FREQUENCE DE LA DIARRHEE A ROTAVIRUS CHEZ LES ENFANTS DE 0 A 5 ANS A L’HOPITAL DE ZONE DE MENONTIN, AU CENTRE DE SANTE ANASTASIS ET A LA CLINIQUE CENTRALE DE CALAVI

Superviseur

Prof BANKOLE Honoré S.

Microbiologiste

Professeur Titulaire des Universités EPAC/UAC

********

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY CALAVI

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DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE(GBH)

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RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION POUR L’OBTENTION DU DIPLOME DE LICENCE PROFESSIONNELLE

EN ANALYSES BIOMEDICALES THEME

Présenté et soutenu par :

GANGBO Hermione Déo Gratias Abossèdé Sous la direction de :

FREQUENCE DE LA DIARRHEE A ROTAVIRUS CHEZ LES ENFANTS DE 0 A 5 ANS A L’HOPITAL DE ZONE DE MENONTIN, AU CENTRE DE SANTE ANASTASIS ET A LA

CLINIQUE CENTRALE DE CALAVI

Année Académique : 2017-2018 11^ème Promotion

Encadreur

Mr AGBLA J. Michel Doctorant LNSP/MS

Composition du jury :

Présidente : Prof AHOYO Théodora A.

Superviseur : Prof BANKOLE Honoré S.

Examinateur : Prof DOUGNON Victorien

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

i

REPUBLIQUE DU BENIN

******

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

********

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY CALAVI

***************

DIRECTEUR EPAC : Professeur ALITONOU Alain Guy

DIRECTEUR ADJOINT EPAC : Professeur FIFATIN Xavier

CHEF DE DEPARTEMET : Professeur ANAGO S. Eugénie

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

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LISTES DES ENSEIGNANTS PERMANENTS ET VACATAIRES Noms et prénoms Matières enseignées

ABLEY Sylvestre Déontologie médicale

ADOMOU Alain Physique

AGBANGLA Clément Génétique moléculaire

AGOSSOU Gille Législation et Droit du Travail

AHOYO Théodora Angèle Microbiologie / Santé Publique et Hygiène hospitalière

AKAKPO B. Huguette Education Physique et Sportive

AKPOVI D. Casimir Biologie Cellulaire/ Physiologie Humaine/

Biochimie clinique

ALITONOU Alain Guy Chimie Générale/ Chimie Organique

ANAGO Eugénie Biochimie Structurale/ Biochimie Clinique ANAGONOU Silvère Education Physique et Sportive

ATCHADE Pascal Parasitologie/ Mycologie BANKOLE Honoré Bactériologie/ Virologie

DESSOUASSI Noel Biophysique

DOSSEVI Lordson Techniques Instrumentales

DOSSOU Cyriaque Techniques d’Expression et Méthodes de Communication

DOUGNON T. Victorien Microbiologie/ Méthodologie de la Recherche

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

iii

HOUNNON Hyppolite Mathématiques

KOFFI Aristide Justin Anglais

KOUDANDE Marlène Hématologie générale KOUNASSO Gabriel Informatique général

LOKOSSOU Gatien Immunologie générale/ Immuno – Pathologie LOZES Evelyne Immunologie générale/ Immuno – Pathologie MASLOKONON Vincent Histologie Générale

OGOUDIKPE Nicarette Informatique Médicale SECLONDE Hospice Transfusion Sanguine

SEGBO Julien Biologie Moléculaire / Biochimie clinique SENOU Maximin Histologie générale/Histologie appliquée

SOEDE Casimir Anglais

TOHOYESSOU Zoe Soins infirmiers

TOPANOU Adolphe Hématologie/ Hémostase YOVO K. S. Paulin Pharmacologie / Toxicologie

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

iv

A tous ces scientifiques qui œuvrent sans cesse pour le bien-être de la population mondiale !

DEDICACE

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

v

 A Dieu, le père miséricordieux, pour sa grâce infinie, son amour et son aide tout au long de notre formation, merci infiniment.

 A mon papa, Lavenir GANGBO, pour ton amour et ton soutien indéfectible

! Reçois ce travail comme le fruit de tes efforts et de ton encouragement.

 A ma maman, Charlotte HOUNDEKON, ce travail est le fruit des inestimables efforts que tu as toujours consentis pour moi et de tes prières.

Que cette œuvre reste le témoignage vivant de ton immense amour maternel.

 A la fondation Vallet, pour son aide à travers la bourse dont nous bénéficions depuis le début de notre formation, Recevez ici le témoignage de notre profonde reconnaissance.

 A Monsieur Parfait BANKOLE et son épouse Delphine GANGBO, pour votre aide et soutien inestimables depuis le début de notre formation. Puisse Dieu le tout puissant vous bénisse en abondance.

 A Monsieur Fortune HODONOU et son épouse Emilienne AHOUANSOU, pour votre soutien. Recevez ici le témoignage de notre profonde reconnaissance.

 A mes oncles et tantes, profonde reconnaissance.

 A mes frères, Lauris et Kevin, pour votre soutien, vos conseils depuis mon enfance jusqu’à ce jour. Recevez le témoignage de notre profonde gratitude.

Puisse Dieu renforcer nos liens fraternels.

 A ma cousine, Gratias BANKOLE, tu as toujours été d’une grande utilité depuis le début de cette formation. Merci pour tes conseils, ton aide et ta contribution dans la réalisation de ce travail. Puisse Dieu te combler de grâce et bénir ta famille.

REMERCIEMENTS

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

vi

 A mon superviseur de stage, Professeur Honoré Sourou BANKOLE, qui malgré vos multiples occupations, vous avez accepté assurer la supervision de ce travail. La perspicacité de vos remarques, votre rigueur scientifique et votre esprit de synthèse ont été précieux dans l’élaboration de ce travail.

Puisse le Bon Dieu vous accorder longévité, santé et prospérité.

 A mon tuteur de stage, Monsieur Michel AGBLA, merci pour votre contribution, votre encadrement, votre compréhension, et pour vos nombreux conseils dans la réalisation de ce travail. Soyez béni.

 A tout le personnel du Laboratoire National de Santé Publique, merci pour vos conseils.

 Aux directeurs de l’Hôpital de Zone de Mênontin, du Centre de Santé Anastasis et de la Clinique Centrale de Calavi, pour m’avoir donné l’occasion de faire la collecte dans leurs centres.

 A mes amis, Kévin SINTONDJI, Adonias HOUEFONDE, Méric FANTODJI, Falonne AHOUNOU, Jennifer GBOHAYIDA, pour votre amitié, votre soutien, votre aide et vos encouragements durant cette formation. Sincères remerciements.

 A tous mes camarades de la 11^ème promotion de Licence Professionnelle en Analyses Biomédicales, profondes reconnaissances.

 A mes camarades stagiaires : Arnielle, Rosette, Mariette, Yasmine, Maimounatou, Nadège, Césaire, Mahboub et Constante et les camarades de la FAST DASSA, merci pour votre aide et tous les moments passés ensemble pendant la réalisation de ce travail. Je nous souhaite une brillante carrière.

 A tous ceux qui m’ont aidé de près ou de loin dans la réalisation de ce travail, merci pour tout.

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

vii

 Au Président du Jury

C’est un honneur pour nous que vous acceptiez de présider le jury de notre soutenance. Nous vous prions de recevoir nos hommages respectueux.

 Aux Membres du Jury

Pour avoir accepté de siéger dans ce jury et de juger ce travail, nous vous prions de recevoir nos hommages respectueux.

HOMMAGES

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

viii

Sigles et abréviations Définitions

OMS Organisation Mondiale de la Santé

GBD Global Burden of Disease

ELISA Enzyme Linked Immunosorbent Assay

VP Viral Protein

ARN Acide Ribonucléique

NSP Non Structural Protein

RT-PCR Reverse Transcription- Polymerase

Chain Reaction

PEV Programme Elargi de Vaccination

LISTE DES SIGLES ABREVIATIONS

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ix

Numéro Titres des tableaux Pages

Tableau I Répartition de la population d’étude selon l’âge et le sexe.

21

Tableau II Répartition de la population d’étude selon l’hospitalisation.

22

Tableau III Répartition de la population d’étude selon l’état de déshydratation.

23

Tableau IV Répartition de la population d’étude selon la présence de fièvre.

24

Tableau V Répartition de la population d’étude selon la présence de vomissement.

25

Tableau VI Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et le sexe.

27

Tableau VII Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et selon

l’hospitalisation.

29

Tableau VIII Répartition des enfants en fonction de la diarrhée à rotavirus associée au

vomissement.

30

Tableau IX Répartition des enfants en fonction de la diarrhée à rotavirus associée à la fièvre.

31

LISTE DES TABLEAUX

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x

Numéro Titre des figures Page

Figure 1 Particule de rotavirus humain observé en microscopie électronique.

05

Figure 2 Structure du Rotavirus. 06

Figure 3 Génome viral des 11 segments d’ARN double brin analysé par électrophorèse sur gel de Polyacrylamide.

07

Figure 4 Prévalence de l’infection à rotavirus au sein de la population d’étude.

26

Figure 5 Répartition de la diarrhée à rotavirus dans la population d’étude.

28

LISTE DES FIGURES

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xi

INTRODUCTION... 1

CHAPITRE I :SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE ... 4

1.ROTAVIRUS ... 5

2.DIARRHEE A ROTAVIRUS ... 8

3. PREVENTION ET TRAITEMENT ... 10

CHAPITRE II :MATERIEL ET METHODES ... 11

1. CADRE ... 12

2. MATERIEL ... 16

3. METHODES ... 17

CHAPITRE III :RESULTATS ET COMMENTAIRES ... 20

1.RESULTATS ... 21

2. COMMENTAIRE ... 32

CONCLUSION ... 34

Recommandations ... 36

SOMMAIRE

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

xii

Le rotavirus est le principal agent

responsable de la gastro-entérite chez les jeunes enfants dans les pays sous-développés. Dans le but de contribuer à la prise en charge correcte de ces cas de diarrhées au Bénin, 34 échantillons de selles d’enfants âgés de 0 à 5 ans, ont été recueillis dans trois centres de santé.

Au Laboratoire, les échantillons de selles contenant le rotavirus ont été sélectionnés au moyen de la technique Elisa. Le taux de positivité du rotavirus dans la population d’étude a été évaluée à 23,5%. Les enfants de 7 à 12 mois ont été les plus atteints suivis des enfants âgés de 19 à 24 mois.

Mots clés : Diarrhée, Rotavirus, Bénin

Rotavirus is the main agent responsible for gastro-enteritis in young children in underdeveloped countries. In order to contribute to the correct management of these cases of diarrhea in Benin, 34 stool samples of children aged 0 to 5 years were collected in three health centers. In the laboratory stool specimens containing rotavirus were selected using the Elisa technique.

The rotavirus positivity rate in the study population was evaluated at 23,5%. Children aged 7 to 12 months were the most affected, followed by children aged 19 to 24 months.

Keywords : Diarrhea, Rotavirus, Benin

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A.

1 ¹

INTRODUCTION

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ²²

La diarrhée se définit comme au moins trois émissions de selles molles ou liquides dans une journée. On note environ 1,7 milliard de cas de diarrhée infantile chaque année dans le monde. Elle entraine chez ces enfants, des états de déshydratation et des pertes hydriques pouvant mettre en jeu le pronostic vital. Les épisodes diarrhéiques chez les enfants peuvent être dues à une infection, à un régime alimentaire déséquilibré ou à une antibiothérapie pour ne citer que ceux-là. Les diarrhées infectieuses peuvent être d’origines bactérienne, parasitaire, virale ou mycosique. Selon plusieurs études [1 ; 20 ;11 ; 9 ; 4]

menées, le rotavirus est la première cause des diarrhées infantiles. Selon un rapport de l’OMS dans le monde en 2018, l’infection à rotavirus est à l’origine de 215000 décès d’enfants de moins de 5ans. La plupart de ces décès surviennent dans les pays pauvres d’Afrique et d’Asie [6]. Selon le GBD en 2016, 29% des décès dus aux diarrhées sont attribuables aux rotavirus. Ces observations témoignent de la grande place qu’occupe le rotavirus dans la genèse des diarrhées infantiles dans le monde et en Afrique en particulier. Le fait que le rotavirus sévisse dans le monde entier et même dans les milieux aux normes d’hygiène élevées atteste de son caractère ubiquitaire et de sa forte transmissibilité. Les diarrhées à rotavirus constituent alors un problème de santé publique.

Au Bénin, malgré la forte prévalence des diarrhées infantiles, il existe très peu de données sur les diarrhées d’origine virale en général et à rotavirus en particulier. La présente étude s’est donc proposée d’aborder ses différents

aspects à travers le thème intitulé « fréquence de la diarrhée a rotavirus chez les enfants de 0 à 5 ans à l’hôpital de zone de Mênontin, au centre de santé

Anastasis et à la Clinique Centrale de Calavi ». L’objectif général de cette étude est de contribuer à la prise en charge correcte des diarrhées chez les enfants de 0 à 5 ans.

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ³³

Spécifiquement, il s’est agi de :

 déterminer la prévalence du rotavirus dans les selles diarrhéiques des enfants de 0 à 5 ans ;

 décrire quelques caractéristiques démographiques et épidémiologiques de la population d’étude.

En dehors de l’introduction et la conclusion, la présente étude aborde dans sa première partie un aperçu général sur les rotavirus. La deuxième partie décrit le cadre, matériel et les méthodes. Enfin, les résultats suivis du commentaire ont fait l’ossature de la dernière partie.

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CHAPITRE I

SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

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1.ROTAVIRUS

1.1. Définition et Structure

Le rotavirus, a été identifié en 1973 par Ruth Bishop à Melbourne et il appartient à la famille des Reoviridae et au genre Rotavirus. Le mot rotavirus signifie roue en référence à la forme du virus. Le rotavirus est un petit virus nu, de 60 à 80 nm de diamètre, composés d’une double capside de symétrie icosaédrique et d’un ARN bicarténaire segmenté. Sa capside est formée de trois couches de protéines. La couche de capside interne (VP2, VP1 et VP3) ; de la couche de capside moyenne (VP6) et de la couche de capside externe (VP4 et VP7). La protéine de la couche de capside moyenne (VP6) détermine les spécificités des espèces, des groupes et des sous-groupes. La couche externe de la capside est composée de deux protéines, VP7 et VP4, qui induisent une réponse immunitaire chez les hôtes infectés, ce qui conduit à la production d’anticorps spécifiques du rotavirus.

Figure 1 : Particule de rotavirus humain observé en microscopie électronique [19].

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ⁶⁶

Figure2 : Structure du Rotavirus [10].

1.2. Protéines et caractéristiques antigéniques

Les rotavirus sont classés en sept (7) groupes, A à G et ceci, basé sur leur propriété antigénique. Les groupes A, B et C infectent les hommes et les animaux. Les rotavirus du groupe A sont le plus souvent impliqués dans les gastro-entérites aiguës, les infections par les sérogroupes B et C sont très rares.

Les rotavirus du groupe A sont les plus importants en pathologie humaine [10].

Leur génome est constitué de 11 segments d’ARN codant pour 6 protéines non structurales NSP1 à NSP6 et 6 protéines structurales VP1 à VP4, VP6 et VP7.

Les protéines structurales sont organisées en trois couches. La couche la plus interne est constituée des protéines VP1, VP2, VP3 qui interviennent dans la transcription et la réplication virale. La couche intermédiaire est faite de la protéine VP6. Elle est la protéine majeure du virus, soit environ 50% de la masse protéique totale. C’est le déterminant antigénique de groupe. Elle représente la protéine que reconnaissent la plupart des réactifs immunologiques utilisés au laboratoire pour le diagnostic biologique. Les protéines structurales VP7 et VP4 forment la couche externe de la capside. Ces protéines VP7 et VP4, induisent la production d’anticorps neutralisants, qui sont à l’origine de la classification binaire des rotavirus établie par séro-neutralisation.

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ⁷⁷

En fonction des caractéristiques de la glycoprotéine VP7, on distingue 35 sérotypes G (G1, G2, G3, etc.) et selon les variations de la protéase VP4, 50 sérotypes P sont définis. Une autre classification est également utilisée, il s’agit de la classification génotypique des rotavirus par analyse des gènes codant les protéines VP7 et VP4, on parle alors de génotypes. Par convention, on écrit le sérotype entre parenthèses (P) et le génotype entre crochets [P] [10].

Figure 3 : Génome viral des 11 segments d’ARN double brin analysé par électrophorèse sur gel de Polyacrylamide [10].

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2.DIARRHEE A ROTAVIRUS 2.1. Physiopathologie

Les rotavirus infectent les entérocytes et provoquent une diarrhée selon un mécanisme complexe et multifactoriel [21]. L’infection de ces entérocytes entraine des anomalies structurales et fonctionnelles de l’épithélium, à l’origine de la diarrhée. En effet, l’infection diminue les fonctions de digestion et d’absorption des nutriments.

Dans la détermination de la diarrhée à rotavirus, une entérotoxine virale joue un rôle important ; il s’agit de la glycoprotéine non structurale NSP4. Elle serait impliquée dans l’hypersécrétion modérée du chlore dans la lumière intestinale suite à une augmentation du calcium intracellulaire par la stimulation du système nerveux entérique [14 ; 8]. La présence des récepteurs spécifiques de NSP4 serait dépendante de l’âge et expliquerait en partie la sévérité de la diarrhée chez les jeunes enfants [14 ; 10].

2.2. Aspects cliniques

Le mode de contamination des rotavirus est essentiellement oraux-fécal.

Sa transmission est favorisée par l’excrétion élevée du rotavirus dans les diarrhées, sa résistance dans l’environnement et sa faible dose infectante [15 ; 7]. Le rotavirus a une période d’incubation de deux à quatre jours, souvent marquée au début par un épisode d’otite ou de rhinopharyngite. La maladie débute brutalement par des vomissements et de la fièvre. L’atteinte de l’état général est fréquente et peut être marquée. Le maximum de diarrhée est atteint entre vingt-quatre à quarante-huit heures. Les selles sont liquides et abondantes.

En raison de l’intensité des vomissements et de la fièvre élevée, la survenue d’une déshydratation aiguë sévère est significativement plus fréquente qu’au cours des autres infections intestinales virales.

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2.3. Diagnostic biologique

Plusieurs méthodes sont utilisées dans le diagnostic biologique des diarrhées à rotavirus.

2.3.1. Les méthodes immunologiques

Elles comprennent les techniques d'agglutination latex et d'immuno chromatographie, les techniques ELISA. Ces techniques sont basées sur la liaison spécifique entre l’antigène et l’anticorps. Cette liaison peut être révélée par agglutination, par coloration enzymatique ou par fluorescence. L’utilisation d’anticorps monoclonaux a permis d’augmenter leur spécificité et leur reproductibilité. Cependant, contrairement à la biologie moléculaire, ces techniques ne permettent pas de distinguer les sérotypes viraux. Le test d’agglutination repose essentiellement sur la détection rapide d’antigène de rotavirus [5]. Il consiste à mettre en contact l’échantillon avec des microbilles de latex recouvertes d’anticorps spécifiques. Ces anticorps sont dirigés contre la protéine VP6 de rotavirus de groupe A. La liaison de l’antigène viral cible à l’anticorps entraine une agglutination visible à l’œil nu [6].

La technique ELISA utilisée dans le cadre du diagnostic des infections à rotavirus utilise un anticorps polyclonal dans un dosage immunoenzymatique en sandwich en phase solide. Elle est plus sensible et plus spécifique que les tests d’agglutinations.

2.3.2. Autres méthodes

D’autres méthodes sont également utilisées pour le diagnostic de rotavirus. Il s’agit de :

 La microscopie électronique qui est la technique de référence car elle permet la mise en évidence et la visualisation directe du virus.

 La RT- PCR qui permet de réaliser le génotypage des souches.

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ¹⁰¹⁰

3. PREVENTION ET TRAITEMENT 3.1. Prévention

Le meilleur moyen de protéger les enfants est de prévenir l’infection par la vaccination. Deux vaccins anti-rotavirus à administrer par voie orale sont disponibles et homologués par l’OMS.

Le premier, le vaccin RotaTeq (Rot-5), fabriqué par Merck Frosstau Canada, a été approuvé en 2006. Il s’agit d’un vaccin pentavalent réassorti humain bovin oral à virus vivant qui contient cinq souches du virus.

Le second vaccin est le Rotarix (Rot-1), homologué en 2008, il est fabriqué par GlaxoSmithKline Biologicals (Belgique). Il s’agit d’un vaccin monovalent à virus vivant atténué G1P [8] dérivé d’une seule souche humaine, le RIX4414 [13].

Il existe d’autres vaccin oraux contre le rotavirus (ORV), ROTAVAC et ROTASIIL, fabriqué et commercialisé en Inde [5 ; 18].

3.2. Traitement

Il n’existe actuellement aucun traitement spécifique. Comme pour d’autres diarrhées de l’enfance, la thérapie se fonde sur le remplacement des liquides pour éviter la déshydratation et l’administration de zinc, qui diminue la gravité et la durée de la diarrhée. Les solutions de sels de réhydratation orale à osmolarité réduite sont plus efficaces pour remplacer les liquides perdus.

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ¹¹¹¹

CHAPITRE II

MATERIEL ET METHODES

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ¹²¹²

1. CADRE

1-1. Cadre institutionnel

L’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi est une institution universitaire publique de formation professionnelle au sein de l’Université d’Abomey-Calavi.

Notre formation s’y est déroulée trois années dans le département de Génie de Biologie Humaine.

1.2. Cadre technique

Notre stage pratique s’est déroulé au Laboratoire National de Santé Publique à Cotonou. Il est situé au Ministère de la Santé.

1.2.1- Attributions du Laboratoire National de Santé Le Laboratoire National de Santé est chargé de :

 développer et pratiquer les méthodes d’analyses biologiques dans un but de diagnostic et de recherche ;

 organiser et mettre en œuvre toutes les enquêtes de surveillance épidémiologique des maladies en général et des maladies transmissibles en particulier ;

 pratiquer toutes les analyses de santé publique en collaboration avec les structures concernées ;

 assurer l’organisation des stages pratiques des élèves et étudiants en provenance des structures agréées de formation, ainsi que le recyclage et la formation en cours d’emploi des techniciens de laboratoire d’analyses biomédicales ;

 étudier et faire appliquer la règlementation sur les conditions d’ouverture et de fonctionnement des laboratoires d’analyses biomédicales publics et privés ;

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ¹³¹³

 organiser et participer aux analyses de santé publique et aux investigations toxicologiques diverses.

1.2.2. Organisation du Laboratoire National de Santé Publique

Le Laboratoire National de Santé Publique est subdivisé en plusieurs sections dont les sections de biochimie, de sérologie, de parasitologie, d’hématologie et de bactériologie où nous avons réalisé notre travail.

La section de Bactériologie a pour rôle d’assurer le contrôle et la surveillance des maladies à potentiel épidémique. Outre cette activité, les examens suivants y sont réalisés :

 Examen cytobactériologique des urines ;

 Examen cytobactériologique des sécrétions cervico-vaginales ;

 Examen cytobactériologique des sécrétions urétrales ;

 Examen bactériologique des pus et sérosités ;

 Spermogramme ;

 Spermoculture ;

 Coproculture ;

 La section de Parasitologie où les examens suivants sont réalisés :

 Coprologie parasitaire complète ;

 Recherche d’amibes, kystes, œufs et parasites ;

 Analyse de la goutte épaisse et réalisation de la densité parasitaire ;

 Recherche des œufs de bilharzie vésicale ;

 Recherche de filaires ;

 Test biologique de grossesse ;

 etc.

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 La section de Sérologie qui s’occupe, comme la section de bactériologie, du contrôle et de la surveillance des maladies à potentiel épidémique. Néanmoins les examens suivants y sont réalisés :

 Sérodiagnostic de Widal ;

 Sérodiagnostic de la syphilis ;

 Sérodiagnostic de la rubéole ;

 Sérodiagnostic de la chlamydiose ;

 Sérodiagnostic de la toxoplasmose

 Dosage de l’anticorps antistreptolysine O ;

 Recherche de l’antigène du virus de l’hépatite B ;

 Recherche de l’anticorps du virus de l’hépatite C ;

 etc.

 La section de Biochimie qui s’occupe de la recherche des éventuels dysfonctionnements de l’organisme. Les paramètres suivants y sont dosés :

 Glycémie ;

 Urémie ;

 Créatininémie ;

 Uricémie ;

 Transaminases ;

 Cholestérols ;

 Bilirubines ;

 Calcémie ;

 Magnésémie ;

 Triglycérides ;

 Gamma-GT ;

 Phosphatase alcaline ;

 Alpha amylase ;

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 Protidémie

 La section d’Hématologie s’occupe de la numération des plaquettes, de la formule sanguine, etc.

Les examens ci-après sont réalisés dans cette section :

 Numération, Formule Sanguine ;

 Formule Sanguine ;

 Vitesse de Sédimentation ;

 Numération des Réticulocytes ;

 Temps de Saignement ;

 Temps de Coagulation ;

 Groupage Sanguin ABO et Facteur Rhésus.

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2. MATERIEL

2.1. Matériel biologique

Le matériel biologique était constitué d’échantillons de selles d’enfants.

2.2. Matériel de prélèvement

Le matériel de prélèvement de selles est composé de pots propres pour le recueil de selles, de sachets pour l’emballage et d’une glacière pour le transport.

2.3. Matériel pour ELISA

Il est constitué de réactifs et consommables notamment les tubes Eppendorf, le glycérol et le kit ProSpecT Rotavirus. On y trouve également un équipement composé de portoirs, de micropipettes, d’une minuterie, d’une centrifugeuse de paillasse, d’un agitateur vortex, d’une microplaque, d’un laveur ELISA, d’un lecteur ELISA. Tous les réactifs ont été conservés à +4°C.

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3. METHODES

3.1. Population d’étude

Elle a été constituée de 34 enfants de 0 à 5 ans sans distinction de sexe.

3.1.1. Critère d’inclusion

Tout enfant âgé de 0 à 5 ans admis dans les cliniques sélectionnées pour raison de gastroentérites faites de diarrhées, avec ou sans vomissements comme premier motif de consultations.

3.1.2. Critère de non inclusion

Tout enfant âgé de 0 à 5 ans présentant des selles sanguinolentes.

3.2. Prélèvement

Les échantillons de selles ont été prélevés 48 heures au plus tard après l’admission à l’hôpital des enfants pour éviter les infections nosocomiales, dans des pots propres en plastique de 25 ml. Ces échantillons ont ensuite été transportés au laboratoire national de santé pour analyses dans une glacière contenant des accumulateurs de froid.

3.3. Recherche de l’antigène VP6

La détermination de la protéine VP6 a été réalisée par la technique ELISA, selon la méthode décrite dans le kit ProSpecT Rotavirus.

Les différents réactifs du kit ProSpecT rotavirus et les échantillons de selles à tester ont été sortis du réfrigérateur 30 minutes avant la manipulation. Une suspension à 10% a été préparée en ajoutant 100 μL de selles liquides ou 0,1 g de selles solides soit environ la taille d’un petit pois à 900 μL du diluant fourni avec le kit. La suspension a été mélangée à l’agitateur vortex pendant 30 secondes, puis centrifugée à 5000 tours/minute pendant 3 minutes.

Un volume de 100 μL de surnageant de chaque échantillon dilué a été ajouté aux différents micropuits suivant une feuille de paillasse pré établie. Un contrôle positif et un contrôle négatif ont toujours été inclus dans chaque série de tests.

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ¹⁸¹⁸

Ensuite, 100 μL soit deux gouttes du conjugué ont été ajoutés dans chaque micropuits. Le conjugué contient des anticorps polyclonaux spécifiques à la protéine VP6 et le conjugué à de la peroxydase. La plaque a été recouverte et incubée à 22°C pendant 60 +/- 5minutes. Après incubation, le contenu des micropuits a été déversé où chaque micropuits a été lavé avec une solution tampon de lavage préalablement diluée au 1/10. Ce processus de lavage a été réalisé 5 fois au total. Après le lavage final, la plaque a été renversée et tapotée sur du papier absorbant pour retirer les dernières traces de tampon de lavage.

Après ce lavage, 100 μL de substrat ont été ajoutés dans chaque micropuits. Le substrat est un chromogène qui permet de révéler la réaction. Les micropuits ont été ensuite incubés à 22°C pendant 10 minutes, et reçoivent 100 μL de solution d’arrêt. La lecture au spectrophotomètre a été effectuée dans les 30 minutes qui ont suivi l’ajout de la solution d’arrêt.

La lecture a été faite à partir d’un lecteur ELISA en double longueurs d’onde 450 et 650 nm. La propreté du fond des micropuits a été soigneusement vérifiée avant la lecture.

Le calcul de la valeur seuil ou le « Cut-off value » a été fait en ajoutant 0,200 unités d’absorbance à la valeur du contrôle négatif, selon les recommandations du fabricant et approuvées par les laboratoires de références de l’OMS.

Le test a été validé si la valeur du contrôle négatif est strictement inférieure à 0,150 unités d’absorbance et celle du contrôle positif, strictement supérieure à 0,500 unités d’absorbance.

A l’issu de la lecture, tout échantillon des selles dont la valeur d’unité d’absorbance est supérieure à la valeur seuil est positif, et tout échantillon des selles dont la valeur d’unité d’absorbance est inférieure à la valeur seuil est déclaré négatif.

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Les échantillons dont les résultats ont donné des valeurs d’unités d’absorbance se situant à moins de 0,010 unités d’absorbance de la valeur seuil ont été considérés comme équivoque. Ces échantillons ont été à nouveau testés, ou le patient a été soumis à de nouveaux prélèvements.

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CHAPITRE III

RESULTATS ET COMMENTAIRES

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1.RESULTATS

1.1. Caractéristiques épidémiologiques de la population d’étude.

Tableau I : Répartition de la population d’étude selon l’âge et le sexe.

Tranches d’âges

Sexe

M F

N (%) N (%)

Effectif N %

≤ 6 mois 10 (29 ,41) 02 (5,88) 12 (35,29)

7 – 12 mois 04 (11,76) 04 (11,76) 08 (23,53)

12 – 19 mois 02 (5,88) 00 (00) 02 (5,88))

19 – 24 mois 06 (17,65) 02 (5,88) 08 (23,53)

≥ 25 mois 02 (5,88) 02 (5,88) 04 (11,76)

Total 24 (70,59) 10 (29,41) 34 (100)

M : Masculin F : Féminin Les enfants âgés de moins de 06 mois sont les plus représentés (35,29%) suivis des enfants âgés de 7 à 12 mois (23,53%). Le sex-ratio est de 2,4 en faveur des garçons.

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1.2. Répartition de la population d’étude en fonction de l’hospitalisation de l’état de déshydratation, de la fièvre, du vomissement.

Tableau II : Répartition de la population selon l’hospitalisation.

Hospitalisation

Sexe M F

N (%) N (%)

Effectif N (%)

Oui 12 (35 ;29) 04 (11,76) 16 (47,05)

Non 12 (35,29) 06 (17,65) 18 (52,94)

Total 24 (70,59) 10 (29,41) 34 (100)

M :Masculin F : Féminin

Les enfants hospitalisés constituent 47,05% (16/34) de l’effectif.

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Tableau III : Répartition de la population d’étude selon l’état de déshydratation.

Déshydratation

Sexe

M F

N (%) N (%)

Effectif N %

Sévère 04 (11,76) 00 (00) 04 (11,76) Evident 02 (5,88) 08 (23,53) 10 (29,41)

Aucune 18 (52,94) 02 (5,88) 20 (58,82)

Total 24 (70,59) 10 (29,41) 34 (100)

M :Masculin F : Féminin L’état de déshydratation sévère a été observé chez 11,76% (4/34) enfants.

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Tableau IV : Répartition de la population d’étude selon la présence de fièvre.

Fièvre

Sexe

M F

N (%) N (%)

Effectif N (%)

Oui 10 (29,41) 04 (11,76) 14 (41,18) Non 14 (41,18) 06 (17,65) 20 ( 58,82)

Total 24 ( 70,59) 10 (29,41) 34 (100)

M : Masculin F : Féminin

Dans la population d’étude, 41,18% (14/34) des enfants ont présenté une fièvre. Ont été considérés fiévreux, tout enfant dont la température est supérieure à 37,5° (Présence de fièvre = T° > 37,5°).

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Tableau V : Répartition de la population d’étude selon la présence de vomissement.

Vomissement

Sexe

M F

N (%) N (%)

Effectif

N (%) Oui 14 (41,18) 08 (23,53) 22 (64,71) Non 10 (29,41) 02 (5,88) 12 (35,29) Total 24 (70,59) 10 (29,41) 34 (100)

M : Masculin F : Féminin

Environ 2/3 (64,71%) de la population d’étude avaient un problème de vomissement.

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1.3. Prévalence de l’infection à rotavirus.

Figure 4 : Prévalence de l’infection à rotavirus dans la population d’étude.

Des 34 échantillons de selles testés, 8 ont été positifs au rotavirus soit un taux de positivité de 23,5%.

23,5

76,5

100

POSITIF NÉGATIF TOTAL

Echantillons

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1.4. Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus 1.4.1. Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et le sexe.

Tableau VI : Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et le sexe.

Sexe

Positifs Négatifs N (%) N (%) N (%)

Total N (%) Masculin 02 (8,3) 22 (91,7) 24 (100) Féminin 06 (60) 04 (40) 10 (100) Total 08 (23,5) 26 (76,5) 34 (100)

N : Nombre

Les enfants de sexe féminin, ont été plus touchés (60%) que ceux du sexe masculin (8,3%).

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Figure 5 : Répartition des tranches d’âges des enfants en fonction de la diarrhée à rotavirus.

Les enfants appartenant aux tranches d’âges de 7 à 12 mois et de 19 à 24 mois ont été les plus touchés.

0 0,5 1 1,5 2 2,5

0 à 6 7 à 12 13 à 18 19 à 24 ≥25

Nombre de cas

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1.4.2. Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et selon le statut d’hospitalisation et l’état de déshydratation.

Tableau VII : Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et selon l’hospitalisation.

Hospitalisation

Positifs Négatifs N (%) N (%)

Effectif N (%) Oui 02 (12,5) 14 (87,5) 16 (100) Non 06 (33,3) 2 (66,7) 18 (100) Total 08 (23,5) 26 (76,5) 34 (100)

N : Nombre

La diarrhée à rotavirus a été détectée chez 33,3% (06/08) des enfants non hospitalisés. Par contre, 87,5% (14/16) des enfants hospitalisés n’avaient pas de rotavirus dans leurs selles.

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1.4. 3. Répartition des enfants en fonction de la diarrhée à rotavirus associée au vomissement et à la fièvre.

Tableau VIII : Répartition des enfants en fonction de la diarrhée à rotavirus associée au vomissement.

Vomissement

Positifs Négatifs N (%) N (%) Oui 08 (100) 14 (53,8) Non 00 (0) 12 (46,2) Total 08 (100) 26 (100)

N : Nombre

Le vomissement a été observé chez tous les enfants souffrant de la diarrhée à rotavirus.

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Tableau IX : Répartition des enfants en fonction de la diarrhée à rotavirus associée à la fièvre.

Fièvre

Positifs Négatifs N (%) N (%)

Total N %

Présent 06 (42,9) 08 (57,1) 14 (100) Absent 02 (10) 18 (90) 20 (100)

Total 08 (23,5) 26 (76,5) 34 (100)

N : Nombre

Au nombre des enfants ayant présenté une fièvre, 57,1% (08/14) n’avaient pas de diarrhée à rotavirus. De même, 10% (02/20) des enfants non fièvreux avaient la diarrhée à rotavirus.

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2. COMMENTAIRE

La présente étude a montré la présence de rotavirus au sein des enfants âgés de 0 à 5 ans admis, d’Octobre en Novembre 2018, à l’hôpital de zone de Mênontin, à la clinique centrale de Calavi et au centre de santé Anastasis.

L’infection à rotavirus était plus présente chez les filles (60%) que chez les garçons (8,3%). Lesmêmes observations ont été faites au Kenya en 2017 puis au Benin en 2018 [3 ; 2], révélant une prédominance du sexe féminin.

Le taux de positivité de cette infection a été de 23,5%. Ce taux est proche de celui enregistré en Russie [22], et supérieur à 21,1% obtenu en Tunisie en 2009 [16]. En Mai 2018, Agbla et al., ont eu 39,2% qui est supérieur au taux de positivité obtenu dans cette étude [2]. La courte durée de collecte des échantillons pourrait expliquer ce taux obtenu. Aussi, selon des données sur la distribution saisonnière du rotavirus, l’infection est plus fréquente dans les pays développés en période hivernale. Le niveau d’instruction et le niveau social de la majorité des parents d’enfants recrutés lors de cette étude ont permis de garantir un minimum d’hygiène, et donc de prévenir l’incidence accrue des maladies dites « de mains sales » comme l’infection à rotavirus.

Les enfants infectés par le rotavirus étaient âgés de 7 à 12 mois et 19 à 24 mois ; l’infection a donc majoritairement touché les enfants de moins de deux ans. Les observations similaires ont été rapportées au Nigéria en 2011[12]. Par contre, en 2014 au Zimbabwe [17] les enfants de la tranches d’âges de 12 à 24 mois ont été les plus touchés, suivis de ceux de 0 à 12 mois. Cette répartition de la diarrhée à rotavirus en fonction de l’âge, pourrait s’expliquer par le fait que les enfants, notamment les nouveaux nés sont protégés par le lait maternel qui contient des facteurs bioactifs qui renforcent leur système immunitaire immature et leur offrent tous les nutriments dont ils ont besoin au cours des six premiers

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mois de leur vie. Ces nouveaux nés sont aussi protégés par le fort taux d’anticorps transplacentaires acquis de leurs mères.

En effet, les anticorps maternels protègent l’enfant efficacement les premiers mois. Cette protection régresse avec l’âge et est perdue lorsque l’enfant avoisine 6 mois. Ceci pourrait expliquer la recrudescence des cas à partir de 6 mois et l’absence de cas aux premières semaines de vie de l’enfant.

La diarrhée à rotavirus a été détectée plus, chez des enfants non hospitalisés (33,3%) dans la population d’étude. Ces enfants pourraient représentés une source de contamination pour les autres enfants compte tenu surtout du niveau d’hygiène dans notre pays. Chez tous les enfants, le vomissement a été observé.

Aussi, dans la population d’étude, la diarrhée à rotavirus a été détectée chez des enfants non fièvreux. Cette situation montre que, l’infection à rotavirus chez les enfants ne s’accompagne pas toujours de la fièvre comme l’a indiqué la littérature.

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CONCLUSION

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En somme, la présente étude confirme la présence de l’infection à rotavirus au Benin et en particulier dans les villes d’Abomey – Calavi et de Cotonou. Le taux de positivité des diarrhées infantiles à rotavirus dans ces villes a été évalué à 23,5%. Les enfants de la tranche d’âge de 7 à 12 mois et 19 à 24 mois ont été les plus touchés. Aucun cas de diarrhée à rotavirus n’a été observé avant le premier trimestre de vie chez ces enfants.

La présente étude devra être complétée par des études moléculaires afin de rechercher les profils de la protéine VP6 en électrophorèse et les génotypes de rotavirus circulants au Bénin.

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Recommandations

A l’issue de cette étude, nous recommandons à l’endroit du Ministère de la Santé :

1- L’installation et la formalisation des sites de surveillance des rotavirus sur toute l’étendue du territoire en vue d’avoir des feedbacks permanents et donc une maitrise des souches circulant dans chaque localité ;

2- L’institution du vaccin contre les rotavirus dans le PEV.

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Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ³⁸³⁸

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Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ⁴⁰⁴⁰

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Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ⁴¹⁴¹ Annexe : Fiche d’enquête (Etude sur les rotavirus)

Dossier médical N° : --- Numéro _________ Nom hôpital ……….

Date d’hospitalisation : ---/---/---/ Date d’admission : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année)

Information sur le patient : Nom du Père/Mère : --- Prénoms de l’enfant : --- ---

Commune de résidence : --- Ville : --- Quartier : --- Tél : --- Age (Mois) : --- Date de naissance : ---/---/---/ Poids (kg) : ---Sexe : M F

Traitement reçu : SRO seul () ; IVF () ; SRO +IVF () ; Autre (préciser) ---

Profession de la mère………Niveau d’étude : Primaire…Secondaire…. Universitaire…. Aucun

…….

Profession du père………Niveau d’étude : Primaire…Secondaire……. Universitaire …… Aucun…….

Revenus mensuels…………

Lieu de résidence : En Location………Chez soi………

Information clinique :

L’enfant a – t - il vomi : --- (Oui/Non) No d’épisodes/24h : --- Durée (Jours) : --- L’enfant fait-il la diarrhée : --- (Oui/Non) No d’épisodes/24h : --- Durée (Jours) : --- Date de début de la diarrhée : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année) Température : ---°C

Léthargie/inconscient : --- (Oui/Non) Yeux creux : --- (Oui/Non) Difficultés à boire : --- (Oui/Non) Pli cutané : --- (Oui/Non) Etat de déshydratation : Sévère () Evident () Aucun ()

Statut vaccinal :

Vaccin contre Rota reçu : ---- (Oui/Non) Type de vaccin : Rotateq () Rotarix () Autre : --- Source de l’information : Carte vaccination () Registre médical () Rapport verbal () Inconnue () Issue : Améliorée () ; Transférée () ; Décédée () ; Contre avis médical () ; Inconnue ()

Date de sortie ou de décès : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année)

Information de Laboratoire : Date de prélèvement des selles : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année) Heure de prélèvement : ---

Etat de l’échantillon : Adéquat () Non adéquat ()

Moyen de conservation des selles : () Glacière () Réfrigérateur () Congélateur () Aucun Date d’envoi au Laboratoire : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année)

Date de réception au Laboratoire : ---/---/---/ (Jour/Mois/ Année)

Rotavirus dépisté dans les selles : --- (Oui/Non) Si <<Oui>> Méthode utilisée : ---

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TABLE DES MATIERES

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LISTES DES ENSEIGNANTS PERMANENTS ET VACATAIRES ... ii

DEDICACE ... iv

REMERCIEMENTS ... v

HOMMAGES ... vii

LISTE DES SIGLES ABREVIATIONS ... viii

LISTE DES TABLEAUX... ix

LISTE DES FIGURES ... x

SOMMAIRE ... xi

ABSTRACT ... xii

RESUME ... xii

INTRODUCTION ... 1

CHAPITRE I :SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE ... 4

1.ROTAVIRUS ... 5

1.1. Définition et Structure... 5

1.2. Protéines et caractéristiques antigéniques... 6

2.DIARRHEE A ROTAVIRUS ... 8

2.1. Physiopathologie ... 8

2.3. Diagnostic biologique ... 9

2.3.1. Les méthodes immunologiques ... 9

2.3.2. Autres méthodes ... 9

3. PREVENTION ET TRAITEMENT ... 10

3.1. Prévention ... 10

3.2. Traitement ... 10

CHAPITRE II :MATERIEL ET METHODES ... 11

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ⁴⁴⁴⁴

1. CADRE ... 12

1-1. Cadre institutionnel... 12

1.2. Cadre technique ... 12

1.2.1- Attributions du Laboratoire National de Santé ... 12

1.2.2. Organisation du Laboratoire National de Santé Publique ... 13

2. MATERIEL ... 16

2.1. Matériel biologique ... 16

2.2. Matériel de prélèvement ... 16

2.3. Matériel pour ELISA ... 16

3. METHODES ... 17

3.1. Population d’étude ... 17

3.1.1. Critère d’inclusion ... 17

3.1.2. Critère de non inclusion ... 17

3.2. Prélèvement ... 17

3.3. Recherche de l’antigène VP6 ... 17

CHAPITRE III :RESULTATS ET COMMENTAIRES ... 20

1.RESULTATS ... 21

1.1. Caractéristiques épidémiologiques de la population d’étude. ... 21

1.2. Répartition de la population d’étude en fonction de l’hospitalisation de l’état de déshydratation, de la fièvre, du vomissement. ... 22

1.3. Prévalence de l’infection à rotavirus. ... 26

1.4. Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus ... 27

1.4.1. Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et le ... 27

sexe. ... 27

1.4.2. Répartition de la population en fonction de la diarrhée à rotavirus et ... 29

Présenté et soutenu par GANGBO Hermione Déo Gratias A. ⁴⁵⁴⁵

1.4. 3. Répartition des enfants en fonction de la diarrhée à rotavirus associée au ... 30

2. COMMENTAIRE ... 32

CONCLUSION ... 34

Recommandations ... 36

Références bibliographiques ... 37

Annexe : Fiche d’enquête ... 41

TABLE DES MATIERES ... 42