Saisie de requête .1 Introduction.1 Introduction

Comme les systèmes de Recherche d'Information classiques, le prototype, basé sur un modèle de Recherche d'Information orienté tâche, comprend une entrée dans le système de traitement par une requête, ici proposée comme une requête structurée. La forme de cette requête a été précédemment spéciée comme dépendant de la tâche de synthèse considérée, conduisant à la dénition d'un modèle de requête par modèle de tâche. Ce modèle doit être spécialisé par l'utilisateur en fonction de l'étude particulière qu'il veut réaliser.

Ces observations sur la formulation de requête nécessitent de considérer un sys-tème interactif, permettant à l'utilisateur de choisir la tâche prototypique qui l'in-téresse puis de spécialiser le modèle de requête correspondant, à partir des con-naissances du domaine. Cette requête spécialisée doit alors être stockée pour un traitement futur.

Ce processus, mis en place au sein de l'architecture présentée dans le prochain paragraphe, pose un problème cognitif de formulation.

4.5.2 Architecture logicielle

La construction de la requête, dont l'architecture logicielle est présentée Fig.4.6, est réalisée au sein du framework Orbeon Forms. Celui-ci permet la construction d'interfaces, à partir d'un chier XForms, dont une partie est basée sur un modèle de requête spécique de la tâche sélectionnée par l'utilisateur.

Le modèle de requête est un chier XML qui liste les composantes de la requête qui sont particulières à la tâche considérée et pour lesquelles des saisies doivent être réalisées. En dénitive, il liste les rôles inclus dans la requête. A chacun de ces rôles, il associe la partie de taxonomie de connaissances du domaine qui peut servir de source pour la saisie. Ainsi, les éléments de spécialisation qui peuvent être choisis sont issus des connaissances du domaine d'étude pour les rôles de la partie Besoins de la requête et des connaissances expérimentales pour la partie Contraintes Expérimentales. Un chier de modèle de requête, décrivant les éléments de formulaire nécessaires pour une étude de type Comparaison, est présenté en Annexe C.

Une fois cette interface construite, l'utilisateur réalise des saisies, qui constituent, d'un point de vue purement logiciel, la formulation en tant que telle. Ce processus, présenté plus en détails en Annexe D, implique le parcours et le remplissage d'un

ensemble de formulaires, permettant le choix du type de requête et du domaine applicatif, puis la description de Généralités, des Contraintes Expérimentales et des Besoins et la validation des saisies réalisées.

Le framework construit ensuite un chier de requête à partir des informations saisies, et le stocke pour traitement.

Fig. 4.6: Saisie de requête - Un modèle de requête, spécique de la tâche choisie par l'utilisateur, est utilisé au sein du framework Orbeon pour construire un formulaire de saisie de requête que l'utilisateur complète avec des informations issues de son archétype. Les données saisies et des

informations utilisateur sont alors enregistrées dans un chier de requête.

Ce processus de saisie de requête pose principalement un problème cognitif de formulation, analysé plus en détails dans le prochain paragraphe.

4.5.3 Problème de formulation

Ainsi que présenté Paragraphe 3.4.3.1, la requête structurée est décomposée en trois parties (Généralités, Besoins, Contraintes Expérimentales), qui chacune re-groupe un ensemble de rôles spéciques du modèle de tâche considéré. La formula-tion de la requête implique tout d'abord une associaformula-tion informelle entre d'une part des éléments exprimés dans une description de l'étude à réaliser en langue naturelle et d'autre part les rôles du modèle de requête.

Centrale au processus de formulation, cette décomposition du problème biologique en rôles vis à vis d'une tâche prototypique de synthèse est un processus cognitif complexe. C'est en eet à ce niveau qu'apparaît le fossé sémantique et cognitif entre une représentation intellectuelle du besoin et son expression au sein d'une représentation formelle.

Ainsi, pour l'exemple de requête considéré, c'est-à-dire la comparaison du pour-centage de cellules marquées entre les diérentes molécules étudiées, entre tissus tumoraux et adjacents à la tumeur, en fonction de la localisation intracellulaire du marquage, chez les patients atteints d'un cancer du côlon, cette formulation informelle pourrait être représentée par le Tab. 4.2.

Tab. 4.2: Formulation informelle de requête - Le Tab. 3.1 est ici spécialisé de manière informelle pour la requête d'exemple : comparaison du pourcentage de cellules marquées entre les diérentes molécules étudiées, entre tissus tumoraux et adjacents à la tumeur, en fonction de la localisation

intracellulaire du marquage, chez les patients atteints d'un cancer du côlon.

Élément du modèle Description

Généralités :

- Tâche Comparaison

- Titre Exemple d'illustration d'une tâche de type

compara-ison

- Description Comparaison du pourcentage de cellules marquées

entre les diérentes molécules étudiées, entre tissus tumoraux et adjacents à la tumeur, en fonction de la localisation intracellulaire du marquage, chez les patients atteints d'un cancer du côlon

- Domaine TMA

Besoins :

- But Pourcentage de cellules marquées

- Critères d'inclusion Patients sourant d'un cancer du côlon

- Critères de groupement molécules étudiées - localisation du tissu par rapport à la tumeur - localisation intracellulaire du marquage

- Critères de tri Année de naissance

Contraintes expérimentales :

- Langue Français

- Couleurs Noir et Blanc

- Géométrie

-- ...

- Application des critères de sélection Stricte - Gestion des données manquantes Exclusion

- Représentativité des groupes Maximiser la variabilité - ...

Ainsi, la description de l'étude en langue naturelle est majoritairement représentée par la partie Besoins.

L'objectif de l'étude, représenté par le rôle But, est ainsi le pourcentage de cellules marquées.

La population sur laquelle porte l'étude est dénie par des Critères d'inclusion, ici les patients atteints d'un cancer du côlon.

Les Critères de groupement permettent de dénir selon quels axes seront con-stitués les groupes à comparer. Ici, il s'agit tout d'abord des molécules étudiées,

conduisant à la construction de quatre groupes, un par molécule. Ensuite, le second critère est la localisation du tissu par rapport à la tumeur. Au sein de chaque groupe de molécule, sera constitué un groupe pour le tissu tumoral et un groupe pour le tissu adjacent à la tumeur. Le dernier critère est la localisation intracellulaire du marquage, ce qui induit la constitution d'un groupe pour chaque compartiment cel-lulaire (membrane, cytoplasme, noyau) au sein de chacun des groupes qui ont été préalablement construits.

Les Critères de tri guident l'ordonnancement des individus au sein des groupes de niveau le plus n, qui sera réalisé ici en fonction de l'année de naissance.

En ce qui concerne les contraintes expérimentales, les deux types de contraintes apparaissent. Par exemple, les couleurs à employer relèvent des connaissances de type matériel. Par contre, les trois dernières qui sont présentées indiquent des contraintes de type méthodes. Ainsi, la première induit une sélection des individus en fonction de critères de sélection par correspondance exacte, et non approximative. La seconde requiert l'exclusion des individus présentant des données manquantes et non l'inférence des valeurs manquantes. La troisième impose de maximiser la variabilité des individus au sein d'un groupe, plutôt que de conserver un groupe homogène, au cas où des individus doivent être exclus par manque de place au sein de la grille documentaire.

Cette formulation n'a pas d'existence réelle au sein du système, mais constitue un préalable intellectuel à la formulation en tant que telle, réalisée par le biais des in-terfaces. L'objectif poursuivi par le processus de saisie de requête est la construction d'un chier de requête structuré et formalisé, interprétable par un système informa-tique, au format XML. Ainsi, la formulation informelle du Tab.4.2 doit mener à un document tel que celui présenté en AnnexeE.

4.6 Instanciation de la tâche