en fr

Texte intégral

(1)ARN régulateurs de Staphylococcus aureus : Rôle de RsaA dans la formation du biofilm et de la capsule, niveaux d’expression des ARN dans les prélèvements cliniques Claire Lays. To cite this version: Claire Lays. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus : Rôle de RsaA dans la formation du biofilm et de la capsule, niveaux d’expression des ARN dans les prélèvements cliniques. Sciences agricoles. Université Claude Bernard - Lyon I, 2012. Français. �NNT : 2012LYO10344�. �tel-01127449�. HAL Id: tel-01127449 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127449 Submitted on 7 Mar 2015. HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of scientific research documents, whether they are published or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.. L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés..

(2) N° ordre : 344-2012. Année 2012. THESE DE L‘UNIVERSITE DE LYON Délivrée par. L’UNIVERSITE CLAUDE BERNARD LYON 1 ECOLE DOCTORALE. EVOLUTION ECOSYSTEME MICROBIOLOGIE MODÉLISATION DIPLOME DE DOCTORAT (arrêté du 7 août 2006) soutenu publiquement le 20 Décembre 2012 par. Claire LAYS ~~~. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus : Rôle de RsaA dans la formation du biofilm et de la capsule, Niveaux d'expression des ARN dans les prélèvements cliniques ~~~. JURY :. Dr Sandrine BOISSET Pr Jean-Marc GHIGO Dr Mathias HERRMANN Dr Iñigo LASA Dr Pascale ROMBY Pr François VANDENESCH. Examinateur Rapporteur Rapporteur Rapporteur Examinateur Directeur de thèse.

(3)

(4) Remerciements. REMERCIEMENTS Tout d’abord je tiens à remercier Inigo Lasa, Mathias Herrmann et Jen-Marc Ghigo pour avoir accepter de lire et juger cette thèse. Mes remerciements vont en premier lieu au professeur François Vandenesch pour m’avoir accueillie au sein de son équipe et pour avoir dirigé ce travail de thèse. Vous avez su m’orienter durant ces 3 années et me faire confiance pour mener à bien ce projet. Pour tout cela, je vous remercie. Ce travail n’aurait pas vu le jour sans la confiance et le soutien de Sandrine Boisset qui m’a donnée l’opportunité de prendre part à ce projet. Tu as su me faire partager ta passion pour la recherche et pour le monde des ARN régulateurs. Durant ces 4 années de collaboration, tu as su jongler avec ton emploi du temps pour te montrer toujours disponible et me remotiver lors des moments de doute. Un immense merci pour ces moments partagés : je pense notamment à ces week-ends à l’animalerie à peser, mesurer, colorier... Ton dynamisme et ton engagement ont été essentiels à la réussite de ma thèse. Même après ton départ pour Grenoble, tu as toujours répondu présente à mes multiples sollicitations. Pour cette chance que tu m’as offerte et ta bienveillance, je te dois beaucoup. A Tom, spécialiste des ARN (et sauveteur informatique), qui nous a rejoins en cours de route, merci pour ton aide et tes conseils avisés. Tu as su me transmettre tes connaissances sur les ARN. A Juan, nous avons partagé trois années, entre petites galères et grandes réussites. A Jess, dernier membre actif de la « RNA team » et « capricorne team », tes petites manies, nos points communs et nos fous rires ont mis de la couleur à cette fin de thèse. Ce travail a été réalisé en étroite collaboration avec l’équipe CNRS UPR9002 « Architecture et Réactivité de l’ARN » dirigée Pascale Romby. Je tiens donc à remercier Pascale pour ces conseils avisés, pour ces encouragements au cours de nos différentes rencontres et pour avoir vu se profiler une belle histoire sur rsaA. Un grand merci à Cédric Romilly, thésard de choc, sans qui la boucle ne serait pas bouclée. Je n’ai pu qu’apprécier nos discussions, souvent virtuelles pour aboutir à ce travail collaboratif, preuve que la science est avant tout une histoire humaine. Bonne chance pour la suite et j’espère que nos chemins se recroiseront. A Efi, Isabelle, Pierre et Delphine pour leur gentillesse. Mille mercis à toute l’équipe de Laennec passée et présente. Par votre soutien et votre amitié, vous faites partie intégrante de la réussite de ce travail. Un brin râleuse, vous avez été contraints de me supporter toutes ces années… A Flo, pour ton amitié, ta joie de vivre et nos fous rires. Je n’oublie pas non plus ton aide technique. A Cédric, nos échanges de petis pics et ton humour sarcastique durant les manips ont ponctués ces quelques années de thèse. A Marie-Thérèse et Katia, femmes de l’ombre mais indispensables, merci pour ces litres de GP. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 3.

(5) Remerciements que je vous ai si souvent réclamé, pour cette complicité et votre sourire quotidien. A Geneviève, secrétaire chic et choc pour ta gentillesse et ton professionnalisme. A Olivier, pour tes mots d’encouragements et ton amitié. Je garde en mémoire nos longues conversations tardives au labo, tes conseils et ta bonne humeur. A Christophe, merci pour tes conseils techniques et tes conseils pour le futur… A Sabine, pour tes encouragements et ta bienveillance ! Merci aux personnes de passage qui ont partagé le fameux « bureau des étudiants » : Lorna, Emilie, Fiona, P-A, Charlotte. Merci à Thibaud, souvent gaffeur, un brin râleur, devenu ami et soutien téléphonique. Mes remerciements vont également aux personnels de l’Est et du Sud : Gérard, Sophie J., Anne, Hélène, Michèle, Ghislaine, Mona ; aux personnels du Nord : Fred pour ton accueil au sein de ton équipe et ta gentillesse, Sophie T. pour ton amitié, Flo A., Anaïs, Jean-Philippe et Florian ; et ceux de Gerland : Thomas et Carole pour vos conseils et votre aide pour les manips souris, Magali, Roberto. Merci aux personnels des plateforme sans qui ce travail ne serait pas : votre professionnalisme n’a d’égal que votre gentillesse. Personnel discret mais Ô combien efficace, vous êtes un maillon essentiel dans la réussite de cette thèse. Le CeCil : Christophe, Chantal (toujours serviable même le samedi matin !), Annabelle et Elisabeth (qui ne s’avouent jamais vaincues !) Le PBES, Jean-François, et Marie qui nous ont beaucoup aidés à la mise en œuvre des manips in vivo.. Un simple merci ne suffira pas à remercier ma famille. A mes parents pour leur amour, leur présence et leur soutien sans faille. Vous avez été des piliers durant ces 4 années parfois laborieuses, vos encouragements ont été bénéfiques et m’ont permis d’aller de l’avant. Vous m’avez toujours poussé à faire ce que j’aimais, un immense merci à vous deux. A mes sœurs, Aurélie et Audrey, qui ont été présentes et compréhensives, leurs appels et leurs mots de soutien m’ont beaucoup apportés. A mes nièces, Lycia et Zoé, mes petits rayons de soleil. A mes amis et plus particulièrement aux Oops, Christie et Flo, je n’aurai pas pu rêver meilleurs soutiens. A Christie, coloc’ et amie de choc. Confidente, soutien quotidien, tu as supporté mon stress, mes angoisses, les bons et les mauvais moments. Pour ta présence, ton amitié et ta patience, je te dois énormément. A Flo, petite boule d’énergie, tu as toi aussi supporter mes humeurs et mon manque de disponibilité, surtout ces 2 derniers mois !!! Merci pour ton amitié, ta présence, ton humour et ta joie de vivre. A tout ceux que j'omets mais qui ont d’une manière ou d’une autre participé à l’aboutissement de ce projet, ne voyez là qu’un oubli…. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 4.

(6) Table des Matières. TABLE DES MATIERES -81$/$*).CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCT. ) 3 ./' 03CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCML. ) 3 .!$"0- .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCML. )/-*0/$*)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMO . $'$*"-+#$ CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMR. C

(7)

(8)

(9) CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMS. CM)+ 0F#$./*$- DCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMS. CN3$)*($ CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMS. CO*-/" /*01*$-+/#*"7) CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMU. COCM*-/" CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMU. COCN*01*$-/#*"7) CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMU. CP .!/ 0-. 1$-0' )

(10) &"" CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNL. CPCM .+-*/8$) . .0-! CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNM. 8B8?8?

(11) )0) $)$(0)$)"&(% < )=888888888888888888888888888888888888888888888888888@?. 8B8?8@

(12) )0) $))0(0*0)< )=88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@A. 8B8?8A

(13) &(%*0 $8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@B. CPCN .+-*/8$) .F81.$*)0.4./7( $((0)$/$- B / CCCCCCCCCCCCCCCCCCNQ. 8B8@8? 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@C. 8B8@8@ 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@D. CPCO ./*3$) .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNR. 8B8A8?-%*%- $)888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@D. 8B8A8?8?

(14) :0#%".) $"&8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@E. 8B8A8?8@

(15) :0#%".) $*888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@F. 8B8A8?8A

(16) :0#%".) $"*88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@F. 8B8A8?8B

(17) :0#%".) $##888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@F. 8B8A8?8C

(18) "+% $$*%$"$* $8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@G. 8B8A8@%- $))+&($* 0$ '+)88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@G. 8B8A8A-%" * $)8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888@G. 8B8A8B 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888A>. CPCP . )54( .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCOL. 8B8B8?

(19) %+")88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888A>. 8B8B8@

(20) )*&."%! $)888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888A?. 8B8B8A

(21) )" &))888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888A?. 8B8A8B

(22) )&(%*0))888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888A@. CQ$*!$'( /+.0' B 03/ 0-. '+ -.$./)

(23) &"" CCCCCCCCCCCCCCCCOO. CQCM $*!$'(# 5

(24) &"" CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCOO. CQCMCM/+ . '!*-(/$*)0$*!$'(CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCOO 8C8?8?8?*+() #&" '+0)$)":**#$*&( # (88888888888888888888888888888888888888888888888AA. 8C8?8?8@*&:(0* %$)*0( )8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888AC. 8C8?8?8A*(+*+(* %$+ % "#*0*#$*888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888B>. 8C8?8@0+"* %$+ % "#88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888B?. 8C8?8@1"+ % "#

(25) 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888B@. CQCN +.0' # 5

(26) &"" CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCPP. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 5.

(27) Table des Matières. 8C8@8?(0,"$"&)+"88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888BB. 8C8@8@ %).$*/)"&)+"888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888BB. 8C8@8A0+"* %$"&(%+* %$&)+"88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888BC. 8C8@8B&)+"*, (+"$88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888BF. CR -8"0'/$*) '1$-0' ) CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCPU. CRCM .!/ 0-. /-).-$+/$*)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCQL. 8D8?8?(8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888C>. 8D8?8@

(28) )%#%"%+)(88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888C@. 8D8?8A*+( #<σ=888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888CB. CRCN ..4./7( .6 03*(+*.)/.CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCQP. 8D8@8?

(29) ).)*/#(888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888CC. 8D8@8?8?($ )* %$+"%+)(88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888CD. 8D8@8?8@+*%9 $+* %$+).)*/#(888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888CF 8D8@8?8A. 6*+("(0&%$)(8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888CF. 8D8@8@" 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888D>. 8D8@8A8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888D?. 8D8@8B((8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888D?. 8D8@8C("88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888D@. 8D8@8D

(30) .*88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888DA. CRCO .-8"0'/ 0-.CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCRO. CRCP -8"0'/$*) '1$-0' ) $)1$1*# 5'F#*(( CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCRO. 8D8B8?-&()) %$)/$)

(31) $)"): $* %$8888888888888888888888888888888888888888888888888DB. 8D8B8@-&()) %$)/$)

(32) "%()"%"%$ )* %$$)").#&*%#* '+DC. C CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCRS. CM$. )81$ ) .)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCRS. CMCM-$'" ."8)*( .+-$*$)!*-(/$,0 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCRS. CMCN .($-*--4.CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCRT. CMCOE. ,CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCRT. CMCP*E+0-$!$/$*)1 .+-*/8$) .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCRU. CN .$!!8- )/./4+ .F-8"0'/ 0-.CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSL. CNCM . $!CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSL. CNCN .)/$. ).CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSQ. 8@8@8?

(33) )9$* )$)88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888ED. 8@8@8?8?%$*(1""(0&" * %$7-#&"+&")# %"?:

(34) 88888888888888EE. 8@8@8?8@

(35) ).)*/#*%- $;$* *%- $7-#&"+).)*/#

(36)

(37) :

(38) 8888EE. 8@8@8?8A %+"* %$"*(+* %$)%&0(%$)888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888EG. 8@8@8@

(39) ) 9$* )$)888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888EG. CNCO .).8,0 ./-)/ .+-*/8$) .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTN. CNCP . CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTO. CNCQ .))*CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTQ. CO .)# 5

(40) &"" CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTS. COCM .)+'.($$,0 .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTT. 8A8?8?0+"* %$"(0&" * %$& ?*& B?8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888FG. 8A8?8@(0+"*+()+&")# &A?C88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888G?. COCN .).0-' "8)*( CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCUM. 8A8@8?

(41) )&(* +" (":. 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888G?. 8A8@8?8?0+"* %$&%) * ,":0#%".) $8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888G@. 8A8@8?8@0+"* %$)$0* ,)":. 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888G@. 8A8@8?8A0&()) %$").$*/)+*+(%*888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888GB. 8A8@8@

(42) )(0+"*+()&%(*0&("(%#%)%#888888888888888888888888888888888888888888888888888888888GB. 8A8@8A

(43) )$&%(*0)&(")0"0#$*)0$0* '+)#% ")8888888888888888888888888888888888888888GC . 8A8@8A8?-#&"&(8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888GE. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 6.

(44) Table des Matières . 8A8@8A8@-#&"&(8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888GF. 8A8@8A8A

(45) )+*()%0))+() 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888GG. . 8.0'//.3+8-$( )/03CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMLM. C J .

(46) !%" "" CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMLN. )/-*0/$*)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMLO /8-$ '. /8/#* .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMLQ 8.0'//.CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMMQ 81"$)"%(#* %$ % "#888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888??C 81"$)"%(#* %$&)+"888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888?@B 8) $*( *,":# <0(

(47)

(48) =888888888888888888888888888888888888888888888888888888888?A@. C CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMOS. )/-*0/$*)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMOT /-/8"$ F/0 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMOT 8.0'//.CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMOU $.0..$*)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMPL -/$' CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMPL. C CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMQN. )/-*0/$*)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMQO /8-$ ' /(8/#* .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMQO 8.0'//.CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMQQ. . $.0..$*)/ -.+ /$1 .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMQU. C8)$.( -8"0'/$*) .$' .+-.CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMRL. C.A0)($''*)).0)-8. 0 -8"0'/$*)*(+' 3 B8,0$'$- +-8$- )/- +.0' /$*!$'(CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMRN. C.$(+/ 'F$)/ -)'$./$*) /'F*+.*)*+#"*4/*. CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMRQ. C. /(*7' ##CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMRS C$*!$'( /+.0' B6#0).*)$)! /$*)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMRS C. /. B0/- .$(+'$/$*).CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMSM. . *)'0.$*)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMSN . 8!8- ) .$'$*"-+#$,0 .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCMSP . )) 3 .CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNMP . ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 7.

(49) Abréviations. ABREVIATIONS Bactéries E. coli B. cereus B. subtilis C. perfringens L. monocytogenes. Escherichia coli Bacillus cereus Bacillus subtilis Clostridium perfringens Listeria monocytogenes. S. aureus S. caprae S. epidermidis S. haemolyticus S. pneumoniae. Staphylococcus aureus Staphylococcus caprae Staphylococcus epidermidis Staphylococcus haemolyticus Streptococcus pneumoniae. Généralités aa ADN ADNc ADNe AM ARN ARNnc. acide(s) aminé(s) Acide Désoxyribonucléique ADN complémentaire ADN extracellulaire amidase Acide Ribonucléique Acide Ribonucléique non codant. ARNP. ARN polymérase. CA-MRSA Community-Associated MRSA CP1/5/8 Capsule sérotype 1/5/8 D-ala D-alanine Dose Infectieuse 50 % DI50 Dose Léthale 50 % DL50 EGM Elément Mobile Génétique IGR Intergenic Region G Glycine GL glucoamidase h heure HA-MRSA Hospital -Associated MRSA kb kilobase kDa. Mg2+ mg min ml MRSA MSSA NaCl nt NTP pb PDG RBS. Ion Magnésium milligramme minute millilitre Methicillin-Resistant S. aureus Methicillin-Sensitive S. aureus Chlorure de Sodium nucléotide oligonucléotide paire de base peptidoglycane Ribosome Binding Site. RNase. Ribonucléase. SARM SD T Zn2+ μg μl μm. S. aureus Résistant à la Méticilline Shine Dalgarno Thréonine ion Zinc microgramme microlitre micromolaire. kiloDalton. Gène/Protéine agr aur bap CHIPS aureus clf. accessory gene regulator CMHII Complexe Majeur d’Histoauréolysine compatibilité de type II Biofilm associated protein cna collagen adhesin CHemotaxis Inhibitory Protein of S. coa coagulase CRISPR Clustered Regularly Short clumping factor Palindromic Repeats eap extracellular adherence protein ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 8.

(50) Abréviations efp extracellular fibrinogen binding PNAG Polymeric N-Acetyl-Glucosamine protein PSM Phenol Soluble Modulins emp extracellular matrix binding protein sak staphylokinase Fab Fragment antigen binding sar staphylococcal accesory regulatory FAME Fatty Acid Modifying Enzyme sasG S. aureus surface protein G Fnbp fibronectin binding protein SCIN Staphylococcal Complement hla hémolysine alpha INhibitor hlb hémolysine beta SERAM Secretable Expended Repertoire hld hémolysine delta Adhesive Molecules hlg hémolysine gamma SCC Staphylococcal cassette ica intercellular adhesion chromosome IgG/M Immunoglobuline G/M TNF Tumor Necrosis Factor LPV Leucocidine de Panton Valentine TNFR-1 Tumor Necrosis Factor MSCRAMM Microbial Components Reconizing Receptor-1 Adhesive Matrix Molecules TSST-1 Toxic Shock Syndrom Toxin 1 PIA Polysaccharide Intracellular Adhesin Vwb Von Willebrand factor. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 9.

(51) Index des Tableaux. INDEX DES TABLEAUX ' 0MC'..$!$/$*) . .+7 . /.*0.E .+7 .

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régulateurs de Staphylococcus aureus. 10.

(53) Index des Figures. INDEX DES FIGURES . $"0- MC +-8. )//$*)0+*-/"

(54) &"" # 5'F#*(( . MU. $"0- NC3+- ..$*)/ (+*- '' .!/ 0-. 1$-0' ) # 5

(55) &"" . NM. $"0- OC-")$./$*)./-0/0-' .O+-$)$+' ... NN. $"0- PC/-0/0- )O$( ).$*). . 3*/*3$) .

(56) &"" . NS. $"0- QC/+ . !*-(/$*)0$*!$'(. OO. $"0- RC-")$./$*)0'*0. /.4)/#7. 'J#8.$) +*'4.#-$$,0 . OS. $"0- SC*(+-$.*) .'*0.Q /T# 5

(57) &"" . PQ. $"0- TC )/ -*)) 3$*) .+-$)$+03-8"0'/ 0-. '1$-0' ) # 5

(58) &"" . QL. $"0- UC*7' '-8"0'/$*)+-0).4./7( 6N*(+*.)/.. QQ. $"0- MLC8"0'/$*)/ (+*- '' ."7) . 1$-0' ) # 5

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

(60) &"" . TT. $"0- NRC/-0/0- . *)$- 'F # 5

(61) &"" . TU. $"0- NSC*7' -8"0'/$*) '-8+'$/$*)0+'.($ +

(62) M+-'F # 5

(63) &"" . UL. $"0- NTC*7' -8"0'/$*)+*.$/$1 '/-0/$*) 'F(+-'F. . UN. $"0- NUC8"0'/$*))/$. ). 'F 3+- ..$*) "7) .+-'F. # 5

(64) &"" . UO. $"0- OLC/-0/0- . *)$- .. UQ. $"0- OMC*7' -8"0'/$*)0"7) +-'F-8"0'/ 0- # 5

(65) &"" . US. $"0- ONC/-0/0- . *)$- 'F-8"0'/ 0- . UT. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 11.

(66) Index des Figures. $"0- OOC8"0'/$*) +-M+-'F)/$. ).+-M!*-()/0).4./7( /*3$) G)/$/*3$) UU $"0- OPC-")$./$*)"8)8/$,0 A./-0/0- . *)$- / 3+- ..$*) 'F-8"0'/ 0-.MLO $"0- OQC-*80- 3+8-$( )/' 0$*!$'($)" ./K. MLT. $"0- ORC#*/*. .+-$)$+' .8/+ .F$)! /$*). MMM. $"0- OSC$)8/$,0 !*-(/$*)0$*!$'(+-8* # 5$!!8- )/ ..*0#

(67) &"" +-' / #)$,0 0$*!$'($)" ./K MMR $"0- OTC/0 '!*-(/$*)0$*!$'(+-*'*-/$*)0-$./'1$*' /. MMS. $"0- OUC/0 '.4)/#7. G+-$((0)*E*/E'*/1 0))/$*-+..+8$!$,0 )/$E G MMU $"0- PLC0$1$0+*$.(*4 ) ..*0-$. / '/$'' (*4 )) 'F:7( . 81 '*++)/ +-7.$(+')//$*)0/#8/ -$)! /8+-QCMLQ/8-$ . L6NL%*0-. MNM $"0- PMC0)/$!$/$*) ./8-$ .+-8. )/ .).' /#8/ - /).' ./$..0. )1$-*)))/. +-7.NL%*0-.+*./E$)! /$*). MNN $"0- PNC0$1$0+*$.(*4 ) ..*0-$. / '/$'' (*4 )) 'F:7( . 81 '*++)/ +-7.$(+')//$*)0/#8/ -*)/ ))/QCMLQ/8-$ . '.*0# 2()*0 MRTL L6ML%*0-. MNO $"0- POC0)/$!$/$*) ./8-$ .+-8. )/ )/).' /#8/ - /).' ./$..0. )1$-*)))/. +-7.OAR /ML%*0-.+*./E$)! /$*). MNP $"0- PPC/0 '+-*0/$*) +.0' +-$((0)**/E'*/1 0))/$*-+. '+$))/$E QH 2(); LLMI*0)/$ETH & -I MNQ $"0- PQC-*0/$*) +.0' # 5'.*0# & - /. .8-$18.. MNS. $"0- PRC)'4. 'F$)/ ).$/8 !'0*- . ) ' '*)"F0) . /$*)F0) /8-$ 1 ' '*"$$ ' $. MNT. $"0- PSC*-/'$/8 ./8-$ .+-7.*+.*)*+#"*4/*. . MNU. $"0- PTC )/ -)'$./$*) $!!8- )/ ..*0# .

(68) &"" ).' .(-*+#" .. MOM. $"0- PUC-8$/$*) .++-$ ( )/. )/- . /($' .+*/ )/$ '.A /% . MOO. $"0- QLC.-8"0' 'J 3+- ..$*) 'J(0)$1 0+*./-/-).-$+/$*)) '#! MOP $"0- QMC3+8-$ ) - /-.0-" '. MOQ. $"0- QNC '$$.*) .6'F(($)#$ '!*-(/$*)0*(+' 3 F$)$/$/$*) '/-0/$*) MOQ $"0- QOC*7' -8"0'/$*) '/-0/$*) +-.. MOR. $"0- QPC$)8/$,0 !*-(/$*)0$*!$'(+-8* # 5$!!8- )/ ..*0#

(69) &"" +-' / #)$,0 0$*!$'($)" ./K MQQ $"0- QQC/0 '!*-(/$*) $*!$'(+-*'*-/$*)0-$./'1$*' /. MQR. $"0- QRC$)8/$,0 -*$..) ..*0# .. ).$' . /-8.$./)/ .6'-$!(+$$) . MQS. $"0- QSC/0 '$!!0.$*)H*0 I .$!!8- )/ ..*0# .

(70) &"" . MQT. $"0- QTC8. 0 -8"0'/$*) '!*-(/$*) $*!$'( / +.0' #.. MRQ. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 12.

(71) Introduction. Introduction. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 13.

(72) Introduction Staphylococcus aureus est une bactérie à Gram positif, pathogène opportuniste de l’homme et de divers mammifères. Chez l’homme, elle est responsable de nombreuses infections qui vont d’atteinte cutanée bénigne à des infections profondes mettant en jeu le pronostic vital, telles que des septicémies, des endocardites ou encore des pneumonies nécrosantes (Lowy, 2000). Elle est également responsable de nombreuses infections nosocomiales et a développé de multiples résistances aux antibiotiques (Taubes, 2008). Pour bénéficier d’un spectre d’infections aussi large, S. aureus est capable de produire un grand nombre de facteurs de virulence comprenant des exotoxines, des enzymes mais également de nombreuses adhésines. L’ensemble de ces facteurs est spécifiquement régulé dans le temps par diverses molécules : des facteurs de transcription, des systèmes à deux composants et des ARN régulateurs. Les caractéristiques bactériologiques et l’ensemble des systèmes de régulation de S. aureus sont présentés dans la première partie bibliographique de ce manuscrit. Au delà de leur rôle d’intermédiaires entre l’ADN, porteur de l’information génétique, et les protéines, les ARN sont devenus incontournables dans la compréhension des systèmes de régulation. En effet, l’essor de la génomique a transformé notre vision de ces molécules et a permis de mettre en lumière l’existence d’une nouvelle classe d’ARN, les ARN régulateurs, ou ARN non codants (ARNnc). Ces molécules présentes aussi bien chez les bactéries que chez les archées et les eucaryotes, ne subissent pas de traduction et sont fonctionnelles par elles-mêmes (Storz et al., 2005). Les mécanismes d’action de ces ARN sont multiples puisqu’ils peuvent agir sur leurs gènes cibles au niveau transcriptionnel et/ou posttranscriptionnel mais également au niveau de la stabilité des ARNm. Environ 160 ARNnc potentiels ont été identifiés dans le génome de S. aureus (Beaume et al., 2010 ; Bohn et al., 2010 ; Marchais et al., 2010). L’expression de plus de 90 d’entre eux a été confirmé par différentes techniques comme le Northern-blot ou la RT-PCR mais leurs fonctions sont loin d’être élucidées (Abu-Qatouseh et al., 2010 ; Geissmann et al., 2009 ; Pichon and Felden, 2005). Les différentes classes d’ARN régulateurs bactériens et leurs mécanismes d’action sont décrits et illustrés par des exemples dans la seconde partie bibliographique. Les ARN régulateurs de S. aureus sont ensuite recensés. Parmi ces ARN, 11 ont été identifiés dans notre équipe, nommés RsaA à K pour « RNA from Staphylococcus aureus » (Geissmann et al., 2009). La partie expérimentale de ce manuscrit s’articule autours de 2 axes principaux. Le premier est la caractérisation du rôle de l’un de ces ARNnc, RsaA dans la régulation de la formation du biofilm et de la synthèse de la capsule. Cette régulation implique le facteur de transcription mgrA et l’opéron yabJ-spoVG. Le second axe porte sur la détermination de ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 14.

(73) Introduction l’expression de ces ARNnc dans un contexte infectieux à partir de 3 types de prélèvements, colonisation nasale, infections aiguës (abcès cutanés) et infections chroniques (crachats de patients mucoviscidiques). L‘ensemble de ces travaux visent à mieux appréhender l’expression et la fonction de ces ARN dans la virulence et la physiologie de la bactérie. Ce travail s’inscrit dans un projet global mené depuis plusieurs années par mon équipe d’accueil en collaboration étroite avec l’équipe CNRS UPR9002 dirigée par Pascale Romby à Strasbourg.. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 15.

(74) Bibliographie. Bibliographie. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 16.

(75) Bibliographie. I. STAPHYLOCOCCUS AUREUS I.1 Un peu d’histoire Les staphylocoques ont été observés pour la première fois au microscope en 1878 par Louis Pasteur et ses collaborateurs sous forme d’« amas de grains » dans des pus de furoncles et d’ostéomyélites. Les premiers isolats et cultures in vitro ont été réalisés par Sir Alexander Ogston en 1881 (Ogston, 1881). Il décrivit un an plus tard, la première espèce de staphylocoque : Staphylococcus aureus, en raison de sa pigmentation jaune. Le staphylocoque blanc, Staphylococcus epidermidis (S. epidermidis), fut découvert par la suite. La pénicilline (Fleming, 1929) a été utilisée pour la première fois en 1941 pour traiter un patient atteint d’une septicémie à staphylocoque. En 1947, les premières souches de staphylocoque résistantes à la pénicilline ont été identifiées (Barber, 1947). L’arrivée de la méticilline dans les années 60 a mis fin à cette épidémie. Cependant, la résistance à ce nouvel antibiotique a été décrite dès 1961 au Royaume-Uni (Barber, 1961). Les SARM (Staphylococcus aureus Résistant à la Méticilline) sont alors devenus l’une des premières causes d’infections nosocomiales. Depuis 2002, de nombreux cas de résistance à la vancomycine ont été reportés entre autres aux Etats-Unis (Chang et al., 2003). Aujourd’hui, ces multi-résistances font de S. aureus un enjeu majeur en santé publique.. I.2 Taxinomie Actuellement, plus de 50 espèces et sous-espèces ont été répertoriées au sein du genre Staphylococcus (Tableau 1) (d’après Le Loir & Gautier, 2010). D’un point de vue taxinomique, le genre Staphylococcus fait partie du phylum des Firmicutes (regroupant les bactéries à Gram positif), à la classe des Baccilli, et à l’ordre des Bacillales. Les espèces du genre staphylocoque appartiennent à la famille des Staphylococcaceae qui regroupe 4 autres genres, Gemella, Jeotgalicoccus, Macrococcus et Salinicoccus. Les Staphylococcus sont des coques d’un diamètre compris entre 0,8 à 1 μm, généralement en amas, immobiles, non sporulés, aéro-anaérobie facultatif, catalase positive et oxydase négative.. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 17.

(76) Bibliographie Tableau 1. Classification des espèces et sous-espèces de Staphylococcus (d’après Stepan et al., 2004, Le Loir & Gautier, 2010 et le site du NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy)) Nom S. agnetis S. arlettae S. aureus subsp. anaerobius subsp. aureus S. auricularis S. capitis subsp. capitis subsp. ureolyticus S. caprae S. carnosus subsp. carnosus subsp. utilis S. chromogenes S. cohnii subsp. cohnii subsp. urealyticum S. condimenti S. delphini S. devriesei S. epidermidis S. equorum subsp. equorum subsp. linens S. felis S. fleurettii S. gallinarum S. haemolyticus S. hominis subsp. hominis subsp. novobiosepticus S. hyicus S. intermedius S. kloosii S. leeii S. lentus S. lugdunensis S. lutrae S. massiliensis S. microti S. muscae S. nepalensis S. pasteuri S. pettenkoferi S. piscifermentans S. pseudintermedius S. pseudolugdunensis S. pulvereri S. rostri S. saccharolyticus S. saprophyticus subsp. bovis subsp. saprophyticus S. schleiferi subsp. coagulans subsp. schleiferi S. sciuri subsp. carnaticus subsp. lentus subsp. rodentium subsp. sciuri S. simiae S. simulans S. succinus subsp. casei subsp. succinus S. vitulinus S. warneri S. xylosus. Coagulase -/+ + + -. Réservoirs Bovin Caprin, Volaille Ovin Homme, Animaux, Environnement Homme Homme Homme, Primates Homme, Caprin Produits carnés Aliments Animaux, Lait Homme Homme, Animaux Sauce Soja Dauphin Bovins, Lait Homme, Animaux, Environnement Cheval, Bétail Fromage Chat Fromages au lait de chèvre Volailles, Oiseaux Homme, Animaux domestiques, Environnement. -. Homme. + + + + -. Animaux, Aliments Mammifères, Oiseaux (rarement Homme) Animaux sauvages Homme Animaux (rarement Homme) Homme Loutre Homme Rongeurs Mouche, Porc Chèvre Homme, Animaux, Aliments Homme Poisson fermenté Animaux Homme Homme, Animaux Porc Homme Animaux Homme, Animaux Chiens Homme Produits carnés Animaux Rongeurs, animaux Homme, Animaux Singe Homme, mammifères Surface fromage affiné Ambre Animaux, Aliments Homme, Primates Homme, Animaux, Environnement. + -. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 18.

(77) Bibliographie. I.3 Portage et Pouvoir pathogène I.3.1 Portage S. aureus est une bactérie opportuniste, commensale de la peau et des muqueuses (fosses nasales, périnée, tractus gastro-intestinal et pharynx) de l’homme (Figure 1) et de nombreuses espèces animales (Kluytmans et al., 1997 ; Wertheim et al., 2005 ; van Belkum et al., 2006). Dans une moindre mesure, elle peut coloniser également le périnée et les muqueuses vaginales (Guinan et al., 1982) et les aisselles (Dancer & Noble, 1991). Von Eiff et al. ont décomposés la population en 3 groupes : 20 % de la population sont porteurs permanents, 60 % sont porteurs intermittents et 20 % ne seront jamais porteurs (von Eiff et al., 2001).. Figure 1. Représentation du portage de S. aureus chez l’homme (d’après Wertheim et al., 2005).. I.3.2 Pouvoir Pathogène S. aureus représente un enjeu en santé publique par sa grande diversité d’infections, sa gravité, sa fréquence mais également en raison de l’émergence de souches multi-résistantes aux antibiotiques. Elle est responsable de nombreuses infections nosocomiales et ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 19.

(78) Bibliographie communautaires. Son pouvoir pathogène résulte de la sécrétion d’enzymes (catalase, coagulase, désoxyribonucléases, phosphatases, hyaluronidases, fibrinolysines, lipases et protéolysines) et de toxines (hémolysines, leucocidines, entérotoxines, exfoliatines) qui lui confèrent respectivement son pouvoir invasif et toxinogène. Cette bactérie est, avant tout, une bactérie pyogène responsable de la plupart des infections suppurées de la peau et des muqueuses. Les principales staphylococcies cutanées sont dues à la pénétration et la multiplication de la bactérie dans les annexes de la peau qui provoquent un large panel d’infections : folliculites, furoncles, anthrax, orgelets, panaris, impétigo ou abcès. Les infections toxiniques, quant à elles, sont dues à la diffusion dans les tissus de toxines spécifiques qui provoquent plusieurs types d’infections : le choc toxique staphylococcique, le syndrome d’exfoliation, l’impétigo bulleux ou encore des toxi-infections alimentaires (Le Loir & Gautier, 2010).. I.4 Les facteurs de virulence de S. aureus Comme d’autres bactéries pathogènes (Escherichia coli, Clostridium perfringens, Bacillus cereus), S. aureus exprime pléthore de facteurs de virulence participant à l’ensemble des étapes de virulence. Chaque type d'infection nécessite une combinaison particulière de facteurs de virulence. De l’adhésion à la pénétration dans les tissus, la bactérie est capable de mettre en place les acteurs de la virulence au moment opportun. Ainsi, les protéines de surface sont synthétisées en début de croissance puis réprimées laissant alors la place à la synthèse de toxines (Figure 2) (Dunman et al., 2001). La clé de voûte de ce système est le système de quorum sensing Agr qui régule bon nombre de ces facteurs de virulence de manière temporelle. On peut distinguer les facteurs de virulence associés à la paroi, les facteurs de virulence sécrétés, les facteurs d’échappement au système immunitaire et les facteurs de persistance.. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 20.

(79) Bibliographie. Figure 2. Expression temporelle des facteurs de virulence chez S. aureus (d’après Ferry et al.). Les facteurs de virulence peuvent être répartis en 4 catégories : les facteurs de virulence associés à la paroi (MSCRAMMs), les facteurs d’échappement au système immunitaire (capsule, protéine A), les facteurs de virulence sécrétés comme les exotoxines ou les SERAMs, et les facteurs de persistance. L’expression de l’ensemble de ces facteurs est régulée temporellement en particulier par le système à 2 composants Agr et permet la dissémination des bactéries dans l’organisme.. I.4.1 Les protéines de surface L’interaction entre la bactérie et l’hôte passe tout d’abord par la capacité de la bactérie à adhérer aux composants de la matrice extracellulaire de la cellule hôte. Pour cela, les protéines de surface jouent un rôle primordial dans l’adhésion et initient ainsi la colonisation. Les protéines de surface se décomposent en deux classes, les protéines de surface ancrées à la paroi bactérienne, MSCRAMMs et les protéines de surface sécrétées, SERAMs. La protéine A est la protéine de surface la plus abondante chez S. aureus.. I.4.1.1 Les adhésines ancrées dans la paroi (MSCRAMMs) Les MSCRAMMs (Microbial Surface Components Reconizing Adhesive Matrix Molecules) sont des protéines associées au peptidoglycane (PDG) de la bactérie par des liaisons covalentes. Ces adhésines sont responsables de l’attachement de la bactérie à différentes matrices extracellulaires comme le collagène, le fibrinogène ou la fibronectine et initient la. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 21.

(80) Bibliographie colonisation (Patti & Hook, 1994 ; Patti et al., 1994a ; Foster & Hook, 1998). Il existe une vingtaine de MSCRAMMs chez S. aureus (Patti et al., 1994a ; Clarke & Foster, 2006) dont les principales sont : les protéines de liaison à la fibronectine, FnbpA et B (Fibronectin binding protein A et B) (Jonsson et al., 1991), la protéine de liaison au collagène, Cna (collagen binding protein) (Switalski et al., 1989) ainsi que les protéines de liaison au fibrinogène ClfA et ClfB (clumping factor A et B) (McDevitt et al., 1994 ; Ni Eidhin et al., 1998). Toutes les adhésines ont des caractéristiques structurales communes (Figure 3) (Foster & Hook, 1998). En position N-terminale se trouve la séquence S ou peptide signal dont le rôle est d’adresser la protéine nouvellement synthétisée à la membrane. En C-terminale, les régions M et W correspondent respectivement à la région d’ancrage à la membrane cytoplasmique et à la région d’ancrage à la paroi. Ces 2 régions sont séparées par une séquence consensus LPXTG. Le clivage de la séquence LPXTG entre la thréonine (T) et la glycine (G) par la sortase A permet la formation d’une liaison amide entre le groupe carboxyl de la thréonine et le groupe aminé des molécules du peptidoglycane (Mazmanian et al., 1999). Cette liaison permet alors d’ancrer la protéine à la paroi. Les régions A, R et D correspondent respectivement aux domaines de liaison au fibrinogène (A) et à la fibronectine (R et D).. . .

(81) . . .

(82) . . .

(83) . Figure 3. Organisation structurale des 3 principales MSCRAMMs (d’après Foster & Hook, 1998). Les protéines FnbpA, Cna et ClfA possèdent une organisation comparable. S : peptide signal ; A : domaine de liaison au fibrinogène ; R et D : domaines de liaison à la fibronectine ; M et W : domaines d’ancrage respectivement à la membrane cytoplasmique et à la paroi séparés par la séquence consensus LPXTG.. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 22.

(84) Bibliographie Le rôle de ses molécules est plus complexe que la simple interaction entre S. aureus et les cellules hôtes. Il a été démontré in vitro que l’internalisation dans les phagocytes non professionnels, comme les kératinocytes, les ostéoblastes, les cellules endothéliales et épithéliales est dépendante des Fnbp (Dziewanowska et al., 1999 ; Sinha et al., 2000). Ce processus nécessite l’intégrine α5β1, récepteur de la fibronectine, pour former un pont entre la bactérie et le fibrinogène (Dziewanowska et al., 1999 ; Sinha et al., 1999). In vivo, l’internalisation pourrait permettre à la bactérie de rejoindre le système vasculaire pour faire évoluer l’infection vers une infection systémique (Petti & Fowler, 2002). Les Fnbp permettent également l’adhésion aux plaquettes via la fibronectine et le fibrinogène (Heilmann et al., 2004). ClfA et ClfB sont impliquées dans la liaison aux plaquettes dans des modèles d’endocardites (Entenza et al., 2000). La protéine Cna d’adhésion au collagène a été démontrée comme étant un facteur de virulence dans des modèles expérimentaux d’arthrites septiques (Patti et al., 1994b) ou d’ostéomyélites (Elasri et al., 2002). Dans ces deux cas, la protéine Cna joue un rôle clé dans le maintien de l’infection mais ne permet pas à elle seule l’établissement de l’infection (Hienz et al., 1996).. I.4.1.2 Les adhésines sécrétées (SERAMs) Une deuxième classe d’adhésines a été décrite plus récemment, les SERAMs pour secretable expanded repertoire adhesive molecules (Chavakis et al., 2005). Elle regroupe les protéines Eap (Extracellular adherence protein), Emp (Extracellular matrix binding protein), Efb (Extracellular fibrinogen binding protein) ainsi que la coagulase. Ces protéines sont sécrétées et se fixent par des liaisons non covalentes à plusieurs protéines du plasma et de la matrice extracellulaire (Chavakis et al., 2005). Les liaisons mises en place seraient de type hydrophobe ou électrostatique. En plus de leurs propriétés d’adhésion, ces molécules sont connues pour avoir une activité immunomodulatrice. Elles sont impliquées dans les pathologies endo- et extra- vasculaires aiguës ou chroniques (Chavakis et al., 2005). Eap se lie à plusieurs protéines du plasma (fibrinogène, fibronectine, prothrombine et vitronectine) mais également aux fibroblastes et aux cellules épithéliales. Elle favorise l’adhésion bactérienne aux produits de dégradation de la matrice extracellulaire au niveau des tissus lésés et permet l’internalisation (Palma et al., 1999 ; Hussain et al., 2002 ; Chavakis et al., 2005). Par ailleurs cette fixation masque les récepteurs des leucocytes, limitant leur. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 23.

(85) Bibliographie recrutement. Eap freine ainsi la réponse immunitaire provoquée par la bactérie lors de l’infection (Chavakis et al., 2002 ; Hansen et al., 2006). La protéine Efb, quant à elle, est capable de se lier au fibrinogène des plaquettes (Flock et al., 1987 ; Shannon & Flock, 2004). Cette fixation prévient l’agrégation des plaquettes et serait impliquée dans la pathogénie des infections cutanées à S. aureus (Boden & Flock, 1994 ; Palma et al., 1996 ; Palma et al., 2001). Pour cela, Efb se lie à la forme native du C3. Sa fixation engendre un changement conformationnel de C3 qui ne pourra plus être activé (Hammel et al., 2007). Cette inactivation entraine l’abolition des voies classique et alterne d’activation du complément et inhibe ainsi l’opsonophagocytose complément-dépendante (Lee et al., 2004a ; Lee et al., 2004b).. I.4.1.3 La protéine A La protéine A codée par le gène spa est considérée comme un facteur de virulence majeur et pléiotropique chez S. aureus. Cette protéine de surface possède de multiples rôles dans l’interaction avec les cellules hôtes durant le cycle infectieux (Foster, 2005). La protéine A est une protéine de 42 kDa qui peut être présente sous deux formes : sécrétée ou associée à la paroi bactérienne. Elle possède 5 domaines extracellulaires (notés A, B, C, D et E), est ancrée dans la paroi par son extrémité C-terminale et possède le motif LPXTG d’adressage à la membrane (Uhlen et al., 1984). La région en amont du motif LPXTG est une région polymorphe, constituée d’un motif répété de 8 résidus (Shopsin et al., 1999). Le nombre de répétition et la séquence sont aujourd’hui utilisés comme marqueur épidémiologique bien que le rôle de ce polymorphisme n’a pas été clairement établi (Ruppitsch et al., 2006). La protéine A est capable d’interagir avec plusieurs facteurs de l’hôte : les immunoglobulines G, A et E ainsi que les plaquettes (Lofdahl et al., 1983). Chacun des 5 domaines extracellulaires de la protéine A peut se fixer aux fragments Fc des immunoglobulines G (IgG). Cette interaction entraine le recouvrement de la bactérie par les IgG dans une orientation inverse, non reconnaissable par les récepteurs Fc des neutrophiles. Cette fixation singulière des IgG explique les effets anti-opsonisation et anti-phagocytaire de la protéine A (Peterson et al., 1977 ; Gemmell, 1991). La protéine A peut également interagir au niveau des régions variables Fab (VH3) des immunoglobulines M (IgM). Cette interaction permet d’activer les lymphocytes B, induit la prolifération cellulaire en agissant comme superantigène (Kristiansen et al., 1994) et ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 24.

(86) Bibliographie provoque ainsi l’apoptose, puis l’épuisement des défenses immunitaires de l’hôte (Goodyear & Silverman, 2004). Outre sa capacité à se lier aux immunoglobulines, la protéine A est capable de se lier au récepteur du TNFa, le TNFR-1. Lors d’une infection respiratoire, où le TNFα joue un rôle prépondérant par sa capacité à signaler l’infection au niveau de l’épithélium, l’interaction protéine A/TNFR-1 entraine une réponse pro-inflammatoire qui est délétère pour l’épithélium respiratoire. Dans le même temps, l’association protéine A/TNFR-1 induit le relargage de la forme soluble du récepteur, sTNFR-1. Le clivage du TNFR-1 entraine un effet anti-inflammatoire qui permet de rétablir un équilibre entre réponse proinflammatoire et anti-inflammatoire (Gomez et al., 2004 ; Gomez et al., 2006). Enfin, la protéine A module l’agrégation des plaquettes (O'Brien et al., 2002) via trois interactions : i) l’interaction avec le facteur von Willebrand, glycoprotéine du plasma intervenant dans l’adhésion des plaquettes au niveau de l’endothélium vasculaire lésé. Cette liaison est impliquée dans les endocardites infectieuses à S. aureus (Hartleib et al., 2000 ; O'Seaghdha et al., 2006) ; ii) l’interaction directe avec les plaquettes grâce à la protéine gC1qR, récepteur du complément à la surface des plaquettes (Nguyen et al., 2000) ; iii) l’interaction indirecte par fixation au niveau des plaquettes des IgG déjà fixées à la protéine A (Hartleib et al., 2000). Plusieurs études ont montré le rôle de la protéine A dans la virulence au cours de l’infection chez la souris dans des modèles d’arthrite septique ou de pneumonie (Palmqvist et al., 2002 ; Gomez et al., 2004).. I.4.2 Les protéines d’évasion au système immunitaire : CHIPS et SCIN I.4.2.1 CHIPS La protéine CHIPS (chemotaxis inhibitory protein of S. aureus) est une protéine sécrétée de 14,1 kDa, codée par le gène chp. Ce gène a été détecté sur un groupe de gènes impliqués dans l’évasion immunitaire (IEC pour immune Evasion Cluster) présent sur un bactériophage (van Wamel et al., 2006). La protéine CHIPS bloque le recrutement des neutrophiles et des monocytes induit par le complément C5a. Pour cela, CHIPS se fixe sur les récepteurs du C5a (C5aR) des neutrophiles et monocytes humains et empêche ainsi la fixation de leurs propres ligands (de Haas et al., 2004 ; Haas et al., 2005 ; Wright et al., 2007 ; Bunschoten et al., 2010). Une récente étude a montré que 2 tyrosines sulfatées au niveau de la région N-. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 25.

(87) Bibliographie terminale du C5aR sont essentielles à l’interaction entre le récepteur et CHIPS (Postma et al., 2005 ; Ippel et al., 2009). L’injection intra-péritonéale de CHIPS chez les souris induirait une atténuation du recrutement des neutrophiles médié par C5a (de Haas et al., 2004). I.4.2.2 SCIN La protéine SCIN (ou staphylococcal Complement Inhibitor) est une petite protéine sécrétée de 9,8 kDa. Il existe 2 protéines, SCIN-B et SCIN-C qui partagent 46 à 48 % d’homologie de séquence avec elle (Rooijakkers et al., 2007). Cette protéine est retrouvée dans 90 % des isolats humains. SCIN agit comme inhibiteur de la C3 convertase en bloquant le clivage du complément C3 en C2a (activateur du chimiotactisme des neutrophiles) et C3b (fixation sur la bactérie et activation de la C5 convertase) (Rooijakkers et al., 2009). Cette inhibition a pour conséquence d’empêcher le recrutement des neutrophiles au site d’infection et donc empêcher la phagocytose. L’absence de C3b à la surface de la bactérie ne va pas permettre l’activation de l’inflammation par C5 (Garcia et al., 2012).. I.4.3 Les toxines S. aureus sécrète une grande diversité de toxines : des exotoxines, des toxines superantigéniques, des exfoliatines et des PSM. Chacune de ces toxines est connue pour avoir un effet puissant sur les cellules du système immunitaire. La fonction première de ces toxines est de contrecarrer la réponse immunitaire. L’inhibition du système immunitaire de l’hôte va permettre à la bactérie d’étendre l’infection aux tissus environnants le site de colonisation primaire.. I.4.3.1 Exotoxines Les exotoxines produites par S. aureus ont pour cibles les membranes des cellules eucaryotes. Ces toxines provoquent la formation de pores membranaires laissant s’échapper les ions ou agissent par lyse enzymatique. Les hémolysines α, β, δ, et γ ainsi que la leucocidine de Panton-Valantine forment la famille des toxines à tropisme membranaire. Leur structure 3D est représentée ci-dessous (Figure 4).. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 26.

(88) Bibliographie. Membrane externe Membrane interne. Hémolysine Gamma. Leucocidine de Panton Valentine. Hémolysine Alpha. Hémolysine Beta. Hémolysine Delta. Figure 4. Structure en 3 dimensions des exotoxines de S. aureus (d'après Aman et al., 2010 et le site OPM (http://opm.phar.umich.edu/species.php)). Les hémolysines alpha, gamma et la LPV représentées sous leur forme oligomérisée, forment un pore central. Les hémolysines beta et delta possèdent également un tropisme membranaire pour lyser les membranes eucaryotes.. I.4.3.1.1 L’hémolysine alpha L’hémolysine α ou α−toxine, codée par le gène hla, est une des toxines les plus puissantes caractérisées chez S. aureus. L’hémolysine α est sécrétée sous forme de monomère. Lors de la liaison à la membrane plasmique des cellules cibles, les monomères s’oligomérisent en hexamère ou heptamère pour former un pore transmembranaire. Les dommages causés à la membrane entrainent la lyse des cellules cibles (Song et al., 1996). Cette toxine possède un tropisme membranaire pour les lymphocytes, les érythrocytes, les plaquettes, les cellules endo- et épi- théliales (Bhakdi & Tranum-Jensen, 1991). L’expression du gène hla est régulée positivement en phase post-exponentielle par le système Agr et le facteur de transcription SarA (Novick et al., 1993 ; Chan & Foster, 1998).. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 27.

(89) Bibliographie I.4.3.1.2 L’hémolysine beta L’hémolysine β est codée par le gène hlb. Cet toxine est une phospholipase C possédant une activité sphyngomyélinase permettant la dégradation de la sphyngomyéline présente sur la membrane des érythrocytes. Selon l’espèce, la teneur en sphyngomyéline des érythrocytes est plus ou moins importante. Cette différence explique le fait que les hématies murines, pauvres en sphyngomyéline ne soient pas lysées par Hlb contrairement aux hématies de mouton, riches en sphyngomyéline qui sont fortement lysées (Dinges et al., 2000).. I.4.3.1.3 L’hémolysine delta L’hémolysine δ est une toxine singulière par sa taille de seulement 26 aa, sa stabilité à la chaleur et sa capacité à agir comme un surfactant au niveau des membranes. Cette toxine, codée par le gène hld, se présente sous le forme d’une hélice alpha possédant des domaines hydrophobes (Janzon et al., 1989). Sa structure lui permet de former des cylindres hydrophobes pour perméabiliser la membrane des cellules cibles. Cette toxine est aujourd’hui rattachée à une famille de petits peptides sécrétés sans peptide signal et possédant une activité cytolytique, les Phenol Soluble Modulins (PSM, voir chapitre I.4.3.4) Le gène hld possède la particularité d’être codée par l’ARN III, effecteur du système Agr et ARN régulateur. L’expression d’hld est initiée en phase exponentielle et est régulée par le système Agr luimême (Dinges et al., 2000) (voir chapitre I.6.2.1).. I.4.3.1.4 L’hémolysine gamma Le gène hlg code 3 polypeptides : deux composés S, HlgA et HlgC et un composé F, HlgB. Les gènes hlgB et HlgC font partie d’un opéron alors que hlgA est transcrit seul. L’hémolysine γ est responsable de la lyse des érythrocytes et des leucocytes. Il existe deux combinaisons possibles pour former l’hémolysine γ : HlgA/HlgB ou HlgB/HlgC, la première étant particulièrement active sur les hématies murines, alors que la deuxième est active sur les hématies humaines et de lapin (Vandenesch et al., 2012). Selon la combinaison, la spécificité de l’hémolyse est plus ou moins importante (Dinges et al., 2000).. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 28.

(90) Bibliographie I.4.3.1.5 La leucocidine de Panton Valentine La leucocidine de Panton Valentine ou LPV entraine la lyse des polynucléaires et des monocytes/macrophages et est responsable entre autre des pneumonies nécrosantes (FinckBarbancon et al., 1993 ; Labandeira-Rey et al., 2007). La PVL est composée de 2 sous-unités protéiques, LukS-PV et LukF-PV. Ces deux composés sont sécrétés séparément et s’associent en octamère à la surface des cellules cibles par assemblage à partir de la fixation initiale du composé LukS-PV. Le récepteur de LukS-PV à la surface des cellules myéloïdes a été récemment identifié ; il s’agit de C5aR, le récepteur d’un composé du complément (C5a) (Spaan et al., 2012). La fixation à C5aR permet l’oligomérisation, laquelle induit la formation d’un pore à travers la membrane de la cellule et induit sa lyse. Il a été démontré que les deux sous-unités étaient nécessaires pour induire la formation du pore (Prevost et al., 1995).. I.4.3.2 Toxines superantigéniques La famille des toxines superantigéniques regroupe 20 toxines : les entérotoxines staphylococciques (SEA à SEE, SEG à SER, SEU et SEV) et la TSST-1 (toxic shock syndrom toxin 1) (Fraser & Proft, 2008). L’expression de l’ensemble de ces toxines superantigéniques est régulée par le système Agr exceptée SEA. Les gènes seb et tst-1 sont également régulés par le facteur de transcription SarA (Novick & Jiang, 2003). Ces superantigènes possèdent des propriétés émétisantes et sont impliqués dans les toxi-infections alimentaires. Grâce à leur capacité de liaison au complexe majeur d’histocompatibilité de type II (CMHII) des cellules présentatrices d’antigènes et aux récepteur Vβ des lymphocytes T, ces toxines entrainent une activation polyclonale des lymphocytes T qui vont libérer des cytokines pro-inflammatoires en grande quantité. Cette libération de cytokines va provoquer le syndrome du choc toxique staphylococcique (Fraser & Proft, 2008). Le choc toxique est associé dans 90 % aux menstruations (Kreiswirth et al., 1983 ; Lowy, 2000) et sa mortalité est faible (proche de 0 %) mais peut être aussi secondaire à une bactériémie, la mortalité dans ce dernier cas étant de l’ordre de 20 % (Descloux et al., 2008).. I.4.3.3 Exfoliatines Les exfoliatines sont responsables de l’impétigo bulleux staphylococcique et du syndrome d’exfoliation généralisée. Ces infections sont surtout retrouvées chez les nourrissons et les. ARN régulateurs de Staphylococcus aureus. 29.