conduit à son classement en un syndrome spécifique est l'apparition brutale dans des élevages généralement exempts de troubles digestifs, de diarrhée aqueuse de très faible intensité associée paradoxalement à un taux de mortalité exceptionnellement élevé (30 à 80 %) ainsi que des ballonnements abdominaux considérables liés à la dilatation de tous les segments intestinaux, y compris l'estomac, avec présence d’un contenu intestinal très liquide et parfois gazeux sans évidence de lésion d'entérite aiguë ou chronique, ni d'hémorragies intestinales (Barral et al., 2000). Le déséquilibre intestinal induit par l’EEL favoriserait l’implantation de Cl. Perfringens et de E.

coli (Marlier et al., 2003), ce qui expliquerait les taux de mortalité importants.

1.3.4.2. Entéropathie mucoïde (EM)

L’entéropathie mucoïde est une cause importante de diarrhée chez les jeunes lapins (Whitwell et Needham, 1996). Ainsi, elle se manifeste chez les lapereaux de 4 à 14 semaines d’âges et demeure une maladie à étiologie incertaine. La cause est probablement une perturbation de la flore caecale, qui provient d’une acidification du contenu caecal. Pour Anouk (2010), l’EM serait favorisée en particulier par des rations pauvres en fibres et à haute densité énergétique.

De même, la présence de composants toxiques dans l’alimentation des animaux malades a également été suspectée sans être mise en évidence. Cette pathologie digestive se caractérise par l’apparition d’une diarrhée muqueuse de couleur jaune clair à brun foncé. Les animaux

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délaissent leur nourriture et peuvent continuer à s’abreuver. Leur abdomen est distendu, douloureux. La température rectale est légèrement abaissée. La palpation de l’abdomen permet de localiser sur le côté droit la masse cæcale dure. A l’autopsie, on remarque surtout l’épaisse couche de mucus qui recouvre la paroi intestinale, en particulier le côlon.

1.3.5. Troubles digestifs d’origine bactérienne

Les maladies à étiologie bactérienne chez les lagomorphes sont plus ou moins considérables en termes de nombre. Mais seules les plus essentielles qui prêtent confusion avec la colibacillose seront décrites. Au nombre de celles-ci nous avons :

1.3.5.1. Maladie de Tyzzer

Clostridium piliforme est l’agent causal de la maladie de Tyzzer qui est décrite chez le lapin et de nombreuses espèces comme par exemple le poulain, l’agneau (Scholes et Edwards, 2009) ou les rongeurs (Franklin et Riley, 1998) mais également le panda roux ou les tamarins (Sasseville et al., 2007). En cuniculture, les épisodes de tyzzer sont rares mais peuvent être économiquement préoccupants (Le Normand et al., 2005; Licois et Marlier, 2008). Deux formes de la maladie sont décrites: chronique et aiguë. La forme chronique se traduit par des pertes de poids et un mauvais état général tandis que la forme aiguë se traduit par des diarrhées (principalement lors du sevrage), une typhlite aiguë pseudomembraneuse avec un œdème de la paroi ainsi que par des foyers nécrotiques dans le foie et parfois dans le myocarde (Marlier et al., 2003).

Elle a rarement été signalée en élevage industriel mais quand elle se manifeste cela peut être économiquement préoccupant pour l'éleveur (Le Normand et al. 2005). Elle est due à une bactérie mobile à Gram négatif, pléomorphe, décelable à l'hématoxyline-éosine et visualisée par le Giemsa. Il existe une forme filamenteuse typique qui correspond à la forme de multiplication de cette bactérie et des bâtonnets épais et courts, moins nombreux que la forme filamenteuse (Licois et Marlier, 2008). Deux formes de maladie de tyzzer (infection par Clostridium piliforme) peuvent être observées chez le lapin. La forme chronique se traduit par des pertes de poids associées à de très mauvais états généraux. Dans la forme aiguë, des diarrhées sont observées chez des animaux de tous âges mais principalement lors du sevrage.

Les lésions macroscopiques intestinales sont celles d'une entérite hémorragique nécrosante affectant surtout la partie postérieure de l'intestin (iléon, caecum, côlon). Le caecum souvent rouge, est le plus affecté, il est le siège d'un œdème très prononcé au niveau de la séreuse et de la sous-muqueuse. De plus, la présence de foyers nécrotiques punctiformes disséminés