a. Description
Le CDV est un virus de la famille des Paramyxoviridae et du genre Morbillivirus. C’est un virus ARN enveloppé contenant un brin d’ARN à polarité négative (Figure 7). Il possède plusieurs tropismes cellulaires et provoque donc différents types de symptômes : respiratoires, digestifs et neurologiques (Martella et al., 2008).
Figure 7 : Structure d’un virus du genre Morbillivirus (d’après ViralZone)
C’est un virus très contagieux transmis par aérosol et qui infecte en premier lieu les monocytes puis les lymphocytes des tissus lymphoïdes et des amygdales de l’appareil respiratoire supérieur. La contamination des cellules lymphoïdes a pour effet d’entrainer une immunosuppression et une baisse du nombre de lymphocytes T CD4+ qui durent plusieurs semaines. Puis le virus dissémine dans tout l’organisme par voie lymphatique provoquant un premier épisode fébrile. Il a un tropisme pour les différents épithéliums de l’organisme et il infecte donc les cellules épithéliales des systèmes digestifs, pulmonaires, cutanée ou oculaire.
Les symptômes en lien apparaissent généralement 10 jours après l’infection. Les signes cliniques seront très divers selon les différents organes impactés. On peut donc avoir des signes cliniques généraux comme de l’hyperthermie, de l’anorexie ou de l’abattement, des signes respiratoires avec de la toux, du jetage ou dyspnée, des signes digestifs avec des vomissements et de la diarrhée, des signes oculaires avec un épiphora, une kérato-conjonctivite ou une uvéite, ainsi que des signes cutanés avec une hyperkératose de la truffe et des coussinets plantaires. Enfin, dans les formes avancées de la maladie, quand le système immunitaire n’a pas réussi à éliminer le virus, des signes nerveux centraux peuvent apparaitre entre 20 et 50 jours après l’infection (myoclonies, ataxie, convulsions, cécité, coma) en lien
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avec une démyélinisation des fibres nerveuses induit par le virus. L’apparition des signes nerveux est assortie d’un pronostic très sombre. (Martella et al., 2008)
L’excrétion dure de 5 jours jusqu’à parfois 4 mois post-infection. Il ne survit que quelques heures dans le milieu extérieur et est inactivé par les désinfectants usuels (Martella et al., 2008).
b. Mise en évidence et importance dans le complexe CIRD
L’expression clinique peut aller de la forme asymptotique au décès du chien. Les chiens présentant des signes cliniques se rapportant au complexe CIRD présentent souvent également des signes gastro-intestinaux, neurologiques ainsi qu’une lymphopénie et sont souvent non vaccinés contre la maladie de Carré (Martella et al., 2008).
Les études européennes menées dans les années 2000 (Tableau 6) ont montré que le CDV n’était que pas ou peu retrouvé chez les chiens sains comme chez les chiens avec des symptômes de toux de chenil. Les 16,2 % de chiens positifs au CDV de l’étude autrichienne menée entre 1997 et 2007 étaient tous des chiens de moins de 12 mois présentant également des symptômes intestinaux et neurologiques (Wöhrer et al., 2016).
Le CDV se démarque donc des autres agents étiologiques par la multitude de signes cliniques qu’il entraine en plus des signes respiratoires. Ce virus entraine rarement une simple toux de chenil. Son importance est faible grâce à la vaccination systématique contre ce virus (Martella et al., 2008).
Tableau 6 : Prévalence du CDV dans des études européennes de 2000 à 2019 (Day et al., 2020)
Allemagne 2011 – 2012 61 chiens avec CIRD 90 chiens sains Italie 2011 – 2013 78 chiens avec CIRD RT-PCR sur écouvillon
nasopharyngés
Bb : Bordetella bronchiseptica, CIRD : canine infectious respiratory disease = toux de chenil, RT-PCR : polymerase chain reaction.
Page 23 D. Agents bactériens secondaires
Dans une étude rétrospective menée sur 65 chiens de plus de 1 an et présentant une toux de chenil, d’autres bactéries ont été isolées dont : Streptococcus spp (6%), Pasteurella spp (3%), Pseudomonas spp (6%), Staphylococcus spp (13%) et des coliformes comme Escherichia coli (11%) et Klebsiella pneumoniae (6%) (Radhakrishnan et al., 2007). Une étude rétrospective allemande a été menée entre 1989 et 2011 sur 493 chiens de propriétaires âgés de 8 semaines à 16 ans, présentant de la toux, du jetage, de la dyspnée et/ou une auscultation pulmonaire anormale. Les analyses bactériologiques sur prélèvement de liquide broncho-alvéolaire ont montré que le genre Streptococcus était le plus fréquemment isolé dans les poumons des chiens avec une maladie respiratoire (31%), sans préciser leur lien avec cette maladie. Les autres bactéries isolées étaient Escherichia coli (15%), Staphylococcus spp (19%), Pasteurella spp (16%) et Pseudomonas spp (14%) (Rheinwald et al., 2015).
Ces bactéries sont considérées pour le moment comme des agents infectieux secondaires et opportunistes ne provoquant pas à elles seules une trachéobronchite (Radhakrishnan et al., 2007).
3. Les nouveaux agents infectieux possibles du complexe CIRD
A. Les agents bactériens
a. Streptococcus zooepidemicus
• Description
Streptococcus equi subspz zooepidemicus (S.zooepidemicus) est une bactérie de type coque, gram +, beta-hémolytique (Figure 8), du groupe Lancefield C (Greene, 2012). C’est une bactérie commensale des chevaux, présente dans l’appareil respiratoire et génital. Elle peut être associée à des infections opportunistes de tropisme génital (avortements, infertilités, abcès) ou respiratoire (Timoney, 2004).
S.zooepidemicus produit des exotoxines agissant comme des super-antigènes (mécanisme similaire chez S. equi et S. pyogenes) et provoquant une augmentation de la concentration des cytokines et chimiokines pro-inflammatoires (IL6, IL8, TNFα) dans les poumons (Priestnall et al., 2010).
Certaines souches sont résistantes à la doxycycline (Chalker et al., 2012).
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Figure 8 : Colonies de S.zooepidemicus sur une gélose au sang après 24 heures de culture à 37°C en aérobiose (d’après Bacteria in photo)
• Mise en évidence et importance dans le complexe CIRD
S.zooepidemicus a été mis en évidence à la fin des années 1970 de façon sporadique dans quelques épisodes de maladies respiratoires chez les chiens. Les signes cliniques associés sont le plus souvent du jetage nasal et une rhinite (Greene, 2012). Ce n’est que depuis quelques dizaines d’années que cette bactérie est reliée à des épisodes aigus et souvent fatals de bronchopneumonie hémorragique et fibrineuse dans un certain nombre de pays (Corée, Royaume-Uni, Irlande). Ces épisodes ont lieu majoritairement dans des chenils et chez des chiens de course mais un cas a été décrit chez un chien de particulier. Les premiers symptômes sont similaires à ceux d’une toux de chenil classique mais l’état général se dégrade ensuite rapidement (Priestnall et Erles, 2011).
Expérimentalement, l’inoculation de S.zooepidémicus seul ne suffit pas à provoquer des maladies respiratoires chez des chiens sains. Il est nécessaire que le virus Influenza H3N8 soit associé à S. zooepidemicus et inoculés ensemble pour provoquer une maladie respiratoire plus importante qu’avec H3N8 seul, et une pneumonie nécrosante (Larson et al., 2011).
Néanmoins il se peut que cette expérience ne représente pas la situation in vivo et il faudrait étudier l’association de S.zooepidemicus avec les autres agents pathogènes du complexe toux de chenil.
S.zooepidemicus provoque donc une maladie respiratoire grave et contagieuse essentiellement chez les chiens de course vivant en groupe. Néanmoins, mis à part dans plusieurs épisodes très localisés de pneumonies hémorragiques, comme dernièrement chez 50 % des chiens d’un élevage de Greyhound en Angleterre (Gower et Payne, 2018) et chez deux chiens en Irlande (FitzGerald et al., 2017), il n’est pas détecté lors des études de surveillance générale des agents pathogènes respiratoires circulant dans la population canine européenne (Maboni et al., 2019).
b. Les Mycoplasmes : Mycoplasma cynos et Mycoplasma canis
• Description
Les mycoplasmes sont les plus petites bactéries qui existent (0,3-0,8 m) et les plus petits organismes capables de réplication autonome. Elles appartiennent à la classe des Mollicutes. Ce sont des bactéries intra-cellulaires (Figure 9). Elles ont la particularité de n’avoir pas de paroi bactérienne (Razin et al., 1998).
Page 25 Figure 9 : Mycoplasma cynos dans le tissu pulmonaire gravement inflammé d'un chiot
golden retriever décédé d’une bronchopneumonie.
Marquage immunohistochimique (flèche noire). Microscope optique x 350 (Zeugswetter et al., 2007)
Les mycoplasmes sont capables de moduler la production de cytokines et de chimiokines pro-inflammatoires et donc de moduler la réponse du système immunitaire de l’hôte (Razin et al., 1998). Elles entrainent expérimentalement des pneumonies cliniques avec la destruction et la perte de l’épithélium cilié, ainsi qu’un afflux de neutrophiles et de macrophages dans les alvéoles (Rosendal et Vinther, 1977).
Mycoplasma cynos et Mycoplasma canis possèdent également une activité sialidase.
C’est une enzyme avec des effets toxiques sur les cellules de l’hôte et qui interfère avec les mécanismes de défense de l’hôte (May et Brown, 2009).
Ces bactéries transmises par aérosols sont capables de persister plusieurs semaines dans l’environnement sans hôte (Rosendal et Vinther, 1977).
• Mise en évidence et importance dans le complexe CIRD
Mycoplasma cynos est isolé pour la première fois en 1972, sur un chien avec une pneumonie (Rosendal, 1972).
En 2004, M. cynos est le seul mycoplasme à être significativement relié à une affection respiratoire dans un chenil, bien qu’il soit trouvé également chez des chiens sains. Les chiens sont plus susceptibles de s’infecter durant les deux semaines suivant leur arrivée au chenil ; par la suite, M.cynos est moins isolé à partir de la quatrième semaine ce qui suggère la mise en place d’une réponse immunitaire efficace chez ces chiens et une élimination de la bactérie par l’organisme (Chalker et al., 2004).
Entre 2011 et 2017, une large étude réalisée aux États-Unis a montré une émergence de M.cynos, détecté chez 24,5 % des chiens de l’étude mais aussi de M.canis détecté chez 23,6 % des chiens de l’étude et qui était jusqu’alors considéré comme une bactérie commensale du chien. Dans cette étude, les deux mycoplasmes sont retrouvés plus souvent chez des chiens présentant des signes cliniques respiratoires que chez les chiens sains. Ils
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font également partis des agents pathogènes les plus communs trouvés lors de co-infections, le plus souvent associés avec le virus CPIV ou la bactérie B.bronchiseptica. Les chiens co-infectés ainsi que les jeunes présentent plus souvent des signes cliniques plus sévères que les autres chiens (Maboni et al., 2019).
En Europe, une étude italienne confirme également l’implication de M. cynos dans le CIRD ainsi que son aptitude à provoquer seul des symptômes respiratoires modérés à sévères. M. canis ne provoque à lui seul que des symptômes faibles (Decaro et al., 2016).
Une étude britannique a mis en évidence une fréquence de séroconversion aux mycoplasmes significativement plus important chez les chiens ayant présenté un épisode de toux de chenil (29 %) que chez les chiens sains (7 %). Ces résultats vont dans le sens de l’implication des mycoplasmes dans le complexe CIRD (Rycroft et al., 2007). En Europe, bien que 45 % des chiens de l’étude de surveillance européenne présentant une toux de chenil soit séropositifs à M.cynos, la bactérie n’a été détectée que chez 0,9 % des chiens (Mitchell et al., 2017). Une prévalence plus importante est rapportée dans l’étude slovène menée entre 2008 et 2013 qui estime la séroprévalence de M.canis et M.cynos à plus de deux tiers et rapporte une détection des bactéries de respectivement 11,8 % et 2,9 % chez les chiens sains de cette étude (Scholten et al., 2017). Les mycoplasmes sont détectés dans de nombreuses autres études européennes chez des chiens avec des maladies respiratoires mais aussi chez des chiens sains (Tableau 7).
M. cynos agirait donc souvent en synergie avec d’autres agents pathogènes pour provoquer des maladies respiratoires dont les signes cliniques peuvent être sévères. Tout comme d’autres agents pathogènes du complexe toux de chenil, il a une forte prévalence chez les chiens sains en chenils ce qui pose question sur sa capacité à provoquer à lui seul des signes d’atteinte respiratoire (Lavan et Knesl, 2015). Le rôle exact que joue M. cynos dans le complexe toux de chenil reste donc à élucider.
Page 27 Tableau 7 : Prévalence de Mycoplasma spp. dans des études européennes de 2000 à
2019 (Day et al., 2020)
Pays Ann
ée
Population Méthode Taux de détection Référence
Slovénie 2008
LBA : lavage broncho-alvéolaire, Bb : Bordetella bronchiseptica, CIRD : canine infectious respiratory disease = toux de chenil, ELISA : enzyme linked immunosorbent assay, Ac : anticorps, DIBA : dot blot immunobinding assayPCR : polymerase chain reaction, qPCR : PCR quantitative, RT-PCR : reverse transcriptase PCR.
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B. Les agents viraux
a. Les virus influenza canins
• Description
Les virus influenza (ou virus de la grippe) sont des virus de la famille des Orthomyxoviridae. Ce sont des virus enveloppés de 80 à 120 nm de diamètre avec 500 épines de 10 à 14 nm sur leur enveloppe lipidique. Leur génome est composé de 8 segments d’ARN simple brin à polarité négative capables de recombinaisons et de réassortiments (Figure 10).
Les virus sont classés en sous-type selon leur protéine H (hémagglutinine) dont il existe 16 types et N (Neuraminidase) dont il existe 9 types (Wright, P. F. et Webster, R.G., 2001)
Figure 10 : Structure du virus influenza H3N8 (d'après Singh et al., 2018)
Certains de ces virus sont spécifiques d’espèces mais des transmissions inter-espèces existent, notamment entre les oiseaux et les mammifères (Wright, P. F. et Webster, R.G., 2001). Mais, jusqu’aux années 1980, le chien ne semblait pas être un hôte sensible, et jusqu’en 2004, il ne semblait pas être un hôte spécifique pour les virus influenza.
• Mise en évidence et importance dans le complexe CIRD
o H3N8
En 2004, le virus influenza H3N8 est identifié dans un chenil de course de Greyhounds en Floride, où les chiens présentent des épisodes de maladies respiratoires depuis plusieurs années. Ce virus est très proche du H3N8 de la grippe équine ce qui évoque une possible transmission cheval-chien dans les années 1999-2000 (Crawford et al., 2005). Ce virus touche les chiens vivant en groupe et de tous âges et se transmet de chiens à chiens (Dubovi, 2010).
Il est également identifié en 2005 dans 11 états des États Unis, y compris chez des animaux domestiques (Crawford et al., 2005) La prévalence serait de 49 % chez les chiens à risque
Page 29 aux États Unis selon une étude menée entre 2005 et 2009 (Anderson et al., 2013). La prévalence annuelle aurait augmenté de 2005 (44 %) à 2006 (53 %) et 2007 (62 %) ; elle aurait par la suite diminué en 2008 (38 %) et 2009 (15 %). Cette prévalence était associée à la région géographique (sud-est en 2005, ouest et nord-est en 2006 et 2007 et nord-est en 2008) (Anderson et al., 2013). Ce virus a également été identifié en Australie chez des chiens proches de chevaux infectés par H3N8 (Kirkland et al., 2010).
En Europe, le virus influenza canin H3N8 a surtout été identifié au Royaume Uni (Daly et al., 2008) où il a été relié à des épisodes de maladies respiratoires en 2002. En Italie, sa séroprévalence était estimée à 1,6 % (Pratelli et Colao, 2014) mais la présence du virus n’a pas été mis en évidence (Decaro et al., 2016). Des résultats similaires étaient retrouvés par une étude allemande qui estimait la séroprévalence du H3N8 à 0,37 % chez les chiens sains et 2,86 % chez les chiens atteints de toux de chenil, sans réussir à détecter le virus (B. Schulz et al., 2014). Le virus H3N8 a donc une importance différente selon les pays et pose surtout problème actuellement aux États Unis.
o H3N2
Le virus aviaire H3N2 de 2007 est présent en Corée (Song et al., 2008) et en Chine (Zhang et al., 2013). Il est capable de provoquer des lésions nécrotiques systémiques en plus des symptômes respiratoires (Zeng et al., 2013). Il s’est réassorti avec le virus pandémique H1N1 pour créer un nouveau virus canin H3N1 (Song et al., 2012) ce qui met en avant le potentiel rôle du chien comme hôte de réassortiment tout comme le porc. Dans le Nord Est de la Chine, 33 % des chiens seraient porteurs de H3N2 (Zhang et al., 2013). Ce virus est capable de transmission chiens à chiens et chiens à chats chez qui il entraine également des symptômes respiratoires (Song et al., 2011) Le virus H3N2 a depuis été détecté dans la région de Chicago (Voorhees et al., 2017) et au Canada où il est lié à des épisodes de maladie respiratoire sévère (Weese et al., 2019). Il est détecté en Italie entre 1997 et 2011 par test d’inhibition de l’hémagglutination dans 47 des 562 (8,7 %) sérums de chiens adultes testés, y compris dans 23 sérums qui apparaissaient négatifs au test cELISA pour les anticorps spécifiques anti-CIV (Tableau 8).
Tableau 8 : Seroprévalence des virus influenza canins H3N8 et H3N2 chez les chiens en Italie entre 1997 et 2011 (Pratelli et Colao, 2014).
cELISA anti-CIV
de chiens Positifs Douteux
1997 94 4 (4,26%) 1 (1,06%) / 5 5
cELISA : Competitive enzyme linked immunosorbent assay ; HI : test d’inhibition à l’hémagglutination
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Des inhibiteurs non spécifiques de l’hémagglutination peuvent être présents dans le sérum du chien et pourraient expliquer des faux-positifs au test d’inhibition d’hémagglutination. Le cELISA n’utilise pas d’enzyme, il s’agit d’un test ELISA par compétition de liaison qui permet de doser un anticorps. Une quantité d’antigènes en défaut est fixée à une plaque puis un mélange d'anticorps marqués et d’anticorps à doser et non marqués est déposé sur la plaque.
Un rinçage permet d’éliminer les anticorps non liés. Proportionnellement plus les anticorps à doser était nombreux, plus ils vont s’être liés aux antigènes et plus le signal provenant des anticorps marqués sera faible. Dans tous les cas, cette étude montre la circulation du virus H3N2 en Italie chez au moins 24 chiens testés (Pratelli et Colao, 2014).
o Les autres virus influenza
En 2009, le virus influenza canin H5N2 a été isolé en Chine chez des chiens présentant des symptômes respiratoires modérés (Guang-jian et al., 2012). Des inoculations expérimentales du virus à des chiens en Chine ont montré que ce nouveau virus est capable de transmission de chiens à chiens (Song et al., 2013)
En 2004, en Thaïlande, un cas isolé de H5N1 a été détecté chez un chien souffrant de troubles respiratoires après avoir mangé une carcasse de canard (Songserm et al., 2006).
En 2009 le virus pandémique H1N1 a été détecté chez des chiens aux Etats Unis et en Chine lors de l’épisode de pandémie (Lin et al., 2012). Des anticorps anti H1N1 ont également été détectés chez 0,7 % des chiens testés en Italie lors de cette même pandémie (Dundon et al., 2010) et chez 0,14 % des chiens en Allemagnes (Damiani et al., 2012).
Ces deux derniers virus semblent être des culs de sac épidémiologiques mais posent la question du rôle que pourrait avoir le chien dans le réassortiment des virus influenza et donc dans la santé publique lors des pandémies de grippe. Une étude du sud de la Chine semble confirmer cette inquiétude. Entre 2013 et 2015, 116 des 800 écouvillons nasaux prélevés chez des chiens du sud de la Chine ayant des symptômes respiratoires se sont révélés positifs au CIV (14,5%). Le séquençage de 16 de ces virus influenza canins a pu être réalisé. Neuf chiens présentaient une première souche H1N1 d’origine porcine et un dixième chien avait une souche similaire mais l’hémagglutinine n’a pas pu être séquencée. Trois autres chiens présentaient une seconde souche H1N1 encore d’origine porcine qui a déjà été retrouvée chez l’Homme donc présentant un potentiel zoonotique. Les trois autres génomes étaient des réassortiments entre le virus influenza canin H3N2 circulant de façon endémique en Asie et le virus porcin H1N1. Ces réassortiments étaient de type H1N1, H1N2 et H3N2. Les virus influenza porcins sont donc capable de transmission au chien et de réassortiment avec le virus influenza canin H3N2. Ces réassortiments aboutissent à des virus dont certains pourrait avoir, comme le virus pandémique H1N1, un potentiel zoonotique et nécessiterait donc une surveillance accrue (Figure 11) (Chen et al., 2018).
Page 31 Figure 11 : Potentiel zoonotique d’un virus influenza canin d’origine porcine
d’après (Chen et al., 2018).
• Prévalence européenne des CIV (Tableau 9)
En Europe, la séroprévalence globale des virus influenza A canin est estimée entre 0,0% et 3,56% en Italie (Piccirillo et al., 2010 ; Dundon et al., 2010 ; Pratelli et Colao, 2014), à 0,95% en Allemagne (Damiani et al., 2012) et à 2,7% en Europe (Mitchell et al., 2017).
Cependant, le virus lui-même n’a jamais été mis en évidence par les techniques de biologie moléculaire lors des études européennes menées depuis les années 2000. Les virus influenza canin ne sont donc pas considérés comme des agents pathogènes majeurs du complexe CIRD en Europe.
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Tableau 9 : Prévalence des CIV dans des études européennes de 2000 à 2019 (Day et al., 2020)
cElisa : Ac spécifiques de CIV
cElisa : Ac spécifiques
de CIV 0,0% (Piccirillo et al.,
2011-2013 78 chiens avec CIRD RT-PCR sur écouvillons
nasaux et pharyngés 0,0% (Decaro et al.,
nasaux et amygdaliens 0,0% (Hiebl et al., 2019) cElisa : Ac spécifiques
de CIV (n=220)
0,0%
2,7%
(Mitchell et al., 2017)
Bb : Bordetella bronchiseptica, CIRD : canine infectious respiraory disease = toux de chenil, CIV : virus influenza canin, cELISA : competitive enzyme linked immunosorbent assay, HI : test d'inhibition de l'hémagglutination, IFA : test anticorps d'immunofluorescence indirecte, RT-PCR : reverse transcriptase polymerase chain reaction, NS : test de neutralisation du sérum.
Page 33 b. Les coronavirus
• Description
Les coronavirus canins sont des virus de la famille des Coronaviridae et du genre Coronavirus. Ce sont des virus enveloppés de 80 à 160 nm de diamètre et contenant un brin d’ARN à polarité positive (Figure 12) (Decaro et Buonavoglia, 2008). Le coronavirus respiratoire (CRCoV) est un virus du genre Betacoronavirus (Figure 13). Il est proche du coronavirus bovin (BCoV) et du coronavirus humain OC43 (Erles et al., 2007).
Figure 12 : Structure d’un virus de la famille des Coronaviridae (d’après ViralZone, 2011)
Le CRCoV provoque des symptômes respiratoires faibles à modérés (Erles et al., 2003) mais semble prédisposer aux infections secondaires en endommageant les mécanismes mucociliaires de l’appareil respiratoire et en provoquant une lymphocytose, une neutropénie, une inhibition des cytokines et chimiokines pro-inflammatoires (IL-6, IL-8, TNF-a) pendant 24 heures à 48 heures (Priestnall et al., 2009).
Il est différent génétiquement de l’Alphacoronavirus canin classique (CCoV), traditionnellement considéré comme un agent pathogène commun du tractus digestif du chien et de faible virulence. Ce virus est proche du coronavirus félin (FCoV) et du coronavirus porcin (TGEV). Le coronavirus canin se divise en plusieurs types : I, IIa et IIb, le type IIa étant le plus courant (Decaro et Buonavoglia, 2008).
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Figure 13 : Classification simplifiée des virus de la famille des Coronaviridae (d'après Thiry, 2011)
• Mise en évidence et importance du CRCoV dans le complexe CIRD Le CRCoV est identifié en 2003 lors d’une étude sur la toux de chenil dans un refuge au Royaume-Uni qui montre une association forte entre l’exposition au CRCoV et le
• Mise en évidence et importance du CRCoV dans le complexe CIRD Le CRCoV est identifié en 2003 lors d’une étude sur la toux de chenil dans un refuge au Royaume-Uni qui montre une association forte entre l’exposition au CRCoV et le