IMPORTANCE DU DEUXIEME CRACHAT DANS LE DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE :

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MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

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UNIVERSITE D’ABOMEY –CALAVI

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY –CALAVI

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DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

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Filière : Analyses Biomédicales

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RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION POUR L’OBTENTION DU DIPLOME DE LICENCE PROFESSIONNELLE

Thème

Présenté et Soutenue Par : Fadiyath Ayoka Oman Lara ASSANI

Membres du jury

Président: Prof AHOYO A. Théodora Superviseur: Prof BANKOLE S. Honoré Examinateur: Dr DOUGNON T. Victorien

Sous la direction de:

IMPORTANCE DU DEUXIEME CRACHAT DANS LE DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE : ETUDE

RETROSPECTIVE.

TUTEUR

Mr Hebert DEDEHOUANOU

Biologiste Médical LRM/ PNT

SUPERVISEUR

Prof Honoré S. BANKOLE

Microbiologiste

Professeur Titulaire des universités EPAC/UAC

ANNEE ACADEMIQUE 2017-2018 (11^e PROMOTION)

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i Réalisé par Fadiyath ASSANI

REPUBLIQUE DU BENIN -*-*-*-*-*-*-*-*-

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

-*-*-*-*-*-*-*-*-

UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI -*-*-*-*-*-*-*-*-

ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI -*-*-*-*-*-*-*-*-

DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

DIRECTEUR : Professeur. Guy Alain ALITONOU.

DIRECTEUR ADJOINT : Professeur. François Xavier FIFATIN

CHEF DEPARTEMENT : Professeur. Eugénie ANAGO

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ii Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI LISTE DES ENSEIGNANTS

No NOMS ET PRENOMS MATIERES ENSEIGNEES

1. ABLEY Sylvestre Déontologie Médicale

2. ADOMOU Alain Physique

3. AGBANGLA Clément Génétique Moléculaire

4. AGOUA Jean Informatique

5. AHOYO Théodora Angèle Microbiologie\ Santé Publique et Hygiène Hospitalière

6. AKPOVI D. Casimir Biologie Cellulaire\Physiologie Humaine\Biochimie Métaboliques 7. ALITONOU Alain Guy Chimie Générale\ Chimie Organique 8. ANAGO Eugénie Biochimie Structurale\ Biochimie

Métabolique\ Biochimie clinique 9. ANAGONOU Sylvère Education Physique et Sportive

10. ATCHADE Pascal Parasitologie\ Mycologie\ Entomologie Médicale

11. BANKOLE Honoré Bactériologie\ Virologie 12. DARBOUX Raphael Histologie Appliquée 13. DESSOUASSI Noel Biophysique

14. DOSSEVI Lordson Techniques Instrumentales

15. DOSSOU Cyriaque Techniques d’expression et Méthodes de communication

16. DOUGNON T. Victorien Microbiologie\Méthodologie de la Recherche\Informatique médicale 17. HOUNNON Hyppolite Mathématiques

18. HOUNSOSSOU Hubert Bio Statistique et Epidémiologie 19. LALLY Armel Législation et Droit du Travail

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Importance du deuxième crachat dans le diagnostic de la tuberculose

2018

iii Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

20. LOKO Fréderic Biochimie Clinique

21. LOKOSSOU Gatien Immunologie\Immunologie Pathologie 22. LOZES Evelyne Immunologie\Immunologie

Pathologie\Equipements Biomédicaux 23. MASSOULOKONON

Vincent Histologie Générale

24. SECLONDE Hospice Immuno-hématologie\Transfusion Sanguine 25. SEGBO Julien Biochimie\ Biochimie Moléculaire

26. SENOU Maximin Histologie Appliquée 27. TOPANOU Adolphe Hématologie\ Hémostase 28. SOEDE Casimir Anglais

29. YOVO K. S. Paulin Pharmacologie\ Toxicologie 30. TOHOYESSOU Zoé Soins Infirmiers

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iv Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

DEDICACE

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2018

v Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI Je dédie ce travail à

Mes parents ASSANI Lamidi et AMINOU Moussiliatou pour tous leurs soutien moral et encouragements. Qu’Allah le très miséricordieux vous bénisse et vous accorde une longue vie.

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vi Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

REMERCIEMENTS

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2018

vii Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

Qu’il me soit permis de témoigner toute ma reconnaissance :

 A Dieu le Tout Puissant pour son aide et sa gloire

 A mon superviseur de stage, Professeur Honoré BANKOLE, pour avoir accepté diriger ce travail en dépit de ses multiples occupations ;

 Aux enseignants du Département de Génie de la Biologie Humaine et aux autorités de l’EPAC ;

 Au Professeur Dissou AFFOLABI, pour nous avoir donné la chance de faire notre stage académique au Laboratoire de Référence de Mycobactéries au Programme National de lutte contre la Tuberculose ;

 A mon tuteur de stage et responsable de paillasse Mr Hebert DEDEHOUANOU pour sa disponibilité et son attention à mon égard ;

 A tous les techniciens du CNHUPP-C pour leur soutien et encouragements ;

 A mes frères et sœurs pour qu’ils puissent suivre le même chemin de succès.

 A Tous ceux qui de près ou de loin ont contribué à la réalisation de ce travail.

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viii Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

HOMMAGES

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2018

ix Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

 A son Excellence le Président du Jury

Vous nous faites un grand honneur en acceptant de présider ce jury. Que Dieu vous bénisse. Hommages respectueux.

 Aux Honorables Membres du Jury

Nous sommes très heureuse de vous avoir dans notre jury. Vos critiques et suggestions sont vivement attendues pour l’amélioration de ce travail.

Hommages respectueux.

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x Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

LISTE DES ABREVIATIONS ET SIGLES

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xi Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI BAAR : Bacille Acido- Alcoolo Résistant

CNHU-PPC : Centre National Hospitalier Universitaire de Pneumo-Phtisiologie de Cotonou

LRM : Laboratoire de Référence des Mycobactéries MDR : Multi Drug Résistant

OMS : Organisation Mondiale de la Santé

PNLS : Programme National de Lutte contre le Sida

PNT : Programme National de lutte contre la Tuberculose PCR : Polymerase Chain Reaction

TB : Tuberculose

TPB : Tuberculose Bactériologiquement Diagnostiquer TEP : Tuberculose Extra Pulmonaire

TPM+ : Tuberculose Pulmonaire à Microscopie positive VIH : Virus de l’Immunodéficience Humaine

INH : Isoniazide RIF : Rifampicine

MT : Mycobacterium Tuberculosis

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xii Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

LISTE DES TABLEAUX

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xiii Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

Tableau I Répartition des patients en fonction des centres de dépistages …………17 Tableau II : Répartition des patients par tranche d’âge ……… …………18 TableauIII : Répartition des patients en fonction du sexe ……… …………19 Tableau IV : Répartition des patients en fonction de l’âge et du sexe. …………20 Tableau V : Répartition des premiers échantillons de crachat en fonction

de l’aspect Macroscopique

…………22

Tableau VI : Répartition des deuxièmes échantillons de crachat en fonction de l’aspect macroscopique

…………23

Tableau VII: Aspect macroscopique des deux échantillons de crachat obtenus par patient

…………24

TableauVIII: Répartition des patients en fonction de la charge bacillaire des premiers échantillons de crachat

…………25

Tableau IX : Répartition des patients en fonction de la charge bacillaire des deuxièmes échantillons de crachat

…………26

Tableau X : Résultats microscopiques des deux échantillons de crachat …………27 Tableau XI : Répartition des patients en fonction des résultats de

GeneXpert

…………28

Tableau XII: Répartition des patients positifs au GeneXpert en fonction du comportement à la rifampicine

…………29

TableauXIII : Répartition des patients en fonction de leur statut sérologique à HIV

…………30

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xiv Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

RESUME/ABSTRACT

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xv Réalisé par Fadiyath ASSANI RESUME

La tuberculose est une maladie inégalement répartie dans le monde, dont la fréquence reste encore élevée dans les pays en voie de développement, mais qui a connu une diminution importante dans les pays industrialisés. Le diagnostic bactériologique repose essentiellement sur l’examen microscopique après coloration des crachats. La présente étude a eu pour objectif général de déterminer l’importance du deuxième crachat dans le diagnostic de la tuberculose pulmonaire. Pour ce faire, 665 patients ont été pris en compte.

Chez chacun des patients, il a été recueilli deux échantillons de crachats dont l’un le premier jour et le second le jour suivant. Après la microscopie, 86,6% des patients ont eu leur premier résultat positif. Quant aux autres, leurs résultats ont été positifs avec le second crachat. Le deuxième échantillon de crachat est alors important dans le diagnostic de la tuberculose pulmonaire lorsque la microscopie du premier se révèle négative.

Mots clés : Tuberculose, Microscopie, Importance, Deuxième crachat.

ABSTRACT

The tuberculosis is an illness unequally distributed in the world, whose frequency remains even elevated in the developing countries, but that knew an important reduction in the industrialized countries. The bacteriological diagnosis essentially rests on the microscopic exam after coloration of the spits. The present survey had for general objective to determine the importance of the second spit in the diagnosis of the pulmonary tuberculosis. For that to make, 665 patients have been taken in account. At each of the patients, he/it has been collected two samples of spits of which one the first day and the second the following day. After the microscopy, 86,6% of the patients had their first positive result. As for the other, their results were positive with the second spit. The second sample of spit is then important in the diagnosis of the pulmonary tuberculosis when the microscopy of the first is revealed negative.

Key words : Tuberculosis, Microscopy, Importance, Second spit.

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xvi Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

SOMMAIRE

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xvii Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

INTRODUCTION ... 1

I.1 DEFINITION ... 4

I.2. DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE ... 7

II.1. CADRE ... 13

II.2. MATERIEL ... 14

II.3. METHODES ... 14

III. RESULTATS ... 17

IV. COMMENTAIRE ... 30

CONCLUSION ... 32

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ... 34

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1 Rédigé et soutenu par Fadiyath ASSANI INTRODUCTION

La tuberculose pulmonaire est une maladie infectieuse causée par les mycobactéries du complexe tuberculosis. Sa transmission se fait par voie aérienne. Elle est traitée avec un régime standardisé fait d’une association d’antituberculeux dont la rifampicine et l’isoniazide sont les antibiotiques majeurs (5). Le tiers de la population mondiale est infecté par des bacilles de la tuberculose avec plus de 8 millions de nouveaux cas de tuberculose active par an (2). La co-infection par le virus de l’immunodéficience humaine dans certains pays, amplifie l’épidémie. Mais les principaux facteurs d’amplification de la tuberculose sont l’exode rural, l’insalubrité et la malnutrition (5, 2). Les traitements antituberculeux mal conduits augmentent la fréquence de la tuberculose résistante et des malades contagieux porteurs de bacilles (9).

Dans les pays à faibles revenus et à prévalence élevée de tuberculose, l’examen microscopique des frottis est, et restera probablement dans un avenir prévisible le seul outil acceptable en termes de coût-efficacité pour diagnostiquer les patients atteints de tuberculose contagieuse et pour suivre leurs progrès sous traitement (6). L’examen microscopique des frottis d’expectorations est une technique simple, peu coûteuse et appropriée, relativement aisée à exécuter et à lire (6). On obtient des résultats appropriés avec une sensibilité très élevée pour la détection des sujets transmettant les bacilles tuberculeux (12, 13). L’examen microscopique fournit la plupart des indicateurs essentiels de laboratoire et d’épidémiologie, nécessaires pour l’évaluation du Programme National de Lutte contre la Tuberculose.

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2 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI OBJECTIF GENERAL

La présente étude a eu pour objectif général de contribuer au bon diagnostic de la tuberculose pulmonaire.

Spécifiquement il s’est agi :

 d’évaluer l’importance du deuxième échantillon d’expectorations pour le diagnostic de la tuberculose ;

 de diagnostiquer la tuberculose à partir des deuxièmes échantillons d’expectorations par le GeneXpert.

En dehors de l’introduction et de la conclusion, le présent document comporte dans sa première partie, une synthèse bibliographique sur la tuberculose. La deuxième partie prend en compte la méthodologie suivie. Et la dernière partie présente les résultats suivis du commentaire.

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3 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI CHAPITRE I

SYNTHESE BLIBLIOGRAPHIQUE

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4 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI I.1 DEFINITION

La tuberculose est une maladie microbienne contagieuse due à Mycobacterium tuberculosis ou bacille de Kock. La tuberculose se transmet principalement de manière directe par voie aérienne. Mycobacterium tuberculosis est une espèce strictement humaine pénétrant dans les voies respiratoires lors de l’inhalation d’aérosols chargés en bactéries. Cependant, la résistance des mycobactéries au froid et à la dessiccation leur permet de persister sur des poussières.

I.1.1. Différentes formes de tuberculose I.1.1.1. Tuberculose primaire

Elle est en général asymptomatique mais peut se manifester par un état fébrile, une perte pondérale et une baisse de l’état général, parfois aussi d’adénopathies hilaires unilatérales, d’un infiltrat parenchymateux et/ ou d’un épanchement pleural.

I.1.1.2. Tuberculose pulmonaire

Elle est caractérisée par une toux lentement progressive sur des semaines ou des mois. Cette toux échappe facilement à l’attention si le malade est tabagique.

Dans les cas d’atteinte pulmonaire, l’examen physique apporte peu d’indice. Le médecin doit penser à la possibilité d’une tuberculose chez les malades qui accusent des symptômes suspects : toux persistante depuis plusieurs semaines, amaigrissement, sudations nocturnes et qui présentent des facteurs de risque pour une tuberculose ou une condition favorisant la réactivation d’une infection tuberculose ancienne.

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5 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI I.1.1.3. Tuberculose extra pulmonaire

La manifestation extra pulmonaire la plus commune est la Lymphangite tuberculeuse. Elle est souvent asymptomatique sur le plan général. Les malades présentent des ganglions cervicaux et sous-mandibulaires de taille lentement progressive, parfois également une atteinte des ganglions médiastinaux et retropéritonéaux.

I.1.1.4. Tuberculose pleurale

La tuberculose pleurale, en général due à l’extension directe d’un infiltrat pulmonaire, plus rarement hématogène, est normalement unilatérale. Le diagnostic bactériologique est difficile et repose le plus souvent sur l’examen des biopsies pleurales ou des marqueurs de la tuberculose dans le liquide pleural ou par l’examen des expectorations induites en cas d’atteinte pulmonaire simultanée.

1.1.1.5. Tuberculose génito-urinaire

La tuberculose génito-urinaire s’accompagne d’une pyurie stérile à l’examen bactériologique de routine ou d’une hématurie asymptomatique.

I.1.1.6. Tuberculose osseuse

Elle s’observe chez les malades âgés et touche surtout la colonne vertébrale thoracique.

I.1.1.7. Méningite tuberculeuse

Elle se manifeste par une fièvre, des maux de tête, des troubles de la conscience et une altération rapidement progressive de l’état général.

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6 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI I.1.1.8. Tuberculose miliaire

Elle résulte d’une dissémination hématogène diffuse des mycobactéries, et reste l’une des formes les plus graves et de pronostic réservé, même sous traitement adéquat. Elle touche en priorité les enfants en bas âge, les personnes âgées et les sujets immunodéprimés.

I.1.2. Physiopathologie de la tuberculose

Mycobacterium tuberculosis est un agent pathogène intracellulaire aérobie strict qui a une prédilection pour les tissus pulmonaire riches en oxygène. Les bacilles tuberculeux pénètrent dans l’organisme par la voie respiratoire. Ils parviennent jusqu’aux alvéoles pulmonaires où les cellules immunitaires de l’individu infecté, notamment les macrophages vont les phagocyter. La phagocytose de Mycobacterium tuberculosis par les macrophages constitue le premier évènement dans la relation hôte pathogène qui décide du devenir de l’infection.

Néanmoins, Mycobacterium tuberculosis est un bacille très ingénieux qui a une forte capacité d'échapper au système immunitaire de l'hôte, grâce à de nombreux dispositifs de survie au sein même des cellules immunitaires. Ils peuvent par conséquent établir une infection chronique, asymptomatique et latente. Ainsi, un individu réagira de trois manières différentes face à une infection de germes tuberculeux, en fonction de son âge, son patrimoine génétique et surtout de l’état de son système immunitaire (14).

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7 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI

Figure 1 : Réponse immunitaire a l’infection par le bacille tuberculeux I.2. DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE

I.2.1. Diagnostic clinique

Les symptômes sont peu spécifiques : toux chronique, expectorations parfois teintées de sang, hémoptysie franche, douleurs thoraciques, sudations nocturnes, fièvre, amaigrissement, fatigue. Il est difficile de faire le diagnostic différentiel avec d’autres pathologies en se basant uniquement sur ces symptômes. D’autres examens sont nécessaires dont la radiographie du thorax.

I.2.2. Diagnostic bactériologique

La tuberculose pulmonaire est la forme de tuberculose la plus fréquente. C’est aussi la forme de tuberculose pour laquelle l’examen bactériologique est d’un grand intérêt.

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8 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI I.2.2.1. Examen microscopique

La preuve de la maladie tuberculeuse est apportée par la mise en évidence des mycobactéries. La mise en évidence peut être directe, par examen microscopique de matériel coloré, et culture, ou indirecte, par la détection de la présence d’ADN ou d’ARN mycobactérien. L’examen des expectorations colorées par la méthode de Ziehl Neelsen ou par l’auramine constitue encore actuellement l’étape fondamentale du diagnostic de la tuberculose, à condition que le laboratoire utilise une technique contrôlée. La découverte de bacilles acido-alcoolo-résistants dans un prélèvement signe pratiquement le diagnostic.

Chez les malades atteints de tuberculose pulmonaire, l’examen se pratique le plus souvent à partir des expectorations. La positivité de l’examen microscopique direct indique en outre que le malade est potentiellement contagieux pour son entourage.

Chez les malades suspects de tuberculose pulmonaire mais incapables de produire une expectoration ou chez lesquels l’examen direct de l’expectoration est négatif, une expectoration induite par un aérosol d’eau salée hypertonique permet d’augmenter le rendement de l’examen bactériologique. Plusieurs études ont montré que l’expectoration induite est probablement la méthode la plus rentable. Le prélèvement de matériel par tubage gastrique peut être envisagé chez l’enfant en bas âge et chez l’adulte grabataire incapable de fournir une expectoration spontanée ou induite.

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9 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI I.2.2.2. GeneXpert

Les nouvelles techniques de diagnostic reposent essentiellement sur la biologie moléculaire. Les deux formats les plus connus sont la Polymerase Chain Reaction et l’amplification iso- therme. Ces tests ont une sensibilité supérieure à 95% pour les échantillons microscopiquement positifs contre seulement 60 à 70% pour les échantillons négatifs à l’examen microscopique. Une méthode très prometteuse de PCR, le Gène Xpert, en temps réel permet d’établir à la fois la présence de MT et d’une mutation du gène indiquant une résistance à la rifampicine en moins de deux heures (8).

PROCEDURE

- La cartouche contient tous les réactifs nécessaires. Il suffit de rajouter l’échantillon.

- Verser le « Sample Reagent » dans l’échantillon, secouer, attendre 10 min, secouer, attendre 5 min à température ambiante

- Transférer l’échantillon dans la cartouche à l’aide d’une pipette [2 mL (pas moins)]

- Insérer la cartouche et commencer le test

I.2.3. Nouvelles techniques de diagnostic microbiologique

Plusieurs développements récents ont élargi les possibilités du diagnostic de la tuberculose. La détermination rapide de la présence du génome bactérien par une méthode d’amplification génétique constitue un progrès récent dans le diagnostic de la tuberculose et a pris place parmi les méthodes établies. Les méthodes d’amplification sont en général positives dans les cas où l’examen direct de l’expectoration est lui-même positif, et ont une sensibilité de 60 à 70%

dans les cas où l’examen microscopique est négatif.

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Dans l’ensemble, la sensibilité des méthodes d’amplification génétique est plus basse que celle de la culture. Comme pour la culture, trois échantillons d’expectorations devraient être examinés pour parvenir à exclure une tuberculose avec certitude. En raison de leur coût élevé, ces techniques ne devraient pas être utilisées de routine pour le diagnostic ou l’exclusion d’une tuberculose mais devraient être réservées aux cas fortement suspects. Dans les cas graves, où l’établissement rapide d’un diagnostic et la mise en route immédiate d’un traitement antituberculeux sont impératifs, par exemple dans un cas de méningite tuberculeuse, une technique d’amplification permet cependant de gagner du temps en révélant la présence d’antigènes mycobactériens alors que l’examen microscopique direct est encore négatif. Les techniques d’amplification permettent en outre de déterminer rapidement si les mycobactéries visibles à l’examen microscopique direct font partie du complexe tuberculeux ou s’il s’agit d’une mycobactérie non tuberculeuse, pathogène chez les sujets immunodéprimés la plus courante étant M. avium. Cette information peut être capitale pour le choix du traitement correct chez les sujets atteints de lésions suspectes de tuberculose (6, 8, 9).

I.2.4. Traitement

Le traitement de la tuberculose repose sur l’antibiothérapie. Le traitement antibiotique implique une association d’au moins trois antituberculeux (ou quatre) en une prise quotidienne, à pleine dose, sur une durée qui n’est jamais inférieure à 6 mois. Le régime à 6 mois comporte la prise quotidienne en traitement d’attaque durant les deux premiers mois d’isoniazide, rifampicine, éthambutol et pyrazinamide relayés durant les quatre mois suivants par isoniazide et rifampicine (13).

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11 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI I.2.5. Suivi de traitement anti tuberculeux

Guérir le patient. Éviter la diffusion de la maladie par un patient irrégulièrement traité et le développement de résistance aux antituberculeux. Assurer le suivi du patient jusqu’au terme de sa maladie et documenter la fin du traitement. Pour atteindre ces objectifs, le suivi devra vérifier la bonne observance s’assurer de la dispensation ininterrompue pendant toute la durée du traitement, mettre en place un traitement supervisé. Dans les cas d’inobservance, de résistance au traitement, de rechute, de troubles de la compréhension du traitement, d’incapacité, de patient sans domicile fixe ou d’intempérance ; rechercher et traiter les complications de la TB et les effets indésirables du traitement ; vérifier la guérison selon les critères suivants : BK sensible, traitement correct de 6 mois, bonne observance, disparition des signes cliniques et régression des signes radiologiques réversibles qualifier l’issue du traitement de chaque patient selon l’avis du Conseil supérieur d’hygiène publique de France de 2006. Une consultation clinique est recommandée au minimum 10 à 15 jours après l’initiation du traitement puis à 1, 2, 4, 6, 9, 12 et 18 mois.

La radiographie du thorax se réalise au deuxième mois du traitement, en fin de traitement puis 18 mois après le début du traitement d’une tuberculose maladie.

Un examen bactériologique s’effectue entre le 10 e et le 15 e jour de traitement indiqué chez les malades à examen microscopique positif, puis à 2 mois et 6 mois (10).

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12 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI CHAPITE II

CADRE, MATERIEL ET METHODES

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13 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI II.1. CADRE

II.1.1. Cadre institutionnel

L’Ecole Polytechnique d’Abomey Calavi est une institution universitaire publique de formation professionnelle au sein de l’Université d’Abomey Calavi.

Notre formation s’y est déroulée trois années dans le département de Génie de Biologie Humaine.

II.1.2. Cadre technique

Notre étude s’est réalisée au Laboratoire de Référence des Mycobactéries sis au Centre National Hospitalier Universitaire de Pneumo-phtisiologie de Cotonou. Ce centre s'occupe de la prise en charge des patients tuberculeux.

Au Laboratoire de Référence des Mycobactéries, plusieurs examens entrant dans le contexte de dépistage et de la prise en charge des tuberculeux et des Co- infectés sont réalisés. Il s’agit de : la microscopie sur tout type de prélèvement, l’intradermoréaction à la tuberculine, la culture de Mycobacterium tuberculosis, la PCR qui consiste à la recherche de résistance des bacilles aux Antibiotiques, et enfin les examens de suivi biologique des malades. Mais d’autres tests y sont également effectués dont la biologie standard, examen microscopique et tests moléculaires sur Mycobacterium ulcerans pour le diagnostic de l’ulcère de Buruli.

Outre les examens réalisés pour le diagnostic et le suivi des patients tuberculeux, le Laboratoire de Référence des Mycobactéries s'occupe aussi du contrôle de qualité du réseau de microscopie de la tuberculose sur toute l’étendue du territoire national. Il s’occupe également de la formation continue des techniciens de laboratoire, de la formation pratique des chercheurs stagiaires et des étudiants en pharmacie et en médecine. Le Laboratoire de Référence des Mycobactéries initie et participe à plusieurs programmes de recherche tant au niveau national qu'international.

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14 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI II.2. MATERIEL

II.2.1. Type d’étude

Nous avons réalisé une étude rétrospective, longitudinale.

II.2.2 Population d’étude

Notre échantillon est constitué de 663 patients à microscopie positive reçus au CNHU-PPC au cours de l’année 2016.

II.2.2.1 Critères d’inclusion et variables à l’étude

Ont été inclus dans cette étude, tous les patients reçus ayant remis les deux échantillons d’expectorations et dont au moins un est à microscopie positive.

II.2.3.2. Critères d’exclusion

Ont été exclus de cette étude tous les patients déjà dépistés et reçus pour le contrôle.

II.3. METHODES

II.3.1. Recueil des données

Nous avons possédé à une fouille des registres de bacilloscopie et de la clinique de l’année 2016 pour recueillir sur chacun des patients les informations suivantes :

 numéro bacilloscopie

 centre de dépistage fréquenté

 âge

 sexe

 aspect du premier échantillon

 aspect du deuxième échantillon

 résultat du premier échantillon

 résultat du deuxième échantillon

 résultat GeneXpert

 statut sérologique

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15 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI II.3.2. Analyse statistique

L’analyse statistique at été réalisée à l'aide du logiciel Excel de Microsoft et du logiciel SigmaPlot Statistical Analysis software 2010. Les résultats ont été présentés sous forme de Moyenne ± Erreur standard sur la moyenne et les variations ont été jugées significatives à partir de p<0,05 en utilisant le test t de Student.

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16 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI CHAPITRE III

RESULTATS ET COMMENTAIRE

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17 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI III.1 RESULTATS

Tableau I : Répartition des patients en fonction des centres de dépistages

CDT Effectif Fréquence

Bethesda ² ^0,3%

CNHU-HKM ³ ^0,45%

CNHU-PPC ⁶⁴³ ^96,70%

HZ-Sourou-Léré ⁵ ^0,75%

Ste Famille ² ^0,3%

St Jean ⁵ ^0,75%

St Luc ³ ^0,45

Z S A ² ^0,3%

Total ⁶⁶⁵ ^100%

ZSA : Zone Sanitaire d’Akpakpa

665 patients sont inclus dans cette étude. Le CNHU-PPC est plus fréquenté (96,7%) que les autres centres de dépistage.

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2018

Tableau II : Répartition des patients par tranche d’âges

Tranche d’âges Effectif Fréquence

[0-10[ 1 0,2%

[10-20[ 62 9,3%

[20-30[ 183 27,5%

[30-40[ 201 30,2%

[40-50[ 128 19,2%

[50-60[ 48 7,2%

[60-70[ 35 5,3%

[70-80] 7 1,1%

Total 665 100%

Le plus jeune patient a 5 ans et le plus âgé a 80 ans. Les tranches d’âges les plus touchées sont respectivement 30 à 40 ans (30,2%) et de 20 à 30 ans (27,5%).

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Tableau III : Répartition des patients en fonction du sexe

Sexe Effectif Fréquence

Féminin 233 35,3%

Masculin 432 64,7%

Total 665 100%

Les patients de cette étude sont majoritairement de sexe masculin. En effet, ils sont 432 hommes (65%) sur les 665 cas contre 233 (35%) patients de sexe féminin.

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Tableau IV : Répartition des patients en fonction de l’âge et du sexe.

Tranches d’âges Sexe Total

M F

[0-10[ 1

(0,15%)

0 (00%)

1 (0,15%)

[10-20[ 26

(3,91%)

36 (5,41%)

62 (9,32%)

[20-30[ 118

(17,74%)

65 (9,77%)

183 (27,52%)

[30-40[ 130

(19,55%)

70 (10,53%)

200 (30,08%)

[40-50[ 90

(13,53%)

37 (5,56%)

127 (19,10%)

[50-60[ 33

(4,96%)

15 (2,26%)

48 (7,22%)

[60-70[ 29

(4,36%)

5 (0,75%)

34 (5,11%)

[70-80[ 5

(0,75%)

2 (0,3%)

7 (1,05%)

Total 432

(64,96%)

233 (35,04%)

665 (100%)

F : Féminin, M : Masculin

Les patients de cette étude sont majoritairement de sexe masculin. Les tranches d’âges les plus touchées sont respectivement 20-30 ans (17,74%) et 30-40 ans (19,55%).

(39)

Tableau V : Répartition des premiers échantillons de crachat en fonction de l’aspect macroscopique

Aspect Effectif Fréquence

Mucopurulent 544 81,9

Salive 89 13,4%

Trace de sang 32 4,8%

Total 665 100%

Les échantillons de crachat mucopurulents (82%) sont les plus recueillis.

(40)

2018

Tableau VI : Répartition des deuxièmes échantillons de crachat en fonction de l’aspect macroscopique

Aspect Effectif Fréquence

Mucopurulent 572 86%

Salive 64 9,6%

Trace de sang 29 4,4%

Total 665 100%

Les échantillons de crachat mucopurulents ont été plus nombreux (86%).

(41)

Tableau VII : Aspect macroscopique des deux échantillons de crachat obtenus Par patient

1^er crachat

2^èmecrachat

Total Mucopurulent Salive Trace de sang

Mucopurulent 540

(81,30%)

6 (0,90%)

4 (0,60%)

550 (82,83%)

Salive 30

(4,50%)

50 (7,53%)

00 (00%)

80 (12,04%) Trace de sang 8

(1,20%)

00 (00%)

26 (3,92%)

34 (5,12%)

Total 578

(87,10%)

56 (8,40%)

30 (4,50%)

665 (100%)

Les deux échantillons de crachat ont présenté un aspect mucopurulent chez 81,30% (540/665) des patients.

(42)

2018

Tableau VIII : Répartition des patients en fonction de la charge bacillaire des premiers échantillons de crachat

Résultats Effectif Fréquence

Négatif 89 13,4%

Positif 542 86,6%

+/- 139 20,9%

+ 161 24,2%

++ 242 36,4%

+++ 34 5,1%

Total 665 100%

Dans la population d’étude, 86,6% ont leur premier résultat microscopique positif et 36,4% ont été positif à ++.

(43)

Tableau IX : Répartition des patients en fonction de la charge bacillaire des deuxièmes échantillons de crachat

Résultats Effectif Fréquence

Négatif 26 3,9%

Positif 639 96,1%

+/- 104 15,6%

+ 113 17,0%

++ 311 46,8%

+++ 111 16,7%

Total 665 100%

Le nombre de patient dont le résultat est positif pour le second échantillon de crachat a été évalué à 96,1% et les positifs à ++ ont été, 46,8%.

(44)

2018

Tableau X : Résultats microscopiques des deux échantillons de crachat

2^èmerésultat

1^er résultat Total

Négatif Positif Rares +/- + ++ +++

Négatif 0 (00%)

89 (13,4%)

30 (4,5%)

26 (4,0%)

33 (5,0%)

0 (00%)

89 (13,4%) Positif 26

(4,0%)

550 (82,7%)

74 (11,1%)

87 (13,1%)

278 (41,8%)

111 (16,7%)

576 (86,6%)

+/- 16

(2,4%)

123 (18,5)

40 (6,0%)

27 (4,1%)

46 (7,0%)

10 (1,5%)

139 (21%)

+ 8

(1,2%)

153 (23,0%)

18 (2,7%)

34 (5,1%)

88 (13,2%)

13 (2,0%)

161 (24,2%)

++ 2

(0,3%)

240 (36,1%)

15 (2,3%)

25 (4,0%)

134 (20,2%)

66 (10,0%)

242 (36,4%)

+++ 0

(00%)

34 (5,1%)

1 (0,2%)

10 (29,4%)

22 (3,3%)

34 (5,1%)

Total 26

(3,9%)

639 (96,1%)

104 (15,6%)

113 (17,0%)

311 (46,8%)

111 (16,7%)

665 (100%)

Les résultats des patients déclarés négatifs pour le premier échantillon de crachat ont tous été positifs pour le second échantillon (13,4%).

(45)

Tableau XI : Répartition des patients en fonction des résultats de GeneXpert

Résultats Effectif Fréquence

Négatif 130 19,5%

Positif 535 80,5%

Total 665 100%

Dans la population d’étude, 19,5%(130/665) des patients étaient négatifs au GeneXpert.

(46)

2018

Tableau XII : Répartition des patients positifs au GeneXpert en fonction du comportement à la rifampicine

Positif 535 100%

P-S 500 93,5%

P-R 35 6,5%

P-S : Positive et Sensible à la rifampicine, P-R : Positive et Résistant à la rifampicine.

Dans la population d’étude, 6,5% (35/535) des patients ont présenté une résistance à la rifampicine.

Tableau XIII : Répartition des patients en fonction de leur statut sérologique à HIV

Négatif 572 86%

HIV 93 14%

Total 665 100%

Dans la population d’étude 14% (93/665) des patients étaient positifs au HIV1.

(47)

29 Réalisé par Fadiyath Ayoka O. ASSANI III.2 COMMENTAIRE

La présente étude a eu pour objectif général de contribuer au bon diagnostic de la tuberculose pulmonaire. La tuberculose étant une maladie curable, la meilleure façon de la prévenir est de diagnostiquer et de traiter les personnes atteintes. L’hypothèse émise pour cette étude est que, le recueil d’un seul échantillon de crachat pourrait permettre de diagnostiquer la tuberculose pulmonaire. Pour vérifier cette hypothèse nous avons utilisé les résultats microscopiques des patients tuberculeux reçus au Laboratoire de Référence de Mycobactéries de Cotonou et ayant remis nécessairement deux échantillons de crachat pour le diagnostic. Il s’est agi d’une étude rétrospective portant sur 665 patients.

Dans la population d’étude, le sexe masculin est majoritaire soit 65%. Ce qui sous-entend que les hommes seraient plus suspectés de la tuberculose pulmonaire. Toutefois, aucune différence statistiquement significative n’a été notée (p>0,05).

La tranche d’âges de 20 à 30 ans vient en tête, suivie de celle de 30 à 40 ans.

Ces tranches d’âges, qui représentent la population jeune des nations africaines, sont alors beaucoup plus touchées par cette maladie. Ce qui permet de conclure que la tuberculose est une maladie d’adultes jeunes (15).

L’aspect macroscopique des échantillons de crachat est d’une importance capitale dans le diagnostic de la tuberculose pulmonaire. Dans cette étude les échantillons de crachat mucopurulents ont été les plus recueillis 82% pour les premiers échantillons et 86% pour les seconds échantillons. Par ailleurs 81,3%

des patients ont donné des échantillons de crachat mucopurulents pour les deux recueils. Ce qui signifie que les échantillons de crachat de bonne qualité sont des crachats mucopurulents.

(48)

2018

Des résultats microscopiques obtenus avec les premiers échantillons, 13,4% des patients ont eu un résultat négatif qui s’est révélé positif avec le deuxième échantillon de crachat. En somme, le deuxième échantillon de crachat est important dans le diagnostic de la tuberculose pulmonaire lorsque la microscopie du premier échantillon se révèle négative.

Le GeneXpert est une technique de diagnostic de la biologie moléculaire qui permet la détection semi-quantitative d’ADN de mycobactéries du complexe tuberculosis (Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium bovis, Mycobacterium africanum et Mycobacterium hominis) et la détection de leur comportement à la rifampicine (5, 8), qui est un marqueur de multirésistance chez les patients tuberculeux. Dans cette population d’étude, 19,5% des patients ont eu un résultat négatif au GeneXpert ce qui permet de conclure que ses patients ne souffraient d’une tuberculose. En outre, parmi les patients ayant eu un résultat positif au GeneXpert, 6,5% ont présenté une résistance à la Rifampicine. Ces derniers sont appelés des patients Multi-Drug Resistant. Cela pourrait s’expliquer par l’automédication faite par les patients.

La sérologie HIV a été réalisée chez tous les patients inclus dans cette étude. Elle a montré une prévalence de 14% de co-infection HIV/TB dans la population d’étude. Cette prévalence est superposable à celle de 15% sur le plan national avec une variation de 1% (1).

(49)

CONCLUSION

(50)

2018

Au terme de cette étude, il ressort que les échantillons de crachat mucopurulents ont été les plus recueillis (81,5%) chez les patients. Des résultats microscopiques obtenus avec les premiers échantillons, seulement 13,4% des patients ont eu un résultat négatif qui s’est révélé positif avec le deuxième échantillon de crachat. Nous avons remarqué que les échantillons de crachat mucopurulents ont fourni plus de résultats positifs. Dans le cadre d’un bon diagnostic biologique de la tuberculose pulmonaire, il est important de réaliser les frottis de la bacilloscopie, à partir du mucus de l’échantillon de crachat.

Notons que le deuxième échantillon de crachat est important dans le diagnostic de la tuberculose pulmonaire lorsque la microscopie du premier se révèle négative.

(51)

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

(52)

2018

1) Agodokpessi G, Ade G, Ade S, et al ; Aspects épidémio-cliniques et évolutifs de la co-infection tuberculose et VIH à Cotonou ; Revue des Maladies Respiratoires. 2012 ;29, Supplément 1(0) : A48–A49.

2) Ait-Khaled N. E. D; Manuel pour les étudiants en médecine; OMS/Union Int Tuberc Mal Resp; Tuberc(1999); 150p.

3) Appia F; Rôle du médecin généraliste dans la prise en charge des infections tuberculeux latente; mémoire pour l'obtention du dipolome spécialisé de médecine générale; Université de Caen (2013); 39p.

4) Barben J; Manuel de la tuberculose; tuberculose active (2012); 93p.

5) Collégiale des enseignants de bactériologie-virologie-hygiène; Démarche du diagnostic microbiologique d'une tuberculose; Université Médicale Virtuelle Francophone (2013);18p.

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8) Kochi A; Epidemie du Sida a un effet dévastateur sur la tuberculose. Sid Alerte(1991); 78p.

9) Korogone T. S; Apport de nouvelles approches de diagnostic de la co-

infection Tuberculose/VIH : à partir d’une étude prospective sur 756 patients au CNHPP de Cotonou [Thèse de doctorat d’Etat]; Cotonou : Faculté des Sciences de la Santé. Korogone. (2009); 137p.

10) Mohammed A. et coll. Union Internationale Contre la Tuberculose et les maladies infectueuses. 68 boulevard Saint Michel,75006 Paris,France.

(2000);13p

(53)

11) O’Connor. Tuberculosis: Overview. International Encyclopedia of Public Health ; (2008); 408-414.

12) OMS; [World Health Organisation (WHO); Global tuberculosis report;

20ème édition tuberculosis report; Geneva; (2014):171p.

13) Pilly. E; Association des professeurs de pathologies infectieuses et tropicales, Maladies Infectueuses et Tropicales; (2002) Ed. 2m2 18eme édition.

14) Pilly E; Maladies Infectieuses et Tropicales; Ed. 2M2 18ème édition 52002; 654p.

15) Raja A; Immunology of tuberculosis; Indian Journal Medical Indian;

Research (2004); 120:213-232.

16) Sodjinou S. H ; Evaluation de la prise en charge de la co-infection tuberculose/VIH dans le service de médecine interne du CNHU HKM de Cotonou ; faculté des sciences de la santé Cotonou ; Mémoire pour l’obtention du diplôme de Doctorat en Médecine ; Bénin, 2009 ; N° 1495 ; 80p.

17) WHO, Global tuberculosis report. 20ème édition;. Geneva (2015); 204p.

(54)

2018

TABLE DES MATIERES

(55)

LISTE DES ENSEIGNANTS ... ii

LISTE DES ABREVIATIONS ET SIGLES ... x

LISTE DES TABLEAUX ... xii

RESUME ... xv

SOMMAIRE ... xvi

INTRODUCTION ... 1

I.1 DEFINITION ... 4

I.1.1. Différentes formes de tuberculose ... 4

I.1.1.1. Tuberculose primaire ... 4

I.1.1.2. Tuberculose pulmonaire ... 4

I.1.1.3. Tuberculose extra pulmonaire ... 5

I.1.1.4. Tuberculose pleurale ... 5

1.1.1.5. Tuberculose génito-urinaire ... 5

I.1.1.6. Tuberculose osseuse ... 5

I.1.1.7. Méningite tuberculeuse ... 5

I.1.1.8. Tuberculose miliaire ... 6

I.1.2. Physiopathologie de la tuberculose ... 6

I.2. DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE ... 7

I.2.1. Diagnostic clinique ... 7

I.2.2. Diagnostic bactériologique ... 7

I.2.2.1. Examen microscopique ... 8

I.2.2.2. GeneXpert ... 9

I.2.3. Nouvelles techniques de diagnostic microbiologique ... 9

I.2.4. Traitement ... 10

I.2.5. Suivi de traitement anti tuberculeux ... 11

II.1. CADRE ... 13

(56)

2018

II.2. MATERIEL ... 14

II.2.1. Type d’étude ... 14

II.2.2.1 Critères d’inclusion et variables à l’étude ... 14

II.2.3.2. Critères d’exclusion ... 14

II.3. METHODES ... 14

II.3.2. Analyse statistique ... 15

III.1 RESULTATS ... 17

III.2 COMMENTAIRE ... 29

CONCLUSION ... 31

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ... 33