Approche des facteurs zootechniques impactant le parasitisme interne des petits ruminants en élevage pastoral corse

HAL Id: hal-02799372

https://hal.inrae.fr/hal-02799372

HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci-entific research documents, whether they are pub-lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.

L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.

Approche des facteurs zootechniques impactant le

parasitisme interne des petits ruminants en élevage

pastoral corse

Lillia Fausti

To cite this version:

Lillia Fausti. Approche des facteurs zootechniques impactant le parasitisme interne des petits rumi-nants en élevage pastoral corse. Sciences du Vivant [q-bio]. 2015. �hal-02799372�

UNIVERSITE DE CORSE PASCAL PAOLI

INSTITUT UNIVERSITAIRE DE TECHNOLOGIE

DUT Génie Biologique

Option Génie de l’environnement

APPROCHE DES FACTEURS ZOOTECHNIQUES

IMPACTANT LE PARASITISME INTERNE DES PETITS

RUMINANTS EN ELEVAGE PASTORAL CORSE

Rapport de stage préparé sous la direction de

Samuel GREANI, Oscar MAESTRINI et François CHARRIER

Présenté et soutenu par Lillia FAUSTI Session 2014/2015

Laboratoire de Recherches sur le Développement de l’Elevage

Remerciements

Je voudrais remercier l’ensemble du corps enseignant du DUT Génie Biologique option Génie de l’environnement et plus particulièrement monsieur GREANI Samuel mon tuteur de stage.

Je tiens à remercier monsieur CASABIANCA François (directeur du laboratoire de recherche sur le développement de l’élevage) de m’avoir permis de réaliser ce stage au sein du laboratoire.

Je remercie également, mon maître de stage monsieur MAESTRINI Oscar d’avoir bien voulu me confier cette étude, ainsi que monsieur CHARRIER François responsable du pôle santé, GAMBOTTI Jean-Yves responsable de la mise en place des suivis ovins, GALLOIS Mélanie (FRGDS) et GAYE Agnès étudiante en école d’ingénieur pour toute l’aide qu’ils m’ont apporté pour la réalisation de ce rapport.

Je transmets mes remerciements à toute l’équipe du LRDE pour son accueil et sa sympathie pour ma période de stage.

Je salue tous les stagiaires que j’ai connus au sein du LRDE.

Pour finir je remercie, le Laboratoire Départemental d’Analyses de Haute-Corse de nous avoir invité durant une demi-journée à suivre l’ensemble de leurs analyses, ainsi que ARAGNI Chjara qui nous a permis d’assister à la préparation des inséminations artificielles au sein du pénitencier de Casabianda.

Tout particulièrement je tiens à remercier l’ensemble des éleveurs ovins et caprins pour m’avoir accueilli et participé à cette étude.

Table des figures :

Figure 1: « Cartographie de la répartition des élevages ovins et caprins en Corse » (Agreste-Recensement agricole, 2010) ... 13 Figure 2: « Cartographie des différents types d'élevages ovins : apporteurs, transformateurs ou mixtes en Corse » (SEIOL, campagne 2010) ... 14 Figure 3 : « Diagramme de fonctionnement de la filière caprine sur une année » ... 18 Figure 4 : « Présentation des différents types d'élevages avec leur cartographie associée » (SEIOL, campagne 2010) ... 19 Figure 5 : « Diagramme de fonctionnement de la filière ovine sur une année »... 22 Figure 6: « Cycle évolutif des strongles digestifs » (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon) ... 23 Figure 7: « Cycle évolutif des strongles pulmonaires » (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon) ... 23 Figure 8: « Cycle évolutif de la Moniéziose » (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon) ... 25 Figure 9 : « Cycle évolutif des coccidies » (d'après Foreyt, 1990) (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon) ... 26 Figure 10 : « Cycle évolutif de la grande douve, Fasciola Hepatica » (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon) ... 27 Figure 11: Cycle évolutif de la petite douve, Dicrocoelium dendriticum (Ecole Nation Vétérinaire de Lyon) ... 27 Figure 12 : A droite : « Pourcentage des élevages ovins corses suivis au contrôle laitier en 2010 » (SEIOL, campagne 2010). A gauche : « Cartographie des élevages caprins en Corse suivis au contrôle laitier » ( ILOCC, fond cartographique, 2010) ... 33 Figure 13 : « Schéma de prélèvement : 6 lots sont constitués dans chaque élevage. Chaque lot sera testé en coproscopie de groupe (mélange des fèces). Une coproscopie représentative du troupeau sera réalisée (image global de l'élevage) » ... 35 Figure 14 : « Méthode d'estimation de l'état coporel des chèvres reproductrices » MORAND-FEHR et al ; Portugal, 1989 ... 37 Figure 15 : « Méthode d'estimation de l'état corporel des chèvres reproductrices » MORAND-FEHR, Portugal, 1989 ... 38 Figure 16 : « Coupe d'une colonne vertébrale d'une brebis laitière au niveau des reins » (Note d'état corporel, Educagri, 2010) ... 39

Figure 17 : « Différentes zones de palaption afin d'établir une NEC chez une brebis » (Point

Vétérinaire, 2013) ... 39

Figure 18 : « Graphique de l'évolution de la croissance journalière de l'herbe au cours de l'année en Kg de MS/J/HA » (institut de l'élevage 2002) ... 42

Figure 19 : « Organigramme explicatif de la préparation des lots à transmettre au LDA 2B » ... 45

Figure 20 : « Matériel pour l'observation microscopique, LDA 2B » ... 46

Figure 21 : « Méthode qualitative et quantitative, LDA 2B » ... 47

Figure 22 : « Organigramme récapitulatif des différentes étapes de l'étude » ... 49

Figure 23 : « Diagramme représentant la charge parasitaire ovine et caprine en oeufs par gramme de fèces » ... 51

Figure 24 : « Graphique des résultats des premières coproscopies illustrant la charge parasitaire (opg) de chacun des élevages » ... 52

Figure 25: « Graphique comparatif des notes d'état coporel moyenne en fonction des catégories d'animaux, pour les deux passages » (Fin Avril début Mai et Juin) ... 54

Figure 26 : « Graphique comparatif des notes d'état corporel moyenne en fonction des catégories d'animaux pouir les deux passages » (Fin Avril début Mai et Juin) ... 57

Tables des tableaux :

Tableau II : « Les parasites et leur localisation dans l'organisme des petits ruminants » (Le Parasitisme) Cf. Annexes XVIII et XIX ... 30

Tableau III : « Formation des groupes d'animaux » ... 34

Tableau IV : « Nombre de lots en fonction du groupe d'animaux » ... 35

Tableau V : « Normes coproscopiques des petits ruminants » (LDA 2B) ... 48

Tableau VI : « Résultats coproscopiques de l’éleveur B »... 53

Tableau VII : « Résultats coproscopiques de l’éleveur D » ... 54

Tableau VIII : « Comparaison des systèmes d’élevages des deux éleveurs caprins » ... 55

Tableau IX : « Résultats coproscopiques de l’éleveur K » ... 56

Tableau X : « Résultats coproscopiques de l’éleveur L » ... 56

Préambule :

L’institut National de la Recherche Agronomique est un organisme public de recherches scientifiques fondé en 1946. Les recherches principales de cet institut sont ciblées sur les questions liées à l’agriculture, à l’alimentation, à l’environnement, à la gestion des territoires tout en mettant en avant la notion de développement durable. Afin de pouvoir intervenir dans chacun des domaines l’INRA est organisé en départements scientifiques :

o Alimentation humaine

o Biologie et amélioration des plantes

o Caractérisation et élaboration des produits issus de l’agriculture o Ecologie des forêts, prairies et milieux aquatiques

o Environnement et agronomie o Génétique animale

o Mathématiques et informatique appliquées o Microbiologie et chaîne alimentaire

o Physiologie animale et systèmes d’élevage o Santé animale

o Santé des plantes et environnement

o Sciences pour l’action et le développement

o Sciences sociales, agricultures et alimentation, espaces et environnement

A travers ces différents départements l’INRA a plusieurs missions : produire et diffuser des connaissances scientifiques, concevoir des innovations et des savoirs faires pour la société, éclairer les décisions des acteurs publics et privés, développer la culture scientifique et technique, participer au débat science/société.

1) Laboratoire de Recherche sur le Développement de l’Elevage (LRDE)

Ce Laboratoire de Recherche sur le Développement de l’Elevage a été créé en 1979, est un laboratoire sous la tutelle du département SAD (Sciences pour l’Action et le Développement) et actuellement dirigé par François Casabianca. Ses missions principales sont la production de connaissances sur le développement des activités d’élevage, avec la mise en

avant du fonctionnement des troupeaux, l’occupation de l’espace, la gestion des ressources, la protection des produits de l’élevage, la valorisation des produits, ainsi que l’organisation des acteurs jouant un rôle dans ce domaine. (Cf. Annexe I)

Il joue un rôle très important dans la mise en place de qualification de qualité comme l’AOC brocciu et l’AOC charcuterie, ainsi que dans des démarches similaires pour les fromages, à travers la production de références techniques et de connaissances sur les processus d’élevage et de transformation. Le laboratoire de Corte travaille également sur la gestion des races animales à petits effectifs, dont les races, ovines, caprines, porcines corses et plus récemment bovines. Désormais, le LRDE oriente les éleveurs vers une autonomie fourragère, c’est-à-dire que sur un parcours mis à disposition des animaux, ces derniers trouveront une part importante de leur alimentation totale, ce qui permet aussi la mise en valeur des ressources locales. Cependant cette liberté de pâturage est un danger pour les animaux, car c’est un facteur de risque majeur pour différents pathogènes, bactéries, virus.

Le laboratoire de Corte est structuré en trois pôles de recherche distincts :

o Le pôle 1 : les parcours méditerranéens, ressource pour l’élevage pastoral durable.

o Le pôle 2 : territorialisation dans les systèmes agro-alimentaires méditerranéens.

Organigramme de l’entreprise d’accueil :

Florian GUENIOT Directeur adjoint d’unité

Pôle 1 : Parcours Jean-Christophe Paoli Agroéconomiste Jean-Yves Gambotti Zootechnicien Florian Guéniot Informaticien

Pôle 2 : Systèmes agri-alimentaires Jean Paul Dubeuf

Agroéconomiste Jean-Michel Sorba Sociologue des techniques Raphaël Belmin Agronome Morgane Millet Doctorante : Agronomie territoriale Paul-Eric Poli Technicien analyses

Pôle 3 : Santé animale

François Charrier Sc. Gestion-santé Sébastien Grech-Angelini Vétérinaire François Casabianca Zootechnicien Oscar Maestrini Technologue Jacqueline Maestrini Technicienne Florian Guéniot Informaticien Paul-Eric Poli Technicien analyses François CASABIANCA Directeur d’unité Pôle administratif : Florian Guéniot Informaticien Joëlle Croce Gestionnaire d’unité

Jean- Baptiste Marchioni Documentaliste Lola Perucho

Doctorante : Gestion génétique en

Introduction ... 10

1)

Contexte et problématique ... 12

1.1)

Elevages caprins et ovins en Corse (BONARD, 2000) ... 12

1.1.1) Quelques chiffres clefs ... 15

1.1.2) Les systèmes d’élevages : alimentation, reproduction, ressources, productions ... 16

1.2)

Le parasitisme interne chez les petits ruminants (ALZIEU 2014, ... 22

1.2.1) Description des parasites (Ecole nationale vétérinaire de Lyon) ... 22

1.2.2) Impact sur les élevages (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon) ... 28

1.3)

Systèmes d’élevages et parasitisme : Problématique du stage ... 30

1.3.1) Evaluer le degré de parasitisme des animaux (CIVAM n°1 et 2)... 30

1.3.2) Investiguer le lien entre le degré de parasitisme et la conduite des animaux (LEGARTO 2007) 31

2)

Dispositif de recherche ... 32

2.1)

Sélection des élevages et protocoles ... 32

2.1.1) Sélection des élevages ... 32

2.1.2) Protocoles : NEC et constitution des lots ... 34

2.2)

Trois grandes catégories de données à collecter ... 35

2.2.1) Données sur la conduite des systèmes d’élevages ... 36

2.2.2) Note d’état corporel (NEC) : ... 36

2.2.3) Coproscopies (THIENPONT et al, 1979)... 41

2.2.4) Déroulement de la phase terrain ... 43

2.2.5) Formation et préparation des lots ... 44

2.2.6) Méthodes d’analyses des lots coproscopiques ... 45

3)

Résultats ... 49

3.1)

Comparaison générale des élevages caprins et ovins ... 50

3.1.1) Contexte géographique et conduite d’élevage Cf. Annexes XXVIII ... 50

3.1.2) Résultats NEC et charge parasitaire ... 51

3.2)

Comparaison de deux élevages caprins ... 53

3.2.1) Degré de parasitisme dans l’échantillon Cf. Annexe XXXI ... 53

3.2.2) Note d’état corporel des animaux dans les deux élevages caprins ... 54

3.2.3) Comparaison des systèmes d’élevages ... 55

3.3)

Comparaison de deux élevages ovins ... 56

3.3.1) Degré de parasitisme dans l’échantillon Cf. Annexe XXXII ... 56

3.3.2) Note d’état corporel des animaux dans les deux élevages ovins ... 57

3.3.3) Comparaison des systèmes d’élevages ... 57

4)

Discussion ... 58

Conclusion ... 61

Lexique ... 62

Bibliographie ... 63

Annexes

Introduction

A la fin de mon cursus de Génie Biologique, option Génie de l’environnement, j’ai candidaté à l’INRA afin de me permettre d’acquérir dans cette entreprise des nouvelles connaissances. Mon stage s’est déroulé au LRDE au sein du pôle santé animale. Il convient tout d’abord de présenter de manière succincte les différents axes et travaux de recherches de ce pôle.

Depuis quelques décennies, il y a émergences et réémergences de maladies animales, avec crises sociétales importantes (la vache folle, la fièvre aphteuse..). Ces menaces et leurs expressions remettent en question les modes de gestion des maladies à l’échelle des territoires. L’expression de ces maladies se fait via des évolutions des pratiques (commerce international…), des évolutions des pathogènes (évolution de l’environnement accompagné de changement climatique). Il faut donc arriver à changer notre manière de concevoir nos mode de surveillance et de lutte contre ces pathogènes en tenant compte ces évolutions. Le LRDE a développé deux axes de recherche :

- Comprendre la façon dont un pathogène circule entre les compartiments biologiques (faune sauvage-faune domestique-homme). Cette circulation dépend de nombreux facteurs qu’il s’agit d’analyser : les pratiques des acteurs, les contacts entre les animaux, etc…

- La conception de dispositifs de gestion innovants : comment coordonner des acteurs multiples (éleveurs, chasseurs, vétérinaires, service de l’Etat, associations…), qui ont des points de vue, des connaissances, des modes d’action très différents, mais qui jouent un rôle sur la dynamique des pathogènes (en les surveillant ou les contrôlant), dans des dispositifs cohérents visant à la gestion d’une maladie. (LRDE, [en ligne])

Pour mieux comprendre la raison de cette étude il faut savoir qu’en Corse l’élevage est en majeure partie sylvo-pastoral, les animaux se déplacent sur des parcours, montent en estives et utilisent les ressources naturelles. Cependant, depuis une dizaine d’année les élevages corses sont confrontés à des crises sanitaires telles que la fièvre catarrhale* ovine (FCO), le virus de Schmallenberg*, la paratuberculose*, qui ont eu un impact économique. La crise de la FCO (épizootie*) en 2013 a remis en cause la question de l’état sanitaire et corporel des animaux lorsque la maladie s’est propagée. Elle a permis de révéler un problème

de parasitisme, cependant on manque de connaissance sur sa gestion. Mon stage fait donc partie d’une étude exploratoire qui a pour but d’identifier certains éléments des systèmes d’élevages qui peuvent avoir un rôle sur le parasitisme. (LRDE, [en ligne])

Tout d’abord nous allons nous intéresser au contexte et à la problématique (élevages caprins et ovins en Corse, ainsi que le parasitisme). Puis une description du dispositif de recherche (trois catégories de données à récolter, le choix des élevages ainsi que les protocoles). Dans une dernière partie nous allons comparer les résultats obtenus, tout d’abord les élevages ovins et caprins, puis ensuite au sein d’une même filière (ovine ou caprine) comparer deux différents élevages selon leurs pratiques, après leur résultats coproscopiques, et enfin l’état corporel de leur animaux.

1) Contexte et problématique

Dans cette première partie nous allons définir le contexte et les pratiques d’élevages en Corse ainsi que l’utilisation de races locales. Puis à travers la présentation des différents types de parasites affectant les élevages, essayer de les mettre en relation avec les pratiques d’élevage. Enfin, déterminer ou supposer l’impact qu’ils peuvent avoir sur un troupeau, ceci étant une des questions principales de l’étude menée.

1.1)

Pour la Corse, l’élevage sur parcours ainsi que la transhumance sont des pratiques ancestrales. C’est un élevage extensif (peu de chargement d’effectif d’animaux à l’hectare) avec des races locales, qui représente une activité très importante pour l’île. La population Corse est souvent restée dans les régions montagnardes afin de développer une agriculture vivrière* par l’intermédiaire de l’élevage extensif des brebis et des chèvres pour la production laitière avec un système de double transhumance. L’hiver les animaux se trouvaient le long du littoral et l’été dans les zones de montagnes. A partir du XIX ième

siècle les industriels laitiers tel que Roquefort se sont installés en Corse. Dès lors les élevages ovins et caprins vont se sédentariser et vont réduire l’importance des transhumances, les réduisant au nombre d’une par an l’été. Désormais certains éleveurs ne pratiquant plus la transhumance alors que celle-ci joue un rôle majeur dans la disponibilité des ressources en quantité importante, et elle peut aussi avoir un aspect sanitaire ; c’est-à-dire que les animaux vont pâturer sur de nouveaux territoires, très souvent non-parasités, pouvant avoir un rôle sur la « déparasitassion ».

(ROVERE, 2010). Une politique de développement régional de l’élevage de 1999 réalisé par

l’Office de Développement Agricole et Rural de Corse (ODARC), des chambres d’agricultures, du Parc Naturel Régional de Corse (PNRC) ainsi que des partenaires, a permis d’élargir le domaine pastoral d’altitude, afin d’orienter les éleveurs vers une optique de transhumance. Dans les 360 communes de Corse sélectionnées, on obtient dans la totalité environ 127 000 ha utilisés contre 108 000 ha auparavant. (AGRESTE 2010)

Figure 1: « Cartographie de la répartition des élevages ovins et caprins en Corse » (Agreste-Recensement agricole, 2010)

Les chevrettes et agnelles de renouvellement sont toujours élevées sous la mère, cependant elles sont sevrées plus précocement.

On a constaté que jusqu’aux années 1980 le parcours représentait 100% de l’alimentation du troupeau actuellement ces pratiques ont changé, on récence un apport de concentrés tels que le maïs, orge, foin (luzerne* ou Crau*) distribués en bergerie. La traite elle aussi n’est plus la même, auparavant tout était fait à la main, actuellement bon nombre d’éleveurs ont choisi l’option de la machine à traire. Le fait d’utiliser ce type de machine oblige l’éleveur à distribuer une ration de nourriture afin que les animaux montent sur le quai. Si la traite manuelle était moins efficace en termes de productivité, de temps de travail, elle permettait néanmoins au berger d’effectuer une sélection de ces animaux, en fonction des conditions de traite, de la quantité de lait produite, de l’adaptation au parcours, du bon allaitement des chevreaux, et de la bonne qualité de la mamelle. (MAESTRINI.O et al, 2004) Cf. Annexes II et III. Les paysages montagneux de Corse sont des lieux de transhumances. Sur ces espaces de nombreux bâtiments d’altitudes sont utilisés comme refuges et autrefois y était réalisé la fabrication du fromage, les « Casgile ». Il existe deux types d’élevages, fermiers ou laitiers. Les élevages fermiers transforment la totalité de leur production mais parfois ils donnent une partie de cette production donc ils peuvent être à la fois transformateurs et apporteurs ont les qualifie de mixtes. Les élevages laitiers, sont uniquement apporteurs, ils ne transforment pas

leur lait. En ce qui concerne la filière caprine, la quasi-totalité des éleveurs sont des transformateurs (90%). (I.L.O.C.C, 2010)

Figure 2: « Cartographie des différents types d'élevages ovins : apporteurs, transformateurs ou mixtes en Corse » (SEIOL, campagne 2010)

Sur la carte ci-dessus on peut se rendre compte que la majeure partie des élevages ovins sont des apporteurs, on le retrouve principalement en plaine et en Haute-Corse. Les transformateurs sont majoritairement présents dans le sud-ouest de la Corse et les élevages mixtes sont surtout présents en centre Corse et en Balagne.

La filière caprine est marquée par l’existence de l’association « CAPRA CORSA » à travers laquelle est valorisée la race caprine corse. La race corse a été reconnue en 2003, elle est rustique, c’est une chèvre de taille moyenne, pesant entre 30 et 40 kg, elle mesure environ 63 cm au garrot. Le bouc lui pèse entre 45 et 60 kg. Les cornes sont de types ibex et la barbiche est présente sur la quasi-totalité des individus. Elle possède une robe à poil plutôt long, de couleur très variable (Cinta Rossa, Bianca Capirossa, Calzarata Rossa, Collata Rossa par exemple, selon les travaux de Franceschi et Santucci, 2009). Sa mamelle est recouverte d’une enveloppe rigide, favorisant la traite manuelle plutôt que mécanique. La production laitière moyenne par lactation est estimée à 160L par chèvre, ce lait est très riche en matières grasses et matières protéiques. On retrouve environ 45g de matières grasses (32g en moyenne pour les autres laits) et 32g de matières protéiques (28g en moyenne pour les autres laits) d’après des travaux effectués par Prost et Maestrini. Cf. Annexes IV et V (CORAM, [en

ligne]). Les éleveurs ovins disposent eux aussi de leur race corse, c’est une brebis de toute

Légende : Apporteurs Transformateurs Mixtes

petite taille et rustique, de 50 à 60 cm, pesant entre 35 à 40 kg. Le bélier lui peut atteindre 70 cm et un poids de 60 à 70 kg. La brebis a une tête fine, et longue. Elle peut avoir des cornes, mais cela n’est pas systématiquement le cas. Le bélier lui possède des cornes larges, enroulées et en arrière. Les membres sont très fins ce qui va leur permettre de pouvoir se déplacer dans des zones accidentées. Les couleurs sont moins variées que pour la chèvre, on retrouve du noir, du blanc, du gris ou du roux. La brebis corse est un pilier de l’économie agropastorale de la Corse. Afin de préserver la race corse, un schéma de sélection a été mis en place en 1986, par l’intermédiaire de la Fédération Régionale Corse de Sélection Ovine (FRECSOV). Cf. Annexes VI, VII, et VIII

1.1.1) Quelques chiffres clefs

En ce qui concerne l’élevage caprin on constate une diminution massive du nombre d’exploitation détenant des caprins. En 2000 on recensait 342 exploitations, en 2010 seulement 263, on observe donc une diminution de 23%. Le nombre d’animaux « mères » à lui aussi fortement diminué, en 2010 on comptait 31 300 chèvres en Corse, en 2011 une enquête révèle une diminution à 29 400 chèvres. (Chiffre du ministère de l’agriculture)

L’élevage ovin est la deuxième production régionale après l’élevage bovin. On dénombrait 496 exploitations possédant des ovins en 2010, et 311 étaient uniquement orientées dans ce domaine. Le nombre d’exploitation a baissé tout comme les élevages de caprins, avec une baisse d’environ 30%. Cependant une part des exploitations s’est spécialisées dans le secteur ovin entre 2000 et 2010, 61% étaient spécialisées en ovin contre 63% en 2010. Le nombre de brebis « mères » a diminué, il est passé de 100 000 animaux en 2000 à 92 000 en 2010. (Enquête cheptel de 2011). Plus de 95% des brebis « mères » sont destinées à la production laitière. Les troupeaux en Corse sont de taille moyenne avec environ 185 brebis « mères ».

En Corse on retrouve principalement des cheptels ovins et bovins avec une diminution importante des élevages caprins. On peut observer aussi depuis les années 71 une baisse des cheptels estivant en montagne.

 Pour les ovins en 1971 : 48%, en 1999 : 28%  Pour les caprins en 1971 : 66%, en 1999 : 44%

1.1.2) Les systèmes d’élevages : alimentation, reproduction, ressources, productions

 Caprins :

Aujourd’hui le développement de la filière est un réel enjeu économique, avec une mise en valeur de l’activité. Ce système entraîne une production se rapprochant des systèmes d’élevages Sardes ou de certains systèmes provençaux. La chèvre ne doit pas produire énormément, mais elle doit produire tout en nécessitant le moins de frais possible, en utilisant le maquis, les végétaux ligneux et les pousses d’herbes comme nutrition principale. Les bergers disposent de vastes étendues de pâturages, les troupeaux sont donc caractérisés par de grands déplacements journaliers. Les chèvres apprécient des végétaux épineux et semi-ligneux. L’élevage caprin corse présente une variabilité de conduite, cependant on retrouve aussi divers caractères similaires :

o Le maquis est le support de l’alimentation o L’utilisation de la race locale

o Le cycle de reproduction

o Conduite du troupeau de manière pastorale

o Un territoire vaste, ne nécessitant pas trop de surveillance

Afin de bien comprendre le fonctionnement de l’élevage caprin il faut connaître les différentes étapes selon les saisons : Cf. Figure n°3

Figure 3 : « Diagramme de fonctionnement de la filière caprine sur une année »

Lors de la traite les éleveurs vont distribuer une ration de complément alimentaire à chacun des animaux passant sur le quai de traite (complément en bergerie), la quantité et la nature de cette complémentation varie d’un éleveur à l’autre, c’est aussi le cas pour la filière ovine. Cf. Annexe IX

 Ovins :

Les bergers pratiquent un système d’élevage extensif, c’est-à-dire qu’il y a une faible densité de chargement d’effectif d’animaux et s’oppose avec le système d’élevage intensif. On distingue deux types d’élevages :

 Les élevages pastoraux  Les élevages fourragers

Hiver Printemps Eté

Figure 4 : « Présentation des différents types d'élevages avec leur cartographie associée » (SEIOL, campagne 2010)

De nos jours les éleveurs ovins ont recourt à l’insémination artificielle, cette technique est la plus employée car elle possède plusieurs avantages :

o Prévision de la période de mise bas (145 jours après l’insémination)

o Variation et connaissance des paternités (insémination avec semence de béliers différents)  possibilité de conserver les agnelles de renouvellement issues de ces accouplements (augmentation des possibilités de choix, car les pères sont connus et affectés selon des critères précis qui tiennent compte de : la consanguinité, la valeur génétique, la production laitière, la richesse du lait, la conformation de la mamelle…)

Cette insémination artificielle débute par la pause des éponges dans le vagin de la brebis, cette éponge sera imprégnée d’hormones à action progestative. Cf. Annexe X

Les hormones présents dans les éponges bloque le cycle hormonal de la brebis, ces éponges sont retirer 14 jours plus tard. On injecte ensuite une hormone appelée PMSG qui favorise l’ovulation.

55 heures après cette injection a lieu l’insémination. C’est une étape délicate, c’est pour cela qu’il faut éviter tout stress pour l’animal. Pour limiter le stress l’insémination est réalisée en salle de traite, lieu où les brebis ont l’habitude de passer tous les jours. La semence utilisée est prélevée sur des béliers qui ont été choisi au centre d’insémination. Cette semence a été conservée à 15°C dans des « paillette ». Chaque numéro de paillette est attribué à une brebis à ensemencer. Cf. Annexe XI

Pour l’insémination on va utiliser une seringue miniaturisée métallique très longue. A l’intérieur de cette seringue on va insérer la paillette à inséminer. Cette même seringue est protégée d’une gaine qui sera changée entre chaque brebis. Pour faciliter la manipulation l’inséminateur utilisera un spéculum*, puis il déposera la semence à l’entrée du col de l’utérus de la brebis.

Après cette manipulation les brebis resteront en bergerie pendant 3 jours afin de favoriser la fécondation, éviter de longs déplacements, ou encore des chocs. Il faut savoir que le taux de réussite d’une insémination artificielle se situe entre 60 et 80% par élevage. (Reconquête

Afin de mieux comprendre le fonctionnement de la filière ovine il est intéressant de se pencher sur leur cycle tout au long de l’année : (cf figure n°5)

Figure 5 : « Diagramme de fonctionnement de la filière ovine sur une année »

1.2)

Un parasite est un organisme vivant au dépend d’un hôte. Il tire à son profit des ressources nutritives, un abri ou un lieu de reproduction. Tout d’abord je vais décrire les principaux parasites internes caprins et ovins, puis les impacts qu’ils peuvent avoir sur les animaux.

1.2.1) Description des parasites (Ecole nationale vétérinaire de Lyon)

 Les strongles : (BRAD 1997, CABARET 2000, Fédération interprofessionnelle caprine et ovine)

 Strongyloses digestives : Cf. Annexe XII

Le cycle se déroule en deux phases :

 Une phase libre : Les œufs sont émis avec les fèces. Si les conditions d’oxygénation, de température et d’humidité sont réunies, les œufs éclosent en peu de temps et donnent successivement des larves de 1er, 2e et 3e stade, environ en deux semaines. Ce dernier stade, le stade infestant, est capable de migrer. Les larves L3 restent à l’abri des bouses en attendant des conditions favorables pour migrer dans l’herbe, facilitant ainsi leur ingestion par l’hôte.

 Une phase parasite : L’ingestion de la larve infestante est suivie de deux mues avant d’atteindre le stade adulte en trois ou quatre

semaines. Un arrêt du développement

larvaire (hypobiose) permet la survie

hivernale de certaines espèces. Les

strongles migrent peu dans les tissus et les

adultes s’installent dans la lumière

du tube digestif.

L +n° = Stade larvaire HD = Hôte définitif

Figure 6: « Cycle évolutif des strongles digestifs » (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon)

 Strongyloses pulmonaires : Cf. Annexe XII

Muellerius capillaris est pratiquement la seule espèce de strongles pulmonaires

retrouvée chez les caprins et presque 100 % des adultes qui vont au pâturage sont concernés par ce parasite. Il vit dans les parties profondes de l’appareil respiratoire.

Le cycle fait intervenir deux hôtes, l’hôte terminal, et un escargot terrestre ou une limace comme hôte intermédiaire. On observe une toux modérée ou sévère et dans les cas graves une souffrance voir une insuffisance respiratoire. Ces symptômes respiratoires sont accompagnés d’une perte de poids et d’une chute de la production de lait. En général, la toux s’aggrave avec l’effort physique.

Figure 7: « Cycle évolutif des strongles pulmonaires » (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon)

Facteurs importants pour les strongles : (Filière ovine et caprine n°31)

 Climat :

L’humidité et l’oxygénation sont des facteurs déterminants pour le développement des larves et la température agit comme régulateur. Le développement et la survie des larves L +n° = Stade larvaire

HD = Hôte définitif HI= Hôte intermédiaire

seront optimaux en période humide et chaude. C’est pourquoi les périodes à haut-risque en zone tempérée seront en début d’été et en automne. Même si les larves infestantes sont une forme de résistance, la sécheresse limite la survie de toutes les espèces de strongles. Par contre, le froid a une action variable selon les espèces de strongles, il peut tuer certaines espèces.

 La physiologie :

Si la résistance en fonction de la race n’a pas été démontrée, le stade physiologique est déterminant : les chèvres excrètent davantage d’œufs autour de la mise bas. Les chèvres hautes productrices sont plus sensibles à la contamination et l'effet sur la production est plus important. Des études ont montré des pertes en lait atteignant 25 % sur les fortes productrices contre 2 à 10 % chez les faibles laitières.

 L’alimentation :

Les nématodes parasites provoquent une fuite protéique importante chez les animaux parasités. Ceci peut être d’autant plus préjudiciable pour les animaux que leur ration alimentaire est déficitaire en matière azotée.

Les différents strongles possibles :

Tableau I : « Tableau regroupant les différents strongles respiratoires et digestifs principaux » (Filière ovine et caprine, n°31)

Parasites Localisation Fréquence Contamination Pouvoir pathogène

Tricostrongylus axei Caillette Faible Pâturage Important

Haemonchus contortus Caillette Moyenne Pâturage Sévère (anémie)

Telaosagia circumcincta Caillette Elevée Pâturage Important

Nématodirus fillicollis / N. battus Intestin grêle Elevée Pâturage Variable

Tricostrongylus colubriformis Intestin grêle Elevée Pâturage Modéré à important Strongyloïdes Intestin grêle Faible Bergerie Variable

Chabertia ovina Gros intestin Faible Pâturage Faible

Oesophagostomum venolosum Gros intestin Elevée Pâturage Faible Trichuris ovis Gros intestin Elevée Pâturage Modéré à important

Muellerius Poumon Elevée Pâturage Modéré

Il s’agit d’une infestation de l’intestin grêle chez les ruminants. Les vers responsables sont de la famille des cestodes, appelés Ténia. Principalement on retrouve l’espèce Moniezia

expansa surtout chez les petits ruminants. Ce sont de grands vers blancs qui au stade adulte

dans l'intestin de l'animal mesurent de 3 à 5 mètres. Ils sont dépourvus de crochets. Cf. Annexe XIV. Le Cycle de développement fait intervenir les oribates, ce sont des petits acariens des prairies dans lesquels se développent les larves cysticercoïdes*. La survie de ces larves dans les oribates peut atteindre 2 ans. Les prairies humides sont particulièrement favorables aux acariens. A l’inverse, les acariens sont détruits en quelques semaines en cas de sécheresse. La période du délai entre l’ingestion des larves jusqu’à expulsion des premiers œufs est de 6 à 16 semaines.

Figure 8: « Cycle évolutif de la Moniéziose » (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon)

 La Coccidiose :

La coccidiose est une infestation parasitaire contagieuse, car il y a multiplication de coccidies dans la muqueuse intestinale. Les coccidies sont des protozoaires. Les jeunes se contaminent rapidement par ingestion d’ookystes qui sont présents dans le milieu s’il est contaminé. Cette contamination précoce est inévitable car tous les animaux, jeunes ou adultes, excrètent des parasites. Les jeunes se contaminent de manière élevée jusqu’à leur 5 mois. A partir de 5 à 6 mois le parasitisme diminue et devient faible mais ne sera jamais totalement absent chez les adultes. Cf. Annexe XV

Le cycle du parasite comporte deux phases :

 Première phase : Milieu extérieur :

Un animal infesté contient des coccidies dans son intestin, va rejeter des œufs (ookystes) dans le milieu par l’intermédiaire de ces fèces. Les œufs vont survivre ou non selon les conditions climatiques (humides et tempérées sont les conditions favorables) et vont

contaminer le milieu (pâturages ou bergerie par exemple). Les ookystes vont devenir mâtures et infestant en deux jours seulement.

 Deuxième phase : Dans le ruminant, l’hôte :

L’hôte se contaminera par ingestion de l’ookyste, celui-ci va poursuivre son cycle de développement dans l’intestin de l’animal désormais contaminé et va aussi s’y multiplier. L’animal lui, va à nouveau rejeter des ookystes qui seront présent dans ces fèces. Le cycle recommence à nouveau.

Figure 9 : « Cycle évolutif des coccidies » (d'après Foreyt, 1990) (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon)

 La grande douve : Cf. Annexe XVI

La grande douve aussi appelée Fasciola Hepatica, est un vers plat parasite du foie, elle peut se voir à l’œil nu. C’est très fréquent et très pathogène chez les ruminants et peut être aussi retrouvée chez les porcs. Cette douve se nourrit du sang et des cellules hépatiques.

Ses œufs ne peuvent pas éclore dans le foie de l’animal infesté. Les œufs quittent leur hôte par les excréments, ils éclosent lorsque les conditions favorables sont réunies. Lors de l’éclosion il y a libération d’une petite larve ciliée appelée : miracidium. Cette larve va d’abord se développer à l’intérieur d’un premier hôte intermédiaire, un gastéropode appelé Limnée. Les larves quitteront cet hôte une fois qu’elles auront atteint leur forme cercaire* et qu’elles se seront multipliées. De retour dans le milieu, ces cercaires vont se fixer à des végétaux et s’enkyster sous forme métacercaire*. Ensuite, elles seront ingérées par leur hôte définitif dans lequel elles termineront leur développement au niveau du foie.

* *

* *

Figure 10 : « Cycle évolutif de la grande douve, Fasciola Hepatica » (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon)

 La petite douve : Cf. Annexe XVII

La petite douve du foie aussi appelée : Dicrocoelium dendriticum est un petit ver plat parasite. Sa forme adulte est de couleur claire et mesure environ 10 mm sur 2 mm. Elle vie dans les canaux biliaires, souvent associée à la grande douve. Cette douve nécessite deux hôtes intermédiaires ainsi qu’un hôte définitif. Les œufs vont être rejetés dans le milieu par les fèces, ils vont être avalés par un mollusque terrestre appelé Cionella lubrica, et va ensuite les rejetés une fois qu’ils auront atteint leur forme cercaire. Une fourmi va avaler ces cercaires, et va les héberger sous leur forme métacercaire enkystées et infectieuses. Cette fourmi va ensuite être avalée par les ruminants dans les pâturages.

Figure 11: Cycle évolutif de la petite douve, Dicrocoelium dendriticum (Ecole Nation Vétérinaire de Lyon)

L +n° = Stade larvaire HD = Hôte définitif HI= Hôte intermédiaire HI2= Hôte intermédiaire

numéro 2

*

1.2.2) Impact sur les élevages (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon)

 Les strongles :



Elles entraînent des symptômes généralement tardifs et peu spécifiques. Pour les caprins, les animaux mangent moins (baisse de l’ingestion allant jusqu’à 20%), ils ont de la diarrhée (plus rarement), un poil en mauvais état (piqué) il y a aussi une diminution de la production laitière (jusqu’à 25%). On peut également retrouver de l’anémie* généralement associée à Haemonchus contortus. Sur les jeunes animaux les strongles peuvent avoir un effet inhibiteur sur la croissance. En ce qui concerne les ovins, ces strongyloses atteignent particulièrement les jeunes ou les adultes fragilisés par exemple en mauvais état, les brebis en cours de lactation, ou encore avec des jumeaux. Ces symptômes sont retrouvés pour d’autres pathologies, afin de confirmer une strongylose digestive il est donc nécessaire de faire des analyses de fèces en laboratoire.



Cette infestation est cumulative : plus les chèvres sont âgées plus elles sont parasitées. Toutefois, l’impact réel de Muellerius capillaris reste difficile à apprécier, son implication dans la symptomatologie respiratoire reste à démontrer. Les symptômes pouvant être observés sont : une toux modérée ou sévère, et dans les cas les plus graves il y a généralement une insuffisance respiratoire. Ces symptômes respiratoires sont accompagnés d’une perte de poids et d’une chute de la production laitière. Chez les ovins mêmes remarques, infection respiratoire chronique engendrant de la toux et de l’essoufflement même au repos.

 La Moniéziose (AUTEF, 2001)

L’action pathogène de la Moniéziose se manifeste principalement chez les jeunes. Les Moniézioses sont bien décrites chez les jeunes (qui sont les plus sensibles lorsqu’ils ont moins de 6 mois), mais aussi chez les adultes. C’est une maladie à caractère saisonnier (printemps et automne). On peut observer comme symptômes : Diarrhée, amaigrissement, croissance retardée, perte de laine (sèche, cassante), symptômes nerveux, stouble de la rumination (pour les adultes). Le genre Moniézia est lié à l’obstruction des voies digestives. Cependant l’espèce concernant les petits ruminants (ovins et caprins), Moniézia expansa est plus pathogène que l’espèce Moniézia benedeni associée aux bovins.

 La Coccidiose

En ce qui concerne les symptômes de la Coccidiose ils sont variables, ils dépendent de l’importance de la contamination, du nombre d’ookyste, et de son ancienneté. La coccidiose se manifeste sous forme subclinique, c’est-à-dire qu’elle ne va entraîner qu’un simple retard de croissance avec un poil de mauvaise qualité chez les jeunes, et parfois un amaigrissement. Chez les adultes la Coccidiose est asymptomatique, afin de la déceler il faut recourir à la recherche d’ookystes dans les selles de l’animal.

 La grande Douve

Toutes les classes d’âges sont touchées, car la réponse immunitaire qui va se mettre en place chez les bovins face à Fasciola Hepatica est inexistante chez les petits ruminants. La mortalité due à la grande Douve est très faible sauf en cas de forme aigüe de l’infestation. On peut observer deux formes cliniques :

- La forme aigüe : Cette forme est très rare chez les caprin. Cependant si elle se déclare l’évolution est rapide et mortelle. Pour aboutir à cette forme il faut qu’il y ai migration des « immatures » dans les tissus hépatiques. Les animaux présenteront des ascites* et des douleurs abdominales, on pourra aussi observer des œdèmes. Une péritonite* ou une hépatite nécrosante entraînera la mort de l’animal.

- La forme chronique : la plus souvent retrouvée. Elle est déclenchée par les douves adultes. En ce qui concerne les symptômes, les animaux vont être anémiés, présentant dans certains cas de la diarrhée et/ou de l’ascite. Cela va entraîner aussi une perte de poil ainsi qu’une diminution de sa qualité, et une importante baisse de la production de lait.

 La petite Douve

Tous les individus peuvent être touchés par la petite douve, il n’y a pas une classe d’individus plus sensibles. La petite douve a un effet cumulatif ce qui entraîne que les animaux âgés expriment des signes cliniques plus importants. Elle est très pathogène chez la chèvre et la brebis, pouvant vivre dans l’animal pendant 5ans. En ce qui concerne les symptômes, la forme aigüe de cette maladie est uniquement observée chez les ovins et caprins : hépatite traumatique (due aux parasites dans le tissu hépatique), anémie, oedèmes, cachexie*, possibilité de mort à court ou à moyen terme, cirrhose. Pour la forme chronique : Diarrhée, anémie, diminution de l’état corporel de l’animal, troubles digestifs, dilatation des canaux biliaires…

Tableau II : « Les parasites et leur localisation dans l'organisme des petits ruminants » (Le Parasitisme) Cf. Annexes XVIII et XIX

Parasites Localisation

Strongles digestifs Caillette*, intestin grêle, colon

Strongles pulmonaires Poumons

Grande douve Foie

Petite douve Foie

Coccidies Intestin grêle

1.3)

Problématique : Approche des facteurs zootechniques impactant le parasitisme interne des petits ruminants en élevage pastoral Corse

La fièvre catarrhale transmise aux animaux par un moucheron piqueur apparu dans les élevages de façon considérable en Corse en 2013, nous amener à nous pencher sur cette question. Cependant l’état des animaux et le degré de parasitisme dépendent en grande partie des modes de conduite du troupeau (type d’alimentation, temps de présence sur certaines parcelles, traitement anti-parasitaire, …) c’est-à-dire des pratiques d’éleveurs. La problématique de l’étude menée dans le cadre de mon stage est de mettre à la fois en relation les pratiques d’élevages, les notes d’état corporel des animaux et leur degré de parasitisme. Il s’agit d’identifier et de caractériser les pratiques qui favorisent ou limitent l’exposition des animaux au risque d’infection parasitaire. Le travail sur les notes d’état corporel a pour objectif d’évaluer la pertinence de cet indicateur, pour l’éleveur, dans la gestion du parasitisme.

1.3.1) Evaluer le degré de parasitisme des animaux (CIVAM n°1 et 2)

Evaluer le degré de parasitisme c’est à la fois qualifier le parasitisme (types de parasites retrouvés et dans quelles conditions) mais aussi le quantifier (infestation faible/moyenne/élevée).

Le parasitisme chez les petits ruminants est un problème souvent retrouvé dans les élevages. Désormais les éleveurs tendent à éviter les traitements anti-parasitaires car ils nécessitent des temps d’attentes assez longs afin de pouvoir réutiliser le lait. Il est donc

intéressant de pouvoir évaluer le niveau parasitaire et de pouvoir ensuite prendre la décision d’utiliser ou non un traitement. Lors de l’utilisation d’un traitement, ce dernier est administré très souvent à la totalité des animaux, cependant la majorité des parasites (du tube digestif par exemple) ne concernent que 20% des animaux. Il serait donc judicieux et logique de ne traiter que ces animaux infestés, cependant il n’est pas toujours facile de déceler l’animal parasité. Afin d’évaluer le degré de parasitisme on utilise le plus souvent la coprologie (détailler en 2.1.2).

1.3.2) Investiguer le lien entre le degré de parasitisme et la conduite des animaux (LEGARTO 2007)

Divers travaux effectués antérieurement par Mage et Al en 1998, Cabaret et Al en 2002 et Cabaret en 2004, ont réussi à mettre en évidence la nécessité de mettre en place une gestion préventive dans laquelle chaque pratique d’élevage à son importance afin de limiter les facteurs de risques d’une infestation parasitaire. Ces travaux ont mis en avant différents points:

- La gestion de l’herbe : sachant que la majeure partie des infestations parasitaires se fait lors des périodes de pâturages, pour les limiter il est judicieux d’utiliser les parcelles tournantes pour ne pas faire pâturer les animaux au même endroit

- La conduite du troupeau (mise bas, période en bergerie, nombre d’animaux par hectares)

- La sélection des animaux - L’alimentation

- La santé des animaux

Mes tâches dans l’évaluation du degré de parasitisme :

 Observation de l’état général de l’animal avec attribution d’une note

d’état corporel pouvant être en lien direct avec le degré de parasitisme

 Préparation des lots de coproscopies envoyés au Laboratoire

Départemental d’Analyses de Haute-Corse (Utilisation d’Excel, et pratique en laboratoire au LRDE)

 Analyse et traitement des résultats fournis par le LDA suite aux

La prise en compte de ces différents paramètres permet de diminuer les risques de parasitisme sur un élevage, diminuer le nombre de vers (intensité de l’infestation), la diversité de l’infestation (nombre d’espèces de parasites retrouvées), et donc diminuer le recours aux traitements (antihelminthiques).

2) Dispositif de recherche

Je vais tout d’abord vous présenter comment et selon quels critères ont été choisis les éleveurs, ainsi que la construction de l’échantillonnage. Enfin, les explications du type de données récoltées sur le terrain et leur traitement.

2.1)

2.1.1) Sélection des élevages

Les éleveurs ont été choisis selon trois critères. Le premier critères retenu a été qu’ils soient adhérents au GDS, le second critère étant qu’ils soient adhérents au contrôle laitier (géré par les chambres d’agricultures) et le troisième critère étant leur répartition géographique à l’échelle de la Corse. Le contrôle laitier est un organisme créé en 1993 qui va effectuer des mesures concernant la quantité de lait produite par les animaux pendant leur période de lactation, mais aussi la qualité de leur production : on y contrôle la quantité de matière grasse et protéique (matière azotée). Ce contrôle permet aux éleveurs d’avoir un conseil au niveau de l’alimentation de leurs animaux, il leur permet aussi de repérer les meilleurs animaux du troupeau afin de pouvoir effectuer une sélection génétique.

Mes tâches pour la mise en relation entre les pratiques d’élevages et le degré de parasitisme :

 Saisie informatique des données récoltées grâce au questionnaire soumis aux

éleveurs concernant leurs pratiques d’élevages

 Comparaison entre les différents élevages et leur degré de parasitisme associé  Réussir à trouver un lien entre les pratiques d’élevages et le parasitisme

Figure 12 : A droite : « Pourcentage des élevages ovins corses suivis au contrôle laitier en 2010 » (SEIOL, campagne 2010). A gauche : « Cartographie des élevages caprins en Corse

suivis au contrôle laitier » ( ILOCC, fond cartographique, 2010)

La liste des éleveurs nous a été fournie par le GDS, elle comporte 12 éleveurs caprins et 12 éleveurs ovins répartis dans toute la Corse. Le choix des éleveurs s’est ensuite fait de manière simpliste, nous avons choisi d’étudier 6 éleveurs caprins, et 6 éleveurs ovins. Pour chaque filière nous avons décidé de prendre 2 éleveurs en plaine, 2 éleveurs en piedmont, et 2 éleveurs de montagne. Parmi les 12 éleveurs présentés pour chaque filière la liste s’est réduite car une partie n’était pas d’accord pour que l’on vienne effectuer les manipulations sur leur troupeau où certains avaient déjà vermifugé à cette période (et cela ne présente pas d’intérêt pour nous car nous travaillons justement sur la parasitologie).

Contrôle laitier simplifié 23% Hors contrôle laitier 45% Contrôle laitier officiel 32%

Les FRGDS ou Fédérations Régionales des Groupements de Défense Sanitaire rassemblent les Groupements départementaux de Défense Sanitaire à l’échelle d’une région. Ses principales missions sont :

 Définir, animer et coordonner l’action sanitaire au niveau régional  Assurer la représentation de la région à l’échelle nationale

 Participer à des groupes de travail permettant le développement de nouvelles

actions

Les actions menées par le GDS (Groupement départemental de Défense Sanitaire) : les actions techniques d’appui aux éleveurs, les formations conseils techniques et communication sur le sanitaire.

Les GDS ont été fondés en 1950 suite à l’initiative des services vétérinaires et des éleveurs. Le président actuel est Mr Combes Michel et le directeur est Mr Casagne Marc-Henri. Leur rôle principal est de veiller au bon état sanitaire des troupeaux. Ces groupements ont permis de réunir de nos jours environ 95% des éleveurs bovins, 70% des éleveurs caprins et ovins, 50% des éleveurs porcins. Ces organismes sont reconnus par le Ministère de l’Agriculture selon le code rural.

Afin de mener à bien notre étude, nous avons travaillé avec deux acteurs qui ont un rôle majeur. Les protocoles ont été établis avec la FRGDS, les analyses coproscopies ont été réalisées par le LDA 2B.

2.1.2) Protocoles : NEC et constitution des lots

En amont, il a tout d’abord fallu sélectionner les animaux sur lesquels on allait s’intéresser ainsi que le nombre d’animaux qui allaient être notés et prélevés afin d’avoir la plus large représentativité du troupeau.

 Choix des animaux :

Tableau III : « Formation des groupes d'animaux »

Trois groupes d'animaux

Jeunes (2014) Adultes fortes productrices Adultes faibles productrices

14 animaux 14 animaux 14 animaux

Ces groupes vont nous permettre de voir la relation entre le degré parasitisme avec l’âge des animaux (sensibilité à certains parasites) et leur production laitière (bonne ou mauvaise) appuyée par le contrôle laitier. Le facteur âge est donc mis en avant compte tenu des groupes définis, mais aussi la production laitière sachant que cette dernière peut être impactée par la charge parasitaire.

 Formation des lots :

Le choix de former des lots s’est fait lorsque l’on s’est aperçu qu’il n’était pas possible d’effectuer des coproscopies individuelles car le budget était limité. La mise en place du protocole a été mise en place de manière réfléchie en fonction du budget mis à disposition.

Afin de préparer nos lots en fonction de nos catégories d’animaux, nous avons, pour chaque groupe d’animaux réalisé deux lots ; un lot contenant les animaux avec une NEC faible et un lot d’animaux avec une NEC forte. Les lots sont formés en fonction de la note d’état corporel attribuée à chaque animal de chacun des groupes, sachant qu’il faut au minimum 5 animaux par lots. Ces lots vont nous permettre de voir par rapport à chaque catégorie d’animaux si la charge parasitaire a toujours un impact sur l’état corporel des animaux.

Tableau IV : « Nombre de lots en fonction du groupe d'animaux »

Groupes d'animaux : Jeunes Adultes fortes productrices Adultes faibles productrices

Troupeau

2014

Lots : NEC

faible NEC forte

NEC NEC NEC NEC (Bergerie)

faible forte faible forte

Figure 13 : « Schéma de prélèvement : 6 lots sont constitués dans chaque élevage. Chaque lot sera testé en coproscopie de groupe (mélange des fèces). Une coproscopie représentative du

troupeau sera réalisée (image global de l'élevage) »

2.2)

Nous avons choisi de mettre en place un entretien individuel pour chaque éleveur afin de connaître ses pratiques d’élevages, nous avons noté individuellement l’état corporel des animaux pour évaluer leur état d’engraissement (NEC), puis nous avons réalisé individuellement des analyses coproscopiques de ces mêmes animaux pour définir leur degré d’infestation. Ces données ont été réalisées deux fois au cours de l’étude (sauf les enquêtes

auprès des éleveurs), la première fois à partir de mi-Avril et la seconde fois à partir de début Juin afin de pouvoir se rendre compte du changement d’état ou non des animaux, ainsi que de l’évolution du degré de parasitisme.

2.2.1) Données sur la conduite des systèmes d’élevages

Un questionnaire a été soumis à chaque éleveur de l’échantillon, Cf. Annexe XX. Cette enquête axée sur leurs pratiques comprend 7 catégories de questions concernant : le système d’exploitation, le troupeau, l’alimentation, la reproduction, la gestion sanitaire, la note d’état corporel, les bâtiments et parcelles. Dans la suite le questionnaire sera utilisé pour le mettre en lien avec les résultats des coproscopies afin de peut-être se rendre compte s’il existe un type de conduite d’élevage qui limite la charge parasitaire des animaux.

La description de ces systèmes d’élevage doit nous permettre de dégager des types de pratiques qui, analysées au regard des résultats concernant le parasitisme interne des animaux de chaque élevage, peuvent être considérées comme influentes sur l’état des animaux et leur exposition au risque d’infection parasitaire.

2.2.2) Note d’état corporel (NEC) :

L’évaluation de l’état corporel des animaux est très importante c’est un outil simple de gestion de l’alimentation ou encore de la gestion du parasitisme. Elle permet de pouvoir gérer les rations de nourritures lors de période importante telle que la mise bas ou encore la lutte pour les femelles. La note d’état corporel se fait de manière différente chez les ovins et chez les caprins, mais la grille de notation varie de 0 à 5 pour les deux espèces. Nous avons choisi d’affiner la grille de notation à 0.5 sachant que cet ajustement a déjà été utilisé sur des élevages corses caprins en 1982 (Santucci et Maestrini), et un des notateurs présent lors de cette étude a participé à la mise au point de la grille à 0.5. Cette notation permettra donc de différencier deux animaux quasi-équivalents afin d’avoir une note plus précise sur l’état de l’animal.

 Chez les caprins : Cf. Annexe XXI

Les chèvres semblent souvent très maigre cela est dû à la répartition des dépôts adipeux, cependant ils sont beaucoup plus réduits en comparaison avec les dépôts adipeux des ovins ou bovins. Les tissus adipeux ne sont pas tous sollicités lors d’un déficit énergétique, les

premiers sont les tissus adipeux sternaux puis viennent les tissus adipeux sous cutanés du site lombaire. La quantité de graisse est difficile à apprécier à l’œil, il y a donc eu plusieurs méthodes et protocoles de palpation essayés. En 1989, une première méthode a été mise au point par Russel et al pour les brebis, celle-ci consistait à l’unique palpation des lombaires cependant à cet endroit-là les dépôts de graisse sont quasi inexistant chez la chèvre.

Figure 14 : « Méthode d'estimation de l'état coporel des chèvres reproductrices » MORAND-FEHR et al ; Portugal, 1989

En 1982 Santucci et al propose une nouvelle palpation, le site sternal (cf. figure 11), peu précise elle aussi (cf. figure n°18). Plus tard dans les années 84, une échelle de notation corporelle a été mise en place elle se base à la fois sur les repères sternaux et lombaires. C’est

la notation qui est utilisée de nos jours, elle définit donc la moyenne entre la note attribuée aux lombaires et la note attribuée au sternum. Cette méthode est simple et peut être appliquée par l’éleveur lui-même. Cependant cela reste une manipulation qui demande de la concentration et de la rigueur.

Figure 15 : « Méthode d'estimation de l'état corporel des chèvres reproductrices » MORAND-FEHR, Portugal, 1989

 Chez les ovins :

En comparaison aux chèvres les brebis elles paraissent, la majeure partie du temps, grasses. Cela est dû à la laine qui leur donne un air imposant. Il est donc là aussi difficile de juger à l’œil nue l’état corporel des animaux. Tout comme pour les chèvres, il existe un

système de palpation qui permet de déterminer une note d’état corporel. Chez les brebis laitières il suffit de palper les lombaires pour savoir si la brebis est maigre ou grasse.

Figure 16 : « Coupe d'une colonne vertébrale d'une brebis laitière au niveau des reins » (Note d'état corporel, Educagri, 2010)

Afin de noter de manière correcte un animal, il y a 4 zones au niveau des lombaires à palper : les apophyses épineuses des vertèbres, les apophyses transverses des vertèbres, les muscles sous-lombaires, la noix.

Figure 17 : « Différentes zones de palaption afin d'établir une NEC chez une brebis » (Point Vétérinaire, 2013)

 Barème de notation de l’état corporel pour les brebis : (Productions animales/ovins, Evaluation de l’état corporel des brebis: grille de notation – La semaine vétérinaire, n°

1546, Juin 2013)

 Note 0 : Animal extrêmement maigre, sur le point de mourir, impossibilité à détecter quelques tissus musculaire

 Note 1 : Brebis très maigre, apophyses épineuses (A) et transverses (D) pointues, les doigts passent facilement sous leur extrémités(E). La noix est peu épaisse, on ne détecte pas de gras (B)

 Note 2 : Brebis maigre, apophyses épineuses proéminentes (A) mais moins marquées. Chaque apophyse est senti au touché. Apophyses transverses également arrondies(D) et il est possible d’y engager les doigts à leur extrémités (E). La noix est d’épaisseur moyenne (C) avec une faible couverture adipeuse (B).

 Note 3 : Brebis en état, les apophyses épineuses (A) forment une légère ondulation, chacun des os ne peut être individualisé uniquement sous pression des doigts. Les apophyses transverses (D) sont bien recouvertes et les extrémités ne peuvent être senties qu’en cas de forte pression des doigts (E). La noix est pleine(C), et sa couverture adipeuse est moyenne. (B)

 Note 4 : Brebis grasse, les apophyses épineuses (A) ne sont détectables que par pression, cela forme une surface continue recouverte de graisse. On ne peut pas sentir les apophyses transverses (E). La noix est pleine (C), avec une épaisse couche adipeuse (B).

 Note 5 : Brebis très grasse voir obèse, les apophyses épineuses (A) ne peuvent pas être détectées même avec une pression importante des doigts. Les apophyses épineuses sont recouvertes de graisse. Pour les apophyses transverses (E), ils ne sont pas non plus détectables. La noix est très pleine (C), avec une couverture importante adipeuse (B). On retrouve également d’importantes couches de graisses sur la croupe et la queue.

2.2.3) Coproscopies (THIENPONT et al, 1979)

L’évaluation du degré de parasitisme des animaux a été réalisée via des coproscopies. Cette méthode permet par l’analyse des fèces des animaux, de se rendre compte s’il y a ou non parasitisme, si oui on va pouvoir aussi déterminer le degré d’infestation.

 Les coproscopies peuvent se faire pour différentes raisons :

 Recherche d’une cause d’un problème de santé sur un animal ou un troupeau

 Effectuer un suivi du parasitisme au sein de l’élevage, en fonction des différents types de pâtures

 Vérification de l’efficacité d’un traitement

Il faut savoir que la saison de pâture est systématiquement liée à une infection parasitaire. La saison des pâtures (printemps) est une période intéressante techniquement et économiquement, cela permet de valoriser la ressource herbagée. Cependant cette période est

la plus propice aux problèmes parasitaires tels que les strongles digestifs par exemple. (Cf D- Le parasitisme chez les petits ruminants)

Figure 18 : « Graphique de l'évolution de la croissance journalière de l'herbe au cours de l'année en Kg de MS/J/HA » (institut de l'élevage 2002)

 Les coproscopies peuvent se réaliser à différentes période de l’année :

 A la fin de la période de pâturage : cela permet de se rendre compte si les animaux ont été touchés par le parasitisme durant la période de pâturage.

 Avant la période de pâturage : cela permet de savoir avant la mise à l’herbe si les animaux sont en bonne santé, et cette coproscopie permettra aussi d’éviter la contamination de zone de pâture si un animal est déjà contaminé.

 Durant la mise à l’herbe jusqu’à la fin de la période de pâture : suivi tout au long de la période de pâturage

 Avant et après l’utilisation d’un traitement curatif : s’assurer de l’efficacité du traitement sur les animaux atteint

 Comment réaliser une coproscopie ?

1- Effectuer des prélèvements individuels directement au rectum de manière à s’assurer que les fèces soient fraîches et qu’ils ne soient pas contaminés par des déchets extérieurs. Cf. Annexe XXII

2- Déposer les fèces récupérer dans un sachet hermétique (brebis) ou un tube à essai (chèvre) en précisant sur celui-ci le numéro attribué à l’animal prélevé.

Légende :

: Pic de croissance de l’herbe au cours de