Suivi des alosons dans les parties aval de la Garonne et de la Dordogne : Année 2013

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Suivi des alosons dans les parties aval de la Garonne et

de la Dordogne : Année 2013

Philippe Jatteau, F. Rimond, Stéphane Bons, R. Le Barh

To cite this version:

Philippe Jatteau, F. Rimond, Stéphane Bons, R. Le Barh. Suivi des alosons dans les parties aval de la Garonne et de la Dordogne : Année 2013. [Rapport de recherche] irstea. 2014, pp.17. �hal-02600043�

IRSTEA – EABX

Unité Ecosystèmes Aquatiques et Changements Globaux

Suivi des alosons dans les

parties aval de la Garonne

et de la Dordogne

Année 2013

09 Mai 2014

JATTEAU Ph., RIMOND F., BONS S. et LE BARH R.

CENTRE DE BORDEAUX 50 Avenue de Verdun Gazinet

Etude N° 166 33612 Cestas Cedex

Pour mieux affirmer ses missions, le Cemagref devient Irstea

Remerciements

Cette étude a été financée par EDF (commande d’exécution N° 5100 4200486047). Elle a été menée avec le soutien technique de Romain Fageot et Lise Mas de l’IMA lors des campagnes d’échantillonnage, et de Wilfried Lasnel, pêcheur professionnel, qui a assuré la partie pêche de cette étude.

Sommaire

Résumé - Abstract

Introduction ………. 1

1. Organisation des pêches scientifiques………... 1

1.1 les engins utilisés ……….... 1

1.2 Localisation des pêches ……….... 2

1.3 Calendrier des pêches ……….... 3

1.4 Réalisation des pêches ……….. 3

1.5 Protocole d’échantillonnage ………... 5

2. Résultats ………... 5

2.1 Contexte environnemental ………. 5

2.2 Analyses des résultats des pêches ………. 7

2.2.1 Volume filtré ……… 8

2.2.2 Répartition des captures sur un transect ………... 9

2.2.3 Moment de la marée ………... 11

2.3 Analyse des résultats biologiques ……… 12

2.3.1 Répartition des captures au cours de la saison ……… 12

2.3.2 Biométrie ………... 14 3. Conclusion

Résumé

La population de grande alose est fort déclin dans le bassin Garonne – Dordogne. L’objectif de cette étude est d’améliorer nos connaissances sur la phase de dévalaison et de déterminer l’origine natale (fleuve d’origine) des alosons par l’analyse microchimique des otolithes. Des pêches d’échantillonnage ont été réalisées de juin à septembre dans la partie aval des fleuves Garonne et Dordogne, avec le concours d’un pêcheur professionnel. Cette première année d’étude a permis de capturer 523 alosons, mais seulement 3 de grande alose. Les captures ont été plus importantes en Dordogne (environ 60% des captures). Deux vagues de dévalaison ont été mises en évidence, correspondant à 2 groupes de tailles différentes. La détermination de l’âge via les otolithes permettra de déterminer si ces alosons sont issus de 2 cohortes différentes, ou bien s’ils proviennent de 2 périodes de reproduction de l’année 2013

Abstract

The Allis Shad population experiences a strong decline in the Garonne - Dordogne basin. The objective of this study is to improve our knowledge on the downstream phase and to determine the native origin (River of origin) of the shad by microchemical analysis of otoliths. Samplings have been conducted from June to September in the downstream part of the Garonne and Dordogne Rivers, with the assistance of a professional fisherman. This first year of study allowed to capture 523 shads, but only 3 Allis shads. Catches have been more important in the Dordogne (about 60% of catches). Two waves of migration have been highlighted, corresponding to 2 groups of different sizes. The determination of the age via the otoliths is necessary to determine if these juveniles come from 2 different cohorts, or if they come from 2 periods of reproduction of the year 2013

Introduction

Deux espèces d’alose cohabitent dans le bassin Gironde – Garonne – Dordogne. La grande alose Alosa alosa et l’alose feinte Alosa fallax sont des espèces migratrices amphihalines qui remontent les fleuves Garonne et Dordogne pour aller se reproduire dans les zones moyennes de ces fleuves.

La population de grande alose est en fort déclin sur le bassin et un moratoire sur les pêches a été décrété en 2008. Les données sur l’alose feinte sont plus rares, mais cette espèce semble également en difficulté sur le bassin.

Le CNPE du Blayais a souhaité contribuer à l’amélioration de la connaissance du fonctionnement des populations de ces deux espèces.

Dans ce cadre, Irstea a proposé de réaliser des échantillonnages sur les parties aval de la Dordogne et de la Garonne, avant la confluence, afin d’estimer la part respective de chacun des fleuves dans le recrutement. Ces échantillonnages viennent en complément de ceux réalisés dans le cadre du suivi mensuel de la petite faune circulante aux abords du CNPE du Blayais, dans l’estuaire de la Gironde.

1. Organisation des pêches scientifiques

Les pêches ont été menées avec un pêcheur professionnel qui apportait sa connaissance du milieu, et les moyens techniques de prélèvement (navire et engins de pêche).

Les pêches ont été effectuées au moyen de 2 haveneaux à crevettes ayant une surface de 21 m2, pour un maillage de 8 mm (Figure 1).

1.2 Localisation des pêches

Les pêches ont été réalisées dans les parties aval des 2 fleuves, avant leur confluence. Elles ont eu lieu de jour, durant la dernière partie du jusant, avec des coefficients de marée inférieurs à 70.

Pour la Dordogne, les pêches ont été effectuées au droit de la Halte Nautique de Saint André de Cubzac (Figure 2) à environ 12 km de la confluence. La largeur du fleuve à ce niveau est d’environ 850 m. Pour la Garonne elles ont été effectuées en amont du Bec d’Ambès, au niveau de la bouée verte 59 (Figure 3), à environ 3 km de la confluence. La largeur est d’environ 700 m.

Figure 2: Zone de pêche sur la Dordogne

Figure 3 : Zone de pêche sur la Garonne

1.3 Calendrier des pêches

Le calendrier des pêches est résumé dans le Tableau I.

Tableau I : Calendrier des sorties de pêche

Mois Jour Date Coef Fleuve

Juin Campagne 1 Jeudi 13 66 Dor

Vendredi 14 60 Gar

Campagne 2 Mercredi 19 53 Dor

Juillet Campagne 1 Jeudi 4 50 Dor

Vendredi 5 59 Gar

Campagne 2 Vendredi 19 56 Dor

Samedi 20 67 Gar

Août Campagne 1 Vendredi 2 40 Dor

Campagne 2 Lundi 26 76 Dor

Mardi 27 61 Gar

Septembre Campagne 1 Lundi 2 53 Dor

Mardi 3 65 Gar

Campagne 2 Mercredi 25 61 Dor

Jeudi 26 47 Gar

Octobre Campagne 1 Mardi 1 50 Dor

Mercredi 2 63 Gar

Campagne 2 Lundi 14 52 Dor

Mardi 15 63 Gar

1.4 Réalisation des pêches

Deux sorties sur la Garonne ont été annulées pour cause de mauvais temps ou de panne mécanique.

Au total 18 sorties ont été effectuées, 10 sur la Dordogne et 8 sur la Garonne.

Quatre sorties sur la Dordogne ont été réduites afin de limiter le nombre d’individus prélevés pour se conformer à l’Arrêté d’autorisation de pêche. Pour ces campagnes seules la moitié des pêches ont été effectuées.

Figure 4 : Réalisation des pêches en Dordogne

0 50 100

Juin C1 Juin C2 Juil C1 Juil C2 Août C1 Août C2 Sept C1 Sept C2 Oct C1 Oct C2

Garonne

0 50 100

Juin C1 Juin C2 Juil C1 Juil C2 Août C1 Août C2 Sept C1 Sept C2 Oct C1 Oct C2

1.5 Protocole d’échantillonnage

Les embarquements ont tous été effectués à partir de la halte nautique de Saint André de Cubzac.

Le protocole prévoyait 2 campagnes mensuelles sur chaque fleuve.

Les pêches ont été réalisées le long d’un transect, comportant 3 points, rive droite, milieu et rive gauche. Une campagne consistait en un transect avec un aller, et un retour, soit 6 pêches (2 pêches par point). Chaque pêche dure 10 min. Hormis les campagnes écourtées ou annulées (voir paragraphe précédent), chaque fleuve a été échantillonné chaque mois durant 2 heures de pêche.

Chaque haveneau était équipé d’un courantomètre (General Oceanic, Model 2030 Series). Le compteur est relevé avant la mise à l’eau. Des mesures de température, oxygène dissous, pH et conductivité ont été réalisées avant chaque pêche (Sonde multi-paramètres YSI 6600 V2). La profondeur et les coordonnées GPS des points ont également été relevés.

A la fin de la pêche, les compteurs des courantomètres sont relevés, les filets vidés. Les individus identifiés comme alose sont conservés et placés en congélation dans une glaciaire électrique. La distinction entre les 2 espèces sur des individus de petite taille étant impossible à bord, les espèces ne sont pas séparées.

2.Résultats

2.1 Contexte environnemental

Le suivi de la température montre un maximum fin juillet début août avec 26,4 et 25 °C respectivement sur la Dordogne et la Garonne. L’évolution est identique sur les 2 fleuves (Figure 66).

Les niveaux d’oxygène sont restés à des niveaux satisfaisants, avec un minimum de 70% de saturation (environ 6 mg.l-1) enregistré fin septembre (Figure 7).

Figure 6 : Evolution de la température sur la saison 0 5 10 15 20 25 30

21-mai 10-juin 30-juin 20-juil. 09-août 29-août 18-sept. 08-oct. 28-oct. Dordogne Garonne Température °C 0 20 40 60 80 100 120

21-mai 10-juin 30-juin 20-juil. 09-août 29-août 18-sept. 08-oct. 28-oct.

Dordogne Garonne O2en % de saturation

Les profondeurs ont été regroupées par point du transect du fait de la faible différence entre 2 pêches sur un même point (Figure 8).

Figure 8 : Profondeurs moyennes relevées pour les 3 point d'un transect

Les profondeurs moyennes sur la Dordogne sont relativement constantes avec une diminution de 4 à 3,5 m de la rive Droite vers la rive gauche. Le profil sur la Garonne est différent avec une hauteur moyenne plus importante et un maximum pour le point Milieu correspondant au chenal de navigation.

2.2 Analyse du résultat des pêches

Au total 523 aloses ont été capturées durant la saison 2013, dont seulement 3 grandes aloses et en Dordogne uniquement. La détermination de l’espèce par le comptage des branchiospines sur le premier arc branchial est délicate pour des tailles inférieures à 30 mm. Il subsiste donc un doute sur l’espèce pour ces petites tailles.

Les déterminations de l’âge à partir des otolithes sont en cours. Etant donné le nombre important d’individus, un sous-échantillonnage a été réalisé, afin de conserver 10 individus par mois, sauf pour le mois de juillet où le nombre est de 10 individus par campagne. De plus les individus remarquables (taille nettement supérieure ou inférieure à la moyenne de la campagne), seront également analysés. L’âge des 3 grandes aloses sera déterminé.

Les analyses vont donc portées sur les 2 espèces regroupées, sauf pour la biométrie.

0 2 4 6 8 10 12

Rive droite Milieu Rive gauche

Dordogne Garonne Profondeur en m

Dans cette partie, nous avons recherché à déceler d’éventuelles corrélations entre les captures enregistrées et des paramètres de la pêche. Plusieurs paramètres ont été étudiés pour cette première analyse, le volume filtré, le rang de pêche sur un transect et le positionnement par rapport à l’heure de la basse mer.

2.2.1 Volume filtré

Que ce soit pour la Dordogne ou la Garonne, aucune corrélation n’apparait entre l’abondance des alosons (en nombre pour 1 000 m3) et le volume filtré (Figure 9 et Figure 10).

Figure 9 : Corrélation entre le nombre d'alosons capturés (en nombre pour 103 m3 filtrés) sur la Dordogne et le volume filtré

0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 0 2 4 6 8 10 12 14 16

Dordogne

Figure 10 : Corrélation entre le nombre d'alosons capturés (en nombre pour 103 m3 filtrés) sur la Garonne et le volume filtré

2.2.2 Répartition des captures sur un transect

L’abondance des alosons a été exprimée en fonction du rang de pêche. Les résultats sont illustrés en Figure 11 et Figure 12. Les captures en Garonne apparaissent homogènes le long du transect. En Dordogne, les pêches 4 à 6 des campagnes N°2 de juin, N°1 et 2 de juillet et N°1 d’août n’ont pas été réalisées, ce qui ne permet pas de tirer des enseignements. En juin les captures sont nettement supérieures pour les pêches N°4 à 6 par rapport aux pêches N° 1 à 3. Les pêches du transect retour sembleraient donc plus « efficaces ». Elles correspondent aussi à des pêches effectuées plus proches de la basse mer.

0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 0 2 4 6 8 10 12 14 16

Garonne

Figure 11 : Répartition des captures sur la Dordogne par rapport au rang de pêche

Figure 12 : Répartition des captures sur la Garonne par rapport au rang de pêche

0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0

Pêche 1 Pêche 2 Pêche 3 Pêche 4 Pêche 5 Pêche 6

ALo .103_m-3 _Dordogne Juin Juillet Août Sept Oct 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0

Pêche 1 Pêche 2 Pêche 3 Pêche 4 Pêche 5 Pêche 6

Alo .103_m-3 Garonne Juin Juillet Août Sept Oct

2.2.3 Moment de la marée

Le moment de la pêche a été calé par rapport à l’étal de basse mer, ou plus exactement au moment où le courant est nul. L’heure où le courant est nul a été estimée à partir des courbes de courant calculées par le Port Autonome de Bordeaux pour Ambès sur la Dordogne et Le Marquis sur la Garonne. Il varie entre 8h00 et 8h30 après l’inversion de courant de l’étal de haute mer. Les résultats sont exprimés en Figure 13 et Figure 14.

Figure 13 : Répartition des captures sur la Dordogne par rapport à la basse mer

Pour la Dordogne, entre 5h et 3h avant la BM, les captures sont faibles. Elles augmentent significativement lorsque les pêches ont lieu moins de 3h avant la BM. On observe pour la Garonne un patron inverse. Les captures sont faibles à partir de 3h30 avant la BM. Les pêches réalisées entre 5h30 et 3h30 avant la BM donnent des résultats très variables. 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 00:00 01:12 02:24 03:36 04:48 06:00

Dordogne Sélection des campagnes productives_{BM = heure du courant nul}

Alo . 103_m3

Figure 14 : Répartition des captures sur la Garonne par rapport à la basse mer

2.3 Analyse des résultats biologiques

2.3.1 Répartition des captures au cours de la saison

Les captures réalisées en Dordogne décroissent au cours de la saison (Figure 15). Le maximum de captures a été observé en juin. En septembre et octobre les captures sont extrêmement faibles. Les captures en Garonne sont moins importantes en nombre et en abondance. Un pic apparait en juillet, mais de moindre importance que sur la Dordogne. Les captures enregistrées en août sont comparables sur les 2 fleuves. Les captures de la Garonne sur les 2 derniers mois restent significatives.

0,0 0,2 0,4 0,6 0,8 1,0 1,2 1,4 1,6 1,8 2,0 00:00 01:12 02:24 03:36 04:48 06:00

Garonne Sélection des campagnes productives BM = heure du courant nul

Alo .103_m3

Figure 15 : Répartition des captures sur la Dordogne et la Garonne au cours de la saison

Figure 16 : Répartition des captures par campagne

0,0 0,3 0,6 0,9 1,2 1,5

Juin Juillet Août Sept Oct

Dordogne Garonne Alo . 103_m-3 0,0 0,2 0,4 0,6 0,8 1,0 1,2 1,4 1,6 1,8 2,0

21-mai 10-juin 30-juin 20-juil. 09-août 29-août 18-sept. 08-oct. 28-oct.

Garonne Dordogne Alo . 103_m-3

L’analyse des abondances par campagne révèle des évolutions intra-mensuelles et donc un patron moins simpliste (Figure 16). Sur la Dordogne, le pic de capture se situe durant la première campagne de juin. On observe durant les 2 campagnes suivantes une décroissance importante des captures. Un second pic est observé durant la seconde campagne de juillet, suivi d’une chute des captures lors de la campagne suivante. Pour la Garonne il semble n’y avoir qu’un seul pic décelable au vue de nos résultats. Mais l’absence d’informations pour les campagnes de juin (N°2) et août (N°1) nous prive d’une vision complète de la saison.

2.3.2 Biométrie

Les mesures de poids et longueur, ont été réalisées au laboratoire sur les individus après décongélation.

L’évolution des 2 paramètres au cours du temps est similaire pour les 2 fleuves (Figure 17 et Figure 18). On observe une nette rupture qui se situe entre les 2 campagnes de juillet (entre le 5 et le 19 juillet). Les aloses capturées jusqu’à la première campagne de juillet sont d’une longueur supérieure à 70 mm avec une augmentation sur cette période d’échantillonnage. A partir de la seconde campagne de juillet, les longueurs moyennes tombent à 23 et 24 mm pour la Dordogne et la Garonne respectivement. On observe sur le reste de la saison d’échantillonnage une augmentation de la longueur et du poids. Ces résultats sont cohérents avec les résultats d’abondance détaillés par campagne.

Les mesures biométriques des 3 grandes aloses capturées ont également été positionnées sur les 2 graphiques. L’évolution de ces 2 paramètres semble suivre celle de l’alose feinte, avec une nette différence de taille et de poids entre celle capturée en juin et celles capturées en octobre. Mais le trop faible nombre d’individus ne permet pas de tirer de véritables enseignements.

0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100

21-mai 10-juin 30-juin 20-juil. 09-août 29-août 18-sept. 08-oct. 28-oct. Dordogne Garonne Alosa alosa Lf mm 1 ou 2 mesures 3 individus

Figure 17 : Taille moyenne (longueur à la fourche en mm) des individus capturés au cours de la saison 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

21-mai 10-juin 30-juin 20-juil. 09-août 29-août 18-sept. 08-oct. 28-oct. Dordogne Garonne Alosa alosa W g 1 ou 2 mesures 3 individus

3. Conclusion

La technique utilisée et le protocole suivi ont permis la capture d’un nombre significatif de juvéniles d’alose. La méthode adoptée est donc efficace. Il n’y a pas de raison objective pour attribuer la répartition disproportionnée entre les 2 espèces à une différence de comportement, ou de capturabilité. Le faible nombre de grandes aloses capturées reflète une abondance très inférieure ce qui est étayé par la très faible activité de reproduction relevée par MIGADO sur les frayères de Dordogne et surtout de Garonne.

L’analyse des captures sur les 2 fleuves montre des différences, notamment en ce qui concerne le positionnement de la pêche par rapport à l’heure de la basse mer. Cette analyse sera poursuivie sur les résultats 2014, et pourra éventuellement déboucher sur une modification du protocole.

Le maximum de 100 alosons capturés par fleuve et par mois, imposée dans l’autorisation de pêche, a été très préjudiciable pour la compréhension des captures et leur analyse (campagnes écourtées). Pour la saison 2014, nous demanderons une modification voire la suppression de ce quota.

Les abondances mensuelles montrent des pics de capture en juin sur la Dordogne et en juillet sur la Garonne. Il est fort probable que, sur la Dordogne, les campagnes n’aient pas permis d’échantillonner le début du pic. Le nombre de sorties de pêche étant limité, il n’est pas possible de débuter plus tôt en saison en conservant un maillage temporel de sorties suffisant pour couvrir l’ensemble de la saison. Les captures en Garonne sont d’un niveau plus faible, mais plus homogène au cours de la saison.

L’analyse des abondances par campagnes donne une image plus précise de la présence des alosons en Dordogne. Elle permet de révéler 2 pics avec des niveaux d’abondance sensiblement équivalents, en gardant en mémoire que le pic de juin est probablement tronqué. L’analyse croisée des abondances et des données de biométrie montre que les individus de grande taille correspondent au premier pic et que l’apparition des individus de petite taille est synchrone avec le second pic.

Ces 2 groupes de taille suggèrent que nous sommes en présence de poissons issus de 2 périodes de reproduction différentes, amenant à formuler 2 hypothèses.

Les 2 groupes de taille correspondent à des individus provenant de cohortes différentes. Les plus grands seraient alors issus de reproduction de l’année n-1.

Les 2 groupes de taille proviennent de la même cohorte, c'est-à-dire de la même année de reproduction. Le premier lot correspondant à des individus de grande taille, capturés jusqu’à la première campagne de juillet proviendrait d’une reproduction précoce en saison. Le second serait issu d’une reproduction plus tardive. Il est remarquable de constater que ce patron de taille apparait simultanément sur les 2 fleuves, ce qui pourrait laisser envisager une synchronisation des reproductions et de la migration. Pour affiner l’analyse il est nécessaire d’avoir les données d’activité de reproduction sur les 2 fleuves, ainsi que l’âge des individus (analyses en cours).

Si les patrons de taille et de poids sont équivalents entre les 2 fleuves, les abondances sont différentes avec un niveau plus faible sur la Garonne. Plusieurs éléments peuvent expliquer en partie ce résultat. Le pic de juin est inexistant sur la Garonne. Soit le pic est survenu avant les pêches, soit il n’y en a pas eu. Même si l’absence de campagne N°1 en août ne nous permet pas de visualiser la totalité du pic, le pic de juillet est plus faible que sur la Dordogne. D’autre part les profondeurs sont plus importantes en Garonne. Seuls les 4 premiers mètres sous la surface étant échantillonnés, ce qui peut également diminuer l’efficacité des pêches sur la Garonne.

Ces premiers résultats mettent en évidence d’importantes variations d’abondance d’une campagne à l’autre. Le choix de réaliser 2 campagnes par mois s’avère être un minimum pour avoir une image fiable de phénomène migratoire.

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