PLACE DES ROTAVIRUS DANS LES DIARRHEES INFANTILES A ABOMEY-CALAVI AU BENIN

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Présenté par Djèlilath OGUEBOULE Page1 REPUBLIQUE DU BENIN

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MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

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UNIVERSITE D’ABOMEY CALAVI

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY CALAVI

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DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

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OPTION ANALYSES BIOMEDICALES

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RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION POUR L’OBTENTION DU DIPLOME DE LICENCE PROFESSIONNELLE

Présenté et soutenu par :

Djèlilath OGUEBOULE

Ce 29 décembre 2016 à 11h devant le jury composé de :

Président : Pr BANKOLE S. Honoré, Enseignant à l’EPAC /UAC Membre : Dr DOUGNON Victorien, Enseignant à l’EPAC /UAC Dr ATCHADE S. Pascal, Enseignant à l’EPAC /UAC

Sous la direction de :

Tuteur : Superviseur :

Mr Michel AGBLA Pr Honoré BANKOLE Master en Biologie Cellulaire et Microbiologiste

Immunologie Maitre de Conférences des Universités Laboratoire National de Santé EPAC/ UAC

Année Académique 2015-2016 9^ème promotion

PLACE DES ROTAVIRUS DANS LES DIARRHEES INFANTILES A ABOMEY-CALAVI AU BENIN

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Présenté par Djèlilath OGUEBOULE Page2

REPUBLIQUE DU BENIN

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MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI -

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DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

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DIRECTEUR : Professeur Mohamed M. SOUMANOU

DIRECTEUR-ADJOINT : Professeur Clément AHOUANNOU

CHEF DE DEPARTEMENT : Docteur Pascal S. ATCHADE

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RESUME

Dans les pays sous-développés, la diarrhée représente une cause majeure de mortalité et de morbidité chez les enfants âgés de 0 à 5ans. Une forte proportion de cette diarrhée est due au virus dont principalement le rotavirus. Dans le but de contribuer au diagnostic des diarrhées infantiles à rotavirus à l’hôpital d’Abomey-Calavi au sud du Bénin, 56 échantillons de selles d’enfants âgés de 0 à 5ans, ont été recueillis de Septembre à Décembre 2015.

La technique ELISA a été utilisée pour rechercher les rotavirus dans les échantillons des selles.

Le taux de positivité de la diarrhée due au rotavirus a été évalué à 39,29%. Les enfants de la tranche d’âges de 0 à 6 mois ont été les plus atteints (46, 43%), suivis de ceux de 7 à 12 mois (21,43%).

Mots clés : Diarrhée, rotavirus, Abomey-Calavi, Bénin.

ABSTRAT

In developing countries, diarrhea represents the second cause of mortality and morbidity within children under five years old. A high proportion of this diarrhea is due to viruses which mainly rotavirus. In order to contribute to the diagnosis of rotavirus diarrhea in childhood at Abomey-Calavi hospital, located in the southern of Benin, 56 stool samples were collected from under five years old children, from September to December 2015.

ELISA test was performed to select positive samples.

The positive rate of diarrhea due to rotavirus was estimated to 39.29%. Children between the ages of 0 to 6 months were the most affected (46.43%), followed by those of7 to 12 months (21.43%).

Key words: Diarrhea, rotavirus,

Abomey-Calavi, Benin

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ENSEIGNANTS PERMANENTS N° NOM ET

PRENOMS

MATIERES ENSEIGNEES

1

AHOYO Théodora Angèle

Microbiologie générale Microbiologie médicale

2 AKPOVI D.

Casimir

Physiologie humaine Biochimie

3 ANAGO Eugénie Biochimie structurale Biochimie métabolique Biologie moléculaire

4 ATCHADE Pascal Parasitologie générale Parasitologie médicale 5 BANKOLE Honoré Bactériologie Appliquée

6 DOUGNON Victorien

Microbiologie générale Microbiologie médicale Bactériologie appliquée (Travaux Pratiques) Méthodologie de la recherche

7 LOKOSSOU Gatien Immunologie/ Immunologie Pathologie 8 LOZES Evelyne Immunologie générale

9 SEGBO A. G. Julien Biochimie métabolique Biologie Moléculaire

LISTE DES ENSEIGNANTS PERMANENTS ET

VACATAIRES

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ENSEIGNANTS VACATAIRES

N° NOM ET PRENOMS MATIERES ENSEIGNEES

01 ABLEY Sylvestre Déontologie Médicale

02 ADISSODA Cyrille Anglais

03 AKOWANOU Christian Physique

04 AGBANGLA Clément Génétique Moléculaire

05 AGOSSOU Gilles Législation et Droit du Travail 06 AKOGBETO Martin Entomologie Médicale

07 ALITONOU Guy Chimie Organique

08 ANAGONOU Sylvère Education Physique et Sportive 09 AVLESSI Félicien Chimie Générale

10 KOFFI Aristide Anglais

11 BINAZON Claude César Soins Infirmiers et Phlébotomie

12 DARBOUX Raphaël Histologie

13 DESSOUASSI Noël Biophysique

14 DOSSEVI Lordson Techniques Instrumentales

15 DOSSOU Cyriaque TEMC

16 FOURN Léonard Santé Publique

17 HOUNNON Hyppolite Mathématiques

18 HOUNSOSSOU Hubert Biométrie et Anatomie Générale 19 LOKO S. Frédéric Biochimie clinique

20 MASLOKONON Vincent Histologie Générale

21 SENOU Maximin Histologie

22 SECLONDE Hospice Immunohématologie

et Transfusion Sanguine 23 TOPANOU Adolphe Hématologie Générale 24 YANDJOU Gabriel Techniques d’Expression et

Méthodologie de Communication 25 YOVO K. S. Paulin Physiologie Humaine

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DEDICACE

A tous ces scientifiques qui œuvrent pour le bien-être de la population mondiale

(7)

REMERCIEMENTS

 A DIEU le Très Haut et Puissant

Je te rends grâce de ce que tu m’as toujours assistée, conduite, guidée et protégée.

Que toute la Gloire de ce monde te soit rendue. Amen.

 Au Professeur Honoré BANKOLE

Malgré vos multiples occupations, vous avez accepté assurer la supervision de ce travail. La perspicacité de vos remarques et suggestions, votre esprit de synthèse a été précieux dans l’élaboration de ce travail.

 A mon oncle Professeur Mohamed Mansourou SOUMANOU

Votre rigueur scientifique, vos conseils, et votre disponibilité ont été une profonde source d’inspiration et d’un grand concours pour ce travail. Recevez ici toute ma gratitude.

 A ma Mère

Brave et vaillante femme, tu n’as jamais reculé devant n’importe quelle difficulté, du moment où il s’agit de notre éducation ou de notre bien-être. Merci de me soutenir, de croire en moi et surtout d’être pour moi une intarissable source de motivations. Puisse Dieu te garder ! Amen.

 A mon feu Père

Pour moi et mes frères et sœurs, tu es pour nous un Papa inoubliable et toujours présent parmi nous. Alors assiste-nous encore et encore ! Nous t’aimons et nous t’aimerons toujours.

 A mes frères et sœurs

Pour la convivialité et l’entente qui règnent entre nous. Sincère merci pour vos conseils et soutiens. Que Dieu nous unisse davantage.

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HOMMAGES

 Au Président de Jury

En acceptant de présider le jury de soutenance de rapport de fin de formation, vous nous faites un grand honneur.

Cher Président de Jury, de par vos observations, nous espérons améliorer ce travail.

Nous vous prions de croire en l’expression de notre profond respect et de notre vive gratitude.

 Aux Membres de Jury

Nous sommes très heureuses de vous avoir dans notre jury. Vos critiques et suggestions sont vivement attendues pour l’amélioration de ce travail.

Hommages respectueux.

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LISTE DES SIGNES ET ABREVIATION

OMS : Organisation Mondiale de la Santé ELISA : Enzyme Linked Immunosorbent Assay PEV : Programme Elargie de Vaccination VP : protéine virale

ARN : Acide Ribonucléique NSP : Non Structural Protein

RT-PCR : Reverse Transcription- Polymerase Chain Reaction VIH/SIDA : Virus de l’Immunodéficience Humaine/Syndrome de

l’Immunodéficience Acquise.

WHO : World Health Organisation

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LISTE DES TABLEAUX

N°TABLEAU TITRES PAGES

Tableau I : Répartition de la population d’étude selon l’âge et le sexe.

33 Tableau II : Répartition de la population d’étude chez les

enfants hospitalisés.

34 Tableau III : Répartition de la population d’étude chez les

enfants déshydratés.

35 Tableau IV : Répartition de la population d’étude en fonction de

la présence de fièvre.

36 Tableau V : Répartition de la population d’étude en fonction de

la présence de vomissement.

37 Tableau VI : Répartition de la population en fonction de la

diarrhée à rotavirus et le sexe.

39 Tableau VII : Répartition de la population en fonction de la

diarrhée à rotavirus chez les enfants hospitalisés.

41 Tableau VIII: Répartition de la population en fonction de la

diarrhée à rotavirus chez les enfants déshydratés.

42 Tableau IX : Répartition des enfants en fonction de la présence

de vomissement

43 Tableau X : Répartition des enfants en fonction de la présence

de fièvre.

44 Tableau XI : Répartition des enfants en fonction l’état de

déshydratation associé au vomissement.

45 Tableau XII : Répartition des enfants en fonction de l’état de

déshydratation associée à la fièvre.

46 Tableau XIII : Répartition des enfants en fonction de la présence de 47 vomissement associé à la fièvre.

Tableau XIV : Répartition des enfants en fonction de l’état de déshydratation associé au vomissement et à la fièvre. 4

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LISTE DES FIGURES

N°

FIGURES

TITRES PAGES

Figure 1 : Structure moléculaire des rotavirus (Greenberg et al.,

2009) 18

Figure 2 : Organigramme du laboratoire national de santé

25 Figure 3: Prévalence de l’infection à rotavirus au sein de la

population d’étude. 38

Figure 4 :

Répartition de la diarrhée à rotavirus dans la

population d’étude 40

(12)

SOMMAIRE

Introduction (Page 13)

Chapitre 1 : Revue de littérature (Page 16) 1- Rotavirus

2- Diarrhée à rotavirus 3- Prévention et traitement

Chapitre 2 : Matériel et méthodes (Page 23) 1- Cadre

2- Matériel 3- Méthodes

Chapitre 3 : Résultats et commentaire (Page 32) 1- Résultats

2-Commentaire

Conclusion et Suggestions (Page 48)

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INTRODUCTION

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La diarrhée est l’une des maladies infantiles les plus meurtrières en Afrique (Liu et al., 2012). Elle est majoritairement causée par les agents microbiens d’origine bactérienne, parasitaire et virale (Liu et al., 2015). Les virus principalement les rotavirus prédominent avec plus de 80% des cas (Tate et al., 2012 ; WHO, 2008). Les rotavirus entrainent très rapidement chez l’enfant un état de déshydratation qui, en l’absence d’une prise en charge adaptée peut mettre en jeu le pronostic vital (Pothier et al., 2007).

En Afrique, plusieurs facteurs concourent à la fréquence et à la gravité des diarrhées. Nous pouvons citer les difficultés d’accès à l’eau potable, la malnutrition, les co-infections avec les maladies à potentiel épidémique et l'infection au VIH-Sida (Pothier et Agnello, 2012 ; OMS, 2013). Les interventions faisant preuve de capacité de produire un résultat dans le traitement des gastro- entérites virales sont tant curatives que préventives. Elles sont surtout basées sur l’administration des solutés à osmolarité réduite, la supplémentation en zinc, la promotion de l'allaitement maternel, l’antibiothérapie, la vaccination… (Pothier Agnello, 2012).

Dans le monde, le rotavirus, principale cause de diarrhée sévère chez les enfants, entraine chaque année plus de 450 000 décès d’enfants de moins de 5ans. Il est approximativement responsable de 11 millions d’épisodes de diarrhées enregistrées dues aux rotavirus, 25 millions de consultations et 2 millions d’hospitalisations chez les enfants de moins de cinq ans à travers le monde (Enyonam et al., 2014 ; Parashar et al., 2006).

En Afrique, le rotavirus tue chaque année 232000 enfants de moins de 5 ans soit plus de 50% du total mondial des décès (Tate et al ,2012).La diarrhée à rotavirus est responsable d’environ 12% des décès d’enfants de moins de 5 ans dans la région africaine de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS Afro, 2010 ; Liuet al., 2012).

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La grande majorité des pays ayant les taux les plus élevés de mortalité infantile se situent en Afrique sub-saharienne avec plus 300 décès sur 100 000 décès (WHO, 2014 ; Tate et al.,2012).

Au Bénin, malgré la forte prévalence des diarrhées infantiles, il existe très peu de données sur les diarrhées d’origine virale en général et à rotavirus en particulier Le présent travail s’est donné comme objectif général de contribuer au diagnostic des diarrhées infantiles à rotavirus.

Spécifiquement il s’est agi de :

Déterminer la protéine VP6 des rotavirus par la technique ELISA.

Répertorier la place des rotavirus dans les diarrhées infantiles.

La présente étude a été rédigée en trois chapitres essentiels en dehors de l’introduction et de la conclusion. Le premier chapitre a permis de faire la synthèse de littérature sur les rotavirus. La méthodologie adoptée a été décrite dans le deuxième chapitre. Les résultats suivis du commentaire ont fait l’ossature du dernier chapitre.

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CHAPITRE I

REVUE DE LITTERATURE

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1- ROTAVIRUS

1-1-Taxonomie et structure

Les rotavirus appartiennent à la famille des Reoviridae et au genre Rotavirus. Ce sont de petits virus nus, de 60 à 80 nm de diamètre, composés d’une double capside de symétrie icosaédrique et d’un ARN bicarténaire segmenté. Le génome viral comprend 11 segments portant chacun une séquence codante unique encadrée par des séquences conservées non codantes (Poeury et al., 2007; Schnepf et al., 2005 ).

Leur capside est formée de trois couches de protéines (figure 1 page 20) à savoir:

 Une couche interne formée par la protéine VP2 et les protéines VP1 et VP3 qui sont associées au génome ;

 Une protéine VP6 qui forme la couche intermédiaire de la capside et détermine sept sérogroupes numérotés de A à G ;

 Des protéines de la couche externe constituées des protéines VP4 et VP7 qui induisent la production d’anticorps neutralisants. Les déterminants antigéniques de VP4 permettent de définir les sérotypes P et ceux portés par VP7 déterminent les sérotypes G (Pothier et al, 2007).

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Figure 1 : Structure moléculaire des rotavirus (Greenberg et al.,2009)

1-2-Protéines et caractéristiques antigéniques

Les rotavirus sont classés de A à G et ceci, basé sur leurs propriétés antigéniques. Les groupes A, B et C infectent les hommes et les animaux, alors que les autres groupes n’ont été observés jusqu’à présent que chez les animaux. Les rotavirus du groupe A sont les plus importants en pathologie humaine (Baert et al.,2009).Leur génome est constitué de 11 segments d’ARN codant pour 6 protéines non structurales NSP1 à NSP6 et 6 protéines structurales VP1 à VP4, VP6 et VP7. Les protéines structurales sont organisées en trois couches. La couche la plus interne ou le core est constituée des protéines VP1, VP2, VP3 qui interviennent dans la transcription et la réplication virale. La couche intermédiaire est faite de la protéine VP6. Elle est la protéine majeure du virus, soit environ 50%

de la masse protéique totale. C’est le déterminant antigénique de groupe.

Ellereprésente la protéine que reconnaissent la plupart des réactifs immunologiques utilisés au laboratoire pour le diagnostic biologique.

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Les protéines structurales VP7 et VP4 forment la couche externe de la capside. Elles supportent les caractères antigéniques dénommés respectivement sérotypes G et P (Pothier et al., 2007).Ces protéines VP7 et VP4, induisent la production d’anticorps neutralisants, qui sont à l’origine de la classification binaire des rotavirus établie par séro-neutralisation. Actuellement, on distingue 19 sérotypes G et 31 sérotypes P (Baert et al., 2009). Il existe une autre classification basée sur le génotypage des rotavirus par analyse des gènes codant pour les protéines VP7 et VP4. Par convention, les sérotypes sont écrits entre parenthèses et les génotypes entre crochets (Cugnet et al., 2015).

1-3- Physiopathologie de la diarrhée

Les rotavirus infectent les entérocytes et provoquent une diarrhée selon un mécanisme complexe et multifactoriel (Ramig et al., 2004). L’infection de ces entérocytes entraine des anomalies structurales et fonctionnelles de l’épithélium, à l’origine de la diarrhée. En effet, l’infection diminue les fonctions de digestion et d’absorption des nutriments.

Dans la détermination de la diarrhée à rotavirus, une entérotoxine virale joue un rôle important ; il s’agit de la glycoprotéine non structurale NSP4. Elle serait impliquée dans l’hypersécrétion modérée du chlore dans la lumière intestinale suite à une augmentation du calcium intracellulaire par la stimulation du système nerveux entérique (Lorrot et al., 2007; Dong. Et al., 1997). La présence des récepteurs spécifiques de NSP4 serait dépendante de l’âge et expliquerait en partie la sévérité de la diarrhée chez les jeunes enfants (Lorrot et al., 2007; Greenberg et al., 2009).

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2-DIARRHEE A ROTAVIRUS 2-1- Aspects cliniques

Le mode de contamination des rotavirus est essentiellement oro-fécal. Sa transmission est favorisée par l’excrétion élevée du rotavirus au cours des diarrhées, sa résistance dans l’environnement et sa faible dose infectante (Lundgren et al., 2000 ; Dennehy et al., 2000). Le rotavirus a une période d’incubation de deux à quatre jours, souvent marquée au début par un épisode d’otite ou de rhinopharyngite. La maladie débute brutalement par des vomissements et de la fièvre. L’atteinte de l’état général est fréquente et peut être marquée. Le maximum de diarrhée est atteint entre vingt-quatre à quarante-huit heures. Les selles sont liquides et abondantes.

En raison de l’intensité des vomissements et de la fièvre élevée, la survenue d’une déshydratation aiguë sévère est significativement plus fréquente qu’au cours des autres infections intestinales virales.

2-2-Epidémiologie

Les rotavirus sont la première cause de diarrhée aigüe sévère du jeune enfant dans le monde. Presque tous les enfants sont infectés par le rotavirus au cours des cinq premières années de leur vie. Environ500000enfants âgés de moins de 5 ans meurent de diarrhée à rotavirus chaque année. 85% de ces décès surviennent dans les pays à faible revenu d’Afrique et d’Asie (Cugnet et al., 2015).

Dans les pays industrialisés, les infections à rotavirus représentent 15 à 50% des cas des gastro-entérites ; la mortalité associée à celles–ci reste faible.

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2-3-Diagnostic biologique

Plusieurs méthodes sont utilisées dans le diagnostic biologique des diarrhées à rotavirus.

2-3-1- Les méthodes immunologiques

Elles comprennent les techniques d’ELISA, d'agglutination au latex et d'immunochromatographie. Ces techniques sont basées sur la liaison spécifique entre l’antigène et l’anticorps. Cette liaison peut être révélée par agglutination, par coloration enzymatique ou par fluorescence. L’utilisation d’anticorps monoclonaux a permis d’augmenter leur spécificité et leur reproductibilité. Cependant, contrairement à la biologie moléculaire, ces techniques ne permettent pas de distinguer les sérotypes viraux.

Le test d’agglutination repose essentiellement sur la détection rapide d’antigène de rotavirus (Cugnet et al., 2015).Il consiste à mettre en contact l’échantillon avec des microbilles de latex recouvertes d’anticorps spécifiques. Ces anticorps sont dirigés contre la protéine VP6 de rotavirus de groupe A. La liaison de l’antigène viral cible à l’anticorps entraine une agglutination visible à l’œil nu.(Cugnet et al., 2015).

Les Tests d’agglutination au latex sont de plus en plus délaissés au profit des tests d’immunochromatographie qui présentent une meilleure sensibilité. Les tests immunochromatographiques sont sous la forme de bandelette. Ils font intervenir deux anticorps spécifiques de l’antigène recherché.

2-3-2- Autres méthodes

D’autres méthodes sont également utilisées pour le diagnostic de rotavirus. Il s’agit de:

- la microscopie électronique qui est la technique de référence car permet la mise en évidence et la visualisation directe du virus.

- La RT- PCR (réaction en chaine par polymérase) multiplex qui permet de réaliser le génotypage des souches.

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3-PREVENTION ET TRAITEMENT 3-1-Prévention

Le meilleur moyen de protéger les enfants est de prévenir l’infection par la vaccination. Deux vaccins anti-rotavirus à administrer par voie orale sont disponibles (WHO, 2013 ; Ruiz-Palacios et al., 2006).

3-2-Traitement

Il n’existe actuellement aucun traitement spécifique. Comme pour d’autres diarrhées de l’enfance, la thérapie se fonde sur le remplacement des liquides pour éviter la déshydratation et l’administration de zinc, qui diminue la gravité et la durée de la diarrhée. Les solutions de sels de réhydratation orale à osmolarité réduite sont plus efficaces pour remplacer les liquides perdus.

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CHAPITRE II

MATERIEL ET METHODES

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1-CADRES

1-1-Cadre institutionnel

L’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi (EPAC), constitue notre cadre institutionnel. Elle comporte plusieurs départements dont le département de Génie de Biologie Humaine (GBH), notre département d’origine.

Le département de Génie de Biologie Humaine forme en trois ans, des techniciens en analyses biomédicales.

1-2-Cadre technique

Notre stage s’est déroulé au laboratoire national de santé de Cotonou.

1-2.1- Situation

Le laboratoire national de santé de Cotonou est situé dans l’enceinte du Ministère de la Santé.

1-2-2- Attributions

Le laboratoire national de santé est chargé de :

 développer et pratiquer les méthodes d’analyses biologiques dans un but de diagnostic et de recherche ;

 organiser et mettre en œuvre toutes les enquêtes de surveillance épidémiologique des maladies en général et des maladies transmissibles en particulier ;

 pratiquer toutes les analyses de santé publiqueen collaboration avec les structures concernées ;

 assurer l’organisation des stages pratiques des élèves et étudiants en provenance des structures agréées de formation, ainsi que le recyclage et la formation en cours d’emploi des techniciens de laboratoire d’analyses biomédicales ;

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 étudier et faire appliquer la règlementation sur les conditions d’ouverture et de fonctionnement des laboratoires d’analyses biomédicales publics et privés ;

 organiser et participer aux analyses de santé publique et aux investigations toxicologiques diverses.

La figure N°2 ci-dessous indique l’organigramme du laboratoire national de santé.

Figure N°2: Organigramme du laboratoire national de santé 1-2- 3-Différentes sections

Le laboratoire national de santé de Cotonou comprend les sections suivantes : Bactériologie, Biochimie, Hématologie, Parasitologie et Sérologie.

Service National des Laboratoires de Santé Secrétariat

Division : Laboratoire Central

Division : Accueil Comptabilité

Division :Assurance, qualité, Coordination, Contrôle technique et Formation continue

Division : Evaluation, Statistique et Approvisionnement Section : Caisse

Section : Matériels et consommables Section : Bactériologie

Section : Hématologie

Section : Biochimie Section : Sérologie Section : Parasitologie

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 Section de bactériologie

Elle a pour rôle d’assurer le contrôle et la surveillance des maladies à potentiel épidémique. Outre cette activité, les examens suivants y sont réalisés :

 examen cytobactériologique des urines ;

 examen cytobactériologique des sécrétions cervico-vaginales ;

 examen cytobactériologique des sécrétions urétrales ;

 examen bactériologique des pus et sérosités;

 spermogramme ;

 spermoculture ;

 coproculture

 Section de parasitologie

Les examens suivants y sont pratiqués :

 coprologie parasitaire complète ;

 recherche d’amibes, kystes, œufs et parasites ;

 analyse de la goutte épaisse et réalisation de la densité parasitaire ;

 recherche des œufs de bilharzie vésicale ;

 recherche de filaires ;

 test biologique de grossesse.

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 Section de sérologie

Elle s’occupe, comme la section de bactériologie, du contrôle et de la surveillance des maladies à potentiel épidémique. Néanmoins les examens suivants y sont réalisés :

 sérodiagnostic de Widal ;

 sérodiagnostic de la syphilis ;

 sérodiagnostic de la rubéole ;

 sérodiagnostic de la chlamydiose ;

 sérodiagnostic de la toxoplasmose ;

 dosage de l’anticorps antistreptolysine O ;

 recherche de l’antigène du virus de l’hépatite B ;

 recherche de l’anticorps du virus de l’hépatite C.

 Section de biochimie

Les paramètres suivants y sont dosés :

 glycémie ;

 urémie ;

 créatininémie ;

 uricémie ;

 transaminases ;

 cholestérols ;

 bilirubines;

 calcémie ;

 magnésémie ;

 triglycérides ;

 gamma-GT ;

 phosphatase alcaline ;

 alpha amylase ;

 protidémie.

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On y pratique également l’électrophorèse de l’hémoglobine et l’ionogramme sanguin.

 Section d’hématologie

Les examens ci-après sont pratiqués dans cette section :

 numération et formule sanguine ;

 vitesse de sédimentation ;

 numération des réticulocytes ;

 temps de saignement ;

 temps de coagulation ;

 groupage sanguin ABO et facteur rhésus ;

 test d’Emmel.

2- MATEREL

2-1- Echantillons de selles

Le matériel biologique est constitué d’échantillons de selles d’enfants âgés de moins de cinq ans.

2-2-Kits de prélèvements de selles

Le kit de prélèvement de selles est composé de pots propres pour le recueil de selles, de sachets pour l’emballage et d’une glacière pour le transport.

2-3- Matériel pour ELISA

Il est constitué de tubes Eppendorf, de portoirs, de micropipettes, de minuterie, de centrifugeuse de paillasse, d’agitateur vortex, de microplaques, de l’eau distillée, de glycérol, de laveur ELISA, de papier hygiénique, de lecteur ELISA et de kits ProSpectRotavirus. Tous les réactifs ont été conservés à +4°C.

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3-METHODE(S)

3-1- Population d’étude

Elle a été constituée de 56 enfants de moins de cinq ans sans distinction de sexe.

3-1-1-Critère d’inclusion

Tout enfant âgé de moins de cinq ans admis à l’hôpital d’Abomey-Calavi pour raison de gastroentérites faites de diarrhées, avec ou sans vomissements comme premier motif de consultations.

3-1-2-Critère d’exclusion

Tout enfant âgé de moins de cinq ans présentant des selles sanguinolentes.

3-2- Prélèvement

Les échantillons de selles ont été prélevés 48 heures au plus tard après l’admission à l’hôpital des enfants pour éviter les infections nosocomiales, dans des pots propres en plastique de 25ml.

Ces échantillons ont ensuite été transportés au Laboratoire National de Santé pour analyses dans une glacière contenant des accumulateurs de froid.

3-3-Recherche de l’antigène VP6

La détermination de la protéine VP6 a été réalisée par la technique ELISA, selon la méthode décrite dans le kit ProSpecTRotavirus commercialisé par Oxoid.

 Les différents réactifs du kit ProSpecTrotavirus et les échantillons de selles à tester ont été sortis du réfrigérateur 30 minutes avant la manipulation.

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 Une suspension à 10% a été préparée en ajoutant 100µL de selles liquides ou 0,1g de selles solides soit environ la taille d’un petit pois à 900µL du diluant fourni avec le kit.

 La suspension a été mélangée à l’agitateur vortex pendant 30 secondes, puis centrifugée à 5000 tours/min pendant 3 min.

 Un volume de 100µL de surnageant de chaque échantillon dilué a été ajouté aux différents micropuits suivant une feuille de paillasse pré établie. Un contrôle positif et un contrôle négatif ont toujours été inclus dans chaque série de tests.

 Ensuite, 100µL soit deux gouttes du conjugué ont été ajoutés dans chaque micropuits. Le conjugué contient des anticorps polyclonaux spécifiques à la protéine VP6 et conjugués à de la peroxydase.

 La plaque a été recouverte et incubée à 22°C pendant 60 +/- 5minutes.

Après incubation, le contenu des micropuits a été déversé où chaque micropuits a été lavé avec une solution tampon de lavage préalablement dilué au 1/10.

 Ce processus de lavage a été réalisé 5 fois au total. Après le lavage final, la plaque a été renversée et tapotée sur du papier absorbant pour retirer les dernières traces de tampon de lavage.

 Après ce lavage, 100µL de substrat ont été ajoutés dans chaque micropuits. Le substrat est un chromogène qui permet de révéler la réaction.

 Les micropuits ont été ensuite incubés à 22°C pendant 10 minutes, et reçoivent 100µL de solution d’arrêt. La lecture au spectrophotomètre a été effectuée dans les 30 minutes qui ont suivi l’ajout de la solution d’arrêt.

 La lecture a été faite à partir d’un lecteur ELISA en double longueurs d’onde 450 et 650 nm. La propreté du fond des micropuits a été soigneusement vérifiée avant la lecture.

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 Le calcul de la valeur seuil ou le «Cut-off value» a été fait en ajoutant 0,200 unités d’absorbance à la valeur du contrôle négatif, selon les recommandations du fabricant et approuvées par les laboratoires de références de l’OMS.

 Le test a été validé si la valeur du contrôle négatif est strictement inférieure à 0,150 unités d’absorbance et celle du contrôle positif, strictement supérieure à 0,500 unités d’absorbance.

A l’issu de la lecture, tout échantillon de selles dont la valeur d’unité d’absorbance est supérieure à la valeur seuil est positif, et tout échantillon de selles dont la valeur d’unité d’absorbance est inférieure à la valeur seuil est déclaré négatif. Les échantillons dont les résultats ont donné des valeurs d’unités d’absorbance se situant à moins de 0,010 unités d’absorbance de la valeur seuil ont été considérés comme équivoque. Ces échantillons ont été à nouveau testés, ou le patient a été soumis à de nouveaux prélèvements.

(32)

CHAPITRE III

RESULTATS ET COMMENTAIRE

MATERIEL ET METHODES

(33)

1- RESULTATS

1-1- Caractéristiques démographiques de la population d’étude.

Tableau I : Répartition de la population d’étude selon l’âge et le sexe

Tranches d’âges

Sexe

Effectif

M F

≤ 6 mois 12

(21,43%)

14 (25,00%)

26 (46,43%)

7-12 mois 12

(21,43%)

02 (03,57%)

14 (21,43%) 13-18 mois

19-24 mois

≥ 25 mois

06 (10,71%)

00 (00,00%)

02 (03,57%)

04 (07,14%)

02 (03,57%)

10 (17,86%)

02 (03,57%)

04 (07,14%)

Total 32

(57,14%)

24 (42,86%)

56 (100%) Masculin Féminin

Les enfants âgés de moins de 6 mois sont les plus représentés (46,43%).

Dans la population d’étude, les garçons prédominent avec 57,14% (46,43%).

(34)

1-2- Répartition de la population d’étude en fonction de l’hospitalisation, de l’état de déshydratation, de la fièvre et du vomissement.

Tableau II : Répartition de la population d’étude Chez les enfants hospitalisés

Hospitalisation

Sexe

Enfants hospitalisés

M F

Oui 28

(50,00%)

24 (.42, 86%)

52 (92,86%)

Non 02

(03,57%)

02 (03,57%)

04 (07,14%)

Total 30

(53,57%)

26 (46,43%)

Les enfants hospitalisés constituent 92,86% (52 /56)de l’effectif total de la population d’étude.

(35)

Tableau III : Répartition de la population d’étude chez les enfants déshydratés.

Déshydratation

Sexe Enfants

déshydratés

M F

Sévère 12

(21,43%)

12 (21,43%)

24 (42,86%)

Modérée 12

(21,43%)

10 (17,86%)

22 (39,28%)

Aucune 06

(10,71%)

04 (07,14%)

10 (17,86%)

Total 30

(53,57%)

26 (46,43%)

L’état de déshydratation sévère, a été observé chez 42,86% (24/56) des enfants admis à l’hôpital.

(36)

Tableau IV : Répartition de la population d’étude selon la présence de fièvre.

Fièvre

Sexe

Effectif

M F

Oui 20

(35,71%)

14 (25,00%)

34 (60,71%)

Non 10

(17,86%)

12 (21.43%)

12

(39,28%)

Total 18

(53,57%)

18 (46,43%)

Plus de la moitié des enfants (60,71%), avaient de la fièvre c’est à dire une température corporelle supérieure à 37,5°C.

(37)

Tableau V : Répartition de la population d’étude selon la présence de vomissement.

.

Vomissement

Sexe

Effectif

M F

Oui 18

(32,14%)

18 (32,14%)

36 (64,28%)

Non 12

(21,43%)

08 (14,29%)

10 (35,72%)

Total 30 26 56

(53,57%) (43,46%) (100%)

Masculin Féminin

Le vomissement a été observé chez 64,29% des enfants.

(38)

1-3- Prévalence de l’infection à rotavirus

Figure3 : Prévalence de l’infection à rotavirus au sein de la population d’étude.

Des 56 échantillons de selles testés, 22 ont été positifs au rotavirus soit un taux de positivité de39, 2%.

(39)

1-4- Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus 1-4-1- Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et le sexe.

Tableau VI : Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et le sexe.

Négatifs Positifs

Sexe Total

E % E % Masculin 12 40,00 18 60,00 30

Féminin 10 38, 46 16 61, 54 26

Total 22 39,29 34 60,71 56 Effectif

Les enfants de sexe masculin, ont été plus touchés (40%) que ceux du sexe féminin (38,46). Toutefois aucune différence statistiquement significative n’a été observée (p>0,05).

(40)

Figure 4 : Répartition de la diarrhée à rotavirus dans la population d’étude Les enfants âgés de 0 à 3 mois et de 15 à 35 mois ont été les plus touchés par la diarrhée à rotavirus dans cette étude. Ce qui n’a pas été le cas pour ceux de la tranche d’âges de3 à 8 mois.

2

10

18

6

12

4

2 2

0

6 6

2

4

2

0

2

0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20

0-2m 3-5m 6-8m 9-11m 12-17m 18-23m 24-35m 36-47m

Nombre de cas

Tranche d'âge en mois

Nombre total de cas Nombre total de cas positif

(41)

1-4-2- Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et selon le statut d’hospitalisation et l’état de déshydratation.

Tableau VII: Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus Chez les enfants hospitalisés.

Positifs Négatifs

Hospitalisation Total

E % E %

Oui 22 100,0 30 88,23 52

Non 00 00,00 04 11,77 04

Total 22 100 34 100 56 Effectif

La diarrhée à rotavirus a été détectée chez tous les enfants hospitalisés.

(42)

Tableau VIII : Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus chez les enfants déshydratés.

Déshydratation

Positifs E %

Négatifs E % Présence 22 100 24 70,58 Sévère 12 54, 55 12 35,29 Modérée 10 45,45 12 35,29 Absence 00 00,00 10 29,42 Total 22 100 34 100

Effectifs

La diarrhée à rotavirus a entrainé un état de déshydratation sévère chez 54,55% (12/22) des enfants malades.

(43)

1-4-3- Répartition des enfants en fonction de la présence de vomissement, de la fièvre et de l’état de déshydratation.

Tableau IX : Répartition des enfants en fonction de la présence de vomissement.

Vomissement

Positifs

E %

Négatifs E % Présence 16 72,73 20 58,82

Absence 06 27,27 14 41,18

Total 22 100 34 100 Effectif

Le vomissement a été observé chez 72,72% (16/22) des enfants malades

Tableau X : Répartition des enfants en fonction de la présence de la fièvre.

Fièvre

Absence 12 54,55 10 29,41

Total 22 100 34 100 Effectif

La diarrhée à rotavirus était présente chez 45,45% (10/22) des enfants ayant une température corporelle supérieure à 37,5°C.

(44)

Tableau XI : Répartition des enfants en fonction de l’état de déshydratation associé au vomissement.

Déshydratation et

vomissement

Absence 06 27,27 16 47,06

Total 22 100 34 100 Effectif

La diarrhée à rotavirus a entrainé un état de déshydratation associée au vomissement chez 72,73% (16/22) des enfants malades.

Tableau XII : Répartition des enfants en fonction de l’état de Déshydratation associé à la fièvre.

Déshydratation et

Fièvre

Absence 05 22,73 15 44,12

Total 22 100 34 100 Effectif

L’association fièvre et état de déshydratation, a été enregistrée chez 77,27 % (17/22) des enfants malades.

(45)

Tableau XIII : Répartition des enfants en fonction de la présence de vomissement associée à la fièvre.

Vomissement et

Fièvre

Absence 10 45,45 20 70,59

Total 22 100 34 100 Effectif

Plus de la moitié (54,55%) des enfants malades ont présenté simultanément de vomissement et de fièvre.

Tableau XIV : Répartition des enfants en fonction de l’état de déshydratation associé au vomissement et à la fièvre.

Déshydratation et vomissement

et Fièvre

Négatifs E % Présence 08 36,36 12 35,29

Absence 14 63,64 22 64,71

Total 22 100 34 100 Effectif

L’état de déshydratation associé au vomissement et à la fièvre a été observé chez 36, 36 % (08/22) des enfants malades.

(46)

2- COMMENTAIRE

La présente étude a montré la présence de rotavirus au sein des enfants âgés de 0 à 5ans admis à l’hôpital d’Abomey-Calavi. Les résultats de cette étude ont révélés que la diarrhée à rotavirus a été plus notée chez les garçons. Toutefois, aucune différence statistiquement significative n’a été observée (p˃ 0,05). Ces résultats sont similaires à ceux de Abebe et al., en 2014 en Ethiopie et de Mukaratirwa en 2014 au Zimbabwé. Aucun enfant âgé de moins de 2 mois n’a développé la maladie. La majorité des cas a été enregistrée entre 0 et 12 mois avec des pics entre 3 et 5 mois et entre 6 et 8 mois (figure N°4). Les mêmes observations ont été rapportées au Nigéria par (Uzoma et al., 2016, Tagbo et al., 2014, Junaid et al., 2011), au Togo par (Tsolenyanu et al., 2014) et en Uganda par (Odiit et al., 2014).Ces différents résultats de la répartition de la diarrhée à rotavirus en fonction de l’âge pourraient s’expliquer par le fait que les enfants, notamment les nouveaux nés, sont protégés par le fort taux d’anticorps transplacentaires acquis de leurs mères. Il pourrait aussi s’agir des propriétés immuno-protectrices contenues dans certaines substances du lait maternel ou la grande quantité d’acide gastrique présent dans le tractus digestif des jeunes enfants. En effet, les anticorps maternels protègent l’enfant efficacement les premiers mois. Cette protection régresse avec l’âge et est perdue lorsque l’enfant avoisine 6 mois (Wandéra, 2012).Ceci pourrait expliquer la recrudescence des cas à la fin du premier trimestre et l’absence de cas aux premières semaines de vie de l’enfant. Aussi, le lait maternel contient des immunoglobulines IgA capables de neutraliser les rotavirus, et des récepteurs analogues pouvant s’adhérer aux virus et inhiber leurs attachements aux récepteurs cellulaires (Newburget al., 1998). Ces substances, comme les anticorps maternels, sont élevées aux premières semaines de vie de l’enfant et régressent avec l’âge et le processus d’allaitement.

Selon Clemens en 1993, l’allaitement exclusif des enfants au sein, les protégeaient des infections aigues à rotavirus surtout pendant leurs premières années de vie.

(47)

D’autres facteurs dans le lait pourraient aussi jouer ce rôle de prévention de l’attachement des virus aux cellules ou être impliqués dans d’autres mécanismes de protection de l’enfant. La grande quantité d’acide gastrique contenue dans le tube digestif de l’enfant pourrait aussi prévenir les infections à rotavirus. La baisse du pH induite, pourrait détruire les virus (Wandéra, 2012).

Le taux de positivité obtenu a été 39,2%. Ce fort taux enregistré pourrait s’expliquer par la probable défaillance des conditions d’hygiène de vie et alimentaires de nos populations. En effet, le mode de transmission du rotavirus est essentiellement oro-fécal.Le taux de positivité obtenu au cours de cette étude est voisin de celui enregistré en République Démocratique du Congo (Sangaji et al., 2015) et au Togo (Tsolenyanuet al., 2014). Ce taux est supérieur à ceux trouvés au Nigéria (Junaid et al.,2011), au Gabon (Lekana-Douki et al., 2015) et en Gambie (Kwambanaet al., 2014). Par contre, ilreste inférieur à ceux obtenus au Soudan (Mustafa et al., 2014) et en Mauritanie (Pursemet al., 2014) chez les enfants de mêmes âges.

La diarrhée à rotavirus a majoritairement entrainée chez les enfants de la déshydratation, du vomissement et de la fièvre. Pris isolément, ces signes n’ont pas été significativement associés à cette diarrhée (p>0,05). Ces observations concordent avec celles enregistrées au Nigéria (Uzoma et al., 2016, Junaid et al.,2011) et en République Démocratique du Congo (Sangaji en 2015). Par contre, Abebe en 2014 en Ethiopie, a trouvé que le vomissement a varié significativement avec la diarrhée à rotavirus.

Les répartitions des enfants selon l’association de ces signes ont été statistiquement significatives (p< 0,05). Les mêmes résultats ont été obtenus au Nigéria (Junaid et al., 2011), et aux Etats-Unis (Staat et al., 2002). Ceci pourrait s’expliquer par le fait que le rotavirus entrainerait par épisode, simultanément, au moins deux de ces signes cliniques associés à la présence de la diarrhée (Junaid et al.,2011 ; Staat et al., 2002). Ces faits justifient le fort taux d’admission et surtout d’hospitalisation observé.

(48)

CONCLUSION

(49)

Au terme de cette étude, le taux de positivité des diarrhées infantiles à rotavirus à Abomey-Calavi a été évalué à 39,2%. Les enfants de la tranche d’âges de 0 à 6 mois ont été les plus touchés. Une nette régression de cas a été observée après 24 mois et aucun cas de diarrhée à rotavirus n’a été observé avant le premier trimestre de vie chez ces enfants.

La présente étude devra être complétée par des études moléculaires afin de rechercher les profils en électrophorèse et les génotypes de rotavirus circulants au Bénin.

(50)

RECOMMANDATIONS

A l’issue de cette étude, nous formulons les recommandations suivantes : A l’endroit du Ministère de la Santé, nous recommandons :

L’installation et la formalisation des sites de surveillance des rotavirus sur toute l’étendue du territoire en vue d’avoir des feedbacks permanents et donc une maitrise des souches circulant dans chaque localité ;

L’institution du vaccin contre les rotavirus dans le PEV.

A l’endroit de l’OMS, nous souhaitons :

L’appui technique et matériel pour aider le Ministère de la Santé à intégrer les suggestions décrites ci-dessus ;

Le soutien des projets de recherches sur la thématique « Rotavirus » en l’occurrence les activités de recherche sur les différents génotypes circulant dans notre pays.

(51)

RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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Annexe: Formulaire de notification Dossier médical N° : ---

Date d’hospitalisation : ---/---/---/ Date d’admission : ---/---/---/

(Jour/Mois/ Année)

Information sur le patient :

Nom du Père/Mère : --- Prénoms de l’enfant : --- ---

Commune de résidence : --- Ville : --- Quartier : --- --- Tél : ---

Age (Mois) : --- Date de naissance : ---/---/---/ Poids (kg) : --- -- Sexe : M F

Traitement reçu : SRO seul ( ) ; IVF ( ) ; SRO +IVF ( ) ; Autre (préciser) ---

Information clinique :

L’enfant a-t-il vomi : --- (Oui/Non) No d’épisodes/24h : --- Durée (Jours) : ---

L’enfant fait-il la diarrhée : --- (Oui/Non) No d’épisodes/24h : --- Durée (Jours) : ---

Date de début de la diarrhée : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année) Température : ---°C

Léthargie/inconscient : --- (Oui/Non) Yeux creux : --- (Oui/Non) Difficultés à boire : --- (Oui/Non) Pli cutané : ---

(Oui/Non)

Etat de déshydratation : Sévère ( ) Evident ( ) Aucun ( )

(57)

Statut vaccinal :

Vaccin contre Rota reçu : ---- (Oui/Non) Type de vaccin : Rotateq ( ) Rotarix ( ) Autre : ---

Source de l’information : Carte vaccination ( ) Registre médical ( ) Rapport verbal ( ) Inconnue ( )

Issue : Améliorée ( ) ; Transférée ( ) ; Décédée ( ) ; Contre avis médical ( ) ; Inconnue ( )

Date de sortie ou de décès : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année)

Information de Laboratoire :

Date de prélèvement des selles : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année) Heure de prélèvement : ---

Etat de l’échantillon : Adéquat ( ) Non adéquat ( ) Moyen de conservation des selles : ( ) Glacière ( ) Réfrigérateur ( ) Congélateur ( ) Aucun

Date d’envoi au Laboratoire : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année) Date de réception au Laboratoire : ---/---/---/Jour/Mois/ Année) Rotavirus dépisté dans les selles : --- (Oui/Non) Si <<Oui>> Méthode utilisée : ---

Personne ne remplissant le formulaire :

Nom/Prénoms : --- Signature : ---