Journée d’échange sur la châtaigne et le châtaignier au
Conservatoire Régional de la Châtaigne, Rignac
Etude de la diversité génétique du châtaignier :
démarche de recherche
Cathy Bouffartigue
INRA
(
AGIR
)
Plan
Qu’est ce que la diversité génétique ? Pourquoi s’y intéresser ?
Pourquoi cette étude ?
Quelques notions de génétique
Démarche de recherche
Plan
Qu’est ce que la diversité génétique ? Pourquoi s’y intéresser ?
Pourquoi cette étude ?
Quelques notions de génétique
Démarche de recherche
Biodiversité ...
... et diversité génétique
Conserver la biodiversité pour quoi faire ?
Raisons éthiques
Conserver la biodiversité pour quoi faire ?
Raisons patrimoniales
Conserver la biodiversité pour quoi faire ?
Raisons utilitaires
Le cynips,G. Csoka, Wikimédia CC BY-SA 3.0
Fête de la châtaigne à Bagnères de Bigorre (2015),
Plan
Qu’est ce que la diversité génétique ? Pourquoi s’y intéresser ?
Pourquoi cette étude ?
Quelques notions de génétique
Démarche de recherche
Questions initiales
1) Deux arbres qui portent le même nom sont-ils
"les mêmes"
?
Deux arbres qui se ressemblent sont-ils nécessairement
"les mêmes"
?
Questions initiales
2) Quelles variétés sont
apparentées
?
I
Marron de Laguépie et Marrone Pays ?
I
Tounibe et Auvergnasse ?
ACRC: Marron de Laguépie
Plan
Qu’est ce que la diversité génétique ? Pourquoi s’y intéresser ?
Pourquoi cette étude ?
Quelques notions de génétique
Démarche de recherche
Génétique : étude de la transmission de variation héritable
1) Pour un caractère donné, on observe de la
variation
, dite
«
phénotypique
», entre individus, représentée par un histogramme :
Blakeslee (1914): étudiants masculins du même âge triés selon leur taille
Génétique : étude de la transmission de variation héritable
2) Une part de cette variation du caractère peut être expliquée par de la
variation
d’origine
génétique
:
1,47 m
1,84 m
Blakeslee (1914): pedigrees des plus petit et plus grand étudiants
De la plante à la molécule d’ADN
Toutes les plantes sont composées de
cellules
, chacune ayant un noyau à
l’intérieur duquel se trouvent les
chromosomes
renfermant une double
hélice d’
ADN
, support matériel de « l’information génétique » :
Aspects génomiques à l’échelle de l’espèce
Gènes
: fragments d’ADN permettant de fabriquer des molécules
nécessaires à la vie de l’organisme ; par exemple capter l’énergie
lumineuse, pomper l’eau du sol, fabriquer les sucres, acides et précurseurs
d’arômes, dégrader des toxines, etc
gène
Génome
: vu comme l’ensemble des gènes de l’espèce en question
diapo de T. Flutre (2016),ProdINRAAspects génotypiques à l’échelle de l’individu
Allèles
: différentes versions d’un même gène
Génotype
: vu comme l’ensemble des allèles de l’individu en
question
⇒
plus deux individus sont apparentés, plus ils ont de chance
d’avoir hérité des mêmes allèles aux mêmes gènes, et donc plus
leurs génotypes sont similaires
Aspects génotypiques à l’échelle de l’individu
Allèles
: différentes versions d’un même gène
Génotype
: vu comme l’ensemble des allèles de l’individu en
question
⇒
plus deux individus sont apparentés, plus ils ont de chance
d’avoir hérité des mêmes allèles aux mêmes gènes, et donc plus
leurs génotypes sont similaires
Synthèse
venant
Plan
Qu’est ce que la diversité génétique ? Pourquoi s’y intéresser ?
Pourquoi cette étude ?
Quelques notions de génétique
Démarche de recherche
À quelles questions souhaitent-on répondre ?
1) Quels arbres ont
les mêmes génotypes
(clones) ?
2) Lesquels sont apparentés ?
2) Quel type d’apparentement ?
I
parent-enfant
I
fratrie
I
1/2 fratrie
À quelles questions souhaitent-on répondre ?
1) Quels arbres ont
les mêmes génotypes
(clones) ?
2) Lesquels sont apparentés ?
2) Quel type d’apparentement ?
I
parent-enfant
I
fratrie
I
1/2 fratrie
À quelles questions souhaitent-on répondre ?
1) Quels arbres ont
les mêmes génotypes
(clones) ?
2) Lesquels sont apparentés ?
2) Quel type d’apparentement ?
I
parent-enfant
I
fratrie
I
1/2 fratrie
En pratique, comment fait-on ?
1) Récolte des feuilles
En pratique, comment fait-on ?
2) Au laboratoire
En pratique, comment fait-on ?
2) Au laboratoire
En pratique, comment fait-on ?
2) Au laboratoire
En pratique, comment fait-on ?
2) Au laboratoire
En pratique, comment fait-on ?
2) Au laboratoire
En pratique, comment fait-on ?
2) Au laboratoire
En pratique, comment fait-on ?
2) Au laboratoire
En pratique, comment fait-on ?
3) Au bureau
Plan
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Pourquoi cette étude ?
Quelques notions de génétique
Démarche de recherche
Des clones et des variétés apparentées
1) Exemples de clones
Probabilités d’êtres clones pour 4 variétés aveyronnaises
Des clones et des variétés apparentées
2) Exemple de familles de "pleins-frères"
Probabilités d’être "pleins frères"
Des clones et des variétés apparentées
2) Exemple d’une famille de "demi-frères"
Probabilités d’être "demi-frères"
Structure de la diversité génétique sur les trois terrains
étudiés
La structure de la diversité génétique d’une population peut
refléter sa répartition géographique
Replacer la diversité génétique...dans un contexte plus large
Remerciements
I
ACRC, Fédération Rénova et Association pour le renouveau de
la châtaigneraie en Hautes-Pyrénées
I
Timothée Flutre (Inra AGAP, équipe DAAV), Nathalie Couix
(Inra AGIR, équipe Odycée), Laurent Hazard (Inra AGIR,
équipe Magellan)
I
Teresa Barreneche (INRA Biologie du Fruit et Pathologie),
Cécile Robin et Olivier Fabreguette (Inra Biogeco)
Crédits
Certaines illustrations sont des adaptations d’illustrations
disponibles sur
Wikimedia
(sous différentes licenses) :
I
Wikipedia
I
cellule de plante
(domaine public)
I
ADN
(CC BY-SA 3.0)
I
pièce de puzzle
(CC0 1.0)
I
Autres sources
I
dessin de châtaignier
I
